Text Compare
Produced: 1/17/2012 9:55:38 AM
   
Mode:  Differences, Ignoring Unimportant  
Left base folder: C:\Users\aviswanathan\Downloads\2.5 Project\xsd-2.5.0-final  
Right base folder: C:\Users\aviswanathan\Downloads\2.5 Project\xsd-2.4.4-baseline  

   
File: TCGA_BCR.Auxiliary_Data.xsd  
4 <xs:schema elementFormDefault="qualified" version="2.5.0" <> 4 <xs:schema elementFormDefault="qualified" version="2.4.4"
 
6     xmlns:utility="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5" <> 6     xmlns:utility="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.4"
7     xmlns:admin="http://tcga.nci/bcr/xml/administration/2.5"   7     xmlns:admin="http://tcga.nci/bcr/xml/administration/2.4"
8     xmlns:shared="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5"   8     xmlns:shared="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.4"
9     xmlns="http://tcga.nci/bcr/xml/auxdata/2.5"   9     xmlns="http://tcga.nci/bcr/xml/auxdata/2.4"
10     targetNamespace="http://tcga.nci/bcr/xml/auxdata/2.5"   10     targetNamespace="http://tcga.nci/bcr/xml/auxdata/2.4"
 
27     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5/TCGA_BCR.Utility.xsd" /> <> 27     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.4" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/utility/2.4/TCGA_BCR.Utility.xsd" />
28     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/administration/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/administration/2.5/TCGA_BCR.Administration.xsd" />   28     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/administration/2.4" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/administration/2.4/TCGA_BCR.Administration.xsd" />
29     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5/TCGA_BCR.Shared_Clinical_Elements.xsd" />   29     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.4" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.4/TCGA_BCR.Shared_Clinical_Elements.xsd" />
 
37             <xs:attribute name="schemaVersion" type="xs:decimal" use="required" fixed="2.5"/> <> 37             <xs:attribute name="schemaVersion" type="xs:decimal" use="required" fixed="2.4"/>

   
File: TCGA_BCR.Biospecimen.xsd  
3 <xs:schema xmlns:xs="http://www.w3.org/2001/XMLSchema" xmlns:utility="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5" xmlns:admin="http://tcga.nci/bcr/xml/administration/2.5" xmlns:shared="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5" xmlns:cqcf="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/cqcf/2.5" xmlns="http://tcga.nci/bcr/xml/biospecimen/2.5" xmlns:jaxb="http://java.sun.com/xml/ns/jaxb" targetNamespace="http://tcga.nci/bcr/xml/biospecimen/2.5" elementFormDefault="qualified" version="2.5.0" jaxb:version="1.0"> <> 3 <xs:schema xmlns:xs="http://www.w3.org/2001/XMLSchema" xmlns:utility="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.4" xmlns:admin="http://tcga.nci/bcr/xml/administration/2.4" xmlns:shared="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.4" xmlns="http://tcga.nci/bcr/xml/biospecimen/2.4" xmlns:jaxb="http://java.sun.com/xml/ns/jaxb" targetNamespace="http://tcga.nci/bcr/xml/biospecimen/2.4" elementFormDefault="qualified" version="2.4.4" jaxb:version="1.0">
 
15         <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5/TCGA_BCR.Utility.xsd"/> <> 15         <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.4" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/utility/2.4/TCGA_BCR.Utility.xsd"/>
16         <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/administration/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/administration/2.5/TCGA_BCR.Administration.xsd"/>   16         <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/administration/2.4" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/administration/2.4/TCGA_BCR.Administration.xsd"/>
17         <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5/TCGA_BCR.Shared_Clinical_Elements.xsd"/>   17         <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.4" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.4/TCGA_BCR.Shared_Clinical_Elements.xsd"/>
18         <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/cqcf/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/cqcf/2.5/TCGA_BCR.CQCF.xsd"/>      
 
25                         <xs:attribute name="schemaVersion" type="xs:decimal" use="required" fixed="2.5"/> <> 24                         <xs:attribute name="schemaVersion" type="xs:decimal" use="required" fixed="2.4"/>
 
44                                 <xs:element ref="cqcf:biospecimen_cqcf"/> +-    
 
83                                 <xs:element ref="NCNNCT_OthMethONSP"/> <> 81                                 <xs:element ref="other_method_of_sample_procurement"/>
 
93                                 <xs:element ref="diagnostic_slides"/> <> 91                                 <xs:element ref="ffpe_slide_uuid"/>
 
    -+ 114                                         <xs:enumeration value="40"/>
 
    -+ 164                                         <xs:enumeration value="Xenograft cell-line derived"/>
 
453                                 <xs:element ref="LCE"/> +-    
 
    -+ 685                                 <xs:element ref="biospecimen_barcode_bottom"/>
 
946         <xs:element name="LCE"> +-    
947                 <xs:complexType>      
948                         <xs:simpleContent>      
949                                 <xs:restriction base="utility:common_res_attributes">      
950                                         <xs:enumeration value=""/>      
951                                         <xs:enumeration value="LCE"/>      
952                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3251491"/>      
953                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.8"/>      
954                                 </xs:restriction>      
955                         </xs:simpleContent>      
956                 </xs:complexType>      
957         </xs:element>      
 
1451                                 <xs:element ref="primary_or_metastatic_status" minOccurs="0"/> <> 1439                                 <xs:element ref="primary_ormetastatic_status" minOccurs="0"/>
 
1462         <xs:element name="primary_or_metastatic_status"> <> 1450         <xs:element name="primary_ormetastatic_status">
 
1551         <xs:element name="NCNNCT_OthMethONSP"> <> 1539         <xs:element name="other_method_of_sample_procurement">
 
1623         <xs:element name="diagnostic_slides"> +-    
1624                 <xs:complexType>      
1625                         <xs:sequence>      
1626                                 <xs:element ref="ffpe_slide_uuid" minOccurs="0" maxOccurs="unbounded"/>      
1627                         </xs:sequence>      
1628                 </xs:complexType>      
1629         </xs:element>      

   
File: TCGA_BCR.BLCA_Clinical.xsd  
4 <xs:schema elementFormDefault="qualified" version="2.5.0" <> 4 <xs:schema elementFormDefault="qualified" version="2.4.4"
 
6   xmlns:utility="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5" <> 6   xmlns:utility="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.4"
7   xmlns:admin="http://tcga.nci/bcr/xml/administration/2.5"   7   xmlns:admin="http://tcga.nci/bcr/xml/administration/2.4"
8   xmlns:shared="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5"   8   xmlns:shared="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.4"
9   xmlns:rad="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/radiation/2.5"   9   xmlns:rad="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/radiation/2.4"
10   xmlns:rx="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/pharmaceutical/2.5"   10   xmlns:rx="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/pharmaceutical/2.4"
11   xmlns:cqcf="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/cqcf/2.5"      
12   xmlns:follow_up_v2.0="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/blca/followup/2.5/2.0"      
13   xmlns="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/blca/2.5"   11   xmlns="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/blca/2.4"
14   targetNamespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/blca/2.5"   12   targetNamespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/blca/2.4"
 
31     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5/TCGA_BCR.Utility.xsd" /> <> 28     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.4" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/utility/2.4/TCGA_BCR.Utility.xsd" />
32     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/administration/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/administration/2.5/TCGA_BCR.Administration.xsd" />   29     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/administration/2.4" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/administration/2.4/TCGA_BCR.Administration.xsd" />
33     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5/TCGA_BCR.Shared_Clinical_Elements.xsd" />   30     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.4" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.4/TCGA_BCR.Shared_Clinical_Elements.xsd" />
34     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/radiation/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/radiation/2.5/TCGA_BCR.Radiation.xsd" />   31     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/radiation/2.4" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/radiation/2.4/TCGA_BCR.Radiation.xsd" />
35     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/pharmaceutical/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/pharmaceutical/2.5/TCGA_BCR.Pharmaceutical.xsd" />   32     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/pharmaceutical/2.4" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/pharmaceutical/2.4/TCGA_BCR.Pharmaceutical.xsd" />
36     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/cqcf/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/cqcf/2.5/TCGA_BCR.CQCF.xsd" />      
37     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/blca/shared/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/blca/shared/2.5/TCGA_BCR.BLCA_Clinical_Shared_Datatypes.xsd" />      
38     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/blca/followup/2.5/2.0" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/blca/followup/2.5/TCGA_BCR.BLCA_Clinical_FollowUp_v2.0.xsd" />      
 
47             <xs:attribute name="schemaVersion" type="xs:decimal" use="required" fixed="2.5"/> <> 41             <xs:attribute name="schemaVersion" type="xs:decimal" use="required" fixed="2.4"/>
 
54                 <xs:element ref="shared:tissue_source_site" /> +-    
55                 <xs:element ref="shared:patient_id" />      
56                 <xs:element ref="shared:bcr_patient_barcode" />      
57                 <xs:element ref="shared:bcr_patient_uuid" />      
58                 <xs:element ref="shared:informed_consent_verified" />      
59                 <xs:element ref="shared:icd_o_3_site" />      
60                 <xs:element ref="shared:icd_o_3_histology" />      
61                 <xs:element ref="shared:icd_10" />      
 
63                 <xs:choice> +-    
64                     <xs:sequence>      
65                         <xs:element ref="shared:day_of_form_completion" />      
66                         <xs:element ref="shared:month_of_form_completion" />      
67                         <xs:element ref="shared:year_of_form_completion" />      
68                     </xs:sequence>      
 
70                     <xs:element ref="shared:days_to_form_completion" /> +-    
71                 </xs:choice>      
 
73                 <xs:element ref="tissue_prospective_collection_indicator" /> +-    
74                 <xs:element ref="tissue_retrospective_collection_indicator" />      
 
    -+ 63                 <xs:element ref="shared:vital_status" />
      64                 <xs:element ref="shared:person_neoplasm_cancer_status" />
 
93                 <xs:element ref="shared:vital_status" /> +-    
 
106                     <xs:annotation> +-    
107                         <xs:documentation xml:lang="en">      
108                             The Date for Last Known Alive was DEPRECATED.  It      
109                             was last placed on the TCGA Clinical Form 1.11.      
110                         </xs:documentation>      
111                     </xs:annotation>      
 
122                 <xs:choice> +-    
123                     <xs:sequence>      
124                         <xs:element ref="shared:day_of_death" />      
125                         <xs:element ref="shared:month_of_death" />      
126                         <xs:element ref="shared:year_of_death" />      
127                     </xs:sequence>      
 
129                     <xs:element ref="shared:days_to_death" /> +-    
130                 </xs:choice>      
 
132                 <xs:element ref="shared:person_neoplasm_cancer_status" /> +-    
133                 <xs:element ref="person_occupation_description_text" />      
134                 <xs:element ref="occupation_primary_job" />      
135                 <xs:element ref="chemical_exposure_text" />      
136                 <xs:element ref="person_primary_industry_text" />      
137                 <xs:element ref="person_occupation_years_number" />      
138                 <xs:element ref="tobacco_smoking_history_indicator" />      
139                 <xs:element ref="age_began_smoking_in_years" />      
140                 <xs:element ref="shared:stopped_smoking_year" />      
141                 <xs:element ref="shared:number_pack_years_smoked" />      
142                 <xs:element ref="blood_relative_cancer_history_list" />      
 
144                 <xs:element ref="shared:tumor_histologic_subtype" /> +-    
145                 <xs:element ref="diagnosis_subtype" />      
146                 <xs:element ref="bladder_tumor_histologic_who_2004_grade" />      
147                 <xs:element ref="shared:anatomic_organ_subdivision" />      
 
    -+ 103                 <xs:element ref="shared:radiation_therapy" />
      104                 <xs:element ref="shared:additional_pharmaceutical_therapy" />
 
    -+ 106                 <xs:choice>
      107                     <xs:sequence>
      108                         <xs:element ref="shared:day_of_death" />
      109                         <xs:element ref="shared:month_of_death" />
      110                         <xs:element ref="shared:year_of_death" />
      111                     </xs:sequence>
 
    -+ 113                     <xs:element ref="shared:days_to_death" />
      114                 </xs:choice>
 
    -+ 116                 <xs:choice>
      117                     <xs:sequence>
      118                         <xs:element ref="shared:day_of_new_tumor_event_after_initial_treatment" />
      119                         <xs:element ref="shared:month_of_new_tumor_event_after_initial_treatment" />
      120                         <xs:element ref="shared:year_of_new_tumor_event_after_initial_treatment" />
      121                     </xs:sequence>
 
    -+ 123                     <xs:element ref="shared:days_to_new_tumor_event_after_initial_treatment" />
      124                 </xs:choice>
 
    -+ 126                 <xs:element ref="shared:additional_surgery_locoregional_procedure" />
 
    -+ 128                 <xs:choice>
      129                     <xs:sequence>
      130                         <xs:element ref="shared:day_of_additional_surgery_metastatic_procedure" />
      131                         <xs:element ref="shared:month_of_additional_surgery_metastatic_procedure" />
      132                         <xs:element ref="shared:year_of_additional_surgery_metastatic_procedure" />
      133                     </xs:sequence>
 
    -+ 135                     <xs:element ref="shared:days_to_additional_surgery_metastatic_procedure" />
      136                 </xs:choice>
 
    -+ 138                 <xs:element ref="shared:additional_radiation_therapy" />
 
    -+ 141                 <xs:element ref="shared:bcr_patient_barcode" />
      142                 <xs:element ref="shared:tissue_source_site" />
      143                 <xs:element ref="shared:patient_id" />
      144                 <xs:element ref="shared:bcr_patient_uuid" />
      145                 <xs:element ref="shared:informed_consent_verified" />
      146                 <xs:element ref="shared:icd_o_3_site" />
      147                 <xs:element ref="shared:icd_o_3_histology" />
      148                 <xs:element ref="shared:icd_10" />
 
    -+ 150                 <xs:element ref="tissue_prospective_collection_indicator" />
      151                 <xs:element ref="tissue_retrospective_collection_indicator" />
      152                 <xs:element ref="person_occupation_description_text" />
      153                 <xs:element ref="occupation_primary_job" />
      154                 <xs:element ref="chemical_exposure_text" />
      155                 <xs:element ref="person_primary_industry_text" />
      156                 <xs:element ref="person_occupation_years_number" />
      157                 <xs:element ref="patient_smoking_history_category" />
      158                 <xs:element ref="age_began_smoking_in_years" />
      159                 <xs:element ref="stopped_smoking_year" />
      160                 <xs:element ref="person_cigarette_smoking_history_pack_year_value" />
      161                 <xs:element ref="blood_relative_cancer_history_list" />
      162                 <xs:element ref="tumor_histologic_subtype_type" />
      163                 <xs:element ref="specimen_histologic_type_type_histologictype" />
      164                 <xs:element ref="bladder_tumor_histologic_who_2004_grade" />
      165                 <xs:element ref="anatomic_site_location_descriptor" />
 
165                 <xs:element ref="shared:primary_lymph_node_presentation_assessment"> +-    
166                     <xs:annotation>      
167                         <xs:documentation xml:lang="en">      
168                             This item was first introduced in version 2.04 of the TCGA Clinical Data Form      
169                         </xs:documentation>      
170                     </xs:annotation>      
171                 </xs:element>      
 
173                 <xs:element ref="shared:lymph_node_examined_count" /> <> 168                 <xs:element ref="lymph_node_examined_count" />   
174                 <xs:element ref="shared:number_of_lymphnodes_positive_by_he" />   169                 <xs:element ref="positive_finding_lymph_node_hematoxylin_and_eosin_staining_microscopy_count" /> 
 
177                 <xs:element ref="shared:lymphovascular_invasion_present" /> <> 172                 <xs:element ref="tumor_lymphovascular_invasion_ind" />
 
179                 <xs:element ref="shared:ajcc_cancer_staging_handbook_edition" minOccurs="0" maxOccurs="1"> <> 173                 <xs:element ref="shared:ajcc_cancer_staging_handbook_edition" minOccurs="0" maxOccurs="1" />
180                     <xs:annotation>      
181                         <xs:documentation xml:lang="en">      
182                             This item was first introduced in version 2.04 of the TCGA Clinical Data Form      
183                         </xs:documentation>      
184                     </xs:annotation>      
185                 </xs:element>      
 
188                 <xs:element ref="shared:ajcc_tumor_stage_code" /> <> 175                 <xs:element ref="bladder_carcinoma_pathologic_t_stage" />
189                 <xs:element ref="shared:ajcc_neoplasm_disease_lymph_node_stage" />   176                 <xs:element ref="bladder_carcinoma_pathologic_n_stage" />
190                 <xs:element ref="shared:ajcc_cancer_metastasis_stage_code" />   177                 <xs:element ref="bladder_carcinoma_pathologic_m_stage" />
191                 <xs:element ref="malignant_neoplasm_metastatic_involvement_sites" />   178                 <xs:element ref="bladder_malignant_neoplasm_metastatic_involvement_sites" />
192                 <xs:element ref="other_metastatic_involvement_anatomic_site" />   179                 <xs:element ref="bladder_carcinoma_other_metastatic_involvement_anatomic_site_text" />
193                 <xs:element ref="shared:ajcc_neoplasm_disease_stage" />   180                 <xs:element ref="bladder_carcinoma_clinical_stage" />
 
197                 <xs:element ref="shared:karnofsky_performance_score" /> <> 184                 <xs:element ref="karnofsky_performance_status_score" />
198                 <xs:element ref="shared:eastern_cancer_oncology_group" />   185                 <xs:element ref="performance_status_assessment_eastern_cooperative_oncology_group_scale" />
 
200                 <xs:element ref="follow_ups" /> <>    
201                 <xs:element ref="rx:drugs" />      
202                 <xs:element ref="rad:radiations" />   186                 <xs:element ref="primary_therapy_outcome_success_type" />  
203                 <xs:element ref="clinical_cqcf" />      
204             </xs:sequence>      
205         </xs:complexType>      
206     </xs:element>      
 
208         <xs:element name="follow_ups"> <> 187                 <xs:element ref="new_neoplasm_event_type" />
209         <xs:annotation>      
210             <xs:documentation xml:lang="en">      
211                 We are using namespaces and version numbers to distinguish one version of followup from another.      
212             </xs:documentation>      
213         </xs:annotation>      
214         <xs:complexType>      
215             <xs:sequence>      
216                 <xs:element ref="follow_up_v2.0:follow_up_v2.0" minOccurs="0" maxOccurs="unbounded" />   188                 <xs:element ref="new_neoplasm_event_occurrence_anatomic_site" />   
217             </xs:sequence>      
218         </xs:complexType>      
219     </xs:element>      
 
221         <xs:element name="clinical_cqcf"> <>    
222         <xs:complexType>      
223             <xs:sequence>      
224                 <xs:element ref="shared:anatomic_organ_subdivision"/>   189                 <xs:element ref="new_neoplasm_occurrence_anatomic_site_text" />
225                 <xs:element ref="cqcf:consent_or_death_status"/>   190                 <xs:element ref="additional_treatment_completion_success_outcome_type" />
 
228                     <xs:choice> +-    
 
230                             <xs:element ref="cqcf:day_of_consent"/> <> 194                         <xs:element ref="shared:day_of_form_completion" />
231                             <xs:element ref="cqcf:month_of_consent"/>   195                         <xs:element ref="shared:month_of_form_completion" />
232                             <xs:element ref="cqcf:year_of_consent"/>   196                         <xs:element ref="shared:year_of_form_completion" />
 
235                         <xs:element ref="cqcf:days_to_consent"/> +-    
236                     </xs:choice>      
 
238                     <xs:choice> <>    
239                         <xs:sequence>      
240                             <xs:element ref="shared:day_of_death"/>      
241                             <xs:element ref="shared:month_of_death"/>   199                     <xs:element ref="shared:days_to_form_completion" />
242                             <xs:element ref="shared:year_of_death"/>      
243                         </xs:sequence>      
 
245                         <xs:element ref="shared:days_to_death"/> +-    
246                     </xs:choice>      
 
249                 <xs:element ref="cqcf:diagnosis_subtype"/> <> 202                 <xs:element ref="rx:drugs" />
250                 <xs:element ref="shared:prior_diagnosis"/>   203                 <xs:element ref="rad:radiations" />
251                 <xs:element ref="cqcf:history_of_neoadjuvant_treatment"/>      
252                 <xs:element ref="cqcf:normal_tissue_anatomic_site"/>      
253                 <xs:element ref="cqcf:normal_tissue_proximity"/>      
254                 <xs:element ref="cqcf:tumor_focality"/>      
255                 <xs:element ref="cqcf:tumor_type"/>      
256                                 <xs:element ref="cqcf:other_diagnosis"/>      
257                 <xs:element ref="cqcf:histological_subtype" minOccurs="0"/>      
258                 <xs:element ref="cqcf:other_anatomic_site" minOccurs="0"/>      
259                 <xs:element ref="cqcf:country"/>      
 
345                 <xs:extension base="utility:number_or_null"> <> 289                 <xs:extension base="xs:decimal">
 
355     <xs:element name="tobacco_smoking_history_indicator" nillable="true"> <> 299     <xs:element name="patient_smoking_history_category" nillable="true">
 
375                 <xs:extension base="utility:number_or_null"> <> 319                 <xs:extension base="xs:decimal">
 
    -+ 329     <xs:element name="stopped_smoking_year" nillable="true">
      330         <xs:complexType>
      331             <xs:simpleContent>
      332                 <xs:extension base="xs:decimal">
      333                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      334                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2228610" />
      335                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />
      336                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      337                 </xs:extension>
      338             </xs:simpleContent>
      339         </xs:complexType>
      340     </xs:element>
 
    -+ 342     <xs:element name="person_cigarette_smoking_history_pack_year_value" nillable="true">
      343         <xs:complexType>
      344             <xs:simpleContent>
      345                 <xs:extension base="xs:decimal">
      346                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      347                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2955385" />
      348                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />
      349                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      350                 </xs:extension>
      351             </xs:simpleContent>
      352         </xs:complexType>
      353     </xs:element>
 
407                     <xs:enumeration value="Brother" /> <> 377                     <xs:enumeration value="Mother" />
408                     <xs:enumeration value="Child" />      
 
410                     <xs:enumeration value="Grandfather" /> +-    
 
    <> 380                     <xs:enumeration value="Grandfather" />
412                     <xs:enumeration value="Mother" />   381                     <xs:enumeration value="Brother" />
 
    -+ 383                     <xs:enumeration value="Child" />
 
    -+ 399                     <xs:enumeration value="CNS" />
      400                     <xs:enumeration value="CNS-Glioblastoma" />
      401                     <xs:enumeration value="CNS-Medulloblastoma" />
 
    -+ 404                     <xs:enumeration value="Breast-LCIS" />
      405                     <xs:enumeration value="Breast-DCIS" />
 
    <> 408                     <xs:enumeration value="Cervix-Squamous Cell Carcinoma" />
433                     <xs:enumeration value="CNS" />   409                     <xs:enumeration value="Cervix-Adenocarcinoma" />
 
442                     <xs:enumeration value="Head/Face/Neck" /> <> 418                     <xs:enumeration value="HeadFaceNeck" />
 
    -+ 423                     <xs:enumeration value="Leukemia-acute lymphocytic leukemia" />
      424                     <xs:enumeration value="Leukemia-acute monocytic leukemia" />
      425                     <xs:enumeration value="Leukemia-chronic lymphocytic leukemia" />
      426                     <xs:enumeration value="Leukemia-chronic monocytic leukemia" />
      427                     <xs:enumeration value="Leukemia-hairy cell leukemia" />
 
    -+ 439                     <xs:enumeration value="Ovary-Germ Cell" />
      440                     <xs:enumeration value="Ovary-Epithelial" />
      441                     <xs:enumeration value="Ovary-Stromal" />
 
465                     <xs:enumeration value="Skin-Basal Cell Carcinoma" /> <> 449                     <xs:enumeration value="Sarcoma-Ewings" />
      450                     <xs:enumeration value="Sarcoma-Osteo" />
      451                     <xs:enumeration value="Skin-NOS" />
 
    -+ 453                     <xs:enumeration value="Skin-Basal Cell Carcinoma" />
 
    -+ 457                     <xs:enumeration value="Thyroid-Follicular" />
      458                     <xs:enumeration value="Thyroid-Medullary" />
      459                     <xs:enumeration value="Thyroid-Papillary" />
 
    -+ 461                     <xs:enumeration value="Uterine-Papillary" />
      462                     <xs:enumeration value="Uterine-Serous" />
      463                     <xs:enumeration value="Uterine-PapillarySerous" />
 
    -+ 475     <xs:element name="tumor_histologic_subtype_type" nillable="true">
      476         <xs:complexType mixed="true">
      477             <xs:simpleContent>
      478                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      479                     <xs:enumeration value="" />
      480                     <xs:enumeration value="Papillary renal cell carcinoma" />
      481                     <xs:enumeration value="Squamous cell carcinoma" />
      482                     <xs:enumeration value="Adenocarcinoma" />
      483                     <xs:enumeration value="Cystadenocarcinoma" />
      484                     <xs:enumeration value="Glioblastoma multiforme" />
      485                     <xs:enumeration value="Mixed Histology" />
      486                     <xs:enumeration value="Infiltrating Lobular" />
      487                     <xs:enumeration value="Infiltrating Carcinoma NOS" />
      488                     <xs:enumeration value="Muscle invasive urothelial carcinoma" />
      489                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2831122" />
      490                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />
      491                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      492                 </xs:restriction>
      493             </xs:simpleContent>
      494         </xs:complexType>
      495     </xs:element>
 
482     <xs:element name="diagnosis_subtype" nillable="true"> <> 497     <xs:element name="specimen_histologic_type_type_histologictype" nillable="true">
 
487                     <xs:enumeration value="Non-Papillary" /> +-    
 
    -+ 503                     <xs:enumeration value="Non-Papillary" />
 
504                     <xs:enumeration value="Papilloma" /> +-    
 
    -+ 520                     <xs:enumeration value="Papilloma" />
 
    -+ 524                 </xs:restriction>
      525             </xs:simpleContent>
      526         </xs:complexType>
      527     </xs:element>
 
    -+ 529     <xs:element name="anatomic_site_location_descriptor" nillable="true">
      530         <xs:complexType mixed="true">
      531             <xs:simpleContent>
      532                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      533                     <xs:enumeration value="" />
      534                     <xs:enumeration value="Bladder, NOS" />
      535                     <xs:enumeration value="Wall, Lateral" />
      536                     <xs:enumeration value="Wall, Anterior" />
      537                     <xs:enumeration value="Wall, NOS" />
      538                     <xs:enumeration value="Wall, Posterior" />
      539                     <xs:enumeration value="Trigone" />
      540                     <xs:enumeration value="Neck" />
      541                     <xs:enumeration value="Dome" />
      542                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2008006" />
      543                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />
      544                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
 
    -+ 558                 </xs:extension>
      559             </xs:simpleContent>
      560         </xs:complexType>
      561     </xs:element>
 
    -+ 563     <xs:element name="lymph_node_examined_count" nillable="true">
      564         <xs:complexType>
      565             <xs:simpleContent>
      566                 <xs:extension base="xs:integer">
      567                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      568                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3" />
      569                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />
      570                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      571                 </xs:extension>
      572             </xs:simpleContent>
      573         </xs:complexType>
      574     </xs:element>
 
    -+ 576     <xs:element name="positive_finding_lymph_node_hematoxylin_and_eosin_staining_microscopy_count" nillable="true">
      577         <xs:complexType>
      578             <xs:simpleContent>
      579                 <xs:extension base="xs:integer">
      580                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      581                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3086388" />
      582                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />
      583                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
 
    -+ 607                     <xs:enumeration value="Unknown" />
 
547                     <xs:enumeration value="Unknown" /> +-    
 
    -+ 614             </xs:simpleContent>
      615         </xs:complexType>
      616     </xs:element>
 
    -+ 618     <xs:element name="tumor_lymphovascular_invasion_ind" nillable="true">
      619         <xs:complexType mixed="true">
      620             <xs:simpleContent>
      621                 <xs:extension base="utility:yes_or_no">
      622                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      623                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="64727" />
      624                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />
      625                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      626                 </xs:extension>
 
561                     <xs:enumeration value="cT0" /> <> 636                     <xs:enumeration value="cT4" />
562                     <xs:enumeration value="cT1" />   637                     <xs:enumeration value="T4b" />
563                     <xs:enumeration value="cT2" />   638                     <xs:enumeration value="pT3b" />
      639                     <xs:enumeration value="pT3a" />
 
    <> 641                     <xs:enumeration value="pT2b" />
      642                     <xs:enumeration value="pT2a" />
565                     <xs:enumeration value="cT4" />   643                     <xs:enumeration value="cT2" />
566                     <xs:enumeration value="cT4a" />   644                     <xs:enumeration value="cT1" />
      645                     <xs:enumeration value="cTis" />
 
568                     <xs:enumeration value="cTis" /> <> 647                     <xs:enumeration value="cT0" />
 
570                     <xs:enumeration value="pT2a" /> <>    
571                     <xs:enumeration value="pT2b" />      
572                     <xs:enumeration value="pT3a" />      
573                     <xs:enumeration value="pT3b" />      
574                     <xs:enumeration value="T4b" />   649                     <xs:enumeration value="cT4a" />
 
    -+ 658     <xs:element name="bladder_carcinoma_pathologic_t_stage" nillable="true">
      659         <xs:annotation><xs:documentation>
      660             The following enumerated values have been DEPRECATED and will be removed in veresion 2.5 of the XSDs.
 
    -+ 662             pT0, pT1, pT2, pT3, pT4, pTa, pTis, pTX, pT2a, pT2b, pT3a, pT3b, T4b, pT4a
 
    -+ 664         </xs:documentation></xs:annotation>
      665         <xs:complexType mixed="true">
      666             <xs:simpleContent>
      667                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      668                     <xs:enumeration value="" />
      669                     <xs:enumeration value="TX" />
      670                     <xs:enumeration value="T0" />
      671                     <xs:enumeration value="Tis" />
      672                     <xs:enumeration value="Tis (DCIS)" />
      673                     <xs:enumeration value="Tis (LCIS)" />
      674                     <xs:enumeration value="Tis (Paget's)" />
      675                     <xs:enumeration value="T1mi" />
      676                     <xs:enumeration value="T1" />
      677                     <xs:enumeration value="T1a" />
      678                     <xs:enumeration value="T1b" />
      679                     <xs:enumeration value="T1c" />
      680                     <xs:enumeration value="T2" />
      681                     <xs:enumeration value="T2a" />
      682                     <xs:enumeration value="T2b" />
      683                     <xs:enumeration value="T2c" />
      684                     <xs:enumeration value="Ta" />
      685                     <xs:enumeration value="T3" />
      686                     <xs:enumeration value="T3a" />
      687                     <xs:enumeration value="T3b" />
      688                     <xs:enumeration value="T3c" />
      689                     <xs:enumeration value="T4" />
      690                     <xs:enumeration value="T4a" />
      691                     <xs:enumeration value="T4b" />
      692                     <xs:enumeration value="T4c" />
      693                     <xs:enumeration value="T4d" />
      694                     <xs:enumeration value="pT0" />
      695                     <xs:enumeration value="pT1" />
      696                     <xs:enumeration value="pT2" />
      697                     <xs:enumeration value="pT3" />
      698                     <xs:enumeration value="pT4" />
      699                     <xs:enumeration value="pTa" />
      700                     <xs:enumeration value="pTis" />
      701                     <xs:enumeration value="pTX" />
      702                     <xs:enumeration value="pT2a" />
      703                     <xs:enumeration value="pT2b" />
      704                     <xs:enumeration value="pT3a" />
      705                     <xs:enumeration value="pT3b" />
      706                     <xs:enumeration value="T4b" />
      707                     <xs:enumeration value="pT4a" />
      708                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3045435" />
      709                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.4.1" />
      710                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      711                 </xs:restriction>
      712             </xs:simpleContent>
      713         </xs:complexType>
      714     </xs:element>
 
    -+ 716     <xs:element name="bladder_carcinoma_pathologic_n_stage" nillable="true">
      717         <xs:annotation><xs:documentation>
      718             The following enumerated values have been DEPRECATED and will be removed in veresion 2.5 of the XSDs.
 
    -+ 720             pN3, pN2, pN1, pN0, pNX
 
    -+ 722         </xs:documentation></xs:annotation>
      723         <xs:complexType mixed="true">
      724             <xs:simpleContent>
      725                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      726                     <xs:enumeration value="" />
      727                     <xs:enumeration value="NX" />
      728                     <xs:enumeration value="N0" />
      729                     <xs:enumeration value="N0 (i-)" />
      730                     <xs:enumeration value="N0 (i+)" />
      731                     <xs:enumeration value="N0 (mol-)" />
      732                     <xs:enumeration value="N0 (mol+)" />
      733                     <xs:enumeration value="N1" />
      734                     <xs:enumeration value="N1mi" />
      735                     <xs:enumeration value="N1a" />
      736                     <xs:enumeration value="N1b" />
      737                     <xs:enumeration value="N1bI" />
      738                     <xs:enumeration value="N1bII" />
      739                     <xs:enumeration value="N1bIII" />
      740                     <xs:enumeration value="N1bIV" />
      741                     <xs:enumeration value="N1c" />
      742                     <xs:enumeration value="N2" />
      743                     <xs:enumeration value="N2a" />
      744                     <xs:enumeration value="N2b" />
      745                     <xs:enumeration value="N3" />
      746                     <xs:enumeration value="N3a" />
      747                     <xs:enumeration value="N3b" />
      748                     <xs:enumeration value="N3c" />
      749                     <xs:enumeration value="N4" />
      750                     <xs:enumeration value="pN3" />
      751                     <xs:enumeration value="pN2" />
      752                     <xs:enumeration value="pN1" />
      753                     <xs:enumeration value="pN0" />
      754                     <xs:enumeration value="pNX" />
      755                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3203106" />
      756                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.4.1" />
      757                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      758                 </xs:restriction>
      759             </xs:simpleContent>
      760         </xs:complexType>
      761     </xs:element>
 
    -+ 763     <xs:element name="bladder_carcinoma_pathologic_m_stage" nillable="true">
      764         <xs:complexType mixed="true">
      765             <xs:simpleContent>
      766                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      767                     <xs:enumeration value="" />
      768                     <xs:enumeration value="MX" />
      769                     <xs:enumeration value="M0" />
      770                     <xs:enumeration value="M1" />
      771                     <xs:enumeration value="M1a" />
      772                     <xs:enumeration value="M1b" />
      773                     <xs:enumeration value="M1c" />
      774                     <xs:enumeration value="cM0 (i+)" />
      775                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3045439" />
      776                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.4.1" />
      777                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      778                 </xs:restriction>
      779             </xs:simpleContent>
      780         </xs:complexType>
      781     </xs:element>
 
583     <xs:element name="malignant_neoplasm_metastatic_involvement_sites"> <> 783     <xs:element name="bladder_malignant_neoplasm_metastatic_involvement_sites">
 
586             <xs:element ref="malignant_neoplasm_metastatic_involvement_site" minOccurs="0" maxOccurs="unbounded" /> <> 786             <xs:element ref="bladder_malignant_neoplasm_metastatic_involvement_site" minOccurs="0" maxOccurs="unbounded" />
 
591     <xs:element name="malignant_neoplasm_metastatic_involvement_site" nillable="true"> <> 791     <xs:element name="bladder_malignant_neoplasm_metastatic_involvement_site" nillable="true">
 
    -+ 796                     <xs:enumeration value="Nodal/soft tissue" />
      797                     <xs:enumeration value="Spleen" />
 
    -+ 799                     <xs:enumeration value="Lung/pleura" />
 
602                     <xs:enumeration value="Liver" /> +-    
603                     <xs:enumeration value="Lung" />      
604                     <xs:enumeration value="Lung/pleura" />      
605                     <xs:enumeration value="Lymph node only" />      
606                     <xs:enumeration value="Nodal/soft tissue" />      
 
611                     <xs:enumeration value="Spleen" /> <> 809                     <xs:enumeration value="Lung" />
      810                     <xs:enumeration value="Liver" />
      811                     <xs:enumeration value="Lymph node only" />
 
620     <xs:element name="other_metastatic_involvement_anatomic_site" nillable="true"> <> 820     <xs:element name="bladder_carcinoma_other_metastatic_involvement_anatomic_site_text" nillable="true">
 
    -+ 833     <xs:element name="bladder_carcinoma_clinical_stage" nillable="true">
      834         <xs:annotation><xs:documentation>
      835             The following enumerated values have been DEPRECATED and will be removed in veresion 2.5 of the XSDs.
 
    -+ 837             Stage Unknown
 
    -+ 839         </xs:documentation></xs:annotation>
      840         <xs:complexType mixed="true">
      841             <xs:simpleContent>
      842                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      843                     <xs:enumeration value="" />
      844                     <xs:enumeration value="Stage X" />
      845                     <xs:enumeration value="Stage Tis" />
      846                     <xs:enumeration value="Stage 0" />
      847                     <xs:enumeration value="Stage I" />
      848                     <xs:enumeration value="Stage IA" />
      849                     <xs:enumeration value="Stage IB" />
      850                     <xs:enumeration value="Stage II" />
      851                     <xs:enumeration value="Stage IIA" />
      852                     <xs:enumeration value="Stage IIB" />
      853                     <xs:enumeration value="Stage IIC" />
      854                     <xs:enumeration value="Stage III" />
      855                     <xs:enumeration value="Stage IIIA" />
      856                     <xs:enumeration value="Stage IIIB" />
      857                     <xs:enumeration value="Stage IIIC" />
      858                     <xs:enumeration value="Stage IV" />
      859                     <xs:enumeration value="Stage IVA" />
      860                     <xs:enumeration value="Stage IVB" />
      861                     <xs:enumeration value="Stage IIA Cervix" />
      862                     <xs:enumeration value="Stage II Cervix" />
      863                     <xs:enumeration value="Stage IB2" />
      864                     <xs:enumeration value="Stage IB1" />
      865                     <xs:enumeration value="Stage IB Cervix" />
      866                     <xs:enumeration value="Stage IA2" />
      867                     <xs:enumeration value="Stage IA1" />
      868                     <xs:enumeration value="Stage IVC" />
      869                     <xs:enumeration value="Stage 0is" />
      870                     <xs:enumeration value="Stage 0a" />
      871                     <xs:enumeration value="Stage Unknown" />
      872                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3203222" />
      873                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.4.1" />
      874                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      875                 </xs:restriction>
      876             </xs:simpleContent>
      877         </xs:complexType>
      878     </xs:element>
 
647         <xs:annotation> +-    
648             <xs:documentation>      
649                 The following enumerated values have been DEPRECATED.      
 
651                 pT1, pT1a, pT1b, pT1c +-    
652             </xs:documentation>      
653         </xs:annotation>      
 
658                     <xs:enumeration value="pT0" /> <> 898                     <xs:enumeration value="pT4" />
659                     <xs:enumeration value="pT2" />   899                     <xs:enumeration value="pT3b" />
660                     <xs:enumeration value="pT2a" />   900                     <xs:enumeration value="pT3a" />
661                     <xs:enumeration value="pT2b" />   901                     <xs:enumeration value="pT3" />
 
663                     <xs:enumeration value="pT3" /> <> 903                     <xs:enumeration value="pT2b" />
664                     <xs:enumeration value="pT3a" />   904                     <xs:enumeration value="pT2a" />
665                     <xs:enumeration value="pT3b" />   905                     <xs:enumeration value="pT2" />
666                     <xs:enumeration value="pT4" />   906                     <xs:enumeration value="pT0" />
 
    -+ 908                     <xs:enumeration value="pT1" />
      909                     <xs:enumeration value="pT1a" />
      910                     <xs:enumeration value="pT1b" />
      911                     <xs:enumeration value="pT1c" />
 
    -+ 942     <xs:element name="karnofsky_performance_status_score" nillable="true">
      943         <xs:complexType mixed="true">
      944             <xs:simpleContent>
      945                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      946                     <xs:enumeration value="" />
      947                     <xs:enumeration value="100" />
      948                     <xs:enumeration value="90" />
      949                     <xs:enumeration value="80" />
      950                     <xs:enumeration value="70" />
      951                     <xs:enumeration value="60" />
      952                     <xs:enumeration value="50" />
      953                     <xs:enumeration value="40" />
      954                     <xs:enumeration value="30" />
      955                     <xs:enumeration value="20" />
      956                     <xs:enumeration value="10" />
      957                     <xs:enumeration value="0" />
      958                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2003853" />
      959                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />
      960                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      961                 </xs:restriction>
      962             </xs:simpleContent>
      963         </xs:complexType>
      964     </xs:element>
 
    -+ 966     <xs:element name="performance_status_assessment_eastern_cooperative_oncology_group_scale" nillable="true">
      967         <xs:complexType mixed="true">
      968             <xs:simpleContent>
      969                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      970                     <xs:enumeration value="" />
      971                     <xs:enumeration value="0" />
      972                     <xs:enumeration value="1" />
      973                     <xs:enumeration value="2" />
      974                     <xs:enumeration value="3" />
      975                     <xs:enumeration value="4" />
      976                     <xs:enumeration value="5" />
      977                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="88" />
      978                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />
      979                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      980                 </xs:restriction>
      981             </xs:simpleContent>
      982         </xs:complexType>
      983     </xs:element>
 
    -+ 985     <xs:element name="primary_therapy_outcome_success_type" nillable="true">
      986         <xs:complexType mixed="true">
      987             <xs:simpleContent>
      988                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      989                     <xs:enumeration value="" />
      990                     <xs:enumeration value="Progressive Disease" />
      991                     <xs:enumeration value="Stable Disease" />
      992                     <xs:enumeration value="Partial Response" />
      993                     <xs:enumeration value="Complete Remission/Response" />
      994                     <xs:enumeration value="Not Applicable" />
      995                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2786727" />
      996                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />
      997                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      998                 </xs:restriction>
      999             </xs:simpleContent>
      1000         </xs:complexType>
      1001     </xs:element>
 
    -+ 1003     <xs:element name="new_neoplasm_event_type" nillable="true">
      1004         <xs:complexType mixed="true">
      1005             <xs:simpleContent>
      1006                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      1007                     <xs:enumeration value="" />
      1008                     <xs:enumeration value="Locoregional Disease" />
      1009                     <xs:enumeration value="New Primary Tumor" />
      1010                     <xs:enumeration value="Metastatic" />
      1011                     <xs:enumeration value="Not Applicable" />
      1012                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3119721" />
      1013                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />
      1014                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      1015                 </xs:restriction>
      1016             </xs:simpleContent>
      1017         </xs:complexType>
      1018     </xs:element>
 
    -+ 1020     <xs:element name="new_neoplasm_event_occurrence_anatomic_site" nillable="true">
      1021         <xs:complexType mixed="true">
      1022             <xs:simpleContent>
      1023                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      1024                     <xs:enumeration value="" />
      1025                     <xs:enumeration value="Renal Pelvis" />
      1026                     <xs:enumeration value="Ureter" />
      1027                     <xs:enumeration value="Lung" />
      1028                     <xs:enumeration value="Urethra" />
      1029                     <xs:enumeration value="Lymph Node Only" />
      1030                     <xs:enumeration value="Other, specify" />
      1031                     <xs:enumeration value="Liver" />
      1032                     <xs:enumeration value="Bone" />
      1033                     <xs:enumeration value="Bladder" />
      1034                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3108271" />
      1035                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />
      1036                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      1037                 </xs:restriction>
      1038             </xs:simpleContent>
      1039         </xs:complexType>
      1040     </xs:element>
 
    -+ 1042     <xs:element name="new_neoplasm_occurrence_anatomic_site_text" nillable="true">
      1043         <xs:complexType>
      1044             <xs:simpleContent>
      1045                 <xs:extension base="xs:string">
      1046                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      1047                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3128033" />
      1048                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />
      1049                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      1050                 </xs:extension>
      1051             </xs:simpleContent>
      1052         </xs:complexType>
      1053     </xs:element>
 
    -+ 1055     <xs:element name="additional_treatment_completion_success_outcome_type" nillable="true">
      1056         <xs:complexType mixed="true">
      1057             <xs:simpleContent>
      1058                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      1059                     <xs:enumeration value="" />
      1060                     <xs:enumeration value="Progressive Disease" />
      1061                     <xs:enumeration value="Stable Disease" />
      1062                     <xs:enumeration value="Partial Response" />
      1063                     <xs:enumeration value="Complete Response" />
      1064                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3033278" />
      1065                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />
      1066                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      1067                 </xs:restriction>
      1068             </xs:simpleContent>
      1069         </xs:complexType>
      1070     </xs:element>

   
File: TCGA_BCR.BLCA_Clinical_FollowUp_v2.0.xsd  
1 <?xml version="1.0" encoding="utf-8" ?> +-    
 
4 <xs:schema elementFormDefault="qualified" version="2.5.0" +-    
5   xmlns:xs="http://www.w3.org/2001/XMLSchema"      
6   xmlns:shared="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5"      
7   xmlns:blca_shared="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/blca/shared/2.5"      
8   xmlns="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/blca/followup/2.5/2.0"      
9   targetNamespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/blca/followup/2.5/2.0"      
10   xmlns:jaxb="http://java.sun.com/xml/ns/jaxb" jaxb:version="1.0" >      
 
12     <xs:annotation> +-    
13         <xs:appinfo>      
14             <jaxb:globalBindings generateIsSetMethod="true" />      
 
16             <jaxb:schemaBindings> +-    
17                 <jaxb:package name="nci.tcga.bcr.xml.jaxb.clinical.blca" />      
18             </jaxb:schemaBindings>      
19         </xs:appinfo>      
20     </xs:annotation>      
 
22     <xs:annotation> +-    
23         <xs:documentation xml:lang="en">Schema to define the elements of the TCGA Clinical Data Follow-up Form within the BLCA study.</xs:documentation>      
24     </xs:annotation>      
 
26     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5/TCGA_BCR.Shared_Clinical_Elements.xsd" /> +-    
27     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/blca/shared/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/blca/shared/2.5/TCGA_BCR.BLCA_Clinical_Shared_Datatypes.xsd" />      
 
29     <xs:element name="follow_up_v2.0"> +-    
30         <xs:complexType>      
31             <xs:sequence>      
32                 <xs:element ref="shared:bcr_patient_barcode" />      
33                 <xs:element ref="shared:bcr_patient_uuid" />      
 
35                 <xs:choice> +-    
36                     <xs:sequence>      
37                         <xs:element ref="shared:day_of_form_completion" />      
38                         <xs:element ref="shared:month_of_form_completion" />      
39                         <xs:element ref="shared:year_of_form_completion" />      
40                     </xs:sequence>      
 
42                     <xs:element ref="shared:days_to_form_completion" /> +-    
43                 </xs:choice>      
 
45                 <xs:element ref="shared:followup_case_report_form_submission_reason" /> +-    
46                 <xs:element ref="shared:radiation_therapy" />      
47                 <xs:element ref="shared:targeted_molecular_therapy" />      
48                 <xs:element ref="shared:vital_status" />      
 
50                 <xs:choice> +-    
51                     <xs:sequence>      
52                         <xs:element ref="shared:day_of_last_followup" />      
53                         <xs:element ref="shared:month_of_last_followup" />      
54                         <xs:element ref="shared:year_of_last_followup" />      
55                     </xs:sequence>      
 
57                     <xs:element ref="shared:days_to_last_followup" /> +-    
58                 </xs:choice>      
 
60                 <xs:choice> +-    
61                     <xs:sequence>      
62                         <xs:element ref="shared:day_of_death" />      
63                         <xs:element ref="shared:month_of_death" />      
64                         <xs:element ref="shared:year_of_death" />      
65                     </xs:sequence>      
 
67                     <xs:element ref="shared:days_to_death" /> +-    
68                 </xs:choice>      
 
70                 <xs:element ref="shared:person_neoplasm_cancer_status" /> +-    
71                 <xs:element ref="blca_shared:primary_therapy_outcome_success" />      
72                 <xs:element ref="blca_shared:additional_treatment_completion_success_outcome" />      
73                 <xs:element ref="shared:new_tumor_event_after_initial_treatment" />      
 
75                 <xs:choice> +-    
76                     <xs:sequence>      
77                         <xs:element ref="shared:day_of_new_tumor_event_after_initial_treatment" />      
78                         <xs:element ref="shared:month_of_new_tumor_event_after_initial_treatment" />      
79                         <xs:element ref="shared:year_of_new_tumor_event_after_initial_treatment" />      
80                     </xs:sequence>      
 
82                     <xs:element ref="shared:days_to_new_tumor_event_after_initial_treatment" /> +-    
83                 </xs:choice>      
 
85                 <xs:element ref="shared:new_neoplasm_event_type" /> +-    
86                 <xs:element ref="blca_shared:new_neoplasm_event_occurrence_anatomic_site" />      
87                 <xs:element ref="blca_shared:new_neoplasm_occurrence_anatomic_site_text" />      
88                 <xs:element ref="shared:additional_surgery_locoregional_procedure" />      
 
90                 <xs:choice> +-    
91                     <xs:sequence>      
92                         <xs:element ref="shared:day_of_additional_surgery_metastatic_procedure" />      
93                         <xs:element ref="shared:month_of_additional_surgery_metastatic_procedure" />      
94                         <xs:element ref="shared:year_of_additional_surgery_metastatic_procedure" />      
95                     </xs:sequence>      
 
97                     <xs:element ref="shared:days_to_additional_surgery_metastatic_procedure" /> +-    
98                 </xs:choice>      
 
100                 <xs:element ref="shared:additional_radiation_therapy" /> +-    
101                 <xs:element ref="shared:additional_pharmaceutical_therapy" />      
102             </xs:sequence>      
 
104             <xs:attribute name="version" type="xs:string" default="2.0" use="optional"/> +-    
105         </xs:complexType>      
106     </xs:element>      
107 </xs:schema>      

   
File: TCGA_BCR.BLCA_Clinical_Shared_Datatypes.xsd  
1 <?xml version="1.0" encoding="utf-8" ?> +-    
 
4 <xs:schema elementFormDefault="qualified" version="2.5.0" +-    
5   xmlns:xs="http://www.w3.org/2001/XMLSchema"      
6   xmlns:utility="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5"      
7   xmlns="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/blca/shared/2.5"      
8   targetNamespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/blca/shared/2.5">      
 
10     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5/TCGA_BCR.Utility.xsd" /> +-    
 
12     <xs:element name="primary_therapy_outcome_success" nillable="true"> +-    
13         <xs:complexType>      
14             <xs:simpleContent>      
15                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
16                     <xs:enumeration value="" />      
17                     <xs:enumeration value="Complete Remission/Response" />      
18                     <xs:enumeration value="Not Applicable" />      
19                     <xs:enumeration value="Partial Remission/Response" />      
20                     <xs:enumeration value="Persistent Disease" />      
21                     <xs:enumeration value="Progressive Disease" />      
22                     <xs:enumeration value="Stable Disease" />      
23                     <xs:enumeration value="Unknown" />      
24                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2786727" />      
25                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5" />      
26                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />      
27                 </xs:restriction>      
28             </xs:simpleContent>      
29         </xs:complexType>      
30     </xs:element>      
 
32     <xs:element name="additional_treatment_completion_success_outcome" nillable="true"> +-    
33         <xs:complexType mixed="true">      
34             <xs:simpleContent>      
35                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
36                     <xs:enumeration value="" />      
37                     <xs:enumeration value="Complete Response" />      
38                     <xs:enumeration value="Not Applicable" />      
39                     <xs:enumeration value="Partial Response" />      
40                     <xs:enumeration value="Persistent Disease" />      
41                     <xs:enumeration value="Progressive Disease" />      
42                     <xs:enumeration value="Stable Disease" />      
43                     <xs:enumeration value="Unknown" />      
44                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3033278" />      
45                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5" />      
46                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />      
47                 </xs:restriction>      
48             </xs:simpleContent>      
49         </xs:complexType>      
50     </xs:element>      
 
52     <xs:element name="new_neoplasm_event_occurrence_anatomic_site" nillable="true"> +-    
53         <xs:complexType mixed="true">      
54             <xs:simpleContent>      
55                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
56                     <xs:enumeration value="" />      
57                     <xs:enumeration value="Anus" />      
58                     <xs:enumeration value="Bladder" />      
59                     <xs:enumeration value="Bone" />      
60                     <xs:enumeration value="Brain" />      
61                     <xs:enumeration value="Cervical Lymph Node" />      
62                     <xs:enumeration value="Cervix" />      
63                     <xs:enumeration value="Distant Metastasis " />      
64                     <xs:enumeration value="Head &amp; Neck" />      
65                     <xs:enumeration value="Hypopharynx" />      
66                     <xs:enumeration value="Larynx" />      
67                     <xs:enumeration value="Liver" />      
68                     <xs:enumeration value="Lung" />      
69                     <xs:enumeration value="Lymph Node Only" />      
70                     <xs:enumeration value="Non-regional / Distant Lymph Nodes" />      
71                     <xs:enumeration value="Not Applicable" />      
72                     <xs:enumeration value="Oral Cavity" />      
73                     <xs:enumeration value="Oropharynx" />      
74                     <xs:enumeration value="Other, specify" />      
75                     <xs:enumeration value="Peritoneal Surfaces" />      
76                     <xs:enumeration value="Renal Pelvis" />      
77                     <xs:enumeration value="Ureter" />      
78                     <xs:enumeration value="Urethra" />      
79                     <xs:enumeration value="Vulva" />      
80                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3108271" />      
81                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5" />      
82                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />      
83                 </xs:restriction>      
84             </xs:simpleContent>      
85         </xs:complexType>      
86     </xs:element>      
 
88     <xs:element name="new_neoplasm_occurrence_anatomic_site_text" nillable="true"> +-    
89         <xs:complexType>      
90             <xs:simpleContent>      
91                 <xs:extension base="xs:string">      
92                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />      
93                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3128033" />      
94                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5" />      
95                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />      
96                 </xs:extension>      
97             </xs:simpleContent>      
98         </xs:complexType>      
99     </xs:element>      
100 </xs:schema>      

   
File: TCGA_BCR.BRCA_Clinical.xsd  
4 <xs:schema elementFormDefault="qualified" version="2.5.0" <> 4 <xs:schema elementFormDefault="qualified" version="2.4.4"
 
6   xmlns:utility="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5" <> 6   xmlns:utility="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.4"
7   xmlns:admin="http://tcga.nci/bcr/xml/administration/2.5"   7   xmlns:admin="http://tcga.nci/bcr/xml/administration/2.4"
8   xmlns:shared="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5"   8   xmlns:shared="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.4"
9   xmlns:brca_shared="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/brca/shared/2.5"       
10   xmlns:rad="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/radiation/2.5"   9   xmlns:rad="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/radiation/2.4"
11   xmlns:rx="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/pharmaceutical/2.5"   10   xmlns:rx="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/pharmaceutical/2.4"
12   xmlns:cqcf="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/cqcf/2.5"      
13   xmlns:follow_up_v1.5="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/brca/followup/2.5/1.5"      
14   xmlns:follow_up_v2.1="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/brca/followup/2.5/2.1"      
15   xmlns="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/brca/2.5"   11   xmlns="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/brca/2.4"
16   targetNamespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/brca/2.5"   12   targetNamespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/brca/2.4"
 
32     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5/TCGA_BCR.Utility.xsd" /> <> 28     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.4" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/utility/2.4/TCGA_BCR.Utility.xsd" />
33     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/administration/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/administration/2.5/TCGA_BCR.Administration.xsd" />   29     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/administration/2.4" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/administration/2.4/TCGA_BCR.Administration.xsd" />
34     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5/TCGA_BCR.Shared_Clinical_Elements.xsd" />   30     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.4" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.4/TCGA_BCR.Shared_Clinical_Elements.xsd" />
35     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/radiation/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/radiation/2.5/TCGA_BCR.Radiation.xsd" />   31     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/radiation/2.4" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/radiation/2.4/TCGA_BCR.Radiation.xsd" />
36     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/pharmaceutical/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/pharmaceutical/2.5/TCGA_BCR.Pharmaceutical.xsd" />   32     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/pharmaceutical/2.4" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/pharmaceutical/2.4/TCGA_BCR.Pharmaceutical.xsd" />
37     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/cqcf/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/cqcf/2.5/TCGA_BCR.CQCF.xsd" />      
38     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/brca/shared/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/brca/shared/2.5/TCGA_BCR.BRCA_Clinical_Shared_Datatypes.xsd" />      
39     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/brca/followup/2.5/1.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/brca/followup/2.5/TCGA_BCR.BRCA_Clinical_FollowUp_v1.5.xsd" />      
40     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/brca/followup/2.5/2.1" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/brca/followup/2.5/TCGA_BCR.BRCA_Clinical_FollowUp_v2.1.xsd" />      
 
49             <xs:attribute name="schemaVersion" type="xs:decimal" use="required" fixed="2.5"/> <> 41             <xs:attribute name="schemaVersion" type="xs:decimal" use="required" fixed="2.4"/>
 
60                 <xs:element ref="shared:vital_status"> <> 51                 <xs:element ref="shared:vital_status" />
61                     <xs:annotation>      
62                         <xs:documentation xml:lang="en">The vital_status question is asked in both the initial enrollment form and the follow-up form(s).</xs:documentation>      
63                     </xs:annotation>      
64                 </xs:element>      
 
76                                         <xs:annotation> +-    
77                         <xs:documentation xml:lang="en">      
78                                                         The date_of_last_known_alive question is asked in both the initial enrollment form and the follow-up form(s).      
 
80                                                         DEPRECATED: +-    
81                                                         This question is no longer asked on the TCGA Clinical Data initial enrollment form or follow-up Forms (starting with v2.0)      
82                                                         within the BRCA study.      
83                                                 </xs:documentation>      
84                     </xs:annotation>      
 
94                     <xs:annotation> +-    
95                         <xs:documentation xml:lang="en">The date_of_death question is asked in both the initial enrollment form and the follow-up form(s).</xs:documentation>      
96                     </xs:annotation>      
 
106                     <xs:annotation> +-    
107                         <xs:documentation xml:lang="en">The date_of_last_followup question is asked in both the initial enrollment form and the follow-up form(s).</xs:documentation>      
108                     </xs:annotation>      
 
    -+ 99                 <xs:element ref="shared:radiation_therapy" />
 
    -+ 119                 <xs:choice>
      120                     <xs:sequence>
      121                         <xs:element ref="shared:day_of_new_tumor_event_after_initial_treatment" />
      122                         <xs:element ref="shared:month_of_new_tumor_event_after_initial_treatment" />
      123                         <xs:element ref="shared:year_of_new_tumor_event_after_initial_treatment" />
      124                     </xs:sequence>
 
    -+ 126                     <xs:element ref="shared:days_to_new_tumor_event_after_initial_treatment" />
      127                 </xs:choice>
 
    <> 130                 <xs:element ref="shared:additional_radiation_therapy" />
141                 <xs:element ref="shared:person_neoplasm_cancer_status">   131                 <xs:element ref="shared:additional_pharmaceutical_therapy" />
      132                 <xs:element ref="shared:additional_surgery_locoregional_procedure" />
 
142                     <xs:annotation> <> 134                 <xs:choice>
143                         <xs:documentation xml:lang="en">The person_neoplasm_cancer_status question is asked in both the initial enrollment form and the follow-up form(s).</xs:documentation>   135                     <xs:sequence>
      136                         <xs:element ref="shared:day_of_additional_surgery_locoregional_procedure" />
      137                         <xs:element ref="shared:month_of_additional_surgery_locoregional_procedure" />
      138                         <xs:element ref="shared:year_of_additional_surgery_locoregional_procedure" />
      139                     </xs:sequence>
 
    <> 141                     <xs:element ref="shared:days_to_additional_surgery_locoregional_procedure" />
144                     </xs:annotation>   142                 </xs:choice>
 
    -+ 144                 <xs:element ref="shared:additional_surgery_metastatic_procedure" />
 
    <> 146                 <xs:choice>
      147                     <xs:sequence>
      148                         <xs:element ref="shared:day_of_additional_surgery_metastatic_procedure" />
      149                         <xs:element ref="shared:month_of_additional_surgery_metastatic_procedure" />
      150                         <xs:element ref="shared:year_of_additional_surgery_metastatic_procedure" />
145                 </xs:element>   151                     </xs:sequence>
 
    -+ 153                     <xs:element ref="shared:days_to_additional_surgery_metastatic_procedure" />
      154                 </xs:choice>
 
146                                 <xs:element ref="shared:primary_lymph_node_presentation_assessment" /> <> 156                 <xs:element ref="shared:person_neoplasm_cancer_status" />
147                 <xs:element ref="shared:lymph_node_examined_count" />   157                 <xs:element ref="lymph_node_examined_count" />
148                 <xs:element ref="brca_shared:er_detection_method_text" />   158                 <xs:element ref="er_detection_method_text" />
149                 <xs:element ref="brca_shared:pgr_detection_method_text" />   159                 <xs:element ref="pgr_detection_method_text" />
 
151                 <xs:element ref="shared:ajcc_tumor_stage_code" /> <> 161                 <xs:element ref="breast_tumor_pathologic_t_stage" />
152                 <xs:element ref="shared:ajcc_neoplasm_disease_lymph_node_stage" />   162                 <xs:element ref="breast_tumor_pathologic_n_stage" />
153                 <xs:element ref="anatomic_organ_subdivisions" />   163                 <xs:element ref="anatomic_site_location_descriptors" />
154                 <xs:element ref="brca_shared:her2_neu_chromosone_17_signal_ratio_value" />   164                 <xs:element ref="her2_neu_chromosone_17_signal_ratio_value" />
 
160                 <xs:element ref="breast_carcinoma_primary_surgical_procedure_name" /> <> 170                 <xs:element ref="breast_carcinoma_first_surgical_procedure_name" />
 
163                 <xs:element ref="shared:tumor_other_histologic_subtype_descriptive_text" /> <> 173                 <xs:element ref="tumor_other_histologic_subtype_descriptive_text" />
164                 <xs:element ref="menopause_status" />   174                 <xs:element ref="person_menopause_status" />
 
166                 <xs:element ref="brca_shared:breast_carcinoma_progesterone_receptor_status" /> <> 175                 <xs:element ref="breast_carcinoma_progesterone_receptor_status" />
 
168                                 <xs:element ref="breast_carcinoma_immunohistochemistry_er_pos_finding_scale" /> <>    
169                 <xs:element ref="brca_shared:immunohistochemistry_positive_cell_score" />   177                 <xs:element ref="immunohistochemistry_positive_cell_score" />
170                 <xs:element ref="brca_shared:her2_immunohistochemistry_level_result" />   178                 <xs:element ref="her2_immunohistochemistry_level_result" />
 
172                 <xs:element ref="shared:margin_status" /> <> 180                 <xs:element ref="disease_surgical_margin_status" />
173                 <xs:element ref="shared:initial_pathologic_diagnosis_method" />   181                 <xs:element ref="first_pathologic_diagnosis_biospecimen_acquisition_method_type" />
 
    <> 183                 <xs:element ref="adjuvant_postop_targeted_therapy_admin_indicator" />
175                 <xs:element ref="brca_shared:lab_procedure_her2_neu_in_situ_hybrid_outcome_type" />   184                 <xs:element ref="lab_procedure_her2_neu_in_situ_hybrid_outcome_type" />
176                 <xs:element ref="brca_shared:breast_carcinoma_estrogen_receptor_status" />   185                 <xs:element ref="breast_carcinoma_estrogen_receptor_status" />
177                 <xs:element ref="brca_shared:lab_proc_her2_neu_immunohistochemistry_receptor_status" />   186                 <xs:element ref="lab_proc_her2_neu_immunohistochemistry_receptor_status" />
178                 <xs:element ref="shared:number_of_lymphnodes_positive_by_ihc" />   187                 <xs:element ref="pos_finding_lymph_node_keratin_immunohistochemistry_staining_method_count" />
179                 <xs:element ref="shared:number_of_lymphnodes_positive_by_he" />   188                 <xs:element ref="pos_finding_lymph_node_hematoxylin_and_eosin_staining_microscopy_count" />
180                 <xs:element ref="brca_shared:pos_finding_progesterone_receptor_other_measurement_scale_text" />   189                 <xs:element ref="pos_finding_progesterone_receptor_other_measurement_scale_text" />
181                 <xs:element ref="brca_shared:positive_finding_estrogen_receptor_other_measurement_scale_text" />   190                 <xs:element ref="positive_finding_estrogen_receptor_other_measurement_scale_text" />
182                 <xs:element ref="brca_shared:her2_erbb_pos_finding_cell_percent_category" />   191                 <xs:element ref="her2_erbb_pos_finding_cell_percent_category" />
183                 <xs:element ref="brca_shared:pos_finding_her2_erbb2_other_measurement_scale_text" />   192                 <xs:element ref="pos_finding_her2_erbb2_other_measurement_scale_text" />
184                 <xs:element ref="brca_shared:her2_erbb_method_calculation_method_text" />   193                 <xs:element ref="her2_erbb_method_calculation_method_text" />
185                 <xs:element ref="brca_shared:her2_neu_and_centromere_17_copy_number_analysis_input_total_number_count" />   194                 <xs:element ref="her2_neu_and_centromere_17_copy_number_analysis_input_total_number_count" />
186                 <xs:element ref="brca_shared:her2_and_centromere_17_positive_finding_other_measurement_scale_text" />   195                 <xs:element ref="her2_and_centromere_17_positive_finding_other_measurement_scale_text" />
187                 <xs:element ref="brca_shared:her2_erbb_pos_finding_fluorescence_in_situ_hybridization_calculation_method_text" />   196                 <xs:element ref="her2_erbb_pos_finding_fluorescence_in_situ_hybridization_calculation_method_text" />
 
190                 <xs:element ref="brca_shared:fluorescence_in_situ_hybridization_diagnostic_procedure_chromosome_17_signal_result_range" /> <> 199                 <xs:element ref="fluorescence_in_situ_hybridization_diagnostic_procedure_chromosome_17_signal_result_range" />
 
192                 <xs:element ref="shared:ajcc_cancer_metastasis_stage_code" /> <> 201                 <xs:element ref="breast_tumor_clinical_m_stage" />
193                 <xs:element ref="brca_shared:er_level_cell_percentage_category" />   202                 <xs:element ref="er_level_cell_percentage_category" />
194                 <xs:element ref="brca_shared:progesterone_receptor_level_cell_percent_category" />   203                 <xs:element ref="progesterone_receptor_level_cell_percent_category" />
195                                 <xs:element ref="distant_metastasis_present_ind2" />       
196                 <xs:element ref="brca_shared:metastatic_breast_carcinoma_estrogen_receptor_status" />                 204                 <xs:element ref="metastatic_breast_carcinoma_estrogen_receptor_status" />
197                 <xs:element ref="brca_shared:metastatic_breast_carcinoma_estrogen_receptor_level_cell_percent_category" />   205                 <xs:element ref="metastatic_breast_carcinoma_estrogen_receptor_level_cell_percent_category" />
198                 <xs:element ref="brca_shared:metastatic_breast_carcinoma_immunohistochemistry_er_pos_cell_score" />   206                 <xs:element ref="metastatic_breast_carcinoma_immunohistochemistry_er_pos_cell_score" />
199                 <xs:element ref="brca_shared:pos_finding_metastatic_breast_carcinoma_estrogen_receptor_other_measuremenet_scale_text" />   207                 <xs:element ref="pos_finding_metastatic_breast_carcinoma_estrogen_receptor_other_measuremenet_scale_text" />
200                 <xs:element ref="brca_shared:metastatic_breast_carcinoma_estrogen_receptor_detection_method_text" />   208                 <xs:element ref="metastatic_breast_carcinoma_estrogen_receptor_detection_method_text" />
201                 <xs:element ref="brca_shared:metastatic_breast_carcinoma_progesterone_receptor_status" />   209                 <xs:element ref="metastatic_breast_carcinoma_progesterone_receptor_status" />
202                 <xs:element ref="brca_shared:metastatic_breast_carcinoma_lab_proc_her2_neu_immunohistochemistry_receptor_status" />   210                 <xs:element ref="metastatic_breast_carcinoma_lab_proc_her2_neu_immunohistochemistry_receptor_status" />
203                 <xs:element ref="brca_shared:metastatic_breast_carcinoma_progesterone_receptor_level_cell_percent_category" />   211                 <xs:element ref="metastatic_breast_carcinoma_progesterone_receptor_level_cell_percent_category" />
204                 <xs:element ref="brca_shared:metastatic_breast_carcinoma_immunohistochemistry_pr_pos_cell_score" />   212                 <xs:element ref="metastatic_breast_carcinoma_immunohistochemistry_pr_pos_cell_score" />
205                 <xs:element ref="brca_shared:metastatic_breast_carcinoma_pos_finding_progesterone_receptor_other_measure_scale_text" />   213                 <xs:element ref="metastatic_breast_carcinoma_pos_finding_progesterone_receptor_other_measure_scale_text" />
206                 <xs:element ref="brca_shared:metastatic_breast_carcinoma_progesterone_receptor_detection_method_text" />   214                 <xs:element ref="metastatic_breast_carcinoma_progesterone_receptor_detection_method_text" />
207                 <xs:element ref="brca_shared:metastatic_breast_carcinoma_her2_erbb_pos_finding_cell_percent_category" />   215                 <xs:element ref="metastatic_breast_carcinoma_her2_erbb_pos_finding_cell_percent_category" />
208                 <xs:element ref="brca_shared:metastatic_breast_carcinoma_erbb2_immunohistochemistry_level_result" />   216                 <xs:element ref="metastatic_breast_carcinoma_erbb2_immunohistochemistry_level_result" />
209                 <xs:element ref="brca_shared:metastatic_breast_carcinoma_pos_finding_her2_erbb2_other_measure_scale_text" />   217                 <xs:element ref="metastatic_breast_carcinoma_pos_finding_her2_erbb2_other_measure_scale_text" />
210                 <xs:element ref="brca_shared:metastatic_breast_carcinoma_her2_erbb_method_calculation_method_text" />   218                 <xs:element ref="metastatic_breast_carcinoma_her2_erbb_method_calculation_method_text" />
211                 <xs:element ref="brca_shared:metastatic_breast_carcinoma_lab_proc_her2_neu_in_situ_hybridization_outcome_type" />   219                 <xs:element ref="metastatic_breast_carcinoma_lab_proc_her2_neu_in_situ_hybridization_outcome_type" />
212                 <xs:element ref="brca_shared:metastatic_breast_carcinoma_fluorescence_in_situ_hybridization_diagnostic_proc_centromere_17_signal_result_range" />   220                 <xs:element ref="metastatic_breast_carcinoma_fluorescence_in_situ_hybridization_diagnostic_proc_centromere_17_signal_result_range" />
213                 <xs:element ref="brca_shared:her2_neu_and_centromere_17_copy_number_metastatic_breast_carcinoma_analysis_input_total_number_count" />   221                 <xs:element ref="her2_neu_and_centromere_17_copy_number_metastatic_breast_carcinoma_analysis_input_total_number_count" />
214                 <xs:element ref="brca_shared:metastatic_breast_carcinoma_her2_neu_chromosone_17_signal_ratio_value" />   222                 <xs:element ref="metastatic_breast_carcinoma_her2_neu_chromosone_17_signal_ratio_value" />
215                 <xs:element ref="brca_shared:metastatic_breast_carcinoma_pos_finding_other_scale_measurement_text" />   223                 <xs:element ref="metastatic_breast_carcinoma_pos_finding_other_scale_measurement_text" />
216                 <xs:element ref="brca_shared:metastatic_breast_carcinoma_her2_erbb_pos_finding_fluorescence_in_situ_hybridization_calculation_method_text" />   224                 <xs:element ref="metastatic_breast_carcinoma_her2_erbb_pos_finding_fluorescence_in_situ_hybridization_calculation_method_text" />
217                 <xs:element ref="brca_shared:her2_neu_metastatic_breast_carcinoma_copy_analysis_input_total_number" />   225                 <xs:element ref="her2_neu_metastatic_breast_carcinoma_copy_analysis_input_total_number" />
218                 <xs:element ref="brca_shared:her2_neu_breast_carcinoma_copy_analysis_input_total_number" />    226                 <xs:element ref="her2_neu_breast_carcinoma_copy_analysis_input_total_number" />
219                                 <xs:element ref="breast_carcinoma_immunohistochemistry_progesterone_receptor_pos_finding_scale" />      
220                 <xs:element ref="brca_shared:breast_carcinoma_immunohistochemistry_pos_cell_score" />   227                 <xs:element ref="breast_carcinoma_immunohistochemistry_pos_cell_score" />
221                 <xs:element ref="shared:ajcc_neoplasm_disease_stage" />   228                 <xs:element ref="breast_tumor_pathologic_grouping_stage" />
 
224                                         <xs:annotation> +-    
225                                         <xs:documentation xml:lang="en">      
226                                                 Date the interviewer originally completed the corresponding TCGA Clinical Data Form.      
227                                                 If modifications are made after the form is marked complete, this date should not change.      
228                                         </xs:documentation>      
229                                         </xs:annotation>      
 
238                                 <xs:element ref="follow_ups" /> +-    
 
241                 <xs:element ref="clinical_cqcf" /> +-    
 
    <> 246     <xs:element name="lymph_node_examined_count" nillable="true">
      247         <xs:complexType>
246         <xs:element name="follow_ups">   248             <xs:simpleContent>
      249                 <xs:extension base="xs:string">
      250                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      251                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3" />
      252                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />
      253                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
247                 <xs:annotation>   254                 </xs:extension>
248                         <xs:documentation xml:lang="en">We are using namespaces and version numbers to distinguish one version of followup from another.</xs:documentation>      
249                 </xs:annotation>   255             </xs:simpleContent>
      256         </xs:complexType>
      257     </xs:element>
 
    -+ 259     <xs:element name="er_detection_method_text" nillable="true">
 
251                   <xs:sequence> <> 261             <xs:simpleContent>
252                         <xs:element ref="follow_up_v1.5:follow_up_v1.5" minOccurs="0" maxOccurs="unbounded" />   262                 <xs:extension base="xs:string">
      263                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      264                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="69" />
253                         <xs:element ref="follow_up_v2.1:follow_up_v2.1" minOccurs="0" maxOccurs="unbounded" />   265                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />
      266                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
254                   </xs:sequence>   267                 </xs:extension>
      268             </xs:simpleContent>
 
258         <xs:element name="clinical_cqcf"> <> 272     <xs:element name="pgr_detection_method_text" nillable="true">
 
    <> 274             <xs:simpleContent>
      275                 <xs:extension base="xs:string">
      276                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      277                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="785" />
      278                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />
      279                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      280                 </xs:extension>
      281             </xs:simpleContent>
      282         </xs:complexType>
260             <xs:sequence>   283     </xs:element>
 
261                 <xs:element ref="shared:anatomic_organ_subdivision"/> <> 285     <xs:element name="breast_tumor_pathologic_t_stage" nillable="true">
      286         <xs:complexType mixed="true">
      287             <xs:simpleContent>
262                 <xs:element ref="cqcf:consent_or_death_status"/>   288                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
263                   289                     <xs:enumeration value="" />
      290                     <xs:enumeration value="TX" />
      291                     <xs:enumeration value="T0" />
      292                     <xs:enumeration value="Tis" />
      293                     <xs:enumeration value="Tis (DCIS)" />
      294                     <xs:enumeration value="Tis (LCIS)" />
      295                     <xs:enumeration value="Tis (Paget's)" />
      296                     <xs:enumeration value="T1mi" />
      297                     <xs:enumeration value="T1" />
      298                     <xs:enumeration value="T1a" />
      299                     <xs:enumeration value="T1b" />
      300                     <xs:enumeration value="T1c" />
      301                     <xs:enumeration value="T2" />
      302                     <xs:enumeration value="T2a" />
      303                     <xs:enumeration value="T2b" />
      304                     <xs:enumeration value="T2c" />
      305                     <xs:enumeration value="Ta" />
      306                     <xs:enumeration value="T3" />
      307                     <xs:enumeration value="T3a" />
      308                     <xs:enumeration value="T3b" />
      309                     <xs:enumeration value="T3c" />
      310                     <xs:enumeration value="T4" />
      311                     <xs:enumeration value="T4a" />
      312                     <xs:enumeration value="T4b" />
      313                     <xs:enumeration value="T4c" />
      314                     <xs:enumeration value="T4d" />
      315                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3045435" />
      316                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.4.1" />
      317                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
264                 <xs:choice>   318                 </xs:restriction>
      319             </xs:simpleContent>
265                     <xs:choice>   320         </xs:complexType>
266                         <xs:sequence>   321     </xs:element>
 
    <> 323     <xs:element name="breast_tumor_pathologic_n_stage" nillable="true">
      324         <xs:complexType mixed="true">
      325             <xs:simpleContent>
      326                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
267                             <xs:element ref="cqcf:day_of_consent"/>   327                     <xs:enumeration value="" />
      328                     <xs:enumeration value="NX" />
      329                     <xs:enumeration value="N0" />
      330                     <xs:enumeration value="N0 (i-)" />
      331                     <xs:enumeration value="N0 (i+)" />
      332                     <xs:enumeration value="N0 (mol-)" />
      333                     <xs:enumeration value="N0 (mol+)" />
      334                     <xs:enumeration value="N1" />
      335                     <xs:enumeration value="N1mi" />
      336                     <xs:enumeration value="N1a" />
      337                     <xs:enumeration value="N1b" />
      338                     <xs:enumeration value="N1bI" />
      339                     <xs:enumeration value="N1bII" />
      340                     <xs:enumeration value="N1bIII" />
      341                     <xs:enumeration value="N1bIV" />
268                             <xs:element ref="cqcf:month_of_consent"/>   342                     <xs:enumeration value="N1c" />
      343                     <xs:enumeration value="N2" />
      344                     <xs:enumeration value="N2a" />
      345                     <xs:enumeration value="N2b" />
      346                     <xs:enumeration value="N3" />
      347                     <xs:enumeration value="N3a" />
      348                     <xs:enumeration value="N3b" />
269                             <xs:element ref="cqcf:year_of_consent"/>   349                     <xs:enumeration value="N3c" />
      350                     <xs:enumeration value="N4" />
      351                     <xs:enumeration value="pN0" /> <!-- Deprecated. Will be removed in 2.5. This permissible value is not in the current CDE -->
      352                     <xs:enumeration value="pN1" /> <!-- Deprecated. Will be removed in 2.5. This permissible value is not in the current CDE -->
      353                     <xs:enumeration value="pN2" /> <!-- Deprecated. Will be removed in 2.5. This permissible value is not in the current CDE -->
      354                     <xs:enumeration value="pN3" /> <!-- Deprecated. Will be removed in 2.5. This permissible value is not in the current CDE -->
      355                     <xs:enumeration value="pNX" /> <!-- Deprecated. Will be removed in 2.5. This permissible value is not in the current CDE -->
      356                     <xs:enumeration value="pN0(i-)" /> <!-- Deprecated. Will be removed in 2.5. This permissible value is not in the current CDE -->
      357                     <xs:enumeration value="pN0(i+)" /> <!-- Deprecated. Will be removed in 2.5. This permissible value is not in the current CDE -->
      358                     <xs:enumeration value="pN0(mol-)" /> <!-- Deprecated. Will be removed in 2.5. This permissible value is not in the current CDE -->
      359                     <xs:enumeration value="pN0(mol+)" /> <!-- Deprecated. Will be removed in 2.5. This permissible value is not in the current CDE -->
      360                     <xs:enumeration value="pN1mi" /> <!-- Deprecated. Will be removed in 2.5. This permissible value is not in the current CDE -->
      361                     <xs:enumeration value="pN1a" /> <!-- Deprecated. Will be removed in 2.5. This permissible value is not in the current CDE -->
      362                     <xs:enumeration value="pN1b" /> <!-- Deprecated. Will be removed in 2.5. This permissible value is not in the current CDE -->
      363                     <xs:enumeration value="pN1c" /> <!-- Deprecated. Will be removed in 2.5. This permissible value is not in the current CDE -->
      364                     <xs:enumeration value="pN2a" /> <!-- Deprecated. Will be removed in 2.5. This permissible value is not in the current CDE -->
      365                     <xs:enumeration value="pN2b" /> <!-- Deprecated. Will be removed in 2.5. This permissible value is not in the current CDE -->
      366                     <xs:enumeration value="pN3a" /> <!-- Deprecated. Will be removed in 2.5. This permissible value is not in the current CDE -->
      367                     <xs:enumeration value="pN3b" /> <!-- Deprecated. Will be removed in 2.5. This permissible value is not in the current CDE -->
      368                     <xs:enumeration value="pN3c" /> <!-- Deprecated. Will be removed in 2.5. This permissible value is not in the current CDE -->
      369                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3203106" />
      370                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.4.1" />
      371                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      372                 </xs:restriction>
      373             </xs:simpleContent>
      374         </xs:complexType>
270                         </xs:sequence>   375     </xs:element>
 
272                         <xs:element ref="cqcf:days_to_consent"/> <> 377     <xs:element name="anatomic_site_location_descriptors">
273                     </xs:choice>      
 
275                     <xs:choice> <> 378         <xs:complexType>
 
277                             <xs:element ref="shared:day_of_death"/> <> 380             <xs:element ref="anatomic_site_location_descriptor" minOccurs="0" maxOccurs="unbounded" />
278                             <xs:element ref="shared:month_of_death"/>      
279                             <xs:element ref="shared:year_of_death"/>      
 
282                         <xs:element ref="shared:days_to_death"/> <>    
283                     </xs:choice>   382         </xs:complexType>
284                 </xs:choice>   383     </xs:element>
 
    <> 385     <xs:element name="anatomic_site_location_descriptor" nillable="true">
      386         <xs:complexType mixed="true">
      387             <xs:simpleContent>
286                 <xs:element ref="cqcf:diagnosis_subtype"/>   388                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      389                     <xs:enumeration value="" />
287                 <xs:element ref="shared:prior_diagnosis"/>   390                     <xs:enumeration value="Right Upper Inner Quadrant" />
      391                     <xs:enumeration value="Right Upper Outer Quadrant" />
      392                     <xs:enumeration value="Right Lower Inner Quadrant" />
      393                     <xs:enumeration value="Right Lower Outer Quadrant" />
288                 <xs:element ref="cqcf:history_of_neoadjuvant_treatment"/>   394                     <xs:enumeration value="Left Upper Inner Quadrant" />
289                 <xs:element ref="cqcf:normal_tissue_anatomic_site"/>   395                     <xs:enumeration value="Left Upper Outer Quadrant" />
290                 <xs:element ref="cqcf:normal_tissue_proximity"/>   396                     <xs:enumeration value="Left Lower Inner Quadrant" />
      397                     <xs:enumeration value="Left Lower Outer Quadrant" />
291                 <xs:element ref="cqcf:tumor_focality"/>   398                     <xs:enumeration value="Left" />
292                 <xs:element ref="cqcf:tumor_type"/>   399                     <xs:enumeration value="Right" />
293                                 <xs:element ref="cqcf:other_diagnosis"/>   400                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2008006" />
294                 <xs:element ref="cqcf:histological_subtype" minOccurs="0"/>   401                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />
295                 <xs:element ref="cqcf:other_anatomic_site" minOccurs="0"/>   402                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
296                 <xs:element ref="cqcf:country"/>   403                 </xs:restriction>
297             </xs:sequence>   404             </xs:simpleContent>
 
301     <xs:element name="anatomic_organ_subdivisions"> <> 408     <xs:element name="her2_neu_chromosone_17_signal_ratio_value" nillable="true">
 
303           <xs:sequence> <> 410             <xs:simpleContent>
      411                 <xs:extension base="xs:decimal">
      412                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      413                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2497552" />
304             <xs:element ref="shared:anatomic_organ_subdivision" minOccurs="0" maxOccurs="unbounded" />   414                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />
      415                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
305           </xs:sequence>   416                 </xs:extension>
      417             </xs:simpleContent>
 
358     <xs:element name="breast_carcinoma_primary_surgical_procedure_name" nillable="true"> <> 470     <xs:element name="breast_carcinoma_first_surgical_procedure_name" nillable="true">
 
363                     <xs:enumeration value="None" /> <> 475                     <xs:enumeration value="Surgery not Performed" />
 
365                     <xs:enumeration value="Mastectomy NOS" /> <> 477                     <xs:enumeration value="Simple Mastectomy" />
366                     <xs:enumeration value="Modified radical mastectomy" />   478                     <xs:enumeration value="Modified Radical Mastectomy" />
 
368                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="1218" /> <> 480                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2739580" />
 
381                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3020338" /> <> 493                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2467630" />
 
422     <xs:element name="menopause_status" nillable="true"> <> 534     <xs:element name="person_menopause_status" nillable="true">
 
    -+ 551     <xs:element name="breast_carcinoma_progesterone_receptor_status" nillable="true">
      552         <xs:complexType>
      553             <xs:simpleContent>
      554                 <xs:extension base="posNegStat">
      555                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      556                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2957357" />
      557                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />
      558                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      559                 </xs:extension>
      560             </xs:simpleContent>
      561         </xs:complexType>
      562     </xs:element>
 
    -+ 577     <xs:element name="immunohistochemistry_positive_cell_score" nillable="true">
      578         <xs:complexType>
      579             <xs:simpleContent>
      580                 <xs:extension base="onePlusToFourPlus">
      581                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      582                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2230166" />
      583                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />
      584                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      585                 </xs:extension>
      586             </xs:simpleContent>
      587         </xs:complexType>
      588     </xs:element>
 
    -+ 590     <xs:element name="her2_immunohistochemistry_level_result" nillable="true">
      591         <xs:complexType>
      592             <xs:simpleContent>
      593                 <xs:extension base="onePlusToFourPlus">
      594                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      595                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2178402" />
      596                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />
      597                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      598                 </xs:extension>
      599             </xs:simpleContent>
      600         </xs:complexType>
      601     </xs:element>
 
    -+ 603     <xs:element name="breast_cancer_surgery_margin_status" nillable="true">
      604         <xs:complexType>
      605             <xs:simpleContent>
      606                 <xs:extension base="posNegClose">
      607                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      608                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2241252" />
      609                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />
      610                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      611                 </xs:extension>
      612             </xs:simpleContent>
      613         </xs:complexType>
      614     </xs:element>
 
    -+ 616     <xs:element name="disease_surgical_margin_status" nillable="true">
      617         <xs:complexType>
      618             <xs:simpleContent>
      619                 <xs:extension base="posNegClose">
      620                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      621                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3114007" />
      622                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />
      623                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      624                 </xs:extension>
      625             </xs:simpleContent>
      626         </xs:complexType>
      627     </xs:element>
 
452         <xs:element name="breast_carcinoma_immunohistochemistry_er_pos_finding_scale" nillable="true"> <> 629     <xs:element name="first_pathologic_diagnosis_biospecimen_acquisition_method_type" nillable="true">
 
    <> 634                     <xs:enumeration value="Other method specify:" />
457                     <xs:enumeration value="4 Point Scale" />   635                     <xs:enumeration value="Aspirate" />
      636                     <xs:enumeration value="Core needle biopsy" />
      637                     <xs:enumeration value="Cytology (e.g. Peritoneal or pleural fluid)" />
      638                     <xs:enumeration value="Dilation and curettage procedure" />
      639                     <xs:enumeration value="Endoscopic Biopsy" />         
      640                     <xs:enumeration value="Excisional Biopsy" />
      641                     <xs:enumeration value="Fine needle aspiration biopsy" />
      642                     <xs:enumeration value="Incisional Biopsy" />
458                     <xs:enumeration value="3 Point Scale" />   643                     <xs:enumeration value="Office Endometrial Biopsy" />
      644                     <xs:enumeration value="Tumor resection" />
459                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3203081" />   645                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2757941" />
460                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />   646                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />
 
    -+ 653     <xs:element name="adjuvant_postop_targeted_therapy_admin_indicator" nillable="true">
      654         <xs:complexType>
      655             <xs:simpleContent>
      656                 <xs:extension base="utility:yes_or_no">
      657                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      658                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2785850" />
      659                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />
      660                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      661                 </xs:extension>
      662             </xs:simpleContent>
      663         </xs:complexType>
      664     </xs:element>
 
    -+ 666     <xs:element name="lab_procedure_her2_neu_in_situ_hybrid_outcome_type" nillable="true">
      667         <xs:complexType>
      668             <xs:simpleContent>
      669                 <xs:extension base="posNegStat">
      670                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      671                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2854089" />
      672                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />
      673                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      674                 </xs:extension>
      675             </xs:simpleContent>
      676         </xs:complexType>
      677     </xs:element>
 
467     <xs:element name="breast_cancer_surgery_margin_status" nillable="true"> <> 679     <xs:element name="breast_carcinoma_estrogen_receptor_status" nillable="true">
 
470                 <xs:extension base="brca_shared:posNegClose"> <> 682                 <xs:extension base="posNegStat">
 
472                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2241252" /> <> 684                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2957359" />
      685                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />
      686                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      687                 </xs:extension>
      688             </xs:simpleContent>
      689         </xs:complexType>
      690     </xs:element>
 
    -+ 692     <xs:element name="lab_proc_her2_neu_immunohistochemistry_receptor_status" nillable="true">
      693         <xs:complexType>
      694             <xs:simpleContent>
      695                 <xs:extension base="posNegStat">
      696                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      697                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2957563" />
      698                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />
      699                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      700                 </xs:extension>
      701             </xs:simpleContent>
      702         </xs:complexType>
      703     </xs:element>
 
    -+ 705     <xs:element name="pos_finding_lymph_node_keratin_immunohistochemistry_staining_method_count" nillable="true">
      706         <xs:complexType>
      707             <xs:simpleContent>
      708                 <xs:extension base="xs:integer">
      709                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      710                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3086383" />
      711                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />
      712                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      713                 </xs:extension>
      714             </xs:simpleContent>
      715         </xs:complexType>
      716     </xs:element>
 
    -+ 718     <xs:element name="pos_finding_lymph_node_hematoxylin_and_eosin_staining_microscopy_count" nillable="true">
      719         <xs:complexType>
      720             <xs:simpleContent>
      721                 <xs:extension base="xs:integer">
      722                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      723                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3086388" />
      724                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />
      725                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      726                 </xs:extension>
      727             </xs:simpleContent>
      728         </xs:complexType>
      729     </xs:element>
 
    -+ 731     <xs:element name="pos_finding_progesterone_receptor_other_measurement_scale_text" nillable="true">
      732         <xs:complexType>
      733             <xs:simpleContent>
      734                 <xs:extension base="xs:string">
      735                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      736                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3086857" />
      737                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />
      738                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      739                 </xs:extension>
      740             </xs:simpleContent>
      741         </xs:complexType>
      742     </xs:element>
 
    -+ 744     <xs:element name="positive_finding_estrogen_receptor_other_measurement_scale_text" nillable="true">
      745         <xs:complexType>
      746             <xs:simpleContent>
      747                 <xs:extension base="xs:string">
      748                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      749                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3086851" />
      750                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />
      751                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      752                 </xs:extension>
      753             </xs:simpleContent>
      754         </xs:complexType>
      755     </xs:element>
 
    -+ 757     <xs:element name="her2_erbb_pos_finding_cell_percent_category" nillable="true">
      758         <xs:complexType>
      759             <xs:simpleContent>
      760                 <xs:extension base="percentByTens">
      761                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      762                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3086980" />
      763                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />
      764                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      765                 </xs:extension>
      766             </xs:simpleContent>
      767         </xs:complexType>
      768     </xs:element>
 
    -+ 770     <xs:element name="pos_finding_her2_erbb2_other_measurement_scale_text" nillable="true">
      771         <xs:complexType>
      772             <xs:simpleContent>
      773                 <xs:extension base="xs:string">
      774                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      775                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3087479" />
      776                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />
      777                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      778                 </xs:extension>
      779             </xs:simpleContent>
      780         </xs:complexType>
      781     </xs:element>
 
    -+ 783     <xs:element name="her2_erbb_method_calculation_method_text" nillable="true">
      784         <xs:complexType>
      785             <xs:simpleContent>
      786                 <xs:extension base="xs:string">
      787                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      788                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3087487" />
      789                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />
      790                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      791                 </xs:extension>
      792             </xs:simpleContent>
      793         </xs:complexType>
      794     </xs:element>
 
    -+ 796     <xs:element name="her2_neu_and_centromere_17_copy_number_analysis_input_total_number_count" nillable="true">
      797         <xs:complexType>
      798             <xs:simpleContent>
      799                 <xs:extension base="xs:integer">
      800                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      801                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3087902" />
      802                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />
      803                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      804                 </xs:extension>
      805             </xs:simpleContent>
      806         </xs:complexType>
      807     </xs:element>
 
    -+ 809     <xs:element name="her2_and_centromere_17_positive_finding_other_measurement_scale_text" nillable="true">
      810         <xs:complexType>
      811             <xs:simpleContent>
      812                 <xs:extension base="xs:string">
      813                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      814                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3087923" />
      815                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />
      816                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      817                 </xs:extension>
      818             </xs:simpleContent>
      819         </xs:complexType>
      820     </xs:element>
 
    -+ 822     <xs:element name="her2_erbb_pos_finding_fluorescence_in_situ_hybridization_calculation_method_text" nillable="true">
      823         <xs:complexType>
      824             <xs:simpleContent>
      825                 <xs:extension base="xs:string">
      826                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      827                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3087929" />
 
    -+ 861     <xs:element name="fluorescence_in_situ_hybridization_diagnostic_procedure_chromosome_17_signal_result_range" nillable="true">
      862         <xs:complexType>
      863             <xs:simpleContent>
      864                 <xs:extension base="xs:string">
      865                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      866                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3104295" />
      867                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />
      868                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      869                 </xs:extension>
      870             </xs:simpleContent>
      871         </xs:complexType>
      872     </xs:element>
 
    -+ 874     <xs:element name="tumor_other_histologic_subtype_descriptive_text" nillable="true">
      875         <xs:complexType>
      876             <xs:simpleContent>
      877                 <xs:extension base="xs:string">
      878                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      879                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3124492" />
      880                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />
      881                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      882                 </xs:extension>
      883             </xs:simpleContent>
      884         </xs:complexType>
      885     </xs:element>
 
573         <xs:element name="distant_metastasis_present_ind2" nillable="true"> <> 953     <xs:element name="breast_tumor_clinical_m_stage" nillable="true">
      954         <xs:complexType mixed="true">
      955             <xs:simpleContent>
      956                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      957                     <xs:enumeration value="" />
      958                     <xs:enumeration value="MX" />
      959                     <xs:enumeration value="M0" />
      960                     <xs:enumeration value="M1" />
      961                     <xs:enumeration value="M1a" />
      962                     <xs:enumeration value="M1b" />
      963                     <xs:enumeration value="M1c" />
      964                     <xs:enumeration value="cM0 (i+)" />
      965                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3045439" />
      966                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.4.1" />
      967                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      968                 </xs:restriction>
      969             </xs:simpleContent>
      970         </xs:complexType>
      971     </xs:element>
 
    -+ 973     <xs:element name="er_level_cell_percentage_category" nillable="true">
 
    -+ 976                 <xs:extension base="percentByTens">
      977                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      978                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3128341" />
      979                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />
      980                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      981                 </xs:extension>
      982             </xs:simpleContent>
      983         </xs:complexType>
      984     </xs:element>
 
    -+ 986     <xs:element name="progesterone_receptor_level_cell_percent_category" nillable="true">
      987         <xs:complexType>
      988             <xs:simpleContent>
      989                 <xs:extension base="percentByTens">
      990                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      991                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3128342" />
      992                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />
      993                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      994                 </xs:extension>
      995             </xs:simpleContent>
      996         </xs:complexType>
      997     </xs:element>
 
    -+ 999     <xs:element name="metastatic_breast_carcinoma_estrogen_receptor_status" nillable="true">
      1000         <xs:complexType>
      1001             <xs:simpleContent>
      1002                 <xs:extension base="posNegStat">
      1003                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      1004                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3131865" />
      1005                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />
      1006                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      1007                 </xs:extension>
      1008             </xs:simpleContent>
      1009         </xs:complexType>
      1010     </xs:element>
 
    -+ 1012     <xs:element name="metastatic_breast_carcinoma_estrogen_receptor_level_cell_percent_category" nillable="true">
      1013         <xs:complexType>
      1014             <xs:simpleContent>
      1015                 <xs:extension base="percentByTens">
      1016                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      1017                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3131869" />
      1018                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />
      1019                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      1020                 </xs:extension>
      1021             </xs:simpleContent>
      1022         </xs:complexType>
      1023     </xs:element>
 
    -+ 1025     <xs:element name="metastatic_breast_carcinoma_immunohistochemistry_er_pos_cell_score" nillable="true">
      1026         <xs:complexType>
      1027             <xs:simpleContent>
      1028                 <xs:extension base="onePlusToFourPlus">
      1029                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      1030                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3131873" />
      1031                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />
      1032                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      1033                 </xs:extension>
      1034             </xs:simpleContent>
      1035         </xs:complexType>
      1036     </xs:element>
 
    -+ 1038     <xs:element name="pos_finding_metastatic_breast_carcinoma_estrogen_receptor_other_measuremenet_scale_text" nillable="true">
      1039         <xs:complexType>
      1040             <xs:simpleContent>
      1041                 <xs:extension base="xs:string">
      1042                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      1043                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3131877" />
      1044                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />
      1045                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      1046                 </xs:extension>
      1047             </xs:simpleContent>
      1048         </xs:complexType>
      1049     </xs:element>
 
    -+ 1051     <xs:element name="metastatic_breast_carcinoma_estrogen_receptor_detection_method_text" nillable="true">
      1052         <xs:complexType>
      1053             <xs:simpleContent>
      1054                 <xs:extension base="xs:string">
      1055                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      1056                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3131881" />
      1057                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />
      1058                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      1059                 </xs:extension>
      1060             </xs:simpleContent>
      1061         </xs:complexType>
      1062     </xs:element>
 
    -+ 1064     <xs:element name="metastatic_breast_carcinoma_progesterone_receptor_status" nillable="true">
      1065         <xs:complexType>
      1066             <xs:simpleContent>
      1067                 <xs:extension base="posNegStat">
      1068                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      1069                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3131884" />
      1070                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />
      1071                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      1072                 </xs:extension>
      1073             </xs:simpleContent>
      1074         </xs:complexType>
      1075     </xs:element>
 
    -+ 1077     <xs:element name="metastatic_breast_carcinoma_lab_proc_her2_neu_immunohistochemistry_receptor_status" nillable="true">
      1078         <xs:complexType>
      1079             <xs:simpleContent>
      1080                 <xs:extension base="posNegStat">
      1081                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      1082                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3131997" />
      1083                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />
      1084                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      1085                 </xs:extension>
      1086             </xs:simpleContent>
      1087         </xs:complexType>
      1088     </xs:element>
 
    -+ 1090     <xs:element name="metastatic_breast_carcinoma_progesterone_receptor_level_cell_percent_category" nillable="true">
      1091         <xs:complexType>
      1092             <xs:simpleContent>
      1093                 <xs:extension base="percentByTens">
      1094                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      1095                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3131891" />
      1096                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />
      1097                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      1098                 </xs:extension>
      1099             </xs:simpleContent>
      1100         </xs:complexType>
      1101     </xs:element>
 
    -+ 1103     <xs:element name="metastatic_breast_carcinoma_immunohistochemistry_pr_pos_cell_score" nillable="true">
      1104         <xs:complexType>
      1105             <xs:simpleContent>
      1106                 <xs:extension base="onePlusToFourPlus">
      1107                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      1108                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3131988" />
      1109                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />
      1110                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      1111                 </xs:extension>
      1112             </xs:simpleContent>
      1113         </xs:complexType>
      1114     </xs:element>
 
    -+ 1116     <xs:element name="metastatic_breast_carcinoma_pos_finding_progesterone_receptor_other_measure_scale_text" nillable="true">
      1117         <xs:complexType>
      1118             <xs:simpleContent>
      1119                 <xs:extension base="xs:string">
      1120                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      1121                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3131992" />
      1122                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />
      1123                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      1124                 </xs:extension>
      1125             </xs:simpleContent>
      1126         </xs:complexType>
      1127     </xs:element>
 
    -+ 1129     <xs:element name="metastatic_breast_carcinoma_progesterone_receptor_detection_method_text" nillable="true">
      1130         <xs:complexType>
      1131             <xs:simpleContent>
      1132                 <xs:extension base="xs:string">
      1133                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      1134                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3131993" />
      1135                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />
      1136                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      1137                 </xs:extension>
      1138             </xs:simpleContent>
      1139         </xs:complexType>
      1140     </xs:element>
 
    -+ 1142     <xs:element name="metastatic_breast_carcinoma_her2_erbb_pos_finding_cell_percent_category" nillable="true">
      1143         <xs:complexType>
      1144             <xs:simpleContent>
      1145                 <xs:extension base="percentByTens">
      1146                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      1147                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3132322" />
      1148                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />
      1149                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      1150                 </xs:extension>
      1151             </xs:simpleContent>
      1152         </xs:complexType>
      1153     </xs:element>
 
    -+ 1155     <xs:element name="metastatic_breast_carcinoma_erbb2_immunohistochemistry_level_result" nillable="true">
      1156         <xs:complexType>
      1157             <xs:simpleContent>
      1158                 <xs:extension base="onePlusToFourPlus">
      1159                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      1160                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3132444" />
      1161                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />
      1162                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      1163                 </xs:extension>
      1164             </xs:simpleContent>
      1165         </xs:complexType>
      1166     </xs:element>
 
    -+ 1168     <xs:element name="metastatic_breast_carcinoma_pos_finding_her2_erbb2_other_measure_scale_text" nillable="true">
      1169         <xs:complexType>
      1170             <xs:simpleContent>
      1171                 <xs:extension base="xs:string">
      1172                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      1173                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3132448" />
      1174                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />
      1175                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      1176                 </xs:extension>
      1177             </xs:simpleContent>
      1178         </xs:complexType>
      1179     </xs:element>
 
    -+ 1181     <xs:element name="metastatic_breast_carcinoma_her2_erbb_method_calculation_method_text" nillable="true">
      1182         <xs:complexType>
      1183             <xs:simpleContent>
      1184                 <xs:extension base="xs:string">
      1185                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      1186                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3132452" />
      1187                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />
      1188                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      1189                 </xs:extension>
      1190             </xs:simpleContent>
      1191         </xs:complexType>
      1192     </xs:element>
 
    -+ 1194     <xs:element name="metastatic_breast_carcinoma_lab_proc_her2_neu_in_situ_hybridization_outcome_type" nillable="true">
      1195         <xs:complexType>
      1196             <xs:simpleContent>
      1197                 <xs:extension base="posNegStat">
      1198                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      1199                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3132455" />
      1200                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />
      1201                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      1202                 </xs:extension>
      1203             </xs:simpleContent>
      1204         </xs:complexType>
      1205     </xs:element>
 
    -+ 1207     <xs:element name="metastatic_breast_carcinoma_fluorescence_in_situ_hybridization_diagnostic_proc_centromere_17_signal_result_range" nillable="true">
      1208         <xs:complexType>
      1209             <xs:simpleContent>
      1210                 <xs:extension base="xs:string">
      1211                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      1212                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3132887" />
      1213                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />
      1214                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      1215                 </xs:extension>
      1216             </xs:simpleContent>
      1217         </xs:complexType>
      1218     </xs:element>
 
    <> 1220     <xs:element name="her2_neu_and_centromere_17_copy_number_metastatic_breast_carcinoma_analysis_input_total_number_count" nillable="true">
      1221         <xs:complexType>
      1222             <xs:simpleContent>
576                 <xs:extension base="utility:yes_or_no">   1223                 <xs:extension base="xs:integer">
 
578                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2194698" /> <> 1225                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3132899" />
579                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5" />   1226                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />
 
    -+ 1233     <xs:element name="metastatic_breast_carcinoma_her2_neu_chromosone_17_signal_ratio_value" nillable="true">
      1234         <xs:complexType>
      1235             <xs:simpleContent>
      1236                 <xs:extension base="xs:decimal">
      1237                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      1238                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3132903" />
      1239                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />
      1240                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      1241                 </xs:extension>
      1242             </xs:simpleContent>
      1243         </xs:complexType>
      1244     </xs:element>
 
586         <xs:element name="breast_carcinoma_immunohistochemistry_progesterone_receptor_pos_finding_scale" nillable="true"> <> 1246     <xs:element name="metastatic_breast_carcinoma_pos_finding_other_scale_measurement_text" nillable="true">
      1247         <xs:complexType>
      1248             <xs:simpleContent>
      1249                 <xs:extension base="xs:string">
      1250                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      1251                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3132907" />
      1252                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />
      1253                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      1254                 </xs:extension>
      1255             </xs:simpleContent>
      1256         </xs:complexType>
      1257     </xs:element>
 
    -+ 1259     <xs:element name="metastatic_breast_carcinoma_her2_erbb_pos_finding_fluorescence_in_situ_hybridization_calculation_method_text" nillable="true">
      1260         <xs:complexType>
      1261             <xs:simpleContent>
      1262                 <xs:extension base="xs:string">
      1263                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      1264                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3132910" />
      1265                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />
      1266                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      1267                 </xs:extension>
      1268             </xs:simpleContent>
      1269         </xs:complexType>
      1270     </xs:element>
 
    -+ 1272     <xs:element name="her2_neu_metastatic_breast_carcinoma_copy_analysis_input_total_number" nillable="true">
      1273         <xs:complexType>
      1274             <xs:simpleContent>
      1275                 <xs:extension base="xs:string">
      1276                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      1277                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3133734" />
      1278                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />
      1279                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      1280                 </xs:extension>
      1281             </xs:simpleContent>
      1282         </xs:complexType>
      1283     </xs:element>
 
    -+ 1285     <xs:element name="her2_neu_breast_carcinoma_copy_analysis_input_total_number" nillable="true">
      1286         <xs:complexType>
      1287             <xs:simpleContent>
      1288                 <xs:extension base="xs:string">
      1289                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      1290                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3133738" />
      1291                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />
      1292                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      1293                 </xs:extension>
      1294             </xs:simpleContent>
      1295         </xs:complexType>
      1296     </xs:element>
 
    -+ 1298     <xs:element name="breast_carcinoma_immunohistochemistry_pos_cell_score" nillable="true">
      1299         <xs:complexType>
      1300             <xs:simpleContent>
      1301                 <xs:extension base="onePlusToFourPlus">
      1302                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      1303                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3133874" />
      1304                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />
      1305                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      1306                 </xs:extension>
      1307             </xs:simpleContent>
      1308         </xs:complexType>
      1309     </xs:element>
 
    -+ 1311     <xs:element name="breast_tumor_pathologic_grouping_stage" nillable="true">
 
591                                         <xs:enumeration value="4 Point Scale" /> <> 1316                     <xs:enumeration value="Stage X" />
592                                         <xs:enumeration value="3 Point Scale" />   1317                     <xs:enumeration value="Stage Tis" />
      1318                     <xs:enumeration value="Stage 0" />
      1319                     <xs:enumeration value="Stage I" />
      1320                     <xs:enumeration value="Stage IA" />
      1321                     <xs:enumeration value="Stage IB" />
      1322                     <xs:enumeration value="Stage II" />
      1323                     <xs:enumeration value="Stage IIA" />
      1324                     <xs:enumeration value="Stage IIB" />
      1325                     <xs:enumeration value="Stage IIC" />
      1326                     <xs:enumeration value="Stage III" />
      1327                     <xs:enumeration value="Stage IIIA" />
      1328                     <xs:enumeration value="Stage IIIB" />
      1329                     <xs:enumeration value="Stage IIIC" />
      1330                     <xs:enumeration value="Stage IV" />
      1331                     <xs:enumeration value="Stage IVA" />
      1332                     <xs:enumeration value="Stage IVB" />
      1333                     <xs:enumeration value="Stage IIA Cervix" />
      1334                     <xs:enumeration value="Stage II Cervix" />
      1335                     <xs:enumeration value="Stage IB2" />
      1336                     <xs:enumeration value="Stage IB1" />
      1337                     <xs:enumeration value="Stage IB Cervix" />
      1338                     <xs:enumeration value="Stage IA2" />
      1339                     <xs:enumeration value="Stage IA1" />
      1340                     <xs:enumeration value="Stage IVC" />
593                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3203083" />   1341                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3203222" />
 
    -+ 1349     <xs:simpleType name="percentByTens">
      1350         <xs:restriction base="xs:string">
      1351             <xs:enumeration value="&lt;10%" />
      1352             <xs:enumeration value="10-19%" />
      1353             <xs:enumeration value="20-29%" />
      1354             <xs:enumeration value="30-39%" />
      1355             <xs:enumeration value="40-49%" />
      1356             <xs:enumeration value="50-59%" />
      1357             <xs:enumeration value="60-69%" />
      1358             <xs:enumeration value="70-79%" />
      1359             <xs:enumeration value="80-89%" />
      1360             <xs:enumeration value="90-99%" />
      1361             <xs:enumeration value="90-100%" />
      1362             <xs:enumeration value="" />
      1363         </xs:restriction>
      1364     </xs:simpleType>
 
    -+ 1376         </xs:restriction>
      1377     </xs:simpleType>
 
    -+ 1379     <xs:simpleType name="posNegClose">
      1380         <xs:restriction base="xs:string">
      1381             <xs:enumeration value="" />
      1382             <xs:enumeration value="Positive" />
      1383             <xs:enumeration value="Negative" />
      1384             <xs:enumeration value="Close" />
      1385         </xs:restriction>
      1386     </xs:simpleType>
 
    -+ 1388     <xs:simpleType name="onePlusToFourPlus">
      1389         <xs:restriction base="xs:string">
      1390             <xs:enumeration value="" />
      1391             <xs:enumeration value="0" />
      1392             <xs:enumeration value="1+" />
      1393             <xs:enumeration value="2+" />
      1394             <xs:enumeration value="3+" />
      1395             <xs:enumeration value="4+" />

   
File: TCGA_BCR.BRCA_Clinical_FollowUp_v1.5.xsd  
1 <?xml version="1.0" encoding="utf-8" ?> +-    
 
3 <xs:schema elementFormDefault="qualified" version="2.5.0" +-    
4         xmlns:xs="http://www.w3.org/2001/XMLSchema"      
5         xmlns:shared="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5"      
6         xmlns:utility="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5"      
7         xmlns:admin="http://tcga.nci/bcr/xml/administration/2.5"      
8         xmlns:brca_shared="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/brca/shared/2.5"      
9         xmlns="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/brca/followup/2.5/1.5"      
10         targetNamespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/brca/followup/2.5/1.5"      
11         xmlns:jaxb="http://java.sun.com/xml/ns/jaxb" jaxb:version="1.0" >      
 
13     <xs:import schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5/TCGA_BCR.Utility.xsd" namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5" /> +-    
14     <xs:import schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/administration/2.5/TCGA_BCR.Administration.xsd" namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/administration/2.5" />      
15     <xs:import schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5/TCGA_BCR.Shared_Clinical_Elements.xsd" namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5" />      
16     <xs:import schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/brca/shared/2.5/TCGA_BCR.BRCA_Clinical_Shared_Datatypes.xsd" namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/brca/shared/2.5" />      
17     <xs:annotation>      
18         <xs:appinfo>      
19             <jaxb:globalBindings generateIsSetMethod="true" />      
20             <jaxb:schemaBindings>      
21                 <jaxb:package name="nci.tcga.bcr.xml.jaxb.clinical.brca" />      
22             </jaxb:schemaBindings>      
23         </xs:appinfo>      
24     </xs:annotation>      
25     <xs:annotation>      
26         <xs:documentation xml:lang="en">Schema to define the elements of the TCGA Clinical Data Follow-up Form within the BRCA study.</xs:documentation>      
27     </xs:annotation>      
28     <xs:element name="follow_up_v1.5">      
29         <xs:complexType>      
30             <xs:sequence>      
31                 <xs:element ref="shared:bcr_patient_barcode" />      
32                 <xs:element ref="shared:bcr_patient_uuid" />      
33                                 <xs:choice>      
34                     <xs:annotation>      
35                         <xs:documentation>      
36                                                 Data for the DATE_of_last_followup elements are also asked on the      
37                                                 TCGA Clinical Data Form during initial enrollment within the BRCA study.      
38                                         </xs:documentation>      
39                     </xs:annotation>      
40                     <xs:sequence>      
41                         <xs:element ref="shared:day_of_last_followup" />      
42                         <xs:element ref="shared:month_of_last_followup" />      
43                         <xs:element ref="shared:year_of_last_followup" />      
44                     </xs:sequence>      
45                     <xs:element ref="shared:days_to_last_followup" />      
46                 </xs:choice>      
47                 <xs:element ref="shared:vital_status">      
48                     <xs:annotation>      
49                         <xs:documentation>      
50                                                 Data for the vital_status element is also asked on the      
51                                                 TCGA Clinical Data Form during initial enrollment within the BRCA study.      
52                                         </xs:documentation>      
53                     </xs:annotation>      
54                 </xs:element>      
55                                  <xs:element ref="shared:person_neoplasm_cancer_status">      
56                     <xs:annotation>      
57                         <xs:documentation>      
58                                                 Data for the DATE_of_person_neoplasm_cancer_status elements are also asked on the      
59                                                 TCGA Clinical Data Form during initial enrollment within the BRCA study.      
60                                         </xs:documentation>      
61                     </xs:annotation>      
62                 </xs:element>      
63                 <xs:choice>      
64                     <xs:annotation>      
65                         <xs:documentation>      
66                                                 Data for the DATE_of_last_known_alive element is also asked on the      
67                                                 TCGA Clinical Data Form during initial enrollment within the BRCA study.      
 
69                                                 DEPRECATED: +-    
70                                                         This question is no longer asked on the TCGA Clinical Data Follow-up Form (starting with v2.1)      
71                                                         within the BRCA study.      
72                                         </xs:documentation>      
73                     </xs:annotation>      
74                     <xs:sequence>      
75                         <xs:element ref="shared:day_of_last_known_alive" />      
76                         <xs:element ref="shared:month_of_last_known_alive" />      
77                         <xs:element ref="shared:year_of_last_known_alive" />      
78                     </xs:sequence>      
79                     <xs:element ref="shared:days_to_last_known_alive" />      
80                 </xs:choice>      
81                 <xs:choice>      
82                     <xs:annotation>      
83                         <xs:documentation>      
84                                                 Data for the DATE_of_death elements are also asked on the      
85                                                 TCGA Clinical Data Form during initial enrollment within the BRCA study.      
86                                         </xs:documentation>      
87                     </xs:annotation>      
88                     <xs:sequence>      
89                         <xs:element ref="shared:day_of_death" />      
90                         <xs:element ref="shared:month_of_death" />      
91                         <xs:element ref="shared:year_of_death" />      
92                     </xs:sequence>      
93                     <xs:element ref="shared:days_to_death" />      
94                 </xs:choice>      
95                                 <xs:element ref="shared:radiation_therapy" />      
96                 <xs:element ref="shared:targeted_molecular_therapy" />      
97                                 <xs:choice>      
98                     <xs:sequence>      
99                         <xs:element ref="shared:day_of_new_tumor_event_after_initial_treatment" />      
100                         <xs:element ref="shared:month_of_new_tumor_event_after_initial_treatment" />      
101                         <xs:element ref="shared:year_of_new_tumor_event_after_initial_treatment" />      
102                     </xs:sequence>      
103                     <xs:element ref="shared:days_to_new_tumor_event_after_initial_treatment" />      
104                 </xs:choice>      
105                                 <xs:element ref="shared:additional_surgery_locoregional_procedure" />      
106                                 <xs:choice>      
107                     <xs:annotation>      
108                         <xs:documentation>      
109                                                 DEPRECATED:      
110                                                                 This question is no longer asked on the TCGA Clinical Data Follow-up Form (starting with v2.1)      
111                                                                 within the BRCA study.      
112                                         </xs:documentation>      
113                     </xs:annotation>      
114                     <xs:sequence>      
115                         <xs:element ref="shared:day_of_additional_surgery_locoregional_procedure" />      
116                         <xs:element ref="shared:month_of_additional_surgery_locoregional_procedure" />      
117                         <xs:element ref="shared:year_of_additional_surgery_locoregional_procedure" />      
118                     </xs:sequence>      
119                     <xs:element ref="shared:days_to_additional_surgery_locoregional_procedure" />      
120                 </xs:choice>      
121                                 <xs:element ref="brca_shared:breast_carcinoma_estrogen_receptor_status">      
122                     <xs:annotation>      
123                         <xs:documentation>      
124                                                 Data for the brca_shared:breast_carcinoma_estrogen_receptor_status element is also asked      
125                                                 on the TCGA Clinical Data Form during initial enrollment within the BRCA study.      
 
127                                                 DEPRECATED: +-    
128                                                         This question is no longer asked on the TCGA Clinical Data Follow-up Form (starting with v2.1)      
129                                                         within the BRCA study.      
130                                         </xs:documentation>      
131                     </xs:annotation>      
132                 </xs:element>      
133                                 <xs:element ref="brca_shared:er_level_cell_percentage_category">      
134                     <xs:annotation>      
135                         <xs:documentation>      
136                                                 Data for the brca_shared:er_level_cell_percentage_category element is also asked      
137                                                 on the TCGA Clinical Data Form during initial enrollment within the BRCA study.      
 
139                                                 DEPRECATED: +-    
140                                                         This question is no longer asked on the TCGA Clinical Data Follow-up Form (starting with v2.1)      
141                                                         within the BRCA study.      
142                                         </xs:documentation>      
143                     </xs:annotation>      
144                 </xs:element>      
145                                 <xs:element ref="brca_shared:immunohistochemistry_positive_cell_score">      
146                     <xs:annotation>      
147                         <xs:documentation>      
148                                                 Data for the brca_shared:immunohistochemistry_positive_cell_score element is also asked      
149                                                 on the TCGA Clinical Data Form during initial enrollment within the BRCA study.      
 
151                                                 DEPRECATED: +-    
152                                                         This question is no longer asked on the TCGA Clinical Data Follow-up Form (starting with v2.1)      
153                                                         within the BRCA study.      
154                                         </xs:documentation>      
155                     </xs:annotation>      
156                 </xs:element>      
157                                 <xs:element ref="brca_shared:positive_finding_estrogen_receptor_other_measurement_scale_text">      
158                     <xs:annotation>      
159                         <xs:documentation>      
160                                                 Data for the brca_shared:positive_finding_estrogen_receptor_other_measurement_scale_text element      
161                                                 is also asked on the TCGA Clinical Data Form during initial enrollment within the BRCA study.      
 
163                                                 DEPRECATED: +-    
164                                                         This question is no longer asked on the TCGA Clinical Data Follow-up Form (starting with v2.1)      
165                                                         within the BRCA study.      
166                                         </xs:documentation>      
167                     </xs:annotation>      
168                 </xs:element>      
169                                 <xs:element ref="brca_shared:er_detection_method_text">      
170                     <xs:annotation>      
171                         <xs:documentation>      
172                                                 Data for the brca_shared:er_detection_method_text element is also asked on the      
173                                                 TCGA Clinical Data Form during initial enrollment within the BRCA study.      
 
175                                                 DEPRECATED: +-    
176                                                         This question is no longer asked on the TCGA Clinical Data Follow-up Form (starting with v2.1)      
177                                                         within the BRCA study.      
178                                         </xs:documentation>      
179                     </xs:annotation>      
180                 </xs:element>      
181                                 <xs:element ref="brca_shared:breast_carcinoma_progesterone_receptor_status">      
182                     <xs:annotation>      
183                         <xs:documentation>      
184                                                 Data for the brca_shared:breast_carcinoma_progesterone_receptor_status element      
185                                                 is also asked on the TCGA Clinical Data Form during initial enrollment within the BRCA study.      
 
187                                                 DEPRECATED: +-    
188                                                         This question is no longer asked on the TCGA Clinical Data Follow-up Form (starting with v2.1)      
189                                                         within the BRCA study.      
190                                         </xs:documentation>      
191                     </xs:annotation>      
192                 </xs:element>      
193                                 <xs:element ref="brca_shared:progesterone_receptor_level_cell_percent_category">      
194                     <xs:annotation>      
195                         <xs:documentation>      
196                                                 Data for the brca_shared:progesterone_receptor_level_cell_percent_category element      
197                                                 is also asked on the TCGA Clinical Data Form during initial enrollment within the BRCA study.      
 
199                                                 DEPRECATED: +-    
200                                                         This question is no longer asked on the TCGA Clinical Data Follow-up Form (starting with v2.1)      
201                                                         within the BRCA study.      
202                                         </xs:documentation>      
203                     </xs:annotation>      
204                 </xs:element>      
205                                 <xs:element ref="brca_shared:breast_carcinoma_immunohistochemistry_pos_cell_score">      
206                     <xs:annotation>      
207                         <xs:documentation>      
208                                                 Data for the brca_shared:breast_carcinoma_immunohistochemistry_pos_cell_score element      
209                                                 is also asked on the TCGA Clinical Data Form during initial enrollment within the BRCA study.      
 
211                                                 DEPRECATED: +-    
212                                                         This question is no longer asked on the TCGA Clinical Data Follow-up Form (starting with v2.1)      
213                                                         within the BRCA study.      
214                                         </xs:documentation>      
215                     </xs:annotation>      
216                 </xs:element>      
217                                 <xs:element ref="brca_shared:pos_finding_progesterone_receptor_other_measurement_scale_text">      
218                     <xs:annotation>      
219                         <xs:documentation>      
220                                                 Data for the brca_shared:pos_finding_progesterone_receptor_other_measurement_scale_text element      
221                                                 is also asked on the TCGA Clinical Data Form during initial enrollment within the BRCA study.      
 
223                                                 DEPRECATED: +-    
224                                                         This question is no longer asked on the TCGA Clinical Data Follow-up Form (starting with v2.1)      
225                                                         within the BRCA study.      
226                                         </xs:documentation>      
227                     </xs:annotation>      
228                 </xs:element>      
229                                 <xs:element ref="brca_shared:pgr_detection_method_text">      
230                     <xs:annotation>      
231                         <xs:documentation>      
232                                                 Data for the brca_shared:pgr_detection_method_text element is also asked on the      
233                                                 TCGA Clinical Data Form during initial enrollment within the BRCA study.      
 
235                                                 DEPRECATED: +-    
236                                                         This question is no longer asked on the TCGA Clinical Data Follow-up Form (starting with v2.1)      
237                                                         within the BRCA study.      
238                                         </xs:documentation>      
239                     </xs:annotation>      
240                 </xs:element>      
241                                 <xs:element ref="brca_shared:lab_proc_her2_neu_immunohistochemistry_receptor_status">      
242                     <xs:annotation>      
243                         <xs:documentation>      
244                                                 Data for the brca_shared:lab_proc_her2_neu_immunohistochemistry_receptor_status element      
245                                                 is also asked on the TCGA Clinical Data Form during initial enrollment within the BRCA study.      
 
247                                                 DEPRECATED: +-    
248                                                         This question is no longer asked on the TCGA Clinical Data Follow-up Form (starting with v2.1)      
249                                                         within the BRCA study.      
250                                         </xs:documentation>      
251                     </xs:annotation>      
252                 </xs:element>      
253                                 <xs:element ref="brca_shared:her2_erbb_pos_finding_cell_percent_category">      
254                     <xs:annotation>      
255                         <xs:documentation>      
256                                                 Data for the brca_shared:her2_erbb_pos_finding_cell_percent_category element is also asked      
257                                                 on the TCGA Clinical Data Form during initial enrollment within the BRCA study.      
 
259                                                 DEPRECATED: +-    
260                                                         This question is no longer asked on the TCGA Clinical Data Follow-up Form (starting with v2.1)      
261                                                         within the BRCA study.      
262                                         </xs:documentation>      
263                     </xs:annotation>      
264                 </xs:element>      
265                                 <xs:element ref="brca_shared:her2_immunohistochemistry_level_result">      
266                     <xs:annotation>      
267                         <xs:documentation>      
268                                                 Data for the brca_shared:immunohistochemistry_positive_cell_score element is also asked      
269                                                 on the TCGA Clinical Data Form during initial enrollment within the BRCA study.      
 
271                                                 DEPRECATED: +-    
272                                                         This question is no longer asked on the TCGA Clinical Data Follow-up Form (starting with v2.1)      
273                                                         within the BRCA study.      
274                                         </xs:documentation>      
275                     </xs:annotation>      
276                 </xs:element>      
277                                 <xs:element ref="brca_shared:pos_finding_her2_erbb2_other_measurement_scale_text">      
278                     <xs:annotation>      
279                         <xs:documentation>      
280                                                 Data for the brca_shared:pos_finding_her2_erbb2_other_measurement_scale_text element      
281                                                 is also asked on the TCGA Clinical Data Form during initial enrollment within the BRCA study.      
 
283                                                 DEPRECATED: +-    
284                                                         This question is no longer asked on the TCGA Clinical Data Follow-up Form (starting with v2.1)      
285                                                         within the BRCA study.      
286                                         </xs:documentation>      
287                     </xs:annotation>      
288                 </xs:element>      
289                                 <xs:element ref="brca_shared:her2_erbb_method_calculation_method_text">      
290                     <xs:annotation>      
291                         <xs:documentation>      
292                                                 Data for the brca_shared:her2_erbb_method_calculation_method_text element      
293                                                 is also asked on the TCGA Clinical Data Form during initial enrollment within the BRCA study.      
 
295                                                 DEPRECATED: +-    
296                                                         This question is no longer asked on the TCGA Clinical Data Follow-up Form (starting with v2.1)      
297                                                         within the BRCA study.      
298                                         </xs:documentation>      
299                     </xs:annotation>      
300                 </xs:element>      
301                                 <xs:element ref="brca_shared:lab_procedure_her2_neu_in_situ_hybrid_outcome_type">      
302                     <xs:annotation>      
303                         <xs:documentation>      
304                                                 Data for the brca_shared:lab_procedure_her2_neu_in_situ_hybrid_outcome_type element      
305                                                 is also asked on the TCGA Clinical Data Form during initial enrollment within the BRCA study.      
 
307                                                 DEPRECATED: +-    
308                                                         This question is no longer asked on the TCGA Clinical Data Follow-up Form (starting with v2.1)      
309                                                         within the BRCA study.      
310                                         </xs:documentation>      
311                     </xs:annotation>      
312                 </xs:element>      
313                                 <xs:element ref="brca_shared:her2_neu_breast_carcinoma_copy_analysis_input_total_number">      
314                     <xs:annotation>      
315                         <xs:documentation>      
316                                                 Data for the brca_shared:her2_neu_breast_carcinoma_copy_analysis_input_total_number element      
317                                                 is also asked on the TCGA Clinical Data Form during initial enrollment within the BRCA study.      
 
319                                                 DEPRECATED: +-    
320                                                         This question is no longer asked on the TCGA Clinical Data Follow-up Form (starting with v2.1)      
321                                                         within the BRCA study.      
322                                         </xs:documentation>      
323                     </xs:annotation>      
324                 </xs:element>      
325                                 <xs:element ref="brca_shared:fluorescence_in_situ_hybridization_diagnostic_procedure_chromosome_17_signal_result_range">      
326                     <xs:annotation>      
327                         <xs:documentation>      
328                                                 Data for the brca_shared:fluorescence_in_situ_hybridization_diagnostic_procedure_chromosome_17_signal_result_range      
329                                                 element is also asked on the TCGA Clinical Data Form during initial enrollment within the BRCA study.      
 
331                                                 DEPRECATED: +-    
332                                                         This question is no longer asked on the TCGA Clinical Data Follow-up Form (starting with v2.1)      
333                                                         within the BRCA study.      
334                                         </xs:documentation>      
335                     </xs:annotation>      
336                 </xs:element>      
337                                 <xs:element ref="brca_shared:her2_neu_and_centromere_17_copy_number_analysis_input_total_number_count">      
338                     <xs:annotation>      
339                         <xs:documentation>      
340                                                 Data for the brca_shared:her2_neu_and_centromere_17_copy_number_analysis_input_total_number_count      
341                                                 element is also asked on the TCGA Clinical Data Form during initial enrollment within the BRCA study.      
 
343                                                 DEPRECATED: +-    
344                                                         This question is no longer asked on the TCGA Clinical Data Follow-up Form (starting with v2.1)      
345                                                         within the BRCA study.      
346                                         </xs:documentation>      
347                     </xs:annotation>      
348                 </xs:element>      
349                                 <xs:element ref="brca_shared:her2_neu_chromosone_17_signal_ratio_value">      
350                     <xs:annotation>      
351                         <xs:documentation>      
352                                                 Data for the brca_shared:her2_neu_chromosone_17_signal_ratio_value element is also asked      
353                                                 on the TCGA Clinical Data Form during initial enrollment within the BRCA study.      
 
355                                                 DEPRECATED: +-    
356                                                         This question is no longer asked on the TCGA Clinical Data Follow-up Form (starting with v2.1)      
357                                                         within the BRCA study.      
358                                         </xs:documentation>      
359                     </xs:annotation>      
360                 </xs:element>      
361                                 <xs:element ref="brca_shared:her2_and_centromere_17_positive_finding_other_measurement_scale_text">      
362                     <xs:annotation>      
363                         <xs:documentation>      
364                                                 Data for the brca_shared:her2_and_centromere_17_positive_finding_other_measurement_scale_text element      
365                                                 is also asked on the TCGA Clinical Data Form during initial enrollment within the BRCA study.      
 
367                                                 DEPRECATED: +-    
368                                                         This question is no longer asked on the TCGA Clinical Data Follow-up Form (starting with v2.1)      
369                                                         within the BRCA study.      
370                                         </xs:documentation>      
371                     </xs:annotation>      
372                 </xs:element>      
373                                 <xs:element ref="brca_shared:her2_erbb_pos_finding_fluorescence_in_situ_hybridization_calculation_method_text">      
374                     <xs:annotation>      
375                         <xs:documentation>      
376                                                 Data for the brca_shared:her2_erbb_pos_finding_fluorescence_in_situ_hybridization_calculation_method_text      
377                                                 element is also asked on the TCGA Clinical Data Form during initial enrollment within the BRCA study.      
 
379                                                 DEPRECATED: +-    
380                                                         This question is no longer asked on the TCGA Clinical Data Follow-up Form (starting with v2.1)      
381                                                         within the BRCA study.      
382                                         </xs:documentation>      
383                     </xs:annotation>      
384                 </xs:element>      
385                                 <xs:element ref="shared:additional_surgery_metastatic_procedure">      
386                                         <xs:annotation>      
387                             <xs:documentation>      
388                                                         DEPRECATED:      
389                                                                 This question is no longer asked on the TCGA Clinical Data Follow-up Form (starting with v2.1)      
390                                                                 within the BRCA study.      
391                                                 </xs:documentation>      
392                         </xs:annotation>      
393                                 </xs:element>             
394                                 <xs:choice>      
395                     <xs:sequence>      
396                         <xs:element ref="shared:day_of_additional_surgery_metastatic_procedure" />      
397                         <xs:element ref="shared:month_of_additional_surgery_metastatic_procedure" />      
398                         <xs:element ref="shared:year_of_additional_surgery_metastatic_procedure" />      
399                     </xs:sequence>      
400                     <xs:element ref="shared:days_to_additional_surgery_metastatic_procedure" />      
401                 </xs:choice>      
 
403                                 <xs:element ref="brca_shared:metastatic_breast_carcinoma_estrogen_receptor_status" /> +-    
404                                 <xs:element ref="brca_shared:metastatic_breast_carcinoma_estrogen_receptor_level_cell_percent_category" />      
405                                 <xs:element ref="brca_shared:metastatic_breast_carcinoma_immunohistochemistry_er_pos_cell_score" />      
406                                 <xs:element ref="brca_shared:pos_finding_metastatic_breast_carcinoma_estrogen_receptor_other_measuremenet_scale_text" />      
407                                 <xs:element ref="brca_shared:metastatic_breast_carcinoma_estrogen_receptor_detection_method_text" />      
408                                 <xs:element ref="brca_shared:metastatic_breast_carcinoma_progesterone_receptor_status" />      
409                                 <xs:element ref="brca_shared:metastatic_breast_carcinoma_progesterone_receptor_level_cell_percent_category" />      
410                                 <xs:element ref="brca_shared:metastatic_breast_carcinoma_immunohistochemistry_pr_pos_cell_score" />      
411                                 <xs:element ref="brca_shared:metastatic_breast_carcinoma_pos_finding_progesterone_receptor_other_measure_scale_text" />      
412                                 <xs:element ref="brca_shared:metastatic_breast_carcinoma_progesterone_receptor_detection_method_text" />      
413                                 <xs:element ref="brca_shared:metastatic_breast_carcinoma_lab_proc_her2_neu_immunohistochemistry_receptor_status" />      
414                                 <xs:element ref="brca_shared:metastatic_breast_carcinoma_her2_erbb_pos_finding_cell_percent_category" />      
415                                 <xs:element ref="brca_shared:metastatic_breast_carcinoma_erbb2_immunohistochemistry_level_result" />      
416                                 <xs:element ref="brca_shared:metastatic_breast_carcinoma_pos_finding_her2_erbb2_other_measure_scale_text" />      
417                                 <xs:element ref="brca_shared:metastatic_breast_carcinoma_her2_erbb_method_calculation_method_text" />      
418                                 <xs:element ref="brca_shared:metastatic_breast_carcinoma_lab_proc_her2_neu_in_situ_hybridization_outcome_type" />      
419                                 <xs:element ref="brca_shared:her2_neu_metastatic_breast_carcinoma_copy_analysis_input_total_number" />      
420                                 <xs:element ref="brca_shared:metastatic_breast_carcinoma_fluorescence_in_situ_hybridization_diagnostic_proc_centromere_17_signal_result_range" />      
421                                 <xs:element ref="brca_shared:her2_neu_and_centromere_17_copy_number_metastatic_breast_carcinoma_analysis_input_total_number_count" />      
422                                 <xs:element ref="brca_shared:metastatic_breast_carcinoma_her2_neu_chromosone_17_signal_ratio_value" />      
423                                 <xs:element ref="brca_shared:metastatic_breast_carcinoma_pos_finding_other_scale_measurement_text" />      
424                                 <xs:element ref="brca_shared:metastatic_breast_carcinoma_her2_erbb_pos_finding_fluorescence_in_situ_hybridization_calculation_method_text" />      
 
426                                 <xs:element ref="shared:additional_radiation_therapy" /> +-    
427                                 <xs:element ref="shared:additional_pharmaceutical_therapy" />      
 
429                 <xs:choice> +-    
430                     <xs:annotation>      
431                         <xs:documentation>      
432                                                         Date the interviewer originally completed the corresponding TCGA Clinical Data Form.      
433                                                         If modifications are made after the form is marked complete, this date should not change.      
434                                                 </xs:documentation>      
435                     </xs:annotation>      
436                     <xs:sequence>      
437                         <xs:element ref="shared:day_of_form_completion" />      
438                         <xs:element ref="shared:month_of_form_completion" />      
439                         <xs:element ref="shared:year_of_form_completion" />      
440                     </xs:sequence>      
441                     <xs:element ref="shared:days_to_form_completion" />      
442                 </xs:choice>      
443             </xs:sequence>      
444             <xs:attribute name="version" type="xs:string" default="1.5" use="optional"/>      
445         </xs:complexType>      
446     </xs:element>      
447 </xs:schema>      

   
File: TCGA_BCR.BRCA_Clinical_FollowUp_v2.1.xsd  
1 <?xml version="1.0" encoding="utf-8" ?> +-    
2 <xs:schema elementFormDefault="qualified" version="2.5.0"      
3         xmlns:xs="http://www.w3.org/2001/XMLSchema"      
4         xmlns:utility="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5"      
5         xmlns:admin="http://tcga.nci/bcr/xml/administration/2.5"      
6         xmlns:shared="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5"      
7         xmlns:brca_shared="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/brca/shared/2.5"       
8         xmlns="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/brca/followup/2.5/2.1"      
9         targetNamespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/brca/followup/2.5/2.1"      
10         xmlns:jaxb="http://java.sun.com/xml/ns/jaxb" jaxb:version="1.0">      
 
12         <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5/TCGA_BCR.Utility.xsd" /> +-    
13     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/administration/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/administration/2.5/TCGA_BCR.Administration.xsd" />      
14     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5/TCGA_BCR.Shared_Clinical_Elements.xsd" />      
15     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/brca/shared/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/brca/shared/2.5/TCGA_BCR.BRCA_Clinical_Shared_Datatypes.xsd" />      
 
17         <xs:annotation> +-    
18         <xs:appinfo>      
19             <jaxb:globalBindings generateIsSetMethod="true"/>      
20             <jaxb:schemaBindings>      
21                 <jaxb:package name="nci.tcga.bcr.xml.jaxb.clinical.brca"/>      
22             </jaxb:schemaBindings>      
23         </xs:appinfo>      
24     </xs:annotation>      
 
26     <xs:annotation> +-    
27         <xs:documentation xml:lang="en">Schema to define the elements of the TCGA clinical data follow-up form within the BRCA study.</xs:documentation>      
28     </xs:annotation>      
 
30         <xs:element name="follow_up_v2.1"> +-    
31                 <xs:complexType>      
32                     <xs:sequence>      
33                                 <xs:element ref="shared:bcr_patient_barcode" />      
34                                 <xs:element ref="shared:bcr_patient_uuid" />      
35                                 <xs:element ref="shared:followup_case_report_form_submission_reason" />      
36                                 <xs:element ref="shared:radiation_therapy" />      
37                                 <xs:element ref="shared:targeted_molecular_therapy" />      
38                                 <xs:element ref="shared:vital_status" >      
39                                         <xs:annotation><xs:documentation>      
40                                                 Data for the vital_status element is also asked on the      
41                                                 TCGA Clinical Data Form during initial enrollment within the BRCA study.      
42                                         </xs:documentation></xs:annotation>      
43                                 </xs:element>      
44                                 <xs:choice>      
45                                         <xs:annotation><xs:documentation>      
46                                                 Data for the DATE_of_last_followup elements are also asked on the      
47                                                 TCGA Clinical Data Form during initial enrollment within the BRCA study.      
48                                         </xs:documentation></xs:annotation>      
49                                         <xs:sequence>      
50                                                 <xs:element ref="shared:day_of_last_followup" />      
51                                                 <xs:element ref="shared:month_of_last_followup" />      
52                                                 <xs:element ref="shared:year_of_last_followup" />      
53                                         </xs:sequence>      
54                                         <xs:element ref="shared:days_to_last_followup" />      
55                                 </xs:choice>      
56                                 <xs:choice>      
57                                         <xs:annotation><xs:documentation>      
58                                                 Data for the DATE_of_death elements are also asked on the      
59                                                 TCGA Clinical Data Form during initial enrollment within the BRCA study.      
60                                         </xs:documentation></xs:annotation>      
61                                         <xs:sequence>      
62                                                 <xs:element ref="shared:day_of_death" />      
63                                                 <xs:element ref="shared:month_of_death" />      
64                                                 <xs:element ref="shared:year_of_death" />      
65                                         </xs:sequence>      
66                                         <xs:element ref="shared:days_to_death" />      
67                                 </xs:choice>      
68                                 <xs:element ref="shared:person_neoplasm_cancer_status">      
69                                         <xs:annotation><xs:documentation>      
70                                                 Data for the person_neoplasm_cancer_status elements are also asked on the      
71                                                 TCGA Clinical Data Form during initial enrollment within the BRCA study.      
72                                         </xs:documentation></xs:annotation>      
73                                 </xs:element>      
74                                 <xs:element ref="shared:new_tumor_event_after_initial_treatment" />      
75                                 <xs:choice>      
76                                         <xs:sequence>      
77                                                 <xs:element ref="shared:day_of_new_tumor_event_after_initial_treatment" />      
78                                                 <xs:element ref="shared:month_of_new_tumor_event_after_initial_treatment" />      
79                                                 <xs:element ref="shared:year_of_new_tumor_event_after_initial_treatment" />      
80                                         </xs:sequence>      
 
82                                         <xs:element ref="shared:days_to_new_tumor_event_after_initial_treatment" /> +-    
83                                 </xs:choice>      
84                                 <xs:element ref="shared:new_neoplasm_event_type" />      
85                                 <xs:element ref="brca_shared:new_neoplasm_event_occurrence_anatomic_site" />      
86                                 <xs:element ref="brca_shared:new_neoplasm_occurrence_anatomic_site_text" />      
87                                 <xs:element ref="shared:additional_surgery_locoregional_procedure" />      
88                                 <xs:choice>      
89                                         <xs:sequence>      
90                                                 <xs:element ref="shared:day_of_additional_surgery_metastatic_procedure" />      
91                                                 <xs:element ref="shared:month_of_additional_surgery_metastatic_procedure" />      
92                                                 <xs:element ref="shared:year_of_additional_surgery_metastatic_procedure" />      
93                                         </xs:sequence>      
 
95                                         <xs:element ref="shared:days_to_additional_surgery_metastatic_procedure" /> +-    
96                                 </xs:choice>      
97                                 <xs:element ref="shared:additional_radiation_therapy" />      
98                                 <xs:element ref="shared:additional_pharmaceutical_therapy" />      
99                                 <xs:element ref="brca_shared:metastatic_breast_carcinoma_estrogen_receptor_status" />      
100                                 <xs:element ref="brca_shared:metastatic_breast_carcinoma_estrogen_receptor_level_cell_percent_category" />      
101                                 <xs:element ref="brca_shared:metastatic_breast_carcinoma_immunohistochemistry_er_positive_finding_scale_type">      
102                                         <xs:annotation><xs:documentation>      
103                                                 NEW question that was added on the TCGA clinical data follow-up (v2.1) form within the BRCA study.      
104                                         </xs:documentation></xs:annotation>      
105                                 </xs:element>      
106                                 <xs:element ref="brca_shared:pos_finding_metastatic_breast_carcinoma_estrogen_receptor_other_measuremenet_scale_text" />      
107                                 <xs:element ref="brca_shared:metastatic_breast_carcinoma_immunohistochemistry_er_pos_cell_score" />      
108                                 <xs:element ref="brca_shared:metastatic_breast_carcinoma_estrogen_receptor_detection_method_text" />      
109                                 <xs:element ref="brca_shared:metastatic_breast_carcinoma_progesterone_receptor_status" />      
110                                 <xs:element ref="brca_shared:metastatic_breast_carcinoma_progesterone_receptor_level_cell_percent_category" />      
111                                 <xs:element ref="brca_shared:metastatic_breast_carcinoma_immunohistochemistry_progesterone_receptor_positive_finding_scale_type">      
112                                         <xs:annotation><xs:documentation>      
113                                                 NEW question that was added on the TCGA Clinical Data Follow-up (starting with v2.1) Form within the BRCA study.      
114                                         </xs:documentation></xs:annotation>      
115                                 </xs:element>      
116                                 <xs:element ref="brca_shared:metastatic_breast_carcinoma_pos_finding_progesterone_receptor_other_measure_scale_text" />      
117                                 <xs:element ref="brca_shared:metastatic_breast_carcinoma_immunohistochemistry_pr_pos_cell_score" />      
118                                 <xs:element ref="brca_shared:metastatic_breast_carcinoma_progesterone_receptor_detection_method_text" />      
119                                 <xs:element ref="brca_shared:metastatic_breast_carcinoma_lab_proc_her2_neu_immunohistochemistry_receptor_status" />      
120                                 <xs:element ref="brca_shared:metastatic_breast_carcinoma_her2_erbb_pos_finding_cell_percent_category" />      
121                                 <xs:element ref="brca_shared:metastatic_breast_carcinoma_erbb2_immunohistochemistry_level_result" />      
122                                 <xs:element ref="brca_shared:metastatic_breast_carcinoma_pos_finding_her2_erbb2_other_measure_scale_text" />      
123                                 <xs:element ref="brca_shared:metastatic_breast_carcinoma_her2_erbb_method_calculation_method_text" />      
124                                 <xs:element ref="brca_shared:metastatic_breast_carcinoma_lab_proc_her2_neu_in_situ_hybridization_outcome_type" />      
125                                 <xs:element ref="brca_shared:her2_neu_metastatic_breast_carcinoma_copy_analysis_input_total_number" />      
126                                 <xs:element ref="brca_shared:metastatic_breast_carcinoma_fluorescence_in_situ_hybridization_diagnostic_proc_centromere_17_signal_result_range" />      
127                                 <xs:element ref="brca_shared:her2_neu_and_centromere_17_copy_number_metastatic_breast_carcinoma_analysis_input_total_number_count" />      
128                                 <xs:element ref="brca_shared:metastatic_breast_carcinoma_her2_neu_chromosone_17_signal_ratio_value" />      
129                                 <xs:element ref="brca_shared:metastatic_breast_carcinoma_pos_finding_other_scale_measurement_text" />      
130                                 <xs:element ref="brca_shared:metastatic_breast_carcinoma_her2_erbb_pos_finding_fluorescence_in_situ_hybridization_calculation_method_text" />      
 
132                                 <xs:choice> +-    
133                                         <xs:annotation>      
134                                                 <xs:documentation>      
135                                                         Date the interviewer originally completed the corresponding TCGA clinical data form.      
136                                                         If modifications are made after the form is marked complete, this date should not change.      
137                                                 </xs:documentation>      
138                                         </xs:annotation>      
139                                         <xs:sequence>      
140                                                 <xs:element ref="shared:day_of_form_completion" />      
141                                                 <xs:element ref="shared:month_of_form_completion" />      
142                                                 <xs:element ref="shared:year_of_form_completion" />      
143                                         </xs:sequence>      
144                                         <xs:element ref="shared:days_to_form_completion" />      
145                                 </xs:choice>      
146                         </xs:sequence>      
147                         <xs:attribute name="version" type="xs:string" default="2.1" use="optional"/>      
148                 </xs:complexType>      
149         </xs:element>      
150 </xs:schema>      

   
File: TCGA_BCR.BRCA_Clinical_Shared_Datatypes.xsd  
1 <?xml version="1.0" encoding="utf-8" ?> +-    
 
4 <xs:schema elementFormDefault="qualified" version="2.5.0" +-    
5   xmlns:xs="http://www.w3.org/2001/XMLSchema"      
6   xmlns:utility="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5"      
7   xmlns="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/brca/shared/2.5"      
8   targetNamespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/brca/shared/2.5">      
 
10   <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5/TCGA_BCR.Utility.xsd" /> +-    
 
12         <xs:element name="new_neoplasm_event_occurrence_anatomic_site" nillable="true"> +-    
13             <xs:annotation><xs:documentation>      
14                         New question that was added TCGA clinical data follow-up (v2.1) form within the BRCA study.      
15                         This XSD element definition will probably be moved to a more general XSD.        
16                 </xs:documentation></xs:annotation>      
17         <xs:complexType mixed="true">      
18             <xs:simpleContent>      
19                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
20                     <xs:enumeration value="" />      
21                     <xs:enumeration value="Lung" />      
22                     <xs:enumeration value="Bone" />      
23                                         <xs:enumeration value="Liver" />      
24                                         <xs:enumeration value="Brain" />      
25                                         <xs:enumeration value="Other, specify" />      
26                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3108271" />      
27                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5.0" />      
28                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />      
29                 </xs:restriction>      
30             </xs:simpleContent>      
31         </xs:complexType>      
32     </xs:element>      
 
34         <xs:element name="new_neoplasm_occurrence_anatomic_site_text" nillable="true"> +-    
35         <xs:complexType>      
36             <xs:simpleContent>      
37                 <xs:extension base="xs:string">      
38                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />      
39                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3128033" />      
40                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5.0" />      
41                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />      
42                 </xs:extension>      
43             </xs:simpleContent>      
44         </xs:complexType>      
45     </xs:element>      
 
47           <xs:element name="er_detection_method_text" nillable="true"> +-    
48         <xs:complexType>      
49             <xs:simpleContent>      
50                 <xs:extension base="xs:string">      
51                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />      
52                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="69" />      
53                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />      
54                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />      
55                 </xs:extension>      
56             </xs:simpleContent>      
57         </xs:complexType>      
58     </xs:element>      
 
60     <xs:element name="pgr_detection_method_text" nillable="true"> +-    
61         <xs:complexType>      
62             <xs:simpleContent>      
63                 <xs:extension base="xs:string">      
64                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />      
65                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="785" />      
66                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />      
67                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />      
68                 </xs:extension>      
69             </xs:simpleContent>      
70         </xs:complexType>      
71     </xs:element>      
 
73     <xs:element name="her2_neu_chromosone_17_signal_ratio_value" nillable="true"> +-    
74         <xs:complexType>      
75             <xs:simpleContent>      
76                 <xs:extension base="utility:number_or_null">      
77                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />      
78                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2497552" />      
79                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />      
80                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />      
81                 </xs:extension>      
82             </xs:simpleContent>      
83         </xs:complexType>      
84     </xs:element>      
 
86     <xs:element name="breast_carcinoma_progesterone_receptor_status" nillable="true"> +-    
87         <xs:complexType>      
88             <xs:simpleContent>      
89                 <xs:extension base="posNegStat">      
90                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />      
91                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2957357" />      
92                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />      
93                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />      
94                 </xs:extension>      
95             </xs:simpleContent>      
96         </xs:complexType>      
97     </xs:element>      
 
99     <xs:element name="immunohistochemistry_positive_cell_score" nillable="true"> +-    
100         <xs:complexType>      
101             <xs:simpleContent>      
102                 <xs:extension base="onePlusToFourPlus">      
103                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />      
104                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2230166" />      
105                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />      
106                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />      
107                 </xs:extension>      
108             </xs:simpleContent>      
109         </xs:complexType>      
110     </xs:element>      
 
112     <xs:element name="her2_immunohistochemistry_level_result" nillable="true"> +-    
113             <xs:annotation><xs:documentation>      
114                         DEPRECATED: The CDE has changed for this question.      
115                                 See metastatic_breast_carcinoma_immunohistochemistry_er_positive_finding_scale_type      
116                 </xs:documentation></xs:annotation>      
117         <xs:complexType>      
118             <xs:simpleContent>      
119                 <xs:extension base="onePlusToFourPlus">      
120                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />      
121                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2178402" />      
122                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />      
123                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />      
124                 </xs:extension>      
125             </xs:simpleContent>      
126         </xs:complexType>      
127     </xs:element>      
 
129     <xs:element name="lab_procedure_her2_neu_in_situ_hybrid_outcome_type" nillable="true"> +-    
130         <xs:complexType>      
131             <xs:simpleContent>      
132                 <xs:extension base="posNegStat">      
133                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />      
134                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2854089" />      
135                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />      
136                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />      
137                 </xs:extension>      
138             </xs:simpleContent>      
139         </xs:complexType>      
140     </xs:element>      
 
142     <xs:element name="breast_carcinoma_estrogen_receptor_status" nillable="true"> +-    
143         <xs:complexType>      
144             <xs:simpleContent>      
145                 <xs:extension base="posNegStat">      
146                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />      
147                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2957359" />      
148                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />      
149                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />      
150                 </xs:extension>      
151             </xs:simpleContent>      
152         </xs:complexType>      
153     </xs:element>      
 
155     <xs:element name="lab_proc_her2_neu_immunohistochemistry_receptor_status" nillable="true"> +-    
156         <xs:complexType>      
157             <xs:simpleContent>      
158                 <xs:extension base="posNegStat">      
159                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />      
160                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2957563" />      
161                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />      
162                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />      
163                 </xs:extension>      
164             </xs:simpleContent>      
165         </xs:complexType>      
166     </xs:element>      
 
168     <xs:element name="pos_finding_progesterone_receptor_other_measurement_scale_text" nillable="true"> +-    
169         <xs:complexType>      
170             <xs:simpleContent>      
171                 <xs:extension base="xs:string">      
172                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />      
173                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3086857" />      
174                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />      
175                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />      
176                 </xs:extension>      
177             </xs:simpleContent>      
178         </xs:complexType>      
179     </xs:element>      
 
181     <xs:element name="positive_finding_estrogen_receptor_other_measurement_scale_text" nillable="true"> +-    
182         <xs:complexType>      
183             <xs:simpleContent>      
184                 <xs:extension base="xs:string">      
185                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />      
186                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3086851" />      
187                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />      
188                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />      
189                 </xs:extension>      
190             </xs:simpleContent>      
191         </xs:complexType>      
192     </xs:element>      
 
194     <xs:element name="her2_erbb_pos_finding_cell_percent_category" nillable="true"> +-    
195         <xs:complexType>      
196             <xs:simpleContent>      
197                 <xs:extension base="percentByTens">      
198                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />      
199                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3086980" />      
200                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />      
201                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />      
202                 </xs:extension>      
203             </xs:simpleContent>      
204         </xs:complexType>      
205     </xs:element>      
 
207     <xs:element name="pos_finding_her2_erbb2_other_measurement_scale_text" nillable="true"> +-    
208         <xs:complexType>      
209             <xs:simpleContent>      
210                 <xs:extension base="xs:string">      
211                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />      
212                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3087479" />      
213                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />      
214                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />      
215                 </xs:extension>      
216             </xs:simpleContent>      
217         </xs:complexType>      
218     </xs:element>      
 
220     <xs:element name="her2_erbb_method_calculation_method_text" nillable="true"> +-    
221         <xs:complexType>      
222             <xs:simpleContent>      
223                 <xs:extension base="xs:string">      
224                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />      
225                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3087487" />      
226                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />      
227                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />      
228                 </xs:extension>      
229             </xs:simpleContent>      
230         </xs:complexType>      
231     </xs:element>      
 
233     <xs:element name="her2_neu_and_centromere_17_copy_number_analysis_input_total_number_count" nillable="true"> +-    
234         <xs:complexType>      
235             <xs:simpleContent>      
236                 <xs:extension base="utility:integer_or_null">      
237                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />      
238                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3087902" />      
239                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />      
240                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />      
241                 </xs:extension>      
242             </xs:simpleContent>      
243         </xs:complexType>      
244     </xs:element>      
 
246     <xs:element name="her2_and_centromere_17_positive_finding_other_measurement_scale_text" nillable="true"> +-    
247         <xs:complexType>      
248             <xs:simpleContent>      
249                 <xs:extension base="xs:string">      
250                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />      
251                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3087923" />      
252                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />      
253                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />      
254                 </xs:extension>      
255             </xs:simpleContent>      
256         </xs:complexType>      
257     </xs:element>      
 
259     <xs:element name="her2_erbb_pos_finding_fluorescence_in_situ_hybridization_calculation_method_text" nillable="true"> +-    
260         <xs:complexType>      
261             <xs:simpleContent>      
262                 <xs:extension base="xs:string">      
263                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />      
264                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3087929" />      
265                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />      
266                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />      
267                 </xs:extension>      
268             </xs:simpleContent>      
269         </xs:complexType>      
270     </xs:element>      
 
272     <xs:element name="fluorescence_in_situ_hybridization_diagnostic_procedure_chromosome_17_signal_result_range" nillable="true"> +-    
273         <xs:complexType>      
274             <xs:simpleContent>      
275                 <xs:extension base="xs:string">      
276                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />      
277                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3104295" />      
278                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />      
279                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />      
280                 </xs:extension>      
281             </xs:simpleContent>      
282         </xs:complexType>      
283     </xs:element>      
 
285     <xs:element name="er_level_cell_percentage_category" nillable="true"> +-    
286         <xs:complexType>      
287             <xs:simpleContent>      
288                 <xs:extension base="percentByTens">      
289                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />      
290                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3128341" />      
291                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />      
292                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />      
293                 </xs:extension>      
294             </xs:simpleContent>      
295         </xs:complexType>      
296     </xs:element>      
 
298     <xs:element name="progesterone_receptor_level_cell_percent_category" nillable="true"> +-    
299         <xs:complexType>      
300             <xs:simpleContent>      
301                 <xs:extension base="percentByTens">      
302                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />      
303                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3128342" />      
304                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />      
305                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />      
306                 </xs:extension>      
307             </xs:simpleContent>      
308         </xs:complexType>      
309     </xs:element>      
 
311     <xs:element name="her2_neu_breast_carcinoma_copy_analysis_input_total_number" nillable="true"> +-    
312         <xs:complexType>      
313             <xs:simpleContent>      
314                 <xs:extension base="xs:string">      
315                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />      
316                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3133738" />      
317                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />      
318                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />      
319                 </xs:extension>      
320             </xs:simpleContent>      
321         </xs:complexType>      
322     </xs:element>      
 
324     <xs:element name="breast_carcinoma_immunohistochemistry_pos_cell_score" nillable="true"> +-    
325         <xs:complexType>      
326             <xs:simpleContent>      
327                 <xs:extension base="onePlusToFourPlus">      
328                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />      
329                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3133874" />      
330                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />      
331                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />      
332                 </xs:extension>      
333             </xs:simpleContent>      
334         </xs:complexType>      
335     </xs:element>      
 
337           <xs:element name="metastatic_breast_carcinoma_estrogen_receptor_status" nillable="true"> +-    
338         <xs:complexType>      
339             <xs:simpleContent>      
340                 <xs:extension base="posNegStat">      
341                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />      
342                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3131865" />      
343                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />      
344                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />      
345                 </xs:extension>      
346             </xs:simpleContent>      
347         </xs:complexType>      
348     </xs:element>      
 
350         <xs:element name="metastatic_breast_carcinoma_estrogen_receptor_level_cell_percent_category" nillable="true"> +-    
351         <xs:complexType>      
352             <xs:simpleContent>      
353                 <xs:extension base="percentByTens">      
354                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />      
355                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3131869" />      
356                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />      
357                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />      
358                 </xs:extension>      
359             </xs:simpleContent>      
360         </xs:complexType>      
361     </xs:element>      
 
363     <xs:element name="metastatic_breast_carcinoma_immunohistochemistry_er_positive_finding_scale_type" nillable="true"> +-    
364             <xs:annotation><xs:documentation>      
365                         New question that was added TCGA clinical data follow-up (v2.1) form within the BRCA study      
366                 </xs:documentation></xs:annotation>      
367         <xs:complexType mixed="true">      
368             <xs:simpleContent>      
369                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
370                     <xs:enumeration value="" />      
371                     <xs:enumeration value="3 Point Scale" />      
372                     <xs:enumeration value="4 Point Scale" />      
373                                         <xs:enumeration value="Other Reporting Scale" />      
374                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3203082" />      
375                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5.0" />      
376                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />      
377                 </xs:restriction>      
378             </xs:simpleContent>      
379         </xs:complexType>      
380     </xs:element>      
 
382         <xs:element name="metastatic_breast_carcinoma_immunohistochemistry_er_pos_cell_score" nillable="true"> +-    
383         <xs:complexType>      
384             <xs:simpleContent>      
385                 <xs:extension base="onePlusToFourPlus">      
386                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />      
387                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3131873" />      
388                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />      
389                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />      
390                 </xs:extension>      
391             </xs:simpleContent>      
392         </xs:complexType>      
393     </xs:element>      
 
395         <xs:element name="pos_finding_metastatic_breast_carcinoma_estrogen_receptor_other_measuremenet_scale_text" nillable="true"> +-    
396         <xs:complexType>      
397             <xs:simpleContent>      
398                 <xs:extension base="xs:string">      
399                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />      
400                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3131877" />      
401                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />      
402                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />      
403                 </xs:extension>      
404             </xs:simpleContent>      
405         </xs:complexType>      
406     </xs:element>      
 
408         <xs:element name="metastatic_breast_carcinoma_estrogen_receptor_detection_method_text" nillable="true"> +-    
409         <xs:complexType>      
410             <xs:simpleContent>      
411                 <xs:extension base="xs:string">      
412                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />      
413                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3131881" />      
414                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />      
415                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />      
416                 </xs:extension>      
417             </xs:simpleContent>      
418         </xs:complexType>      
419     </xs:element>      
 
421         <xs:element name="metastatic_breast_carcinoma_progesterone_receptor_status" nillable="true"> +-    
422         <xs:complexType>      
423             <xs:simpleContent>      
424                 <xs:extension base="posNegStat">      
425                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />      
426                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3131884" />      
427                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />      
428                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />      
429                 </xs:extension>      
430             </xs:simpleContent>      
431         </xs:complexType>      
432     </xs:element>      
 
434         <xs:element name="metastatic_breast_carcinoma_lab_proc_her2_neu_immunohistochemistry_receptor_status" nillable="true"> +-    
435         <xs:complexType>      
436             <xs:simpleContent>      
437                 <xs:extension base="posNegStat">      
438                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />      
439                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3131997" />      
440                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />      
441                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />      
442                 </xs:extension>      
443             </xs:simpleContent>      
444         </xs:complexType>      
445     </xs:element>      
 
447         <xs:element name="metastatic_breast_carcinoma_progesterone_receptor_level_cell_percent_category" nillable="true"> +-    
448         <xs:complexType>      
449             <xs:simpleContent>      
450                 <xs:extension base="percentByTens">      
451                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />      
452                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3131891" />      
453                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />      
454                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />      
455                 </xs:extension>      
456             </xs:simpleContent>      
457         </xs:complexType>      
458     </xs:element>      
 
460     <xs:element name="metastatic_breast_carcinoma_immunohistochemistry_progesterone_receptor_positive_finding_scale_type" nillable="true"> +-    
461             <xs:annotation><xs:documentation>      
462                         New question that was added TCGA clinical data follow-up (v2.1) form within the BRCA study      
463                 </xs:documentation></xs:annotation>      
464         <xs:complexType mixed="true">      
465             <xs:simpleContent>      
466                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
467                     <xs:enumeration value="" />      
468                     <xs:enumeration value="3 Point Scale" />      
469                     <xs:enumeration value="4 Point Scale" />      
470                                         <xs:enumeration value="Other Reporting Scale" />      
471                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3203085" />      
472                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5.0" />      
473                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />      
474                 </xs:restriction>      
475             </xs:simpleContent>      
476         </xs:complexType>      
477     </xs:element>      
 
479         <xs:element name="metastatic_breast_carcinoma_immunohistochemistry_pr_pos_cell_score" nillable="true"> +-    
480         <xs:complexType>      
481             <xs:simpleContent>      
482                 <xs:extension base="onePlusToFourPlus">      
483                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />      
484                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3131988" />      
485                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />      
486                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />      
487                 </xs:extension>      
488             </xs:simpleContent>      
489         </xs:complexType>      
490     </xs:element>      
 
492         <xs:element name="metastatic_breast_carcinoma_pos_finding_progesterone_receptor_other_measure_scale_text" nillable="true"> +-    
493         <xs:complexType>      
494             <xs:simpleContent>      
495                 <xs:extension base="xs:string">      
496                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />      
497                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3131992" />      
498                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />      
499                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />      
500                 </xs:extension>      
501             </xs:simpleContent>      
502         </xs:complexType>      
503     </xs:element>      
 
505         <xs:element name="metastatic_breast_carcinoma_progesterone_receptor_detection_method_text" nillable="true"> +-    
506         <xs:complexType>      
507             <xs:simpleContent>      
508                 <xs:extension base="xs:string">      
509                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />      
510                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3131993" />      
511                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />      
512                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />      
513                 </xs:extension>      
514             </xs:simpleContent>      
515         </xs:complexType>      
516     </xs:element>      
 
518         <xs:element name="metastatic_breast_carcinoma_her2_erbb_pos_finding_cell_percent_category" nillable="true"> +-    
519         <xs:complexType>      
520             <xs:simpleContent>      
521                 <xs:extension base="percentByTens">      
522                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />      
523                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3132322" />      
524                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />      
525                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />      
526                 </xs:extension>      
527             </xs:simpleContent>      
528         </xs:complexType>      
529     </xs:element>      
 
531          <xs:element name="metastatic_breast_carcinoma_erbb2_immunohistochemistry_level_result" nillable="true"> +-    
532         <xs:complexType>      
533             <xs:simpleContent>      
534                 <xs:extension base="onePlusToFourPlus">      
535                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />      
536                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3132444" />      
537                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />      
538                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />      
539                 </xs:extension>      
540             </xs:simpleContent>      
541         </xs:complexType>      
542     </xs:element>      
 
544         <xs:element name="metastatic_breast_carcinoma_pos_finding_her2_erbb2_other_measure_scale_text" nillable="true"> +-    
545         <xs:complexType>      
546             <xs:simpleContent>      
547                 <xs:extension base="xs:string">      
548                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />      
549                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3132448" />      
550                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />      
551                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />      
552                 </xs:extension>      
553             </xs:simpleContent>      
554         </xs:complexType>      
555     </xs:element>      
 
557         <xs:element name="metastatic_breast_carcinoma_her2_erbb_method_calculation_method_text" nillable="true"> +-    
558         <xs:complexType>      
559             <xs:simpleContent>      
560                 <xs:extension base="xs:string">      
561                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />      
562                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3132452" />      
563                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />      
564                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />      
565                 </xs:extension>      
566             </xs:simpleContent>      
567         </xs:complexType>      
568     </xs:element>      
 
570         <xs:element name="metastatic_breast_carcinoma_lab_proc_her2_neu_in_situ_hybridization_outcome_type" nillable="true"> +-    
571         <xs:complexType>      
572             <xs:simpleContent>      
573                 <xs:extension base="posNegStat">      
574                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />      
575                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3132455" />      
576                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />      
577                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />      
578                 </xs:extension>      
579             </xs:simpleContent>      
580         </xs:complexType>      
581     </xs:element>      
 
583         <xs:element name="metastatic_breast_carcinoma_fluorescence_in_situ_hybridization_diagnostic_proc_centromere_17_signal_result_range" nillable="true"> +-    
584         <xs:complexType>      
585             <xs:simpleContent>      
586                 <xs:extension base="xs:string">      
587                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />      
588                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3132887" />      
589                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />      
590                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />      
591                 </xs:extension>      
592             </xs:simpleContent>      
593         </xs:complexType>      
594     </xs:element>      
 
596         <xs:element name="her2_neu_and_centromere_17_copy_number_metastatic_breast_carcinoma_analysis_input_total_number_count" nillable="true"> +-    
597         <xs:complexType>      
598             <xs:simpleContent>      
599                 <xs:extension base="utility:integer_or_null">      
600                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />      
601                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3132899" />      
602                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />      
603                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />      
604                 </xs:extension>      
605             </xs:simpleContent>      
606         </xs:complexType>      
607     </xs:element>      
 
609         <xs:element name="metastatic_breast_carcinoma_her2_neu_chromosone_17_signal_ratio_value" nillable="true"> +-    
610         <xs:complexType>      
611             <xs:simpleContent>      
612                 <xs:extension base="utility:number_or_null">      
613                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />      
614                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3132903" />      
615                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />      
616                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />      
617                 </xs:extension>      
618             </xs:simpleContent>      
619         </xs:complexType>      
620     </xs:element>      
 
622         <xs:element name="metastatic_breast_carcinoma_pos_finding_other_scale_measurement_text" nillable="true"> +-    
623         <xs:complexType>      
624             <xs:simpleContent>      
625                 <xs:extension base="xs:string">      
626                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />      
627                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3132907" />      
628                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />      
629                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />      
630                 </xs:extension>      
631             </xs:simpleContent>      
632         </xs:complexType>      
633     </xs:element>      
 
635         <xs:element name="metastatic_breast_carcinoma_her2_erbb_pos_finding_fluorescence_in_situ_hybridization_calculation_method_text" nillable="true"> +-    
636         <xs:complexType>      
637             <xs:simpleContent>      
638                 <xs:extension base="xs:string">      
639                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />      
640                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3132910" />      
641                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />      
642                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />      
643                 </xs:extension>      
644             </xs:simpleContent>      
645         </xs:complexType>      
646     </xs:element>      
 
648         <xs:element name="her2_neu_metastatic_breast_carcinoma_copy_analysis_input_total_number" nillable="true"> +-    
649         <xs:complexType>      
650             <xs:simpleContent>      
651                 <xs:extension base="xs:string">      
652                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />      
653                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3133734" />      
654                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />      
655                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />      
656                 </xs:extension>      
657             </xs:simpleContent>      
658         </xs:complexType>      
659     </xs:element>      
 
661     <xs:simpleType name="percentByTens"> +-    
662         <xs:restriction base="xs:string">      
663             <xs:enumeration value="&lt;10%" />      
664             <xs:enumeration value="10-19%" />      
665             <xs:enumeration value="20-29%" />      
666             <xs:enumeration value="30-39%" />      
667             <xs:enumeration value="40-49%" />      
668             <xs:enumeration value="50-59%" />      
669             <xs:enumeration value="60-69%" />      
670             <xs:enumeration value="70-79%" />      
671             <xs:enumeration value="80-89%" />      
672             <xs:enumeration value="90-99%" />      
673             <xs:enumeration value="" />      
674         </xs:restriction>      
675     </xs:simpleType>      
 
677     <xs:simpleType name="posNegStat"> +-    
678         <xs:restriction base="xs:string">      
679             <xs:enumeration value="" />      
680             <xs:enumeration value="Positive" />      
681             <xs:enumeration value="Negative" />      
682             <xs:enumeration value="Unknown" />      
683             <xs:enumeration value="Equivocal" />      
684             <xs:enumeration value="Indeterminate" />      
685             <xs:enumeration value="Performed but Not Available" />      
686             <xs:enumeration value="Not Performed" />      
687         </xs:restriction>      
688     </xs:simpleType>      
 
690     <xs:simpleType name="posNegClose"> +-    
691         <xs:restriction base="xs:string">      
692             <xs:enumeration value="" />      
693             <xs:enumeration value="Positive" />      
694             <xs:enumeration value="Negative" />      
695             <xs:enumeration value="Close" />      
696         </xs:restriction>      
697     </xs:simpleType>      
 
699     <xs:simpleType name="onePlusToFourPlus"> +-    
700         <xs:restriction base="xs:string">      
701             <xs:enumeration value="" />      
702             <xs:enumeration value="0" />      
703             <xs:enumeration value="1+" />      
704             <xs:enumeration value="2+" />      
705             <xs:enumeration value="3+" />      
706             <xs:enumeration value="4+" />      
707         </xs:restriction>      
708     </xs:simpleType>      
 
710 </xs:schema> +-    

   
File: TCGA_BCR.CESC_Clinical.xsd  
4 <xs:schema elementFormDefault="qualified" version="2.5.0" <> 4 <xs:schema elementFormDefault="qualified" version="2.4.4"
 
6   xmlns:utility="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5" <> 6   xmlns:utility="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.4"
7   xmlns:admin="http://tcga.nci/bcr/xml/administration/2.5"   7   xmlns:admin="http://tcga.nci/bcr/xml/administration/2.4"
8   xmlns:shared="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5"   8   xmlns:shared="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.4"
9   xmlns:rad="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/radiation/2.5"   9   xmlns:rad="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/radiation/2.4"
10   xmlns:rx="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/pharmaceutical/2.5"   10   xmlns:rx="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/pharmaceutical/2.4"
11   xmlns:cqcf="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/cqcf/2.5"      
12   xmlns:cesc_shared="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/cesc/shared/2.5"       
13   xmlns:follow_up_v2.0="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/cesc/followup/2.5/2.0"      
14   xmlns="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/cesc/2.5"   11   xmlns="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/cesc/2.4"
15   targetNamespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/cesc/2.5"   12   targetNamespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/cesc/2.4"
 
31     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5/TCGA_BCR.Utility.xsd" /> <> 28     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.4" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/utility/2.4/TCGA_BCR.Utility.xsd" />
32     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/administration/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/administration/2.5/TCGA_BCR.Administration.xsd" />   29     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/administration/2.4" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/administration/2.4/TCGA_BCR.Administration.xsd" />
33     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5/TCGA_BCR.Shared_Clinical_Elements.xsd" />   30     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.4" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.4/TCGA_BCR.Shared_Clinical_Elements.xsd" />
34     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/radiation/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/radiation/2.5/TCGA_BCR.Radiation.xsd" />   31     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/radiation/2.4" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/radiation/2.4/TCGA_BCR.Radiation.xsd" />
35     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/pharmaceutical/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/pharmaceutical/2.5/TCGA_BCR.Pharmaceutical.xsd" />   32     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/pharmaceutical/2.4" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/pharmaceutical/2.4/TCGA_BCR.Pharmaceutical.xsd" />
36         <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/cqcf/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/cqcf/2.5/TCGA_BCR.CQCF.xsd" />      
37         <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/cesc/shared/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/cesc/shared/2.5/TCGA_BCR.CESC_Clinical_Shared_Datatypes.xsd" />      
38         <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/cesc/followup/2.5/2.0" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/cesc/followup/2.5/TCGA_BCR.CESC_Clinical_FollowUp_v2.0.xsd" />      
 
56                                 <xs:element ref="shared:tissue_source_site" /> <> 48                 <xs:element ref="shared:tumor_tissue_site" />
57                 <xs:element ref="shared:patient_id" />   49                 <xs:element ref="shared:prior_diagnosis" />
58                                 <xs:element ref="shared:bcr_patient_barcode" />   50                 <xs:element ref="shared:gender" />
59                 <xs:element ref="shared:bcr_patient_uuid" />   51                 <xs:element ref="shared:vital_status" />
60                                 <xs:element ref="shared:informed_consent_verified" />    52                
61                 <xs:element ref="shared:icd_o_3_site" />      
62                 <xs:element ref="shared:icd_o_3_histology" />      
63                 <xs:element ref="shared:icd_10" />      
 
65                                 <xs:element ref="tissue_prospective_collection_indicator" /> +-    
66                                 <xs:element ref="tissue_retrospective_collection_indicator" />      
 
    <> 63                 <xs:choice>
      64                     <xs:sequence>
75                                 <xs:element ref="shared:gender" />   65                         <xs:element ref="shared:day_of_last_known_alive" />
76                                 <xs:element ref="menopause_status" />   66                         <xs:element ref="shared:month_of_last_known_alive" />
77                                 <xs:element ref="shared:height" />   67                         <xs:element ref="shared:year_of_last_known_alive" />
      68                     </xs:sequence>
 
78                 <xs:element ref="shared:weight" /> <> 70                     <xs:element ref="shared:days_to_last_known_alive" />
      71                 </xs:choice>
 
    <> 73                 <xs:choice>
      74                     <xs:sequence>
79                                 <xs:element ref="shared:race" />   75                         <xs:element ref="shared:day_of_death" />
80                                 <xs:element ref="shared:ethnicity" />   76                         <xs:element ref="shared:month_of_death" />
81                                 <xs:element ref="shared:prior_diagnosis" />      
82                                 <xs:element ref="shared:pretreatment_history" />   77                         <xs:element ref="shared:year_of_death" />
      78                     </xs:sequence>
 
83                 <xs:element ref="shared:vital_status" /> <> 80                     <xs:element ref="shared:days_to_death" />
      81                 </xs:choice>
 
    -+ 93                 <xs:element ref="shared:race" />
      94                 <xs:element ref="shared:bcr_patient_barcode" />
      95                 <xs:element ref="shared:tissue_source_site" />
      96                 <xs:element ref="shared:patient_id" />
      97                 <xs:element ref="shared:bcr_patient_uuid" />
      98                 <xs:element ref="shared:pretreatment_history" />
      99                 <xs:element ref="shared:radiation_therapy" />
      100                 <xs:element ref="shared:informed_consent_verified" />
      101                 <xs:element ref="shared:icd_o_3_site" />
      102                 <xs:element ref="shared:icd_o_3_histology" />
      103                 <xs:element ref="shared:icd_10" />
 
94                         <xs:element ref="shared:day_of_death" /> <> 107                         <xs:element ref="shared:day_of_initial_pathologic_diagnosis" />
95                         <xs:element ref="shared:month_of_death" />   108                         <xs:element ref="shared:month_of_initial_pathologic_diagnosis" />
      109                     </xs:sequence>
 
    -+ 111                     <xs:sequence>
      112                         <xs:element ref="shared:days_to_initial_pathologic_diagnosis" />
      113                         <xs:element ref="shared:age_at_initial_pathologic_diagnosis" />
      114                     </xs:sequence>
      115                 </xs:choice>
 
96                         <xs:element ref="shared:year_of_death" /> <> 117                 <xs:element ref="shared:year_of_initial_pathologic_diagnosis" />
 
    -+ 119                 <xs:choice>
      120                     <xs:sequence>
      121                         <xs:element ref="shared:day_of_new_tumor_event_after_initial_treatment" />
      122                         <xs:element ref="shared:month_of_new_tumor_event_after_initial_treatment" />
      123                         <xs:element ref="shared:year_of_new_tumor_event_after_initial_treatment" />
 
    -+ 126                     <xs:element ref="shared:days_to_new_tumor_event_after_initial_treatment" />
      127                 </xs:choice>
 
98                     <xs:element ref="shared:days_to_death" /> <> 129                 <xs:element ref="shared:ethnicity" />
      130                 <xs:element ref="shared:additional_radiation_therapy" />
      131                 <xs:element ref="shared:additional_pharmaceutical_therapy" />
 
    -+ 133                 <xs:choice>
      134                     <xs:sequence>
      135                         <xs:element ref="shared:day_of_additional_surgery_locoregional_procedure" />
      136                         <xs:element ref="shared:month_of_additional_surgery_locoregional_procedure" />
      137                         <xs:element ref="shared:year_of_additional_surgery_locoregional_procedure" />
      138                     </xs:sequence>
 
    -+ 140                     <xs:element ref="shared:days_to_additional_surgery_locoregional_procedure" />
 
    -+ 143                 <xs:element ref="shared:additional_surgery_metastatic_procedure" />
 
    -+ 145                 <xs:element ref="tissue_prospective_collection_indicator" />
      146                 <xs:element ref="tissue_retrospective_collection_indicator" />
      147                 <xs:element ref="diagnosis_age" />
      148                 <xs:element ref="person_menopause_status" />
 
109                                 <xs:element ref="tobacco_smoking_history_indicator" /> <> 157                 <xs:element ref="patient_smoking_history_category" />
 
111                 <xs:element ref="shared:stopped_smoking_year" /> <> 159                 <xs:element ref="stopped_smoking_year" />
112                                 <xs:element ref="shared:number_pack_years_smoked" />   160                 <xs:element ref="person_cigarette_smoking_history_pack_year_value" />
113                 <xs:element ref="patient_history_immune_system_and_related_disorders_names" />   161                 <xs:element ref="patient_history_immune_system_and_related_disorders_name" />
 
115                 <xs:element ref="shared:eastern_cancer_oncology_group" /> <> 163                 <xs:element ref="performance_status_assessment_eastern_cooperative_oncology_group_scale" />
116                 <xs:element ref="shared:performance_status_scale_timing" />   164                 <xs:element ref="performance_status_assessment_timepoint_category" />
117                 <xs:element ref="cesc_shared:performance_status_assessment_timepoint_category_other_text" />   165                 <xs:element ref="performance_status_assessment_timepoint_category_other_text" />
 
128                                 <xs:element ref="shared:tumor_tissue_site" /> <>    
129                                 <xs:element ref="histological_type" />   178                 <xs:element ref="neoplasm_histologic_type_name" />
 
131                                 <xs:element ref="shared:neoplasm_histologic_grade" /> <> 180                 <xs:element ref="neoplasm_histologic_grade" />
 
133                                 <xs:choice> <>    
134                     <xs:sequence>      
135                         <xs:element ref="shared:day_of_initial_pathologic_diagnosis" />      
136                         <xs:element ref="shared:month_of_initial_pathologic_diagnosis" />   181                 <xs:element ref="first_pathologic_diagnosis_biospecimen_acquisition_method_type" />
137                     </xs:sequence>      
138                     <xs:sequence>      
139                         <xs:element ref="shared:days_to_initial_pathologic_diagnosis" />      
140                         <xs:element ref="shared:age_at_initial_pathologic_diagnosis" />      
141                     </xs:sequence>      
142                 </xs:choice>      
143                 <xs:element ref="shared:year_of_initial_pathologic_diagnosis" />      
 
145                 <xs:element ref="shared:initial_pathologic_diagnosis_method" /> +-    
 
147                                 <xs:element ref="lymph_node_location_positive_pathology_names" /> <> 183                 <xs:element ref="lymph_node_location_positive_pathology_name" />
 
155                                 <xs:element ref="shared:primary_lymph_node_presentation_assessment" /> <>    
156                                 <xs:element ref="shared:lymph_node_examined_count" />    190                 <xs:element ref="lymph_node_examined_count" /> 
157                 <xs:element ref="shared:number_of_lymphnodes_positive_by_he" />   191                 <xs:element ref="positive_finding_lymph_node_hematoxylin_and_eosin_staining_microscopy_count" />
158                 <xs:element ref="shared:number_of_lymphnodes_positive_by_ihc" />   192                 <xs:element ref="positive_finding_lymph_node_keratin_immunohistochemistry_staining_method_count" />
 
162                                 <xs:element ref="shared:ajcc_tumor_stage_code" /> <> 196                 <xs:element ref="cervical_tumor_pathologic_t_v7_stage" />
163                                 <xs:element ref="shared:ajcc_neoplasm_disease_lymph_node_stage" />   197                 <xs:element ref="cervical_tumor_pathologic_n_v7_stage" />
164                                 <xs:element ref="shared:ajcc_cancer_metastasis_stage_code" />   198                 <xs:element ref="cervical_tumor_pathologic_m_stage_cervical_cancer_pathologic_distant_metastasis_tnm_finding_v7_stage" />
165                                 <xs:element ref="shared:gynecologic_figo_staging_system"/>   199                 <xs:element ref="cervical_carcinoma_clinical_stage" />
166                                 <xs:element ref="gynecologic_tumor_grouping_figo_stage" />   200                
 
195                                 <xs:element ref="human_papillomavirus_types" /> <> 235                 <xs:element ref="human_papillomavirus_type" />
 
    -+ 252                 <xs:element ref="patient_death_reason" />
      253                 <xs:element ref="death_cause_text" />
 
    -+ 257                         <xs:element ref="day_of_performance_status_follow_up_score" />
      258                         <xs:element ref="month_of_performance_status_follow_up_score_event" />
      259                         <xs:element ref="year_of_performance_status_follow_up_score" />
      260                     </xs:sequence>
      261                     <xs:element ref="days_to_performance_status_follow_up_score" />
      262                 </xs:choice>
 
    -+ 265                 <xs:element ref="primary_therapy_outcome_success_type" />
      266                 <xs:element ref="new_neoplasm_event_type" />
      267                 <xs:element ref="new_neoplasm_event_occurrence_anatomic_site" />
      268                 <xs:element ref="new_neoplasm_occurrence_anatomic_site_text" />
      269                 <xs:element ref="new_neoplasm_event_post_initial_therapy_diagnosis_method_type" />
      270                 <xs:element ref="new_neoplasm_event_post_initial_therapy_diagnosis_method_text" />
      271                 <xs:element ref="residual_disease_post_new_tumor_event_margin_status" />
      272                 <xs:element ref="radiation_therapy_not_administered_reason" /> 
      273                 <xs:element ref="radiation_therapy_not_administered_specify" />
      274                 <xs:element ref="brachytherapy_method_type" />
      275                 <xs:element ref="brachytherapy_method_other_specify_text" />
 
    -+ 277                 <xs:choice>
      278                     <xs:sequence>
      279                         <xs:element ref="day_of_brachytherapy_begin_occurrence" />
      280                         <xs:element ref="month_of_brachytherapy_begin_occurrence" />
      281                         <xs:element ref="year_of_brachytherapy_begin_occurrence" />
      282                     </xs:sequence>
      283                     <xs:element ref="days_to_brachytherapy_begin_occurrence" />
      284                 </xs:choice>
 
    -+ 286                 <xs:choice>
      287                     <xs:sequence>
      288                         <xs:element ref="day_of_brachytherapy_end_occurrence" />
      289                         <xs:element ref="month_of_brachytherapy_end_occurrence" />
      290                         <xs:element ref="year_of_brachytherapy_end_occurrence" />
      291                     </xs:sequence>
      292                     <xs:element ref="days_to_brachytherapy_end_occurrence" />
      293                 </xs:choice>
 
    -+ 295                 <xs:element ref="brachytherapy_first_reference_point_administered_total_dose" />   
      296                 <xs:element ref="brachytherapy_administered_status" />
      297                 <xs:element ref="radiation_supplemental" />
      298                 <xs:element ref="chemotherapy_regimen_type" />
      299                 <xs:element ref="other_chemotherapy_agent_administration_specify" />
 
    -+ 301                 <xs:choice>
      302                     <xs:sequence>
      303                         <xs:element ref="day_of_chemotherapy_start" />
      304                         <xs:element ref="month_of_chemotherapy_start" />
      305                         <xs:element ref="year_of_chemotherapy_start" />
      306                     </xs:sequence>
      307                     <xs:element ref="days_to_chemotherapy_start" />
      308                 </xs:choice>
 
    -+ 310                 <xs:choice>
      311                     <xs:sequence>
      312                         <xs:element ref="day_of_chemotherapy_end" />
      313                         <xs:element ref="month_of_chemotherapy_end" />
      314                         <xs:element ref="year_of_chemotherapy_end" />
      315                     </xs:sequence>
      316                     <xs:element ref="days_to_chemotherapy_end" />
      317                 </xs:choice>
 
    -+ 319                 <xs:element ref="dose_frequency_text" />   
      320                 <xs:element ref="agent_total_dose_count" />
      321                 <xs:element ref="additional_treatment_completion_success_outcome_type" />
      322                 <xs:choice>
      323                     <xs:sequence>
 
219                                 <xs:element ref="follow_ups" /> +-    
 
222                                 <xs:element ref="clinical_cqcf" /> +-    
 
227         <xs:element name="follow_ups"> +-    
228                 <xs:annotation>      
229                         <xs:documentation xml:lang="en">We are using namespaces and version numbers to distinguish one version of followup from another.</xs:documentation>      
230                 </xs:annotation>      
231                 <xs:complexType>      
232                   <xs:sequence>      
233                         <xs:element ref="follow_up_v2.0:follow_up_v2.0" minOccurs="0" maxOccurs="unbounded" />      
234                   </xs:sequence>      
235                 </xs:complexType>      
236         </xs:element>      
 
238     <xs:element name="clinical_cqcf"> <> 338     <xs:element name="radiation_supplemental">
 
241                 <xs:element ref="shared:anatomic_organ_subdivision"/> +-    
242                 <xs:element ref="cqcf:consent_or_death_status"/>      
 
245                     <xs:choice> +-    
 
247                             <xs:element ref="cqcf:day_of_consent"/> <> 343                         <xs:element ref="rad:day_of_radiation_therapy_start" />
248                             <xs:element ref="cqcf:month_of_consent"/>   344                         <xs:element ref="rad:month_of_radiation_therapy_start" />
249                             <xs:element ref="cqcf:year_of_consent"/>   345                         <xs:element ref="rad:year_of_radiation_therapy_start" />
 
252                         <xs:element ref="cqcf:days_to_consent"/> <> 348                     <xs:element ref="rad:days_to_radiation_therapy_start" />
 
257                             <xs:element ref="shared:day_of_death"/> <> 353                         <xs:element ref="rad:day_of_radiation_therapy_end" />
258                             <xs:element ref="shared:month_of_death"/>   354                         <xs:element ref="rad:month_of_radiation_therapy_end" />
259                             <xs:element ref="shared:year_of_death"/>   355                         <xs:element ref="rad:year_of_radiation_therapy_end" />
 
262                         <xs:element ref="shared:days_to_death"/> <> 358                     <xs:element ref="rad:days_to_radiation_therapy_end" />
263                     </xs:choice>      
 
266                 <xs:element ref="cqcf:diagnosis_subtype"/> <> 361                 <xs:element ref="rt_administered_type" />
267                 <xs:element ref="shared:prior_diagnosis"/>   362                 <xs:element ref="rad:radiation_type_notes" />
268                 <xs:element ref="cqcf:history_of_neoadjuvant_treatment"/>   363                 <xs:element ref="rt_pelvis_administered_total_dose" />
      364                 <xs:element ref="external_beam_radiation_therapy_administered_paraaortic_region_lymph_node_dose" />
269                 <xs:element ref="cqcf:normal_tissue_anatomic_site"/>   365                 <xs:element ref="external_beam_radiation_therapy_administered_status" />
270                 <xs:element ref="cqcf:normal_tissue_proximity"/>   366                 <xs:element ref="adjuvant_postoperative_targeted_therapy_administered_indicator" />
271                 <xs:element ref="cqcf:tumor_focality"/>   367                 <xs:element ref="chemotherapy_negation_radiation_therapy_concurrent_not_administered_reason" />
272                 <xs:element ref="cqcf:tumor_type"/>      
273                                 <xs:element ref="cqcf:other_diagnosis"/>      
274                 <xs:element ref="cqcf:histological_subtype" minOccurs="0"/>      
275                 <xs:element ref="cqcf:other_anatomic_site" minOccurs="0"/>   368                 <xs:element ref="chemotherapy_negation_radiation_therapy_concurrent_administered_text" />
276                 <xs:element ref="cqcf:country"/>      
 
310                 <xs:extension base="utility:number_or_null"> <> 402                 <xs:extension base="xs:decimal">
 
320     <xs:element name="menopause_status" nillable="true"> <> 412     <xs:element name="person_menopause_status" nillable="true">
 
369                 <xs:extension base="utility:number_or_null"> <> 461                 <xs:extension base="xs:decimal">
 
382                 <xs:extension base="utility:number_or_null"> <> 474                 <xs:extension base="xs:decimal">
 
395                 <xs:extension base="utility:number_or_null"> <> 487                 <xs:extension base="xs:decimal">
 
408                 <xs:extension base="utility:number_or_null"> <> 500                 <xs:extension base="xs:decimal">
 
444     <xs:element name="tobacco_smoking_history_indicator" nillable="true"> <> 536     <xs:element name="patient_smoking_history_category" nillable="true">
 
464                 <xs:extension base="utility:number_or_null"> <> 556                 <xs:extension base="xs:decimal">
 
474         <xs:element name="patient_history_immune_system_and_related_disorders_names"> <> 566     <xs:element name="stopped_smoking_year" nillable="true">
 
    <> 568             <xs:simpleContent>
      569                 <xs:extension base="xs:decimal">
      570                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      571                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2228610" />
      572                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />
      573                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      574                 </xs:extension>
      575             </xs:simpleContent>
      576         </xs:complexType>
476           <xs:sequence >   577     </xs:element>
 
477             <xs:element ref="patient_history_immune_system_and_related_disorders_name" minOccurs="0" maxOccurs="unbounded" /> <> 579     <xs:element name="person_cigarette_smoking_history_pack_year_value" nillable="true">
      580         <xs:complexType>
      581             <xs:simpleContent>
      582                 <xs:extension base="xs:decimal">
      583                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      584                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2955385" />
      585                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />
      586                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
478           </xs:sequence>   587                 </xs:extension>
      588             </xs:simpleContent>
 
512     <> 622     <xs:element name="performance_status_assessment_eastern_cooperative_oncology_group_scale" nillable="true">
      623         <xs:complexType mixed="true">
      624             <xs:simpleContent>
      625                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      626                     <xs:enumeration value="" />
      627                     <xs:enumeration value="0" />
      628                     <xs:enumeration value="1" />
      629                     <xs:enumeration value="2" />
      630                     <xs:enumeration value="3" />
      631                     <xs:enumeration value="4" />
      632                     <xs:enumeration value="5" />
      633                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="88" />
      634                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />
      635                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      636                 </xs:restriction>
      637             </xs:simpleContent>
      638         </xs:complexType>
      639     </xs:element>
 
    -+ 641     <xs:element name="performance_status_assessment_timepoint_category" nillable="true">
      642         <xs:complexType mixed="true">
      643             <xs:simpleContent>
      644                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      645                     <xs:enumeration value="" />
      646                     <xs:enumeration value="Post-adjuvant therapy" />
      647                     <xs:enumeration value="Pre-adjuvant therapy" />
      648                     <xs:enumeration value="Preoperative" />
      649                     <xs:enumeration value="Other" />
      650                     <xs:enumeration value="5" />
      651                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2792763" />
      652                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />
      653                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      654                 </xs:restriction>
      655             </xs:simpleContent>
      656         </xs:complexType>
      657     </xs:element>
 
    -+ 659     <xs:element name="performance_status_assessment_timepoint_category_other_text" nillable="true">
      660         <xs:complexType>
      661             <xs:simpleContent>
      662                 <xs:extension base="xs:string">
      663                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      664                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3151756" />
      665                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />
      666                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      667                 </xs:extension>
      668             </xs:simpleContent>
      669         </xs:complexType>
      670     </xs:element>
 
584     <xs:element name="histological_type" nillable="true"> <> 740     <xs:element name="neoplasm_histologic_type_name" nillable="true">
 
    -+ 770     <xs:element name="neoplasm_histologic_grade" nillable="true">
      771         <xs:complexType mixed="true">
      772             <xs:simpleContent>
      773                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      774                     <xs:enumeration value="" />
      775                     <xs:enumeration value="G1" />
      776                     <xs:enumeration value="G2" />
      777                     <xs:enumeration value="G3" />
      778                     <xs:enumeration value="G4" />
      779                     <xs:enumeration value="GX" />
      780                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2785839" />
      781                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />
      782                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      783                 </xs:restriction>
      784             </xs:simpleContent>
      785         </xs:complexType>
      786     </xs:element>
 
    -+ 788     <xs:element name="first_pathologic_diagnosis_biospecimen_acquisition_method_type" nillable="true">
      789         <xs:complexType mixed="true">
      790             <xs:simpleContent>
      791                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      792                     <xs:enumeration value="" />
      793                     <xs:enumeration value="Cytology (e.g. Peritoneal or pleural fluid)" />
      794                     <xs:enumeration value="Biopsy (cervical / CT-guided / Other)" />
      795                     <xs:enumeration value="Cone Biopsy / LEEP" />
      796                     <xs:enumeration value="Lymph node sampling or dissection" />
      797                     <xs:enumeration value="Other method, specify:" />
      798                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2757941" />
      799                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />
      800                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      801                 </xs:restriction>
      802             </xs:simpleContent>
      803         </xs:complexType>
      804     </xs:element>
 
627         <xs:element name="lymph_node_location_positive_pathology_names"> +-    
628         <xs:complexType>      
629           <xs:sequence >      
630             <xs:element ref="lymph_node_location_positive_pathology_name" minOccurs="0" maxOccurs="unbounded" />      
631           </xs:sequence>      
632         </xs:complexType>      
633     </xs:element>      
 
    -+ 924     <xs:element name="lymph_node_examined_count" nillable="true">
      925         <xs:complexType>
      926             <xs:simpleContent>
      927                 <xs:extension base="xs:integer">
      928                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      929                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3" />
      930                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />
      931                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      932                 </xs:extension>
      933             </xs:simpleContent>
      934         </xs:complexType>
      935     </xs:element>
 
    -+ 937     <xs:element name="positive_finding_lymph_node_hematoxylin_and_eosin_staining_microscopy_count" nillable="true">
      938         <xs:complexType>
      939             <xs:simpleContent>
      940                 <xs:extension base="xs:integer">
      941                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      942                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3086388" />
      943                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />
      944                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      945                 </xs:extension>
      946             </xs:simpleContent>
      947         </xs:complexType>
      948     </xs:element>
 
    -+ 950     <xs:element name="positive_finding_lymph_node_keratin_immunohistochemistry_staining_method_count" nillable="true">
      951         <xs:complexType>
      952             <xs:simpleContent>
      953                 <xs:extension base="xs:integer">
      954                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      955                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3086383" />
      956                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />
      957                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      958                 </xs:extension>
      959             </xs:simpleContent>
      960         </xs:complexType>
      961     </xs:element>
 
    -+ 993     <xs:element name="cervical_tumor_pathologic_t_v7_stage" nillable="true">
      994         <xs:complexType mixed="true">
      995             <xs:simpleContent>
      996                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      997                     <xs:enumeration value="" />
      998                     <xs:enumeration value="TX" />
      999                     <xs:enumeration value="T0" />
      1000                     <xs:enumeration value="Tis" />
      1001                     <xs:enumeration value="Tis (DCIS)" />
      1002                     <xs:enumeration value="Tis (LCIS)" />
      1003                     <xs:enumeration value="Tis (Paget's)" />
      1004                     <xs:enumeration value="T1mi" />
      1005                     <xs:enumeration value="T1" />
      1006                     <xs:enumeration value="T1a" />
      1007                     <xs:enumeration value="T1b" />
      1008                     <xs:enumeration value="T1b1" />
      1009                     <xs:enumeration value="T1b2" />
      1010                     <xs:enumeration value="T1c" />
      1011                     <xs:enumeration value="T2" />
      1012                     <xs:enumeration value="T2a" />
      1013                     <xs:enumeration value="T2b" />
      1014                     <xs:enumeration value="T2c" />
      1015                     <xs:enumeration value="Ta" />
      1016                     <xs:enumeration value="T3" />
      1017                     <xs:enumeration value="T3a" />
      1018                     <xs:enumeration value="T3b" />
      1019                     <xs:enumeration value="T3c" />
      1020                     <xs:enumeration value="T4" />
      1021                     <xs:enumeration value="T4a" />
      1022                     <xs:enumeration value="T4b" />
      1023                     <xs:enumeration value="T4c" />
      1024                     <xs:enumeration value="T4d" />
      1025                     <xs:enumeration value="T1a1" />
      1026                     <xs:enumeration value="T1a2" />
      1027                     <xs:enumeration value="T2a1" />
      1028                     <xs:enumeration value="T2a2" />
 
    -+ 1030                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3045435" />
      1031                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.4.1" />
      1032                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      1033                 </xs:restriction>
      1034             </xs:simpleContent>
      1035         </xs:complexType>
      1036     </xs:element>
 
771     <xs:element name="gynecologic_tumor_grouping_figo_stage" nillable="true"> <> 1038     <xs:element name="cervical_tumor_pathologic_n_v7_stage" nillable="true">
 
    -+ 1043                     <xs:enumeration value="NX" />
      1044                     <xs:enumeration value="N0" />
      1045                     <xs:enumeration value="N0 (i-)" />
      1046                     <xs:enumeration value="N0 (i+)" />
      1047                     <xs:enumeration value="N0 (mol-)" />
      1048                     <xs:enumeration value="N0 (mol+)" />
      1049                     <xs:enumeration value="N1" />
      1050                     <xs:enumeration value="N1mi" />
      1051                     <xs:enumeration value="N1a" />
      1052                     <xs:enumeration value="N1b" />
      1053                     <xs:enumeration value="N1bI" />
      1054                     <xs:enumeration value="N1bII" />
      1055                     <xs:enumeration value="N1bIII" />
      1056                     <xs:enumeration value="N1bIV" />
      1057                     <xs:enumeration value="N1c" />
      1058                     <xs:enumeration value="N2" />
      1059                     <xs:enumeration value="N2a" />
      1060                     <xs:enumeration value="N2b" />
      1061                     <xs:enumeration value="N3" />
      1062                     <xs:enumeration value="N3a" />
      1063                     <xs:enumeration value="N3b" />
      1064                     <xs:enumeration value="N3c" />
      1065                     <xs:enumeration value="N4" />
      1066                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3203106" />
      1067                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.4.1" />
      1068                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      1069                 </xs:restriction>
      1070             </xs:simpleContent>
      1071         </xs:complexType>
      1072     </xs:element>
 
    -+ 1074     <xs:element name="cervical_tumor_pathologic_m_stage_cervical_cancer_pathologic_distant_metastasis_tnm_finding_v7_stage" nillable="true">
      1075         <xs:complexType mixed="true">
      1076             <xs:simpleContent>
      1077                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      1078                     <xs:enumeration value="" />
      1079                     <xs:enumeration value="MX" />
      1080                     <xs:enumeration value="M0" />
      1081                     <xs:enumeration value="M1" />
      1082                     <xs:enumeration value="M1a" />
      1083                     <xs:enumeration value="M1b" />
      1084                     <xs:enumeration value="M1c" />
      1085                     <xs:enumeration value="cM0 (i+)" />
      1086                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3045439" />
      1087                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.4.1" />
      1088                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      1089                 </xs:restriction>
      1090             </xs:simpleContent>
      1091         </xs:complexType>
      1092     </xs:element>
 
    -+ 1094     <xs:element name="cervical_carcinoma_clinical_stage" nillable="true">
      1095         <xs:complexType mixed="true">
      1096             <xs:simpleContent>
      1097                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      1098                     <xs:enumeration value="" />
 
779                                         <xs:enumeration value="Stage IA1" /> +-    
780                                         <xs:enumeration value="Stage IA2" />      
 
782                                         <xs:enumeration value="Stage IB1" /> +-    
783                                         <xs:enumeration value="Stage IB2" />      
784                                         <xs:enumeration value="Stage IC" />      
 
786                                         <xs:enumeration value="Stage IIA" /> +-    
787                                         <xs:enumeration value="Stage IIB" />      
 
797                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3225684" /> <> 1113                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2753341" />
798                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5" />   1114                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />
 
859                 <xs:extension base="utility:number_or_null"> <> 1175                 <xs:extension base="xs:decimal">
 
971         <xs:element name="human_papillomavirus_types"> +-    
972         <xs:complexType>      
973           <xs:sequence >      
974             <xs:element ref="human_papillomavirus_type" minOccurs="0" maxOccurs="unbounded" />      
975           </xs:sequence>      
976         </xs:complexType>      
977     </xs:element>      
 
1074                 <xs:extension base="utility:number_or_null"> <> 1382                 <xs:extension base="xs:decimal">
 
    -+ 1444     <xs:element name="patient_death_reason" nillable="true">
      1445         <xs:complexType mixed="true">
      1446             <xs:simpleContent>
      1447                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      1448                     <xs:enumeration value="" />
      1449                     <xs:enumeration value="Cervical Cancer" />
      1450                     <xs:enumeration value="Other, specify" />
      1451                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2554674" />
      1452                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />
      1453                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      1454                 </xs:restriction>
      1455             </xs:simpleContent>
      1456         </xs:complexType>
      1457     </xs:element>
 
    -+ 1459     <xs:element name="death_cause_text" nillable="true">
      1460         <xs:complexType>
      1461             <xs:simpleContent>
      1462                 <xs:extension base="xs:string">
      1463                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      1464                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2004150" />
      1465                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />
      1466                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      1467                 </xs:extension>
      1468             </xs:simpleContent>
      1469         </xs:complexType>
      1470     </xs:element>
 
    -+ 1472     <xs:element name="day_of_performance_status_follow_up_score" nillable="true">
      1473         <xs:complexType>
      1474             <xs:simpleContent>
      1475                 <xs:extension base="utility:generic_day">
      1476                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      1477                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3121372" />
      1478                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.4" />
      1479                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      1480                 </xs:extension>
      1481             </xs:simpleContent>
      1482         </xs:complexType>
      1483     </xs:element>
 
    -+ 1485     <xs:element name="month_of_performance_status_follow_up_score_event" nillable="true">
      1486         <xs:complexType>
      1487             <xs:simpleContent>
      1488                 <xs:extension base="utility:generic_month">
      1489                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      1490                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3121370" />
      1491                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.4" />
      1492                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      1493                 </xs:extension>
      1494             </xs:simpleContent>
      1495         </xs:complexType>
      1496     </xs:element>
 
    -+ 1498     <xs:element name="year_of_performance_status_follow_up_score" nillable="true">
      1499         <xs:complexType>
      1500             <xs:simpleContent>
      1501                 <xs:extension base="utility:generic_year">
      1502                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      1503                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3121374" />
      1504                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.4" />
      1505                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      1506                 </xs:extension>
      1507             </xs:simpleContent>
      1508         </xs:complexType>
      1509     </xs:element>
 
    -+ 1511     <xs:element name="days_to_performance_status_follow_up_score">
      1512         <xs:complexType mixed="true">
      1513             <xs:simpleContent>
      1514                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      1515                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="" />
      1516                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.4" />
      1517                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      1518                 </xs:restriction>
      1519             </xs:simpleContent>
      1520         </xs:complexType>
      1521     </xs:element>
 
    -+ 1523     <xs:element name="primary_therapy_outcome_success_type" nillable="true">
      1524         <xs:complexType mixed="true">
      1525             <xs:simpleContent>
      1526                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      1527                     <xs:enumeration value="" />
      1528                     <xs:enumeration value="Progressive Disease" />
      1529                     <xs:enumeration value="Stable Disease" />
      1530                     <xs:enumeration value="Partial Response" />
      1531                     <xs:enumeration value="Complete Remission/Response" />
      1532                     <xs:enumeration value="Not Applicable" />
      1533                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2786727" />
      1534                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />
      1535                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      1536                 </xs:restriction>
      1537             </xs:simpleContent>
      1538         </xs:complexType>
      1539     </xs:element>
 
    -+ 1541     <xs:element name="new_neoplasm_event_type" nillable="true">
      1542         <xs:complexType mixed="true">
      1543             <xs:simpleContent>
      1544                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      1545                     <xs:enumeration value="" />
      1546                     <xs:enumeration value="Locoregional Disease" />
      1547                     <xs:enumeration value="New Primary Tumor" />
      1548                     <xs:enumeration value="Metastatic" />
      1549                     <xs:enumeration value="Not Applicable" />
      1550                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3119721" />
      1551                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />
      1552                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      1553                 </xs:restriction>
      1554             </xs:simpleContent>
      1555         </xs:complexType>
      1556     </xs:element>
 
    -+ 1558     <xs:element name="new_neoplasm_event_occurrence_anatomic_site" nillable="true">
      1559         <xs:complexType mixed="true">
      1560             <xs:simpleContent>
      1561                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      1562                     <xs:enumeration value="" />
      1563                     <xs:enumeration value="Cervix" />
      1564                     <xs:enumeration value="Head &amp; Neck" />
      1565                     <xs:enumeration value="Lung" />
      1566                     <xs:enumeration value="Vulva" />
      1567                     <xs:enumeration value="Anus" />
      1568                     <xs:enumeration value="Other, specify" />
      1569                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3108271" />
      1570                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />
      1571                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      1572                 </xs:restriction>
      1573             </xs:simpleContent>
      1574         </xs:complexType>
      1575     </xs:element>
 
    -+ 1577     <xs:element name="new_neoplasm_occurrence_anatomic_site_text" nillable="true">
      1578         <xs:complexType>
      1579             <xs:simpleContent>
      1580                 <xs:extension base="xs:string">
      1581                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      1582                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3128033" />
      1583                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />
      1584                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      1585                 </xs:extension>
      1586             </xs:simpleContent>
      1587         </xs:complexType>
      1588     </xs:element>
 
    -+ 1590     <xs:element name="new_neoplasm_event_post_initial_therapy_diagnosis_method_type" nillable="true">
      1591         <xs:complexType mixed="true">
      1592             <xs:simpleContent>
      1593                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      1594                     <xs:enumeration value="" />
      1595                     <xs:enumeration value="Tumor Resection" />
      1596                     <xs:enumeration value="Cytology" />
      1597                     <xs:enumeration value="Not Applicable" />
      1598                     <xs:enumeration value="Other, specify" />
      1599                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3151113" />
      1600                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />
      1601                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      1602                 </xs:restriction>
      1603             </xs:simpleContent>
      1604         </xs:complexType>
      1605     </xs:element>
 
    -+ 1607     <xs:element name="new_neoplasm_event_post_initial_therapy_diagnosis_method_text" nillable="true">
      1608         <xs:complexType>
      1609             <xs:simpleContent>
      1610                 <xs:extension base="xs:string">
      1611                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      1612                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3151116" />
      1613                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />
      1614                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      1615                 </xs:extension>
      1616             </xs:simpleContent>
      1617         </xs:complexType>
      1618     </xs:element>
 
    -+ 1620     <xs:element name="residual_disease_post_new_tumor_event_margin_status" nillable="true">
      1621         <xs:complexType mixed="true">
      1622             <xs:simpleContent>
      1623                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      1624                     <xs:enumeration value="" />
      1625                     <xs:enumeration value="R0" />
      1626                     <xs:enumeration value="R1" />
      1627                     <xs:enumeration value="R2" />
      1628                     <xs:enumeration value="RX" />
      1629                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3104061" />
      1630                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />
      1631                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      1632                 </xs:restriction>
      1633             </xs:simpleContent>
      1634         </xs:complexType>
      1635     </xs:element>
 
    -+ 1637     <xs:element name="radiation_therapy_not_administered_reason" nillable="true">
      1638         <xs:complexType mixed="true">
      1639             <xs:simpleContent>
      1640                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      1641                     <xs:enumeration value="" />
      1642                     <xs:enumeration value="Adverse event/complications" />
      1643                     <xs:enumeration value="Scheduling problems" />
      1644                     <xs:enumeration value="Participant refusal" />
      1645                     <xs:enumeration value="Not done per treating physician discretion" />
      1646                     <xs:enumeration value="Other" />
      1647                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2733266" />
      1648                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />
      1649                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      1650                 </xs:restriction>
      1651             </xs:simpleContent>
      1652         </xs:complexType>
      1653     </xs:element>
 
    -+ 1655     <xs:element name="radiation_therapy_not_administered_specify" nillable="true">
      1656         <xs:complexType>
      1657             <xs:simpleContent>
      1658                 <xs:extension base="xs:string">
      1659                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      1660                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2733267" />
      1661                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />
      1662                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      1663                 </xs:extension>
      1664             </xs:simpleContent>
      1665         </xs:complexType>
      1666     </xs:element>
 
    -+ 1668     <xs:element name="brachytherapy_method_type" nillable="true">
      1669         <xs:complexType mixed="true">
      1670             <xs:simpleContent>
      1671                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      1672                     <xs:enumeration value="" />
      1673                     <xs:enumeration value="LDR" />
      1674                     <xs:enumeration value="HDR" />
      1675                     <xs:enumeration value="Other" />
      1676                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2966127" />
      1677                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />
      1678                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      1679                 </xs:restriction>
      1680             </xs:simpleContent>
      1681         </xs:complexType>
      1682     </xs:element>
 
    -+ 1684     <xs:element name="brachytherapy_method_other_specify_text" nillable="true">
      1685         <xs:complexType>
      1686             <xs:simpleContent>
      1687                 <xs:extension base="xs:string">
      1688                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      1689                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3150976" />
      1690                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />
      1691                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      1692                 </xs:extension>
      1693             </xs:simpleContent>
      1694         </xs:complexType>
      1695     </xs:element>
 
    -+ 1697     <xs:element name="day_of_brachytherapy_begin_occurrence" nillable="true">
      1698         <xs:complexType>
      1699             <xs:simpleContent>
      1700                 <xs:extension base="utility:generic_day">
      1701                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      1702                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3150980" />
      1703                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.4" />
      1704                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      1705                 </xs:extension>
      1706             </xs:simpleContent>
      1707         </xs:complexType>
      1708     </xs:element>
 
    -+ 1710     <xs:element name="month_of_brachytherapy_begin_occurrence" nillable="true">
      1711         <xs:complexType>
      1712             <xs:simpleContent>
      1713                 <xs:extension base="utility:generic_month">
      1714                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      1715                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3150979" />
      1716                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.4" />
      1717                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      1718                 </xs:extension>
      1719             </xs:simpleContent>
      1720         </xs:complexType>
      1721     </xs:element>
 
    -+ 1723     <xs:element name="year_of_brachytherapy_begin_occurrence" nillable="true">
      1724         <xs:complexType>
      1725             <xs:simpleContent>
      1726                 <xs:extension base="utility:generic_year">
      1727                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      1728                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3150981" />
      1729                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.4" />
      1730                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      1731                 </xs:extension>
      1732             </xs:simpleContent>
      1733         </xs:complexType>
      1734     </xs:element>
 
    -+ 1736     <xs:element name="days_to_brachytherapy_begin_occurrence">
      1737         <xs:complexType mixed="true">
      1738             <xs:simpleContent>
      1739                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      1740                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="" />
      1741                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.4" />
      1742                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      1743                 </xs:restriction>
      1744             </xs:simpleContent>
      1745         </xs:complexType>
      1746     </xs:element>
 
    -+ 1748     <xs:element name="day_of_brachytherapy_end_occurrence" nillable="true">
      1749         <xs:complexType>
      1750             <xs:simpleContent>
      1751                 <xs:extension base="utility:generic_day">
      1752                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      1753                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3151011" />
      1754                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.4" />
      1755                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      1756                 </xs:extension>
      1757             </xs:simpleContent>
      1758         </xs:complexType>
      1759     </xs:element>
 
    -+ 1761     <xs:element name="month_of_brachytherapy_end_occurrence" nillable="true">
      1762         <xs:complexType>
      1763             <xs:simpleContent>
      1764                 <xs:extension base="utility:generic_month">
      1765                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      1766                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3151002" />
      1767                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.4" />
      1768                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      1769                 </xs:extension>
      1770             </xs:simpleContent>
      1771         </xs:complexType>
      1772     </xs:element>
 
    -+ 1774     <xs:element name="year_of_brachytherapy_end_occurrence" nillable="true">
      1775         <xs:complexType>
      1776             <xs:simpleContent>
      1777                 <xs:extension base="utility:generic_year">
      1778                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      1779                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3151068" />
      1780                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.4" />
      1781                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      1782                 </xs:extension>
      1783             </xs:simpleContent>
      1784         </xs:complexType>
      1785     </xs:element>
 
    -+ 1787     <xs:element name="days_to_brachytherapy_end_occurrence">
      1788         <xs:complexType mixed="true">
      1789             <xs:simpleContent>
      1790                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      1791                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="" />
      1792                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.4" />
      1793                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      1794                 </xs:restriction>
      1795             </xs:simpleContent>
      1796         </xs:complexType>
      1797     </xs:element>
 
    -+ 1799     <xs:element name="brachytherapy_first_reference_point_administered_total_dose" nillable="true">
      1800         <xs:complexType>
      1801             <xs:simpleContent>
      1802                 <xs:extension base="xs:decimal">
      1803                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      1804                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3151100" />
      1805                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />
      1806                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      1807                     <xs:attribute name="units" type="xs:string" fixed="cGy"/>
      1808                 </xs:extension>
      1809             </xs:simpleContent>
      1810         </xs:complexType>
      1811     </xs:element>
 
    -+ 1813     <xs:element name="brachytherapy_administered_status" nillable="true">
      1814         <xs:complexType mixed="true">
      1815             <xs:simpleContent>
      1816                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      1817                     <xs:enumeration value="" />
      1818                     <xs:enumeration value="Completed as planned" />
      1819                     <xs:enumeration value="Treatment not completed" />
      1820                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3151103" />
      1821                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />
      1822                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      1823                 </xs:restriction>
      1824             </xs:simpleContent>
      1825         </xs:complexType>
      1826     </xs:element>
 
    -+ 1828     <xs:element name="rt_administered_type" nillable="true">
      1829         <xs:complexType mixed="true">
      1830             <xs:simpleContent>
      1831                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      1832                     <xs:enumeration value="" />
      1833                     <xs:enumeration value="3D conformal" />
      1834                     <xs:enumeration value="IMRT" />
      1835                     <xs:enumeration value="External beam radiation" />
      1836                     <xs:enumeration value="Other" />
      1837                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="61468" />
      1838                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />
      1839                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      1840                 </xs:restriction>
      1841             </xs:simpleContent>
      1842         </xs:complexType>
      1843     </xs:element>
 
    -+ 1845     <xs:element name="rt_pelvis_administered_total_dose" nillable="true">
      1846         <xs:complexType>
      1847             <xs:simpleContent>
      1848                 <xs:extension base="xs:decimal">
      1849                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      1850                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3006" />
      1851                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />
      1852                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      1853                     <xs:attribute name="units" type="xs:string" fixed="cGy"/>
      1854                 </xs:extension>
      1855             </xs:simpleContent>
      1856         </xs:complexType>
      1857     </xs:element>
 
    -+ 1859     <xs:element name="external_beam_radiation_therapy_administered_paraaortic_region_lymph_node_dose" nillable="true">
      1860         <xs:complexType>
      1861             <xs:simpleContent>
      1862                 <xs:extension base="xs:decimal">
      1863                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      1864                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3151106" />
      1865                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />
      1866                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      1867                     <xs:attribute name="units" type="xs:string" fixed="cGy"/>
      1868                 </xs:extension>
      1869             </xs:simpleContent>
      1870         </xs:complexType>
      1871     </xs:element>
 
    -+ 1873     <xs:element name="external_beam_radiation_therapy_administered_status" nillable="true">
      1874         <xs:complexType mixed="true">
      1875             <xs:simpleContent>
      1876                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      1877                     <xs:enumeration value="" />
      1878                     <xs:enumeration value="Treatment not completed" />
      1879                     <xs:enumeration value="Completed as Planned" />
      1880                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3151107" />
      1881                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />
      1882                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      1883                 </xs:restriction>
      1884             </xs:simpleContent>
      1885         </xs:complexType>
      1886     </xs:element>
 
    -+ 1888     <xs:element name="adjuvant_postoperative_targeted_therapy_administered_indicator" nillable="true">
      1889         <xs:complexType>
      1890             <xs:simpleContent>
      1891                 <xs:extension base="utility:yes_or_no">
      1892                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      1893                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2785850" />
      1894                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />
      1895                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      1896                 </xs:extension>
      1897             </xs:simpleContent>
      1898         </xs:complexType>
      1899     </xs:element>
 
    -+ 1901     <xs:element name="chemotherapy_negation_radiation_therapy_concurrent_not_administered_reason" nillable="true">
      1902         <xs:complexType mixed="true">
      1903             <xs:simpleContent>
      1904                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      1905                     <xs:enumeration value="" />
      1906                     <xs:enumeration value="Adverse event/ complications" />
      1907                     <xs:enumeration value="Scheduling problems" />
      1908                     <xs:enumeration value="Participant refusal" />
      1909                     <xs:enumeration value="Not done per treating physicians discretion" />
      1910                     <xs:enumeration value="Other" />
      1911                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3151120" />
      1912                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />
      1913                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      1914                 </xs:restriction>
      1915             </xs:simpleContent>
      1916         </xs:complexType>
      1917     </xs:element>
 
    -+ 1919     <xs:element name="chemotherapy_negation_radiation_therapy_concurrent_administered_text" nillable="true">
      1920         <xs:complexType>
      1921             <xs:simpleContent>
      1922                 <xs:extension base="xs:string">
      1923                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      1924                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3151824" />
      1925                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />
      1926                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      1927                 </xs:extension>
      1928             </xs:simpleContent>
      1929         </xs:complexType>
      1930     </xs:element>
 
    -+ 1932     <xs:element name="chemotherapy_regimen_type" nillable="true">
      1933         <xs:complexType mixed="true">
      1934             <xs:simpleContent>
      1935                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      1936                     <xs:enumeration value="" />
      1937                     <xs:enumeration value="Carboplatin" />
      1938                     <xs:enumeration value="Cisplatin" />
      1939                     <xs:enumeration value="Other" />
      1940                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2007212" />
      1941                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />
      1942                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      1943                 </xs:restriction>
      1944             </xs:simpleContent>
      1945         </xs:complexType>
      1946     </xs:element>
 
    -+ 1948     <xs:element name="other_chemotherapy_agent_administration_specify" nillable="true">
      1949         <xs:complexType>
      1950             <xs:simpleContent>
      1951                 <xs:extension base="xs:string">
      1952                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      1953                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2426129" />
      1954                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />
      1955                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      1956                 </xs:extension>
      1957             </xs:simpleContent>
      1958         </xs:complexType>
      1959     </xs:element>
 
    -+ 1961     <xs:element name="day_of_chemotherapy_start" nillable="true">
      1962         <xs:complexType>
      1963             <xs:simpleContent>
      1964                 <xs:extension base="utility:generic_day">
      1965                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      1966                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2897052" />
      1967                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />
      1968                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      1969                 </xs:extension>
      1970             </xs:simpleContent>
      1971         </xs:complexType>
      1972     </xs:element>
 
    -+ 1974     <xs:element name="month_of_chemotherapy_start" nillable="true">
      1975         <xs:complexType>
      1976             <xs:simpleContent>
      1977                 <xs:extension base="utility:generic_month">
      1978                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      1979                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2897050" />
      1980                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />
      1981                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      1982                 </xs:extension>
      1983             </xs:simpleContent>
      1984         </xs:complexType>
      1985     </xs:element>
 
    -+ 1987     <xs:element name="year_of_chemotherapy_start" nillable="true">
      1988         <xs:complexType>
      1989             <xs:simpleContent>
      1990                 <xs:extension base="utility:generic_year">
      1991                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      1992                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2897054" />
      1993                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />
      1994                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      1995                 </xs:extension>
      1996             </xs:simpleContent>
      1997         </xs:complexType>
      1998     </xs:element>
 
    -+ 2000     <xs:element name="days_to_chemotherapy_start">
      2001         <xs:complexType mixed="true">
      2002             <xs:simpleContent>
      2003                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      2004                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="" />
      2005                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />
      2006                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      2007                 </xs:restriction>
      2008             </xs:simpleContent>
      2009         </xs:complexType>
      2010     </xs:element>
 
    -+ 2012     <xs:element name="day_of_chemotherapy_end" nillable="true">
      2013         <xs:complexType>
      2014             <xs:simpleContent>
      2015                 <xs:extension base="utility:generic_day">
      2016                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      2017                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2897058" />
      2018                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />
      2019                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      2020                 </xs:extension>
      2021             </xs:simpleContent>
      2022         </xs:complexType>
      2023     </xs:element>
 
    -+ 2025     <xs:element name="month_of_chemotherapy_end" nillable="true">
      2026         <xs:complexType>
      2027             <xs:simpleContent>
      2028                 <xs:extension base="utility:generic_month">
      2029                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      2030                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2897056" />
      2031                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />
      2032                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      2033                 </xs:extension>
      2034             </xs:simpleContent>
      2035         </xs:complexType>
      2036     </xs:element>
 
    -+ 2038     <xs:element name="year_of_chemotherapy_end" nillable="true">
      2039         <xs:complexType>
      2040             <xs:simpleContent>
      2041                 <xs:extension base="utility:generic_year">
      2042                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      2043                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2897060" />
      2044                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />
      2045                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      2046                 </xs:extension>
      2047             </xs:simpleContent>
      2048         </xs:complexType>
      2049     </xs:element>  
 
    -+ 2051     <xs:element name="days_to_chemotherapy_end">
      2052         <xs:complexType mixed="true">
      2053             <xs:simpleContent>
      2054                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      2055                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="" />
      2056                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />
      2057                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      2058                 </xs:restriction>
      2059             </xs:simpleContent>
      2060         </xs:complexType>
      2061     </xs:element>  
 
    -+ 2063     <xs:element name="dose_frequency_text" nillable="true">
      2064         <xs:complexType mixed="true">
      2065             <xs:simpleContent>
      2066                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      2067                     <xs:enumeration value="" />
      2068                     <xs:enumeration value="Every hour" />
      2069                     <xs:enumeration value="Five times daily" />
      2070                     <xs:enumeration value="Four times daily" />
      2071                     <xs:enumeration value="Three times daily" />
      2072                     <xs:enumeration value="Twice daily" />
      2073                     <xs:enumeration value="Every 24 hours" />
      2074                     <xs:enumeration value="Every other day" />
      2075                     <xs:enumeration value="Twice a week" />
      2076                     <xs:enumeration value="Once weekly" />
      2077                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2179580" />
      2078                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />
      2079                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      2080                 </xs:restriction>
      2081             </xs:simpleContent>
      2082         </xs:complexType>
      2083     </xs:element>
 
    -+ 2085     <xs:element name="agent_total_dose_count" nillable="true">
      2086         <xs:complexType>
      2087             <xs:simpleContent>
      2088                 <xs:extension base="xs:decimal">
      2089                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      2090                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2180805" />
      2091                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />
      2092                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      2093                 </xs:extension>
      2094             </xs:simpleContent>
      2095         </xs:complexType>
      2096     </xs:element>
 
    -+ 2098     <xs:element name="additional_treatment_completion_success_outcome_type" nillable="true">
      2099         <xs:complexType mixed="true">
      2100             <xs:simpleContent>
      2101                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      2102                     <xs:enumeration value="" />
      2103                     <xs:enumeration value="Progressive Disease" />
      2104                     <xs:enumeration value="Stable Disease" />
      2105                     <xs:enumeration value="Partial Response" />
      2106                     <xs:enumeration value="Complete Response" />
      2107                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3033278" />
      2108                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />
      2109                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      2110                 </xs:restriction>
      2111             </xs:simpleContent>
      2112         </xs:complexType>
      2113     </xs:element>

   
File: TCGA_BCR.CESC_Clinical_FollowUp_v2.0.xsd  
1 <?xml version="1.0" encoding="utf-8" ?> +-    
 
3 <xs:schema elementFormDefault="qualified" version="2.5.0" +-    
4         xmlns:xs="http://www.w3.org/2001/XMLSchema"      
5         xmlns:shared="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5"      
6         xmlns:utility="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5"      
7         xmlns:admin="http://tcga.nci/bcr/xml/administration/2.5"      
8         xmlns:rad="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/radiation/2.5"      
9         xmlns:cesc_shared="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/cesc/shared/2.5"      
10         xmlns="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/cesc/followup/2.5/2.0"      
11         targetNamespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/cesc/followup/2.5/2.0"      
12         xmlns:jaxb="http://java.sun.com/xml/ns/jaxb" jaxb:version="1.0" >      
 
14     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5/TCGA_BCR.Utility.xsd" /> +-    
15     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/administration/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/administration/2.5/TCGA_BCR.Administration.xsd" />      
16     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/radiation/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/radiation/2.5/TCGA_BCR.Radiation.xsd" />      
17         <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5/TCGA_BCR.Shared_Clinical_Elements.xsd" />      
18     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/cesc/shared/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/cesc/shared/2.5/TCGA_BCR.CESC_Clinical_Shared_Datatypes.xsd" />      
19     <xs:annotation>      
20         <xs:appinfo>      
21             <jaxb:globalBindings generateIsSetMethod="true" />      
22             <jaxb:schemaBindings>      
23                 <jaxb:package name="nci.tcga.bcr.xml.jaxb.clinical.cesc" />      
24             </jaxb:schemaBindings>      
25         </xs:appinfo>      
26     </xs:annotation>      
27     <xs:annotation>      
28         <xs:documentation xml:lang="en">Schema to define the elements of the TCGA Clinical Data Follow-up Form within the CESC study.</xs:documentation>      
29     </xs:annotation>      
30     <xs:element name="follow_up_v2.0">      
31         <xs:complexType>      
32             <xs:sequence>      
33                 <xs:element ref="shared:bcr_patient_barcode" />      
34                 <xs:element ref="shared:bcr_patient_uuid" />      
 
36                                 <xs:element ref="shared:followup_case_report_form_submission_reason"> +-    
37                                         <xs:annotation>      
38                         <xs:documentation xml:lang="en">      
39                                                 NEW question that was added on the TCGA Clinical Data Follow-up (starting with v2.0) Form within the CESC study.      
40                                                 </xs:documentation>      
41                     </xs:annotation>      
42                                 </xs:element>      
43                                 <xs:element ref="shared:radiation_therapy" />      
44                                 <xs:element ref="shared:targeted_molecular_therapy" />      
45                                 <xs:element ref="shared:vital_status" />      
46                                 <xs:choice>      
47                     <xs:sequence>      
48                         <xs:element ref="shared:day_of_last_followup" />      
49                         <xs:element ref="shared:month_of_last_followup" />      
50                         <xs:element ref="shared:year_of_last_followup" />      
51                     </xs:sequence>      
52                     <xs:element ref="shared:days_to_last_followup" />      
53                 </xs:choice>      
54                                 <xs:choice>      
55                     <xs:sequence>      
56                         <xs:element ref="shared:day_of_death" />      
57                         <xs:element ref="shared:month_of_death" />      
58                         <xs:element ref="shared:year_of_death" />      
59                     </xs:sequence>      
60                     <xs:element ref="shared:days_to_birth" />      
61                 </xs:choice>      
62                                 <xs:element ref="shared:person_neoplasm_cancer_status" />      
63                                 <xs:element ref="cesc_shared:patient_death_reason" />      
64                                 <xs:element ref="cesc_shared:death_cause_text" />      
65                                 <xs:element ref="shared:eastern_cancer_oncology_group" />      
66                                 <xs:element ref="shared:performance_status_scale_timing" />      
67                 <xs:element ref="cesc_shared:performance_status_assessment_timepoint_category_other_text" />      
68                                 <xs:choice>      
69                     <xs:sequence>      
70                         <xs:element ref="shared:day_of_performance_status_follow_up_score" />      
71                         <xs:element ref="shared:month_of_performance_status_follow_up_score" />      
72                         <xs:element ref="shared:year_of_performance_status_follow_up_score" />      
73                     </xs:sequence>      
74                     <xs:element ref="cesc_shared:days_to_performance_status_follow_up_score" />      
75                 </xs:choice>      
76                                 <xs:element ref="cesc_shared:primary_therapy_outcome_success" />      
77                                 <xs:element ref="cesc_shared:additional_treatment_completion_success_outcome" />      
78                                 <xs:element ref="cesc_shared:adjuvant_rad_therapy_prior_admin" />      
79                                 <xs:element ref="cesc_shared:radiation_therapy_not_administered_reason" />       
80                 <xs:element ref="cesc_shared:radiation_therapy_not_administered_specify" />      
81                                 <xs:element ref="cesc_shared:brachytherapy_method_type" />      
82                 <xs:element ref="cesc_shared:brachytherapy_method_other_specify_text" />      
83                                 <xs:choice>      
84                     <xs:sequence>      
85                         <xs:element ref="cesc_shared:day_of_brachytherapy_begin_occurrence" />      
86                         <xs:element ref="cesc_shared:month_of_brachytherapy_begin_occurrence" />      
87                         <xs:element ref="cesc_shared:year_of_brachytherapy_begin_occurrence" />      
88                     </xs:sequence>      
89                     <xs:element ref="cesc_shared:days_to_brachytherapy_begin_occurrence" />      
90                 </xs:choice>      
91                                 <xs:choice>      
92                     <xs:sequence>      
93                         <xs:element ref="cesc_shared:day_of_brachytherapy_end_occurrence" />      
94                         <xs:element ref="cesc_shared:month_of_brachytherapy_end_occurrence" />      
95                         <xs:element ref="cesc_shared:year_of_brachytherapy_end_occurrence" />      
96                     </xs:sequence>      
97                     <xs:element ref="cesc_shared:days_to_brachytherapy_end_occurrence" />      
98                 </xs:choice>      
99                                 <xs:element ref="cesc_shared:brachytherapy_first_reference_point_administered_total_dose" />         
100                                 <xs:element ref="cesc_shared:brachytherapy_administered_status" />      
101                                 <xs:element ref="cesc_shared:rt_administered_type" />      
102                                 <xs:element ref="rad:radiation_type_notes" />      
103                                 <xs:element ref="radiation_supplemental" />      
104                 <xs:element ref="cesc_shared:chemotherapy_regimen_types" />      
105                 <xs:element ref="cesc_shared:other_chemotherapy_agent_administration_specify" />      
106                                 <xs:choice>      
107                     <xs:sequence>      
108                         <xs:element ref="cesc_shared:day_of_chemotherapy_start" />      
109                         <xs:element ref="cesc_shared:month_of_chemotherapy_start" />      
110                         <xs:element ref="cesc_shared:year_of_chemotherapy_start" />      
111                     </xs:sequence>      
112                     <xs:element ref="cesc_shared:days_to_chemotherapy_start" />      
113                 </xs:choice>      
114                                 <xs:choice>      
115                     <xs:sequence>      
116                         <xs:element ref="cesc_shared:day_of_chemotherapy_end" />      
117                         <xs:element ref="cesc_shared:month_of_chemotherapy_end" />      
118                         <xs:element ref="cesc_shared:year_of_chemotherapy_end" />      
119                     </xs:sequence>      
120                     <xs:element ref="cesc_shared:days_to_chemotherapy_end" />      
121                 </xs:choice>      
 
123                                 <xs:element ref="cesc_shared:concurrent_chemotherapy_dose" />    +-    
124                                 <xs:element ref="cesc_shared:dose_frequency_text" />         
125                 <xs:element ref="cesc_shared:agent_total_dose_count" />      
 
127                                 <xs:element ref="shared:new_tumor_event_after_initial_treatment" /> +-    
128                                  <xs:choice>      
129                     <xs:sequence>      
130                         <xs:element ref="shared:day_of_new_tumor_event_after_initial_treatment" />      
131                         <xs:element ref="shared:month_of_new_tumor_event_after_initial_treatment" />      
132                         <xs:element ref="shared:year_of_new_tumor_event_after_initial_treatment" />      
133                     </xs:sequence>      
134                     <xs:element ref="shared:days_to_new_tumor_event_after_initial_treatment" />      
135                 </xs:choice>      
136                                 <xs:element ref="shared:new_neoplasm_event_type" />      
137                                 <xs:element ref="cesc_shared:new_neoplasm_event_occurrence_anatomic_site" />      
138                 <xs:element ref="cesc_shared:new_neoplasm_occurrence_anatomic_site_text" />      
139                                 <xs:element ref="cesc_shared:new_neoplasm_event_post_initial_therapy_diagnosis_method_type" />      
140                 <xs:element ref="cesc_shared:new_neoplasm_event_post_initial_therapy_diagnosis_method_text" />      
141                                 <xs:choice>      
142                     <xs:sequence>      
143                         <xs:element ref="shared:day_of_additional_surgery_metastatic_procedure" />      
144                         <xs:element ref="shared:month_of_additional_surgery_metastatic_procedure" />      
145                         <xs:element ref="shared:year_of_additional_surgery_metastatic_procedure" />      
146                     </xs:sequence>      
 
148                     <xs:element ref="shared:days_to_additional_surgery_metastatic_procedure" /> +-    
149                 </xs:choice>      
150                                 <xs:element ref="shared:residual_disease_post_new_tumor_event_margin_status" />      
151                                 <xs:element ref="shared:additional_radiation_therapy" />      
152                                 <xs:element ref="shared:additional_pharmaceutical_therapy" />      
 
154                 <xs:choice> +-    
155                     <xs:annotation>      
156                         <xs:documentation>      
157                                                         Date the interviewer originally completed the corresponding TCGA Clinical Data Form.      
158                                                         If modifications are made after the form is marked complete, this date should not change.      
159                                                 </xs:documentation>      
160                     </xs:annotation>      
161                     <xs:sequence>      
162                         <xs:element ref="shared:day_of_form_completion" />      
163                         <xs:element ref="shared:month_of_form_completion" />      
164                         <xs:element ref="shared:year_of_form_completion" />      
165                     </xs:sequence>      
166                     <xs:element ref="shared:days_to_form_completion" />      
167                 </xs:choice>      
168             </xs:sequence>      
169             <xs:attribute name="version" type="xs:string" default="2.0" use="optional"/>      
170         </xs:complexType>      
171     </xs:element>      
 
173         <xs:element name="radiation_supplemental"> +-    
174         <xs:complexType>      
175             <xs:sequence>      
176                 <xs:choice>      
177                     <xs:sequence>      
178                         <xs:element ref="rad:day_of_radiation_therapy_start" />      
179                         <xs:element ref="rad:month_of_radiation_therapy_start" />      
180                         <xs:element ref="rad:year_of_radiation_therapy_start" />      
181                     </xs:sequence>      
 
183                     <xs:element ref="rad:days_to_radiation_therapy_start" /> +-    
184                 </xs:choice>      
 
186                 <xs:choice> +-    
187                     <xs:sequence>      
188                         <xs:element ref="rad:day_of_radiation_therapy_end" />      
189                         <xs:element ref="rad:month_of_radiation_therapy_end" />      
190                         <xs:element ref="rad:year_of_radiation_therapy_end" />      
191                     </xs:sequence>      
 
193                     <xs:element ref="rad:days_to_radiation_therapy_end" /> +-    
194                 </xs:choice>      
 
198                 <xs:element ref="cesc_shared:rt_pelvis_administered_total_dose" /> +-    
199                 <xs:element ref="cesc_shared:external_beam_radiation_therapy_administered_paraaortic_region_lymph_node_dose" />      
200                 <xs:element ref="cesc_shared:external_beam_radiation_therapy_administered_status" />      
201                 <xs:element ref="shared:targeted_molecular_therapy" />      
202                 <xs:element ref="cesc_shared:chemotherapy_negation_radiation_therapy_concurrent_not_administered_reason" />      
203                 <xs:element ref="cesc_shared:chemotherapy_negation_radiation_therapy_concurrent_administered_text" />      
204             </xs:sequence>      
205         </xs:complexType>      
206     </xs:element>      
 
209 </xs:schema> +-    

   
File: TCGA_BCR.CESC_Clinical_Shared_Datatypes.xsd  
1 <?xml version="1.0" encoding="utf-8" ?> +-    
 
4 <xs:schema elementFormDefault="qualified" version="2.5.0" +-    
5   xmlns:xs="http://www.w3.org/2001/XMLSchema"      
6   xmlns:utility="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5"      
7   xmlns="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/cesc/shared/2.5"      
8   targetNamespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/cesc/shared/2.5">      
 
10   <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5/TCGA_BCR.Utility.xsd" /> +-    
 
12         <xs:element name="patient_death_reason" nillable="true"> +-    
13         <xs:complexType mixed="true">      
14             <xs:simpleContent>      
15                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
16                     <xs:enumeration value="" />      
17                     <xs:enumeration value="Cervical Cancer" />      
18                     <xs:enumeration value="Other, specify" />      
19                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2554674" />      
20                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />      
21                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />      
22                 </xs:restriction>      
23             </xs:simpleContent>      
24         </xs:complexType>      
25     </xs:element>      
 
27         <xs:element name="death_cause_text" nillable="true"> +-    
28         <xs:complexType>      
29             <xs:simpleContent>      
30                 <xs:extension base="xs:string">      
31                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />      
32                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2004150" />      
33                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />      
34                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />      
35                 </xs:extension>      
36             </xs:simpleContent>      
37         </xs:complexType>      
38     </xs:element>      
 
40     <xs:element name="performance_status_assessment_timepoint_category_other_text" nillable="true"> +-    
41         <xs:complexType>      
42             <xs:simpleContent>      
43                 <xs:extension base="xs:string">      
44                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />      
45                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3151756" />      
46                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />      
47                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />      
48                 </xs:extension>      
49             </xs:simpleContent>      
50         </xs:complexType>      
51     </xs:element>      
 
53     <xs:element name="days_to_performance_status_follow_up_score"> +-    
54         <xs:complexType mixed="true">      
55             <xs:simpleContent>      
56                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
57                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="" />      
58                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.4" />      
59                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />      
60                 </xs:restriction>      
61             </xs:simpleContent>      
62         </xs:complexType>      
63     </xs:element>      
 
65         <xs:element name="primary_therapy_outcome_success" nillable="true"> +-    
66         <xs:complexType mixed="true">      
67             <xs:simpleContent>      
68                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
69                     <xs:enumeration value="" />      
70                     <xs:enumeration value="Progressive Disease" />      
71                     <xs:enumeration value="Stable Disease" />      
72                     <xs:enumeration value="Partial Response" />      
73                     <xs:enumeration value="Complete Remission/Response" />      
74                     <xs:enumeration value="Not Applicable" />      
75                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2786727" />      
76                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />      
77                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />      
78                 </xs:restriction>      
79             </xs:simpleContent>      
80         </xs:complexType>      
81     </xs:element>      
 
83         <xs:element name="additional_treatment_completion_success_outcome" nillable="true"> +-    
84         <xs:complexType mixed="true">      
85             <xs:simpleContent>      
86                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
87                     <xs:enumeration value="" />      
88                     <xs:enumeration value="Progressive Disease" />      
89                     <xs:enumeration value="Stable Disease" />      
90                     <xs:enumeration value="Partial Response" />      
91                     <xs:enumeration value="Complete Response" />      
92                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3033278" />      
93                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5" />      
94                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />      
95                 </xs:restriction>      
96             </xs:simpleContent>      
97         </xs:complexType>      
98     </xs:element>      
 
100         <xs:element name="adjuvant_rad_therapy_prior_admin" nillable="true"> +-    
101         <xs:complexType>      
102             <xs:simpleContent>      
103                 <xs:extension base="utility:yes_or_no">      
104                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />      
105                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2308" />      
106                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5" />      
107                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />      
108                 </xs:extension>      
109             </xs:simpleContent>      
110         </xs:complexType>      
111     </xs:element>      
 
113         <xs:element name="radiation_therapy_not_administered_reason" nillable="true"> +-    
114         <xs:complexType mixed="true">      
115             <xs:simpleContent>      
116                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
117                     <xs:enumeration value="" />      
118                     <xs:enumeration value="Adverse event/complications" />      
119                     <xs:enumeration value="Scheduling problems" />      
120                     <xs:enumeration value="Participant refusal" />      
121                     <xs:enumeration value="Not done per treating physician discretion" />      
122                     <xs:enumeration value="Other" />      
123                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2733266" />      
124                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />      
125                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />      
126                 </xs:restriction>      
127             </xs:simpleContent>      
128         </xs:complexType>      
129     </xs:element>      
 
131     <xs:element name="radiation_therapy_not_administered_specify" nillable="true"> +-    
132         <xs:complexType>      
133             <xs:simpleContent>      
134                 <xs:extension base="xs:string">      
135                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />      
136                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2733267" />      
137                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />      
138                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />      
139                 </xs:extension>      
140             </xs:simpleContent>      
141         </xs:complexType>      
142     </xs:element>      
 
144         <xs:element name="brachytherapy_method_type" nillable="true"> +-    
145         <xs:complexType mixed="true">      
146             <xs:simpleContent>      
147                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
148                     <xs:enumeration value="" />      
149                     <xs:enumeration value="LDR" />      
150                     <xs:enumeration value="HDR" />      
151                     <xs:enumeration value="Other" />      
152                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2966127" />      
153                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />      
154                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />      
155                 </xs:restriction>      
156             </xs:simpleContent>      
157         </xs:complexType>      
158     </xs:element>      
 
160     <xs:element name="brachytherapy_method_other_specify_text" nillable="true"> +-    
161         <xs:complexType>      
162             <xs:simpleContent>      
163                 <xs:extension base="xs:string">      
164                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />      
165                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3150976" />      
166                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />      
167                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />      
168                 </xs:extension>      
169             </xs:simpleContent>      
170         </xs:complexType>      
171     </xs:element>      
 
173         <xs:element name="day_of_brachytherapy_begin_occurrence" nillable="true"> +-    
174         <xs:complexType>      
175             <xs:simpleContent>      
176                 <xs:extension base="utility:generic_day">      
177                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />      
178                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3150980" />      
179                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.4" />      
180                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />      
181                 </xs:extension>      
182             </xs:simpleContent>      
183         </xs:complexType>      
184     </xs:element>      
 
186     <xs:element name="month_of_brachytherapy_begin_occurrence" nillable="true"> +-    
187         <xs:complexType>      
188             <xs:simpleContent>      
189                 <xs:extension base="utility:generic_month">      
190                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />      
191                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3150979" />      
192                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.4" />      
193                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />      
194                 </xs:extension>      
195             </xs:simpleContent>      
196         </xs:complexType>      
197     </xs:element>      
 
199     <xs:element name="year_of_brachytherapy_begin_occurrence" nillable="true"> +-    
200         <xs:complexType>      
201             <xs:simpleContent>      
202                 <xs:extension base="utility:generic_year">      
203                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />      
204                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3150981" />      
205                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.4" />      
206                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />      
207                 </xs:extension>      
208             </xs:simpleContent>      
209         </xs:complexType>      
210     </xs:element>      
 
212     <xs:element name="days_to_brachytherapy_begin_occurrence"> +-    
213         <xs:complexType mixed="true">      
214             <xs:simpleContent>      
215                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
216                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="" />      
217                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.4" />      
218                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />      
219                 </xs:restriction>      
220             </xs:simpleContent>      
221         </xs:complexType>      
222     </xs:element>      
 
224         <xs:element name="day_of_brachytherapy_end_occurrence" nillable="true"> +-    
225         <xs:complexType>      
226             <xs:simpleContent>      
227                 <xs:extension base="utility:generic_day">      
228                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />      
229                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3151011" />      
230                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.4" />      
231                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />      
232                 </xs:extension>      
233             </xs:simpleContent>      
234         </xs:complexType>      
235     </xs:element>      
 
237     <xs:element name="month_of_brachytherapy_end_occurrence" nillable="true"> +-    
238         <xs:complexType>      
239             <xs:simpleContent>      
240                 <xs:extension base="utility:generic_month">      
241                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />      
242                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3151002" />      
243                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.4" />      
244                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />      
245                 </xs:extension>      
246             </xs:simpleContent>      
247         </xs:complexType>      
248     </xs:element>      
 
250     <xs:element name="year_of_brachytherapy_end_occurrence" nillable="true"> +-    
251         <xs:complexType>      
252             <xs:simpleContent>      
253                 <xs:extension base="utility:generic_year">      
254                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />      
255                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3151068" />      
256                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.4" />      
257                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />      
258                 </xs:extension>      
259             </xs:simpleContent>      
260         </xs:complexType>      
261     </xs:element>      
 
263     <xs:element name="days_to_brachytherapy_end_occurrence"> +-    
264         <xs:complexType mixed="true">      
265             <xs:simpleContent>      
266                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
267                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="" />      
268                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.4" />      
269                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />      
270                 </xs:restriction>      
271             </xs:simpleContent>      
272         </xs:complexType>      
273     </xs:element>      
 
275         <xs:element name="brachytherapy_first_reference_point_administered_total_dose" nillable="true"> +-    
276         <xs:complexType>      
277             <xs:simpleContent>      
278                 <xs:extension base="utility:number_or_null">      
279                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />      
280                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3151100" />      
281                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />      
282                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />      
283                     <xs:attribute name="units" type="xs:string" fixed="cGy"/>      
284                 </xs:extension>      
285             </xs:simpleContent>      
286         </xs:complexType>      
287     </xs:element>      
 
289         <xs:element name="brachytherapy_administered_status" nillable="true"> +-    
290         <xs:complexType mixed="true">      
291             <xs:simpleContent>      
292                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
293                     <xs:enumeration value="" />      
294                     <xs:enumeration value="Completed as planned" />      
295                     <xs:enumeration value="Treatment not completed" />      
296                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3151103" />      
297                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />      
298                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />      
299                 </xs:restriction>      
300             </xs:simpleContent>      
301         </xs:complexType>      
302     </xs:element>      
 
304         <xs:element name="rt_administered_type" nillable="true"> +-    
305         <xs:complexType mixed="true">      
306             <xs:simpleContent>      
307                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
308                     <xs:enumeration value="" />      
309                     <xs:enumeration value="3D conformal" />      
310                     <xs:enumeration value="IMRT" />      
311                     <xs:enumeration value="External beam radiation" />      
312                     <xs:enumeration value="Other" />      
313                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="61468" />      
314                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />      
315                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />      
316                 </xs:restriction>      
317             </xs:simpleContent>      
318         </xs:complexType>      
319     </xs:element>      
 
321         <xs:element name="rt_pelvis_administered_total_dose" nillable="true"> +-    
322         <xs:complexType>      
323             <xs:simpleContent>      
324                 <xs:extension base="utility:number_or_null">      
325                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />      
326                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3006" />      
327                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />      
328                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />      
329                     <xs:attribute name="units" type="xs:string" fixed="cGy"/>      
330                 </xs:extension>      
331             </xs:simpleContent>      
332         </xs:complexType>      
333     </xs:element>      
 
335          <xs:element name="external_beam_radiation_therapy_administered_paraaortic_region_lymph_node_dose" nillable="true"> +-    
336         <xs:complexType>      
337             <xs:simpleContent>      
338                 <xs:extension base="utility:number_or_null">      
339                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />      
340                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3151106" />      
341                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />      
342                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />      
343                     <xs:attribute name="units" type="xs:string" fixed="cGy"/>      
344                 </xs:extension>      
345             </xs:simpleContent>      
346         </xs:complexType>      
347     </xs:element>      
 
349         <xs:element name="external_beam_radiation_therapy_administered_status" nillable="true"> +-    
350         <xs:complexType mixed="true">      
351             <xs:simpleContent>      
352                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
353                     <xs:enumeration value="" />      
354                     <xs:enumeration value="Treatment not completed" />      
355                     <xs:enumeration value="Completed as Planned" />      
356                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3151107" />      
357                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />      
358                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />      
359                 </xs:restriction>      
360             </xs:simpleContent>      
361         </xs:complexType>      
362     </xs:element>      
 
364         <xs:element name="chemotherapy_negation_radiation_therapy_concurrent_not_administered_reason" nillable="true"> +-    
365         <xs:complexType mixed="true">      
366             <xs:simpleContent>      
367                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
368                     <xs:enumeration value="" />      
369                     <xs:enumeration value="Adverse event/ complications" />      
370                     <xs:enumeration value="Scheduling problems" />      
371                     <xs:enumeration value="Participant refusal" />      
372                     <xs:enumeration value="Not done per treating physicians discretion" />      
373                     <xs:enumeration value="Other" />      
374                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3151120" />      
375                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />      
376                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />      
377                 </xs:restriction>      
378             </xs:simpleContent>      
379         </xs:complexType>      
380     </xs:element>      
 
382          <xs:element name="chemotherapy_negation_radiation_therapy_concurrent_administered_text" nillable="true"> +-    
383         <xs:complexType>      
384             <xs:simpleContent>      
385                 <xs:extension base="xs:string">      
386                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />      
387                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3151824" />      
388                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />      
389                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />      
390                 </xs:extension>      
391             </xs:simpleContent>      
392         </xs:complexType>      
393     </xs:element>      
 
395         <xs:element name="chemotherapy_regimen_types"> +-    
396         <xs:complexType>      
397           <xs:sequence >      
398             <xs:element ref="chemotherapy_regimen_type" minOccurs="0" maxOccurs="unbounded" />      
399           </xs:sequence>      
400         </xs:complexType>      
401     </xs:element>      
 
403         <xs:element name="chemotherapy_regimen_type" nillable="true"> +-    
404         <xs:complexType mixed="true">      
405             <xs:simpleContent>      
406                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
407                     <xs:enumeration value="" />      
408                     <xs:enumeration value="Carboplatin" />      
409                     <xs:enumeration value="Cisplatin" />      
410                     <xs:enumeration value="Other" />      
411                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2007212" />      
412                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />      
413                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />      
414                 </xs:restriction>      
415             </xs:simpleContent>      
416         </xs:complexType>      
417     </xs:element>      
 
419         <xs:element name="other_chemotherapy_agent_administration_specify" nillable="true"> +-    
420         <xs:complexType>      
421             <xs:simpleContent>      
422                 <xs:extension base="xs:string">      
423                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />      
424                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2426129" />      
425                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />      
426                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />      
427                 </xs:extension>      
428             </xs:simpleContent>      
429         </xs:complexType>      
430     </xs:element>      
 
432         <xs:element name="day_of_chemotherapy_start" nillable="true"> +-    
433         <xs:complexType>      
434             <xs:simpleContent>      
435                 <xs:extension base="utility:generic_day">      
436                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />      
437                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2897052" />      
438                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />      
439                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />      
440                 </xs:extension>      
441             </xs:simpleContent>      
442         </xs:complexType>      
443     </xs:element>      
 
445     <xs:element name="month_of_chemotherapy_start" nillable="true"> +-    
446         <xs:complexType>      
447             <xs:simpleContent>      
448                 <xs:extension base="utility:generic_month">      
449                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />      
450                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2897050" />      
451                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />      
452                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />      
453                 </xs:extension>      
454             </xs:simpleContent>      
455         </xs:complexType>      
456     </xs:element>      
 
458     <xs:element name="year_of_chemotherapy_start" nillable="true"> +-    
459         <xs:complexType>      
460             <xs:simpleContent>      
461                 <xs:extension base="utility:generic_year">      
462                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />      
463                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2897054" />      
464                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />      
465                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />      
466                 </xs:extension>      
467             </xs:simpleContent>      
468         </xs:complexType>      
469     </xs:element>      
 
471     <xs:element name="days_to_chemotherapy_start"> +-    
472         <xs:complexType mixed="true">      
473             <xs:simpleContent>      
474                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
475                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="" />      
476                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />      
477                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />      
478                 </xs:restriction>      
479             </xs:simpleContent>      
480         </xs:complexType>      
481     </xs:element>      
 
483         <xs:element name="day_of_chemotherapy_end" nillable="true"> +-    
484         <xs:complexType>      
485             <xs:simpleContent>      
486                 <xs:extension base="utility:generic_day">      
487                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />      
488                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2897058" />      
489                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />      
490                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />      
491                 </xs:extension>      
492             </xs:simpleContent>      
493         </xs:complexType>      
494     </xs:element>      
 
496     <xs:element name="month_of_chemotherapy_end" nillable="true"> +-    
497         <xs:complexType>      
498             <xs:simpleContent>      
499                 <xs:extension base="utility:generic_month">      
500                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />      
501                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2897056" />      
502                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />      
503                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />      
504                 </xs:extension>      
505             </xs:simpleContent>      
506         </xs:complexType>      
507     </xs:element>      
 
509     <xs:element name="year_of_chemotherapy_end" nillable="true"> +-    
510         <xs:complexType>      
511             <xs:simpleContent>      
512                 <xs:extension base="utility:generic_year">      
513                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />      
514                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2897060" />      
515                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />      
516                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />      
517                 </xs:extension>      
518             </xs:simpleContent>      
519         </xs:complexType>      
520     </xs:element>        
 
522     <xs:element name="days_to_chemotherapy_end"> +-    
523         <xs:complexType mixed="true">      
524             <xs:simpleContent>      
525                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
526                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="" />      
527                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />      
528                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />      
529                 </xs:restriction>      
530             </xs:simpleContent>      
531         </xs:complexType>      
532     </xs:element>        
 
536         <xs:element name="concurrent_chemotherapy_dose" nillable="true"> +-    
537         <xs:complexType>      
538             <xs:simpleContent>      
539                 <xs:extension base="xs:string">      
540                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />      
541                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3166172" />      
542                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5" />      
543                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />      
544                 </xs:extension>      
545             </xs:simpleContent>      
546         </xs:complexType>      
547     </xs:element>      
 
551         <xs:element name="dose_frequency_text" nillable="true"> +-    
552         <xs:complexType mixed="true">      
553             <xs:simpleContent>      
554                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
555                     <xs:enumeration value="" />      
556                     <xs:enumeration value="Every hour" />      
557                     <xs:enumeration value="Five times daily" />      
558                     <xs:enumeration value="Four times daily" />      
559                     <xs:enumeration value="Three times daily" />      
560                     <xs:enumeration value="Twice daily" />      
561                     <xs:enumeration value="Every 24 hours" />      
562                     <xs:enumeration value="Every other day" />      
563                     <xs:enumeration value="Twice a week" />      
564                     <xs:enumeration value="Once weekly" />      
565                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2179580" />      
566                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />      
567                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />      
568                 </xs:restriction>      
569             </xs:simpleContent>      
570         </xs:complexType>      
571     </xs:element>      
 
573     <xs:element name="agent_total_dose_count" nillable="true"> +-    
574         <xs:complexType>      
575             <xs:simpleContent>      
576                 <xs:extension base="utility:number_or_null">      
577                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />      
578                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2180805" />      
579                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />      
580                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />      
581                 </xs:extension>      
582             </xs:simpleContent>      
583         </xs:complexType>      
584     </xs:element>      
 
586         <xs:element name="new_neoplasm_event_occurrence_anatomic_site" nillable="true"> +-    
587         <xs:complexType mixed="true">      
588             <xs:simpleContent>      
589                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
590                     <xs:enumeration value="" />      
591                     <xs:enumeration value="Cervix" />      
592                     <xs:enumeration value="Head &amp; Neck" />      
593                     <xs:enumeration value="Lung" />      
594                     <xs:enumeration value="Vulva" />      
595                     <xs:enumeration value="Anus" />      
596                     <xs:enumeration value="Other, specify" />      
597                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3108271" />      
598                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />      
599                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />      
600                 </xs:restriction>      
601             </xs:simpleContent>      
602         </xs:complexType>      
603     </xs:element>      
 
605     <xs:element name="new_neoplasm_occurrence_anatomic_site_text" nillable="true"> +-    
606         <xs:complexType>      
607             <xs:simpleContent>      
608                 <xs:extension base="xs:string">      
609                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />      
610                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3128033" />      
611                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />      
612                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />      
613                 </xs:extension>      
614             </xs:simpleContent>      
615         </xs:complexType>      
616     </xs:element>      
 
618         <xs:element name="new_neoplasm_event_post_initial_therapy_diagnosis_method_type" nillable="true"> +-    
619         <xs:complexType mixed="true">      
620             <xs:simpleContent>      
621                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
622                     <xs:enumeration value="" />      
623                     <xs:enumeration value="Tumor Resection" />      
624                     <xs:enumeration value="Cytology" />      
625                     <xs:enumeration value="Not Applicable" />      
626                     <xs:enumeration value="Other, specify" />      
627                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3151113" />      
628                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />      
629                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />      
630                 </xs:restriction>      
631             </xs:simpleContent>      
632         </xs:complexType>      
633     </xs:element>      
 
635     <xs:element name="new_neoplasm_event_post_initial_therapy_diagnosis_method_text" nillable="true"> +-    
636         <xs:complexType>      
637             <xs:simpleContent>      
638                 <xs:extension base="xs:string">      
639                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />      
640                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3151116" />      
641                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />      
642                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />      
643                 </xs:extension>      
644             </xs:simpleContent>      
645         </xs:complexType>      
646     </xs:element>      
 
648 </xs:schema> +-    

   
File: TCGA_BCR.COAD_Clinical.xsd  
4 <xs:schema elementFormDefault="qualified" version="2.5.0" <> 4 <xs:schema elementFormDefault="qualified" version="2.4.4"
 
6   xmlns:utility="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5" <> 6   xmlns:utility="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.4"
7   xmlns:admin="http://tcga.nci/bcr/xml/administration/2.5"   7   xmlns:admin="http://tcga.nci/bcr/xml/administration/2.4"
8   xmlns:shared="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5"   8   xmlns:shared="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.4"
9   xmlns:coad_read_shared="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/coad_read/2.5"      
10   xmlns:rad="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/radiation/2.5"   9   xmlns:rad="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/radiation/2.4"
11   xmlns:rx="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/pharmaceutical/2.5"   10   xmlns:rx="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/pharmaceutical/2.4"
12   xmlns:cqcf="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/cqcf/2.5"      
13   xmlns:follow_up_v1.0="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/coad/followup/2.5/1.0"      
14   xmlns="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/coad/2.5"   11   xmlns="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/coad/2.4"
15   targetNamespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/coad/2.5"   12   targetNamespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/coad/2.4"
 
31     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5/TCGA_BCR.Utility.xsd" /> <> 28     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.4" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/utility/2.4/TCGA_BCR.Utility.xsd" />
32     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/administration/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/administration/2.5/TCGA_BCR.Administration.xsd" />   29     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/administration/2.4" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/administration/2.4/TCGA_BCR.Administration.xsd" />
33     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5/TCGA_BCR.Shared_Clinical_Elements.xsd" />   30     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.4" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.4/TCGA_BCR.Shared_Clinical_Elements.xsd" />
34     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/radiation/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/radiation/2.5/TCGA_BCR.Radiation.xsd" />   31     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/radiation/2.4" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/radiation/2.4/TCGA_BCR.Radiation.xsd" />
35     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/pharmaceutical/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/pharmaceutical/2.5/TCGA_BCR.Pharmaceutical.xsd" />   32     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/pharmaceutical/2.4" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/pharmaceutical/2.4/TCGA_BCR.Pharmaceutical.xsd" />
36     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/cqcf/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/cqcf/2.5/TCGA_BCR.CQCF.xsd" />      
37     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/coad/followup/2.5/1.0" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/coad/followup/2.5/TCGA_BCR.COAD_Clinical_FollowUp_v1.0.xsd" />      
38     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/coad_read/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5/TCGA_BCR.Shared_Clinical_COAD_READ_Elements.xsd" />      
 
48             <xs:attribute name="schemaVersion" type="xs:decimal" use="required" fixed="2.5"/> <> 41             <xs:attribute name="schemaVersion" type="xs:decimal" use="required" fixed="2.4"/>
 
56                 <xs:element ref="coad_read_shared:histological_type" /> <> 49                 <xs:element ref="histological_type" />
 
140                 <xs:element ref="shared:residual_tumor" /> +-    
141                 <xs:element ref="shared:anatomic_organ_subdivision" />      
142                 <xs:element ref="shared:primary_lymph_node_presentation_assessment" />      
143                 <xs:element ref="shared:lymph_node_examined_count" />      
144                 <xs:element ref="shared:number_of_lymphnodes_positive_by_he" />      
145                 <xs:element ref="shared:number_of_lymphnodes_positive_by_ihc" />      
 
149                 <xs:element ref="coad_read_shared:tumor_stage" /> <> 136                 <xs:element ref="tumor_stage" />
      137                 <xs:element ref="residual_tumor" />
      138                 <xs:element ref="anatomic_organ_subdivision" />
      139                 <xs:element ref="lymphnodes_examined" />
      140                 <xs:element ref="number_of_lymphnodes_examined" />
      141                 <xs:element ref="number_of_lymphnodes_positive_by_he" />
      142                 <xs:element ref="number_of_lymphnodes_positive_by_ihc" />
150                 <xs:element ref="coad_read_shared:primary_tumor_pathologic_spread" />   143                 <xs:element ref="primary_tumor_pathologic_spread" />
151                 <xs:element ref="coad_read_shared:lymphnode_pathologic_spread" />   144                 <xs:element ref="lymphnode_pathologic_spread" />
152                 <xs:element ref="coad_read_shared:distant_metastasis_pathologic_spread" />   145                 <xs:element ref="distant_metastasis_pathologic_spread" />
153                 <xs:element ref="coad_read_shared:preoperative_pretreatment_cea_level" />   146                 <xs:element ref="preoperative_pretreatment_cea_level" />
154                 <xs:element ref="coad_read_shared:non_nodal_tumor_deposits" />   147                 <xs:element ref="non_nodal_tumor_deposits" />
155                 <xs:element ref="coad_read_shared:circumferential_resection_margin" />   148                 <xs:element ref="circumferential_resection_margin" />
156                 <xs:element ref="shared:venous_invasion" />   149                 <xs:element ref="vascular_invasion_present" />
157                 <xs:element ref="shared:lymphatic_invasion" />   150                 <xs:element ref="lymphatic_invasion_present" />
158                 <xs:element ref="coad_read_shared:perineural_invasion_present" />   151                 <xs:element ref="perineural_invasion_present" />
159                 <xs:element ref="coad_read_shared:microsatellite_instability" />   152                 <xs:element ref="microsatellite_instability" />
160                 <xs:element ref="coad_read_shared:number_of_loci_tested" />   153                 <xs:element ref="number_of_loci_tested" />
161                 <xs:element ref="coad_read_shared:number_of_abnormal_loci" />   154                 <xs:element ref="number_of_abnormal_loci" />
162                 <xs:element ref="coad_read_shared:kras_gene_analysis_performed" />   155                 <xs:element ref="kras_gene_analysis_performed" />
163                 <xs:element ref="coad_read_shared:kras_mutation_found" />   156                 <xs:element ref="kras_mutation_found" />
164                 <xs:element ref="coad_read_shared:kras_mutation_codon" />   157                 <xs:element ref="kras_mutation_codon" />
165                 <xs:element ref="coad_read_shared:braf_gene_analysis_performed" />   158                 <xs:element ref="braf_gene_analysis_performed" />
166                 <xs:element ref="coad_read_shared:braf_gene_analysis_result" />   159                 <xs:element ref="braf_gene_analysis_result" />
167                 <xs:element ref="coad_read_shared:synchronous_colon_cancer_present" />   160                 <xs:element ref="synchronous_colon_cancer_present" />
168                 <xs:element ref="coad_read_shared:history_of_colon_polyps" />   161                 <xs:element ref="history_of_colon_polyps" />
169                 <xs:element ref="coad_read_shared:colon_polyps_present" />   162                 <xs:element ref="colon_polyps_present" />
170                 <xs:element ref="coad_read_shared:loss_expression_of_mismatch_repair_proteins_by_ihc" />   163                 <xs:element ref="loss_expression_of_mismatch_repair_proteins_by_ihc" />
171                 <xs:element ref="coad_read_shared:loss_expression_of_mismatch_repair_proteins_by_ihc_results" />   164                 <xs:element ref="loss_expression_of_mismatch_repair_proteins_by_ihc_results" />
172                 <xs:element ref="coad_read_shared:number_of_first_degree_relatives_with_cancer_diagnosis" />   165                 <xs:element ref="number_of_first_degree_relatives_with_cancer_diagnosis" />
 
176                 <> 168             </xs:sequence>
      169         </xs:complexType>
      170     </xs:element>
 
177                 <xs:element ref="coad_read_shared:clinical_cqcf" /> <> 172     <xs:element name="lymphnodes_examined" nillable="true">
      173         <xs:complexType>
      174             <xs:simpleContent>
      175                 <xs:extension base="utility:yes_or_no">
      176                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      177                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2200396" />
      178                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />
      179                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      180                 </xs:extension>
      181             </xs:simpleContent>
      182         </xs:complexType>
      183     </xs:element>
 
    <> 185     <xs:element name="number_of_abnormal_loci" nillable="true">
179                 <xs:element name="follow_ups">   186         <xs:complexType mixed="true">
180                    <xs:annotation>   187             <xs:simpleContent>
      188                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      189                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3107129" />
      190                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />
      191                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      192                 </xs:restriction>
      193             </xs:simpleContent>
      194         </xs:complexType>
      195     </xs:element>
 
181                       <xs:documentation>We are using namespaces and version numbers to distinguish one version of followup from another.</xs:documentation> <> 197     <xs:element name="number_of_first_degree_relatives_with_cancer_diagnosis" nillable="true">
      198         <xs:complexType mixed="true">
      199             <xs:simpleContent>
      200                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      201                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3107205" />
      202                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />
      203                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      204                 </xs:restriction>
182                    </xs:annotation>   205             </xs:simpleContent>
      206         </xs:complexType>
      207     </xs:element>
 
    -+ 209     <xs:element name="loss_expression_of_mismatch_repair_proteins_by_ihc_results">
 
184                       <xs:sequence> <>    
185                          <xs:element ref="follow_up_v1.0:follow_up_v1.0" minOccurs="0" maxOccurs="unbounded" />   211             <xs:sequence minOccurs="0" maxOccurs="unbounded">
      212                 <xs:element ref="loss_expression_of_mismatch_repair_proteins_by_ihc_result" />
 
    <> 217     <xs:element name="loss_expression_of_mismatch_repair_proteins_by_ihc_result" nillable="true">
      218         <xs:complexType mixed="true">
      219             <xs:simpleContent>
      220                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      221                     <xs:enumeration value="" />
      222                     <xs:enumeration value="MLH1 Expressed" />
      223                     <xs:enumeration value="MLH1 Not Expressed" />
      224                     <xs:enumeration value="MSH2 Expressed" />
      225                     <xs:enumeration value="MSH2 Not Expressed" />
      226                     <xs:enumeration value="PMS2 Expressed" />
      227                     <xs:enumeration value="PMS2 Not Expressed" />
      228                     <xs:enumeration value="MSH6 Expressed" />
      229                     <xs:enumeration value="MSH6 Not Expressed" />
      230                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3105496" />
      231                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />
      232                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      233                 </xs:restriction>
      234             </xs:simpleContent>
      235         </xs:complexType>
190             </xs:sequence>   236     </xs:element>
 
    -+ 238     <xs:element name="braf_gene_analysis_result" nillable="true">
      239         <xs:complexType mixed="true">
      240             <xs:simpleContent>
      241                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      242                     <xs:enumeration value="" />
      243                     <xs:enumeration value="Normal" />
      244                     <xs:enumeration value="Abnormal" />
      245                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3107189" />
      246                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />
      247                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      248                 </xs:restriction>
      249             </xs:simpleContent>
 
    -+ 253     <xs:element name="loss_expression_of_mismatch_repair_proteins_by_ihc" nillable="true">
      254         <xs:complexType>
      255             <xs:simpleContent>
      256                 <xs:extension base="utility:yes_or_no">
      257                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      258                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3123153" />
      259                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />
      260                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      261                 </xs:extension>
      262             </xs:simpleContent>
      263         </xs:complexType>
      264     </xs:element>
 
    -+ 266     <xs:element name="braf_gene_analysis_performed" nillable="true">
      267         <xs:complexType>
      268             <xs:simpleContent>
      269                 <xs:extension base="utility:yes_or_no">
      270                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      271                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3123151" />
      272                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />
      273                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      274                 </xs:extension>
      275             </xs:simpleContent>
      276         </xs:complexType>
      277     </xs:element>
 
    -+ 279     <xs:element name="number_of_loci_tested" nillable="true">
      280         <xs:complexType mixed="true">
      281             <xs:simpleContent>
      282                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      283                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3107127" />
      284                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />
      285                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      286                 </xs:restriction>
      287             </xs:simpleContent>
      288         </xs:complexType>
      289     </xs:element>
 
    -+ 291     <xs:element name="kras_mutation_codon" nillable="true">
      292         <xs:complexType mixed="true">
      293             <xs:simpleContent>
      294                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      295                     <xs:enumeration value="" />
      296                     <xs:enumeration value="12" />
      297                     <xs:enumeration value="13" />
      298                     <xs:enumeration value="61" />
      299                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3124509" />
      300                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />
      301                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      302                 </xs:restriction>
      303             </xs:simpleContent>
      304         </xs:complexType>
      305     </xs:element>
 
    -+ 307     <xs:element name="kras_mutation_found" nillable="true">
      308         <xs:complexType>
      309             <xs:simpleContent>
      310                 <xs:extension base="utility:yes_or_no">
      311                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      312                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2932340" />
      313                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />
      314                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      315                 </xs:extension>
      316             </xs:simpleContent>
      317         </xs:complexType>
      318     </xs:element>
 
    -+ 320     <xs:element name="kras_gene_analysis_performed" nillable="true">
      321         <xs:complexType>
      322             <xs:simpleContent>
      323                 <xs:extension base="utility:yes_or_no">
      324                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      325                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3123147" />
      326                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />
      327                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      328                 </xs:extension>
      329             </xs:simpleContent>
      330         </xs:complexType>
      331     </xs:element>
 
    -+ 333     <xs:element name="number_of_lymphnodes_positive_by_he" nillable="true">
      334         <xs:complexType mixed="true">
      335             <xs:simpleContent>
      336                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      337                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3086388" />
      338                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />
      339                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      340                 </xs:restriction>
      341             </xs:simpleContent>
      342         </xs:complexType>
      343     </xs:element>
 
    -+ 345     <xs:element name="preoperative_pretreatment_cea_level" nillable="true">
      346         <xs:complexType mixed="true">
      347             <xs:simpleContent>
      348                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      349                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2716510" />
      350                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />
      351                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      352                 </xs:restriction>
      353             </xs:simpleContent>
      354         </xs:complexType>
      355     </xs:element>
 
    -+ 357     <xs:element name="non_nodal_tumor_deposits" nillable="true">
      358         <xs:complexType>
      359             <xs:simpleContent>
      360                 <xs:extension base="utility:yes_or_no">
      361                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      362                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3107051" />
      363                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />
      364                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      365                 </xs:extension>
      366             </xs:simpleContent>
      367         </xs:complexType>
      368     </xs:element>
 
    -+ 370     <xs:element name="circumferential_resection_margin" nillable="true">
      371         <xs:complexType mixed="true">
      372             <xs:simpleContent>
      373                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      374                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="64202" />
      375                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />
      376                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      377                 </xs:restriction>
      378             </xs:simpleContent>
      379         </xs:complexType>
      380     </xs:element>
 
    -+ 382     <xs:element name="vascular_invasion_present" nillable="true">
      383         <xs:complexType>
      384             <xs:simpleContent>
      385                 <xs:extension base="utility:yes_or_no">
      386                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      387                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="64358" />
      388                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />
      389                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      390                 </xs:extension>
      391             </xs:simpleContent>
      392         </xs:complexType>
      393     </xs:element>
 
    -+ 395     <xs:element name="lymphatic_invasion_present" nillable="true">
      396         <xs:complexType>
      397             <xs:simpleContent>
      398                 <xs:extension base="utility:yes_or_no">
      399                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      400                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="64171" />
      401                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />
      402                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      403                 </xs:extension>
      404             </xs:simpleContent>
      405         </xs:complexType>
      406     </xs:element>
 
    -+ 408     <xs:element name="perineural_invasion_present" nillable="true">
      409         <xs:complexType>
      410             <xs:simpleContent>
      411                 <xs:extension base="utility:yes_or_no">
      412                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      413                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="64181" />
      414                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />
      415                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      416                 </xs:extension>
      417             </xs:simpleContent>
      418         </xs:complexType>
      419     </xs:element>
 
    -+ 421     <xs:element name="microsatellite_instability" nillable="true">
      422         <xs:complexType>
      423             <xs:simpleContent>
      424                 <xs:extension base="utility:yes_or_no">
      425                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      426                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3123142" />
      427                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />
      428                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      429                 </xs:extension>
      430             </xs:simpleContent>
      431         </xs:complexType>
      432     </xs:element>
 
    -+ 434     <xs:element name="synchronous_colon_cancer_present" nillable="true">
      435         <xs:complexType>
      436             <xs:simpleContent>
      437                 <xs:extension base="utility:yes_or_no">
      438                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      439                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2185953" />
      440                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />
      441                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      442                 </xs:extension>
      443             </xs:simpleContent>
      444         </xs:complexType>
      445     </xs:element>
 
    -+ 447     <xs:element name="history_of_colon_polyps" nillable="true">
      448         <xs:complexType>
      449             <xs:simpleContent>
      450                 <xs:extension base="utility:yes_or_no">
      451                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      452                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3107197" />
      453                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />
      454                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      455                 </xs:extension>
      456             </xs:simpleContent>
      457         </xs:complexType>
      458     </xs:element>
 
    -+ 460     <xs:element name="colon_polyps_present" nillable="true">
      461         <xs:complexType>
      462             <xs:simpleContent>
      463                 <xs:extension base="utility:yes_or_no">
      464                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      465                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="64184" />
      466                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />
      467                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      468                 </xs:extension>
      469             </xs:simpleContent>
      470         </xs:complexType>
      471     </xs:element>
 
    -+ 474     <xs:element name="anatomic_organ_subdivision" nillable="true">
      475         <xs:complexType mixed="true">
      476             <xs:simpleContent>
      477                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      478                     <xs:enumeration value="" />
      479                     <xs:enumeration value="Cecum" />
      480                     <xs:enumeration value="Ascending Colon" />
      481                     <xs:enumeration value="Hepatic Flexure" />
      482                     <xs:enumeration value="Transverse Colon" />
      483                     <xs:enumeration value="Splenic Flexure" />
      484                     <xs:enumeration value="Descending Colon" />
      485                     <xs:enumeration value="Sigmoid Colon" />
      486                     <xs:enumeration value="Rectosigmoid Junction" />
      487                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2716417" />
      488                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />
      489                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      490                 </xs:restriction>
      491             </xs:simpleContent>
      492         </xs:complexType>
      493     </xs:element>
 
    -+ 496     <xs:element name="histological_type" nillable="true">
      497         <xs:complexType mixed="true">
      498             <xs:simpleContent>
      499                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      500                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3081934" />
      501                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.9" />
      502                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      503                 </xs:restriction>
      504             </xs:simpleContent>
      505         </xs:complexType>
      506     </xs:element>
 
    -+ 508     <xs:element name="tumor_stage" nillable="true">
      509         <xs:complexType>
      510             <xs:simpleContent>
      511                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      512                     <xs:enumeration value="" />
      513                     <xs:enumeration value="Stage I" />
      514                     <xs:enumeration value="Stage IA" />
      515                     <xs:enumeration value="Stage IB" />
      516                     <xs:enumeration value="Stage II" />
      517                     <xs:enumeration value="Stage IIA" />
      518                     <xs:enumeration value="Stage IIB" />
      519                     <xs:enumeration value="Stage IIC" />
      520                     <xs:enumeration value="Stage III" />
      521                     <xs:enumeration value="Stage IIIA" />
      522                     <xs:enumeration value="Stage IIIB" />
      523                     <xs:enumeration value="Stage IIIC" />
      524                     <xs:enumeration value="Stage IV" />
      525                     <xs:enumeration value="Stage IVA" />
      526                     <xs:enumeration value="Stage IVB" />
      527                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3065862" />
      528                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.4" />
      529                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      530                 </xs:restriction>
      531             </xs:simpleContent>
      532         </xs:complexType>
      533     </xs:element>
 
    -+ 535     <xs:element name="residual_tumor" nillable="true">
      536         <xs:complexType>
      537             <xs:simpleContent>
      538                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      539                     <xs:enumeration value="" />
      540                     <xs:enumeration value="RX" />
      541                     <xs:enumeration value="R0" />
      542                     <xs:enumeration value="R1" />
      543                     <xs:enumeration value="R2" />
      544                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2608702" />
      545                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.11" />
      546                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      547                 </xs:restriction>
      548             </xs:simpleContent>
      549         </xs:complexType>
      550     </xs:element>
 
    -+ 552     <xs:element name="primary_tumor_pathologic_spread" nillable="true">
      553         <xs:complexType>
      554             <xs:simpleContent>
      555                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      556                     <xs:enumeration value="" />
      557                     <xs:enumeration value="TX" />
      558                     <xs:enumeration value="Tis" />
      559                     <xs:enumeration value="T0" />
      560                     <xs:enumeration value="T1" />
      561                     <xs:enumeration value="T2" />
      562                     <xs:enumeration value="T2a" />
      563                     <xs:enumeration value="T2b" />
      564                     <xs:enumeration value="T3" />
      565                     <xs:enumeration value="T4" />
      566                     <xs:enumeration value="T4a" />
      567                     <xs:enumeration value="T4b" />
      568                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3045435" />
      569                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.1" />
      570                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      571                 </xs:restriction>
      572             </xs:simpleContent>
      573         </xs:complexType>
      574     </xs:element>
 
    -+ 576     <xs:element name="lymphnode_pathologic_spread" nillable="true">
      577         <xs:complexType>
      578             <xs:simpleContent>
      579                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      580                     <xs:enumeration value="" />
      581                     <xs:enumeration value="NX" />
      582                     <xs:enumeration value="N0" />
      583                     <xs:enumeration value="N1" />
      584                     <xs:enumeration value="N1a" />
      585                     <xs:enumeration value="N1b" />
      586                     <xs:enumeration value="N1c" />
      587                     <xs:enumeration value="N2" />
      588                     <xs:enumeration value="N2a" />
      589                     <xs:enumeration value="N2b" />
      590                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3065858" />
      591                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.1" />
      592                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      593                 </xs:restriction>
      594             </xs:simpleContent>
      595         </xs:complexType>
      596     </xs:element>
 
    -+ 598     <xs:element name="distant_metastasis_pathologic_spread" nillable="true">
      599         <xs:complexType>
      600             <xs:simpleContent>
      601                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      602                     <xs:enumeration value="" />
      603                     <xs:enumeration value="M0" />
      604                     <xs:enumeration value="M1" />
      605                     <xs:enumeration value="M1a" />
      606                     <xs:enumeration value="M1b" />
      607                     <xs:enumeration value="MX" />
      608                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3045439" />
      609                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.4" />
      610                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      611                 </xs:restriction>
      612             </xs:simpleContent>
      613         </xs:complexType>
      614     </xs:element>
 
    -+ 616     <xs:element name="number_of_lymphnodes_examined" nillable="true">
      617         <xs:complexType mixed="true">
      618             <xs:simpleContent>
      619                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      620                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3" />
      621                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.1" />
      622                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      623                 </xs:restriction>
      624             </xs:simpleContent>
      625         </xs:complexType>
      626     </xs:element>
 
    -+ 628     <xs:element name="number_of_lymphnodes_positive_by_ihc" nillable="true">
      629         <xs:complexType mixed="true">
      630             <xs:simpleContent>
      631                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      632                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3086383" />
      633                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.1" />
      634                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      635                 </xs:restriction>
      636             </xs:simpleContent>
      637         </xs:complexType>
      638     </xs:element>

   
File: TCGA_BCR.COAD_Clinical_FollowUp_v1.0.xsd  
1 <?xml version="1.0" encoding="utf-8" ?> +-    
 
4 <xs:schema elementFormDefault="qualified" version="2.5.0" +-    
5    xmlns:xs="http://www.w3.org/2001/XMLSchema"      
6    xmlns:shared="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5"      
7    xmlns:utility="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5"      
8    xmlns:admin="http://tcga.nci/bcr/xml/administration/2.5"      
9    xmlns="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/coad/followup/2.5/1.0"      
10    targetNamespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/coad/followup/2.5/1.0"      
11    xmlns:jaxb="http://java.sun.com/xml/ns/jaxb" jaxb:version="1.0" >      
 
13     <xs:import schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5/TCGA_BCR.Utility.xsd" namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5" /> +-    
14     <xs:import schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/administration/2.5/TCGA_BCR.Administration.xsd" namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/administration/2.5" />      
15     <xs:import schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5/TCGA_BCR.Shared_Clinical_Elements.xsd" namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5" />      
 
17     <xs:annotation> +-    
18         <xs:appinfo>      
19             <jaxb:globalBindings generateIsSetMethod="true" />      
20             <jaxb:schemaBindings>      
21                 <jaxb:package name="nci.tcga.bcr.xml.jaxb.clinical.coad" />      
22             </jaxb:schemaBindings>      
23         </xs:appinfo>      
24     </xs:annotation>      
 
26     <xs:annotation> +-    
27         <xs:documentation xml:lang="en">Schema to define the elements of the TCGA Clinical Data Follow-up Form within the coad study.</xs:documentation>      
28     </xs:annotation>      
 
30     <xs:element name="follow_up_v1.0"> +-    
31         <xs:complexType>      
32             <xs:sequence>      
33                 <xs:element ref="shared:bcr_patient_barcode" />      
34                 <xs:element ref="shared:bcr_patient_uuid" />      
35                 <xs:element ref="shared:vital_status" />      
36                 <xs:choice>      
37                     <xs:sequence>      
38                         <xs:element ref="shared:day_of_last_followup" />      
39                         <xs:element ref="shared:month_of_last_followup" />      
40                         <xs:element ref="shared:year_of_last_followup" />      
41                     </xs:sequence>      
42                     <xs:element ref="shared:days_to_last_followup" />      
43                 </xs:choice>      
44                 <xs:choice>      
45                     <xs:sequence>      
46                         <xs:element ref="shared:day_of_death" />      
47                         <xs:element ref="shared:month_of_death" />      
48                         <xs:element ref="shared:year_of_death" />      
49                     </xs:sequence>      
50                     <xs:element ref="shared:days_to_death" />      
51                 </xs:choice>      
52                 <xs:element ref="shared:new_tumor_event_after_initial_treatment" />      
53                 <xs:choice>      
54                     <xs:sequence>      
55                         <xs:element ref="shared:day_of_new_tumor_event_after_initial_treatment" />      
56                         <xs:element ref="shared:month_of_new_tumor_event_after_initial_treatment" />      
57                         <xs:element ref="shared:year_of_new_tumor_event_after_initial_treatment" />      
58                     </xs:sequence>      
59                     <xs:element ref="shared:days_to_new_tumor_event_after_initial_treatment" />      
60                 </xs:choice>      
61                 <xs:element ref="shared:additional_surgery_locoregional_procedure" />      
62                 <xs:choice>      
63                     <xs:sequence>      
64                         <xs:element ref="shared:day_of_additional_surgery_locoregional_procedure" />      
65                         <xs:element ref="shared:month_of_additional_surgery_locoregional_procedure" />      
66                         <xs:element ref="shared:year_of_additional_surgery_locoregional_procedure" />      
67                     </xs:sequence>      
68                     <xs:element ref="shared:days_to_additional_surgery_locoregional_procedure" />      
69                 </xs:choice>      
70                 <xs:element ref="shared:person_neoplasm_cancer_status" />      
71                 <xs:element ref="shared:radiation_therapy" />      
72                 <xs:element ref="shared:additional_radiation_therapy" />      
73                 <xs:element ref="shared:targeted_molecular_therapy" />      
74                 <xs:element ref="shared:additional_pharmaceutical_therapy" />      
75                 <xs:element ref="shared:additional_surgery_metastatic_procedure" />      
76                 <xs:choice>      
77                     <xs:sequence>      
78                         <xs:element ref="shared:day_of_additional_surgery_metastatic_procedure" />      
79                         <xs:element ref="shared:month_of_additional_surgery_metastatic_procedure" />      
80                         <xs:element ref="shared:year_of_additional_surgery_metastatic_procedure" />      
81                     </xs:sequence>      
82                     <xs:element ref="shared:days_to_additional_surgery_metastatic_procedure" />      
83                 </xs:choice>      
84                 <xs:choice>      
85                     <xs:sequence>      
86                         <xs:element ref="shared:day_of_form_completion" />      
87                         <xs:element ref="shared:month_of_form_completion" />      
88                         <xs:element ref="shared:year_of_form_completion" />      
89                     </xs:sequence>      
90                     <xs:element ref="shared:days_to_form_completion" />      
91                 </xs:choice>      
 
93                 <xs:element ref="shared:followup_case_report_form_submission_reason" /> +-    
 
95                 <xs:element ref="shared:residual_disease_post_new_tumor_event_margin_status" /> +-    
96                 <xs:element ref="site_of_additional_surgery_new_tumor_event_mets" />      
 
98             </xs:sequence> +-    
99             <xs:attribute name="version" type="xs:string" default="1.0" use="optional"/>      
100         </xs:complexType>      
101     </xs:element>      
 
103     <xs:element name="site_of_additional_surgery_new_tumor_event_mets"> +-    
104         <xs:complexType>      
105             <xs:simpleContent>      
106                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
107                     <xs:enumeration value="" />      
108                     <xs:enumeration value="Liver" />      
109                     <xs:enumeration value="Lung" />      
110                     <xs:enumeration value="Lymph Nodes" />      
111                     <xs:enumeration value="Other" />      
112                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="1611" />      
113                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5" />      
114                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />      
115                 </xs:restriction>      
116             </xs:simpleContent>      
117         </xs:complexType>      
118     </xs:element>      
 
121 </xs:schema> +-    

   
File: TCGA_BCR.CQCF.xsd  
1 <?xml version="1.0" encoding="utf-8"?> +-    
 
3 <xs:schema xmlns:shared="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5" xmlns:utility="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5" xmlns="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/cqcf/2.5" xmlns:xs="http://www.w3.org/2001/XMLSchema" targetNamespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/cqcf/2.5" elementFormDefault="qualified" version="2.5.0"> +-    
4         <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5/TCGA_BCR.Utility.xsd"/>      
5         <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5/TCGA_BCR.Shared_Clinical_Elements.xsd"/>      
6         <xs:annotation>      
7                 <xs:documentation xml:lang="en">Schema to define the elements of the CQCF Data.</xs:documentation>      
8         </xs:annotation>      
9         <xs:element name="biospecimen_cqcf">      
10                 <xs:complexType>      
11                         <xs:sequence>      
12                                 <xs:element ref="maximum_tumor_dimension"/>      
13                                 <xs:choice>      
14                                         <xs:sequence>      
15                                                 <xs:element ref="day_of_sample_procurement"/>      
16                                                 <xs:element ref="month_of_sample_procurement"/>      
17                                                 <xs:element ref="year_of_sample_procurement"/>      
18                                         </xs:sequence>      
19                                         <xs:element ref="days_to_sample_procurement"/>      
20                                 </xs:choice>      
21                                 <xs:element ref="method_of_sample_procurement"/>      
22                                 <xs:element ref="country"/>      
23                                 <xs:element ref="vessel_used"/>      
24                                 <xs:element ref="submitted_for_lce"/>      
25                                 <xs:element ref="sample_prescreened"/>      
26                                 <xs:element ref="top_slide_submitted"/>      
27                                 <xs:element ref="digital_image_submitted"/>      
28                                 <xs:element ref="h_and_e_tumor_slide_submitted"/>      
29                                 <xs:element ref="b_cell_tumor_slide_submitted"/>      
30                                 <xs:element ref="t_cell_tumor_slide_submitted"/>      
31                                 <xs:element ref="tumor_samples"/>      
32                                 <xs:element ref="normal_controls"/>      
33                                 <xs:choice>      
34                                         <xs:sequence>      
35                                                 <xs:element ref="day_of_pathology_review"/>      
36                                                 <xs:element ref="month_of_pathology_review"/>      
37                                                 <xs:element ref="year_of_pathology_review"/>      
38                                         </xs:sequence>      
39                                         <xs:element ref="days_to_pathology_review"/>      
40                                 </xs:choice>      
41                                 <xs:element ref="path_confirm_tumor_nuclei_metrics"/>      
42                                 <xs:element ref="path_confirm_tumor_necrosis_metrics"/>      
43                                 <xs:element ref="path_confirm_report_attached"/>      
44                                 <xs:element ref="path_confirm_diagnosis_matching"/>      
45                                 <xs:element ref="reason_path_confirm_diagnosis_not_matching"/>      
46                                 <xs:element ref="cytogenetic_report_submitted"/>      
47                                 <xs:element ref="differential_report_submitted"/>      
48                                 <xs:element ref="hiv_positive_status"/>      
49                                 <xs:element ref="total_cells_submitted"/>      
50                                 <xs:element ref="percent_myeloblasts_for_submitted_specimen"/>      
51                         </xs:sequence>      
52                 </xs:complexType>      
53         </xs:element>      
54         <xs:element name="tumor_samples">      
55                 <xs:complexType>      
56                         <xs:sequence>      
57                                 <xs:element ref="tumor_sample" minOccurs="0" maxOccurs="unbounded"/>      
58                         </xs:sequence>      
59                 </xs:complexType>      
60         </xs:element>      
61         <xs:element name="tumor_sample">      
62                 <xs:complexType>      
63                         <xs:sequence>      
64                                 <xs:element ref="vial_number"/>      
65                                 <xs:element ref="bcr_sample_uuid"/>      
66                                 <xs:element ref="tumor_weight"/>      
67                                 <xs:element ref="tumor_nuclei_percent"/>      
68                                 <xs:element ref="tumor_necrosis_percent"/>      
69                                 <xs:element ref="tumor_pathology"/>      
70                         </xs:sequence>      
71                 </xs:complexType>      
72         </xs:element>      
73         <xs:element name="normal_controls">      
74                 <xs:complexType>      
75                         <xs:sequence>      
76                                 <xs:element ref="normal_control" minOccurs="0" maxOccurs="unbounded"/>      
77                         </xs:sequence>      
78                 </xs:complexType>      
79         </xs:element>      
80         <xs:element name="normal_control">      
81                 <xs:complexType>      
82                         <xs:sequence>      
83                                 <xs:element ref="vial_number"/>      
84                                 <xs:element ref="bcr_sample_uuid"/>      
85                                 <xs:element ref="normal_control_type"/>      
86                                 <xs:element ref="method_of_normal_sample_procurement"/>      
87                                 <xs:choice>      
88                                         <xs:sequence>      
89                                                 <xs:element ref="day_of_normal_sample_procurement"/>      
90                                                 <xs:element ref="month_of_normal_sample_procurement"/>      
91                                                 <xs:element ref="year_of_normal_sample_procurement"/>      
92                                         </xs:sequence>      
93                                         <xs:element ref="days_to_normal_sample_procurement"/>      
94                                 </xs:choice>      
95                                 <xs:choice minOccurs="0" maxOccurs="1">      
96                                         <xs:element ref="extracted_dna"/>      
97                                         <xs:element ref="normal_tissue"/>      
98                                 </xs:choice>      
99                         </xs:sequence>      
100                 </xs:complexType>      
101         </xs:element>      
102         <xs:element name="extracted_dna">      
103                 <xs:complexType>      
104                         <xs:sequence>      
105                                 <xs:element ref="ncedna_dna_conc"/>      
106                                 <xs:element ref="ncedna_dna_qm"/>      
107                                 <xs:element ref="ncedna_dna_qty"/>      
108                                 <xs:element ref="ncedna_dna_vol"/>      
109                         </xs:sequence>      
110                 </xs:complexType>      
111         </xs:element>      
112         <xs:element name="normal_tissue">      
113                 <xs:complexType>      
114                         <xs:sequence>      
115                                 <xs:element ref="normal_tissue_anatomic_site"/>      
116                                 <xs:element ref="normal_tissue_proximity"/>      
117                         </xs:sequence>      
118                 </xs:complexType>      
119         </xs:element>      
120         <xs:element name="vial_number" nillable="false">      
121                 <xs:complexType>      
122                         <xs:simpleContent>      
123                                 <xs:restriction base="utility:common_res_attributes">      
124                                         <xs:length value="1"/>      
125                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default=""/>      
126                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.4"/>      
127                                 </xs:restriction>      
128                         </xs:simpleContent>      
129                 </xs:complexType>      
130         </xs:element>      
131         <xs:element name="bcr_sample_uuid">      
132                 <xs:complexType>      
133                         <xs:simpleContent>      
134                                 <xs:extension base="xs:string">      
135                                         <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group"/>      
136                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default=""/>      
137                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3"/>      
138                                 </xs:extension>      
139                         </xs:simpleContent>      
140                 </xs:complexType>      
141         </xs:element>      
142         <xs:element name="consent_or_death_status">      
143                 <xs:complexType>      
144                         <xs:simpleContent>      
145                                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
146                                         <xs:enumeration value=""/>      
147                                         <xs:enumeration value="Consented"/>      
148                                         <xs:enumeration value="Deceased"/>      
149                                         <xs:enumeration value="Exemption 4"/>      
150                                         <xs:enumeration value="Waiver"/>      
151                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3288361"/>      
152                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5"/>      
153                                         <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2"/>      
154                                 </xs:restriction>      
155                         </xs:simpleContent>      
156                 </xs:complexType>      
157         </xs:element>      
158         <xs:element name="day_of_consent">      
159                 <xs:complexType mixed="true">      
160                         <xs:simpleContent>      
161                                 <xs:extension base="utility:generic_day">      
162                                         <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group"/>      
163                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3081957"/>      
164                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5"/>      
165                                         <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2"/>      
166                                 </xs:extension>      
167                         </xs:simpleContent>      
168                 </xs:complexType>      
169         </xs:element>      
170         <xs:element name="month_of_consent">      
171                 <xs:complexType mixed="true">      
172                         <xs:simpleContent>      
173                                 <xs:extension base="utility:generic_month">      
174                                         <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group"/>      
175                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3081955"/>      
176                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5"/>      
177                                         <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2"/>      
178                                 </xs:extension>      
179                         </xs:simpleContent>      
180                 </xs:complexType>      
181         </xs:element>      
182         <xs:element name="year_of_consent">      
183                 <xs:complexType mixed="true">      
184                         <xs:simpleContent>      
185                                 <xs:extension base="utility:generic_year">      
186                                         <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group"/>      
187                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3081959"/>      
188                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5"/>      
189                                         <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2"/>      
190                                 </xs:extension>      
191                         </xs:simpleContent>      
192                 </xs:complexType>      
193         </xs:element>      
194         <xs:element name="days_to_consent">      
195                 <xs:complexType mixed="true">      
196                         <xs:simpleContent>      
197                                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
198                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3288498"/>      
199                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5"/>      
200                                         <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1"/>      
201                                 </xs:restriction>      
202                         </xs:simpleContent>      
203                 </xs:complexType>      
204         </xs:element>      
 
206                 <xs:element name="prior_head_radiation_therapy"> +-    
207                 <xs:complexType>      
208                         <xs:simpleContent>      
209                                 <xs:extension base="utility:yes_or_no">      
210                                         <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group"/>      
211                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3120926"/>      
212                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5"/>      
213                                         <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2"/>      
214                                 </xs:extension>      
215                         </xs:simpleContent>      
216                 </xs:complexType>      
217         </xs:element>      
 
219         <xs:element name="diagnosis_subtype"> +-    
220                 <xs:complexType>      
221                         <xs:simpleContent>      
222                                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
223                                         <xs:enumeration value=""/>      
224                                         <xs:enumeration value="Non-papillary"/>      
225                                         <xs:enumeration value="Papillary"/>      
226                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2783887"/>      
227                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5"/>      
228                                         <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2"/>      
229                                 </xs:restriction>      
230                         </xs:simpleContent>      
231                 </xs:complexType>      
232         </xs:element>      
 
234         <xs:element name="history_of_neoadjuvant_treatment"> +-    
235                 <xs:complexType>      
236                         <xs:simpleContent>      
237                                 <xs:extension base="xs:string">      
238                                         <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group"/>      
239                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default=""/>      
240                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5"/>      
241                                 </xs:extension>      
242                         </xs:simpleContent>      
243                 </xs:complexType>      
244         </xs:element>      
 
246         <xs:element name="history_of_prior_malignancy"> +-    
247                 <xs:complexType>      
248                         <xs:simpleContent>      
249                                 <xs:extension base="xs:string">      
250                                         <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group"/>      
251                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default=""/>      
252                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5"/>      
253                                 </xs:extension>      
254                         </xs:simpleContent>      
255                 </xs:complexType>      
256         </xs:element>      
 
258         <xs:element name="normal_tissue_anatomic_site"> +-    
259                 <xs:complexType>      
260                         <xs:simpleContent>      
261                                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
262                                         <xs:enumeration value=""/>      
263                                         <xs:enumeration value="BLADDER"/>      
264                                         <xs:enumeration value="BLOOD"/>      
265                                         <xs:enumeration value="BONE MARROW"/>      
266                                         <xs:enumeration value="BRAIN"/>      
267                                         <xs:enumeration value="BREAST"/>      
268                                         <xs:enumeration value="CENTRAL NERVOUS SYSTEM"/>      
269                                         <xs:enumeration value="CERVIX"/>      
270                                         <xs:enumeration value="COLON"/>      
271                                         <xs:enumeration value="ENDOMETRIAL"/>      
272                                         <xs:enumeration value="HEAD/NECK"/>      
273                                         <xs:enumeration value="KIDNEY"/>      
274                                         <xs:enumeration value="Liver"/>      
275                                         <xs:enumeration value="LUNG"/>      
276                                         <xs:enumeration value="LYMPH NODE"/>      
277                                         <xs:enumeration value="OMENTUM"/>      
278                                         <xs:enumeration value="OVARY"/>      
279                                         <xs:enumeration value="PERITONEUM (OVARY)"/>      
280                                         <xs:enumeration value="Prostate"/>      
281                                         <xs:enumeration value="RECTUM"/>      
282                                         <xs:enumeration value="STOMACH"/>      
283                                         <xs:enumeration value="Thyroid gland"/>      
284                                         <xs:enumeration value="Skin"/>      
285                                         <xs:enumeration value="Subcutaneous tissue"/>      
286                                         <xs:enumeration value="Lymph node(s) Regional"/>      
287                                         <xs:enumeration value="Lymph node(s) Distant"/>      
288                                         <xs:enumeration value="Other"/>      
289                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3081938"/>      
290                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5"/>      
291                                         <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2"/>      
292                                 </xs:restriction>      
293                         </xs:simpleContent>      
294                 </xs:complexType>      
295         </xs:element>      
296         <xs:element name="normal_tissue_proximity">      
297                 <xs:complexType>      
298                         <xs:simpleContent>      
299                                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
300                                         <xs:enumeration value=""/>      
301                                         <xs:enumeration value="Distal (&gt;2cm)"/>      
302                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3088708"/>      
303                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5"/>      
304                                         <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2"/>      
305                                 </xs:restriction>      
306                         </xs:simpleContent>      
307                 </xs:complexType>      
308         </xs:element>      
309         <xs:element name="other_anatomic_site_normal_tissue" nillable="true">      
310                 <xs:complexType>      
311                         <xs:simpleContent>      
312                                 <xs:extension base="xs:string">      
313                                         <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group"/>      
314                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3288189"/>      
315                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5"/>      
316                                         <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2"/>      
317                                 </xs:extension>      
318                         </xs:simpleContent>      
319                 </xs:complexType>      
320         </xs:element>      
321         <xs:element name="tumor_focality">      
322                 <xs:complexType>      
323                         <xs:simpleContent>      
324                                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
325                                         <xs:enumeration value=""/>      
326                                         <xs:enumeration value="Multifocal"/>      
327                                         <xs:enumeration value="Unifocal"/>      
328                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3174022"/>      
329                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5"/>      
330                                         <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2"/>      
331                                 </xs:restriction>      
332                         </xs:simpleContent>      
333                 </xs:complexType>      
334         </xs:element>      
335         <xs:element name="tumor_type">      
336                 <xs:complexType>      
337                         <xs:simpleContent>      
338                                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
339                                         <xs:enumeration value=""/>      
340                                         <xs:enumeration value="Metastatic"/>      
341                                         <xs:enumeration value="Recurrent"/>      
342                                         <xs:enumeration value="Primary"/>      
343                                         <xs:enumeration value="Tumor specimen from de novo untreated malignancy of the bladder"/>      
344                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3288124"/>      
345                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5"/>      
346                                         <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2"/>      
347                                 </xs:restriction>      
348                         </xs:simpleContent>      
349                 </xs:complexType>      
350         </xs:element>      
351         <xs:element name="other_diagnosis" nillable="true">      
352                 <xs:complexType>      
353                         <xs:simpleContent>      
354                                 <xs:extension base="xs:string">      
355                                         <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group"/>      
356                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3124492"/>      
357                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5"/>      
358                                         <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2"/>      
359                                 </xs:extension>      
360                         </xs:simpleContent>      
361                 </xs:complexType>      
362         </xs:element>      
363         <xs:element name="aml_world_health_organization">      
364                 <xs:complexType>      
365                         <xs:simpleContent>      
366                                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
367                                         <xs:enumeration value=""/>      
368                                         <xs:enumeration value="Acute basophilic leukemia"/>      
369                                         <xs:enumeration value="Acute erythroid leukemia"/>      
370                                         <xs:enumeration value="Acute megakaryoblastic leukemia"/>      
371                                         <xs:enumeration value="Acute monoblastic/monocytic leukemia"/>      
372                                         <xs:enumeration value="Acute myelomonocytic leukemia"/>      
373                                         <xs:enumeration value="Acute panmyelosis with myelofibrosis"/>      
374                                         <xs:enumeration value="AML (megakaryoblastic) with t(1;22) (p13;q13); RBM15-MKL1"/>      
375                                         <xs:enumeration value="AML with inv(16)(p13q22) or t(16;16) (p13.1;q22), (CBFß/MYH11)"/>      
376                                         <xs:enumeration value="AML with inv(3)(q21;q26.2) or t(3;3) (q21;q26.2);RPNI-EVI1"/>      
377                                         <xs:enumeration value="AML with maturation"/>      
378                                         <xs:enumeration value="AML with minimal differentiation"/>      
379                                         <xs:enumeration value="AML with mutated CEBPA"/>      
380                                         <xs:enumeration value="AML with mutated NPM1"/>      
381                                         <xs:enumeration value="AML with myelodysplasia-related changes"/>      
382                                         <xs:enumeration value="AML with t(6;9)(p23;q34);DEK-NUP214"/>      
383                                         <xs:enumeration value="AML with t(8;21)(q22;q22), RUNX1 RUNX1T1"/>      
384                                         <xs:enumeration value="AML with t(9;11)(p22;q33);MLLT3-MLL"/>      
385                                         <xs:enumeration value="AML without maturation"/>      
386                                         <xs:enumeration value="Classified by FAB Only"/>      
387                                         <xs:enumeration value="Erythroleukemia, erythroid/myeloid"/>      
388                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3257714"/>      
389                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5"/>      
390                                         <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2"/>      
391                                 </xs:restriction>      
392                         </xs:simpleContent>      
393                 </xs:complexType>      
394         </xs:element>      
395         <xs:element name="fab_category">      
396                 <xs:complexType>      
397                         <xs:simpleContent>      
398                                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
399                                         <xs:enumeration value=""/>      
400                                         <xs:enumeration value="Biphenotypic"/>      
401                                         <xs:enumeration value="M0 Undifferentiated"/>      
402                                         <xs:enumeration value="M1"/>      
403                                         <xs:enumeration value="M2"/>      
404                                         <xs:enumeration value="M3"/>      
405                                         <xs:enumeration value="M3v"/>      
406                                         <xs:enumeration value="M4"/>      
407                                         <xs:enumeration value="M4EOS"/>      
408                                         <xs:enumeration value="M5"/>      
409                                         <xs:enumeration value="M6"/>      
410                                         <xs:enumeration value="M7"/>      
411                                         <xs:enumeration value="Not classified"/>      
412                                         <xs:enumeration value="Not Classified"/>      
413                                         <xs:enumeration value="Not Classified"/>      
414                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3124352"/>      
415                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5"/>      
416                                         <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2"/>      
417                                 </xs:restriction>      
418                         </xs:simpleContent>      
419                 </xs:complexType>      
420         </xs:element>      
421         <xs:element name="diagnosis_cytogenetic_analysis">      
422                 <xs:complexType>      
423                         <xs:simpleContent>      
424                                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
425                                         <xs:enumeration value=""/>      
426                                         <xs:enumeration value="TDT Negative"/>      
427                                         <xs:enumeration value="NSE Positive"/>      
428                                         <xs:enumeration value="NSE Not Tested"/>      
429                                         <xs:enumeration value="NSE Negative"/>      
430                                         <xs:enumeration value="MPX Not Tested"/>      
431                                         <xs:enumeration value="MPX Positive"/>      
432                                         <xs:enumeration value="MPX Negative"/>      
433                                         <xs:enumeration value="NA Not Tested"/>      
434                                         <xs:enumeration value="NA Positive"/>      
435                                         <xs:enumeration value="NA Negative"/>      
436                                         <xs:enumeration value="CD56 Not Tested"/>      
437                                         <xs:enumeration value="CD56 Positive"/>      
438                                         <xs:enumeration value="CD56 Negative"/>      
439                                         <xs:enumeration value="CD45 Not Tested"/>      
440                                         <xs:enumeration value="CD45 Positive"/>      
441                                         <xs:enumeration value="CD45 Negative"/>      
442                                         <xs:enumeration value="CD34 Not Tested"/>      
443                                         <xs:enumeration value="CD34 Positive"/>      
444                                         <xs:enumeration value="CD34 Negative"/>      
445                                         <xs:enumeration value="CD33 Not Tested"/>      
446                                         <xs:enumeration value="CD33 Positive"/>      
447                                         <xs:enumeration value="CD33 Negative"/>      
448                                         <xs:enumeration value="CD25 Not Tested"/>      
449                                         <xs:enumeration value="CD25 Positive"/>      
450                                         <xs:enumeration value="CD25 Negative"/>      
451                                         <xs:enumeration value="CD23 Not Tested"/>      
452                                         <xs:enumeration value="CD23 Positive"/>      
453                                         <xs:enumeration value="CD23 Negative"/>      
454                                         <xs:enumeration value="CD20 Not Tested"/>      
455                                         <xs:enumeration value="CD20 Positive"/>      
456                                         <xs:enumeration value="CD20 Negative"/>      
457                                         <xs:enumeration value="CD19 Not Tested"/>      
458                                         <xs:enumeration value="CD19 Positive"/>      
459                                         <xs:enumeration value="CD19 Negative"/>      
460                                         <xs:enumeration value="CD15 Not Tested"/>      
461                                         <xs:enumeration value="CD15 Positive"/>      
462                                         <xs:enumeration value="CD15 Negative"/>      
463                                         <xs:enumeration value="CD14 Not Tested"/>      
464                                         <xs:enumeration value="CD14 Positive"/>      
465                                         <xs:enumeration value="CD14 Negative"/>      
466                                         <xs:enumeration value="CD10 Not Tested"/>      
467                                         <xs:enumeration value="CD10 Positive"/>      
468                                         <xs:enumeration value="CD10 Negative"/>      
469                                         <xs:enumeration value="CD7 Not Tested"/>      
470                                         <xs:enumeration value="CD7 Positive"/>      
471                                         <xs:enumeration value="CD7 Negative"/>      
472                                         <xs:enumeration value="CD5 Not Tested"/>      
473                                         <xs:enumeration value="CD5 Positive"/>      
474                                         <xs:enumeration value="CD5 Negative"/>      
475                                         <xs:enumeration value="CD3 Not Tested"/>      
476                                         <xs:enumeration value="CD3 Positive"/>      
477                                         <xs:enumeration value="CD3 Negative"/>      
478                                         <xs:enumeration value="TDT Not Tested"/>      
479                                         <xs:enumeration value="TDT Positive"/>      
480                                         <xs:enumeration value="Other CD Not Tested"/>      
481                                         <xs:enumeration value="Other CD Positive"/>      
482                                         <xs:enumeration value="Other CD Negative"/>      
483                                         <xs:enumeration value="HLA-DR Not Tested"/>      
484                                         <xs:enumeration value="HLA-DR Positive"/>      
485                                         <xs:enumeration value="HLA-DR  Negative"/>      
486                                         <xs:enumeration value="CD 117 Not Tested"/>      
487                                         <xs:enumeration value="CD117 Positive"/>      
488                                         <xs:enumeration value="CD117 Negative"/>      
489                                         <xs:enumeration value="CD13 Not Tested"/>      
490                                         <xs:enumeration value="CD13 Positive"/>      
491                                         <xs:enumeration value="CD13 Negative"/>      
492                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3121483"/>      
493                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5"/>      
494                                         <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2"/>      
495                                 </xs:restriction>      
496                         </xs:simpleContent>      
497                 </xs:complexType>      
498         </xs:element>      
499         <xs:element name="histological_subtype">      
500                 <xs:complexType>      
501                         <xs:simpleContent>      
502                                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
503                                         <xs:enumeration value=""/>      
504                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3081934"/>      
505                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5"/>      
506                                         <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2"/>      
507                                 </xs:restriction>      
508                         </xs:simpleContent>      
509                 </xs:complexType>      
510         </xs:element>      
511         <xs:element name="nodal_anatomic_site">      
512                 <xs:complexType>      
513                         <xs:simpleContent>      
514                                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
515                                         <xs:enumeration value=""/>      
516                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2180591"/>      
517                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5"/>      
518                                         <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2"/>      
519                                 </xs:restriction>      
520                         </xs:simpleContent>      
521                 </xs:complexType>      
522         </xs:element>      
523         <xs:element name="extranodal_anatomic_site">      
524                 <xs:complexType>      
525                         <xs:simpleContent>      
526                                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
527                                         <xs:enumeration value=""/>      
528                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3153874"/>      
529                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5"/>      
530                                         <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2"/>      
531                                 </xs:restriction>      
532                         </xs:simpleContent>      
533                 </xs:complexType>      
534         </xs:element>      
 
536                 <xs:element name="frozen_specimen_anatomic_site" nillable="true"> +-    
537                 <xs:complexType>      
538                         <xs:simpleContent>      
539                                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
540                                         <xs:enumeration value="" />      
541                                         <xs:enumeration value="Cecum" />      
542                                         <xs:enumeration value="Ascending Colon" />      
543                                         <xs:enumeration value="Hepatic Flexure" />      
544                                         <xs:enumeration value="Transverse Colon" />      
545                                         <xs:enumeration value="Splenic Flexure" />      
546                                         <xs:enumeration value="Descending Colon" />      
547                                         <xs:enumeration value="Sigmoid Colon" />      
548                                         <xs:enumeration value="Oral Cavity" />      
549                                         <xs:enumeration value="Lip" />      
550                                         <xs:enumeration value="Tongue" />      
551                                         <xs:enumeration value="Alveolar Ridge" />      
552                                         <xs:enumeration value="Floor of Mouth" />      
553                                         <xs:enumeration value="Hard Palate" />      
554                                         <xs:enumeration value="Buccal Mucosa" />      
555                                         <xs:enumeration value="Oropharynx" />      
556                                         <xs:enumeration value="Tonsil" />      
557                                         <xs:enumeration value="Base of Tongue" />      
558                                         <xs:enumeration value="Hypopharynx" />      
559                                         <xs:enumeration value="Larynx" />      
560                                         <xs:enumeration value="Supratentorial" />      
561                                         <xs:enumeration value="Spinal Cord" />      
562                                         <xs:enumeration value="Posterior Fossa" />      
563                                         <xs:enumeration value="Location Not Specified" />      
564                                         <xs:enumeration value="Prostate" />      
565                                         <xs:enumeration value="Seminal Vesicle" />      
566                                         <xs:enumeration value="Rectosigmoid Junction" />      
567                                         <xs:enumeration value="Rectum" />      
568                                         <xs:enumeration value="Gastroesophageal Junction" />      
569                                         <xs:enumeration value="Cardia/Proximal" />      
570                                         <xs:enumeration value="Fundus/Body" />      
571                                         <xs:enumeration value="Antrum/Distal" />      
572                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3081961" />      
573                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5" />      
574                                         <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />      
575                                 </xs:restriction>      
576                         </xs:simpleContent>      
577                 </xs:complexType>      
578         </xs:element>      
 
580         <xs:element name="other_anatomic_site" nillable="true"> +-    
581                 <xs:complexType>      
582                         <xs:simpleContent>      
583                                 <xs:extension base="xs:string">      
584                                         <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group"/>      
585                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3320289"/>      
586                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5"/>      
587                                         <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2"/>      
588                                 </xs:extension>      
589                         </xs:simpleContent>      
590                 </xs:complexType>      
591         </xs:element>      
592         <xs:element name="country" nillable="true">      
593                 <xs:complexType>      
594                         <xs:simpleContent>      
595                                 <xs:extension base="xs:string">      
596                                         <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group"/>      
597                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3203072"/>      
598                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5"/>      
599                                         <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2"/>      
600                                 </xs:extension>      
601                         </xs:simpleContent>      
602                 </xs:complexType>      
603         </xs:element>      
604         <xs:element name="digital_image_submitted">      
605                 <xs:complexType>      
606                         <xs:simpleContent>      
607                                 <xs:extension base="utility:yes_or_no">      
608                                         <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group"/>      
609                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3081948"/>      
610                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.8"/>      
611                                 </xs:extension>      
612                         </xs:simpleContent>      
613                 </xs:complexType>      
614         </xs:element>      
615         <xs:element name="pcr_amplification_successful">      
616                 <xs:complexType mixed="true">      
617                         <xs:simpleContent>      
618                                 <xs:restriction base="utility:common_res_attributes">      
619                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.8"/>      
620                                 </xs:restriction>      
621                         </xs:simpleContent>      
622                 </xs:complexType>      
623         </xs:element>      
624         <xs:element name="ncedna_dna_qm" default="" nillable="true">      
625                 <xs:complexType mixed="true">      
626                         <xs:simpleContent>      
627                                 <xs:restriction base="utility:common_res_attributes">      
628                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3288186"/>      
629                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5"/>      
630                                 </xs:restriction>      
631                         </xs:simpleContent>      
632                 </xs:complexType>      
633         </xs:element>      
634         <xs:element name="ncedna_dna_qty" default="" nillable="true">      
635                 <xs:complexType mixed="true">      
636                         <xs:simpleContent>      
637                                 <xs:restriction base="utility:common_res_attributes">      
638                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3288185"/>      
639                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5"/>      
640                                 </xs:restriction>      
641                         </xs:simpleContent>      
642                 </xs:complexType>      
643         </xs:element>      
644         <xs:element name="ncedna_dna_conc" default="" nillable="true">      
645                 <xs:complexType mixed="true">      
646                         <xs:simpleContent>      
647                                 <xs:restriction base="utility:common_res_attributes">      
648                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3288187"/>      
649                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5"/>      
650                                 </xs:restriction>      
651                         </xs:simpleContent>      
652                 </xs:complexType>      
653         </xs:element>      
654         <xs:element name="ncedna_dna_vol" default="" nillable="true">      
655                 <xs:complexType mixed="true">      
656                         <xs:simpleContent>      
657                                 <xs:restriction base="utility:common_res_attributes">      
658                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3288188"/>      
659                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5"/>      
660                                 </xs:restriction>      
661                         </xs:simpleContent>      
662                 </xs:complexType>      
663         </xs:element>      
664         <xs:element name="tumor_necrosis_percent" nillable="true">      
665                 <xs:complexType mixed="true">      
666                         <xs:simpleContent>      
667                                 <xs:restriction base="utility:common_res_attributes">      
668                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2841237"/>      
669                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5"/>      
670                                 </xs:restriction>      
671                         </xs:simpleContent>      
672                 </xs:complexType>      
673         </xs:element>      
674         <xs:element name="normal_control_type" nillable="true">      
675                 <xs:complexType mixed="true">      
676                         <xs:simpleContent>      
677                                 <xs:restriction base="utility:common_res_attributes">      
678                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3081936"/>      
679                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5"/>      
680                                 </xs:restriction>      
681                         </xs:simpleContent>      
682                 </xs:complexType>      
683         </xs:element>      
684         <xs:element name="other_vessel_used" default="" nillable="true">      
685                 <xs:complexType mixed="true">      
686                         <xs:simpleContent>      
687                                 <xs:restriction base="utility:common_res_attributes">      
688                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3288137"/>      
689                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5"/>      
690                                 </xs:restriction>      
691                         </xs:simpleContent>      
692                 </xs:complexType>      
693         </xs:element>      
694         <xs:element name="path_confirm_report_attached" default="" nillable="true">      
695                 <xs:complexType>      
696                         <xs:simpleContent>      
697                                 <xs:extension base="utility:yes_or_no">      
698                                         <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group"/>      
699                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3288292"/>      
700                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5"/>      
701                                         <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1"/>      
702                                 </xs:extension>      
703                         </xs:simpleContent>      
704                 </xs:complexType>      
705         </xs:element>      
706         <xs:element name="path_confirm_tumor_necrosis_metrics" nillable="true">      
707                 <xs:complexType>      
708                         <xs:simpleContent>      
709                                 <xs:extension base="utility:yes_or_no">      
710                                         <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group"/>      
711                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3288524"/>      
712                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5"/>      
713                                         <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1"/>      
714                                 </xs:extension>      
715                         </xs:simpleContent>      
716                 </xs:complexType>      
717         </xs:element>      
718         <xs:element name="path_confirm_tumor_nuclei_metrics" nillable="true">      
719                 <xs:complexType>      
720                         <xs:simpleContent>      
721                                 <xs:extension base="utility:yes_or_no">      
722                                         <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group"/>      
723                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3288520"/>      
724                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5"/>      
725                                         <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1"/>      
726                                 </xs:extension>      
727                         </xs:simpleContent>      
728                 </xs:complexType>      
729         </xs:element>      
730         <xs:element name="sample_prescreened" default="" nillable="true">      
731                 <xs:complexType mixed="true">      
732                         <xs:simpleContent>      
733                                 <xs:extension base="utility:yes_or_no">      
734                                         <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group"/>      
735                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3081942"/>      
736                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5"/>      
737                                         <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2"/>      
738                                 </xs:extension>      
739                         </xs:simpleContent>      
740                 </xs:complexType>      
741         </xs:element>      
742         <xs:element name="top_slide_submitted" default="" nillable="true">      
743                 <xs:complexType>      
744                         <xs:simpleContent>      
745                                 <xs:extension base="utility:yes_or_no">      
746                                         <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group"/>      
747                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3081948"/>      
748                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.8"/>      
749                                 </xs:extension>      
750                         </xs:simpleContent>      
751                 </xs:complexType>      
752         </xs:element>      
753         <xs:element name="tumor_nuclei_percent" default="" nillable="true">      
754                 <xs:complexType mixed="true">      
755                         <xs:simpleContent>      
756                                 <xs:restriction base="utility:common_res_attributes">      
757                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2841225"/>      
758                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5"/>      
759                                 </xs:restriction>      
760                         </xs:simpleContent>      
761                 </xs:complexType>      
762         </xs:element>      
763         <xs:element name="vessel_used" default="" nillable="true">      
764                 <xs:complexType mixed="true">      
765                         <xs:simpleContent>      
766                                 <xs:restriction base="utility:common_res_attributes">      
767                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3081940"/>      
768                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5"/>      
769                                 </xs:restriction>      
770                         </xs:simpleContent>      
771                 </xs:complexType>      
772         </xs:element>      
773         <xs:element name="method_of_normal_sample_procurement" default="" nillable="true">      
774                 <xs:complexType mixed="true">      
775                         <xs:simpleContent>      
776                                 <xs:restriction base="utility:common_res_attributes">      
777                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3288147"/>      
778                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5"/>      
779                                 </xs:restriction>      
780                         </xs:simpleContent>      
781                 </xs:complexType>      
782         </xs:element>      
783         <xs:element name="tumor_weight" default="" nillable="true">      
784                 <xs:complexType mixed="true">      
785                         <xs:simpleContent>      
786                                 <xs:restriction base="utility:common_res_attributes">      
787                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3081946"/>      
788                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5"/>      
789                                 </xs:restriction>      
790                         </xs:simpleContent>      
791                 </xs:complexType>      
792         </xs:element>      
793         <xs:element name="year_of_cancer_sample_procurement" default="" nillable="true">      
794                 <xs:complexType mixed="true">      
795                         <xs:simpleContent>      
796                                 <xs:restriction base="utility:common_res_attributes">      
797                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3008199"/>      
798                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5"/>      
799                                 </xs:restriction>      
800                         </xs:simpleContent>      
801                 </xs:complexType>      
802         </xs:element>      
803         <xs:element name="sample_type_of_frozen_biospecimen_submitted" default="" nillable="true">      
804                 <xs:complexType mixed="true">      
805                         <xs:simpleContent>      
806                                 <xs:restriction base="utility:common_res_attributes">      
807                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3220470"/>      
808                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5"/>      
809                                 </xs:restriction>      
810                         </xs:simpleContent>      
811                 </xs:complexType>      
812         </xs:element>      
813         <xs:element name="total_cells_submitted" default="" nillable="true">      
814                 <xs:complexType mixed="true">      
815                         <xs:simpleContent>      
816                                 <xs:restriction base="utility:common_res_attributes">      
817                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default=""/>      
818                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5"/>      
819                                 </xs:restriction>      
820                         </xs:simpleContent>      
821                 </xs:complexType>      
822         </xs:element>      
823         <xs:element name="percent_myeloblasts_for_submitted_specimen" default="" nillable="true">      
824                 <xs:complexType mixed="true">      
825                         <xs:simpleContent>      
826                                 <xs:restriction base="utility:common_res_attributes">      
827                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default=""/>      
828                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5"/>      
829                                 </xs:restriction>      
830                         </xs:simpleContent>      
831                 </xs:complexType>      
832         </xs:element>      
833         <xs:element name="cytogenetic_report_submitted" nillable="true">      
834                 <xs:complexType>      
835                         <xs:simpleContent>      
836                                 <xs:extension base="xs:string">      
837                                         <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group"/>      
838                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default=""/>      
839                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5"/>      
840                                 </xs:extension>      
841                         </xs:simpleContent>      
842                 </xs:complexType>      
843         </xs:element>      
844         <xs:element name="other_method_of_normal_sample_procurement" default="" nillable="true">      
845                 <xs:complexType mixed="true">      
846                         <xs:simpleContent>      
847                                 <xs:restriction base="utility:common_res_attributes">      
848                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2006730"/>      
849                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5"/>      
850                                 </xs:restriction>      
851                         </xs:simpleContent>      
852                 </xs:complexType>      
853         </xs:element>      
854         <xs:element name="path_confirm_diagnosis_matching" default="" nillable="true">      
855                 <xs:complexType>      
856                         <xs:simpleContent>      
857                                 <xs:extension base="utility:yes_or_no">      
858                                         <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group"/>      
859                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3288300"/>      
860                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.8"/>      
861                                 </xs:extension>      
862                         </xs:simpleContent>      
863                 </xs:complexType>      
864         </xs:element>      
865         <xs:element name="day_of_sample_procurement" default="">      
866                 <xs:complexType mixed="true">      
867                         <xs:simpleContent>      
868                                 <xs:extension base="utility:generic_day">      
869                                         <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group"/>      
870                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3008195"/>      
871                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3"/>      
872                                 </xs:extension>      
873                         </xs:simpleContent>      
874                 </xs:complexType>      
875         </xs:element>      
876         <xs:element name="month_of_sample_procurement" default="">      
877                 <xs:complexType mixed="true">      
878                         <xs:simpleContent>      
879                                 <xs:extension base="utility:generic_month">      
880                                         <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group"/>      
881                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3008197"/>      
882                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3"/>      
883                                 </xs:extension>      
884                         </xs:simpleContent>      
885                 </xs:complexType>      
886         </xs:element>      
887         <xs:element name="year_of_sample_procurement" default="">      
888                 <xs:complexType mixed="true">      
889                         <xs:simpleContent>      
890                                 <xs:extension base="utility:generic_year">      
891                                         <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group"/>      
892                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3008199"/>      
893                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3"/>      
894                                 </xs:extension>      
895                         </xs:simpleContent>      
896                 </xs:complexType>      
897         </xs:element>      
898         <xs:element name="day_of_pathology_review" default="">      
899                 <xs:complexType mixed="true">      
900                         <xs:simpleContent>      
901                                 <xs:extension base="utility:generic_day">      
902                                         <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group"/>      
903                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default=""/>      
904                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5"/>      
905                                 </xs:extension>      
906                         </xs:simpleContent>      
907                 </xs:complexType>      
908         </xs:element>      
909         <xs:element name="month_of_pathology_review" default="">      
910                 <xs:complexType mixed="true">      
911                         <xs:simpleContent>      
912                                 <xs:extension base="utility:generic_month">      
913                                         <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group"/>      
914                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default=""/>      
915                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5"/>      
916                                 </xs:extension>      
917                         </xs:simpleContent>      
918                 </xs:complexType>      
919         </xs:element>      
920         <xs:element name="year_of_pathology_review" default="">      
921                 <xs:complexType mixed="true">      
922                         <xs:simpleContent>      
923                                 <xs:extension base="utility:generic_year">      
924                                         <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group"/>      
925                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default=""/>      
926                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5"/>      
927                                 </xs:extension>      
928                         </xs:simpleContent>      
929                 </xs:complexType>      
930         </xs:element>      
931         <xs:element name="day_of_normal_sample_procurement" default="">      
932                 <xs:complexType mixed="true">      
933                         <xs:simpleContent>      
934                                 <xs:extension base="utility:generic_day">      
935                                         <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group"/>      
936                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3288196"/>      
937                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3"/>      
938                                 </xs:extension>      
939                         </xs:simpleContent>      
940                 </xs:complexType>      
941         </xs:element>      
942         <xs:element name="month_of_normal_sample_procurement" default="">      
943                 <xs:complexType mixed="true">      
944                         <xs:simpleContent>      
945                                 <xs:extension base="utility:generic_month">      
946                                         <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group"/>      
947                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3288195"/>      
948                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3"/>      
949                                 </xs:extension>      
950                         </xs:simpleContent>      
951                 </xs:complexType>      
952         </xs:element>      
953         <xs:element name="year_of_normal_sample_procurement" default="">      
954                 <xs:complexType mixed="true">      
955                         <xs:simpleContent>      
956                                 <xs:extension base="utility:generic_year">      
957                                         <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group"/>      
958                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3288197"/>      
959                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3"/>      
960                                 </xs:extension>      
961                         </xs:simpleContent>      
962                 </xs:complexType>      
963         </xs:element>      
964         <xs:element name="tumor_pathology">      
965                 <xs:complexType>      
966                         <xs:sequence>      
967                                 <xs:element ref="primary_or_metastatic_status" minOccurs="0"/>      
968                                 <xs:element ref="margins_involved" minOccurs="0"/>      
969                                 <xs:element ref="venous_invasion" minOccurs="0"/>      
970                                 <xs:element ref="lymphatic_invasion" minOccurs="0"/>      
971                                 <xs:element ref="number_regional_lymphnodes_exam" minOccurs="0"/>      
972                                 <xs:element ref="number_regional_lymphnodes_pos" minOccurs="0"/>      
973                                 <xs:element ref="verification_by_bcr" minOccurs="0"/>      
974                                 <xs:element ref="type" minOccurs="0"/>      
975                         </xs:sequence>      
976                 </xs:complexType>      
977         </xs:element>      
978         <xs:element name="primary_or_metastatic_status">      
979                 <xs:complexType>      
980                         <xs:simpleContent>      
981                                 <xs:restriction base="utility:common_res_attributes">      
982                                         <xs:enumeration value=""/>      
983                                         <xs:enumeration value="PRIMARY"/>      
984                                         <xs:enumeration value="METASTATIC"/>      
985                                         <xs:enumeration value="MALIGNANT"/>      
986                                         <xs:enumeration value="NON-MALIGNANT"/>      
987                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2673765"/>      
988                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.8"/>      
989                                 </xs:restriction>      
990                         </xs:simpleContent>      
991                 </xs:complexType>      
992         </xs:element>      
993         <xs:element name="margins_involved">      
994                 <xs:complexType>      
995                         <xs:simpleContent>      
996                                 <xs:extension base="utility:yes_or_no">      
997                                         <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group"/>      
998                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2608099"/>      
999                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.8"/>      
1000                                 </xs:extension>      
1001                         </xs:simpleContent>      
1002                 </xs:complexType>      
1003         </xs:element>      
1004         <xs:element name="venous_invasion">      
1005                 <xs:complexType>      
1006                         <xs:simpleContent>      
1007                                 <xs:extension base="utility:yes_or_no">      
1008                                         <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group"/>      
1009                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="64358"/>      
1010                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.8"/>      
1011                                 </xs:extension>      
1012                         </xs:simpleContent>      
1013                 </xs:complexType>      
1014         </xs:element>      
1015         <xs:element name="lymphatic_invasion">      
1016                 <xs:complexType>      
1017                         <xs:simpleContent>      
1018                                 <xs:extension base="utility:yes_or_no">      
1019                                         <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group"/>      
1020                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="64171"/>      
1021                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.8"/>      
1022                                 </xs:extension>      
1023                         </xs:simpleContent>      
1024                 </xs:complexType>      
1025         </xs:element>      
1026         <xs:element name="number_regional_lymphnodes_exam">      
1027                 <xs:complexType>      
1028                         <xs:simpleContent>      
1029                                 <xs:restriction base="utility:common_res_attributes">      
1030                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2673768"/>      
1031                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.8"/>      
1032                                 </xs:restriction>      
1033                         </xs:simpleContent>      
1034                 </xs:complexType>      
1035         </xs:element>      
1036         <xs:element name="number_regional_lymphnodes_pos">      
1037                 <xs:complexType>      
1038                         <xs:simpleContent>      
1039                                 <xs:restriction base="utility:common_res_attributes">      
1040                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2673770"/>      
1041                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.8"/>      
1042                                 </xs:restriction>      
1043                         </xs:simpleContent>      
1044                 </xs:complexType>      
1045         </xs:element>      
1046         <xs:element name="verification_by_bcr">      
1047                 <xs:complexType>      
1048                         <xs:simpleContent>      
1049                                 <xs:extension base="xs:NCName">      
1050                                         <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group"/>      
1051                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2673771"/>      
1052                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.8"/>      
1053                                 </xs:extension>      
1054                         </xs:simpleContent>      
1055                 </xs:complexType>      
1056         </xs:element>      
1057         <xs:element name="type">      
1058                 <xs:complexType mixed="true">      
1059                         <xs:choice minOccurs="0" maxOccurs="unbounded">      
1060                                 <xs:element ref="gbm_pathology"/>      
1061                                 <xs:element ref="lung_pathology"/>      
1062                                 <xs:element ref="ovarian_pathology"/>      
1063                                 <xs:element ref="gbm_slide"/>      
1064                                 <xs:element ref="lung_slide"/>      
1065                                 <xs:element ref="ovarian_slide"/>      
1066                                 <xs:element ref="radiation_type"/>      
1067                                 <xs:element ref="analyte_type"/>      
1068                         </xs:choice>      
1069                         <xs:attribute name="cde"/>      
1070                         <xs:attribute name="procurement_status"/>      
1071                         <xs:attribute name="xsd_ver" default="1.8"/>      
1072                 </xs:complexType>      
1073         </xs:element>      
1074         <xs:element name="gbm_pathology">      
1075                 <xs:complexType>      
1076                         <xs:sequence>      
1077                                 <xs:element ref="histologic_type"/>      
1078                                 <xs:element ref="histologic_nuclear_grade"/>      
1079                                 <xs:element ref="tumor_sample_anatomic_location"/>      
1080                                 <xs:element ref="gemistocytes_present"/>      
1081                                 <xs:element ref="oligodendroglial_component"/>      
1082                                 <xs:element ref="leptomeningeal_involement"/>      
1083                                 <xs:element ref="gfap_positive"/>      
1084                                 <xs:element ref="mib1_positive"/>      
1085                         </xs:sequence>      
1086                 </xs:complexType>      
1087         </xs:element>      
1088         <xs:element name="histologic_type">      
1089                 <xs:complexType>      
1090                         <xs:simpleContent>      
1091                                 <xs:restriction base="utility:common_res_attributes">      
1092                                         <xs:enumeration value=""/>      
1093                                         <xs:enumeration value="ANAPLASTIC ASTROCYTOMA"/>      
1094                                         <xs:enumeration value="GIANT CELL GLIOBLASTOMA"/>      
1095                                         <xs:enumeration value="GLIOBLASTOMA"/>      
1096                                         <xs:enumeration value="GLIOSARCOMA"/>      
1097                                         <xs:enumeration value="GLIOBLASTOMA MULTIFORME"/>      
1098                                         <xs:enumeration value="NO HISTOLOGY AVAILABLE"/>      
1099                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.8"/>      
1100                                 </xs:restriction>      
1101                         </xs:simpleContent>      
1102                 </xs:complexType>      
1103         </xs:element>      
1104         <xs:element name="histologic_nuclear_grade">      
1105                 <xs:complexType>      
1106                         <xs:simpleContent>      
1107                                 <xs:restriction base="utility:common_res_attributes">      
1108                                         <xs:enumeration value=""/>      
1109                                         <xs:enumeration value="LOW"/>      
1110                                         <xs:enumeration value="HIGH"/>      
1111                                         <xs:enumeration value="1"/>      
1112                                         <xs:enumeration value="2"/>      
1113                                         <xs:enumeration value="3"/>      
1114                                         <xs:enumeration value="4"/>      
1115                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2673857"/>      
1116                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.8"/>      
1117                                 </xs:restriction>      
1118                         </xs:simpleContent>      
1119                 </xs:complexType>      
1120         </xs:element>      
1121         <xs:element name="tumor_sample_anatomic_location">      
1122                 <xs:complexType>      
1123                         <xs:simpleContent>      
1124                                 <xs:restriction base="utility:common_res_attributes">      
1125                                         <xs:enumeration value=""/>      
1126                                         <xs:enumeration value="C70.0"/>      
1127                                         <xs:enumeration value="C71.0"/>      
1128                                         <xs:enumeration value="C71.1"/>      
1129                                         <xs:enumeration value="C71.2"/>      
1130                                         <xs:enumeration value="C71.3"/>      
1131                                         <xs:enumeration value="C71.4"/>      
1132                                         <xs:enumeration value="C71.5"/>      
1133                                         <xs:enumeration value="C71.6"/>      
1134                                         <xs:enumeration value="C71.7"/>      
1135                                         <xs:enumeration value="C71.8"/>      
1136                                         <xs:enumeration value="C71.9"/>      
1137                                         <xs:enumeration value="C72.0"/>      
1138                                         <xs:enumeration value="C72.9"/>      
1139                                         <xs:enumeration value="C34.0"/>      
1140                                         <xs:enumeration value="C34.1"/>      
1141                                         <xs:enumeration value="C34.2"/>      
1142                                         <xs:enumeration value="C34.3"/>      
1143                                         <xs:enumeration value="C34.8"/>      
1144                                         <xs:enumeration value="C34.9"/>      
1145                                         <xs:enumeration value="BRAIN, NOS"/>      
1146                                         <xs:enumeration value="BLOOD"/>      
1147                                         <xs:enumeration value="CEREBRAL MENINGES"/>      
1148                                         <xs:enumeration value="CEREBRUM"/>      
1149                                         <xs:enumeration value="FRONTAL LOBE"/>      
1150                                         <xs:enumeration value="TEMPORAL LOBE"/>      
1151                                         <xs:enumeration value="PARIETAL LOBE"/>      
1152                                         <xs:enumeration value="OCCIPITAL LOBE"/>      
1153                                         <xs:enumeration value="VENTRICLE, NOS"/>      
1154                                         <xs:enumeration value="CEREBELLUM, NOS"/>      
1155                                         <xs:enumeration value="BRAIN STEM"/>      
1156                                         <xs:enumeration value="OVERLAPPING LESION OF BRAIN"/>      
1157                                         <xs:enumeration value="SPINAL CORD"/>      
1158                                         <xs:enumeration value="NERVOUS SYSTEM, NOS"/>      
1159                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2673858"/>      
1160                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.8"/>      
1161                                 </xs:restriction>      
1162                         </xs:simpleContent>      
1163                 </xs:complexType>      
1164         </xs:element>      
1165         <xs:element name="gemistocytes_present">      
1166                 <xs:complexType>      
1167                         <xs:simpleContent>      
1168                                 <xs:extension base="utility:yes_or_no">      
1169                                         <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group"/>      
1170                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default=""/>      
1171                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.8"/>      
1172                                 </xs:extension>      
1173                         </xs:simpleContent>      
1174                 </xs:complexType>      
1175         </xs:element>      
1176         <xs:element name="oligodendroglial_component">      
1177                 <xs:complexType>      
1178                         <xs:simpleContent>      
1179                                 <xs:extension base="utility:yes_or_no">      
1180                                         <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group"/>      
1181                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default=""/>      
1182                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.8"/>      
1183                                 </xs:extension>      
1184                         </xs:simpleContent>      
1185                 </xs:complexType>      
1186         </xs:element>      
1187         <xs:element name="leptomeningeal_involement">      
1188                 <xs:complexType>      
1189                         <xs:simpleContent>      
1190                                 <xs:extension base="utility:yes_or_no">      
1191                                         <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group"/>      
1192                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default=""/>      
1193                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.8"/>      
1194                                 </xs:extension>      
1195                         </xs:simpleContent>      
1196                 </xs:complexType>      
1197         </xs:element>      
1198         <xs:element name="gfap_positive">      
1199                 <xs:complexType>      
1200                         <xs:simpleContent>      
1201                                 <xs:extension base="utility:yes_or_no">      
1202                                         <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group"/>      
1203                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default=""/>      
1204                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.8"/>      
1205                                 </xs:extension>      
1206                         </xs:simpleContent>      
1207                 </xs:complexType>      
1208         </xs:element>      
1209         <xs:element name="mib1_positive">      
1210                 <xs:complexType>      
1211                         <xs:simpleContent>      
1212                                 <xs:extension base="utility:yes_or_no">      
1213                                         <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group"/>      
1214                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default=""/>      
1215                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.8"/>      
1216                                 </xs:extension>      
1217                         </xs:simpleContent>      
1218                 </xs:complexType>      
1219         </xs:element>      
1220         <xs:element name="lung_pathology">      
1221                 <xs:complexType>      
1222                         <xs:sequence>      
1223                                 <xs:element ref="histologic_nuclear_grade"/>      
1224                                 <xs:element ref="tumor_sample_anatomic_location"/>      
1225                                 <xs:element ref="tumor_sample_anatomic_location"/>      
1226                                 <xs:element ref="tnm_pathology_stage_grouping"/>      
1227                                 <xs:element ref="tnm_pathology_tumor_status"/>      
1228                                 <xs:element ref="tnm_pathology_lymphnode_status"/>      
1229                                 <xs:element ref="tnm_pathology_metastatic_status"/>      
1230                         </xs:sequence>      
1231                 </xs:complexType>      
1232         </xs:element>      
1233         <xs:element name="tnm_pathology_stage_grouping">      
1234                 <xs:complexType>      
1235                         <xs:simpleContent>      
1236                                 <xs:restriction base="utility:common_res_attributes">      
1237                                         <xs:enumeration value=""/>      
1238                                         <xs:enumeration value="0"/>      
1239                                         <xs:enumeration value="IA"/>      
1240                                         <xs:enumeration value="IB"/>      
1241                                         <xs:enumeration value="IC"/>      
1242                                         <xs:enumeration value="II"/>      
1243                                         <xs:enumeration value="IIA"/>      
1244                                         <xs:enumeration value="IIB"/>      
1245                                         <xs:enumeration value="IIC"/>      
1246                                         <xs:enumeration value="III"/>      
1247                                         <xs:enumeration value="IIIA"/>      
1248                                         <xs:enumeration value="IIIB"/>      
1249                                         <xs:enumeration value="IIIC"/>      
1250                                         <xs:enumeration value="IV"/>      
1251                                 </xs:restriction>      
1252                         </xs:simpleContent>      
1253                 </xs:complexType>      
1254         </xs:element>      
1255         <xs:element name="tnm_pathology_tumor_status">      
1256                 <xs:complexType>      
1257                         <xs:simpleContent>      
1258                                 <xs:restriction base="utility:common_res_attributes">      
1259                                         <xs:enumeration value=""/>      
1260                                         <xs:enumeration value="T0"/>      
1261                                         <xs:enumeration value="T1"/>      
1262                                         <xs:enumeration value="T1A"/>      
1263                                         <xs:enumeration value="T1B"/>      
1264                                         <xs:enumeration value="T1C"/>      
1265                                         <xs:enumeration value="T2"/>      
1266                                         <xs:enumeration value="T2A"/>      
1267                                         <xs:enumeration value="T2B"/>      
1268                                         <xs:enumeration value="T2C"/>      
1269                                         <xs:enumeration value="T3"/>      
1270                                         <xs:enumeration value="T3A"/>      
1271                                         <xs:enumeration value="T3B"/>      
1272                                         <xs:enumeration value="T3C"/>      
1273                                         <xs:enumeration value="T4"/>      
1274                                         <xs:enumeration value="TIS"/>      
1275                                         <xs:enumeration value="TX"/>      
1276                                 </xs:restriction>      
1277                         </xs:simpleContent>      
1278                 </xs:complexType>      
1279         </xs:element>      
1280         <xs:element name="tnm_pathology_lymphnode_status">      
1281                 <xs:complexType>      
1282                         <xs:simpleContent>      
1283                                 <xs:restriction base="utility:common_res_attributes">      
1284                                         <xs:enumeration value=""/>      
1285                                         <xs:enumeration value="N0"/>      
1286                                         <xs:enumeration value="N1"/>      
1287                                         <xs:enumeration value="N2"/>      
1288                                         <xs:enumeration value="N3"/>      
1289                                         <xs:enumeration value="NX"/>      
1290                                 </xs:restriction>      
1291                         </xs:simpleContent>      
1292                 </xs:complexType>      
1293         </xs:element>      
1294         <xs:element name="tnm_pathology_metastatic_status">      
1295                 <xs:complexType>      
1296                         <xs:simpleContent>      
1297                                 <xs:restriction base="utility:common_res_attributes">      
1298                                         <xs:enumeration value=""/>      
1299                                         <xs:enumeration value="M0"/>      
1300                                         <xs:enumeration value="M1"/>      
1301                                         <xs:enumeration value="MX"/>      
1302                                 </xs:restriction>      
1303                         </xs:simpleContent>      
1304                 </xs:complexType>      
1305         </xs:element>      
1306         <xs:element name="ovarian_pathology">      
1307                 <xs:complexType>      
1308                         <xs:sequence>      
1309                                 <xs:element ref="histologic_nuclear_grade"/>      
1310                                 <xs:element ref="tumor_sample_anatomic_location"/>      
1311                                 <xs:element ref="tnm_pathology_stage_grouping"/>      
1312                                 <xs:element ref="tnm_pathology_tumor_status"/>      
1313                                 <xs:element ref="tnm_pathology_lymphnode_status"/>      
1314                                 <xs:element ref="tnm_pathology_metastatic_status"/>      
1315                         </xs:sequence>      
1316                 </xs:complexType>      
1317         </xs:element>      
1318         <xs:element name="gbm_slide">      
1319                 <xs:complexType>      
1320                         <xs:sequence>      
1321                                 <xs:element ref="endothelial_proliferation"/>      
1322                                 <xs:element ref="nuclear_pleomorphism"/>      
1323                                 <xs:element ref="palisading_necrosis"/>      
1324                                 <xs:element ref="cellularity"/>      
1325                         </xs:sequence>      
1326                 </xs:complexType>      
1327         </xs:element>      
1328         <xs:element name="endothelial_proliferation">      
1329                 <xs:complexType>      
1330                         <xs:simpleContent>      
1331                                 <xs:extension base="utility:yes_or_no">      
1332                                         <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group"/>      
1333                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2841309"/>      
1334                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.8"/>      
1335                                 </xs:extension>      
1336                         </xs:simpleContent>      
1337                 </xs:complexType>      
1338         </xs:element>      
1339         <xs:element name="nuclear_pleomorphism">      
1340                 <xs:complexType>      
1341                         <xs:simpleContent>      
1342                                 <xs:extension base="utility:yes_or_no">      
1343                                         <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group"/>      
1344                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default=""/>      
1345                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.8"/>      
1346                                 </xs:extension>      
1347                         </xs:simpleContent>      
1348                 </xs:complexType>      
1349         </xs:element>      
1350         <xs:element name="palisading_necrosis">      
1351                 <xs:complexType>      
1352                         <xs:simpleContent>      
1353                                 <xs:extension base="utility:yes_or_no">      
1354                                         <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group"/>      
1355                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2841321"/>      
1356                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.8"/>      
1357                                 </xs:extension>      
1358                         </xs:simpleContent>      
1359                 </xs:complexType>      
1360         </xs:element>      
1361         <xs:element name="cellularity">      
1362                 <xs:complexType>      
1363                         <xs:simpleContent>      
1364                                 <xs:restriction base="utility:common_res_attributes">      
1365                                         <xs:enumeration value=""/>      
1366                                         <xs:enumeration value="LOW"/>      
1367                                         <xs:enumeration value="MEDIUM"/>      
1368                                         <xs:enumeration value="HIGH"/>      
1369                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.8"/>      
1370                                 </xs:restriction>      
1371                         </xs:simpleContent>      
1372                 </xs:complexType>      
1373         </xs:element>      
1374         <xs:element name="lung_slide">      
1375                 <xs:complexType/>      
1376         </xs:element>      
1377         <xs:element name="ovarian_slide">      
1378                 <xs:complexType/>      
1379         </xs:element>      
1380         <xs:element name="radiation_type">      
1381                 <xs:complexType>      
1382                         <xs:simpleContent>      
1383                                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
1384                                         <xs:enumeration value=""/>      
1385                                         <xs:enumeration value="EXTERNAL BEAM"/>      
1386                                         <xs:enumeration value="IMPLANTS"/>      
1387                                         <xs:enumeration value="RADIOISOTOPES"/>      
1388                                         <xs:enumeration value="COMBINATION"/>      
1389                                         <xs:enumeration value="OTHER: SPECIFY IN NOTES"/>      
1390                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2842944"/>      
1391                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.8"/>      
1392                                         <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2"/>      
1393                                 </xs:restriction>      
1394                         </xs:simpleContent>      
1395                 </xs:complexType>      
1396         </xs:element>      
1397         <xs:element name="analyte_type">      
1398                 <xs:complexType>      
1399                         <xs:simpleContent>      
1400                                 <xs:restriction base="utility:common_res_attributes">      
1401                                         <xs:enumeration value=""/>      
1402                                         <xs:enumeration value="DNA"/>      
1403                                         <xs:enumeration value="EBV Immortalized Normal"/>      
1404                                         <xs:enumeration value="GenomePlex (Rubicon) Amplified DNA"/>      
1405                                         <xs:enumeration value="Repli-G (Qiagen) DNA"/>      
1406                                         <xs:enumeration value="Repli-G X (Qiagen) DNA"/>      
1407                                         <xs:enumeration value="RNA"/>      
1408                                         <xs:enumeration value="Total RNA"/>      
1409                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.10"/>      
1410                                 </xs:restriction>      
1411                         </xs:simpleContent>      
1412                 </xs:complexType>      
1413         </xs:element>      
1414         <xs:element name="method_of_sample_procurement">      
1415                 <xs:complexType mixed="true">      
1416                         <xs:simpleContent>      
1417                                 <xs:restriction base="utility:common_res_attributes">      
1418                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3103514"/>      
1419                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3"/>      
1420                                 </xs:restriction>      
1421                         </xs:simpleContent>      
1422                 </xs:complexType>      
1423         </xs:element>      
1424         <xs:element name="differential_report_submitted" nillable="true">      
1425                 <xs:complexType mixed="true">      
1426                         <xs:simpleContent>      
1427                                 <xs:restriction base="utility:common_res_attributes">      
1428                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default=""/>      
1429                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5"/>      
1430                                 </xs:restriction>      
1431                         </xs:simpleContent>      
1432                 </xs:complexType>      
1433         </xs:element>      
1434         <xs:element name="hiv_positive_status" nillable="true">      
1435                 <xs:complexType mixed="true">      
1436                         <xs:simpleContent>      
1437                                 <xs:restriction base="utility:common_res_attributes">      
1438                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2180464"/>      
1439                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5"/>      
1440                                 </xs:restriction>      
1441                         </xs:simpleContent>      
1442                 </xs:complexType>      
1443         </xs:element>      
1444         <xs:element name="b_cell_tumor_slide_submitted" nillable="true">      
1445                 <xs:complexType mixed="true">      
1446                         <xs:simpleContent>      
1447                                 <xs:extension base="utility:yes_or_no">      
1448                                         <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group"/>      
1449                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3320292"/>      
1450                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5"/>      
1451                                         <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2"/>      
1452                                 </xs:extension>      
1453                         </xs:simpleContent>      
1454                 </xs:complexType>      
1455         </xs:element>      
1456         <xs:element name="t_cell_tumor_slide_submitted" nillable="true">      
1457                 <xs:complexType mixed="true">      
1458                         <xs:simpleContent>      
1459                                 <xs:extension base="utility:yes_or_no">      
1460                                         <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group"/>      
1461                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3320295"/>      
1462                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5"/>      
1463                                         <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2"/>      
1464                                 </xs:extension>      
1465                         </xs:simpleContent>      
1466                 </xs:complexType>      
1467         </xs:element>      
1468         <xs:element name="submitted_for_lce">      
1469                 <xs:complexType>      
1470                         <xs:simpleContent>      
1471                                 <xs:extension base="utility:yes_or_no">      
1472                                         <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group"/>      
1473                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3288488"/>      
1474                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.8"/>      
1475                                 </xs:extension>      
1476                         </xs:simpleContent>      
1477                 </xs:complexType>      
1478         </xs:element>      
1479         <xs:element name="maximum_tumor_dimension" nillable="true">      
1480                 <xs:complexType mixed="true">      
1481                         <xs:simpleContent>      
1482                                 <xs:restriction base="utility:common_res_attributes">      
1483                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="64215"/>      
1484                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5"/>      
1485                                 </xs:restriction>      
1486                         </xs:simpleContent>      
1487                 </xs:complexType>      
1488         </xs:element>      
1489         <xs:element name="h_and_e_tumor_slide_submitted" default="" nillable="true">      
1490                 <xs:complexType mixed="true">      
1491                         <xs:simpleContent>      
1492                                 <xs:extension base="utility:yes_or_no">      
1493                                         <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group"/>      
1494                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3081944"/>      
1495                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5"/>      
1496                                         <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2"/>      
1497                                 </xs:extension>      
1498                         </xs:simpleContent>      
1499                 </xs:complexType>      
1500         </xs:element>      
1501         <xs:element name="reason_path_confirm_diagnosis_not_matching" nillable="true">      
1502                 <xs:complexType>      
1503                         <xs:simpleContent>      
1504                                 <xs:extension base="xs:string">      
1505                                         <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group"/>      
1506                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3288315"/>      
1507                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5"/>      
1508                                 </xs:extension>      
1509                         </xs:simpleContent>      
1510                 </xs:complexType>      
1511         </xs:element>      
1512         <xs:element name="days_to_sample_procurement" default="" nillable="true">      
1513                 <xs:complexType mixed="true">      
1514                         <xs:simpleContent>      
1515                                 <xs:restriction base="utility:common_res_attributes">      
1516                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3288495"/>      
1517                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5"/>      
1518                                 </xs:restriction>      
1519                         </xs:simpleContent>      
1520                 </xs:complexType>      
1521         </xs:element>      
1522         <xs:element name="days_to_normal_sample_procurement" default="" nillable="true">      
1523                 <xs:complexType mixed="true">      
1524                         <xs:simpleContent>      
1525                                 <xs:restriction base="utility:common_res_attributes">      
1526                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3288496"/>      
1527                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5"/>      
1528                                 </xs:restriction>      
1529                         </xs:simpleContent>      
1530                 </xs:complexType>      
1531         </xs:element>      
1532         <xs:element name="days_to_pathology_review" default="" nillable="true">      
1533                 <xs:complexType mixed="true">      
1534                         <xs:simpleContent>      
1535                                 <xs:restriction base="utility:common_res_attributes">      
1536                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3288497"/>      
1537                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5"/>      
1538                                 </xs:restriction>      
1539                         </xs:simpleContent>      
1540                 </xs:complexType>      
1541         </xs:element>      
1542 </xs:schema>      

   
File: TCGA_BCR.GBM_Clinical.xsd  
3 <xs:schema elementFormDefault="qualified" version="2.5.0" <> 4 <xs:schema elementFormDefault="qualified" version="2.4.4"
 
5            xmlns:utility="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5" <> 6   xmlns:utility="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.4"
6            xmlns:admin="http://tcga.nci/bcr/xml/administration/2.5"   7   xmlns:admin="http://tcga.nci/bcr/xml/administration/2.4"
7            xmlns:shared="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5"   8   xmlns:shared="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.4"
8            xmlns:rad="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/radiation/2.5"   9   xmlns:rad="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/radiation/2.4"
9            xmlns:rx="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/pharmaceutical/2.5"   10   xmlns:rx="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/pharmaceutical/2.4"
10            xmlns:follow_up_v1.0="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/gbm/followup/2.5/1.0"      
11            xmlns="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/gbm/2.5"   11   xmlns="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/gbm/2.4"
12            targetNamespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/gbm/2.5"   12   targetNamespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/gbm/2.4"
 
28    <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5/TCGA_BCR.Utility.xsd" /> <> 28     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.4" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/utility/2.4/TCGA_BCR.Utility.xsd" />
29    <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/administration/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/administration/2.5/TCGA_BCR.Administration.xsd" />   29     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/administration/2.4" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/administration/2.4/TCGA_BCR.Administration.xsd" />
30    <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5/TCGA_BCR.Shared_Clinical_Elements.xsd" />   30     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.4" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.4/TCGA_BCR.Shared_Clinical_Elements.xsd" />
31    <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/radiation/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/radiation/2.5/TCGA_BCR.Radiation.xsd" />   31     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/radiation/2.4" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/radiation/2.4/TCGA_BCR.Radiation.xsd" />
32    <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/pharmaceutical/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/pharmaceutical/2.5/TCGA_BCR.Pharmaceutical.xsd" />   32     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/pharmaceutical/2.4" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/pharmaceutical/2.4/TCGA_BCR.Pharmaceutical.xsd" />
33    <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/gbm/followup/2.5/1.0" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/gbm/followup/2.5/TCGA_BCR.GBM_Clinical_FollowUp_v1.0.xsd" />      
 
42          <xs:attribute name="schemaVersion" type="xs:decimal" use="required" fixed="2.5"/> <> 41             <xs:attribute name="schemaVersion" type="xs:decimal" use="required" fixed="2.4"/>
 
50             <xs:element ref="shared:tumor_histologic_subtype" /> <> 49                 <xs:element ref="histological_type" />
 
    -+ 89                 <xs:element ref="shared:pretreatment_history" />
      90                 <xs:element ref="radiation_therapy" />
 
    <> 109                 <xs:element ref="shared:chemo_therapy" />
      110                 <xs:element ref="shared:immuno_therapy" />
      111                 <xs:element ref="shared:hormonal_therapy" />
98             <xs:element ref="shared:person_neoplasm_cancer_status" />    112                 <xs:element ref="shared:targeted_molecular_therapy" />
 
101                   <xs:element ref="shared:day_of_form_completion" /> <> 116                         <xs:element ref="shared:day_of_tumor_progression" />
102                   <xs:element ref="shared:month_of_form_completion" />   117                         <xs:element ref="shared:month_of_tumor_progression" />
103                   <xs:element ref="shared:year_of_form_completion" />   118                         <xs:element ref="shared:year_of_tumor_progression" />
 
105                <xs:element ref="shared:days_to_form_completion" /> <> 121                     <xs:element ref="shared:days_to_tumor_progression" />
 
    -+ 124                 <xs:choice>
      125                     <xs:sequence>
      126                         <xs:element ref="shared:day_of_tumor_recurrence" />
      127                         <xs:element ref="shared:month_of_tumor_recurrence" />
      128                         <xs:element ref="shared:year_of_tumor_recurrence" />
      129                     </xs:sequence>
 
    -+ 131                     <xs:element ref="shared:days_to_tumor_recurrence" />
      132                 </xs:choice>
 
109             <xs:element ref="shared:pretreatment_history" />  <> 135                 <xs:element ref="shared:additional_radiation_therapy" />
110             <xs:element ref="shared:initial_pathologic_diagnosis_method" />   136                 <xs:element ref="additional_chemo_therapy" />
111             <xs:element ref="shared:anatomic_organ_subdivision" />   137                 <xs:element ref="additional_immuno_therapy" />
 
114             <xs:element ref="shared:karnofsky_performance_score" /> <> 138                 <xs:element ref="shared:additional_pharmaceutical_therapy" />
115             <xs:element ref="shared:eastern_cancer_oncology_group" />   139                 <xs:element ref="additional_drug_therapy" />
      140                 <xs:element ref="anatomic_organ_subdivision" />
      141                 <xs:element ref="initial_pathologic_diagnosis_method" />
116             <xs:element ref="shared:performance_status_scale_timing" />   142                 <xs:element ref="shared:person_neoplasm_cancer_status" />
117             <xs:element ref="rx:drugs" />   143                 <xs:element ref="drugs" />
118             <xs:element ref="rad:radiations" />   144                 <xs:element ref="radiations" />
 
120             <xs:element name="follow_ups"> <> 145                 <xs:element ref="examinations" />
121                <xs:annotation>      
122                   <xs:documentation>We are using namespaces and version numbers to distinguish one version of followup from another.</xs:documentation>      
123                </xs:annotation>      
124                <xs:complexType>      
125                   <xs:sequence>   146                 <xs:element ref="surgeries" />
126                      <xs:element ref="follow_up_v1.0:follow_up_v1.0" minOccurs="0" maxOccurs="unbounded" />      
 
    <> 151     <xs:element name="histological_type" nillable="true">
      152         <xs:complexType mixed="true">
      153             <xs:simpleContent>
      154                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      155                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2831122" />
      156                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.9" />
      157                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
130          </xs:sequence>   158                 </xs:restriction>
      159             </xs:simpleContent>
 
    -+ 176     <xs:element name="additional_chemo_therapy" nillable="true">
      177         <xs:complexType>
      178             <xs:simpleContent>
      179                 <xs:extension base="utility:yes_or_no">
      180                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      181                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2650626" />
      182                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.9" />
      183                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      184                 </xs:extension>
      185             </xs:simpleContent>
      186         </xs:complexType>
      187     </xs:element>
 
    -+ 189     <xs:element name="additional_immuno_therapy" nillable="true">
      190         <xs:complexType>
      191             <xs:simpleContent>
      192                 <xs:extension base="utility:yes_or_no">
      193                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      194                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2759828" />
      195                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.9" />
      196                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      197                 </xs:extension>
      198             </xs:simpleContent>
      199         </xs:complexType>
      200     </xs:element>
 
    -+ 202     <xs:element name="additional_drug_therapy" nillable="true">
      203         <xs:complexType>
      204             <xs:simpleContent>
      205                 <xs:extension base="utility:yes_or_no">
      206                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      207                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2786150" />
      208                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.9" />
      209                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      210                 </xs:extension>
      211             </xs:simpleContent>
      212         </xs:complexType>
      213     </xs:element>
 
    -+ 215     <xs:element name="anatomic_organ_subdivision" nillable="true">
      216         <xs:complexType mixed="true">
      217             <xs:simpleContent>
      218                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      219                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2008006" />
      220                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.9" />
      221                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      222                 </xs:restriction>
      223             </xs:simpleContent>
      224         </xs:complexType>
      225     </xs:element>
 
    -+ 227     <xs:element name="initial_pathologic_diagnosis_method" nillable="true">
      228         <xs:complexType>
      229             <xs:simpleContent>
      230                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      231                     <xs:enumeration value="" />
      232                     <xs:enumeration value="CYTOLOGY" />
      233                     <xs:enumeration value="FINE NEEDLE ASPIRATION BIOPSY" />
      234                     <xs:enumeration value="INCISION BIOPSY" />
      235                     <xs:enumeration value="EXCISIONAL BIOPSY" />
      236                     <xs:enumeration value="TUMOR RESECTION" />
      237                     <xs:enumeration value="OTHER METHOD, SPECIFY IN NOTES" />
      238                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2757941" />
      239                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.9" />
      240                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      241                 </xs:restriction>
      242             </xs:simpleContent>
      243         </xs:complexType>
      244     </xs:element>
 
    -+ 246     <xs:element name="radiation_therapy">
      247         <xs:complexType>
      248             <xs:simpleContent>
      249                 <xs:extension base="utility:yes_or_no">
      250                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      251                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2005312" />
      252                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.9" />
      253                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      254                 </xs:extension>
      255             </xs:simpleContent>
      256         </xs:complexType>
      257     </xs:element>
 
    -+ 259     <xs:element name="drugs">
      260         <xs:complexType>
      261             <xs:sequence minOccurs="0" maxOccurs="unbounded">
      262                 <xs:element ref="drug" />
      263             </xs:sequence>
      264         </xs:complexType>
      265     </xs:element>
 
    -+ 267     <xs:element name="drug">
      268         <xs:complexType>
      269             <xs:sequence>
      270                 <xs:element ref="rx:bcr_drug_barcode" />
      271                 <xs:element ref="rx:bcr_drug_uuid" />
      272                 <xs:element ref="rx:drug_category" />
      273                 <xs:element ref="rx:total_dose" />
      274                 <xs:element ref="rx:total_dose_units" />
      275                 <xs:element ref="rx:number_cycles" />
 
    -+ 277                 <xs:choice>
      278                     <xs:sequence>
      279                         <xs:element ref="rx:day_of_drug_therapy_start" />
      280                         <xs:element ref="rx:month_of_drug_therapy_start" />
      281                         <xs:element ref="rx:year_of_drug_therapy_start" />
      282                     </xs:sequence>
      283                     <xs:element ref="rx:days_to_drug_therapy_start" />
      284                 </xs:choice>
 
    -+ 286                 <xs:choice>
      287                     <xs:sequence>
      288                         <xs:element ref="rx:day_of_drug_therapy_end" />
      289                         <xs:element ref="rx:month_of_drug_therapy_end" />
      290                         <xs:element ref="rx:year_of_drug_therapy_end" />
      291                     </xs:sequence>
      292                     <xs:element ref="rx:days_to_drug_therapy_end" />
      293                 </xs:choice>
 
    -+ 295                 <xs:element ref="initial_course" />
      296                 <xs:element ref="rx:drug_name" />
      297                 <xs:element ref="shared:regimen_indication" />
      298                 <xs:element ref="shared:regimen_indication_notes" />
      299                 <xs:element ref="route_of_administration" />
      300                 <xs:element ref="route_of_administration_notes" />
      301                 <xs:element ref="rx:therapy_ongoing" />
      302             </xs:sequence>
      303         </xs:complexType>
      304     </xs:element>
 
    -+ 306     <xs:element name="bcr_drug_barcode">
      307         <xs:complexType>
      308             <xs:simpleContent>
      309                 <xs:extension base="xs:NCName">
      310                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      311                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.15" />
      312                 </xs:extension>
      313             </xs:simpleContent>
      314         </xs:complexType>
      315     </xs:element>
 
    -+ 317     <xs:element name="number_cycles">
      318         <xs:complexType>
      319             <xs:simpleContent>
      320                 <xs:extension base="xs:string">
      321                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      322                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="62590" />
      323                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.8" />
      324                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      325                 </xs:extension>
      326             </xs:simpleContent>
      327         </xs:complexType>
      328     </xs:element>
 
    -+ 330     <xs:element name="drug_category">
      331         <xs:complexType>
      332             <xs:simpleContent>
      333                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      334                     <xs:enumeration value="" />
      335                     <xs:enumeration value="CHEMO" />
      336                     <xs:enumeration value="HORMONAL" />
      337                     <xs:enumeration value="IMMUNO" />
      338                     <xs:enumeration value="TARGETED" />
      339                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="729" />
      340                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.8" />
      341                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      342                 </xs:restriction>
      343             </xs:simpleContent>
      344         </xs:complexType>
      345     </xs:element>
 
    -+ 347     <xs:element name="initial_course">
      348         <xs:complexType>
      349             <xs:simpleContent>
      350                 <xs:extension base="utility:yes_or_no">
      351                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      352                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2003586" />
      353                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.8" />
      354                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      355                 </xs:extension>
      356             </xs:simpleContent>
      357         </xs:complexType>
      358     </xs:element>
 
    -+ 360     <xs:element name="route_of_administration">
      361         <xs:complexType>
      362             <xs:simpleContent>
      363                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      364                     <xs:enumeration value="" />
      365                     <xs:enumeration value="ORAL" />
      366                     <xs:enumeration value="INTRAVENOUS (IV)" />
      367                     <xs:enumeration value="INTRATUMORAL" />
      368                     <xs:enumeration value="INTRA-PERITONEAL (IP)" />
      369                     <xs:enumeration value="IV AND IP" />
      370                     <xs:enumeration value="OTHER: SPECIFY IN NOTES" />
      371                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2003586" />
      372                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.12" />
      373                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      374                 </xs:restriction>
      375             </xs:simpleContent>
      376         </xs:complexType>
      377     </xs:element>
 
    -+ 379     <xs:element name="route_of_administration_notes">
      380         <xs:complexType mixed="true">
      381             <xs:simpleContent>
      382                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      383                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2190504" />
      384                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.12" />
      385                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      386                 </xs:restriction>
      387             </xs:simpleContent>
      388         </xs:complexType>
      389     </xs:element>
 
    -+ 391     <xs:element name="radiations">
      392         <xs:complexType>
      393             <xs:sequence minOccurs="0" maxOccurs="unbounded">
      394                 <xs:element ref="radiation" />
      395             </xs:sequence>
      396         </xs:complexType>
      397     </xs:element>
 
    -+ 399     <xs:element name="radiation">
      400         <xs:complexType>
      401             <xs:sequence>
      402                 <xs:element ref="rad:bcr_radiation_barcode" />
      403                 <xs:element ref="rad:bcr_radiation_uuid"/>
 
    -+ 405                 <xs:choice>
      406                     <xs:sequence>
      407                         <xs:element ref="rad:day_of_radiation_therapy_start" />
      408                         <xs:element ref="rad:month_of_radiation_therapy_start" />
      409                         <xs:element ref="rad:year_of_radiation_therapy_start" />
      410                     </xs:sequence>
      411                     <xs:element ref="rad:days_to_radiation_therapy_start" />
      412                 </xs:choice>
 
    -+ 414                 <xs:choice>
      415                     <xs:sequence>
      416                         <xs:element ref="rad:day_of_radiation_therapy_end" />
      417                         <xs:element ref="rad:month_of_radiation_therapy_end" />
      418                         <xs:element ref="rad:year_of_radiation_therapy_end" />
      419                     </xs:sequence>
      420                     <xs:element ref="rad:days_to_radiation_therapy_end" />
      421                 </xs:choice>
 
    -+ 423                 <xs:element ref="rad:radiation_type" />
      424                 <xs:element ref="rad:radiation_type_notes" />
      425                 <xs:element ref="rad:radiation_dosage" />
      426                 <xs:element ref="rad:units" />
      427                 <xs:element ref="rad:numfractions" />
      428                 <xs:element ref="anatomic_treatment_site" />
      429                 <xs:element ref="shared:regimen_indication" />
      430                 <xs:element ref="shared:regimen_indication_notes" />
      431                 <xs:element ref="rad:radiation_treatment_ongoing" />
      432             </xs:sequence>
      433         </xs:complexType>
      434     </xs:element>
 
    -+ 436     <xs:element name="bcr_radiation_barcode">
      437         <xs:complexType>
      438             <xs:simpleContent>
      439                 <xs:extension base="xs:NCName">
      440                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      441                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.15" />
      442                 </xs:extension>
      443             </xs:simpleContent>
      444         </xs:complexType>
      445     </xs:element>
 
    -+ 447     <xs:element name="radiation_treatment_ongoing" nillable="true">
      448         <xs:complexType>
      449             <xs:simpleContent>
      450                 <xs:extension base="utility:yes_or_no">
      451                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      452                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2842745" />
      453                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.12" />
      454                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      455                 </xs:extension>
      456             </xs:simpleContent>
      457         </xs:complexType>
      458     </xs:element>
 
    -+ 460     <xs:element name="anatomic_treatment_site">
      461         <xs:complexType>
      462             <xs:simpleContent>
      463                 <xs:extension base="xs:string">
      464                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      465                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2793522" />
      466                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.8" />
      467                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      468                 </xs:extension>
      469             </xs:simpleContent>
      470         </xs:complexType>
      471     </xs:element>
 
    -+ 473     <xs:element name="examinations">
      474         <xs:complexType>
      475             <xs:sequence minOccurs="0" maxOccurs="unbounded">
      476                 <xs:element ref="examination" />
      477             </xs:sequence>
      478         </xs:complexType>
      479     </xs:element>
 
    -+ 481     <xs:element name="examination">
      482         <xs:complexType>
      483             <xs:sequence>
      484                 <xs:element ref="bcr_examination_barcode" />
      485                 <xs:element ref="karnofsky_performance_score" />
      486                 <xs:element ref="eastern_cancer_oncology_group" />
      487                 <xs:element ref="progression_status" />
      488                 <xs:element ref="shared:performance_status_scale_timing" />
      489                 <xs:element ref="shared:progression_determined_by" />
      490                 <xs:element ref="shared:progression_determined_by_notes" />
      491             </xs:sequence>
      492         </xs:complexType>
      493     </xs:element>
 
    -+ 495     <xs:element name="bcr_examination_barcode">
      496         <xs:complexType>
      497             <xs:simpleContent>
      498                 <xs:extension base="xs:NCName">
      499                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      500                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.15" />
      501                 </xs:extension>
      502             </xs:simpleContent>
      503         </xs:complexType>
      504     </xs:element>
 
    -+ 506     <xs:element name="karnofsky_performance_score">
      507         <xs:complexType>
      508             <xs:simpleContent>
      509                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      510                     <xs:enumeration value="" />
      511                     <xs:enumeration value="0" />
      512                     <xs:enumeration value="10" />
      513                     <xs:enumeration value="20" />
      514                     <xs:enumeration value="30" />
      515                     <xs:enumeration value="40" />
      516                     <xs:enumeration value="50" />
      517                     <xs:enumeration value="60" />
      518                     <xs:enumeration value="70" />
      519                     <xs:enumeration value="80" />
      520                     <xs:enumeration value="90" />
      521                     <xs:enumeration value="100" />
      522                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2003853" />
      523                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.8" />
      524                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      525                 </xs:restriction>
      526             </xs:simpleContent>
      527         </xs:complexType>
      528     </xs:element>
 
    -+ 530     <xs:element name="eastern_cancer_oncology_group">
      531         <xs:complexType>
      532             <xs:simpleContent>
      533                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      534                     <xs:enumeration value="" />
      535                     <xs:enumeration value="0" />
      536                     <xs:enumeration value="1" />
      537                     <xs:enumeration value="2" />
      538                     <xs:enumeration value="3" />
      539                     <xs:enumeration value="4" />
      540                     <xs:enumeration value="5" />
      541                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="88" />
      542                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.9" />
      543                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      544                 </xs:restriction>
      545             </xs:simpleContent>
      546         </xs:complexType>
      547     </xs:element>
 
    -+ 549     <xs:element name="progression_status">
      550         <xs:complexType>
      551             <xs:simpleContent>
      552                 <xs:extension base="utility:yes_or_no">
      553                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      554                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2673787" />
      555                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.8" />
      556                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      557                 </xs:extension>
      558             </xs:simpleContent>
      559         </xs:complexType>
      560     </xs:element>
 
    -+ 562     <xs:element name="performance_status_scale_timing">
      563         <xs:complexType>
      564             <xs:simpleContent>
      565                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      566                     <xs:enumeration value="" />
      567                     <xs:enumeration value="PREOPERATIVE" />
      568                     <xs:enumeration value="PRE-ADJUVANT THERAPY" />
      569                     <xs:enumeration value="POST-ADJUVANT THERAPY" />
      570                     <xs:enumeration value="OTHER" />
      571                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2792763" />
      572                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.9" />
      573                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      574                 </xs:restriction>
      575             </xs:simpleContent>
      576         </xs:complexType>
      577     </xs:element>
 
    -+ 579     <xs:element name="progression_determined_by">
      580         <xs:complexType>
      581             <xs:simpleContent>
      582                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      583                     <xs:enumeration value="" />
      584                     <xs:enumeration value="LABORATORY" />
      585                     <xs:enumeration value="PATHOLOGY" />
      586                     <xs:enumeration value="RADIATION" />
      587                     <xs:enumeration value="PHYSICAL EXAMINATION" />
      588                     <xs:enumeration value="IMAGING STUDY" />
      589                     <xs:enumeration value="MOLECULAR MARKER(S)" />
      590                     <xs:enumeration value="FIRST SEEN AT FURTHER SURGERY" />
      591                     <xs:enumeration value="OTHER METHOD: SPECIFY IN NOTES" />
      592                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2786205" />
      593                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.9" />
      594                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      595                 </xs:restriction>
      596             </xs:simpleContent>
      597         </xs:complexType>
      598     </xs:element>
 
    -+ 600     <xs:element name="progression_determined_by_notes">
      601         <xs:complexType mixed="true">
      602             <xs:simpleContent>
      603                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      604                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2786210" />
      605                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.9" />
      606                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      607                 </xs:restriction>
      608             </xs:simpleContent>
      609         </xs:complexType>
      610     </xs:element>
 
    -+ 612     <xs:element name="surgeries">
      613         <xs:complexType>
      614             <xs:sequence minOccurs="0" maxOccurs="unbounded">
      615                 <xs:element ref="surgery" />
      616             </xs:sequence>
      617         </xs:complexType>
      618     </xs:element>
 
    -+ 620     <xs:element name="surgery">
      621         <xs:complexType>
      622             <xs:sequence>
      623                 <xs:element ref="bcr_surgery_barcode" />
 
    -+ 625                 <xs:choice>
      626                     <xs:sequence>
      627                         <xs:element ref="day_of_procedure" />
      628                         <xs:element ref="month_of_procedure" />
      629                         <xs:element ref="year_of_procedure" />
      630                     </xs:sequence>
      631                     <xs:element ref="days_to_procedure" />
      632                 </xs:choice>
 
    -+ 634                 <xs:element ref="procedure_type" />
      635             </xs:sequence>
      636         </xs:complexType>
      637     </xs:element>
 
    -+ 639     <xs:element name="bcr_surgery_barcode">
      640         <xs:complexType>
      641             <xs:simpleContent>
      642                 <xs:extension base="xs:NCName">
      643                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      644                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2003586" />
      645                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.8" />
      646                 </xs:extension>
      647             </xs:simpleContent>
      648         </xs:complexType>
      649     </xs:element>
 
    -+ 651     <xs:element name="day_of_procedure">
      652         <xs:complexType mixed="true">
      653             <xs:simpleContent>
      654                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      655                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2896965" />
      656                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.12" />
      657                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      658                 </xs:restriction>
      659             </xs:simpleContent>
      660         </xs:complexType>
      661     </xs:element>
 
    -+ 663     <xs:element name="month_of_procedure">
      664         <xs:complexType mixed="true">
      665             <xs:simpleContent>
      666                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      667                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2896963" />
      668                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.12" />
      669                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      670                 </xs:restriction>
      671             </xs:simpleContent>
      672         </xs:complexType>
      673     </xs:element>
 
    -+ 675     <xs:element name="year_of_procedure">
      676         <xs:complexType mixed="true">
      677             <xs:simpleContent>
      678                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      679                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2896985" />
      680                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.12" />
      681                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      682                 </xs:restriction>
      683             </xs:simpleContent>
      684         </xs:complexType>
      685     </xs:element>
 
    -+ 687     <xs:element name="procedure_type">
      688         <xs:complexType mixed="true">
      689             <xs:simpleContent>
      690                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      691                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2199761" />
      692                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.9" />
      693                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      694                 </xs:restriction>
      695             </xs:simpleContent>
      696         </xs:complexType>
      697     </xs:element>
 
    -+ 699     <xs:element name="days_to_drug_treatment_start">
      700         <xs:complexType mixed="true">
      701             <xs:simpleContent>
      702                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      703                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="" />
      704                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="" />
      705                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      706                 </xs:restriction>
      707             </xs:simpleContent>
      708         </xs:complexType>
      709     </xs:element>
 
    -+ 711     <xs:element name="days_to_drug_treatment_end">
      712         <xs:complexType mixed="true">
      713             <xs:simpleContent>
      714                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      715                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="" />
      716                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="" />
      717                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      718                 </xs:restriction>
      719             </xs:simpleContent>
      720         </xs:complexType>
      721     </xs:element>
 
    -+ 723     <xs:element name="days_to_radiation_treatment_start">
      724         <xs:complexType mixed="true">
      725             <xs:simpleContent>
      726                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      727                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="" />
      728                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="" />
      729                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      730                 </xs:restriction>
      731             </xs:simpleContent>
      732         </xs:complexType>
      733     </xs:element>
 
    -+ 735     <xs:element name="days_to_radiation_treatment_end">
      736         <xs:complexType mixed="true">
      737             <xs:simpleContent>
      738                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      739                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="" />
      740                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="" />
      741                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      742                 </xs:restriction>
      743             </xs:simpleContent>
      744         </xs:complexType>
      745     </xs:element>
 
    -+ 747     <xs:element name="days_to_procedure">
      748         <xs:complexType mixed="true">
      749             <xs:simpleContent>
      750                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      751                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="" />
      752                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="" />
      753                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      754                 </xs:restriction>
      755             </xs:simpleContent>
      756         </xs:complexType>
      757     </xs:element>

   
File: TCGA_BCR.GBM_Clinical_FollowUp_v1.0.xsd  
1 <?xml version="1.0" encoding="utf-8" ?> +-    
 
4 <xs:schema elementFormDefault="qualified" version="2.5.0" +-    
5    xmlns:xs="http://www.w3.org/2001/XMLSchema"      
6    xmlns:shared="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5"      
7    xmlns:utility="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5"      
8    xmlns:admin="http://tcga.nci/bcr/xml/administration/2.5"      
9    xmlns="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/gbm/followup/2.5/1.0"      
10    targetNamespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/gbm/followup/2.5/1.0"      
11    xmlns:jaxb="http://java.sun.com/xml/ns/jaxb" jaxb:version="1.0" >      
 
13    <xs:import schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5/TCGA_BCR.Utility.xsd" namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5" /> +-    
14    <xs:import schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/administration/2.5/TCGA_BCR.Administration.xsd" namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/administration/2.5" />      
15    <xs:import schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5/TCGA_BCR.Shared_Clinical_Elements.xsd" namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5" />      
 
17    <xs:annotation> +-    
18       <xs:appinfo>      
19           <jaxb:globalBindings generateIsSetMethod="true" />      
20           <jaxb:schemaBindings>      
21               <jaxb:package name="nci.tcga.bcr.xml.jaxb.clinical.gbm" />      
22           </jaxb:schemaBindings>      
23       </xs:appinfo>      
24    </xs:annotation>      
 
26    <xs:annotation> +-    
27       <xs:documentation xml:lang="en">Schema to define the elements of the TCGA Clinical Data Follow-up Form within the GBM study.</xs:documentation>      
28    </xs:annotation>      
 
30    <xs:element name="follow_up_v1.0"> +-    
31       <xs:complexType>      
 
33          <xs:sequence> +-    
34            <xs:element ref="shared:bcr_patient_barcode" />      
35            <xs:element ref="shared:bcr_patient_uuid" />      
36            <xs:element ref="shared:vital_status" />      
37            <xs:choice>      
38               <xs:sequence>      
39                  <xs:element ref="shared:day_of_last_followup" />      
40                  <xs:element ref="shared:month_of_last_followup" />      
41                  <xs:element ref="shared:year_of_last_followup" />      
42               </xs:sequence>      
43               <xs:element ref="shared:days_to_last_followup" />      
44            </xs:choice>      
45            <xs:choice>      
46               <xs:sequence>      
47                  <xs:element ref="shared:day_of_death" />      
48                  <xs:element ref="shared:month_of_death" />      
49                  <xs:element ref="shared:year_of_death" />      
50               </xs:sequence>      
51               <xs:element ref="shared:days_to_death" />      
52            </xs:choice>      
53            <xs:choice>      
54               <xs:sequence>      
55                  <xs:element ref="shared:day_of_new_tumor_event_after_initial_treatment" />      
56                  <xs:element ref="shared:month_of_new_tumor_event_after_initial_treatment" />      
57                  <xs:element ref="shared:year_of_new_tumor_event_after_initial_treatment" />      
58               </xs:sequence>      
59               <xs:element ref="shared:days_to_new_tumor_event_after_initial_treatment" />      
60            </xs:choice>      
61            <xs:element ref="shared:additional_surgery_locoregional_procedure" />      
62            <xs:choice>      
63               <xs:sequence>      
64                  <xs:element ref="shared:day_of_additional_surgery_locoregional_procedure" />      
65                  <xs:element ref="shared:month_of_additional_surgery_locoregional_procedure" />      
66                  <xs:element ref="shared:year_of_additional_surgery_locoregional_procedure" />      
67               </xs:sequence>      
68               <xs:element ref="shared:days_to_additional_surgery_locoregional_procedure" />      
69            </xs:choice>      
70            <xs:choice>      
71               <xs:sequence>      
72                  <xs:element ref="shared:day_of_tumor_progression" />      
73                  <xs:element ref="shared:month_of_tumor_progression" />      
74                  <xs:element ref="shared:year_of_tumor_progression" />      
75               </xs:sequence>      
76            <xs:element ref="shared:days_to_tumor_progression" />      
77            </xs:choice>      
78            <xs:choice>      
79                  <xs:sequence>      
80                     <xs:element ref="shared:day_of_tumor_recurrence" />      
81                     <xs:element ref="shared:month_of_tumor_recurrence" />      
82                     <xs:element ref="shared:year_of_tumor_recurrence" />      
83                  </xs:sequence>      
84               <xs:element ref="shared:days_to_tumor_recurrence" />      
85            </xs:choice>      
86            <xs:element ref="shared:person_neoplasm_cancer_status" />      
87            <xs:element ref="shared:additional_pharmaceutical_therapy" />      
88            <xs:element ref="shared:additional_radiation_therapy" />      
89            <xs:element ref="shared:targeted_molecular_therapy" />      
90            <xs:element ref="shared:radiation_therapy" />      
91            <xs:element ref="shared:additional_surgery_metastatic_procedure" />      
92            <xs:choice>      
93               <xs:sequence>      
94                  <xs:element ref="shared:day_of_additional_surgery_metastatic_procedure" />      
95                  <xs:element ref="shared:month_of_additional_surgery_metastatic_procedure" />      
96                  <xs:element ref="shared:year_of_additional_surgery_metastatic_procedure" />      
97               </xs:sequence>      
98               <xs:element ref="shared:days_to_additional_surgery_metastatic_procedure" />      
99            </xs:choice>      
100            <xs:choice>      
101               <xs:sequence>      
102                  <xs:element ref="shared:day_of_form_completion" />      
103                  <xs:element ref="shared:month_of_form_completion" />      
104                  <xs:element ref="shared:year_of_form_completion" />      
105               </xs:sequence>      
106               <xs:element ref="shared:days_to_form_completion" />      
107            </xs:choice>      
 
109         <xs:element ref="shared:followup_case_report_form_submission_reason" /> +-    
 
111         <xs:element ref="shared:karnofsky_performance_score" /> +-    
112         <xs:element ref="shared:eastern_cancer_oncology_group" />      
113         <xs:element ref="shared:performance_status_scale_timing" />      
114         </xs:sequence>      
115          <xs:attribute name="version" type="xs:string" default="1.0" use="optional"/>      
116      </xs:complexType>      
117    </xs:element>      
118 </xs:schema>      

   
File: TCGA_BCR.HNSC_Clinical.xsd  
4 <xs:schema xmlns:xs="http://www.w3.org/2001/XMLSchema" xmlns:utility="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5" xmlns:admin="http://tcga.nci/bcr/xml/administration/2.5" xmlns:shared="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5" xmlns:rad="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/radiation/2.5" xmlns:rx="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/pharmaceutical/2.5" xmlns:cqcf="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/cqcf/2.5" xmlns:follow_up_v1.0="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/hnsc/followup/2.5/1.0" xmlns="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/hnsc/2.5" xmlns:jaxb="http://java.sun.com/xml/ns/jaxb" targetNamespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/hnsc/2.5" elementFormDefault="qualified" version="2.5.0" jaxb:version="1.0"> <> 3  
      4 <xs:schema elementFormDefault="qualified" version="2.4.4"
      5   xmlns:xs="http://www.w3.org/2001/XMLSchema"
      6   xmlns:utility="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.4"
      7   xmlns:admin="http://tcga.nci/bcr/xml/administration/2.4"
      8   xmlns:shared="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.4"
      9   xmlns:rad="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/radiation/2.4"
      10   xmlns:rx="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/pharmaceutical/2.4"
      11   xmlns="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/hnsc/2.4"
      12   targetNamespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/hnsc/2.4"
      13   xmlns:jaxb="http://java.sun.com/xml/ns/jaxb" jaxb:version="1.0">
 
16         <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5/TCGA_BCR.Utility.xsd"/> <> 28     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.4" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/utility/2.4/TCGA_BCR.Utility.xsd" />
17         <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/administration/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/administration/2.5/TCGA_BCR.Administration.xsd"/>   29     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/administration/2.4" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/administration/2.4/TCGA_BCR.Administration.xsd" />
18         <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5/TCGA_BCR.Shared_Clinical_Elements.xsd"/>   30     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.4" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.4/TCGA_BCR.Shared_Clinical_Elements.xsd" />
19         <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/radiation/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/radiation/2.5/TCGA_BCR.Radiation.xsd"/>   31     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/radiation/2.4" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/radiation/2.4/TCGA_BCR.Radiation.xsd" />
20         <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/pharmaceutical/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/pharmaceutical/2.5/TCGA_BCR.Pharmaceutical.xsd"/>   32     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/pharmaceutical/2.4" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/pharmaceutical/2.4/TCGA_BCR.Pharmaceutical.xsd" />
21         <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/hnsc/followup/2.5/1.0" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/hnsc/followup/2.5/TCGA_BCR.HNSC_Clinical_FollowUp_v1.0.xsd"/>   33    
22         <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/cqcf/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/cqcf/2.5/TCGA_BCR.CQCF.xsd"/>      
 
29                         <xs:attribute name="schemaVersion" type="xs:decimal" use="required" fixed="2.5"/> <> 41             <xs:attribute name="schemaVersion" type="xs:decimal" use="required" fixed="2.4"/>
 
105                                 <xs:element ref="shared:anatomic_organ_subdivision"/> <> 135                 <xs:element ref="anatomic_organ_subdivision" />
 
107                                 <xs:element ref="shared:primary_lymph_node_presentation_assessment"/> <> 137                 <xs:element ref="lymphnodes_examined" />
108                                 <xs:element ref="shared:lymph_node_examined_count"/>   138                 <xs:element ref="number_of_lymphnodes_examined" />
109                                 <xs:element ref="shared:number_of_lymphnodes_positive_by_he"/>   139                 <xs:element ref="number_of_lymphnodes_positive_by_he" />
110                                 <xs:element ref="shared:number_of_lymphnodes_positive_by_ihc"/>   140                 <xs:element ref="number_of_lymphnodes_positive_by_ihc" />
 
117                                 <xs:element ref="shared:margin_status"/> <> 147                 <xs:element ref="margin_status" />
 
121                                 <xs:element ref="shared:lymphovascular_invasion_present"/> <> 151                 <xs:element ref="lymphovascular_invasion_present" />
 
123                                 <xs:element ref="shared:neoplasm_histologic_grade"/> <> 153                 <xs:element ref="tumor_grade" />
 
128                                 <xs:element ref="shared:stopped_smoking_year"/> <> 158                 <xs:element ref="year_of_tobacco_smoking_cessation" />
129                                 <xs:element ref="shared:number_pack_years_smoked"/>   159                 <xs:element ref="number_pack_years_smoked" />
 
135                                 <xs:element ref="clinical_cqcf"/> +-    
136                                 <xs:element name="follow_ups">      
137                                         <xs:annotation>      
138                                                 <xs:documentation>We are using namespaces and version numbers to distinguish one version of followup from another.</xs:documentation>      
139                                         </xs:annotation>      
140                                         <xs:complexType>      
141                                                 <xs:sequence>      
142                                                         <xs:element ref="follow_up_v1.0:follow_up_v1.0" minOccurs="0" maxOccurs="unbounded"/>      
 
146                         </xs:sequence> <> 168  
147                 </xs:complexType>      
148         </xs:element>      
149         <xs:element name="clinical_cqcf">   169     <xs:element name="tumor_grade" nillable="true">
 
151                         <xs:sequence> <> 171             <xs:simpleContent>
152                                 <xs:element ref="cqcf:frozen_specimen_anatomic_site"/>      
153                                 <xs:element ref="cqcf:history_of_prior_malignancy"/>      
154                                 <xs:element ref="cqcf:history_of_neoadjuvant_treatment"/>      
155                                 <xs:element ref="cqcf:consent_or_death_status"/>   172                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
156                                 <xs:choice>      
157                                         <xs:choice>      
158                                                 <xs:sequence>      
159                                                         <xs:element ref="cqcf:day_of_consent"/>   173                     <xs:enumeration value="" />
160                                                         <xs:element ref="cqcf:month_of_consent"/>      
161                                                         <xs:element ref="cqcf:year_of_consent"/>   174                     <xs:enumeration value="GX" />
162                                                 </xs:sequence>      
163                                                 <xs:element ref="cqcf:days_to_consent"/>      
164                                         </xs:choice>      
165                                         <xs:choice>      
166                                                 <xs:sequence>      
167                                                         <xs:element ref="shared:day_of_death"/>   175                     <xs:enumeration value="G1" />
168                                                         <xs:element ref="shared:month_of_death"/>   176                     <xs:enumeration value="G2" />
169                                                         <xs:element ref="shared:year_of_death"/>      
170                                                 </xs:sequence>      
171                                                 <xs:element ref="shared:days_to_death"/>      
172                                         </xs:choice>      
173                                 </xs:choice>      
174                                 <xs:element ref="cqcf:diagnosis_subtype"/>   177                     <xs:enumeration value="G3" />
175                                 <xs:element ref="shared:prior_diagnosis"/>   178                     <xs:enumeration value="G4" />
176                                 <xs:element ref="cqcf:normal_tissue_anatomic_site"/>      
177                                 <xs:element ref="cqcf:normal_tissue_proximity"/>   179                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2785839" />
178                                 <xs:element ref="cqcf:tumor_type"/>      
179                                 <xs:element ref="cqcf:histological_subtype" minOccurs="0"/>   180                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.11" />
180                                 <xs:element ref="cqcf:other_anatomic_site" minOccurs="0"/>   181                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
181                                 <xs:element ref="cqcf:country"/>   182                 </xs:restriction>
182                         </xs:sequence>   183             </xs:simpleContent>
 
    -+ 203     <xs:element name="number_pack_years_smoked" nillable="true">
      204         <xs:complexType mixed="true">
      205             <xs:simpleContent>
      206                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      207                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2955385" />
      208                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />
      209                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      210                 </xs:restriction>
      211             </xs:simpleContent>
      212         </xs:complexType>
      213     </xs:element>
 
    -+ 264     <xs:element name="margin_status" nillable="true">
      265         <xs:complexType>
      266             <xs:simpleContent>
      267                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      268                     <xs:enumeration value="" />
      269                     <xs:enumeration value="Negative" />
      270                     <xs:enumeration value="Close" />
      271                     <xs:enumeration value="Positive" />
      272                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3114007" />
      273                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />
      274                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      275                 </xs:restriction>
      276             </xs:simpleContent>
      277         </xs:complexType>
      278     </xs:element>
 
    -+ 353     <xs:element name="lymphovascular_invasion_present" nillable="true">
      354         <xs:complexType>
      355             <xs:simpleContent>
      356                 <xs:extension base="utility:yes_or_no">
      357                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      358                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="64727" />
      359                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />
      360                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      361                 </xs:extension>
      362             </xs:simpleContent>
      363         </xs:complexType>
      364     </xs:element>
 
    -+ 432     <xs:element name="year_of_tobacco_smoking_cessation" nillable="true">
      433         <xs:complexType mixed="true">
      434             <xs:simpleContent>
      435                 <xs:extension base="utility:generic_year">
      436                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      437                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2228610" />
      438                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />
      439                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      440                 </xs:extension>
      441             </xs:simpleContent>
      442         </xs:complexType>
      443     </xs:element>
 
    -+ 445     <xs:element name="lymphnodes_examined" nillable="true">
      446         <xs:complexType>
      447             <xs:simpleContent>
      448                 <xs:extension base="utility:yes_or_no">
      449                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      450                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2200396" />
      451                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />
      452                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      453                 </xs:extension>
      454             </xs:simpleContent>
      455         </xs:complexType>
      456     </xs:element>
 
    -+ 458     <xs:element name="number_of_lymphnodes_positive_by_he" nillable="true">
      459         <xs:complexType mixed="true">
      460             <xs:simpleContent>
      461                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      462                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3086388" />
      463                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />
      464                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      465                 </xs:restriction>
      466             </xs:simpleContent>
      467         </xs:complexType>
      468     </xs:element>
 
    -+ 483     <xs:element name="anatomic_organ_subdivision" nillable="true">
      484         <xs:complexType mixed="true">
      485             <xs:simpleContent>
      486                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      487                     <xs:enumeration value="" />
      488                     <xs:enumeration value="Oral Cavity" />
      489                     <xs:enumeration value="Lip" />
      490                     <xs:enumeration value="Oral Tongue" />
      491                     <xs:enumeration value="Alveolar Ridge" />
      492                     <xs:enumeration value="Floor of Mouth" />
      493                     <xs:enumeration value="Hard Palate" />
      494                     <xs:enumeration value="Buccal Mucosa" />
      495                     <xs:enumeration value="Oropharynx" />
      496                     <xs:enumeration value="Tonsil" />
      497                     <xs:enumeration value="Base of Tongue" />
      498                     <xs:enumeration value="Hypopharynx" />
      499                     <xs:enumeration value="Larynx" />
      500                     <xs:enumeration value="Other" />
      501                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3108203" />
      502                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />
      503                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      504                 </xs:restriction>
      505             </xs:simpleContent>
      506         </xs:complexType>
      507     </xs:element>
 
    -+ 599     <xs:element name="number_of_lymphnodes_examined" nillable="true">
      600         <xs:complexType mixed="true">
      601             <xs:simpleContent>
      602                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      603                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3" />
      604                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.1" />
      605                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      606                 </xs:restriction>
      607             </xs:simpleContent>
      608         </xs:complexType>
      609     </xs:element>
 
    -+ 611     <xs:element name="number_of_lymphnodes_positive_by_ihc" nillable="true">
      612         <xs:complexType mixed="true">
      613             <xs:simpleContent>
      614                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      615                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3086383" />
      616                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.1" />
      617                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      618                 </xs:restriction>
      619             </xs:simpleContent>
      620         </xs:complexType>
      621     </xs:element>

   
File: TCGA_BCR.HNSC_Clinical_FollowUp_v1.0.xsd  
1 <?xml version="1.0" encoding="utf-8" ?> +-    
 
4 <xs:schema elementFormDefault="qualified" version="2.5.0" +-    
5    xmlns:xs="http://www.w3.org/2001/XMLSchema"      
6    xmlns:shared="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5"      
7    xmlns:utility="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5"      
8    xmlns:admin="http://tcga.nci/bcr/xml/administration/2.5"      
9    xmlns="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/hnsc/followup/2.5/1.0"      
10    targetNamespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/hnsc/followup/2.5/1.0"      
11    xmlns:jaxb="http://java.sun.com/xml/ns/jaxb" jaxb:version="1.0" >      
 
13    <xs:import schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5/TCGA_BCR.Utility.xsd" namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5" /> +-    
14    <xs:import schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/administration/2.5/TCGA_BCR.Administration.xsd" namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/administration/2.5" />      
15    <xs:import schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5/TCGA_BCR.Shared_Clinical_Elements.xsd" namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5" />      
 
17    <xs:annotation> +-    
18       <xs:appinfo>      
19           <jaxb:globalBindings generateIsSetMethod="true" />      
20           <jaxb:schemaBindings>      
21               <jaxb:package name="nci.tcga.bcr.xml.jaxb.clinical.hnsc" />      
22           </jaxb:schemaBindings>      
23       </xs:appinfo>      
24    </xs:annotation>      
 
26    <xs:annotation> +-    
27       <xs:documentation xml:lang="en">Schema to define the elements of the TCGA Clinical Data Follow-up Form within the HNSC study.</xs:documentation>      
28    </xs:annotation>      
 
30    <xs:element name="follow_up_v1.0"> +-    
31       <xs:complexType>      
32          <xs:sequence>      
33            <xs:element ref="shared:bcr_patient_barcode" />      
34            <xs:element ref="shared:bcr_patient_uuid" />      
35            <xs:element ref="shared:vital_status" />      
36            <xs:choice>      
37               <xs:sequence>      
38                  <xs:element ref="shared:day_of_last_followup" />      
39                  <xs:element ref="shared:month_of_last_followup" />      
40                  <xs:element ref="shared:year_of_last_followup" />      
41               </xs:sequence>      
42               <xs:element ref="shared:days_to_last_followup" />      
43            </xs:choice>      
44            <xs:choice>      
45               <xs:sequence>      
46                  <xs:element ref="shared:day_of_death" />      
47                  <xs:element ref="shared:month_of_death" />      
48                  <xs:element ref="shared:year_of_death" />      
49               </xs:sequence>      
50               <xs:element ref="shared:days_to_death" />      
51            </xs:choice>      
52            <xs:element ref="shared:new_tumor_event_after_initial_treatment" />      
53            <xs:choice>      
54               <xs:sequence>      
55                  <xs:element ref="shared:day_of_new_tumor_event_after_initial_treatment" />      
56                  <xs:element ref="shared:month_of_new_tumor_event_after_initial_treatment" />      
57                  <xs:element ref="shared:year_of_new_tumor_event_after_initial_treatment" />      
58               </xs:sequence>      
59               <xs:element ref="shared:days_to_new_tumor_event_after_initial_treatment" />      
60            </xs:choice>      
61            <xs:element ref="shared:additional_surgery_locoregional_procedure" />      
62            <xs:choice>      
63               <xs:sequence>      
64                  <xs:element ref="shared:day_of_additional_surgery_locoregional_procedure" />      
65                  <xs:element ref="shared:month_of_additional_surgery_locoregional_procedure" />      
66                  <xs:element ref="shared:year_of_additional_surgery_locoregional_procedure" />      
67               </xs:sequence>      
68               <xs:element ref="shared:days_to_additional_surgery_locoregional_procedure" />      
69            </xs:choice>      
70            <xs:element ref="shared:person_neoplasm_cancer_status" />      
71            <xs:element ref="shared:additional_radiation_therapy" />      
72            <xs:element ref="shared:radiation_therapy" />      
73            <xs:element ref="shared:targeted_molecular_therapy" />      
74            <xs:element ref="shared:additional_pharmaceutical_therapy" />      
75            <xs:element ref="shared:additional_surgery_metastatic_procedure" />      
76            <xs:choice>      
77               <xs:sequence>      
78                  <xs:element ref="shared:day_of_additional_surgery_metastatic_procedure" />      
79                  <xs:element ref="shared:month_of_additional_surgery_metastatic_procedure" />      
80                  <xs:element ref="shared:year_of_additional_surgery_metastatic_procedure" />      
81               </xs:sequence>      
82               <xs:element ref="shared:days_to_additional_surgery_metastatic_procedure" />      
83            </xs:choice>      
84            <xs:choice>      
85               <xs:sequence>      
86                  <xs:element ref="shared:day_of_form_completion" />      
87                  <xs:element ref="shared:month_of_form_completion" />      
88                  <xs:element ref="shared:year_of_form_completion" />      
89               </xs:sequence>      
90               <xs:element ref="shared:days_to_form_completion" />      
91            </xs:choice>      
 
93            <xs:element ref="shared:followup_case_report_form_submission_reason" /> +-    
 
96            <xs:element ref="new_neoplasm_event_occurrence_anatomic_site" /> +-    
97            <xs:element ref="new_neoplasm_occurrence_anatomic_site_text" />      
98            <xs:element ref="primary_therapy_outcome_success" />      
99            <xs:element ref="shared:followup_treatment_success" />      
100         </xs:sequence>      
101         <xs:attribute name="version" type="xs:string" default="1.0" use="optional"/>      
102      </xs:complexType>      
103    </xs:element>      
 
107    <xs:element name="new_neoplasm_event_occurrence_anatomic_site" nillable="true"> +-    
108         <xs:complexType mixed="true">      
109             <xs:simpleContent>      
110                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
111                     <xs:enumeration value="" />      
112                     <xs:enumeration value="Anus" />      
113                     <xs:enumeration value="Bladder" />      
114                     <xs:enumeration value="Bone" />      
115                     <xs:enumeration value="Brain" />      
116                     <xs:enumeration value="Cervical Lymph Node" />      
117                     <xs:enumeration value="Cervix" />      
118                     <xs:enumeration value="Distant Metastasis " />      
119                     <xs:enumeration value="Head &amp; Neck" />      
120                     <xs:enumeration value="Hypopharynx" />      
121                     <xs:enumeration value="Larynx" />      
122                     <xs:enumeration value="Liver" />      
123                     <xs:enumeration value="Lung" />      
124                     <xs:enumeration value="Lymph Node Only" />      
125                     <xs:enumeration value="Non-regional / Distant Lymph Nodes" />      
126                     <xs:enumeration value="Not Applicable" />      
127                     <xs:enumeration value="Oral Cavity" />      
128                     <xs:enumeration value="Oropharynx" />      
129                     <xs:enumeration value="Other, specify" />      
130                     <xs:enumeration value="Peritoneal Surfaces" />      
131                     <xs:enumeration value="Renal Pelvis" />      
132                     <xs:enumeration value="Ureter" />      
133                     <xs:enumeration value="Urethra" />      
134                     <xs:enumeration value="Vulva" />      
135                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3108271" />      
136                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5" />      
137                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />      
138                 </xs:restriction>      
139             </xs:simpleContent>      
140         </xs:complexType>      
141     </xs:element>      
 
143     <xs:element name="new_neoplasm_occurrence_anatomic_site_text" nillable="true"> +-    
144         <xs:complexType>      
145             <xs:simpleContent>      
146                 <xs:extension base="xs:string">      
147                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />      
148                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3128033" />      
149                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5" />      
150                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />      
151                 </xs:extension>      
152             </xs:simpleContent>      
153         </xs:complexType>      
154     </xs:element>      
 
157     <xs:element name="primary_therapy_outcome_success" nillable="true"> +-    
158         <xs:complexType>      
159             <xs:simpleContent>      
160                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
161                     <xs:enumeration value="" />      
162                     <xs:enumeration value="Progressive Disease" />      
163                     <xs:enumeration value="Stable Disease" />      
164                     <xs:enumeration value="Partial Response" />      
165                     <xs:enumeration value="Complete Response" />      
166                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2786727" />      
167                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.11" />      
168                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />      
169                 </xs:restriction>      
170             </xs:simpleContent>      
171         </xs:complexType>      
172     </xs:element>      
 
174 </xs:schema> +-    

   
File: TCGA_BCR.KIRC_Clinical.xsd  
4 <xs:schema xmlns:xs="http://www.w3.org/2001/XMLSchema" xmlns:utility="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5" xmlns:admin="http://tcga.nci/bcr/xml/administration/2.5" xmlns:shared="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5" xmlns:kirc_kirp_shared="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/kirc_kirp/2.5" xmlns:rad="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/radiation/2.5" xmlns:rx="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/pharmaceutical/2.5" xmlns:cqcf="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/cqcf/2.5" xmlns:kirc_shared="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/kirc/shared/2.5" xmlns:follow_up_v1.0="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/kirc/followup/2.5/1.0" xmlns="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/kirc/2.5" xmlns:jaxb="http://java.sun.com/xml/ns/jaxb" targetNamespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/kirc/2.5" elementFormDefault="qualified" version="2.5.0" jaxb:version="1.0"> <> 3  
      4 <xs:schema elementFormDefault="qualified" version="2.4.4"
      5   xmlns:xs="http://www.w3.org/2001/XMLSchema"
      6   xmlns:utility="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.4"
      7   xmlns:admin="http://tcga.nci/bcr/xml/administration/2.4"
      8   xmlns:shared="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.4"
      9   xmlns:rad="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/radiation/2.4"
      10   xmlns:rx="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/pharmaceutical/2.4"
      11   xmlns="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/kirc/2.4"
      12   targetNamespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/kirc/2.4"
      13   xmlns:jaxb="http://java.sun.com/xml/ns/jaxb" jaxb:version="1.0">
 
16         <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5/TCGA_BCR.Utility.xsd"/> <> 28     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.4" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/utility/2.4/TCGA_BCR.Utility.xsd" />
17         <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/administration/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/administration/2.5/TCGA_BCR.Administration.xsd"/>   29     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/administration/2.4" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/administration/2.4/TCGA_BCR.Administration.xsd" />
18         <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5/TCGA_BCR.Shared_Clinical_Elements.xsd"/>   30     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.4" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.4/TCGA_BCR.Shared_Clinical_Elements.xsd" />
19         <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/radiation/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/radiation/2.5/TCGA_BCR.Radiation.xsd"/>   31     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/radiation/2.4" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/radiation/2.4/TCGA_BCR.Radiation.xsd" />
20         <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/pharmaceutical/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/pharmaceutical/2.5/TCGA_BCR.Pharmaceutical.xsd"/>   32     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/pharmaceutical/2.4" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/pharmaceutical/2.4/TCGA_BCR.Pharmaceutical.xsd" />
21         <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/cqcf/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/cqcf/2.5/TCGA_BCR.CQCF.xsd"/>   33    
22         <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/kirc/followup/2.5/1.0" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/kirc/followup/2.5/TCGA_BCR.KIRC_Clinical_FollowUp_v1.0.xsd"/>      
23         <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/kirc_kirp/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5/TCGA_BCR.Shared_Clinical_KIRC_KIRP_Elements.xsd"/>      
 
30                         <xs:attribute name="schemaVersion" type="xs:decimal" use="required" fixed="2.5"/> <> 41             <xs:attribute name="schemaVersion" type="xs:decimal" use="required" fixed="2.4"/>
 
37                                 <xs:element ref="kirc_kirp_shared:histological_type"/> <> 49                 <xs:element ref="histological_type" />
 
106                                 <xs:element ref="kirc_kirp_shared:tumor_stage"/> <> 135                 <xs:element ref="laterality" />
107                                 <xs:element ref="kirc_kirp_shared:primary_tumor_pathologic_spread"/>   136                 <xs:element ref="lactate_dehydrogenase_result" />
108                                 <xs:element ref="kirc_kirp_shared:lymphnode_pathologic_spread"/>   137                 <xs:element ref="serum_calcium_result" />
109                                 <xs:element ref="kirc_kirp_shared:distant_metastasis_pathologic_spread"/>      
110                                 <xs:element ref="kirc_kirp_shared:laterality"/>   138                 <xs:element ref="hemoglobin_result" />
111                                 <xs:element ref="shared:lactate_dehydrogenase_result"/>   139                 <xs:element ref="platelet_qualitative_result" />
112                                 <xs:element ref="kirc_kirp_shared:serum_calcium_result"/>   140                 <xs:element ref="white_cell_count_result" />
113                                 <xs:element ref="kirc_kirp_shared:hemoglobin_result"/>   141                 <xs:element ref="erythrocyte_sedimentation_rate_result" />
114                                 <xs:element ref="kirc_kirp_shared:platelet_qualitative_result"/>   142                 <xs:element ref="number_of_lymphnodes_examined" />
115                                 <xs:element ref="kirc_kirp_shared:white_cell_count_result"/>   143                 <xs:element ref="number_of_lymphnodes_positive" />
116                                 <xs:element ref="kirc_kirp_shared:erythrocyte_sedimentation_rate_result"/>   144                 <xs:element ref="primary_tumor_pathologic_spread" />
117                                 <xs:element ref="shared:lymph_node_examined_count"/>   145                 <xs:element ref="lymphnode_pathologic_spread" />
118                                 <xs:element ref="kirc_kirp_shared:number_of_lymphnodes_positive"/>   146                 <xs:element ref="distant_metastasis_pathologic_spread" />
119                                 <xs:element ref="shared:karnofsky_performance_score"/>   147                 <xs:element ref="karnofsky_performance_score" />
120                                 <xs:element ref="shared:eastern_cancer_oncology_group"/>   148                 <xs:element ref="eastern_cancer_oncology_group" />
121                                 <xs:element ref="shared:primary_lymph_node_presentation_assessment"/>   149                 <xs:element ref="lymphnodes_examined_prior_presentation" />
122                                 <xs:element ref="shared:neoplasm_histologic_grade"/>   150                 <xs:element ref="tumor_grade" />
      151                 <xs:element ref="tumor_stage" />
 
    <> 154             </xs:sequence>
      155         </xs:complexType>
125                                 <xs:element ref="clinical_cqcf"/>   156     </xs:element>
 
126                                 <xs:element name="follow_ups"> <> 158     <xs:element name="histological_type" nillable="true">
      159         <xs:complexType mixed="true">
127                                         <xs:annotation>   160             <xs:simpleContent>
128                                                 <xs:documentation>We are using namespaces and version numbers to distinguish one version of followup from another.</xs:documentation>   161                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      162                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3081934" />
      163                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.9" />
      164                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      165                 </xs:restriction>
129                                         </xs:annotation>   166             </xs:simpleContent>
      167         </xs:complexType>
      168     </xs:element>
 
    -+ 170     <xs:element name="primary_therapy_outcome_success" nillable="true">
 
    <> 172             <xs:simpleContent>
      173                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      174                     <xs:enumeration value="" />
      175                     <xs:enumeration value="PROGRESSIVE DISEASE" />
      176                     <xs:enumeration value="STABLE DISEASE" />
      177                     <xs:enumeration value="PARTIAL RESPONSE" />
      178                     <xs:enumeration value="COMPLETE RESPONSE" />
      179                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2786727" />
      180                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.11" />
      181                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      182                 </xs:restriction>
      183             </xs:simpleContent>
      184         </xs:complexType>
131                                                 <xs:sequence>   185     </xs:element>
 
132                                                         <xs:element ref="follow_up_v1.0:follow_up_v1.0" minOccurs="0" maxOccurs="unbounded"/> <> 187     <xs:element name="karnofsky_performance_score" nillable="true">
      188         <xs:complexType>
      189             <xs:simpleContent>
      190                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      191                     <xs:enumeration value="" />
      192                     <xs:enumeration value="0" />
      193                     <xs:enumeration value="10" />
      194                     <xs:enumeration value="20" />
      195                     <xs:enumeration value="30" />
      196                     <xs:enumeration value="40" />
      197                     <xs:enumeration value="50" />
      198                     <xs:enumeration value="60" />
      199                     <xs:enumeration value="70" />
      200                     <xs:enumeration value="80" />
      201                     <xs:enumeration value="90" />
      202                     <xs:enumeration value="100" />
      203                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2003853" />
      204                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.8" />
      205                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
133                                                 </xs:sequence>   206                 </xs:restriction>
      207             </xs:simpleContent>
 
    <> 211     <xs:element name="eastern_cancer_oncology_group">
      212         <xs:complexType>
      213             <xs:simpleContent>
      214                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      215                     <xs:enumeration value="" />
      216                     <xs:enumeration value="0" />
      217                     <xs:enumeration value="1" />
      218                     <xs:enumeration value="2" />
      219                     <xs:enumeration value="3" />
      220                     <xs:enumeration value="4" />
      221                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="88" />
      222                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.9" />
      223                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      224                 </xs:restriction>
      225             </xs:simpleContent>
      226         </xs:complexType>
136                         </xs:sequence>   227     </xs:element>
 
    -+ 229     <xs:element name="primary_tumor_pathologic_spread" nillable="true">
      230         <xs:complexType>
      231             <xs:simpleContent>
      232                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      233                     <xs:enumeration value="" />
      234                     <xs:enumeration value="TX" />
      235                     <xs:enumeration value="T0" />
      236                     <xs:enumeration value="T1" />
      237                     <xs:enumeration value="T1a" />
      238                     <xs:enumeration value="T1b" />
      239                     <xs:enumeration value="T2" />
      240                     <xs:enumeration value="T2a" />
      241                     <xs:enumeration value="T2b" />
      242                     <xs:enumeration value="T3" />
      243                     <xs:enumeration value="T3a" />
      244                     <xs:enumeration value="T3b" />
      245                     <xs:enumeration value="T3c" />
      246                     <xs:enumeration value="T4" />
      247                     <xs:enumeration value="T4a" />
      248                     <xs:enumeration value="T4b" />
      249                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3045435" />
      250                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.1" />
      251                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      252                 </xs:restriction>
      253             </xs:simpleContent>
 
    <> 257     <xs:element name="lymphnode_pathologic_spread" nillable="true">
      258         <xs:complexType>
      259             <xs:simpleContent>
      260                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
139         <xs:element name="clinical_cqcf">   261                     <xs:enumeration value="" />
      262                     <xs:enumeration value="NX" />
      263                     <xs:enumeration value="N0" />
      264                     <xs:enumeration value="N1" />
      265                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3065858" />
      266                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.1" />
      267                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      268                 </xs:restriction>
      269             </xs:simpleContent>
      270         </xs:complexType>
      271     </xs:element>
 
    -+ 273     <xs:element name="distant_metastasis_pathologic_spread" nillable="true">
 
    <> 275             <xs:simpleContent>
      276                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      277                     <xs:enumeration value="" />
      278                     <xs:enumeration value="M0" />
      279                     <xs:enumeration value="M1" />
      280                     <xs:enumeration value="MX" />
      281                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3045439" />
      282                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.1" />
      283                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      284                 </xs:restriction>
      285             </xs:simpleContent>
      286         </xs:complexType>
141                         <xs:sequence>   287     </xs:element>
 
    <> 289     <xs:element name="lymphnodes_examined_prior_presentation">
      290         <xs:complexType mixed="true">
      291             <xs:simpleContent>
142                                 <xs:element ref="shared:anatomic_organ_subdivision"/>   292                 <xs:extension base="utility:yes_or_no">
143                                 <xs:element ref="cqcf:history_of_prior_malignancy"/>   293                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      294                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2200396" />
144                                 <xs:element ref="cqcf:history_of_neoadjuvant_treatment"/>   295                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.1" />
      296                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      297                 </xs:extension>
      298             </xs:simpleContent>
      299         </xs:complexType>
      300     </xs:element>
 
    <> 302     <xs:element name="number_of_lymphnodes_examined" nillable="true">
      303         <xs:complexType mixed="true">
      304             <xs:simpleContent>
145                                 <xs:element ref="cqcf:consent_or_death_status"/>   305                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      306                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3" />
      307                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.1" />
      308                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
146                                 <xs:choice>   309                 </xs:restriction>
      310             </xs:simpleContent>
      311         </xs:complexType>
      312     </xs:element>
 
    <> 314     <xs:element name="number_of_lymphnodes_positive" nillable="true">
      315         <xs:complexType mixed="true">
      316             <xs:simpleContent>
      317                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      318                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="89" />
      319                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.1" />
      320                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
147                                         <xs:choice>   321                 </xs:restriction>
      322             </xs:simpleContent>
      323         </xs:complexType>
148                                                 <xs:sequence>   324     </xs:element>
 
    <> 326     <xs:element name="erythrocyte_sedimentation_rate_result" nillable="true">
      327         <xs:complexType>
      328             <xs:simpleContent>
      329                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      330                     <xs:enumeration value="" />
149                                                         <xs:element ref="cqcf:day_of_consent"/>   331                     <xs:enumeration value="Elevated" />
      332                     <xs:enumeration value="Normal" />
      333                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3104952" />
      334                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.1" />
      335                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      336                 </xs:restriction>
      337             </xs:simpleContent>
      338         </xs:complexType>
      339     </xs:element>
 
150                                                         <xs:element ref="cqcf:month_of_consent"/> <> 341     <xs:element name="white_cell_count_result" nillable="true">
      342         <xs:complexType>
      343             <xs:simpleContent>
      344                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      345                     <xs:enumeration value="" />
151                                                         <xs:element ref="cqcf:year_of_consent"/>   346                     <xs:enumeration value="Elevated" />
      347                     <xs:enumeration value="Normal" />
      348                     <xs:enumeration value="Low" />
      349                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3104948" />
      350                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.1" />
      351                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      352                 </xs:restriction>
      353             </xs:simpleContent>
      354         </xs:complexType>
152                                                 </xs:sequence>   355     </xs:element>
 
    <> 357     <xs:element name="platelet_qualitative_result" nillable="true">
      358         <xs:complexType>
      359             <xs:simpleContent>
      360                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      361                     <xs:enumeration value="" />
153                                                 <xs:element ref="cqcf:days_to_consent"/>   362                     <xs:enumeration value="Elevated" />
      363                     <xs:enumeration value="Normal" />
      364                     <xs:enumeration value="Low" />
      365                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3104944" />
      366                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.1" />
      367                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
154                                         </xs:choice>   368                 </xs:restriction>
      369             </xs:simpleContent>
155                                         <xs:choice>   370         </xs:complexType>
156                                                 <xs:sequence>   371     </xs:element>
 
    <> 373     <xs:element name="hemoglobin_result" nillable="true">
      374         <xs:complexType>
      375             <xs:simpleContent>
      376                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      377                     <xs:enumeration value="" />
157                                                         <xs:element ref="shared:day_of_death"/>   378                     <xs:enumeration value="Elevated" />
158                                                         <xs:element ref="shared:month_of_death"/>   379                     <xs:enumeration value="Normal" />
      380                     <xs:enumeration value="Low" />
      381                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3113466" />
159                                                         <xs:element ref="shared:year_of_death"/>   382                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.1" />
      383                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      384                 </xs:restriction>
      385             </xs:simpleContent>
      386         </xs:complexType>
160                                                 </xs:sequence>   387     </xs:element>
 
    <> 389     <xs:element name="serum_calcium_result" nillable="true">
      390         <xs:complexType>
      391             <xs:simpleContent>
      392                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      393                     <xs:enumeration value="" />
161                                                 <xs:element ref="shared:days_to_death"/>   394                     <xs:enumeration value="Elevated" />
      395                     <xs:enumeration value="Normal" />
      396                     <xs:enumeration value="Low" />
      397                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3113470" />
      398                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.1" />
      399                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
162                                         </xs:choice>   400                 </xs:restriction>
      401             </xs:simpleContent>
163                                 </xs:choice>   402         </xs:complexType>
      403     </xs:element>
 
    <> 405     <xs:element name="lactate_dehydrogenase_result" nillable="true">
      406         <xs:complexType>
      407             <xs:simpleContent>
      408                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      409                     <xs:enumeration value="" />
      410                     <xs:enumeration value="Elevated" />
      411                     <xs:enumeration value="Normal" />
      412                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3113468" />
164                                 <xs:element ref="cqcf:diagnosis_subtype"/>   413                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.1" />
165                                 <xs:element ref="shared:prior_diagnosis"/>   414                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      415                 </xs:restriction>
      416             </xs:simpleContent>
      417         </xs:complexType>
      418     </xs:element>
 
166                                 <xs:element ref="cqcf:normal_tissue_anatomic_site"/> <> 420     <xs:element name="laterality" nillable="true">
      421         <xs:complexType>
      422             <xs:simpleContent>
167                                 <xs:element ref="cqcf:normal_tissue_proximity"/>   423                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      424                     <xs:enumeration value="" />
      425                     <xs:enumeration value="Right" />
168                                 <xs:element ref="cqcf:tumor_type"/>   426                     <xs:enumeration value="Left" />
      427                     <xs:enumeration value="Bilateral" />
169                                 <xs:element ref="cqcf:histological_subtype" minOccurs="0"/>   428                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="827" />
      429                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.1" />
      430                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      431                 </xs:restriction>
      432             </xs:simpleContent>
      433         </xs:complexType>
      434     </xs:element>
 
170                                 <xs:element ref="cqcf:other_anatomic_site" minOccurs="0"/> <> 436     <xs:element name="tumor_grade" nillable="true">
      437         <xs:complexType>
      438             <xs:simpleContent>
      439                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
171                                 <xs:element ref="cqcf:country"/>   440                     <xs:enumeration value="" />
      441                     <xs:enumeration value="GX" />
      442                     <xs:enumeration value="G1" />
      443                     <xs:enumeration value="G2" />
      444                     <xs:enumeration value="G3" />
      445                     <xs:enumeration value="G4" />
      446                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2785839" />
      447                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.11" />
      448                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      449                 </xs:restriction>
      450             </xs:simpleContent>
      451         </xs:complexType>
172                         </xs:sequence>   452     </xs:element>
 
    -+ 454     <xs:element name="tumor_stage" nillable="true">
      455         <xs:complexType>
      456             <xs:simpleContent>
      457                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      458                     <xs:enumeration value="" />
      459                     <xs:enumeration value="Stage I" />
      460                     <xs:enumeration value="Stage II" />
      461                     <xs:enumeration value="Stage III" />
      462                     <xs:enumeration value="Stage IV" />
      463                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3065862" />
      464                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.11" />
      465                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      466                 </xs:restriction>
      467             </xs:simpleContent>

   
File: TCGA_BCR.KIRC_Clinical_FollowUp_v1.0.xsd  
1 <?xml version="1.0" encoding="utf-8" ?> +-    
 
3 <xs:schema elementFormDefault="qualified" version="2.5.0" +-    
4    xmlns:xs="http://www.w3.org/2001/XMLSchema"      
5    xmlns:shared="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5"      
6    xmlns:utility="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5"      
7    xmlns:admin="http://tcga.nci/bcr/xml/administration/2.5"      
8    xmlns:kirc_shared="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/kirc/shared/2.5"      
9    xmlns="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/kirc/followup/2.5/1.0"      
10    targetNamespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/kirc/followup/2.5/1.0"      
11    xmlns:jaxb="http://java.sun.com/xml/ns/jaxb" jaxb:version="1.0" >      
 
13    <xs:import schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5/TCGA_BCR.Utility.xsd" namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5" /> +-    
14    <xs:import schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/administration/2.5/TCGA_BCR.Administration.xsd" namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/administration/2.5" />      
15    <xs:import schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5/TCGA_BCR.Shared_Clinical_Elements.xsd" namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5" />      
 
17    <xs:annotation> +-    
18       <xs:appinfo>      
19           <jaxb:globalBindings generateIsSetMethod="true" />      
20           <jaxb:schemaBindings>      
21               <jaxb:package name="nci.tcga.bcr.xml.jaxb.clinical.kirc" />      
22           </jaxb:schemaBindings>      
23       </xs:appinfo>      
24    </xs:annotation>      
 
26    <xs:annotation> +-    
27       <xs:documentation xml:lang="en">Schema to define the elements of the TCGA Clinical Data Follow-up Form within the KIRC study.</xs:documentation>      
28    </xs:annotation>      
 
30    <xs:element name="follow_up_v1.0"> +-    
31       <xs:complexType>      
32          <xs:sequence>      
33            <xs:element ref="shared:bcr_patient_barcode" />      
34            <xs:element ref="shared:bcr_patient_uuid" />      
35            <xs:element ref="shared:vital_status" />      
36            <xs:choice>      
37               <xs:sequence>      
38                  <xs:element ref="shared:day_of_last_followup" />      
39                  <xs:element ref="shared:month_of_last_followup" />      
40                  <xs:element ref="shared:year_of_last_followup" />      
41               </xs:sequence>      
42               <xs:element ref="shared:days_to_last_followup" />      
43            </xs:choice>      
44            <xs:choice>      
45               <xs:sequence>      
46                  <xs:element ref="shared:day_of_death" />      
47                  <xs:element ref="shared:month_of_death" />      
48                  <xs:element ref="shared:year_of_death" />      
49               </xs:sequence>      
50               <xs:element ref="shared:days_to_death" />      
51            </xs:choice>      
52            <xs:choice>      
53               <xs:sequence>      
54                  <xs:element ref="shared:day_of_new_tumor_event_after_initial_treatment" />      
55                  <xs:element ref="shared:month_of_new_tumor_event_after_initial_treatment" />      
56                  <xs:element ref="shared:year_of_new_tumor_event_after_initial_treatment" />      
57               </xs:sequence>      
58               <xs:element ref="shared:days_to_new_tumor_event_after_initial_treatment" />      
59            </xs:choice>      
60            <xs:element ref="shared:additional_surgery_locoregional_procedure" />      
61            <xs:choice>      
62               <xs:sequence>      
63                  <xs:element ref="shared:day_of_additional_surgery_locoregional_procedure" />      
64                  <xs:element ref="shared:month_of_additional_surgery_locoregional_procedure" />      
65                  <xs:element ref="shared:year_of_additional_surgery_locoregional_procedure" />      
66               </xs:sequence>      
67               <xs:element ref="shared:days_to_additional_surgery_locoregional_procedure" />      
68            </xs:choice>      
69            <xs:element ref="shared:person_neoplasm_cancer_status" />      
70            <xs:element ref="shared:additional_radiation_therapy" />      
71            <xs:element ref="shared:targeted_molecular_therapy" />      
72            <xs:element ref="shared:additional_pharmaceutical_therapy" />      
73            <xs:element ref="shared:additional_surgery_metastatic_procedure" />      
74            <xs:choice>      
75               <xs:sequence>      
76                  <xs:element ref="shared:day_of_additional_surgery_metastatic_procedure" />      
77                  <xs:element ref="shared:month_of_additional_surgery_metastatic_procedure" />      
78                  <xs:element ref="shared:year_of_additional_surgery_metastatic_procedure" />      
79               </xs:sequence>      
80               <xs:element ref="shared:days_to_additional_surgery_metastatic_procedure" />      
81            </xs:choice>      
82            <xs:choice>      
83               <xs:sequence>      
84                  <xs:element ref="shared:day_of_form_completion" />      
85                  <xs:element ref="shared:month_of_form_completion" />      
86                  <xs:element ref="shared:year_of_form_completion" />      
87               </xs:sequence>      
88               <xs:element ref="shared:days_to_form_completion" />      
89            </xs:choice>      
 
91            <xs:element ref="shared:followup_case_report_form_submission_reason" /> +-    
 
94            <xs:element ref="shared:karnofsky_performance_score" /> +-    
95            <xs:element ref="shared:eastern_cancer_oncology_group" />      
96            <xs:element ref="shared:performance_status_scale_timing" />      
97         </xs:sequence>      
98         <xs:attribute name="version" type="xs:string" default="1.0" use="optional"/>      
99      </xs:complexType>      
100    </xs:element>      
101 </xs:schema>      

   
File: TCGA_BCR.KIRP_Clinical.xsd  
4 <xs:schema xmlns:xs="http://www.w3.org/2001/XMLSchema" xmlns:utility="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5" xmlns:admin="http://tcga.nci/bcr/xml/administration/2.5" xmlns:shared="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5" xmlns:kirc_kirp_shared="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/kirc_kirp/2.5" xmlns:rad="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/radiation/2.5" xmlns:rx="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/pharmaceutical/2.5" xmlns:follow_up_v1.0="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/kirp/followup/2.5/1.0" xmlns:cqcf="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/cqcf/2.5" xmlns="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/kirp/2.5" xmlns:jaxb="http://java.sun.com/xml/ns/jaxb" targetNamespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/kirp/2.5" elementFormDefault="qualified" version="2.5.2" jaxb:version="1.0"> <> 3  
      4 <xs:schema elementFormDefault="qualified" version="2.4.4"
      5   xmlns:xs="http://www.w3.org/2001/XMLSchema"
      6   xmlns:utility="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.4"
      7   xmlns:admin="http://tcga.nci/bcr/xml/administration/2.4"
      8   xmlns:shared="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.4"
      9   xmlns:rad="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/radiation/2.4"
      10   xmlns:rx="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/pharmaceutical/2.4"
      11   xmlns="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/kirp/2.4"
      12   targetNamespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/kirp/2.4"
      13   xmlns:jaxb="http://java.sun.com/xml/ns/jaxb" jaxb:version="1.0">
 
16         <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5/TCGA_BCR.Utility.xsd"/> <> 28     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.4" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/utility/2.4/TCGA_BCR.Utility.xsd" />
17         <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/administration/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/administration/2.5/TCGA_BCR.Administration.xsd"/>   29     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/administration/2.4" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/administration/2.4/TCGA_BCR.Administration.xsd" />
18         <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5/TCGA_BCR.Shared_Clinical_Elements.xsd"/>   30     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.4" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.4/TCGA_BCR.Shared_Clinical_Elements.xsd" />
19         <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/radiation/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/radiation/2.5/TCGA_BCR.Radiation.xsd"/>   31     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/radiation/2.4" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/radiation/2.4/TCGA_BCR.Radiation.xsd" />
20         <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/pharmaceutical/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/pharmaceutical/2.5/TCGA_BCR.Pharmaceutical.xsd"/>   32     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/pharmaceutical/2.4" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/pharmaceutical/2.4/TCGA_BCR.Pharmaceutical.xsd" />
21         <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/cqcf/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/cqcf/2.5/TCGA_BCR.CQCF.xsd"/>   33  
22         <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/kirp/followup/2.5/1.0" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/kirp/followup/2.5/TCGA_BCR.KIRP_Clinical_FollowUp_v1.0.xsd"/>      
23         <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/kirc_kirp/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5/TCGA_BCR.Shared_Clinical_KIRC_KIRP_Elements.xsd"/>      
 
30                         <xs:attribute name="schemaVersion" type="xs:decimal" use="required" fixed="2.5"/> <> 41             <xs:attribute name="schemaVersion" type="xs:decimal" use="required" fixed="2.4"/>
 
37                                 <xs:element ref="kirc_kirp_shared:histological_type"/> <> 49                 <xs:element ref="histological_type" />
 
106                                 <xs:element ref="kirc_kirp_shared:laterality"/> <> 135                 <xs:element ref="laterality" />
107                                 <xs:element ref="shared:lactate_dehydrogenase_result"/>   136                 <xs:element ref="lactate_dehydrogenase_result" />
108                                 <xs:element ref="kirc_kirp_shared:serum_calcium_result"/>   137                 <xs:element ref="serum_calcium_result" />
109                                 <xs:element ref="kirc_kirp_shared:hemoglobin_result"/>   138                 <xs:element ref="hemoglobin_result" />
110                                 <xs:element ref="kirc_kirp_shared:platelet_qualitative_result"/>   139                 <xs:element ref="platelet_qualitative_result" />
111                                 <xs:element ref="kirc_kirp_shared:white_cell_count_result"/>   140                 <xs:element ref="white_cell_count_result" />
112                                 <xs:element ref="kirc_kirp_shared:erythrocyte_sedimentation_rate_result"/>   141                 <xs:element ref="erythrocyte_sedimentation_rate_result" />
113                                 <xs:element ref="shared:lymph_node_examined_count"/>   142                 <xs:element ref="number_of_lymphnodes_examined" />
114                                 <xs:element ref="kirc_kirp_shared:number_of_lymphnodes_positive"/>   143                 <xs:element ref="number_of_lymphnodes_positive" />
115                                 <xs:element ref="kirc_kirp_shared:primary_tumor_pathologic_spread"/>   144                 <xs:element ref="primary_tumor_pathologic_spread" />
116                                 <xs:element ref="kirc_kirp_shared:lymphnode_pathologic_spread"/>   145                 <xs:element ref="lymphnode_pathologic_spread" />
117                                 <xs:element ref="kirc_kirp_shared:distant_metastasis_pathologic_spread"/>   146                 <xs:element ref="distant_metastasis_pathologic_spread" />
118                                 <xs:element ref="shared:karnofsky_performance_score"/>   147                 <xs:element ref="karnofsky_performance_score" />
119                                 <xs:element ref="shared:eastern_cancer_oncology_group"/>   148                 <xs:element ref="eastern_cancer_oncology_group" />
120                                 <xs:element ref="shared:primary_lymph_node_presentation_assessment"/>   149                 <xs:element ref="lymphnodes_examined_prior_presentation" />
 
122                                 <xs:element ref="kirc_kirp_shared:tumor_stage"/> <> 151                 <xs:element ref="tumor_stage" />
 
    <> 154             </xs:sequence>
      155         </xs:complexType>
125                                 <xs:element ref="clinical_cqcf"/>   156     </xs:element>
 
126                                 <xs:element name="follow_ups"> <> 158     <xs:element name="histological_type" nillable="true">
      159         <xs:complexType mixed="true">
127                                         <xs:annotation>   160             <xs:simpleContent>
128                                                 <xs:documentation>We are using namespaces and version numbers to distinguish one version of followup from another.</xs:documentation>   161                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      162                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3081934" />
      163                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.9" />
      164                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      165                 </xs:restriction>
129                                         </xs:annotation>   166             </xs:simpleContent>
      167         </xs:complexType>
      168     </xs:element>
 
    -+ 170     <xs:element name="primary_therapy_outcome_success" nillable="true">
 
131                                                 <xs:sequence> <> 172             <xs:simpleContent>
      173                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      174                     <xs:enumeration value="" />
      175                     <xs:enumeration value="PROGRESSIVE DISEASE" />
      176                     <xs:enumeration value="STABLE DISEASE" />
      177                     <xs:enumeration value="PARTIAL RESPONSE" />
      178                     <xs:enumeration value="COMPLETE RESPONSE" />
      179                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2786727" />
132                                                         <xs:element ref="follow_up_v1.0:follow_up_v1.0" minOccurs="0" maxOccurs="unbounded"/>   180                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.11" />
      181                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
133                                                 </xs:sequence>   182                 </xs:restriction>
      183             </xs:simpleContent>
 
    <> 187     <xs:element name="karnofsky_performance_score" nillable="true">
      188         <xs:complexType>
      189             <xs:simpleContent>
      190                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      191                     <xs:enumeration value="" />
      192                     <xs:enumeration value="0" />
      193                     <xs:enumeration value="10" />
      194                     <xs:enumeration value="20" />
      195                     <xs:enumeration value="30" />
      196                     <xs:enumeration value="40" />
      197                     <xs:enumeration value="50" />
      198                     <xs:enumeration value="60" />
      199                     <xs:enumeration value="70" />
      200                     <xs:enumeration value="80" />
      201                     <xs:enumeration value="90" />
      202                     <xs:enumeration value="100" />
      203                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2003853" />
      204                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.8" />
      205                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
136                         </xs:sequence>   206                 </xs:restriction>
      207             </xs:simpleContent>
 
139         <xs:element name="clinical_cqcf"> <> 211     <xs:element name="eastern_cancer_oncology_group">
 
    <> 213             <xs:simpleContent>
      214                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      215                     <xs:enumeration value="" />
      216                     <xs:enumeration value="0" />
      217                     <xs:enumeration value="1" />
      218                     <xs:enumeration value="2" />
      219                     <xs:enumeration value="3" />
      220                     <xs:enumeration value="4" />
      221                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="88" />
      222                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.9" />
      223                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      224                 </xs:restriction>
      225             </xs:simpleContent>
      226         </xs:complexType>
141                         <xs:sequence>   227     </xs:element>
 
142                                 <xs:element ref="shared:anatomic_organ_subdivision"/> <> 229     <xs:element name="primary_tumor_pathologic_spread" nillable="true">
      230         <xs:complexType>
      231             <xs:simpleContent>
143                                 <xs:element ref="cqcf:history_of_prior_malignancy"/>   232                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      233                     <xs:enumeration value="" />
      234                     <xs:enumeration value="TX" />
      235                     <xs:enumeration value="T0" />
      236                     <xs:enumeration value="T1" />
      237                     <xs:enumeration value="T1a" />
      238                     <xs:enumeration value="T1b" />
      239                     <xs:enumeration value="T2" />
      240                     <xs:enumeration value="T2a" />
      241                     <xs:enumeration value="T2b" />
      242                     <xs:enumeration value="T3" />
      243                     <xs:enumeration value="T3a" />
      244                     <xs:enumeration value="T3b" />
      245                     <xs:enumeration value="T3c" />
      246                     <xs:enumeration value="T4" />
      247                     <xs:enumeration value="T4a" />
      248                     <xs:enumeration value="T4b" />
      249                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3045435" />
144                                 <xs:element ref="cqcf:history_of_neoadjuvant_treatment"/>   250                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.1" />
145                                 <xs:element ref="cqcf:consent_or_death_status"/>   251                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
146                                 <xs:choice>   252                 </xs:restriction>
      253             </xs:simpleContent>
      254         </xs:complexType>
      255     </xs:element>
 
    <> 257     <xs:element name="lymphnode_pathologic_spread" nillable="true">
      258         <xs:complexType>
      259             <xs:simpleContent>
      260                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      261                     <xs:enumeration value="" />
      262                     <xs:enumeration value="NX" />
      263                     <xs:enumeration value="N0" />
      264                     <xs:enumeration value="N1" />
      265                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3065858" />
      266                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.1" />
      267                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
147                                         <xs:choice>   268                 </xs:restriction>
      269             </xs:simpleContent>
      270         </xs:complexType>
148                                                 <xs:sequence>   271     </xs:element>
 
    <> 273     <xs:element name="distant_metastasis_pathologic_spread" nillable="true">
      274         <xs:complexType>
      275             <xs:simpleContent>
      276                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
149                                                         <xs:element ref="cqcf:day_of_consent"/>   277                     <xs:enumeration value="" />
      278                     <xs:enumeration value="M0" />
      279                     <xs:enumeration value="M1" />
      280                     <xs:enumeration value="MX" />
      281                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3045439" />
      282                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.1" />
      283                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      284                 </xs:restriction>
      285             </xs:simpleContent>
      286         </xs:complexType>
      287     </xs:element>
 
150                                                         <xs:element ref="cqcf:month_of_consent"/> <> 289     <xs:element name="lymphnodes_examined_prior_presentation">
      290         <xs:complexType mixed="true">
      291             <xs:simpleContent>
151                                                         <xs:element ref="cqcf:year_of_consent"/>   292                 <xs:extension base="utility:yes_or_no">
      293                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      294                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2200396" />
      295                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.1" />
      296                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      297                 </xs:extension>
      298             </xs:simpleContent>
      299         </xs:complexType>
152                                                 </xs:sequence>   300     </xs:element>
 
    <> 302     <xs:element name="number_of_lymphnodes_examined" nillable="true">
      303         <xs:complexType mixed="true">
      304             <xs:simpleContent>
      305                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
153                                                 <xs:element ref="cqcf:days_to_consent"/>   306                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3" />
      307                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.1" />
      308                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
154                                         </xs:choice>   309                 </xs:restriction>
      310             </xs:simpleContent>
      311         </xs:complexType>
      312     </xs:element>
 
    <> 314     <xs:element name="number_of_lymphnodes_positive" nillable="true">
      315         <xs:complexType mixed="true">
      316             <xs:simpleContent>
      317                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      318                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="89" />
      319                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.1" />
      320                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
155                                         <xs:choice>   321                 </xs:restriction>
      322             </xs:simpleContent>
      323         </xs:complexType>
156                                                 <xs:sequence>   324     </xs:element>
 
    <> 326     <xs:element name="erythrocyte_sedimentation_rate_result" nillable="true">
      327         <xs:complexType>
      328             <xs:simpleContent>
      329                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      330                     <xs:enumeration value="" />
157                                                         <xs:element ref="shared:day_of_death"/>   331                     <xs:enumeration value="Elevated" />
158                                                         <xs:element ref="shared:month_of_death"/>   332                     <xs:enumeration value="Normal" />
      333                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3104952" />
159                                                         <xs:element ref="shared:year_of_death"/>   334                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.1" />
      335                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      336                 </xs:restriction>
      337             </xs:simpleContent>
      338         </xs:complexType>
160                                                 </xs:sequence>   339     </xs:element>
 
    <> 341     <xs:element name="white_cell_count_result" nillable="true">
      342         <xs:complexType>
      343             <xs:simpleContent>
      344                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      345                     <xs:enumeration value="" />
161                                                 <xs:element ref="shared:days_to_death"/>   346                     <xs:enumeration value="Elevated" />
      347                     <xs:enumeration value="Normal" />
      348                     <xs:enumeration value="Low" />
      349                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3104948" />
      350                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.1" />
      351                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
162                                         </xs:choice>   352                 </xs:restriction>
      353             </xs:simpleContent>
      354         </xs:complexType>
      355     </xs:element>
 
    <> 357     <xs:element name="platelet_qualitative_result" nillable="true">
      358         <xs:complexType>
      359             <xs:simpleContent>
      360                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      361                     <xs:enumeration value="" />
      362                     <xs:enumeration value="Elevated" />
      363                     <xs:enumeration value="Normal" />
      364                     <xs:enumeration value="Low" />
      365                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3104944" />
      366                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.1" />
      367                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
163                                 </xs:choice>   368                 </xs:restriction>
      369             </xs:simpleContent>
      370         </xs:complexType>
      371     </xs:element>
 
    <> 373     <xs:element name="hemoglobin_result" nillable="true">
      374         <xs:complexType>
      375             <xs:simpleContent>
      376                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      377                     <xs:enumeration value="" />
      378                     <xs:enumeration value="Elevated" />
      379                     <xs:enumeration value="Normal" />
      380                     <xs:enumeration value="Low" />
      381                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3113466" />
164                                 <xs:element ref="cqcf:diagnosis_subtype"/>   382                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.1" />
165                                 <xs:element ref="shared:prior_diagnosis"/>   383                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      384                 </xs:restriction>
      385             </xs:simpleContent>
      386         </xs:complexType>
      387     </xs:element>
 
166                                 <xs:element ref="cqcf:normal_tissue_anatomic_site"/> <> 389     <xs:element name="serum_calcium_result" nillable="true">
      390         <xs:complexType>
      391             <xs:simpleContent>
167                                 <xs:element ref="cqcf:normal_tissue_proximity"/>   392                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      393                     <xs:enumeration value="" />
168                                 <xs:element ref="cqcf:tumor_type"/>   394                     <xs:enumeration value="Elevated" />
      395                     <xs:enumeration value="Normal" />
      396                     <xs:enumeration value="Low" />
      397                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3113470" />
      398                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.1" />
169                                 <xs:element ref="cqcf:histological_subtype" minOccurs="0"/>   399                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      400                 </xs:restriction>
      401             </xs:simpleContent>
      402         </xs:complexType>
      403     </xs:element>
 
170                                 <xs:element ref="cqcf:other_anatomic_site" minOccurs="0"/> <> 405     <xs:element name="lactate_dehydrogenase_result" nillable="true">
      406         <xs:complexType>
      407             <xs:simpleContent>
      408                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
171                                 <xs:element ref="cqcf:country"/>   409                     <xs:enumeration value="" />
      410                     <xs:enumeration value="Elevated" />
      411                     <xs:enumeration value="Normal" />
      412                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3113468" />
      413                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.1" />
      414                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      415                 </xs:restriction>
      416             </xs:simpleContent>
      417         </xs:complexType>
172                         </xs:sequence>   418     </xs:element>
 
    -+ 420     <xs:element name="laterality" nillable="true">
      421         <xs:complexType>
      422             <xs:simpleContent>
      423                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      424                     <xs:enumeration value="" />
      425                     <xs:enumeration value="Right" />
      426                     <xs:enumeration value="Left" />
      427                     <xs:enumeration value="Bilateral" />
      428                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="827" />
      429                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.1" />
      430                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      431                 </xs:restriction>
      432             </xs:simpleContent>
 
    -+ 451     <xs:element name="tumor_stage" nillable="true">
      452         <xs:complexType>
      453             <xs:simpleContent>
      454                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      455                     <xs:enumeration value="" />
      456                     <xs:enumeration value="Stage I" />
      457                     <xs:enumeration value="Stage II" />
      458                     <xs:enumeration value="Stage III" />
      459                     <xs:enumeration value="Stage IV" />
      460                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3065862" />
      461                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.11" />
      462                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      463                 </xs:restriction>
      464             </xs:simpleContent>
      465         </xs:complexType>
      466     </xs:element>

   
File: TCGA_BCR.KIRP_Clinical_FollowUp_v1.0.xsd  
1 <?xml version="1.0" encoding="utf-8" ?> +-    
 
4 <xs:schema elementFormDefault="qualified" version="2.5.0" +-    
5    xmlns:xs="http://www.w3.org/2001/XMLSchema"      
6    xmlns:shared="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5"      
7    xmlns:utility="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5"      
8    xmlns:admin="http://tcga.nci/bcr/xml/administration/2.5"      
9    xmlns="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/kirp/followup/2.5/1.0"      
10    targetNamespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/kirp/followup/2.5/1.0"      
11    xmlns:jaxb="http://java.sun.com/xml/ns/jaxb" jaxb:version="1.0" >      
 
13    <xs:import schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5/TCGA_BCR.Utility.xsd" namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5" /> +-    
14    <xs:import schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/administration/2.5/TCGA_BCR.Administration.xsd" namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/administration/2.5" />      
15    <xs:import schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5/TCGA_BCR.Shared_Clinical_Elements.xsd" namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5" />      
 
17    <xs:annotation> +-    
18       <xs:appinfo>      
19           <jaxb:globalBindings generateIsSetMethod="true" />      
20           <jaxb:schemaBindings>      
21               <jaxb:package name="nci.tcga.bcr.xml.jaxb.clinical.kirp" />      
22           </jaxb:schemaBindings>      
23       </xs:appinfo>      
24    </xs:annotation>      
 
26    <xs:annotation> +-    
27       <xs:documentation xml:lang="en">Schema to define the elements of the TCGA Clinical Data Follow-up Form within the KIRP study.</xs:documentation>      
28    </xs:annotation>      
 
30    <xs:element name="follow_up_v1.0"> +-    
31       <xs:complexType>      
32          <xs:sequence>      
33            <xs:element ref="shared:bcr_patient_barcode" />      
34            <xs:element ref="shared:bcr_patient_uuid" />      
35            <xs:element ref="shared:vital_status" />      
36            <xs:choice>      
37               <xs:sequence>      
38                  <xs:element ref="shared:day_of_last_followup" />      
39                  <xs:element ref="shared:month_of_last_followup" />      
40                  <xs:element ref="shared:year_of_last_followup" />      
41               </xs:sequence>      
42               <xs:element ref="shared:days_to_last_followup" />      
43            </xs:choice>      
44            <xs:choice>      
45               <xs:sequence>      
46                  <xs:element ref="shared:day_of_death" />      
47                  <xs:element ref="shared:month_of_death" />      
48                  <xs:element ref="shared:year_of_death" />      
49               </xs:sequence>      
50               <xs:element ref="shared:days_to_death" />      
51            </xs:choice>      
52            <xs:choice>      
53               <xs:sequence>      
54                  <xs:element ref="shared:day_of_new_tumor_event_after_initial_treatment" />      
55                  <xs:element ref="shared:month_of_new_tumor_event_after_initial_treatment" />      
56                  <xs:element ref="shared:year_of_new_tumor_event_after_initial_treatment" />      
57               </xs:sequence>      
58               <xs:element ref="shared:days_to_new_tumor_event_after_initial_treatment" />      
59            </xs:choice>      
60            <xs:element ref="shared:additional_surgery_locoregional_procedure" />      
61            <xs:choice>      
62               <xs:sequence>      
63                  <xs:element ref="shared:day_of_additional_surgery_locoregional_procedure" />      
64                  <xs:element ref="shared:month_of_additional_surgery_locoregional_procedure" />      
65                  <xs:element ref="shared:year_of_additional_surgery_locoregional_procedure" />      
66               </xs:sequence>      
67               <xs:element ref="shared:days_to_additional_surgery_locoregional_procedure" />      
68            </xs:choice>      
69            <xs:element ref="shared:person_neoplasm_cancer_status" />      
70            <xs:element ref="shared:additional_radiation_therapy" />      
71            <xs:element ref="shared:targeted_molecular_therapy" />      
72            <xs:element ref="shared:additional_pharmaceutical_therapy" />      
73            <xs:element ref="shared:additional_surgery_metastatic_procedure" />      
74            <xs:choice>      
75               <xs:sequence>      
76                  <xs:element ref="shared:day_of_additional_surgery_metastatic_procedure" />      
77                  <xs:element ref="shared:month_of_additional_surgery_metastatic_procedure" />      
78                  <xs:element ref="shared:year_of_additional_surgery_metastatic_procedure" />      
79               </xs:sequence>      
80               <xs:element ref="shared:days_to_additional_surgery_metastatic_procedure" />      
81            </xs:choice>      
82            <xs:choice>      
83               <xs:sequence>      
84                  <xs:element ref="shared:day_of_form_completion" />      
85                  <xs:element ref="shared:month_of_form_completion" />      
86                  <xs:element ref="shared:year_of_form_completion" />      
87               </xs:sequence>      
88               <xs:element ref="shared:days_to_form_completion" />      
89            </xs:choice>      
 
91         <xs:element ref="shared:followup_case_report_form_submission_reason" /> +-    
 
94         <xs:element ref="shared:karnofsky_performance_score" /> +-    
95         <xs:element ref="shared:eastern_cancer_oncology_group" />      
96         <xs:element ref="shared:performance_status_scale_timing" />      
97         </xs:sequence>      
98       <xs:attribute name="version" type="xs:string" default="1.0" use="optional"/>      
99     </xs:complexType>      
100   </xs:element>      
101 </xs:schema>      

   
File: TCGA_BCR.LAML_Clinical.xsd  
4 <xs:schema elementFormDefault="qualified" version="2.5.0" <> 4 <xs:schema elementFormDefault="qualified" version="2.4.4"
 
6   xmlns:utility="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5" <> 6   xmlns:utility="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.4"
7   xmlns:admin="http://tcga.nci/bcr/xml/administration/2.5"   7   xmlns:admin="http://tcga.nci/bcr/xml/administration/2.4"
8   xmlns:shared="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5"   8   xmlns:shared="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.4"
9   xmlns:laml_shared="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/laml/shared/2.5"       
10   xmlns:rad="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/radiation/2.5"   9   xmlns:rad="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/radiation/2.4"
11   xmlns:rx="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/pharmaceutical/2.5"   10   xmlns:rx="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/pharmaceutical/2.4"
12   xmlns:cqcf="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/cqcf/2.5"      
13   xmlns:follow_up_v2.0="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/laml/followup/2.5/2.0"      
14   xmlns="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/laml/2.5"   11   xmlns="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/laml/2.4"
15   targetNamespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/laml/2.5"   12   targetNamespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/laml/2.4"
 
31     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5/TCGA_BCR.Utility.xsd" /> <> 28     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.4" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/utility/2.4/TCGA_BCR.Utility.xsd" />
32     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/administration/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/administration/2.5/TCGA_BCR.Administration.xsd" />   29     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/administration/2.4" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/administration/2.4/TCGA_BCR.Administration.xsd" />
33     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5/TCGA_BCR.Shared_Clinical_Elements.xsd" />   30     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.4" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.4/TCGA_BCR.Shared_Clinical_Elements.xsd" />
34     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/radiation/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/radiation/2.5/TCGA_BCR.Radiation.xsd" />   31     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/radiation/2.4" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/radiation/2.4/TCGA_BCR.Radiation.xsd" />
35     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/pharmaceutical/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/pharmaceutical/2.5/TCGA_BCR.Pharmaceutical.xsd" />   32     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/pharmaceutical/2.4" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/pharmaceutical/2.4/TCGA_BCR.Pharmaceutical.xsd" />
36     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/cqcf/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/cqcf/2.5/TCGA_BCR.CQCF.xsd" />      
37     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/laml/shared/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/laml/shared/2.5/TCGA_BCR.LAML_Clinical_Shared_Datatypes.xsd" />      
38     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/laml/followup/2.5/2.0" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/laml/followup/2.5/TCGA_BCR.LAML_Clinical_FollowUp_v2.0.xsd" />      
 
47             <xs:attribute name="schemaVersion" type="xs:decimal" use="required" fixed="2.5"/> <> 41             <xs:attribute name="schemaVersion" type="xs:decimal" use="required" fixed="2.4"/>
 
172                 <xs:element ref="shared:karnofsky_performance_score" /> <> 166                 <xs:element ref="karnofsky_performance_score" />
173                 <xs:element ref="shared:eastern_cancer_oncology_group" />   167                 <xs:element ref="performance_status_assessment_eastern_cooperative_oncology_group_scale" />
 
186                                 <xs:element ref="follow_ups" /> +-    
 
189                 <xs:element ref="clinical_cqcf" /> +-    
 
191             </xs:sequence> +-    
192         </xs:complexType>      
193     </xs:element>      
 
195         <xs:element name="follow_ups"> +-    
196                 <xs:annotation>      
197                         <xs:documentation xml:lang="en">We are using namespaces and version numbers to distinguish one version of followup from another.</xs:documentation>      
198                 </xs:annotation>      
199                 <xs:complexType>      
200                   <xs:sequence>      
201                         <xs:element ref="follow_up_v2.0:follow_up_v2.0" minOccurs="0" maxOccurs="unbounded" />      
202                   </xs:sequence>      
203                 </xs:complexType>      
204         </xs:element>      
 
206         <xs:element name="clinical_cqcf"> +-    
207                 <xs:annotation>      
208                         <xs:documentation xml:lang="en">This section is currently under development.</xs:documentation>      
209                 </xs:annotation>      
210         <xs:complexType>      
211             <xs:sequence>      
 
1010                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3121628" /> <> 979                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3121483" />
 
1022                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3151753" /> <> 991                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3121491" />
 
1029   <> 998     <xs:element name="karnofsky_performance_score" nillable="true">
      999     <xs:complexType>
      1000       <xs:simpleContent>
      1001         <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      1002           <xs:enumeration value="" />
      1003           <xs:enumeration value="0" />
      1004           <xs:enumeration value="10" />
      1005           <xs:enumeration value="20" />
      1006           <xs:enumeration value="30" />
      1007           <xs:enumeration value="40" />
      1008           <xs:enumeration value="50" />
      1009           <xs:enumeration value="60" />
      1010           <xs:enumeration value="70" />
      1011           <xs:enumeration value="80" />
      1012           <xs:enumeration value="90" />
      1013           <xs:enumeration value="100" />
      1014           <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2003853" />
      1015           <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.8" />
      1016           <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      1017         </xs:restriction>
      1018       </xs:simpleContent>
      1019     </xs:complexType>
      1020   </xs:element>
      1021   <xs:element name="performance_status_assessment_eastern_cooperative_oncology_group_scale" nillable="true">
      1022         <xs:complexType mixed="true">
      1023             <xs:simpleContent>
      1024                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      1025                     <xs:enumeration value="" />
      1026                     <xs:enumeration value="0" />
      1027                     <xs:enumeration value="1" />
      1028                     <xs:enumeration value="2" />
      1029                     <xs:enumeration value="3" />
      1030                     <xs:enumeration value="4" />
      1031                     <xs:enumeration value="5" />
      1032                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="88" />
      1033                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />
      1034                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      1035                 </xs:restriction>
      1036             </xs:simpleContent>
      1037         </xs:complexType>
      1038     </xs:element>

   
File: TCGA_BCR.LAML_Clinical_FollowUp_v2.0.xsd  
1 <?xml version="1.0" encoding="utf-8" ?> +-    
 
4 <xs:schema elementFormDefault="qualified" version="2.5.0" +-    
5   xmlns:xs="http://www.w3.org/2001/XMLSchema"      
6   xmlns:shared="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5"      
7   xmlns:blca_shared="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/laml/shared/2.5"      
8   xmlns="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/laml/followup/2.5/2.0"      
9   targetNamespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/laml/followup/2.5/2.0"      
10   xmlns:jaxb="http://java.sun.com/xml/ns/jaxb" jaxb:version="1.0" >      
 
12     <xs:annotation> +-    
13         <xs:appinfo>      
14             <jaxb:globalBindings generateIsSetMethod="true" />      
 
16             <jaxb:schemaBindings> +-    
17                 <jaxb:package name="nci.tcga.bcr.xml.jaxb.clinical.laml" />      
18             </jaxb:schemaBindings>      
19         </xs:appinfo>      
20     </xs:annotation>      
 
22     <xs:annotation> +-    
23         <xs:documentation xml:lang="en">Schema to define the elements of the TCGA Clinical Data Follow-up Form within the LAML study.</xs:documentation>      
24     </xs:annotation>      
 
26     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5/TCGA_BCR.Shared_Clinical_Elements.xsd" /> +-    
27     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/laml/shared/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/laml/shared/2.5/TCGA_BCR.LAML_Clinical_Shared_Datatypes.xsd" />      
 
29     <xs:element name="follow_up_v2.0"> +-    
30         <xs:complexType>      
31             <xs:sequence>      
32                 <xs:element ref="shared:bcr_patient_barcode" />      
33                 <xs:element ref="shared:bcr_patient_uuid" />      
 
35                 <xs:choice> +-    
36                     <xs:sequence>      
37                         <xs:element ref="shared:day_of_form_completion" />      
38                         <xs:element ref="shared:month_of_form_completion" />      
39                         <xs:element ref="shared:year_of_form_completion" />      
40                     </xs:sequence>      
 
42                     <xs:element ref="shared:days_to_form_completion" /> +-    
43                 </xs:choice>      
44             </xs:sequence>      
 
46             <xs:attribute name="version" type="xs:string" default="2.0" use="optional"/> +-    
47         </xs:complexType>      
48     </xs:element>      
49 </xs:schema>      

   
File: TCGA_BCR.LAML_Clinical_Shared_Datatypes.xsd  
1 <?xml version="1.0" encoding="utf-8" ?> +-    
 
4 <xs:schema elementFormDefault="qualified" version="2.5.0" +-    
5   xmlns:xs="http://www.w3.org/2001/XMLSchema"      
6   xmlns:utility="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5"      
7   xmlns="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/laml/shared/2.5"      
8   targetNamespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/laml/shared/2.5">      
 
10     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5/TCGA_BCR.Utility.xsd" /> +-    
 
13 </xs:schema> +-    

   
File: TCGA_BCR.LGG_Clinical.xsd  
4 <xs:schema xmlns:xs="http://www.w3.org/2001/XMLSchema" xmlns:utility="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5" xmlns:admin="http://tcga.nci/bcr/xml/administration/2.5" xmlns:shared="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5" xmlns:rad="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/radiation/2.5" xmlns:rx="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/pharmaceutical/2.5" xmlns:cqcf="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/cqcf/2.5" xmlns:follow_up_v1.0="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/lgg/followup/2.5/1.0" xmlns="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/lgg/2.5" xmlns:jaxb="http://java.sun.com/xml/ns/jaxb" targetNamespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/lgg/2.5" elementFormDefault="qualified" version="2.5.0" jaxb:version="1.0"> <> 3  
      4 <xs:schema elementFormDefault="qualified" version="2.4.4"
      5   xmlns:xs="http://www.w3.org/2001/XMLSchema"
      6   xmlns:utility="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.4"
      7   xmlns:admin="http://tcga.nci/bcr/xml/administration/2.4"
      8   xmlns:shared="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.4"
      9   xmlns:rad="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/radiation/2.4"
      10   xmlns:rx="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/pharmaceutical/2.4"
      11   xmlns="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/lgg/2.4"
      12   targetNamespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/lgg/2.4"
      13   xmlns:jaxb="http://java.sun.com/xml/ns/jaxb" jaxb:version="1.0">
 
16         <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5/TCGA_BCR.Utility.xsd"/> <> 28     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.4" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/utility/2.4/TCGA_BCR.Utility.xsd" />
17         <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/administration/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/administration/2.5/TCGA_BCR.Administration.xsd"/>   29     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/administration/2.4" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/administration/2.4/TCGA_BCR.Administration.xsd" />
18         <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5/TCGA_BCR.Shared_Clinical_Elements.xsd"/>   30     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.4" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.4/TCGA_BCR.Shared_Clinical_Elements.xsd" />
19         <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/radiation/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/radiation/2.5/TCGA_BCR.Radiation.xsd"/>   31     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/radiation/2.4" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/radiation/2.4/TCGA_BCR.Radiation.xsd" />
20         <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/pharmaceutical/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/pharmaceutical/2.5/TCGA_BCR.Pharmaceutical.xsd"/>   32     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/pharmaceutical/2.4" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/pharmaceutical/2.4/TCGA_BCR.Pharmaceutical.xsd" />
21         <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/cqcf/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/cqcf/2.5/TCGA_BCR.CQCF.xsd"/>   33    
22         <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/lgg/followup/2.5/1.0" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/lgg/followup/2.5/TCGA_BCR.LGG_Clinical_FollowUp_v1.0.xsd"/>      
 
29                         <xs:attribute name="schemaVersion" type="xs:decimal" use="required" fixed="2.5"/> <> 41             <xs:attribute name="schemaVersion" type="xs:decimal" use="required" fixed="2.4"/>
 
93                                 <xs:element ref="shared:person_neoplasm_cancer_status"/> <> 118        
 
    -+ 130                 <xs:element ref="shared:person_neoplasm_cancer_status" />
 
138                                 <xs:element ref="shared:karnofsky_performance_score"/> <> 167                 <xs:element ref="karnofsky_performance_score" />
139                                 <xs:element ref="shared:eastern_cancer_oncology_group"/>   168                 <xs:element ref="eastern_cancer_oncology_group" />
 
150                                 <xs:element ref="clinical_cqcf"/> +-    
151                                 <xs:element name="follow_ups">      
152                                         <xs:annotation>      
153                                                 <xs:documentation>We are using namespaces and version numbers to distinguish one version of followup from another.</xs:documentation>      
154                                         </xs:annotation>      
155                                         <xs:complexType>      
156                                                 <xs:sequence>      
157                                                         <xs:element ref="follow_up_v1.0:follow_up_v1.0" minOccurs="0" maxOccurs="unbounded"/>      
 
161                         </xs:sequence> <> 185  
162                 </xs:complexType>      
163         </xs:element>      
164         <xs:element name="clinical_cqcf">      
165                 <xs:complexType>      
166                         <xs:sequence>      
167                                 <xs:element ref="cqcf:frozen_specimen_anatomic_site"/>      
168                                 <xs:element ref="cqcf:history_of_prior_malignancy"/>      
169                                 <xs:element ref="cqcf:history_of_neoadjuvant_treatment"/>      
170                                 <xs:element ref="cqcf:consent_or_death_status"/>      
171                                 <xs:choice>      
172                                         <xs:choice>      
173                                                 <xs:sequence>      
174                                                         <xs:element ref="cqcf:day_of_consent"/>      
175                                                         <xs:element ref="cqcf:month_of_consent"/>      
176                                                         <xs:element ref="cqcf:year_of_consent"/>      
177                                                 </xs:sequence>      
178                                                 <xs:element ref="cqcf:days_to_consent"/>      
179                                         </xs:choice>      
180                                         <xs:choice>      
181                                                 <xs:sequence>      
182                                                         <xs:element ref="shared:day_of_death"/>      
183                                                         <xs:element ref="shared:month_of_death"/>      
184                                                         <xs:element ref="shared:year_of_death"/>      
185                                                 </xs:sequence>      
186                                                 <xs:element ref="shared:days_to_death"/>      
187                                         </xs:choice>      
188                                 </xs:choice>      
189                                 <xs:element ref="cqcf:prior_head_radiation_therapy"/>      
190                                 <xs:element ref="cqcf:diagnosis_subtype"/>      
191                                 <xs:element ref="shared:prior_diagnosis"/>      
192                                 <xs:element ref="cqcf:normal_tissue_anatomic_site"/>      
193                                 <xs:element ref="cqcf:normal_tissue_proximity"/>      
194                                 <xs:element ref="cqcf:tumor_type"/>      
195                                 <xs:element ref="cqcf:histological_subtype" minOccurs="0"/>      
196                                 <xs:element ref="cqcf:other_anatomic_site" minOccurs="0"/>      
197                                 <xs:element ref="cqcf:country"/>      
198                         </xs:sequence>      
199                 </xs:complexType>      
200         </xs:element>      
 
    -+ 249     <xs:element name="primary_therapy_outcome_success" nillable="true">
      250         <xs:complexType>
      251             <xs:simpleContent>
      252                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      253                     <xs:enumeration value="" />
      254                     <xs:enumeration value="PROGRESSIVE DISEASE" />
      255                     <xs:enumeration value="STABLE DISEASE" />
      256                     <xs:enumeration value="PARTIAL RESPONSE" />
      257                     <xs:enumeration value="COMPLETE RESPONSE" />
      258                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2786727" />
      259                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.11" />
      260                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      261                 </xs:restriction>
      262             </xs:simpleContent>
      263         </xs:complexType>
      264     </xs:element>
 
    -+ 266     <xs:element name="karnofsky_performance_score">
      267         <xs:complexType>
      268             <xs:simpleContent>
      269                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      270                     <xs:enumeration value="" />
      271                     <xs:enumeration value="0" />
      272                     <xs:enumeration value="10" />
      273                     <xs:enumeration value="20" />
      274                     <xs:enumeration value="30" />
      275                     <xs:enumeration value="40" />
      276                     <xs:enumeration value="50" />
      277                     <xs:enumeration value="60" />
      278                     <xs:enumeration value="70" />
      279                     <xs:enumeration value="80" />
      280                     <xs:enumeration value="90" />
      281                     <xs:enumeration value="100" />
      282                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2003853" />
      283                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.8" />
      284                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      285                 </xs:restriction>
      286             </xs:simpleContent>
      287         </xs:complexType>
      288     </xs:element>
 
    -+ 290     <xs:element name="eastern_cancer_oncology_group">
      291         <xs:complexType>
      292             <xs:simpleContent>
      293                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      294                     <xs:enumeration value="" />
      295                     <xs:enumeration value="0" />
      296                     <xs:enumeration value="1" />
      297                     <xs:enumeration value="2" />
      298                     <xs:enumeration value="3" />
      299                     <xs:enumeration value="4" />
      300                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="88" />
      301                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.9" />
      302                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      303                 </xs:restriction>
      304             </xs:simpleContent>
      305         </xs:complexType>
      306     </xs:element>
 
533                                         <xs:enumeration value="Supratentorial, Frontal Lobe"/> <> 604                     <xs:enumeration value="Supratentorial Frontal Lobe" />
534                                         <xs:enumeration value="Supratentorial, Temporal Lobe"/>   605                     <xs:enumeration value="Supratentorial Temporal Lobe" />
535                                         <xs:enumeration value="Supratentorial, Parietal Lobe"/>   606                     <xs:enumeration value="Supratentorial Parietal Lobe" />
536                                         <xs:enumeration value="Supratentorial, Occipital Lobe"/>   607                     <xs:enumeration value="Supratentorial Occipital Lobe" />
537                                         <xs:enumeration value="Supratentorial, Not Otherwise Specified"/>   608                     <xs:enumeration value="Supratentorial-Not Otherwise Specified" />
538                                         <xs:enumeration value="Posterior Fossa, Cerebellum"/>   609                     <xs:enumeration value="Posterior Fossa Cerebellum" />
539                                         <xs:enumeration value="Posterior Fossa, Brain Stem"/>   610                     <xs:enumeration value="Posterior Fossa Brain Stem" />
 
555                                         <xs:enumeration value="Deep Gray (e.g.basal ganglia, thalamus)"/> <> 627                     <xs:enumeration value="Deep Gray" />
556                                         <xs:enumeration value="Not listed in Medical Record"/>   628                     <xs:enumeration value="Not Listed on Medical Record" />

   
File: TCGA_BCR.LGG_Clinical_FollowUp_v1.0.xsd  
1 <?xml version="1.0" encoding="utf-8" ?> +-    
 
4 <xs:schema elementFormDefault="qualified" version="2.5.0" +-    
5    xmlns:xs="http://www.w3.org/2001/XMLSchema"      
6    xmlns:shared="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5"      
7    xmlns:utility="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5"      
8    xmlns:admin="http://tcga.nci/bcr/xml/administration/2.5"      
9    xmlns="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/lgg/followup/2.5/1.0"      
10    targetNamespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/lgg/followup/2.5/1.0"      
11    xmlns:jaxb="http://java.sun.com/xml/ns/jaxb" jaxb:version="1.0" >      
 
13    <xs:import schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5/TCGA_BCR.Utility.xsd" namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5" /> +-    
14    <xs:import schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/administration/2.5/TCGA_BCR.Administration.xsd" namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/administration/2.5" />      
15    <xs:import schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5/TCGA_BCR.Shared_Clinical_Elements.xsd" namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5" />      
 
17    <xs:annotation> +-    
18       <xs:appinfo>      
19           <jaxb:globalBindings generateIsSetMethod="true" />      
20           <jaxb:schemaBindings>      
21               <jaxb:package name="nci.tcga.bcr.xml.jaxb.clinical.lgg" />      
22           </jaxb:schemaBindings>      
23       </xs:appinfo>      
24    </xs:annotation>      
 
26    <xs:annotation> +-    
27       <xs:documentation xml:lang="en">Schema to define the elements of the TCGA Clinical Data Follow-up Form within the LGG study.</xs:documentation>      
28    </xs:annotation>      
 
30    <xs:element name="follow_up_v1.0"> +-    
31       <xs:complexType>      
32          <xs:sequence>      
33             <xs:element ref="shared:bcr_patient_barcode" />      
34             <xs:element ref="shared:bcr_patient_uuid" />      
35             <xs:element ref="shared:vital_status" />      
36             <xs:choice>      
37                <xs:sequence>      
38                   <xs:element ref="shared:day_of_last_followup" />      
39                   <xs:element ref="shared:month_of_last_followup" />      
40                   <xs:element ref="shared:year_of_last_followup" />      
41                </xs:sequence>      
42                <xs:element ref="shared:days_to_last_followup" />      
43             </xs:choice>      
44             <xs:choice>      
45                <xs:sequence>      
46                   <xs:element ref="shared:day_of_death" />      
47                   <xs:element ref="shared:month_of_death" />      
48                   <xs:element ref="shared:year_of_death" />      
49                </xs:sequence>      
50                <xs:element ref="shared:days_to_death" />      
51             </xs:choice>      
52             <xs:element ref="shared:new_tumor_event_after_initial_treatment" />      
53             <xs:choice>      
54                <xs:sequence>      
55                   <xs:element ref="shared:day_of_new_tumor_event_after_initial_treatment" />      
56                   <xs:element ref="shared:month_of_new_tumor_event_after_initial_treatment" />      
57                   <xs:element ref="shared:year_of_new_tumor_event_after_initial_treatment" />      
58                </xs:sequence>      
59                <xs:element ref="shared:days_to_new_tumor_event_after_initial_treatment" />      
60             </xs:choice>      
61             <xs:element ref="shared:additional_surgery_locoregional_procedure" />      
62             <xs:choice>      
63                <xs:sequence>      
64                   <xs:element ref="shared:day_of_additional_surgery_locoregional_procedure" />      
65                   <xs:element ref="shared:month_of_additional_surgery_locoregional_procedure" />      
66                   <xs:element ref="shared:year_of_additional_surgery_locoregional_procedure" />      
67                </xs:sequence>      
68                <xs:element ref="shared:days_to_additional_surgery_locoregional_procedure" />      
69             </xs:choice>      
70             <xs:element ref="shared:person_neoplasm_cancer_status" />      
71             <xs:element ref="shared:additional_pharmaceutical_therapy" />      
72             <xs:element ref="shared:additional_radiation_therapy" />      
73             <xs:choice>      
74                <xs:sequence>      
75                   <xs:element ref="shared:day_of_form_completion" />      
76                   <xs:element ref="shared:month_of_form_completion" />      
77                   <xs:element ref="shared:year_of_form_completion" />      
78                </xs:sequence>      
79                <xs:element ref="shared:days_to_form_completion" />      
80             </xs:choice>      
 
82             <xs:element ref="shared:followup_case_report_form_submission_reason" /> +-    
 
84             <xs:element ref="shared:karnofsky_performance_score" /> +-    
85             <xs:element ref="shared:eastern_cancer_oncology_group" />      
86             <xs:element ref="shared:performance_status_scale_timing" />      
87             <xs:element ref="shared:followup_treatment_success" />      
88             <xs:choice>      
89                <xs:sequence>      
90                   <xs:element ref="shared:month_of_performance_status_follow_up_score" />      
91                   <xs:element ref="shared:day_of_performance_status_follow_up_score" />      
92                   <xs:element ref="shared:year_of_performance_status_follow_up_score" />      
93                </xs:sequence>      
94                <xs:element ref="shared:days_to_form_completion" />      
95             </xs:choice>      
96             <xs:element ref="shared:additional_surgery_metastatic_procedure" />      
97             <xs:choice>      
98                <xs:sequence>      
99                   <xs:element ref="shared:month_of_additional_surgery_metastatic_procedure" />      
100                   <xs:element ref="shared:day_of_additional_surgery_metastatic_procedure" />      
101                   <xs:element ref="shared:year_of_additional_surgery_metastatic_procedure" />      
102                </xs:sequence>      
103                <xs:element ref="shared:days_to_form_completion" />      
104             </xs:choice>      
105         </xs:sequence>      
106       <xs:attribute name="version" type="xs:string" default="1.0" use="optional"/>      
107       </xs:complexType>      
108    </xs:element>      
 
111    <xs:element name="followup_treatment_success" nillable="true"> +-    
112       <xs:complexType mixed="true">      
113             <xs:simpleContent>      
114                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
115                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3104050" />      
116                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5" />      
117                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />      
118                 </xs:restriction>      
119             </xs:simpleContent>      
120         </xs:complexType>      
121     </xs:element>      
 
123     <xs:element name="days_to_score_of_performance_status_scale_during_this_follow_up_period" nillable="true"> +-    
124         <xs:complexType mixed="true">      
125             <xs:simpleContent>      
126                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
127                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="" />      
128                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="" />      
129                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />      
130                 </xs:restriction>      
131             </xs:simpleContent>      
132         </xs:complexType>      
133     </xs:element>      
 
135       <xs:element name="days_to_additional_surgery_for_new_tumor_event_remote_resection" nillable="true"> +-    
136         <xs:complexType mixed="true">      
137             <xs:simpleContent>      
138                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
139                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="" />      
140                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="" />      
141                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />      
142                 </xs:restriction>      
143             </xs:simpleContent>      
144         </xs:complexType>      
145     </xs:element>      
 
147 </xs:schema> +-    

   
File: TCGA_BCR.LIHC_Clinical.xsd  
4 <xs:schema elementFormDefault="qualified" version="2.5.0" <> 4 <xs:schema elementFormDefault="qualified" version="2.4.4"
 
6   xmlns:utility="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5" <> 6   xmlns:utility="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.4"
7   xmlns:admin="http://tcga.nci/bcr/xml/administration/2.5"   7   xmlns:admin="http://tcga.nci/bcr/xml/administration/2.4"
8   xmlns:shared="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5"   8   xmlns:shared="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.4"
9   xmlns:rad="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/radiation/2.5"   9   xmlns:rad="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/radiation/2.4"
10   xmlns:rx="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/pharmaceutical/2.5"   10   xmlns:rx="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/pharmaceutical/2.4"
11   xmlns:cqcf="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/cqcf/2.5"      
12   xmlns:follow_up_v1.0="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/lihc/followup/2.5/1.0"      
13   xmlns:follow_up_v2.0="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/lihc/followup/2.5/2.0"      
14   xmlns="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/lihc/2.5"   11   xmlns="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/lihc/2.4"
15   targetNamespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/lihc/2.5"   12   targetNamespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/lihc/2.4"
 
31     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5/TCGA_BCR.Utility.xsd" /> <> 28     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.4" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/utility/2.4/TCGA_BCR.Utility.xsd" />
32     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/administration/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/administration/2.5/TCGA_BCR.Administration.xsd" />   29     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/administration/2.4" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/administration/2.4/TCGA_BCR.Administration.xsd" />
33     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5/TCGA_BCR.Shared_Clinical_Elements.xsd" />   30     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.4" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.4/TCGA_BCR.Shared_Clinical_Elements.xsd" />
34     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/radiation/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/radiation/2.5/TCGA_BCR.Radiation.xsd" />   31     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/radiation/2.4" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/radiation/2.4/TCGA_BCR.Radiation.xsd" />
35     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/pharmaceutical/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/pharmaceutical/2.5/TCGA_BCR.Pharmaceutical.xsd" />   32     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/pharmaceutical/2.4" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/pharmaceutical/2.4/TCGA_BCR.Pharmaceutical.xsd" />
36     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/cqcf/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/cqcf/2.5/TCGA_BCR.CQCF.xsd" />      
37     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/lihc/shared/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/lihc/shared/2.5/TCGA_BCR.LIHC_Clinical_Shared_Datatypes.xsd" />      
38     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/lihc/followup/2.5/1.0" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/lihc/followup/2.5/TCGA_BCR.LIHC_Clinical_FollowUp_v1.0.xsd" />      
39     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/lihc/followup/2.5/2.0" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/lihc/followup/2.5/TCGA_BCR.LIHC_Clinical_FollowUp_v2.0.xsd" />      
 
48             <xs:attribute name="schemaVersion" type="xs:decimal" use="required" fixed="2.5"/> <> 41             <xs:attribute name="schemaVersion" type="xs:decimal" use="required" fixed="2.4"/>
 
55                 <xs:element ref="shared:tissue_source_site" /> +-    
56                 <xs:element ref="shared:patient_id" />      
57                 <xs:element ref="shared:bcr_patient_barcode" />      
58                 <xs:element ref="shared:bcr_patient_uuid" />      
59                 <xs:element ref="shared:informed_consent_verified" />      
60                 <xs:element ref="shared:icd_o_3_site" />      
61                 <xs:element ref="shared:icd_o_3_histology" />      
62                 <xs:element ref="shared:icd_10" />      
 
107                     <xs:annotation> +-    
108                         <xs:documentation xml:lang="en">      
109                             The Date for Last Known Alive was DEPRECATED.  It      
110                             was last placed on the TCGA Clinical Form 1.06.      
111                         </xs:documentation>      
112                     </xs:annotation>      
 
139                 <xs:element ref="histological_type" /> <> 116                 <xs:element ref="neoplasm_histologic_type_name" />
 
153                 <xs:element ref="shared:neoplasm_histologic_grade" /> <> 130                 <xs:element ref="neoplasm_histologic_grade" />
154                 <xs:element ref="shared:residual_tumor" />   131                 <xs:element ref="surgical_margin_resection_status" />
155                 <xs:element ref="shared:ajcc_cancer_staging_handbook_edition" />   132                 <xs:element ref="american_joint_committee_on_cancer_publication_version_type" />
156                 <xs:element ref="shared:ajcc_tumor_stage_code" />   133                 <xs:element ref="american_joint_committee_on_cancer_tumor_stage_code" />
157                 <xs:element ref="shared:ajcc_neoplasm_disease_lymph_node_stage" />   134                 <xs:element ref="neoplasm_disease_lymph_node_stage_american_joint_committee_on_cancer_code" />
158                 <xs:element ref="shared:ajcc_cancer_metastasis_stage_code" />   135                 <xs:element ref="american_joint_committee_on_cancer_metastasis_stage_code" />
159                 <xs:element ref="shared:ajcc_neoplasm_disease_stage" />   136                 <xs:element ref="neoplasm_disease_stage_american_joint_committee_on_cancer_code" />
 
165                 <xs:element ref="lab_procedure_platelet_result_specified_value" /> <> 142                 <xs:element ref="laboratory_procedure_platelet_result_specified_value" />
 
    -+ 159                 <xs:element ref="performance_status_assessment_eastern_cooperative_oncology_group_scale" />
 
182                 <xs:element ref="shared:eastern_cancer_oncology_group" /> <> 162                 <xs:element ref="shared:bcr_patient_barcode" />
      163                 <xs:element ref="shared:tissue_source_site" />
      164                 <xs:element ref="shared:patient_id" />
      165                 <xs:element ref="shared:bcr_patient_uuid" />
      166                 <xs:element ref="shared:informed_consent_verified" />
      167                 <xs:element ref="shared:icd_o_3_site" />
      168                 <xs:element ref="shared:icd_o_3_histology" />
      169                 <xs:element ref="shared:icd_10" />
 
198                 <xs:element ref="follow_ups" /> +-    
 
201                 <xs:element ref="clinical_cqcf" /> +-    
202             </xs:sequence>      
203         </xs:complexType>      
204     </xs:element>      
 
206             <xs:element name="follow_ups"> +-    
207         <xs:annotation>      
208             <xs:documentation xml:lang="en">      
209                 We are using namespaces and version numbers to distinguish one version of followup from another.      
210             </xs:documentation>      
211         </xs:annotation>      
212         <xs:complexType>      
213             <xs:sequence>      
214                 <xs:element ref="follow_up_v1.0:follow_up_v1.0" minOccurs="0" maxOccurs="unbounded" />      
215                 <xs:element ref="follow_up_v2.0:follow_up_v2.0" minOccurs="0" maxOccurs="unbounded" />      
216             </xs:sequence>      
217         </xs:complexType>      
218     </xs:element>      
 
220         <xs:element name="clinical_cqcf"> +-    
221         <xs:complexType>      
222             <xs:sequence>      
223                 <xs:element ref="shared:anatomic_organ_subdivision"/>      
224                 <xs:element ref="cqcf:consent_or_death_status"/>      
 
226                 <xs:choice> +-    
227                     <xs:choice>      
228                         <xs:sequence>      
229                             <xs:element ref="cqcf:day_of_consent"/>      
230                             <xs:element ref="cqcf:month_of_consent"/>      
231                             <xs:element ref="cqcf:year_of_consent"/>      
232                         </xs:sequence>      
 
234                         <xs:element ref="cqcf:days_to_consent"/> +-    
235                     </xs:choice>      
 
237                     <xs:choice> +-    
238                         <xs:sequence>      
239                             <xs:element ref="shared:day_of_death"/>      
240                             <xs:element ref="shared:month_of_death"/>      
241                             <xs:element ref="shared:year_of_death"/>      
242                         </xs:sequence>      
 
244                         <xs:element ref="shared:days_to_death"/> +-    
245                     </xs:choice>      
246                 </xs:choice>      
 
248                 <xs:element ref="cqcf:diagnosis_subtype"/> +-    
249                 <xs:element ref="shared:prior_diagnosis"/>      
250                 <xs:element ref="cqcf:history_of_neoadjuvant_treatment"/>      
251                 <xs:element ref="cqcf:normal_tissue_anatomic_site"/>      
252                 <xs:element ref="cqcf:normal_tissue_proximity"/>      
253                 <xs:element ref="cqcf:tumor_focality"/>      
254                 <xs:element ref="cqcf:tumor_type"/>      
255                                 <xs:element ref="cqcf:other_diagnosis"/>      
256                 <xs:element ref="cqcf:histological_subtype" minOccurs="0"/>      
257                 <xs:element ref="cqcf:other_anatomic_site" minOccurs="0"/>      
258                 <xs:element ref="cqcf:country"/>      
 
308                 <xs:extension base="utility:integer_or_null"> <> 236                 <xs:extension base="xs:integer">
 
328                     <xs:enumeration value="None" /> <> 256                     <xs:enumeration value="No History of Primary Risk Factors" />
329                     <xs:enumeration value="Nonalcoholic Fatty Liver Disease" />   257                     <xs:enumeration value="Non-Alcoholic Fatty Liver Disease" />
 
352     <xs:element name="histological_type" nillable="true"> <> 280     <xs:element name="neoplasm_histologic_type_name" nillable="true">
 
    -+ 379     <xs:element name="neoplasm_histologic_grade" nillable="true">
      380         <xs:complexType mixed="true">
      381             <xs:simpleContent>
      382                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      383                     <xs:enumeration value="" />
      384                     <xs:enumeration value="G1" />
      385                     <xs:enumeration value="G2" />
      386                     <xs:enumeration value="G3" />
      387                     <xs:enumeration value="G4" />
      388                     <xs:enumeration value="GX" />
      389                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2785839" />
      390                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.4" />
      391                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      392                 </xs:restriction>
      393             </xs:simpleContent>
      394         </xs:complexType>
      395     </xs:element>
 
    -+ 397     <xs:element name="surgical_margin_resection_status" nillable="true">
      398         <xs:complexType>
      399             <xs:simpleContent>
      400                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      401                     <xs:enumeration value="" />
      402                     <xs:enumeration value="RX" />
      403                     <xs:enumeration value="R0" />
      404                     <xs:enumeration value="R1" />
      405                     <xs:enumeration value="R2" />
      406                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2608702" />
      407                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.4" />
      408                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      409                 </xs:restriction>
      410             </xs:simpleContent>
      411         </xs:complexType>
      412     </xs:element>
 
    -+ 414     <xs:element name="american_joint_committee_on_cancer_publication_version_type" nillable="true">
      415         <xs:complexType>
      416             <xs:simpleContent>
      417                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      418                     <xs:enumeration value="" />
      419                     <xs:enumeration value="1st" />
      420                     <xs:enumeration value="2nd" />
      421                     <xs:enumeration value="3rd" />
      422                     <xs:enumeration value="4th" />
      423                     <xs:enumeration value="5th" />
      424                     <xs:enumeration value="6th" />
      425                     <xs:enumeration value="7th" />
      426                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2722309" />
      427                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.4" />
      428                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      429                 </xs:restriction>
      430             </xs:simpleContent>
      431         </xs:complexType>
      432     </xs:element>
 
    -+ 434     <xs:element name="american_joint_committee_on_cancer_tumor_stage_code" nillable="true">
      435         <xs:complexType>
      436             <xs:simpleContent>
      437                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      438                     <xs:enumeration value="" />
      439                     <xs:enumeration value="T0" />
      440                     <xs:enumeration value="T1" />
      441                     <xs:enumeration value="T1a" />
      442                     <xs:enumeration value="T1b" />
      443                     <xs:enumeration value="T1c" />
      444                     <xs:enumeration value="T1mi" />
      445                     <xs:enumeration value="T2" />
      446                     <xs:enumeration value="T2a" />
      447                     <xs:enumeration value="T2b" />
      448                     <xs:enumeration value="T2c" />
      449                     <xs:enumeration value="T3" />
      450                     <xs:enumeration value="T3a" />
      451                     <xs:enumeration value="T3b" />
      452                     <xs:enumeration value="T3c" />
      453                     <xs:enumeration value="T4" />
      454                     <xs:enumeration value="T4a" />
      455                     <xs:enumeration value="T4b" />
      456                     <xs:enumeration value="T4c" />
      457                     <xs:enumeration value="T4d" />
      458                     <xs:enumeration value="Ta" />
      459                     <xs:enumeration value="Tis" />
      460                     <xs:enumeration value="Tis (DCIS)" />
      461                     <xs:enumeration value="Tis (LCIS)" />
      462                     <xs:enumeration value="Tis (Paget's)" />
      463                     <xs:enumeration value="TX" />
      464                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3045435" />
      465                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.4" />
      466                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      467                 </xs:restriction>
      468             </xs:simpleContent>
      469         </xs:complexType>
      470     </xs:element>
 
    -+ 472     <xs:element name="neoplasm_disease_lymph_node_stage_american_joint_committee_on_cancer_code" nillable="true">
      473         <xs:complexType>
      474             <xs:simpleContent>
      475                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      476                     <xs:enumeration value="" />
      477                     <xs:enumeration value="N0" />
      478                     <xs:enumeration value="N0 (i+)" />
      479                     <xs:enumeration value="N0 (i-)" />
      480                     <xs:enumeration value="N0 (mol+)" />
      481                     <xs:enumeration value="N0 (mol-)" />
      482                     <xs:enumeration value="N1" />
      483                     <xs:enumeration value="N1a" />
      484                     <xs:enumeration value="N1b" />
      485                     <xs:enumeration value="N1bI" />
      486                     <xs:enumeration value="N1bII" />
      487                     <xs:enumeration value="N1bIII" />
      488                     <xs:enumeration value="N1bIV" />
      489                     <xs:enumeration value="N1c" />
      490                     <xs:enumeration value="N1mi" />
      491                     <xs:enumeration value="N2" />
      492                     <xs:enumeration value="N2a" />
      493                     <xs:enumeration value="N2b" />
      494                     <xs:enumeration value="N3" />
      495                     <xs:enumeration value="N3a" />
      496                     <xs:enumeration value="N3b" />
      497                     <xs:enumeration value="N3c" />
      498                     <xs:enumeration value="N4" />
      499                     <xs:enumeration value="NX" />
      500                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3203106" />
      501                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.4" />
      502                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      503                 </xs:restriction>
      504             </xs:simpleContent>
      505         </xs:complexType>
      506     </xs:element>
 
    -+ 508     <xs:element name="american_joint_committee_on_cancer_metastasis_stage_code" nillable="true">
      509         <xs:complexType>
      510             <xs:simpleContent>
      511                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      512                     <xs:enumeration value="" />
      513                     <xs:enumeration value="cM0 (i+)" />
      514                     <xs:enumeration value="M0" />
      515                     <xs:enumeration value="M1" />
      516                     <xs:enumeration value="M1a" />
      517                     <xs:enumeration value="M1b" />
      518                     <xs:enumeration value="M1c" />
      519                     <xs:enumeration value="MX" />
      520                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3045439" />
      521                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.4" />
      522                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      523                 </xs:restriction>
      524             </xs:simpleContent>
      525         </xs:complexType>
      526     </xs:element>
 
    -+ 528     <xs:element name="neoplasm_disease_stage_american_joint_committee_on_cancer_code" nillable="true">
      529         <xs:complexType>
      530             <xs:simpleContent>
      531                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      532                     <xs:enumeration value="" />
      533                     <xs:enumeration value="Stage 0" />
      534                     <xs:enumeration value="Stage I" />
      535                     <xs:enumeration value="Stage IA" />
      536                     <xs:enumeration value="Stage IA1" />
      537                     <xs:enumeration value="Stage IA2" />
      538                     <xs:enumeration value="Stage IB" />
      539                     <xs:enumeration value="Stage IB Cervix" />
      540                     <xs:enumeration value="Stage IB1" />
      541                     <xs:enumeration value="Stage IB2" />
      542                     <xs:enumeration value="Stage II" />
      543                     <xs:enumeration value="Stage II Cervix" />
      544                     <xs:enumeration value="Stage IIA" />
      545                     <xs:enumeration value="Stage IIA Cervix" />
      546                     <xs:enumeration value="Stage IIB" />
      547                     <xs:enumeration value="Stage IIC" />
      548                     <xs:enumeration value="Stage III" />
      549                     <xs:enumeration value="Stage IIIA" />
      550                     <xs:enumeration value="Stage IIIB" />
      551                     <xs:enumeration value="Stage IIIC" />
      552                     <xs:enumeration value="Stage IV" />
      553                     <xs:enumeration value="Stage IVA" />
      554                     <xs:enumeration value="Stage IVB" />
      555                     <xs:enumeration value="Stage IVC" />
      556                     <xs:enumeration value="Stage Tis" />
      557                     <xs:enumeration value="Stage X" />
      558                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3203222" />
      559                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.4" />
      560                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      561                 </xs:restriction>
      562             </xs:simpleContent>
      563         </xs:complexType>
      564     </xs:element>
 
487                 <xs:extension base="utility:number_or_null"> <> 602                 <xs:extension base="xs:decimal">
 
492                     <xs:attribute name="units" type="xs:string" fixed="ng/ml"/> +-    
 
501                 <xs:extension base="utility:number_or_null"> <> 615                 <xs:extension base="xs:decimal">
 
506                     <xs:attribute name="units" type="xs:string" fixed="ng/ml"/> +-    
 
515                 <xs:extension base="utility:number_or_null"> <> 628                 <xs:extension base="xs:decimal">
 
520                     <xs:attribute name="units" type="xs:string" fixed="ng/ml"/> +-    
 
526     <xs:element name="lab_procedure_platelet_result_specified_value" nillable="true"> <> 638     <xs:element name="laboratory_procedure_platelet_result_specified_value" nillable="true">
 
529                 <xs:extension base="utility:number_or_null"> <> 641                 <xs:extension base="xs:decimal">
 
534                     <xs:attribute name="units" type="xs:string" fixed="1000/uL"/> +-    
 
543                 <xs:extension base="utility:number_or_null"> <> 654                 <xs:extension base="xs:decimal">
 
556                 <xs:extension base="utility:number_or_null"> <> 667                 <xs:extension base="xs:decimal">
 
569                 <xs:extension base="utility:number_or_null"> <> 680                 <xs:extension base="xs:decimal">
 
574                     <xs:attribute name="units" type="xs:string" fixed="seconds"/> +-    
 
583                 <xs:extension base="utility:number_or_null"> <> 693                 <xs:extension base="xs:decimal">
 
588                     <xs:attribute name="units" type="xs:string" fixed="seconds"/> +-    
 
597                 <xs:extension base="utility:number_or_null"> <> 706                 <xs:extension base="xs:decimal">
 
602                     <xs:attribute name="units" type="xs:string" fixed="seconds"/> +-    
 
611                 <xs:extension base="utility:number_or_null"> <> 719                 <xs:extension base="xs:decimal">
 
616                     <xs:attribute name="units" type="xs:string" fixed="mg/dL"/> +-    
 
625                 <xs:extension base="utility:number_or_null"> <> 732                 <xs:extension base="xs:decimal">
 
630                     <xs:attribute name="units" type="xs:string" fixed="mg/dL"/> +-    
 
639                 <xs:extension base="utility:number_or_null"> <> 745                 <xs:extension base="xs:decimal">
 
644                     <xs:attribute name="units" type="xs:string" fixed="mg/dL"/> +-    
 
653                 <xs:extension base="utility:number_or_null"> <> 758                 <xs:extension base="xs:decimal">
 
658                     <xs:attribute name="units" type="xs:string" fixed="mg/dL"/> +-    
 
667                 <xs:extension base="utility:number_or_null"> <> 771                 <xs:extension base="xs:decimal">
 
672                     <xs:attribute name="units" type="xs:string" fixed="mg/dL"/> +-    
 
681                 <xs:extension base="utility:number_or_null"> <> 784                 <xs:extension base="xs:decimal">
 
686                     <xs:attribute name="units" type="xs:string" fixed="mg/dL"/> +-    
 
695                 <xs:extension base="utility:number_or_null"> <> 797                 <xs:extension base="xs:decimal">
 
700                     <xs:attribute name="units" type="xs:string" fixed="mg/dL"/> +-    
 
709                 <xs:extension base="utility:number_or_null"> <> 810                 <xs:extension base="xs:decimal">
 
714                     <xs:attribute name="units" type="xs:string" fixed="mg/dL"/> +-    
 
723                 <xs:extension base="utility:number_or_null"> <> 823                 <xs:extension base="xs:decimal">
 
728                     <xs:attribute name="units" type="xs:string" fixed="mg/dL"/> +-    
 
    -+ 869     <xs:element name="performance_status_assessment_eastern_cooperative_oncology_group_scale" nillable="true">
      870         <xs:complexType mixed="true">
      871             <xs:simpleContent>
      872                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      873                     <xs:enumeration value="" />
      874                     <xs:enumeration value="0" />
      875                     <xs:enumeration value="1" />
      876                     <xs:enumeration value="2" />
      877                     <xs:enumeration value="3" />
      878                     <xs:enumeration value="4" />
      879                     <xs:enumeration value="5" />
      880                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="88" />
      881                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.4" />
      882                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      883                 </xs:restriction>
      884             </xs:simpleContent>
      885         </xs:complexType>
      886     </xs:element>

   
File: TCGA_BCR.LIHC_Clinical_FollowUp_v1.0.xsd  
1 <?xml version="1.0" encoding="utf-8" ?> +-    
 
4 <xs:schema elementFormDefault="qualified" version="2.5.0" +-    
5   xmlns:xs="http://www.w3.org/2001/XMLSchema"      
6   xmlns:shared="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5"      
7   xmlns:lihc_shared="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/lihc/shared/2.5"      
8   xmlns="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/lihc/followup/2.5/1.0"      
9   targetNamespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/lihc/followup/2.5/1.0"      
10   xmlns:jaxb="http://java.sun.com/xml/ns/jaxb" jaxb:version="1.0" >      
 
12     <xs:annotation> +-    
13         <xs:appinfo>      
14             <jaxb:globalBindings generateIsSetMethod="true" />      
 
16             <jaxb:schemaBindings> +-    
17                 <jaxb:package name="nci.tcga.bcr.xml.jaxb.clinical.lihc" />      
18             </jaxb:schemaBindings>      
19         </xs:appinfo>      
20     </xs:annotation>      
 
22     <xs:annotation> +-    
23         <xs:documentation xml:lang="en">Schema to define the elements of the TCGA Clinical Data Follow-up Form within the LIHC study.</xs:documentation>      
24     </xs:annotation>      
 
26     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5/TCGA_BCR.Shared_Clinical_Elements.xsd" /> +-    
27     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/lihc/shared/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/lihc/shared/2.5/TCGA_BCR.LIHC_Clinical_Shared_Datatypes.xsd" />      
 
29     <xs:element name="follow_up_v1.0"> +-    
30         <xs:complexType>      
31             <xs:sequence>      
32                 <xs:element ref="shared:bcr_patient_barcode" />      
33                 <xs:element ref="shared:bcr_patient_uuid" />      
 
35                 <xs:choice> +-    
36                     <xs:sequence>      
37                         <xs:element ref="shared:day_of_form_completion" />      
38                         <xs:element ref="shared:month_of_form_completion" />      
39                         <xs:element ref="shared:year_of_form_completion" />      
40                     </xs:sequence>      
 
42                     <xs:element ref="shared:days_to_form_completion" /> +-    
43                 </xs:choice>      
 
45                 <xs:element ref="shared:radiation_therapy" /> +-    
46                 <xs:element ref="shared:targeted_molecular_therapy" />      
47                 <xs:element ref="lihc_shared:adjuvant_postoperative_embolization_or_ablation_therapeutic_procedure_performed_indicator" />      
48                 <xs:element ref="shared:vital_status" />      
49                 <xs:element ref="shared:person_neoplasm_cancer_status" />      
 
51                 <xs:choice> +-    
52                     <xs:sequence>      
53                         <xs:element ref="shared:day_of_last_followup" />      
54                         <xs:element ref="shared:month_of_last_followup" />      
55                         <xs:element ref="shared:year_of_last_followup" />      
56                     </xs:sequence>      
 
58                     <xs:element ref="shared:days_to_last_followup" /> +-    
59                 </xs:choice>      
 
61                 <xs:choice> +-    
62                     <xs:sequence>      
63                         <xs:element ref="shared:day_of_last_known_alive" />      
64                         <xs:element ref="shared:month_of_last_known_alive" />      
65                         <xs:element ref="shared:year_of_last_known_alive" />      
66                     </xs:sequence>      
 
68                     <xs:element ref="shared:days_to_last_known_alive" /> +-    
69                 </xs:choice>      
 
71                 <xs:choice> +-    
72                     <xs:sequence>      
73                         <xs:element ref="shared:day_of_death" />      
74                         <xs:element ref="shared:month_of_death" />      
75                         <xs:element ref="shared:year_of_death" />      
76                     </xs:sequence>      
 
78                     <xs:element ref="shared:days_to_death" /> +-    
79                 </xs:choice>      
 
81                 <xs:element ref="shared:new_tumor_event_after_initial_treatment" /> +-    
82                 <xs:element ref="shared:new_neoplasm_event_type" />      
 
84                 <xs:choice> +-    
85                     <xs:sequence>      
86                         <xs:element ref="shared:day_of_new_tumor_event_after_initial_treatment" />      
87                         <xs:element ref="shared:month_of_new_tumor_event_after_initial_treatment" />      
88                         <xs:element ref="shared:year_of_new_tumor_event_after_initial_treatment" />      
89                     </xs:sequence>      
 
91                     <xs:element ref="shared:days_to_new_tumor_event_after_initial_treatment" /> +-    
92                 </xs:choice>      
 
94                 <xs:element ref="lihc_shared:extrahepatic_recurrent_disease_anatomic_site_name" /> +-    
95                 <xs:element ref="lihc_shared:extrahepatic_recurrent_disease_location_text" />      
96                 <xs:element ref="shared:additional_surgery_locoregional_procedure" />      
 
98                 <xs:choice> +-    
99                     <xs:sequence>      
100                         <xs:element ref="shared:day_of_additional_surgery_metastatic_procedure" />      
101                         <xs:element ref="shared:month_of_additional_surgery_metastatic_procedure" />      
102                         <xs:element ref="shared:year_of_additional_surgery_metastatic_procedure" />      
103                     </xs:sequence>      
 
105                     <xs:element ref="shared:days_to_additional_surgery_metastatic_procedure" /> +-    
106                 </xs:choice>      
 
108                 <xs:element ref="shared:residual_disease_post_new_tumor_event_margin_status" /> +-    
109                 <xs:element ref="lihc_shared:liver_graft_together_new_neoplasm_performed_indicator" />      
 
111                 <xs:choice> +-    
112                     <xs:sequence>      
113                         <xs:element ref="lihc_shared:day_of_liver_graft_together_new_neoplasm_performed" />      
114                         <xs:element ref="lihc_shared:month_of_liver_graft_together_new_neoplasm_performed" />      
115                         <xs:element ref="lihc_shared:year_of_liver_graft_together_new_neoplasm_performed" />      
116                     </xs:sequence>      
 
118                     <xs:element ref="lihc_shared:days_to_liver_graft_together_new_neoplasm_performed" /> +-    
119                 </xs:choice>      
 
121                 <xs:element ref="shared:additional_radiation_therapy" /> +-    
122                 <xs:element ref="shared:additional_pharmaceutical_therapy" />      
123                 <xs:element ref="lihc_shared:additional_embolization_or_ablation_therapeutic_procedure_post_recurrent_disease_performed_indicator" />      
124             </xs:sequence>      
 
126             <xs:attribute name="version" type="xs:string" default="1.0" use="optional"/> +-    
127         </xs:complexType>      
128     </xs:element>      
129 </xs:schema>      

   
File: TCGA_BCR.LIHC_Clinical_FollowUp_v2.0.xsd  
1 <?xml version="1.0" encoding="utf-8" ?> +-    
 
4 <xs:schema elementFormDefault="qualified" version="2.5.0" +-    
5   xmlns:xs="http://www.w3.org/2001/XMLSchema"      
6   xmlns:shared="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5"      
7   xmlns:lihc_shared="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/lihc/shared/2.5"      
8   xmlns="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/lihc/followup/2.5/2.0"      
9   targetNamespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/lihc/followup/2.5/2.0"      
10   xmlns:jaxb="http://java.sun.com/xml/ns/jaxb" jaxb:version="1.0" >      
 
12     <xs:annotation> +-    
13         <xs:appinfo>      
14             <jaxb:globalBindings generateIsSetMethod="true" />      
 
16             <jaxb:schemaBindings> +-    
17                 <jaxb:package name="nci.tcga.bcr.xml.jaxb.clinical.lihc" />      
18             </jaxb:schemaBindings>      
19         </xs:appinfo>      
20     </xs:annotation>      
 
22     <xs:annotation> +-    
23         <xs:documentation xml:lang="en">Schema to define the elements of the TCGA Clinical Data Follow-up Form within the LIHC study.</xs:documentation>      
24     </xs:annotation>      
 
26     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5/TCGA_BCR.Shared_Clinical_Elements.xsd" /> +-    
27     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/lihc/shared/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/lihc/shared/2.5/TCGA_BCR.LIHC_Clinical_Shared_Datatypes.xsd" />      
 
29     <xs:element name="follow_up_v2.0"> +-    
30         <xs:complexType>      
31             <xs:sequence>      
32                 <xs:element ref="shared:bcr_patient_barcode" />      
33                 <xs:element ref="shared:bcr_patient_uuid" />      
 
35                 <xs:choice> +-    
36                     <xs:sequence>      
37                         <xs:element ref="shared:day_of_form_completion" />      
38                         <xs:element ref="shared:month_of_form_completion" />      
39                         <xs:element ref="shared:year_of_form_completion" />      
40                     </xs:sequence>      
 
42                     <xs:element ref="shared:days_to_form_completion" /> +-    
43                 </xs:choice>      
 
45                 <xs:element ref="shared:followup_case_report_form_submission_reason" /> +-    
46                 <xs:element ref="shared:radiation_therapy" />      
47                 <xs:element ref="shared:targeted_molecular_therapy" />      
48                 <xs:element ref="lihc_shared:adjuvant_postoperative_embolization_or_ablation_therapeutic_procedure_performed_indicator" />      
49                 <xs:element ref="shared:vital_status" />      
 
51                 <xs:choice> +-    
52                     <xs:sequence>      
53                         <xs:element ref="shared:day_of_last_followup" />      
54                         <xs:element ref="shared:month_of_last_followup" />      
55                         <xs:element ref="shared:year_of_last_followup" />      
56                     </xs:sequence>      
 
58                     <xs:element ref="shared:days_to_last_followup" /> +-    
59                 </xs:choice>      
 
61                 <xs:choice> +-    
62                     <xs:sequence>      
63                         <xs:element ref="shared:day_of_death" />      
64                         <xs:element ref="shared:month_of_death" />      
65                         <xs:element ref="shared:year_of_death" />      
66                     </xs:sequence>      
 
68                     <xs:element ref="shared:days_to_death" /> +-    
69                 </xs:choice>      
 
71                 <xs:element ref="shared:person_neoplasm_cancer_status" /> +-    
72                 <xs:element ref="shared:new_tumor_event_after_initial_treatment" />      
 
74                 <xs:choice> +-    
75                     <xs:sequence>      
76                         <xs:element ref="shared:day_of_new_tumor_event_after_initial_treatment" />      
77                         <xs:element ref="shared:month_of_new_tumor_event_after_initial_treatment" />      
78                         <xs:element ref="shared:year_of_new_tumor_event_after_initial_treatment" />      
79                     </xs:sequence>      
 
81                     <xs:element ref="shared:days_to_new_tumor_event_after_initial_treatment" /> +-    
82                 </xs:choice>      
 
84                 <xs:element ref="shared:new_neoplasm_event_type" /> +-    
85                 <xs:element ref="lihc_shared:new_neoplasm_event_occurrence_anatomic_site" />      
86                 <xs:element ref="lihc_shared:new_neoplasm_occurrence_anatomic_site_text" />      
87                 <xs:element ref="shared:additional_surgery_locoregional_procedure" />      
 
89                 <xs:choice> +-    
90                     <xs:sequence>      
91                         <xs:element ref="shared:day_of_additional_surgery_metastatic_procedure" />      
92                         <xs:element ref="shared:month_of_additional_surgery_metastatic_procedure" />      
93                         <xs:element ref="shared:year_of_additional_surgery_metastatic_procedure" />      
94                     </xs:sequence>      
 
96                     <xs:element ref="shared:days_to_additional_surgery_metastatic_procedure" /> +-    
97                 </xs:choice>      
 
99                 <xs:element ref="shared:residual_disease_post_new_tumor_event_margin_status" /> +-    
100                 <xs:element ref="lihc_shared:liver_graft_together_new_neoplasm_performed_indicator" />      
 
102                 <xs:choice> +-    
103                     <xs:sequence>      
104                         <xs:element ref="lihc_shared:day_of_liver_graft_together_new_neoplasm_performed" />      
105                         <xs:element ref="lihc_shared:month_of_liver_graft_together_new_neoplasm_performed" />      
106                         <xs:element ref="lihc_shared:year_of_liver_graft_together_new_neoplasm_performed" />      
107                     </xs:sequence>      
 
109                     <xs:element ref="lihc_shared:days_to_liver_graft_together_new_neoplasm_performed" /> +-    
110                 </xs:choice>      
 
112                 <xs:element ref="shared:additional_radiation_therapy" /> +-    
113                 <xs:element ref="shared:additional_pharmaceutical_therapy" />      
114                 <xs:element ref="lihc_shared:additional_embolization_or_ablation_therapeutic_procedure_post_recurrent_disease_performed_indicator" />      
115             </xs:sequence>      
 
117             <xs:attribute name="version" type="xs:string" default="2.0" use="optional"/> +-    
118         </xs:complexType>      
119     </xs:element>      
120 </xs:schema>      

   
File: TCGA_BCR.LIHC_Clinical_Shared_Datatypes.xsd  
1 <?xml version="1.0" encoding="utf-8" ?> +-    
 
4 <xs:schema elementFormDefault="qualified" version="2.5.0" +-    
5   xmlns:xs="http://www.w3.org/2001/XMLSchema"      
6   xmlns:utility="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5"      
7   xmlns="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/lihc/shared/2.5"      
8   targetNamespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/lihc/shared/2.5">      
 
10     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5/TCGA_BCR.Utility.xsd" /> +-    
 
12     <xs:element name="adjuvant_postoperative_embolization_or_ablation_therapeutic_procedure_performed_indicator" nillable="true"> +-    
13         <xs:complexType mixed="true">      
14             <xs:simpleContent>      
15                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
16                     <xs:enumeration value="" />      
17                     <xs:enumeration value="No" />      
18                     <xs:enumeration value="Unknown" />      
19                     <xs:enumeration value="Yes" />      
20                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3172120" />      
21                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5" />      
22                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />      
23                 </xs:restriction>      
24             </xs:simpleContent>      
25         </xs:complexType>      
26     </xs:element>      
 
28     <xs:element name="extrahepatic_recurrent_disease_anatomic_site_name" nillable="true"> +-    
29         <xs:complexType mixed="true">      
30             <xs:simpleContent>      
31                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
32                     <xs:enumeration value="" />      
33                     <xs:enumeration value="Bone" />      
34                     <xs:enumeration value="Lymph nodes" />      
35                     <xs:enumeration value="Lung" />      
36                     <xs:enumeration value="Other" />      
37                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3173028" />      
38                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5" />      
39                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />      
40                 </xs:restriction>      
41             </xs:simpleContent>      
42         </xs:complexType>      
43     </xs:element>      
 
45     <xs:element name="extrahepatic_recurrent_disease_location_text" nillable="true"> +-    
46         <xs:complexType>      
47             <xs:simpleContent>      
48                 <xs:extension base="xs:string">      
49                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />      
50                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3173045" />      
51                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5" />      
52                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />      
53                 </xs:extension>      
54             </xs:simpleContent>      
55         </xs:complexType>      
56     </xs:element>      
 
58     <xs:element name="liver_graft_together_new_neoplasm_performed_indicator" nillable="true"> +-    
59         <xs:complexType mixed="true">      
60             <xs:simpleContent>      
61                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
62                     <xs:enumeration value="" />      
63                     <xs:enumeration value="No" />      
64                     <xs:enumeration value="Unknown" />      
65                     <xs:enumeration value="Yes" />      
66                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3168060" />      
67                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5" />      
68                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />      
69                 </xs:restriction>      
70             </xs:simpleContent>      
71         </xs:complexType>      
72     </xs:element>      
 
74     <xs:element name="day_of_liver_graft_together_new_neoplasm_performed" nillable="true"> +-    
75         <xs:complexType mixed="true">      
76             <xs:simpleContent>      
77                 <xs:extension base="utility:generic_day">      
78                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />      
79                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3168021" />      
80                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5" />      
81                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />      
82                 </xs:extension>      
83             </xs:simpleContent>      
84         </xs:complexType>      
85     </xs:element>      
 
87     <xs:element name="month_of_liver_graft_together_new_neoplasm_performed" nillable="true"> +-    
88         <xs:complexType mixed="true">      
89             <xs:simpleContent>      
90                 <xs:extension base="utility:generic_month">      
91                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />      
92                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3168022" />      
93                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5" />      
94                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />      
95                 </xs:extension>      
96             </xs:simpleContent>      
97         </xs:complexType>      
98     </xs:element>      
 
100     <xs:element name="year_of_liver_graft_together_new_neoplasm_performed" nillable="true"> +-    
101         <xs:complexType mixed="true">      
102             <xs:simpleContent>      
103                 <xs:extension base="utility:generic_year">      
104                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />      
105                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3168037" />      
106                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5" />      
107                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />      
108                 </xs:extension>      
109             </xs:simpleContent>      
110         </xs:complexType>      
111     </xs:element>      
 
113     <xs:element name="days_to_liver_graft_together_new_neoplasm_performed"> +-    
114         <xs:complexType mixed="true">      
115             <xs:simpleContent>      
116                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
117                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="" />      
118                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5" />      
119                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />      
120                 </xs:restriction>      
121             </xs:simpleContent>      
122         </xs:complexType>      
123     </xs:element>      
 
125     <xs:element name="new_neoplasm_event_occurrence_anatomic_site" nillable="true"> +-    
126         <xs:complexType mixed="true">      
127             <xs:simpleContent>      
128                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
129                     <xs:enumeration value="" />      
130                     <xs:enumeration value="Anus" />      
131                     <xs:enumeration value="Bladder" />      
132                     <xs:enumeration value="Bone" />      
133                     <xs:enumeration value="Brain" />      
134                     <xs:enumeration value="Cervical Lymph Node" />      
135                     <xs:enumeration value="Cervix" />      
136                     <xs:enumeration value="Distant Metastasis " />      
137                     <xs:enumeration value="Head &amp; Neck" />      
138                     <xs:enumeration value="Hypopharynx" />      
139                     <xs:enumeration value="Larynx" />      
140                     <xs:enumeration value="Liver" />      
141                     <xs:enumeration value="Lung" />      
142                     <xs:enumeration value="Lymph Node Only" />      
143                     <xs:enumeration value="Non-regional / Distant Lymph Nodes" />      
144                     <xs:enumeration value="Not Applicable" />      
145                     <xs:enumeration value="Oral Cavity" />      
146                     <xs:enumeration value="Oropharynx" />      
147                     <xs:enumeration value="Other, specify" />      
148                     <xs:enumeration value="Peritoneal Surfaces" />      
149                     <xs:enumeration value="Renal Pelvis" />      
150                     <xs:enumeration value="Ureter" />      
151                     <xs:enumeration value="Urethra" />      
152                     <xs:enumeration value="Vulva" />      
153                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3108271" />      
154                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5" />      
155                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />      
156                 </xs:restriction>      
157             </xs:simpleContent>      
158         </xs:complexType>      
159     </xs:element>      
 
161     <xs:element name="new_neoplasm_occurrence_anatomic_site_text" nillable="true"> +-    
162         <xs:complexType>      
163             <xs:simpleContent>      
164                 <xs:extension base="xs:string">      
165                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />      
166                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3128033" />      
167                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5" />      
168                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />      
169                 </xs:extension>      
170             </xs:simpleContent>      
171         </xs:complexType>      
172     </xs:element>      
 
174     <xs:element name="additional_embolization_or_ablation_therapeutic_procedure_post_recurrent_disease_performed_indicator" nillable="true"> +-    
175         <xs:complexType mixed="true">      
176             <xs:simpleContent>      
177                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
178                     <xs:enumeration value="" />      
179                     <xs:enumeration value="No" />      
180                     <xs:enumeration value="Unknown" />      
181                     <xs:enumeration value="Yes" />      
182                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3173961" />      
183                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5" />      
184                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />      
185                 </xs:restriction>      
186             </xs:simpleContent>      
187         </xs:complexType>      
188     </xs:element>      
 
190 </xs:schema> +-    

   
File: TCGA_BCR.LUAD_Clinical.xsd  
4 <xs:schema elementFormDefault="qualified" version="2.5.0" <> 4 <xs:schema elementFormDefault="qualified" version="2.4.4"
 
6   xmlns:utility="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5" <> 6   xmlns:utility="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.4"
7   xmlns:admin="http://tcga.nci/bcr/xml/administration/2.5"   7   xmlns:admin="http://tcga.nci/bcr/xml/administration/2.4"
8   xmlns:shared="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5"   8   xmlns:shared="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.4"
9   xmlns:lusc_luad_shared="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/lusc_luad/2.5"      
10   xmlns:rad="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/radiation/2.5"   9   xmlns:rad="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/radiation/2.4"
11   xmlns:rx="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/pharmaceutical/2.5"   10   xmlns:rx="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/pharmaceutical/2.4"
12   xmlns:cqcf="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/cqcf/2.5"      
13   xmlns:follow_up_v1.0="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/luad/followup/2.5/1.0"      
14   xmlns="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/luad/2.5"   11   xmlns="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/luad/2.4"
15   targetNamespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/luad/2.5"   12   targetNamespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/luad/2.4"
 
33     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5/TCGA_BCR.Utility.xsd" /> <> 28     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.4" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/utility/2.4/TCGA_BCR.Utility.xsd" />
34     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/administration/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/administration/2.5/TCGA_BCR.Administration.xsd" />   29     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/administration/2.4" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/administration/2.4/TCGA_BCR.Administration.xsd" />
35     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5/TCGA_BCR.Shared_Clinical_Elements.xsd" />   30     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.4" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.4/TCGA_BCR.Shared_Clinical_Elements.xsd" />
36     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/radiation/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/radiation/2.5/TCGA_BCR.Radiation.xsd" />   31     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/radiation/2.4" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/radiation/2.4/TCGA_BCR.Radiation.xsd" />
37     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/pharmaceutical/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/pharmaceutical/2.5/TCGA_BCR.Pharmaceutical.xsd" />   32     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/pharmaceutical/2.4" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/pharmaceutical/2.4/TCGA_BCR.Pharmaceutical.xsd" />
38     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/cqcf/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/cqcf/2.5/TCGA_BCR.CQCF.xsd" />      
39     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/luad/followup/2.5/1.0" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/luad/followup/2.5/TCGA_BCR.LUAD_Clinical_FollowUp_v1.0.xsd" />      
40     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/lusc_luad/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5/TCGA_BCR.Shared_Clinical_LUSC_LUAD_Elements.xsd" />      
 
49             <xs:attribute name="schemaVersion" type="xs:decimal" use="required" fixed="2.5"/> <> 41             <xs:attribute name="schemaVersion" type="xs:decimal" use="required" fixed="2.4"/>
 
57                 <xs:element ref="lusc_luad_shared:histological_type" /> <> 49                 <xs:element ref="histological_type" />
 
142                 <xs:element ref="lusc_luad_shared:tumor_stage" /> <> 135                 <xs:element ref="tumor_stage" />
143                 <xs:element ref="lusc_luad_shared:primary_tumor_pathologic_spread" />   136                 <xs:element ref="primary_tumor_pathologic_spread" />
144                 <xs:element ref="lusc_luad_shared:lymphnode_pathologic_spread" />   137                 <xs:element ref="lymphnode_pathologic_spread" />
145                 <xs:element ref="lusc_luad_shared:distant_metastasis_pathologic_spread" />   138                 <xs:element ref="distant_metastasis_pathologic_spread" />
146                 <xs:element ref="shared:karnofsky_performance_score" />   139                 <xs:element ref="karnofsky_performance_score" />
147                 <xs:element ref="shared:eastern_cancer_oncology_group" />   140                 <xs:element ref="eastern_cancer_oncology_group" />
148                 <xs:element ref="lusc_luad_shared:tobacco_smoking_history_indicator" />   141                 <xs:element ref="tobacco_smoking_history_indicator" />
149                 <xs:element ref="lusc_luad_shared:year_of_tobacco_smoking_onset" />   142                 <xs:element ref="year_of_tobacco_smoking_onset" />
150                 <xs:element ref="shared:stopped_smoking_year" />   143                 <xs:element ref="year_of_tobacco_smoking_cessation" />
151                 <xs:element ref="shared:number_pack_years_smoked" />   144                 <xs:element ref="number_pack_years_smoked" />
152                 <xs:element ref="shared:anatomic_organ_subdivision" />   145                 <xs:element ref="anatomic_organ_subdivision" />
153                 <xs:element ref="lusc_luad_shared:diagnosis" />   146                 <xs:element ref="diagnosis" />
154                 <xs:element ref="lusc_luad_shared:location_in_lung_parenchyma" />   147                 <xs:element ref="location_in_lung_parenchyma" />
155                 <xs:element ref="shared:residual_tumor" />   148                 <xs:element ref="residual_tumor" />
156                 <xs:element ref="lusc_luad_shared:kras_mutation_found" />   149                 <xs:element ref="kras_mutation_found" />
157                 <xs:element ref="lusc_luad_shared:kras_gene_analysis_performed" />   150                 <xs:element ref="kras_gene_analysis_performed" />
158                 <xs:element ref="lusc_luad_shared:kras_mutation_result" />   151                 <xs:element ref="kras_mutation_result" />
159                 <xs:element ref="lusc_luad_shared:egfr_mutation_performed" />   152                 <xs:element ref="egfr_mutation_performed" />
160                 <xs:element ref="lusc_luad_shared:egfr_mutation_result" />   153                 <xs:element ref="egfr_mutation_result" />
161                 <xs:element ref="lusc_luad_shared:eml4_alk_translocation_performed" />   154                 <xs:element ref="eml4_alk_translocation_performed" />
162                 <xs:element ref="lusc_luad_shared:eml4_alk_translocation_result" />   155                 <xs:element ref="eml4_alk_translocation_result" />
163                 <xs:element ref="lusc_luad_shared:eml4_alk_translocation_method" />   156                 <xs:element ref="eml4_alk_translocation_method" />
 
166                 <> 159             </xs:sequence>
      160         </xs:complexType>
      161     </xs:element>
 
167                 <xs:element ref="lusc_luad_shared:clinical_cqcf" /> <> 163     <xs:element name="egfr_mutation_result" nillable="true">
168                   164         <xs:complexType mixed="true">
      165             <xs:simpleContent>
      166                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
169                 <xs:element name="follow_ups">   167                     <xs:enumeration value="" />
      168                     <xs:enumeration value="G719X" />
      169                     <xs:enumeration value="Exon 19 Deletion" />
      170                     <xs:enumeration value="Exon 20 Insertion" />
      171                     <xs:enumeration value="T790M" />
      172                     <xs:enumeration value="L858R" />
      173                     <xs:enumeration value="L861Q" />
      174                     <xs:enumeration value="Other" />
      175                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3147627" />
      176                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />
      177                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      178                 </xs:restriction>
      179             </xs:simpleContent>
      180         </xs:complexType>
      181     </xs:element>
 
    <> 183     <xs:element name="eml4_alk_translocation_result" nillable="true">
      184         <xs:complexType mixed="true">
170                    <xs:annotation>   185             <xs:simpleContent>
171                       <xs:documentation>We are using namespaces and version numbers to distinguish one version of followup from another.</xs:documentation>   186                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      187                     <xs:enumeration value="" />
      188                     <xs:enumeration value="Variant 1" />
      189                     <xs:enumeration value="Variant 2" />
      190                     <xs:enumeration value="Variant 3" />
      191                     <xs:enumeration value="Variant 4" />
      192                     <xs:enumeration value="Variant 5" />
      193                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3139445" />
      194                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />
      195                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      196                 </xs:restriction>
      197             </xs:simpleContent>
      198         </xs:complexType>
      199     </xs:element>
 
    -+ 201     <xs:element name="eml4_alk_translocation_method" nillable="true">
      202         <xs:complexType mixed="true">
      203             <xs:simpleContent>
      204                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      205                     <xs:enumeration value="" />
      206                     <xs:enumeration value="IHC" />
      207                     <xs:enumeration value="FISH" />
      208                     <xs:enumeration value="RT-PCR" />
      209                     <xs:enumeration value="Other" />
      210                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3139449" />
      211                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />
      212                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      213                 </xs:restriction>
      214             </xs:simpleContent>
      215         </xs:complexType>
      216     </xs:element>
 
    <> 218     <xs:element name="egfr_mutation_performed" nillable="true">
      219         <xs:complexType>
      220             <xs:simpleContent>
      221                 <xs:extension base="utility:yes_or_no">
      222                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      223                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3139429" />
      224                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />
      225                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
172                    </xs:annotation>   226                 </xs:extension>
      227             </xs:simpleContent>
      228         </xs:complexType>
      229     </xs:element>
 
    -+ 231     <xs:element name="eml4_alk_translocation_performed" nillable="true">
 
    <> 233             <xs:simpleContent>
      234                 <xs:extension base="utility:yes_or_no">
      235                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      236                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3139437" />
      237                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />
      238                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      239                 </xs:extension>
      240             </xs:simpleContent>
      241         </xs:complexType>
174                       <xs:sequence>   242     </xs:element>
 
    -+ 244     <xs:element name="histological_type" nillable="true">
      245         <xs:complexType mixed="true">
      246             <xs:simpleContent>
      247                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      248                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3081934" />
      249                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.9" />
      250                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      251                 </xs:restriction>
      252             </xs:simpleContent>
      253         </xs:complexType>
      254     </xs:element>
 
    -+ 256     <xs:element name="diagnosis" nillable="true">
      257         <xs:complexType mixed="true">
      258             <xs:simpleContent>
      259                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      260                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3081932" />
      261                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />
      262                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      263                 </xs:restriction>
      264             </xs:simpleContent>
      265         </xs:complexType>
      266     </xs:element>
 
    -+ 268     <xs:element name="location_in_lung_parenchyma" nillable="true">
      269         <xs:complexType mixed="true">
      270             <xs:simpleContent>
      271                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      272                     <xs:enumeration value="" />
      273                     <xs:enumeration value="Peripheral Lung" />
      274                     <xs:enumeration value="Central Lung" />
      275                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3139453" />
      276                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />
      277                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      278                 </xs:restriction>
      279             </xs:simpleContent>
      280         </xs:complexType>
      281     </xs:element>
 
    -+ 283     <xs:element name="anatomic_organ_subdivision" nillable="true">
      284         <xs:complexType mixed="true">
      285             <xs:simpleContent>
      286                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      287                     <xs:enumeration value="" />
      288                     <xs:enumeration value="R-Upper" />
      289                     <xs:enumeration value="R-Middle" />
      290                     <xs:enumeration value="R-Lower" />
      291                     <xs:enumeration value="L-Upper" />
      292                     <xs:enumeration value="L-Lower" />
      293                     <xs:enumeration value="Bronchial" />
      294                     <xs:enumeration value="Mediastinal" />
      295                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2008006" />
      296                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />
      297                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      298                 </xs:restriction>
      299             </xs:simpleContent>
      300         </xs:complexType>
      301     </xs:element>
 
    -+ 303     <xs:element name="kras_mutation_result" nillable="true">
      304         <xs:complexType mixed="true">
      305             <xs:simpleContent>
      306                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      307                     <xs:enumeration value="" />
      308                     <xs:enumeration value="G12A" />
      309                     <xs:enumeration value="G12C" />
      310                     <xs:enumeration value="G12D" />
      311                     <xs:enumeration value="G12R" />
      312                     <xs:enumeration value="G12S" />
      313                     <xs:enumeration value="G12V" />
      314                     <xs:enumeration value="G13D" />
      315                     <xs:enumeration value="Other" />
      316                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3147614" />
      317                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />
      318                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      319                 </xs:restriction>
      320             </xs:simpleContent>
      321         </xs:complexType>
      322     </xs:element>
 
    -+ 324     <xs:element name="number_pack_years_smoked" nillable="true">
      325         <xs:complexType mixed="true">
      326             <xs:simpleContent>
      327                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      328                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2955385" />
      329                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />
      330                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      331                 </xs:restriction>
      332             </xs:simpleContent>
      333         </xs:complexType>
      334     </xs:element>
 
    -+ 336     <xs:element name="tobacco_smoking_history_indicator" nillable="true">
      337         <xs:complexType>
      338             <xs:simpleContent>
      339                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      340                     <xs:enumeration value="" />
      341                     <xs:enumeration value="Lifelong Non-smoker" />
      342                     <xs:enumeration value="Current smoker" />
      343                     <xs:enumeration value="Current reformed smoker for &gt; 15 years" />
      344                     <xs:enumeration value="Current reformed smoker for &lt; or = 15 years" />
      345                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2181650" />
      346                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />
      347                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      348                 </xs:restriction>
      349             </xs:simpleContent>
      350         </xs:complexType>
      351     </xs:element>
 
175                          <xs:element ref="follow_up_v1.0:follow_up_v1.0" minOccurs="0" maxOccurs="unbounded" /> <> 353     <xs:element name="year_of_tobacco_smoking_onset" nillable="true">
      354         <xs:complexType mixed="true">
      355             <xs:simpleContent>
      356                 <xs:extension base="utility:generic_year">
      357                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      358                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2228604" />
      359                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />
      360                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      361                 </xs:extension>
      362             </xs:simpleContent>
      363         </xs:complexType>
176                       </xs:sequence>   364     </xs:element>
 
    -+ 366     <xs:element name="year_of_tobacco_smoking_cessation" nillable="true">
      367         <xs:complexType mixed="true">
      368             <xs:simpleContent>
      369                 <xs:extension base="utility:generic_year">
      370                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      371                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2228610" />
      372                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />
      373                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      374                 </xs:extension>
      375             </xs:simpleContent>
 
    <> 379     <xs:element name="kras_mutation_found" nillable="true">
      380         <xs:complexType>
      381             <xs:simpleContent>
      382                 <xs:extension base="utility:yes_or_no">
      383                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      384                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2932340" />
      385                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />
      386                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      387                 </xs:extension>
      388             </xs:simpleContent>
      389         </xs:complexType>
179             </xs:sequence>   390     </xs:element>
 
    -+ 392     <xs:element name="kras_gene_analysis_performed" nillable="true">
      393         <xs:complexType>
      394             <xs:simpleContent>
      395                 <xs:extension base="utility:yes_or_no">
      396                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      397                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3123147" />
      398                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />
      399                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      400                 </xs:extension>
      401             </xs:simpleContent>
 
    -+ 405     <xs:element name="residual_tumor" nillable="true">
      406         <xs:complexType>
      407             <xs:simpleContent>
      408                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      409                     <xs:enumeration value="" />
      410                     <xs:enumeration value="RX" />
      411                     <xs:enumeration value="R0" />
      412                     <xs:enumeration value="R1" />
      413                     <xs:enumeration value="R2" />
      414                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2608702" />
      415                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.11" />
      416                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      417                 </xs:restriction>
      418             </xs:simpleContent>
      419         </xs:complexType>
      420     </xs:element>
 
    -+ 422     <xs:element name="primary_therapy_outcome_success" nillable="true">
      423         <xs:complexType>
      424             <xs:simpleContent>
      425                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      426                     <xs:enumeration value="" />
      427                     <xs:enumeration value="PROGRESSIVE DISEASE" />
      428                     <xs:enumeration value="STABLE DISEASE" />
      429                     <xs:enumeration value="PARTIAL RESPONSE" />
      430                     <xs:enumeration value="COMPLETE RESPONSE" />
      431                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2786727" />
      432                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.11" />
      433                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      434                 </xs:restriction>
      435             </xs:simpleContent>
      436         </xs:complexType>
      437     </xs:element>
 
    -+ 439     <xs:element name="karnofsky_performance_score">
      440         <xs:complexType>
      441             <xs:simpleContent>
      442                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      443                     <xs:enumeration value="" />
      444                     <xs:enumeration value="0" />
      445                     <xs:enumeration value="10" />
      446                     <xs:enumeration value="20" />
      447                     <xs:enumeration value="30" />
      448                     <xs:enumeration value="40" />
      449                     <xs:enumeration value="50" />
      450                     <xs:enumeration value="60" />
      451                     <xs:enumeration value="70" />
      452                     <xs:enumeration value="80" />
      453                     <xs:enumeration value="90" />
      454                     <xs:enumeration value="100" />
      455                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2003853" />
      456                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.8" />
      457                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      458                 </xs:restriction>
      459             </xs:simpleContent>
      460         </xs:complexType>
      461     </xs:element>
 
    -+ 463     <xs:element name="eastern_cancer_oncology_group">
      464         <xs:complexType>
      465             <xs:simpleContent>
      466                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      467                     <xs:enumeration value="" />
      468                     <xs:enumeration value="0" />
      469                     <xs:enumeration value="1" />
      470                     <xs:enumeration value="2" />
      471                     <xs:enumeration value="3" />
      472                     <xs:enumeration value="4" />
      473                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="88" />
      474                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.9" />
      475                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      476                 </xs:restriction>
      477             </xs:simpleContent>
      478         </xs:complexType>
      479     </xs:element>
 
    -+ 481     <xs:element name="primary_tumor_pathologic_spread" nillable="true">
      482         <xs:complexType>
      483             <xs:simpleContent>
      484                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      485                     <xs:enumeration value="" />
      486                     <xs:enumeration value="TX" />
      487                     <xs:enumeration value="T0" />
      488                     <xs:enumeration value="Tis" />
      489                     <xs:enumeration value="T1" />
      490                     <xs:enumeration value="T1a" />
      491                     <xs:enumeration value="T1b" />
      492                     <xs:enumeration value="T2" />
      493                     <xs:enumeration value="T2a" />
      494                     <xs:enumeration value="T2b" />
      495                     <xs:enumeration value="T3" />
      496                     <xs:enumeration value="T4" />
      497                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3045435" />
      498                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.1" />
      499                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      500                 </xs:restriction>
      501             </xs:simpleContent>
      502         </xs:complexType>
      503     </xs:element>
 
    -+ 505     <xs:element name="lymphnode_pathologic_spread" nillable="true">
      506         <xs:complexType>
      507             <xs:simpleContent>
      508                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      509                     <xs:enumeration value="" />
      510                     <xs:enumeration value="NX" />
      511                     <xs:enumeration value="N0" />
      512                     <xs:enumeration value="N1" />
      513                     <xs:enumeration value="N2" />
      514                     <xs:enumeration value="N3" />
      515                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3065858" />
      516                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.1" />
      517                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      518                 </xs:restriction>
      519             </xs:simpleContent>
      520         </xs:complexType>
      521     </xs:element>
 
    -+ 523     <xs:element name="distant_metastasis_pathologic_spread" nillable="true">
      524         <xs:complexType>
      525             <xs:simpleContent>
      526                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      527                     <xs:enumeration value="" />
      528                     <xs:enumeration value="M0" />
      529                     <xs:enumeration value="M1" />
      530                     <xs:enumeration value="M1a" />
      531                     <xs:enumeration value="M1b" />
      532                     <xs:enumeration value="MX" />
      533                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3045439" />
      534                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.4" />
      535                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      536                 </xs:restriction>
      537             </xs:simpleContent>
      538         </xs:complexType>
      539     </xs:element>
 
    -+ 541     <xs:element name="tumor_stage" nillable="true">
      542         <xs:complexType>
      543             <xs:simpleContent>
      544                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      545                     <xs:enumeration value="" />
      546                     <xs:enumeration value="Stage I" />
      547                     <xs:enumeration value="Stage IA" />
      548                     <xs:enumeration value="Stage IB" />
      549                     <xs:enumeration value="Stage II" />
      550                     <xs:enumeration value="Stage IIA" />
      551                     <xs:enumeration value="Stage IIB" />
      552                     <xs:enumeration value="Stage III" />
      553                     <xs:enumeration value="Stage IIIA" />
      554                     <xs:enumeration value="Stage IIIB" />
      555                     <xs:enumeration value="Stage IV" />
      556                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3065862" />
      557                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.4" />
      558                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      559                 </xs:restriction>
      560             </xs:simpleContent>
      561         </xs:complexType>
      562     </xs:element>

   
File: TCGA_BCR.LUAD_Clinical_FollowUp_v1.0.xsd  
1 <?xml version="1.0" encoding="utf-8" ?> +-    
 
4 <xs:schema elementFormDefault="qualified" version="2.5.0" +-    
5    xmlns:xs="http://www.w3.org/2001/XMLSchema"      
6    xmlns:shared="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5"      
7    xmlns:utility="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5"      
8    xmlns:admin="http://tcga.nci/bcr/xml/administration/2.5"      
9    xmlns="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/luad/followup/2.5/1.0"      
10    targetNamespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/luad/followup/2.5/1.0"      
11    xmlns:jaxb="http://java.sun.com/xml/ns/jaxb" jaxb:version="1.0" >      
 
13     <xs:import schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5/TCGA_BCR.Utility.xsd" namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5" /> +-    
14     <xs:import schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/administration/2.5/TCGA_BCR.Administration.xsd" namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/administration/2.5" />      
15     <xs:import schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5/TCGA_BCR.Shared_Clinical_Elements.xsd" namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5" />      
 
17     <xs:annotation> +-    
18         <xs:appinfo>      
19             <jaxb:globalBindings generateIsSetMethod="true" />      
20             <jaxb:schemaBindings>      
21                 <jaxb:package name="nci.tcga.bcr.xml.jaxb.clinical.luad" />      
22             </jaxb:schemaBindings>      
23         </xs:appinfo>      
24     </xs:annotation>      
 
26     <xs:annotation> +-    
27         <xs:documentation xml:lang="en">Schema to define the elements of the TCGA Clinical Data Follow-up Form within the LUSC study.</xs:documentation>      
28     </xs:annotation>      
 
30     <xs:element name="follow_up_v1.0"> +-    
31         <xs:complexType>      
32             <xs:sequence>      
33                 <xs:element ref="shared:bcr_patient_barcode" />      
34                 <xs:element ref="shared:bcr_patient_uuid" />      
35                 <xs:element ref="shared:vital_status" />      
36                 <xs:choice>      
37                     <xs:sequence>      
38                         <xs:element ref="shared:day_of_last_followup" />      
39                         <xs:element ref="shared:month_of_last_followup" />      
40                         <xs:element ref="shared:year_of_last_followup" />      
41                     </xs:sequence>      
42                     <xs:element ref="shared:days_to_last_followup" />      
43                 </xs:choice>      
44                 <xs:choice>      
45                     <xs:sequence>      
46                         <xs:element ref="shared:day_of_death" />      
47                         <xs:element ref="shared:month_of_death" />      
48                         <xs:element ref="shared:year_of_death" />      
49                     </xs:sequence>      
50                     <xs:element ref="shared:days_to_death" />      
51                 </xs:choice>      
52                 <xs:choice>      
53                     <xs:sequence>      
54                         <xs:element ref="shared:day_of_new_tumor_event_after_initial_treatment" />      
55                         <xs:element ref="shared:month_of_new_tumor_event_after_initial_treatment" />      
56                         <xs:element ref="shared:year_of_new_tumor_event_after_initial_treatment" />      
57                     </xs:sequence>      
58                     <xs:element ref="shared:days_to_new_tumor_event_after_initial_treatment" />      
59                 </xs:choice>      
60                 <xs:element ref="shared:additional_surgery_locoregional_procedure" />      
61                 <xs:choice>      
62                     <xs:sequence>      
63                         <xs:element ref="shared:day_of_additional_surgery_locoregional_procedure" />      
64                         <xs:element ref="shared:month_of_additional_surgery_locoregional_procedure" />      
65                         <xs:element ref="shared:year_of_additional_surgery_locoregional_procedure" />      
66                     </xs:sequence>      
67                     <xs:element ref="shared:days_to_additional_surgery_locoregional_procedure" />      
68                 </xs:choice>      
69                 <xs:element ref="shared:person_neoplasm_cancer_status" />      
70                 <xs:element ref="shared:radiation_therapy" />      
71                 <xs:element ref="shared:additional_radiation_therapy" />      
72                 <xs:element ref="shared:targeted_molecular_therapy" />      
73                 <xs:element ref="shared:additional_pharmaceutical_therapy" />      
74                 <xs:element ref="shared:additional_surgery_metastatic_procedure" />      
75                 <xs:choice>      
76                     <xs:sequence>      
77                         <xs:element ref="shared:day_of_additional_surgery_metastatic_procedure" />      
78                         <xs:element ref="shared:month_of_additional_surgery_metastatic_procedure" />      
79                         <xs:element ref="shared:year_of_additional_surgery_metastatic_procedure" />      
80                     </xs:sequence>      
81                     <xs:element ref="shared:days_to_additional_surgery_metastatic_procedure" />      
82                 </xs:choice>      
83                 <xs:choice>      
84                     <xs:sequence>      
85                         <xs:element ref="shared:day_of_form_completion" />      
86                         <xs:element ref="shared:month_of_form_completion" />      
87                         <xs:element ref="shared:year_of_form_completion" />      
88                     </xs:sequence>      
89                     <xs:element ref="shared:days_to_form_completion" />      
90                 </xs:choice>      
 
92                 <xs:element ref="shared:followup_case_report_form_submission_reason" /> +-    
 
94                 <xs:element ref="shared:new_tumor_event_after_initial_treatment" /> +-    
95                 <xs:element ref="shared:followup_treatment_success" />      
96                 <xs:element ref="shared:karnofsky_performance_score" />      
97                 <xs:element ref="shared:eastern_cancer_oncology_group" />      
98                 <xs:element ref="shared:performance_status_scale_timing" />      
99             </xs:sequence>      
100             <xs:attribute name="version" type="xs:string" default="1.0" use="optional"/>      
101         </xs:complexType>      
102     </xs:element>      
 
105 </xs:schema> +-    

   
File: TCGA_BCR.LUSC_Clinical.xsd  
4 <xs:schema elementFormDefault="qualified" version="2.5.0" <> 4 <xs:schema elementFormDefault="qualified" version="2.4.4"
 
6   xmlns:utility="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5" <> 6   xmlns:utility="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.4"
7   xmlns:admin="http://tcga.nci/bcr/xml/administration/2.5"   7   xmlns:admin="http://tcga.nci/bcr/xml/administration/2.4"
8   xmlns:shared="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5"   8   xmlns:shared="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.4"
9   xmlns:lusc_luad_shared="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/lusc_luad/2.5"      
10   xmlns:rad="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/radiation/2.5"   9   xmlns:rad="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/radiation/2.4"
11   xmlns:rx="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/pharmaceutical/2.5"   10   xmlns:rx="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/pharmaceutical/2.4"
12   xmlns:cqcf="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/cqcf/2.5"      
13   xmlns:follow_up_v1.0="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/lusc/followup/2.5/1.0"      
14   xmlns="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/lusc/2.5"   11   xmlns="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/lusc/2.4"
15   targetNamespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/lusc/2.5"   12   targetNamespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/lusc/2.4"
 
33     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5/TCGA_BCR.Utility.xsd" /> <> 28     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.4" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/utility/2.4/TCGA_BCR.Utility.xsd" />
34     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/administration/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/administration/2.5/TCGA_BCR.Administration.xsd" />   29     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/administration/2.4" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/administration/2.4/TCGA_BCR.Administration.xsd" />
35     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5/TCGA_BCR.Shared_Clinical_Elements.xsd" />   30     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.4" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.4/TCGA_BCR.Shared_Clinical_Elements.xsd" />
36     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/radiation/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/radiation/2.5/TCGA_BCR.Radiation.xsd" />   31     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/radiation/2.4" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/radiation/2.4/TCGA_BCR.Radiation.xsd" />
37     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/pharmaceutical/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/pharmaceutical/2.5/TCGA_BCR.Pharmaceutical.xsd" />   32     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/pharmaceutical/2.4" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/pharmaceutical/2.4/TCGA_BCR.Pharmaceutical.xsd" />
38     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/cqcf/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/cqcf/2.5/TCGA_BCR.CQCF.xsd" />      
39     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/lusc/followup/2.5/1.0" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/lusc/followup/2.5/TCGA_BCR.LUSC_Clinical_FollowUp_v1.0.xsd" />      
40     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/lusc_luad/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5/TCGA_BCR.Shared_Clinical_LUSC_LUAD_Elements.xsd" />      
 
49             <xs:attribute name="schemaVersion" type="xs:decimal" use="required" fixed="2.5"/> <> 41             <xs:attribute name="schemaVersion" type="xs:decimal" use="required" fixed="2.4"/>
 
57                 <xs:element ref="lusc_luad_shared:histological_type" /> <> 49                 <xs:element ref="histological_type" />
 
142                 <xs:element ref="lusc_luad_shared:tumor_stage" /> <> 135                 <xs:element ref="tumor_stage" />
143                 <xs:element ref="lusc_luad_shared:primary_tumor_pathologic_spread" />   136                 <xs:element ref="primary_tumor_pathologic_spread" />
144                 <xs:element ref="lusc_luad_shared:lymphnode_pathologic_spread" />   137                 <xs:element ref="lymphnode_pathologic_spread" />
145                 <xs:element ref="lusc_luad_shared:distant_metastasis_pathologic_spread" />   138                 <xs:element ref="distant_metastasis_pathologic_spread" />
146                 <xs:element ref="shared:karnofsky_performance_score" />   139                 <xs:element ref="karnofsky_performance_score" />
147                 <xs:element ref="shared:eastern_cancer_oncology_group" />   140                 <xs:element ref="eastern_cancer_oncology_group" />
148                 <xs:element ref="lusc_luad_shared:tobacco_smoking_history_indicator" />   141                 <xs:element ref="tobacco_smoking_history_indicator" />
149                 <xs:element ref="lusc_luad_shared:year_of_tobacco_smoking_onset" />   142                 <xs:element ref="year_of_tobacco_smoking_onset" />
150                 <xs:element ref="shared:stopped_smoking_year" />   143                 <xs:element ref="year_of_tobacco_smoking_cessation" />
151                 <xs:element ref="shared:number_pack_years_smoked" />   144                 <xs:element ref="number_pack_years_smoked" />
152                 <xs:element ref="shared:anatomic_organ_subdivision" />   145                 <xs:element ref="anatomic_organ_subdivision" />
153                 <xs:element ref="lusc_luad_shared:diagnosis" />   146                 <xs:element ref="diagnosis" />
154                 <xs:element ref="lusc_luad_shared:location_in_lung_parenchyma" />   147                 <xs:element ref="location_in_lung_parenchyma" />
155                 <xs:element ref="shared:residual_tumor" />   148                 <xs:element ref="residual_tumor" />
156                 <xs:element ref="lusc_luad_shared:kras_mutation_found" />   149                 <xs:element ref="kras_mutation_found" />
157                 <xs:element ref="lusc_luad_shared:kras_gene_analysis_performed" />   150                 <xs:element ref="kras_gene_analysis_performed" />
158                 <xs:element ref="lusc_luad_shared:kras_mutation_result" />   151                 <xs:element ref="kras_mutation_result" />
159                 <xs:element ref="lusc_luad_shared:egfr_mutation_performed" />   152                 <xs:element ref="egfr_mutation_performed" />
160                 <xs:element ref="lusc_luad_shared:egfr_mutation_result" />   153                 <xs:element ref="egfr_mutation_result" />
161                 <xs:element ref="lusc_luad_shared:eml4_alk_translocation_performed" />   154                 <xs:element ref="eml4_alk_translocation_performed" />
162                 <xs:element ref="lusc_luad_shared:eml4_alk_translocation_result" />   155                 <xs:element ref="eml4_alk_translocation_result" />
163                 <xs:element ref="lusc_luad_shared:eml4_alk_translocation_method" />   156                 <xs:element ref="eml4_alk_translocation_method" />
 
166                 <> 159             </xs:sequence>
      160         </xs:complexType>
      161     </xs:element>
 
167                 <xs:element ref="lusc_luad_shared:clinical_cqcf" /> <> 163     <xs:element name="egfr_mutation_result" nillable="true">
168                   164         <xs:complexType mixed="true">
      165             <xs:simpleContent>
      166                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
169                 <xs:element name="follow_ups">   167                     <xs:enumeration value="" />
      168                     <xs:enumeration value="G719X" />
      169                     <xs:enumeration value="Exon 19 Deletion" />
      170                     <xs:enumeration value="Exon 20 Insertion" />
      171                     <xs:enumeration value="T790M" />
      172                     <xs:enumeration value="L858R" />
      173                     <xs:enumeration value="L861Q" />
      174                     <xs:enumeration value="Other" />
      175                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3147627" />
      176                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />
      177                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      178                 </xs:restriction>
      179             </xs:simpleContent>
      180         </xs:complexType>
      181     </xs:element>
 
    <> 183     <xs:element name="eml4_alk_translocation_result" nillable="true">
      184         <xs:complexType mixed="true">
170                    <xs:annotation>   185             <xs:simpleContent>
171                       <xs:documentation>We are using namespaces and version numbers to distinguish one version of followup from another.</xs:documentation>   186                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      187                     <xs:enumeration value="" />
      188                     <xs:enumeration value="Variant 1" />
      189                     <xs:enumeration value="Variant 2" />
      190                     <xs:enumeration value="Variant 3" />
      191                     <xs:enumeration value="Variant 4" />
      192                     <xs:enumeration value="Variant 5" />
      193                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3139445" />
      194                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />
      195                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      196                 </xs:restriction>
      197             </xs:simpleContent>
      198         </xs:complexType>
      199     </xs:element>
 
    -+ 201     <xs:element name="eml4_alk_translocation_method" nillable="true">
      202         <xs:complexType mixed="true">
      203             <xs:simpleContent>
      204                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      205                     <xs:enumeration value="" />
      206                     <xs:enumeration value="IHC" />
      207                     <xs:enumeration value="FISH" />
      208                     <xs:enumeration value="RT-PCR" />
      209                     <xs:enumeration value="Other" />
      210                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3139449" />
      211                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />
      212                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      213                 </xs:restriction>
      214             </xs:simpleContent>
      215         </xs:complexType>
      216     </xs:element>
 
    <> 218     <xs:element name="egfr_mutation_performed" nillable="true">
      219         <xs:complexType>
      220             <xs:simpleContent>
      221                 <xs:extension base="utility:yes_or_no">
      222                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      223                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3139429" />
      224                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />
      225                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
172                    </xs:annotation>   226                 </xs:extension>
      227             </xs:simpleContent>
      228         </xs:complexType>
      229     </xs:element>
 
    -+ 231     <xs:element name="eml4_alk_translocation_performed" nillable="true">
 
    <> 233             <xs:simpleContent>
      234                 <xs:extension base="utility:yes_or_no">
      235                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      236                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3139437" />
      237                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />
      238                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      239                 </xs:extension>
      240             </xs:simpleContent>
      241         </xs:complexType>
174                       <xs:sequence>   242     </xs:element>
 
    -+ 244     <xs:element name="histological_type" nillable="true">
      245         <xs:complexType mixed="true">
      246             <xs:simpleContent>
      247                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      248                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3081934" />
      249                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.9" />
      250                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      251                 </xs:restriction>
      252             </xs:simpleContent>
      253         </xs:complexType>
      254     </xs:element>
 
    -+ 256     <xs:element name="diagnosis" nillable="true">
      257         <xs:complexType mixed="true">
      258             <xs:simpleContent>
      259                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      260                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3081932" />
      261                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />
      262                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      263                 </xs:restriction>
      264             </xs:simpleContent>
      265         </xs:complexType>
      266     </xs:element>
 
    -+ 268     <xs:element name="location_in_lung_parenchyma" nillable="true">
      269         <xs:complexType mixed="true">
      270             <xs:simpleContent>
      271                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      272                     <xs:enumeration value="" />
      273                     <xs:enumeration value="Peripheral Lung" />
      274                     <xs:enumeration value="Central Lung" />
      275                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3139453" />
      276                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />
      277                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      278                 </xs:restriction>
      279             </xs:simpleContent>
      280         </xs:complexType>
      281     </xs:element>
 
    -+ 283     <xs:element name="anatomic_organ_subdivision" nillable="true">
      284         <xs:complexType mixed="true">
      285             <xs:simpleContent>
      286                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      287                     <xs:enumeration value="" />
      288                     <xs:enumeration value="R-Upper" />
      289                     <xs:enumeration value="R-Middle" />
      290                     <xs:enumeration value="R-Lower" />
      291                     <xs:enumeration value="L-Upper" />
      292                     <xs:enumeration value="L-Lower" />
      293                     <xs:enumeration value="Bronchial" />
      294                     <xs:enumeration value="Mediastinal" />
      295                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2008006" />
      296                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />
      297                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      298                 </xs:restriction>
      299             </xs:simpleContent>
      300         </xs:complexType>
      301     </xs:element>
 
    -+ 303     <xs:element name="kras_mutation_result" nillable="true">
      304         <xs:complexType mixed="true">
      305             <xs:simpleContent>
      306                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      307                     <xs:enumeration value="" />
      308                     <xs:enumeration value="G12A" />
      309                     <xs:enumeration value="G12C" />
      310                     <xs:enumeration value="G12D" />
      311                     <xs:enumeration value="G12R" />
      312                     <xs:enumeration value="G12S" />
      313                     <xs:enumeration value="G12V" />
      314                     <xs:enumeration value="G13D" />
      315                     <xs:enumeration value="Other" />
      316                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3147614" />
      317                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />
      318                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      319                 </xs:restriction>
      320             </xs:simpleContent>
      321         </xs:complexType>
      322     </xs:element>
 
    -+ 324     <xs:element name="number_pack_years_smoked" nillable="true">
      325         <xs:complexType mixed="true">
      326             <xs:simpleContent>
      327                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      328                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2955385" />
      329                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />
      330                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      331                 </xs:restriction>
      332             </xs:simpleContent>
      333         </xs:complexType>
      334     </xs:element>
 
    -+ 336     <xs:element name="tobacco_smoking_history_indicator" nillable="true">
      337         <xs:complexType>
      338             <xs:simpleContent>
      339                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      340                     <xs:enumeration value="" />
      341                     <xs:enumeration value="Lifelong Non-smoker" />
      342                     <xs:enumeration value="Current smoker" />
      343                     <xs:enumeration value="Current reformed smoker for &gt; 15 years" />
      344                     <xs:enumeration value="Current reformed smoker for &lt; or = 15 years" />
      345                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2181650" />
      346                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />
      347                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      348                 </xs:restriction>
      349             </xs:simpleContent>
      350         </xs:complexType>
      351     </xs:element>
 
175                          <xs:element ref="follow_up_v1.0:follow_up_v1.0" minOccurs="0" maxOccurs="unbounded" /> <> 353     <xs:element name="year_of_tobacco_smoking_onset" nillable="true">
      354         <xs:complexType mixed="true">
      355             <xs:simpleContent>
      356                 <xs:extension base="utility:generic_year">
      357                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      358                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2228604" />
      359                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />
      360                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      361                 </xs:extension>
      362             </xs:simpleContent>
      363         </xs:complexType>
176                       </xs:sequence>   364     </xs:element>
 
    -+ 366     <xs:element name="year_of_tobacco_smoking_cessation" nillable="true">
      367         <xs:complexType mixed="true">
      368             <xs:simpleContent>
      369                 <xs:extension base="utility:generic_year">
      370                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      371                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2228610" />
      372                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />
      373                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      374                 </xs:extension>
      375             </xs:simpleContent>
 
    <> 379     <xs:element name="kras_mutation_found" nillable="true">
      380         <xs:complexType>
      381             <xs:simpleContent>
      382                 <xs:extension base="utility:yes_or_no">
      383                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      384                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2932340" />
      385                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />
      386                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      387                 </xs:extension>
      388             </xs:simpleContent>
      389         </xs:complexType>
179             </xs:sequence>   390     </xs:element>
 
    -+ 392     <xs:element name="kras_gene_analysis_performed" nillable="true">
      393         <xs:complexType>
      394             <xs:simpleContent>
      395                 <xs:extension base="utility:yes_or_no">
      396                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      397                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3123147" />
      398                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />
      399                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      400                 </xs:extension>
      401             </xs:simpleContent>
 
    -+ 405     <xs:element name="residual_tumor" nillable="true">
      406         <xs:complexType>
      407             <xs:simpleContent>
      408                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      409                     <xs:enumeration value="" />
      410                     <xs:enumeration value="RX" />
      411                     <xs:enumeration value="R0" />
      412                     <xs:enumeration value="R1" />
      413                     <xs:enumeration value="R2" />
      414                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2608702" />
      415                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.11" />
      416                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      417                 </xs:restriction>
      418             </xs:simpleContent>
      419         </xs:complexType>
      420     </xs:element>
 
    -+ 422     <xs:element name="primary_therapy_outcome_success" nillable="true">
      423         <xs:complexType>
      424             <xs:simpleContent>
      425                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      426                     <xs:enumeration value="" />
      427                     <xs:enumeration value="PROGRESSIVE DISEASE" />
      428                     <xs:enumeration value="STABLE DISEASE" />
      429                     <xs:enumeration value="PARTIAL RESPONSE" />
      430                     <xs:enumeration value="COMPLETE RESPONSE" />
      431                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2786727" />
      432                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.11" />
      433                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      434                 </xs:restriction>
      435             </xs:simpleContent>
      436         </xs:complexType>
      437     </xs:element>
 
    -+ 439     <xs:element name="karnofsky_performance_score">
      440         <xs:complexType>
      441             <xs:simpleContent>
      442                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      443                     <xs:enumeration value="" />
      444                     <xs:enumeration value="0" />
      445                     <xs:enumeration value="10" />
      446                     <xs:enumeration value="20" />
      447                     <xs:enumeration value="30" />
      448                     <xs:enumeration value="40" />
      449                     <xs:enumeration value="50" />
      450                     <xs:enumeration value="60" />
      451                     <xs:enumeration value="70" />
      452                     <xs:enumeration value="80" />
      453                     <xs:enumeration value="90" />
      454                     <xs:enumeration value="100" />
      455                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2003853" />
      456                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.8" />
      457                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      458                 </xs:restriction>
      459             </xs:simpleContent>
      460         </xs:complexType>
      461     </xs:element>
 
    -+ 463     <xs:element name="eastern_cancer_oncology_group">
      464         <xs:complexType>
      465             <xs:simpleContent>
      466                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      467                     <xs:enumeration value="" />
      468                     <xs:enumeration value="0" />
      469                     <xs:enumeration value="1" />
      470                     <xs:enumeration value="2" />
      471                     <xs:enumeration value="3" />
      472                     <xs:enumeration value="4" />
      473                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="88" />
      474                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.9" />
      475                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      476                 </xs:restriction>
      477             </xs:simpleContent>
      478         </xs:complexType>
      479     </xs:element>
 
    -+ 481     <xs:element name="primary_tumor_pathologic_spread" nillable="true">
      482         <xs:complexType>
      483             <xs:simpleContent>
      484                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      485                     <xs:enumeration value="" />
      486                     <xs:enumeration value="TX" />
      487                     <xs:enumeration value="T0" />
      488                     <xs:enumeration value="Tis" />
      489                     <xs:enumeration value="T1" />
      490                     <xs:enumeration value="T1a" />
      491                     <xs:enumeration value="T1b" />
      492                     <xs:enumeration value="T2" />
      493                     <xs:enumeration value="T2a" />
      494                     <xs:enumeration value="T2b" />
      495                     <xs:enumeration value="T3" />
      496                     <xs:enumeration value="T4" />
      497                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3045435" />
      498                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.1" />
      499                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      500                 </xs:restriction>
      501             </xs:simpleContent>
      502         </xs:complexType>
      503     </xs:element>
 
    -+ 505     <xs:element name="lymphnode_pathologic_spread" nillable="true">
      506         <xs:complexType>
      507             <xs:simpleContent>
      508                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      509                     <xs:enumeration value="" />
      510                     <xs:enumeration value="NX" />
      511                     <xs:enumeration value="N0" />
      512                     <xs:enumeration value="N1" />
      513                     <xs:enumeration value="N2" />
      514                     <xs:enumeration value="N3" />
      515                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3065858" />
      516                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.1" />
      517                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      518                 </xs:restriction>
      519             </xs:simpleContent>
      520         </xs:complexType>
      521     </xs:element>
 
    -+ 523     <xs:element name="distant_metastasis_pathologic_spread" nillable="true">
      524         <xs:complexType>
      525             <xs:simpleContent>
      526                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      527                     <xs:enumeration value="" />
      528                     <xs:enumeration value="M0" />
      529                     <xs:enumeration value="M1" />
      530                     <xs:enumeration value="M1a" />
      531                     <xs:enumeration value="M1b" />
      532                     <xs:enumeration value="MX" />
      533                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3045439" />
      534                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.4" />
      535                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      536                 </xs:restriction>
      537             </xs:simpleContent>
      538         </xs:complexType>
      539     </xs:element>
 
    -+ 541     <xs:element name="tumor_stage" nillable="true">
      542         <xs:complexType>
      543             <xs:simpleContent>
      544                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      545                     <xs:enumeration value="" />
      546                     <xs:enumeration value="Stage I" />
      547                     <xs:enumeration value="Stage IA" />
      548                     <xs:enumeration value="Stage IB" />
      549                     <xs:enumeration value="Stage II" />
      550                     <xs:enumeration value="Stage IIA" />
      551                     <xs:enumeration value="Stage IIB" />
      552                     <xs:enumeration value="Stage III" />
      553                     <xs:enumeration value="Stage IIIA" />
      554                     <xs:enumeration value="Stage IIIB" />
      555                     <xs:enumeration value="Stage IV" />
      556                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3065862" />
      557                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.4" />
      558                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      559                 </xs:restriction>
      560             </xs:simpleContent>
      561         </xs:complexType>
      562     </xs:element>

   
File: TCGA_BCR.LUSC_Clinical_FollowUp_v1.0.xsd  
1 <?xml version="1.0" encoding="utf-8" ?> +-    
 
4 <xs:schema elementFormDefault="qualified" version="2.5.0" +-    
5    xmlns:xs="http://www.w3.org/2001/XMLSchema"      
6    xmlns:shared="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5"      
7    xmlns:utility="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5"      
8    xmlns:admin="http://tcga.nci/bcr/xml/administration/2.5"      
9    xmlns="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/lusc/followup/2.5/1.0"      
10    targetNamespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/lusc/followup/2.5/1.0"      
11    xmlns:jaxb="http://java.sun.com/xml/ns/jaxb" jaxb:version="1.0" >      
 
13     <xs:import schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5/TCGA_BCR.Utility.xsd" namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5" /> +-    
14     <xs:import schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/administration/2.5/TCGA_BCR.Administration.xsd" namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/administration/2.5" />      
15     <xs:import schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5/TCGA_BCR.Shared_Clinical_Elements.xsd" namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5" />      
 
17     <xs:annotation> +-    
18         <xs:appinfo>      
19             <jaxb:globalBindings generateIsSetMethod="true" />      
20             <jaxb:schemaBindings>      
21                 <jaxb:package name="nci.tcga.bcr.xml.jaxb.clinical.lusc" />      
22             </jaxb:schemaBindings>      
23         </xs:appinfo>      
24     </xs:annotation>      
 
26     <xs:annotation> +-    
27         <xs:documentation xml:lang="en">Schema to define the elements of the TCGA Clinical Data Follow-up Form within the LUSC study.</xs:documentation>      
28     </xs:annotation>      
 
30     <xs:element name="follow_up_v1.0"> +-    
31         <xs:complexType>      
32             <xs:sequence>      
33                 <xs:element ref="shared:bcr_patient_barcode" />      
34                 <xs:element ref="shared:bcr_patient_uuid" />      
35                 <xs:element ref="shared:vital_status" />      
36                 <xs:choice>      
37                     <xs:sequence>      
38                         <xs:element ref="shared:day_of_last_followup" />      
39                         <xs:element ref="shared:month_of_last_followup" />      
40                         <xs:element ref="shared:year_of_last_followup" />      
41                     </xs:sequence>      
42                     <xs:element ref="shared:days_to_last_followup" />      
43                 </xs:choice>      
44                 <xs:choice>      
45                     <xs:sequence>      
46                         <xs:element ref="shared:day_of_death" />      
47                         <xs:element ref="shared:month_of_death" />      
48                         <xs:element ref="shared:year_of_death" />      
49                     </xs:sequence>      
50                     <xs:element ref="shared:days_to_death" />      
51                 </xs:choice>      
52                 <xs:choice>      
53                     <xs:sequence>      
54                         <xs:element ref="shared:day_of_new_tumor_event_after_initial_treatment" />      
55                         <xs:element ref="shared:month_of_new_tumor_event_after_initial_treatment" />      
56                         <xs:element ref="shared:year_of_new_tumor_event_after_initial_treatment" />      
57                     </xs:sequence>      
58                     <xs:element ref="shared:days_to_new_tumor_event_after_initial_treatment" />      
59                 </xs:choice>      
60                 <xs:element ref="shared:additional_surgery_locoregional_procedure" />      
61                 <xs:choice>      
62                     <xs:sequence>      
63                         <xs:element ref="shared:day_of_additional_surgery_locoregional_procedure" />      
64                         <xs:element ref="shared:month_of_additional_surgery_locoregional_procedure" />      
65                         <xs:element ref="shared:year_of_additional_surgery_locoregional_procedure" />      
66                     </xs:sequence>      
67                     <xs:element ref="shared:days_to_additional_surgery_locoregional_procedure" />      
68                 </xs:choice>      
69                 <xs:element ref="shared:person_neoplasm_cancer_status" />      
70                 <xs:element ref="shared:radiation_therapy" />      
71                 <xs:element ref="shared:additional_radiation_therapy" />      
72                 <xs:element ref="shared:targeted_molecular_therapy" />      
73                 <xs:element ref="shared:additional_pharmaceutical_therapy" />      
74                 <xs:element ref="shared:additional_surgery_metastatic_procedure" />      
75                 <xs:choice>      
76                     <xs:sequence>      
77                         <xs:element ref="shared:day_of_additional_surgery_metastatic_procedure" />      
78                         <xs:element ref="shared:month_of_additional_surgery_metastatic_procedure" />      
79                         <xs:element ref="shared:year_of_additional_surgery_metastatic_procedure" />      
80                     </xs:sequence>      
81                     <xs:element ref="shared:days_to_additional_surgery_metastatic_procedure" />      
82                 </xs:choice>      
83                 <xs:choice>      
84                     <xs:sequence>      
85                         <xs:element ref="shared:day_of_form_completion" />      
86                         <xs:element ref="shared:month_of_form_completion" />      
87                         <xs:element ref="shared:year_of_form_completion" />      
88                     </xs:sequence>      
89                     <xs:element ref="shared:days_to_form_completion" />      
90                 </xs:choice>      
 
92                 <xs:element ref="shared:followup_case_report_form_submission_reason" /> +-    
 
94                 <xs:element ref="shared:new_tumor_event_after_initial_treatment" /> +-    
95                 <xs:element ref="shared:followup_treatment_success" />      
96                 <xs:element ref="shared:karnofsky_performance_score" />      
97                 <xs:element ref="shared:eastern_cancer_oncology_group" />      
98                 <xs:element ref="shared:performance_status_scale_timing" />      
99             </xs:sequence>      
100             <xs:attribute name="version" type="xs:string" default="1.0" use="optional"/>      
101         </xs:complexType>      
102     </xs:element>      
 
106 </xs:schema> +-    

   
File: TCGA_BCR.OV_Clinical.xsd  
4 <xs:schema elementFormDefault="qualified" version="2.5.0" <> 4 <xs:schema elementFormDefault="qualified" version="2.4.4"
 
6   xmlns:utility="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5" <> 6   xmlns:utility="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.4"
7   xmlns:admin="http://tcga.nci/bcr/xml/administration/2.5"   7   xmlns:admin="http://tcga.nci/bcr/xml/administration/2.4"
8   xmlns:shared="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5"   8   xmlns:shared="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.4"
9   xmlns:rad="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/radiation/2.5"   9   xmlns:rad="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/radiation/2.4"
10   xmlns:rx="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/pharmaceutical/2.5"   10   xmlns:rx="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/pharmaceutical/2.4"
11   xmlns:follow_up_v1.0="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/ov/followup/2.5/1.0"      
12   xmlns="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/ov/2.5"   11   xmlns="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/ov/2.4"
13   targetNamespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/ov/2.5"   12   targetNamespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/ov/2.4"
 
29     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5/TCGA_BCR.Utility.xsd" /> <> 28     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.4" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/utility/2.4/TCGA_BCR.Utility.xsd" />
30     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/administration/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/administration/2.5/TCGA_BCR.Administration.xsd" />   29     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/administration/2.4" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/administration/2.4/TCGA_BCR.Administration.xsd" />
31     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5/TCGA_BCR.Shared_Clinical_Elements.xsd" />   30     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.4" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.4/TCGA_BCR.Shared_Clinical_Elements.xsd" />
32     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/radiation/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/radiation/2.5/TCGA_BCR.Radiation.xsd" />   31     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/radiation/2.4" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/radiation/2.4/TCGA_BCR.Radiation.xsd" />
33     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/pharmaceutical/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/pharmaceutical/2.5/TCGA_BCR.Pharmaceutical.xsd" />   32     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/pharmaceutical/2.4" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/pharmaceutical/2.4/TCGA_BCR.Pharmaceutical.xsd" />
34     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/ov/followup/2.5/1.0" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/ov/followup/2.5/TCGA_BCR.OV_Clinical_FollowUp_v1.0.xsd" />      
 
43             <xs:attribute name="schemaVersion" type="xs:decimal" use="required" fixed="2.5"/> <> 41             <xs:attribute name="schemaVersion" type="xs:decimal" use="required" fixed="2.4"/>
 
51                 <xs:element ref="shared:tumor_histologic_subtype" /> <> 49                 <xs:element ref="histological_type" />
 
    -+ 89                 <xs:element ref="radiation_therapy" />
 
    <> 109                 <xs:element ref="shared:chemo_therapy" />
      110                 <xs:element ref="shared:immuno_therapy" />
      111                 <xs:element ref="shared:hormonal_therapy" />
99                 <xs:element ref="shared:person_neoplasm_cancer_status" />   112                 <xs:element ref="shared:targeted_molecular_therapy" />
 
102                         <xs:element ref="shared:day_of_form_completion" /> <> 116                         <xs:element ref="shared:day_of_tumor_progression" />
103                         <xs:element ref="shared:month_of_form_completion" />   117                         <xs:element ref="shared:month_of_tumor_progression" />
104                         <xs:element ref="shared:year_of_form_completion" />   118                         <xs:element ref="shared:year_of_tumor_progression" />
 
106                     <xs:element ref="shared:days_to_form_completion" /> <> 121                     <xs:element ref="shared:days_to_tumor_progression" />
 
108                 <xs:element ref="shared:ethnicity" /> +-    
 
    <> 124                 <xs:choice>
      125                     <xs:sequence>
110                 <xs:element ref="shared:gynecologic_figo_staging_system" />   126                         <xs:element ref="shared:day_of_tumor_recurrence" />
111     127                         <xs:element ref="shared:month_of_tumor_recurrence" />
 
113                 <xs:element ref="shared:karnofsky_performance_score" /> <> 128                         <xs:element ref="shared:year_of_tumor_recurrence" />
      129                     </xs:sequence>
 
114                 <xs:element ref="shared:eastern_cancer_oncology_group" /> <> 131                     <xs:element ref="shared:days_to_tumor_recurrence" />
      132                 </xs:choice>
 
    <> 134                 <xs:element ref="shared:ethnicity" />
115                 <xs:element ref="shared:performance_status_scale_timing" />   135                 <xs:element ref="site_of_tumor_first_recurrence" />
 
117                 <xs:element ref="shared:neoplasm_histologic_grade" /> <> 137                 <xs:element ref="tumor_grade" />
118                 <xs:element ref="shared:residual_tumor" />   138                 <xs:element ref="residual_tumor" />
 
    -+ 140                 <xs:element ref="primary_therapy_outcome_success" />
 
    -+ 143                 <xs:element ref="additional_chemo_therapy" />
      144                 <xs:element ref="additional_immuno_therapy" />
 
123                 <xs:element ref="shared:anatomic_organ_subdivision" /> <> 146                 <xs:element ref="additional_drug_therapy" />
124                 <xs:element ref="shared:initial_pathologic_diagnosis_method" />   147                 <xs:element ref="anatomic_organ_subdivision" />
125                 <xs:element ref="shared:venous_invasion" />   148                 <xs:element ref="initial_pathologic_diagnosis_method" />
126                 <xs:element ref="shared:lymphatic_invasion" />   149                 <xs:element ref="shared:person_neoplasm_cancer_status" />
127                 <xs:element ref="rx:drugs" />   150                 <xs:element ref="drugs" />
128                 <xs:element ref="rad:radiations" />   151                 <xs:element ref="radiations" />
 
130                 <xs:element name="follow_ups"> <> 152                 <xs:element ref="examinations" />
131                    <xs:annotation>      
132                       <xs:documentation>We are using namespaces and version numbers to distinguish one version of followup from another.</xs:documentation>      
133                    </xs:annotation>      
134                    <xs:complexType>      
135                       <xs:sequence>   153                 <xs:element ref="surgeries" />
136                          <xs:element ref="follow_up_v1.0:follow_up_v1.0" minOccurs="0" maxOccurs="unbounded" />      
 
    <> 158     <xs:element name="histological_type" nillable="true">
      159         <xs:complexType mixed="true">
      160             <xs:simpleContent>
      161                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      162                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2831122" />
      163                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.9" />
      164                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
141             </xs:sequence>   165                 </xs:restriction>
      166             </xs:simpleContent>
 
145    <xs:element name="other_method_of_initial_pathological_diagnosis" nillable="true"> <> 170     <xs:element name="site_of_tumor_first_recurrence" nillable="true">
 
148                 <xs:extension base="xs:string"> <>    
149                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />   173                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      174                     <xs:enumeration value="" />
      175                     <xs:enumeration value="LOCO-REGIONAL" />
      176                     <xs:enumeration value="METASTASIS" />
      177                     <xs:enumeration value="LOCOREGIONAL AND METASTASIS" />
150                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2757948" />   178                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2791194" />
151                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5" />   179                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.11" />
 
153                 </xs:extension> <> 181                 </xs:restriction>
 
163                     <xs:enumeration value="I" /> +-    
 
167                     <xs:enumeration value="II" /> +-    
 
171                     <xs:enumeration value="III" /> +-    
 
    -+ 209     <xs:element name="tumor_grade" nillable="true">
      210         <xs:complexType>
      211             <xs:simpleContent>
      212                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      213                     <xs:enumeration value="" />
      214                     <xs:enumeration value="GX" />
      215                     <xs:enumeration value="GB" />
      216                     <xs:enumeration value="G1" />
      217                     <xs:enumeration value="G2" />
      218                     <xs:enumeration value="G3" />
      219                     <xs:enumeration value="G4" />
      220                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2785839" />
      221                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.11" />
      222                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      223                 </xs:restriction>
      224             </xs:simpleContent>
      225         </xs:complexType>
      226     </xs:element>
 
    -+ 228     <xs:element name="residual_tumor" nillable="true">
      229         <xs:complexType>
      230             <xs:simpleContent>
      231                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      232                     <xs:enumeration value="" />
      233                     <xs:enumeration value="RX" />
      234                     <xs:enumeration value="R0" />
      235                     <xs:enumeration value="R1" />
      236                     <xs:enumeration value="R2" />
      237                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2608702" />
      238                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.11" />
      239                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      240                 </xs:restriction>
      241             </xs:simpleContent>
      242         </xs:complexType>
      243     </xs:element>
 
    -+ 245     <xs:element name="primary_therapy_outcome_success" nillable="true">
      246         <xs:complexType>
      247             <xs:simpleContent>
      248                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      249                     <xs:enumeration value="" />
      250                     <xs:enumeration value="PROGRESSIVE DISEASE" />
      251                     <xs:enumeration value="STABLE DISEASE" />
      252                     <xs:enumeration value="PARTIAL RESPONSE" />
      253                     <xs:enumeration value="COMPLETE RESPONSE" />
      254                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2786727" />
      255                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.11" />
      256                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      257                 </xs:restriction>
      258             </xs:simpleContent>
      259         </xs:complexType>
      260     </xs:element>
 
    -+ 277     <xs:element name="additional_chemo_therapy" nillable="true">
      278         <xs:complexType>
      279             <xs:simpleContent>
      280                 <xs:extension base="utility:yes_or_no">
      281                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      282                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2650626" />
      283                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.9" />
      284                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      285                 </xs:extension>
      286             </xs:simpleContent>
      287         </xs:complexType>
      288     </xs:element>
 
    -+ 290     <xs:element name="additional_immuno_therapy" nillable="true">
      291         <xs:complexType>
      292             <xs:simpleContent>
      293                 <xs:extension base="utility:yes_or_no">
      294                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      295                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2759828" />
      296                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.9" />
      297                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      298                 </xs:extension>
      299             </xs:simpleContent>
      300         </xs:complexType>
      301     </xs:element>
 
    -+ 303     <xs:element name="additional_drug_therapy" nillable="true">
      304         <xs:complexType>
      305             <xs:simpleContent>
      306                 <xs:extension base="utility:yes_or_no">
      307                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      308                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2786150" />
      309                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.9" />
      310                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      311                 </xs:extension>
      312             </xs:simpleContent>
      313         </xs:complexType>
      314     </xs:element>
 
    -+ 316     <xs:element name="anatomic_organ_subdivision" nillable="true">
      317         <xs:complexType mixed="true">
      318             <xs:simpleContent>
      319                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      320                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2008006" />
      321                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.9" />
      322                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      323                 </xs:restriction>
      324             </xs:simpleContent>
      325         </xs:complexType>
      326     </xs:element>
 
    -+ 328     <xs:element name="initial_pathologic_diagnosis_method" nillable="true">
      329         <xs:complexType>
      330             <xs:simpleContent>
      331                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      332                     <xs:enumeration value="" />
      333                     <xs:enumeration value="CYTOLOGY" />
      334                     <xs:enumeration value="FINE NEEDLE ASPIRATION BIOPSY" />
      335                     <xs:enumeration value="INCISION BIOPSY" />
      336                     <xs:enumeration value="EXCISIONAL BIOPSY" />
      337                     <xs:enumeration value="TUMOR RESECTION" />
      338                     <xs:enumeration value="OTHER METHOD, SPECIFY IN NOTES" />
      339                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2757941" />
      340                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.9" />
      341                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      342                 </xs:restriction>
      343             </xs:simpleContent>
      344         </xs:complexType>
      345     </xs:element>
 
    -+ 347     <xs:element name="radiation_therapy">
      348         <xs:complexType>
      349             <xs:simpleContent>
      350                 <xs:extension base="utility:yes_or_no">
      351                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      352                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2005312" />
      353                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.9" />
      354                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      355                 </xs:extension>
      356             </xs:simpleContent>
      357         </xs:complexType>
      358     </xs:element>
 
    -+ 360     <xs:element name="drugs">
      361         <xs:complexType>
      362             <xs:sequence minOccurs="0" maxOccurs="unbounded">
      363                 <xs:element ref="drug" />
      364             </xs:sequence>
      365         </xs:complexType>
      366     </xs:element>
 
    -+ 368     <xs:element name="drug">
      369         <xs:complexType>
      370             <xs:sequence>
      371                 <xs:element ref="rx:bcr_drug_barcode" />
      372                 <xs:element ref="rx:bcr_drug_uuid" />
      373                 <xs:element ref="rx:drug_category" />
      374                 <xs:element ref="rx:total_dose" />
      375                 <xs:element ref="rx:total_dose_units" />
      376                 <xs:element ref="rx:number_cycles" />
 
    -+ 378                 <xs:choice>
      379                     <xs:sequence>
      380                         <xs:element ref="rx:day_of_drug_therapy_start" />
      381                         <xs:element ref="rx:month_of_drug_therapy_start" />
      382                         <xs:element ref="rx:year_of_drug_therapy_start" />
      383                     </xs:sequence>
 
    -+ 385                     <xs:element ref="rx:days_to_drug_therapy_start" />
      386                 </xs:choice>
 
    -+ 388                 <xs:choice>
      389                     <xs:sequence>
      390                         <xs:element ref="rx:day_of_drug_therapy_end" />
      391                         <xs:element ref="rx:month_of_drug_therapy_end" />
      392                         <xs:element ref="rx:year_of_drug_therapy_end" />
      393                     </xs:sequence>
 
    -+ 395                     <xs:element ref="rx:days_to_drug_therapy_end" />
      396                 </xs:choice>
 
    -+ 398                 <xs:element ref="initial_course" />
      399                 <xs:element ref="rx:drug_name" />
      400                 <xs:element ref="shared:regimen_indication" />
      401                 <xs:element ref="shared:regimen_indication_notes" />
      402                 <xs:element ref="route_of_administration" />
      403                 <xs:element ref="route_of_administration_notes" />
      404                 <xs:element ref="rx:therapy_ongoing" />
      405             </xs:sequence>
      406         </xs:complexType>
      407     </xs:element>
 
    -+ 409     <xs:element name="bcr_drug_barcode">
      410         <xs:complexType>
      411             <xs:simpleContent>
      412                 <xs:extension base="xs:NCName">
      413                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      414                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.15" />
      415                 </xs:extension>
      416             </xs:simpleContent>
      417         </xs:complexType>
      418     </xs:element>
 
    -+ 420     <xs:element name="number_cycles">
      421         <xs:complexType>
      422             <xs:simpleContent>
      423                 <xs:extension base="xs:string">
      424                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      425                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="62590" />
      426                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.8" />
      427                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      428                 </xs:extension>
      429             </xs:simpleContent>
      430         </xs:complexType>
      431     </xs:element>
 
    -+ 433     <xs:element name="drug_category">
      434         <xs:complexType>
      435             <xs:simpleContent>
      436                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      437                     <xs:enumeration value="" />
      438                     <xs:enumeration value="CHEMO" />
      439                     <xs:enumeration value="HORMONAL" />
      440                     <xs:enumeration value="IMMUNO" />
      441                     <xs:enumeration value="TARGETED" />
      442                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="729" />
      443                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.8" />
      444                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      445                 </xs:restriction>
      446             </xs:simpleContent>
      447         </xs:complexType>
      448     </xs:element>
 
    -+ 450     <xs:element name="initial_course">
      451         <xs:complexType>
      452             <xs:simpleContent>
      453                 <xs:extension base="utility:yes_or_no">
      454                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      455                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2003586" />
      456                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.8" />
      457                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      458                 </xs:extension>
      459             </xs:simpleContent>
      460         </xs:complexType>
      461     </xs:element>
 
    -+ 463     <xs:element name="route_of_administration">
      464         <xs:complexType>
      465             <xs:simpleContent>
      466                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      467                     <xs:enumeration value="" />
      468                     <xs:enumeration value="ORAL" />
      469                     <xs:enumeration value="INTRAVENOUS (IV)" />
      470                     <xs:enumeration value="INTRATUMORAL" />
      471                     <xs:enumeration value="INTRA-PERITONEAL (IP)" />
      472                     <xs:enumeration value="IV AND IP" />
      473                     <xs:enumeration value="OTHER: SPECIFY IN NOTES" />
      474                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2003586" />
      475                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.12" />
      476                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      477                 </xs:restriction>
      478             </xs:simpleContent>
      479         </xs:complexType>
      480     </xs:element>
 
    -+ 482     <xs:element name="route_of_administration_notes">
      483         <xs:complexType mixed="true">
      484             <xs:simpleContent>
      485                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      486                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2190504" />
      487                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.12" />
      488                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      489                 </xs:restriction>
      490             </xs:simpleContent>
      491         </xs:complexType>
      492     </xs:element>
 
    -+ 494     <xs:element name="radiations">
      495         <xs:complexType>
      496             <xs:sequence minOccurs="0" maxOccurs="unbounded">
      497                 <xs:element ref="radiation" />
      498             </xs:sequence>
      499         </xs:complexType>
      500     </xs:element>
 
    -+ 502     <xs:element name="radiation">
      503         <xs:complexType>
      504             <xs:sequence>
      505                 <xs:element ref="rad:bcr_radiation_barcode" />
      506                 <xs:element ref="rad:bcr_radiation_uuid"/>
 
    -+ 508                 <xs:choice>
      509                     <xs:sequence>
      510                         <xs:element ref="rad:day_of_radiation_therapy_start" />
      511                         <xs:element ref="rad:month_of_radiation_therapy_start" />
      512                         <xs:element ref="rad:year_of_radiation_therapy_start" />
      513                     </xs:sequence>
 
    -+ 515                     <xs:element ref="rad:days_to_radiation_therapy_start" />
      516                 </xs:choice>
 
    -+ 518                 <xs:choice>
      519                     <xs:sequence>
      520                         <xs:element ref="rad:day_of_radiation_therapy_end" />
      521                         <xs:element ref="rad:month_of_radiation_therapy_end" />
      522                         <xs:element ref="rad:year_of_radiation_therapy_end" />
      523                     </xs:sequence>
 
    -+ 525                     <xs:element ref="rad:days_to_radiation_therapy_end" />
      526                 </xs:choice>
 
    -+ 528                 <xs:element ref="rad:radiation_type" />
      529                 <xs:element ref="rad:radiation_type_notes" />
      530                 <xs:element ref="rad:radiation_dosage" />
      531                 <xs:element ref="rad:units" />
      532                 <xs:element ref="rad:numfractions" />
      533                 <xs:element ref="anatomic_treatment_site" />
      534                 <xs:element ref="shared:regimen_indication" />
      535                 <xs:element ref="shared:regimen_indication_notes" />
      536                 <xs:element ref="rad:radiation_treatment_ongoing" />
      537             </xs:sequence>
      538         </xs:complexType>
      539     </xs:element>
 
    -+ 541     <xs:element name="bcr_radiation_barcode">
      542         <xs:complexType>
      543             <xs:simpleContent>
      544                 <xs:extension base="xs:NCName">
      545                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      546                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.15" />
      547                 </xs:extension>
      548             </xs:simpleContent>
      549         </xs:complexType>
      550     </xs:element>
 
    -+ 552     <xs:element name="radiation_treatment_ongoing" nillable="true">
      553         <xs:complexType>
      554             <xs:simpleContent>
      555                 <xs:extension base="utility:yes_or_no">
      556                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      557                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2842745" />
      558                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.12" />
      559                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      560                 </xs:extension>
      561             </xs:simpleContent>
      562         </xs:complexType>
      563     </xs:element>
 
    -+ 565     <xs:element name="anatomic_treatment_site">
      566         <xs:complexType>
      567             <xs:simpleContent>
      568                 <xs:extension base="xs:string">
      569                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      570                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2793522" />
      571                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.8" />
      572                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      573                 </xs:extension>
      574             </xs:simpleContent>
      575         </xs:complexType>
      576     </xs:element>
 
    -+ 578     <xs:element name="examinations">
      579         <xs:complexType>
      580             <xs:sequence minOccurs="0" maxOccurs="unbounded">
      581                 <xs:element ref="examination" />
      582             </xs:sequence>
      583         </xs:complexType>
      584     </xs:element>
 
    -+ 586     <xs:element name="examination">
      587         <xs:complexType>
      588             <xs:sequence>
      589                 <xs:element ref="bcr_examination_barcode" />
      590                 <xs:element ref="karnofsky_performance_score" />
      591                 <xs:element ref="eastern_cancer_oncology_group" />
      592                 <xs:element ref="progression_status" />
      593                 <xs:element ref="shared:performance_status_scale_timing" />
      594                 <xs:element ref="shared:progression_determined_by" />
      595                 <xs:element ref="shared:progression_determined_by_notes" />
      596             </xs:sequence>
      597         </xs:complexType>
      598     </xs:element>
 
    -+ 600     <xs:element name="bcr_examination_barcode">
      601         <xs:complexType>
      602             <xs:simpleContent>
      603                 <xs:extension base="xs:NCName">
      604                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      605                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.15" />
      606                 </xs:extension>
      607             </xs:simpleContent>
      608         </xs:complexType>
      609     </xs:element>
 
    -+ 611     <xs:element name="karnofsky_performance_score">
      612         <xs:complexType>
      613             <xs:simpleContent>
      614                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      615                     <xs:enumeration value="" />
      616                     <xs:enumeration value="0" />
      617                     <xs:enumeration value="10" />
      618                     <xs:enumeration value="20" />
      619                     <xs:enumeration value="30" />
      620                     <xs:enumeration value="40" />
      621                     <xs:enumeration value="50" />
      622                     <xs:enumeration value="60" />
      623                     <xs:enumeration value="70" />
      624                     <xs:enumeration value="80" />
      625                     <xs:enumeration value="90" />
      626                     <xs:enumeration value="100" />
      627                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2003853" />
      628                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.8" />
      629                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      630                 </xs:restriction>
      631             </xs:simpleContent>
      632         </xs:complexType>
      633     </xs:element>
 
    -+ 635     <xs:element name="eastern_cancer_oncology_group">
      636         <xs:complexType>
      637             <xs:simpleContent>
      638                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      639                     <xs:enumeration value="" />
      640                     <xs:enumeration value="0" />
      641                     <xs:enumeration value="1" />
      642                     <xs:enumeration value="2" />
      643                     <xs:enumeration value="3" />
      644                     <xs:enumeration value="4" />
      645                     <xs:enumeration value="5" />
      646                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="88" />
      647                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.9" />
      648                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      649                 </xs:restriction>
      650             </xs:simpleContent>
      651         </xs:complexType>
      652     </xs:element>
 
    -+ 654     <xs:element name="progression_status">
      655         <xs:complexType>
      656             <xs:simpleContent>
      657                 <xs:extension base="utility:yes_or_no">
      658                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      659                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2673787" />
      660                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.8" />
      661                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      662                 </xs:extension>
      663             </xs:simpleContent>
      664         </xs:complexType>
      665     </xs:element>
 
    -+ 679                 </xs:restriction>
      680             </xs:simpleContent>
      681         </xs:complexType>
      682     </xs:element>
 
    -+ 684     <xs:element name="progression_determined_by">
      685         <xs:complexType>
      686             <xs:simpleContent>
      687                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      688                     <xs:enumeration value="" />
      689                     <xs:enumeration value="LABORATORY" />
      690                     <xs:enumeration value="PATHOLOGY" />
      691                     <xs:enumeration value="RADIATION" />
      692                     <xs:enumeration value="PHYSICAL EXAMINATION" />
      693                     <xs:enumeration value="IMAGING STUDY" />
      694                     <xs:enumeration value="MOLECULAR MARKER(S)" />
      695                     <xs:enumeration value="FIRST SEEN AT FURTHER SURGERY" />
      696                     <xs:enumeration value="OTHER METHOD: SPECIFY IN NOTES" />
      697                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2786205" />
      698                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.9" />
      699                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      700                 </xs:restriction>
      701             </xs:simpleContent>
      702         </xs:complexType>
      703     </xs:element>
 
    -+ 705     <xs:element name="progression_determined_by_notes">
      706         <xs:complexType mixed="true">
      707             <xs:simpleContent>
      708                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      709                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2786210" />
      710                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.9" />
      711                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      712                 </xs:restriction>
      713             </xs:simpleContent>
      714         </xs:complexType>
      715     </xs:element>
 
    -+ 717     <xs:element name="surgeries">
      718         <xs:complexType>
      719             <xs:sequence minOccurs="0" maxOccurs="unbounded">
      720                 <xs:element ref="surgery" />
      721             </xs:sequence>
      722         </xs:complexType>
      723     </xs:element>
 
    -+ 725     <xs:element name="surgery">
      726         <xs:complexType>
      727             <xs:sequence>
      728                 <xs:element ref="bcr_surgery_barcode" />
 
    -+ 730                 <xs:choice>
      731                     <xs:sequence>
      732                         <xs:element ref="day_of_procedure" />
      733                         <xs:element ref="month_of_procedure" />
      734                         <xs:element ref="year_of_procedure" />
      735                     </xs:sequence>
 
    -+ 737                     <xs:element ref="days_to_procedure" />
      738                 </xs:choice>
 
    -+ 740                 <xs:element ref="procedure_type" />
      741             </xs:sequence>
      742         </xs:complexType>
      743     </xs:element>
 
    -+ 745     <xs:element name="bcr_surgery_barcode">
      746         <xs:complexType>
      747             <xs:simpleContent>
      748                 <xs:extension base="xs:NCName">
      749                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      750                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2003586" />
      751                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.8" />
      752                 </xs:extension>
      753             </xs:simpleContent>
      754         </xs:complexType>
      755     </xs:element>
 
    -+ 757     <xs:element name="day_of_procedure">
      758         <xs:complexType mixed="true">
      759             <xs:simpleContent>
      760                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      761                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2896965" />
      762                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.12" />
      763                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      764                 </xs:restriction>
      765             </xs:simpleContent>
      766         </xs:complexType>
      767     </xs:element>
 
    -+ 769     <xs:element name="month_of_procedure">
      770         <xs:complexType mixed="true">
      771             <xs:simpleContent>
      772                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      773                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2896963" />
      774                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.12" />
      775                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      776                 </xs:restriction>
      777             </xs:simpleContent>
      778         </xs:complexType>
      779     </xs:element>
 
    -+ 781     <xs:element name="year_of_procedure">
      782         <xs:complexType mixed="true">
      783             <xs:simpleContent>
      784                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      785                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2896985" />
      786                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.12" />
      787                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      788                 </xs:restriction>
      789             </xs:simpleContent>
      790         </xs:complexType>
      791     </xs:element>
 
    -+ 793     <xs:element name="procedure_type">
      794         <xs:complexType mixed="true">
      795             <xs:simpleContent>
      796                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      797                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2199761" />
      798                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.9" />
      799                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      800                 </xs:restriction>
      801             </xs:simpleContent>
      802         </xs:complexType>
      803     </xs:element>
 
    -+ 805     <xs:element name="days_to_drug_treatment_start">
      806         <xs:complexType mixed="true">
      807             <xs:simpleContent>
      808                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      809                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="" />
      810                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="" />
      811                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      812                 </xs:restriction>
      813             </xs:simpleContent>
      814         </xs:complexType>
      815     </xs:element>
 
    -+ 817     <xs:element name="days_to_drug_treatment_end">
      818         <xs:complexType mixed="true">
      819             <xs:simpleContent>
      820                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      821                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="" />
      822                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="" />
      823                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      824                 </xs:restriction>
      825             </xs:simpleContent>
      826         </xs:complexType>
      827     </xs:element>
 
    -+ 829     <xs:element name="days_to_radiation_treatment_start">
      830         <xs:complexType mixed="true">
      831             <xs:simpleContent>
      832                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      833                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="" />
      834                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="" />
      835                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      836                 </xs:restriction>
      837             </xs:simpleContent>
      838         </xs:complexType>
      839     </xs:element>
 
    -+ 841     <xs:element name="days_to_radiation_treatment_end">
      842         <xs:complexType mixed="true">
      843             <xs:simpleContent>
      844                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      845                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="" />
      846                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="" />
      847                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      848                 </xs:restriction>
      849             </xs:simpleContent>
      850         </xs:complexType>
      851     </xs:element>
 
    -+ 853     <xs:element name="days_to_procedure">
      854         <xs:complexType mixed="true">
      855             <xs:simpleContent>
      856                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      857                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="" />
      858                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="" />
      859                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />

   
File: TCGA_BCR.OV_Clinical_FollowUp_v1.0.xsd  
1 <?xml version="1.0" encoding="utf-8" ?> +-    
 
4 <xs:schema elementFormDefault="qualified" version="2.5.0" +-    
5            xmlns:xs="http://www.w3.org/2001/XMLSchema"      
6            xmlns:shared="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5"      
7            xmlns:utility="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5"      
8            xmlns:admin="http://tcga.nci/bcr/xml/administration/2.5"      
9            xmlns="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/ov/followup/2.5/1.0"      
10            targetNamespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/ov/followup/2.5/1.0"      
11            xmlns:jaxb="http://java.sun.com/xml/ns/jaxb" jaxb:version="1.0" >      
 
13     <xs:import schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5/TCGA_BCR.Utility.xsd" namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5" /> +-    
14     <xs:import schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/administration/2.5/TCGA_BCR.Administration.xsd" namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/administration/2.5" />      
15     <xs:import schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5/TCGA_BCR.Shared_Clinical_Elements.xsd" namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5" />      
 
17     <xs:annotation> +-    
18         <xs:appinfo>      
19             <jaxb:globalBindings generateIsSetMethod="true" />      
20             <jaxb:schemaBindings>      
21                 <jaxb:package name="nci.tcga.bcr.xml.jaxb.clinical.ov" />      
22             </jaxb:schemaBindings>      
23         </xs:appinfo>      
24     </xs:annotation>      
 
26     <xs:annotation> +-    
27         <xs:documentation xml:lang="en">Schema to define the elements of the TCGA Clinical Data Follow-up Form within the OV study.</xs:documentation>      
28     </xs:annotation>      
 
30     <xs:element name="follow_up_v1.0"> +-    
31         <xs:complexType>      
32             <xs:sequence>      
33                 <xs:element ref="shared:bcr_patient_barcode" />      
34                 <xs:element ref="shared:bcr_patient_uuid" />      
35                 <xs:element ref="shared:vital_status" />      
36                 <xs:choice>      
37                     <xs:sequence>      
38                         <xs:element ref="shared:day_of_last_followup" />      
39                         <xs:element ref="shared:month_of_last_followup" />      
40                         <xs:element ref="shared:year_of_last_followup" />      
41                     </xs:sequence>      
42                     <xs:element ref="shared:days_to_last_followup" />      
43                 </xs:choice>      
44                 <xs:choice>      
45                     <xs:sequence>      
46                         <xs:element ref="shared:day_of_death" />      
47                         <xs:element ref="shared:month_of_death" />      
48                         <xs:element ref="shared:year_of_death" />      
49                     </xs:sequence>      
50                     <xs:element ref="shared:days_to_death" />      
51                 </xs:choice>      
52                 <xs:choice>      
53                     <xs:sequence>      
54                         <xs:element ref="shared:day_of_new_tumor_event_after_initial_treatment" />      
55                         <xs:element ref="shared:month_of_new_tumor_event_after_initial_treatment" />      
56                         <xs:element ref="shared:year_of_new_tumor_event_after_initial_treatment" />      
57                     </xs:sequence>      
58                     <xs:element ref="shared:days_to_new_tumor_event_after_initial_treatment" />      
59                 </xs:choice>      
60                 <xs:element ref="shared:additional_surgery_locoregional_procedure" />      
61                 <xs:choice>      
62                     <xs:sequence>      
63                         <xs:element ref="shared:day_of_additional_surgery_locoregional_procedure" />      
64                         <xs:element ref="shared:month_of_additional_surgery_locoregional_procedure" />      
65                         <xs:element ref="shared:year_of_additional_surgery_locoregional_procedure" />      
66                     </xs:sequence>      
67                     <xs:element ref="shared:days_to_additional_surgery_locoregional_procedure" />      
68                 </xs:choice>      
69                 <xs:element ref="shared:person_neoplasm_cancer_status" />      
70                 <xs:element ref="shared:additional_pharmaceutical_therapy" />      
71                 <xs:element ref="shared:additional_radiation_therapy" />      
72                 <xs:element ref="shared:targeted_molecular_therapy" />      
73                 <xs:element ref="shared:radiation_therapy" />      
74                 <xs:element ref="shared:additional_surgery_metastatic_procedure" />      
75                 <xs:choice>      
76                     <xs:sequence>      
77                         <xs:element ref="shared:day_of_additional_surgery_metastatic_procedure" />      
78                         <xs:element ref="shared:month_of_additional_surgery_metastatic_procedure" />      
79                         <xs:element ref="shared:year_of_additional_surgery_metastatic_procedure" />      
80                     </xs:sequence>      
81                     <xs:element ref="shared:days_to_additional_surgery_metastatic_procedure" />      
82                 </xs:choice>      
83                 <xs:choice>      
84                     <xs:sequence>      
85                         <xs:element ref="shared:day_of_tumor_progression" />      
86                         <xs:element ref="shared:month_of_tumor_progression" />      
87                         <xs:element ref="shared:year_of_tumor_progression" />      
88                     </xs:sequence>      
89                     <xs:element ref="shared:days_to_tumor_progression" />      
90                 </xs:choice>      
91                 <xs:choice>      
92                     <xs:sequence>      
93                         <xs:element ref="shared:day_of_tumor_recurrence" />      
94                         <xs:element ref="shared:month_of_tumor_recurrence" />      
95                         <xs:element ref="shared:year_of_tumor_recurrence" />      
96                     </xs:sequence>      
97                     <xs:element ref="shared:days_to_tumor_recurrence" />      
98                 </xs:choice>      
99                 <xs:choice>      
100                     <xs:sequence>      
101                         <xs:element ref="shared:day_of_form_completion" />      
102                         <xs:element ref="shared:month_of_form_completion" />      
103                         <xs:element ref="shared:year_of_form_completion" />      
104                     </xs:sequence>      
105                     <xs:element ref="shared:days_to_form_completion" />      
106                 </xs:choice>      
 
108                 <xs:element ref="shared:followup_case_report_form_submission_reason" /> +-    
 
110                 <xs:element ref="shared:karnofsky_performance_score" /> +-    
111                 <xs:element ref="shared:eastern_cancer_oncology_group" />      
112                 <xs:element ref="shared:performance_status_scale_timing" />      
113                 <xs:element ref="shared:site_of_tumor_first_recurrence" />      
114                 <xs:element ref="shared:progression_determined_by" />      
115                 <xs:element ref="shared:progression_determined_by_notes" />      
116                 <xs:element ref="primary_therapy_outcome_success" />      
117             </xs:sequence>      
118             <xs:attribute name="version" type="xs:string" default="1.0" use="optional"/>      
119         </xs:complexType>      
120     </xs:element>      
 
122     <xs:element name="primary_therapy_outcome_success" nillable="true"> +-    
123         <xs:complexType>      
124             <xs:simpleContent>      
125                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
126                     <xs:enumeration value="" />      
127                     <xs:enumeration value="Progressive Disease" />      
128                     <xs:enumeration value="Stable Disease" />      
129                     <xs:enumeration value="Partial Response" />      
130                     <xs:enumeration value="Complete Response" />      
131                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2786727" />      
132                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.11" />      
133                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />      
134                 </xs:restriction>      
135             </xs:simpleContent>      
136         </xs:complexType>      
137     </xs:element>      
 
139 </xs:schema> +-    

   
File: TCGA_BCR.Pharmaceutical.xsd  
4 <xs:schema elementFormDefault="qualified" version="2.5.0" <> 4 <xs:schema elementFormDefault="qualified" version="2.4.4"
 
6   xmlns:utility="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5" <> 6   xmlns:utility="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.4"
7   xmlns:shared="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5"   7   xmlns:shared="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.4"
8   xmlns="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/pharmaceutical/2.5"   8   xmlns="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/pharmaceutical/2.4"
9   targetNamespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/pharmaceutical/2.5">   9   targetNamespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/pharmaceutical/2.4">
 
11     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5/TCGA_BCR.Utility.xsd" /> <> 11     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.4" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/utility/2.4/TCGA_BCR.Utility.xsd" />
12     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5/TCGA_BCR.Shared_Clinical_Elements.xsd" />   12     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.4" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.4/TCGA_BCR.Shared_Clinical_Elements.xsd" />

   
File: TCGA_BCR.READ_Clinical.xsd  
4 <xs:schema elementFormDefault="qualified" version="2.5.0" <> 4 <xs:schema elementFormDefault="qualified" version="2.4.4"
 
6   xmlns:utility="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5" <> 6   xmlns:utility="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.4"
7   xmlns:admin="http://tcga.nci/bcr/xml/administration/2.5"   7   xmlns:admin="http://tcga.nci/bcr/xml/administration/2.4"
8   xmlns:shared="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5"   8   xmlns:shared="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.4"
9   xmlns:coad_read_shared="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/coad_read/2.5"      
10   xmlns:rad="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/radiation/2.5"   9   xmlns:rad="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/radiation/2.4"
11   xmlns:rx="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/pharmaceutical/2.5"   10   xmlns:rx="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/pharmaceutical/2.4"
12   xmlns:cqcf="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/cqcf/2.5"      
13   xmlns:follow_up_v1.0="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/read/followup/2.5/1.0"      
14   xmlns="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/read/2.5"   11   xmlns="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/read/2.4"
15   targetNamespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/read/2.5"   12   targetNamespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/read/2.4"
 
31     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5/TCGA_BCR.Utility.xsd" /> <> 28     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.4" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/utility/2.4/TCGA_BCR.Utility.xsd" />
32     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/administration/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/administration/2.5/TCGA_BCR.Administration.xsd" />   29     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/administration/2.4" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/administration/2.4/TCGA_BCR.Administration.xsd" />
33     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5/TCGA_BCR.Shared_Clinical_Elements.xsd" />   30     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.4" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.4/TCGA_BCR.Shared_Clinical_Elements.xsd" />
34     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/radiation/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/radiation/2.5/TCGA_BCR.Radiation.xsd" />   31     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/radiation/2.4" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/radiation/2.4/TCGA_BCR.Radiation.xsd" />
35     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/pharmaceutical/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/pharmaceutical/2.5/TCGA_BCR.Pharmaceutical.xsd" />   32     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/pharmaceutical/2.4" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/pharmaceutical/2.4/TCGA_BCR.Pharmaceutical.xsd" />
36     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/cqcf/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/cqcf/2.5/TCGA_BCR.CQCF.xsd" />      
37     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/read/followup/2.5/1.0" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/read/followup/2.5/TCGA_BCR.READ_Clinical_FollowUp_v1.0.xsd" />      
38     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/coad_read/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5/TCGA_BCR.Shared_Clinical_COAD_READ_Elements.xsd" />      
 
48             <xs:attribute name="schemaVersion" type="xs:decimal" use="required" fixed="2.5"/> <> 41             <xs:attribute name="schemaVersion" type="xs:decimal" use="required" fixed="2.4"/>
 
56                 <xs:element ref="coad_read_shared:histological_type" /> <> 49                 <xs:element ref="histological_type" />
 
140                 <xs:element ref="shared:residual_tumor" /> +-    
141                 <xs:element ref="shared:anatomic_organ_subdivision" />      
142                 <xs:element ref="shared:primary_lymph_node_presentation_assessment" />      
143                 <xs:element ref="shared:lymph_node_examined_count" />      
144                 <xs:element ref="shared:number_of_lymphnodes_positive_by_he" />      
145                 <xs:element ref="shared:number_of_lymphnodes_positive_by_ihc" />      
 
149                 <xs:element ref="coad_read_shared:tumor_stage" /> <> 136                 <xs:element ref="tumor_stage" />
      137                 <xs:element ref="residual_tumor" />
      138                 <xs:element ref="anatomic_organ_subdivision" />
      139                 <xs:element ref="lymphnodes_examined" />
      140                 <xs:element ref="number_of_lymphnodes_examined" />
      141                 <xs:element ref="number_of_lymphnodes_positive_by_he" />
      142                 <xs:element ref="number_of_lymphnodes_positive_by_ihc" />
150                 <xs:element ref="coad_read_shared:primary_tumor_pathologic_spread" />   143                 <xs:element ref="primary_tumor_pathologic_spread" />
151                 <xs:element ref="coad_read_shared:lymphnode_pathologic_spread" />   144                 <xs:element ref="lymphnode_pathologic_spread" />
152                 <xs:element ref="coad_read_shared:distant_metastasis_pathologic_spread" />   145                 <xs:element ref="distant_metastasis_pathologic_spread" />
153                 <xs:element ref="coad_read_shared:preoperative_pretreatment_cea_level" />   146                 <xs:element ref="preoperative_pretreatment_cea_level" />
154                 <xs:element ref="coad_read_shared:non_nodal_tumor_deposits" />   147                 <xs:element ref="non_nodal_tumor_deposits" />
155                 <xs:element ref="coad_read_shared:circumferential_resection_margin" />   148                 <xs:element ref="circumferential_resection_margin" />
156                 <xs:element ref="shared:venous_invasion" />   149                 <xs:element ref="vascular_invasion_present" />
157                 <xs:element ref="shared:lymphatic_invasion" />   150                 <xs:element ref="lymphatic_invasion_present" />
158                 <xs:element ref="coad_read_shared:perineural_invasion_present" />   151                 <xs:element ref="perineural_invasion_present" />
159                 <xs:element ref="coad_read_shared:microsatellite_instability" />   152                 <xs:element ref="microsatellite_instability" />
160                 <xs:element ref="coad_read_shared:number_of_loci_tested" />   153                 <xs:element ref="number_of_loci_tested" />
161                 <xs:element ref="coad_read_shared:number_of_abnormal_loci" />   154                 <xs:element ref="number_of_abnormal_loci" />
162                 <xs:element ref="coad_read_shared:kras_gene_analysis_performed" />   155                 <xs:element ref="kras_gene_analysis_performed" />
163                 <xs:element ref="coad_read_shared:kras_mutation_found" />   156                 <xs:element ref="kras_mutation_found" />
164                 <xs:element ref="coad_read_shared:kras_mutation_codon" />   157                 <xs:element ref="kras_mutation_codon" />
165                 <xs:element ref="coad_read_shared:braf_gene_analysis_performed" />   158                 <xs:element ref="braf_gene_analysis_performed" />
166                 <xs:element ref="coad_read_shared:braf_gene_analysis_result" />   159                 <xs:element ref="braf_gene_analysis_result" />
167                 <xs:element ref="coad_read_shared:synchronous_colon_cancer_present" />   160                 <xs:element ref="synchronous_colon_cancer_present" />
168                 <xs:element ref="coad_read_shared:history_of_colon_polyps" />   161                 <xs:element ref="history_of_colon_polyps" />
169                 <xs:element ref="coad_read_shared:colon_polyps_present" />   162                 <xs:element ref="colon_polyps_present" />
170                 <xs:element ref="coad_read_shared:loss_expression_of_mismatch_repair_proteins_by_ihc" />   163                 <xs:element ref="loss_expression_of_mismatch_repair_proteins_by_ihc" />
171                 <xs:element ref="coad_read_shared:loss_expression_of_mismatch_repair_proteins_by_ihc_results" />   164                 <xs:element ref="loss_expression_of_mismatch_repair_proteins_by_ihc_results" />
172                 <xs:element ref="coad_read_shared:number_of_first_degree_relatives_with_cancer_diagnosis" />   165                 <xs:element ref="number_of_first_degree_relatives_with_cancer_diagnosis" />
 
176                 <> 168             </xs:sequence>
      169         </xs:complexType>
      170     </xs:element>
 
177                 <xs:element ref="coad_read_shared:clinical_cqcf" /> <> 172     <xs:element name="lymphnodes_examined" nillable="true">
      173         <xs:complexType>
      174             <xs:simpleContent>
      175                 <xs:extension base="utility:yes_or_no">
      176                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      177                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2200396" />
      178                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />
      179                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      180                 </xs:extension>
      181             </xs:simpleContent>
      182         </xs:complexType>
      183     </xs:element>
 
    <> 185     <xs:element name="number_of_abnormal_loci" nillable="true">
179                 <xs:element name="follow_ups">   186         <xs:complexType mixed="true">
180                    <xs:annotation>   187             <xs:simpleContent>
      188                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      189                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3107129" />
      190                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />
      191                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      192                 </xs:restriction>
      193             </xs:simpleContent>
      194         </xs:complexType>
      195     </xs:element>
 
181                       <xs:documentation>We are using namespaces and version numbers to distinguish one version of followup from another.</xs:documentation> <> 197     <xs:element name="number_of_first_degree_relatives_with_cancer_diagnosis" nillable="true">
      198         <xs:complexType mixed="true">
      199             <xs:simpleContent>
      200                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      201                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3107205" />
      202                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />
      203                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      204                 </xs:restriction>
182                    </xs:annotation>   205             </xs:simpleContent>
      206         </xs:complexType>
      207     </xs:element>
 
    -+ 209     <xs:element name="loss_expression_of_mismatch_repair_proteins_by_ihc_results">
 
184                       <xs:sequence> <>    
185                          <xs:element ref="follow_up_v1.0:follow_up_v1.0" minOccurs="0" maxOccurs="unbounded" />   211             <xs:sequence minOccurs="0" maxOccurs="unbounded">
      212                 <xs:element ref="loss_expression_of_mismatch_repair_proteins_by_ihc_result" />
 
    <> 217     <xs:element name="loss_expression_of_mismatch_repair_proteins_by_ihc_result" nillable="true">
      218         <xs:complexType mixed="true">
      219             <xs:simpleContent>
      220                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      221                     <xs:enumeration value="" />
      222                     <xs:enumeration value="MLH1 Expressed" />
      223                     <xs:enumeration value="MLH1 Not Expressed" />
      224                     <xs:enumeration value="MSH2 Expressed" />
      225                     <xs:enumeration value="MSH2 Not Expressed" />
      226                     <xs:enumeration value="PMS2 Expressed" />
      227                     <xs:enumeration value="PMS2 Not Expressed" />
      228                     <xs:enumeration value="MSH6 Expressed" />
      229                     <xs:enumeration value="MSH6 Not Expressed" />
      230                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3105496" />
      231                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />
      232                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      233                 </xs:restriction>
      234             </xs:simpleContent>
      235         </xs:complexType>
190             </xs:sequence>   236     </xs:element>
 
    -+ 238     <xs:element name="braf_gene_analysis_result" nillable="true">
      239         <xs:complexType mixed="true">
      240             <xs:simpleContent>
      241                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      242                     <xs:enumeration value="" />
      243                     <xs:enumeration value="Normal" />
      244                     <xs:enumeration value="Abnormal" />
      245                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3107189" />
      246                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />
      247                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      248                 </xs:restriction>
      249             </xs:simpleContent>
 
    -+ 253     <xs:element name="loss_expression_of_mismatch_repair_proteins_by_ihc" nillable="true">
      254         <xs:complexType>
      255             <xs:simpleContent>
      256                 <xs:extension base="utility:yes_or_no">
      257                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      258                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3123153" />
      259                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />
      260                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      261                 </xs:extension>
      262             </xs:simpleContent>
      263         </xs:complexType>
      264     </xs:element>
 
    -+ 266     <xs:element name="braf_gene_analysis_performed" nillable="true">
      267         <xs:complexType>
      268             <xs:simpleContent>
      269                 <xs:extension base="utility:yes_or_no">
      270                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      271                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3123151" />
      272                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />
      273                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      274                 </xs:extension>
      275             </xs:simpleContent>
      276         </xs:complexType>
      277     </xs:element>
 
    -+ 279     <xs:element name="number_of_loci_tested" nillable="true">
      280         <xs:complexType mixed="true">
      281             <xs:simpleContent>
      282                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      283                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3107127" />
      284                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />
      285                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      286                 </xs:restriction>
      287             </xs:simpleContent>
      288         </xs:complexType>
      289     </xs:element>
 
    -+ 291     <xs:element name="kras_mutation_codon" nillable="true">
      292         <xs:complexType mixed="true">
      293             <xs:simpleContent>
      294                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      295                     <xs:enumeration value="" />
      296                     <xs:enumeration value="12" />
      297                     <xs:enumeration value="13" />
      298                     <xs:enumeration value="61" />
      299                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3124509" />
      300                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />
      301                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      302                 </xs:restriction>
      303             </xs:simpleContent>
      304         </xs:complexType>
      305     </xs:element>
 
    -+ 307     <xs:element name="kras_mutation_found" nillable="true">
      308         <xs:complexType>
      309             <xs:simpleContent>
      310                 <xs:extension base="utility:yes_or_no">
      311                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      312                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2932340" />
      313                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />
      314                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      315                 </xs:extension>
      316             </xs:simpleContent>
      317         </xs:complexType>
      318     </xs:element>
 
    -+ 320     <xs:element name="kras_gene_analysis_performed" nillable="true">
      321         <xs:complexType>
      322             <xs:simpleContent>
      323                 <xs:extension base="utility:yes_or_no">
      324                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      325                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3123147" />
      326                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />
      327                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      328                 </xs:extension>
      329             </xs:simpleContent>
      330         </xs:complexType>
      331     </xs:element>
 
    -+ 333     <xs:element name="number_of_lymphnodes_positive_by_he" nillable="true">
      334         <xs:complexType mixed="true">
      335             <xs:simpleContent>
      336                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      337                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3086388" />
      338                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />
      339                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      340                 </xs:restriction>
      341             </xs:simpleContent>
      342         </xs:complexType>
      343     </xs:element>
 
    -+ 345     <xs:element name="preoperative_pretreatment_cea_level" nillable="true">
      346         <xs:complexType mixed="true">
      347             <xs:simpleContent>
      348                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      349                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2716510" />
      350                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />
      351                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      352                 </xs:restriction>
      353             </xs:simpleContent>
      354         </xs:complexType>
      355     </xs:element>
 
    -+ 357     <xs:element name="non_nodal_tumor_deposits" nillable="true">
      358         <xs:complexType>
      359             <xs:simpleContent>
      360                 <xs:extension base="utility:yes_or_no">
      361                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      362                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3107051" />
      363                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />
      364                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      365                 </xs:extension>
      366             </xs:simpleContent>
      367         </xs:complexType>
      368     </xs:element>
 
    -+ 370     <xs:element name="circumferential_resection_margin" nillable="true">
      371         <xs:complexType mixed="true">
      372             <xs:simpleContent>
      373                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      374                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="64202" />
      375                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />
      376                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      377                 </xs:restriction>
      378             </xs:simpleContent>
      379         </xs:complexType>
      380     </xs:element>
 
    -+ 382     <xs:element name="vascular_invasion_present" nillable="true">
      383         <xs:complexType>
      384             <xs:simpleContent>
      385                 <xs:extension base="utility:yes_or_no">
      386                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      387                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="64358" />
      388                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />
      389                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      390                 </xs:extension>
      391             </xs:simpleContent>
      392         </xs:complexType>
      393     </xs:element>
 
    -+ 395     <xs:element name="lymphatic_invasion_present" nillable="true">
      396         <xs:complexType>
      397             <xs:simpleContent>
      398                 <xs:extension base="utility:yes_or_no">
      399                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      400                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="64171" />
      401                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />
      402                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      403                 </xs:extension>
      404             </xs:simpleContent>
      405         </xs:complexType>
      406     </xs:element>
 
    -+ 408     <xs:element name="perineural_invasion_present" nillable="true">
      409         <xs:complexType>
      410             <xs:simpleContent>
      411                 <xs:extension base="utility:yes_or_no">
      412                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      413                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="64181" />
      414                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />
      415                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      416                 </xs:extension>
      417             </xs:simpleContent>
      418         </xs:complexType>
      419     </xs:element>
 
    -+ 421     <xs:element name="microsatellite_instability" nillable="true">
      422         <xs:complexType>
      423             <xs:simpleContent>
      424                 <xs:extension base="utility:yes_or_no">
      425                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      426                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3123142" />
      427                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />
      428                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      429                 </xs:extension>
      430             </xs:simpleContent>
      431         </xs:complexType>
      432     </xs:element>
 
    -+ 434     <xs:element name="synchronous_colon_cancer_present" nillable="true">
      435         <xs:complexType>
      436             <xs:simpleContent>
      437                 <xs:extension base="utility:yes_or_no">
      438                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      439                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2185953" />
      440                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />
      441                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      442                 </xs:extension>
      443             </xs:simpleContent>
      444         </xs:complexType>
      445     </xs:element>
 
    -+ 447     <xs:element name="history_of_colon_polyps" nillable="true">
      448         <xs:complexType>
      449             <xs:simpleContent>
      450                 <xs:extension base="utility:yes_or_no">
      451                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      452                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3107197" />
      453                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />
      454                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      455                 </xs:extension>
      456             </xs:simpleContent>
      457         </xs:complexType>
      458     </xs:element>
 
    -+ 460     <xs:element name="colon_polyps_present" nillable="true">
      461         <xs:complexType>
      462             <xs:simpleContent>
      463                 <xs:extension base="utility:yes_or_no">
      464                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      465                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="64184" />
      466                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />
      467                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      468                 </xs:extension>
      469             </xs:simpleContent>
      470         </xs:complexType>
      471     </xs:element>
 
    -+ 474     <xs:element name="anatomic_organ_subdivision" nillable="true">
      475         <xs:complexType mixed="true">
      476             <xs:simpleContent>
      477                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      478                     <xs:enumeration value="" />
      479                     <xs:enumeration value="Sigmoid Colon" />
      480                     <xs:enumeration value="Rectum" />
      481                     <xs:enumeration value="Rectosigmoid Junction" />
      482                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2716417" />
      483                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />
      484                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      485                 </xs:restriction>
      486             </xs:simpleContent>
      487         </xs:complexType>
      488     </xs:element>
 
    -+ 491     <xs:element name="histological_type" nillable="true">
      492         <xs:complexType mixed="true">
      493             <xs:simpleContent>
      494                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      495                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3081934" />
      496                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.9" />
      497                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      498                 </xs:restriction>
      499             </xs:simpleContent>
      500         </xs:complexType>
      501     </xs:element>
 
    -+ 503     <xs:element name="tumor_stage" nillable="true">
      504         <xs:complexType>
      505             <xs:simpleContent>
      506                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      507                     <xs:enumeration value="" />
      508                     <xs:enumeration value="Stage I" />
      509                     <xs:enumeration value="Stage IA" />
      510                     <xs:enumeration value="Stage IB" />
      511                     <xs:enumeration value="Stage II" />
      512                     <xs:enumeration value="Stage IIA" />
      513                     <xs:enumeration value="Stage IIB" />
      514                     <xs:enumeration value="Stage IIC" />
      515                     <xs:enumeration value="Stage III" />
      516                     <xs:enumeration value="Stage IIIA" />
      517                     <xs:enumeration value="Stage IIIB" />
      518                     <xs:enumeration value="Stage IIIC" />
      519                     <xs:enumeration value="Stage IV" />
      520                     <xs:enumeration value="Stage IVA" />
      521                     <xs:enumeration value="Stage IVB" />
      522                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3065862" />
      523                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.4" />
      524                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      525                 </xs:restriction>
      526             </xs:simpleContent>
      527         </xs:complexType>
      528     </xs:element>
 
    -+ 530     <xs:element name="residual_tumor" nillable="true">
      531         <xs:complexType>
      532             <xs:simpleContent>
      533                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      534                     <xs:enumeration value="" />
      535                     <xs:enumeration value="RX" />
      536                     <xs:enumeration value="R0" />
      537                     <xs:enumeration value="R1" />
      538                     <xs:enumeration value="R2" />
      539                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2608702" />
      540                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.11" />
      541                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      542                 </xs:restriction>
      543             </xs:simpleContent>
      544         </xs:complexType>
      545     </xs:element>
 
    -+ 547     <xs:element name="primary_tumor_pathologic_spread" nillable="true">
      548         <xs:complexType>
      549             <xs:simpleContent>
      550                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      551                     <xs:enumeration value="" />
      552                     <xs:enumeration value="TX" />
      553                     <xs:enumeration value="Tis" />
      554                     <xs:enumeration value="T0" />
      555                     <xs:enumeration value="T1" />
      556                     <xs:enumeration value="T2" />
      557                     <xs:enumeration value="T2a" />
      558                     <xs:enumeration value="T2b" />
      559                     <xs:enumeration value="T3" />
      560                     <xs:enumeration value="T4" />
      561                     <xs:enumeration value="T4a" />
      562                     <xs:enumeration value="T4b" />
      563                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3045435" />
      564                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.1" />
      565                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      566                 </xs:restriction>
      567             </xs:simpleContent>
      568         </xs:complexType>
      569     </xs:element>
 
    -+ 571     <xs:element name="lymphnode_pathologic_spread" nillable="true">
      572         <xs:complexType>
      573             <xs:simpleContent>
      574                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      575                     <xs:enumeration value="" />
      576                     <xs:enumeration value="NX" />
      577                     <xs:enumeration value="N0" />
      578                     <xs:enumeration value="N1" />
      579                     <xs:enumeration value="N1a" />
      580                     <xs:enumeration value="N1b" />
      581                     <xs:enumeration value="N1c" />
      582                     <xs:enumeration value="N2" />
      583                     <xs:enumeration value="N2a" />
      584                     <xs:enumeration value="N2b" />
      585                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3065858" />
      586                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.1" />
      587                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      588                 </xs:restriction>
      589             </xs:simpleContent>
      590         </xs:complexType>
      591     </xs:element>
 
    -+ 593     <xs:element name="distant_metastasis_pathologic_spread" nillable="true">
      594         <xs:complexType>
      595             <xs:simpleContent>
      596                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      597                     <xs:enumeration value="" />
      598                     <xs:enumeration value="M0" />
      599                     <xs:enumeration value="M1" />
      600                     <xs:enumeration value="M1a" />
      601                     <xs:enumeration value="M1b" />
      602                     <xs:enumeration value="MX" />
      603                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3045439" />
      604                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.4" />
      605                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      606                 </xs:restriction>
      607             </xs:simpleContent>
      608         </xs:complexType>
      609     </xs:element>
 
    -+ 611     <xs:element name="number_of_lymphnodes_examined" nillable="true">
      612         <xs:complexType mixed="true">
      613             <xs:simpleContent>
      614                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      615                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3" />
      616                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.1" />
      617                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      618                 </xs:restriction>
      619             </xs:simpleContent>
      620         </xs:complexType>
      621     </xs:element>
 
    -+ 623     <xs:element name="number_of_lymphnodes_positive_by_ihc" nillable="true">
      624         <xs:complexType mixed="true">
      625             <xs:simpleContent>
      626                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      627                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3086383" />
      628                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.1" />
      629                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      630                 </xs:restriction>
      631             </xs:simpleContent>
      632         </xs:complexType>
      633     </xs:element>

   
File: TCGA_BCR.READ_Clinical_FollowUp_v1.0.xsd  
1 <?xml version="1.0" encoding="utf-8" ?> +-    
 
4 <xs:schema elementFormDefault="qualified" version="2.5.0" +-    
5    xmlns:xs="http://www.w3.org/2001/XMLSchema"      
6    xmlns:shared="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5"      
7    xmlns:utility="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5"      
8    xmlns:admin="http://tcga.nci/bcr/xml/administration/2.5"      
9    xmlns="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/read/followup/2.5/1.0"      
10    targetNamespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/read/followup/2.5/1.0"      
11    xmlns:jaxb="http://java.sun.com/xml/ns/jaxb" jaxb:version="1.0" >      
 
13     <xs:import schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5/TCGA_BCR.Utility.xsd" namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5" /> +-    
14     <xs:import schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/administration/2.5/TCGA_BCR.Administration.xsd" namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/administration/2.5" />      
15     <xs:import schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5/TCGA_BCR.Shared_Clinical_Elements.xsd" namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5" />      
 
17     <xs:annotation> +-    
18         <xs:appinfo>      
19             <jaxb:globalBindings generateIsSetMethod="true" />      
20             <jaxb:schemaBindings>      
21                 <jaxb:package name="nci.tcga.bcr.xml.jaxb.clinical.read" />      
22             </jaxb:schemaBindings>      
23         </xs:appinfo>      
24     </xs:annotation>      
 
26     <xs:annotation> +-    
27         <xs:documentation xml:lang="en">Schema to define the elements of the TCGA Clinical Data Follow-up Form within the READ study.</xs:documentation>      
28     </xs:annotation>      
 
30     <xs:element name="follow_up_v1.0"> +-    
31         <xs:complexType>      
32             <xs:sequence>      
33                 <xs:element ref="shared:bcr_patient_barcode" />      
34                 <xs:element ref="shared:bcr_patient_uuid" />      
35                 <xs:element ref="shared:vital_status" />      
36                 <xs:choice>      
37                     <xs:sequence>      
38                         <xs:element ref="shared:day_of_last_followup" />      
39                         <xs:element ref="shared:month_of_last_followup" />      
40                         <xs:element ref="shared:year_of_last_followup" />      
41                     </xs:sequence>      
42                     <xs:element ref="shared:days_to_last_followup" />      
43                 </xs:choice>      
44                 <xs:choice>      
45                     <xs:sequence>      
46                         <xs:element ref="shared:day_of_death" />      
47                         <xs:element ref="shared:month_of_death" />      
48                         <xs:element ref="shared:year_of_death" />      
49                     </xs:sequence>      
50                     <xs:element ref="shared:days_to_death" />      
51                 </xs:choice>      
52                 <xs:element ref="shared:new_tumor_event_after_initial_treatment" />      
53                 <xs:choice>      
54                     <xs:sequence>      
55                         <xs:element ref="shared:day_of_new_tumor_event_after_initial_treatment" />      
56                         <xs:element ref="shared:month_of_new_tumor_event_after_initial_treatment" />      
57                         <xs:element ref="shared:year_of_new_tumor_event_after_initial_treatment" />      
58                     </xs:sequence>      
59                     <xs:element ref="shared:days_to_new_tumor_event_after_initial_treatment" />      
60                 </xs:choice>      
61                 <xs:element ref="shared:additional_surgery_locoregional_procedure" />      
62                 <xs:choice>      
63                     <xs:sequence>      
64                         <xs:element ref="shared:day_of_additional_surgery_locoregional_procedure" />      
65                         <xs:element ref="shared:month_of_additional_surgery_locoregional_procedure" />      
66                         <xs:element ref="shared:year_of_additional_surgery_locoregional_procedure" />      
67                     </xs:sequence>      
68                     <xs:element ref="shared:days_to_additional_surgery_locoregional_procedure" />      
69                 </xs:choice>      
70                 <xs:element ref="shared:person_neoplasm_cancer_status" />      
71                 <xs:element ref="shared:radiation_therapy" />      
72                 <xs:element ref="shared:additional_radiation_therapy" />      
73                 <xs:element ref="shared:targeted_molecular_therapy" />      
74                 <xs:element ref="shared:additional_pharmaceutical_therapy" />      
75                 <xs:element ref="shared:additional_surgery_metastatic_procedure" />      
76                 <xs:choice>      
77                     <xs:sequence>      
78                         <xs:element ref="shared:day_of_additional_surgery_metastatic_procedure" />      
79                         <xs:element ref="shared:month_of_additional_surgery_metastatic_procedure" />      
80                         <xs:element ref="shared:year_of_additional_surgery_metastatic_procedure" />      
81                     </xs:sequence>      
82                     <xs:element ref="shared:days_to_additional_surgery_metastatic_procedure" />      
83                 </xs:choice>      
84                 <xs:choice>      
85                     <xs:sequence>      
86                         <xs:element ref="shared:day_of_form_completion" />      
87                         <xs:element ref="shared:month_of_form_completion" />      
88                         <xs:element ref="shared:year_of_form_completion" />      
89                     </xs:sequence>      
90                     <xs:element ref="shared:days_to_form_completion" />      
91                 </xs:choice>      
 
93                 <xs:element ref="shared:followup_case_report_form_submission_reason" /> +-    
 
95                 <xs:element ref="shared:residual_disease_post_new_tumor_event_margin_status" /> +-    
96                 <xs:element ref="site_of_additional_surgery_new_tumor_event_mets" />      
97             </xs:sequence>      
98             <xs:attribute name="version" type="xs:string" default="1.0" use="optional"/>      
99         </xs:complexType>      
100     </xs:element>      
 
102     <xs:element name="site_of_additional_surgery_new_tumor_event_mets"> +-    
103         <xs:complexType>      
104             <xs:simpleContent>      
105                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
106                     <xs:enumeration value="" />      
107                     <xs:enumeration value="Liver" />      
108                     <xs:enumeration value="Lung" />      
109                     <xs:enumeration value="Lymph Nodes" />      
110                     <xs:enumeration value="Other" />      
111                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="1611" />      
112                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5" />      
113                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />      
114                 </xs:restriction>      
115             </xs:simpleContent>      
116         </xs:complexType>      
117     </xs:element>      
 
120 </xs:schema> +-    

   
File: TCGA_BCR.Shared_Clinical_COAD_READ_Elements.xsd  
1 <?xml version="1.0" encoding="utf-8"?> +-    
 
3 <xs:schema xmlns:xs="http://www.w3.org/2001/XMLSchema" xmlns:utility="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5" xmlns:shared="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5" xmlns:cqcf="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/cqcf/2.5" xmlns="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/coad_read/2.5" targetNamespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/coad_read/2.5" elementFormDefault="qualified" version="2.5.0"> +-    
4         <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5/TCGA_BCR.Utility.xsd"/>      
5         <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5/TCGA_BCR.Shared_Clinical_Elements.xsd"/>      
6         <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/cqcf/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/cqcf/2.5/TCGA_BCR.CQCF.xsd"/>      
7         <xs:element name="number_of_abnormal_loci" nillable="true">      
8                 <xs:complexType mixed="true">      
9                         <xs:simpleContent>      
10                                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
11                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3107129"/>      
12                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3"/>      
13                                         <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1"/>      
14                                 </xs:restriction>      
15                         </xs:simpleContent>      
16                 </xs:complexType>      
17         </xs:element>      
18         <xs:element name="number_of_first_degree_relatives_with_cancer_diagnosis" nillable="true">      
19                 <xs:complexType mixed="true">      
20                         <xs:simpleContent>      
21                                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
22                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3107205"/>      
23                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3"/>      
24                                         <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1"/>      
25                                 </xs:restriction>      
26                         </xs:simpleContent>      
27                 </xs:complexType>      
28         </xs:element>      
29         <xs:element name="loss_expression_of_mismatch_repair_proteins_by_ihc_results">      
30                 <xs:complexType>      
31                         <xs:sequence minOccurs="0" maxOccurs="unbounded">      
32                                 <xs:element ref="loss_expression_of_mismatch_repair_proteins_by_ihc_result"/>      
33                         </xs:sequence>      
34                 </xs:complexType>      
35         </xs:element>      
36         <xs:element name="loss_expression_of_mismatch_repair_proteins_by_ihc_result" nillable="true">      
37                 <xs:complexType mixed="true">      
38                         <xs:simpleContent>      
39                                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
40                                         <xs:enumeration value=""/>      
41                                         <xs:enumeration value="MLH1 Expressed"/>      
42                                         <xs:enumeration value="MLH1 Not Expressed"/>      
43                                         <xs:enumeration value="MSH2 Expressed"/>      
44                                         <xs:enumeration value="MSH2 Not Expressed"/>      
45                                         <xs:enumeration value="PMS2 Expressed"/>      
46                                         <xs:enumeration value="PMS2 Not Expressed"/>      
47                                         <xs:enumeration value="MSH6 Expressed"/>      
48                                         <xs:enumeration value="MSH6 Not Expressed"/>      
49                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3105496"/>      
50                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3"/>      
51                                         <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2"/>      
52                                 </xs:restriction>      
53                         </xs:simpleContent>      
54                 </xs:complexType>      
55         </xs:element>      
56         <xs:element name="braf_gene_analysis_result" nillable="true">      
57                 <xs:complexType mixed="true">      
58                         <xs:simpleContent>      
59                                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
60                                         <xs:enumeration value=""/>      
61                                         <xs:enumeration value="Normal"/>      
62                                         <xs:enumeration value="Abnormal"/>      
63                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3107189"/>      
64                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3"/>      
65                                         <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2"/>      
66                                 </xs:restriction>      
67                         </xs:simpleContent>      
68                 </xs:complexType>      
69         </xs:element>      
70         <xs:element name="loss_expression_of_mismatch_repair_proteins_by_ihc" nillable="true">      
71                 <xs:complexType>      
72                         <xs:simpleContent>      
73                                 <xs:extension base="utility:yes_or_no">      
74                                         <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group"/>      
75                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3123153"/>      
76                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3"/>      
77                                         <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1"/>      
78                                 </xs:extension>      
79                         </xs:simpleContent>      
80                 </xs:complexType>      
81         </xs:element>      
82         <xs:element name="braf_gene_analysis_performed" nillable="true">      
83                 <xs:complexType>      
84                         <xs:simpleContent>      
85                                 <xs:extension base="utility:yes_or_no">      
86                                         <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group"/>      
87                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3123151"/>      
88                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3"/>      
89                                         <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1"/>      
90                                 </xs:extension>      
91                         </xs:simpleContent>      
92                 </xs:complexType>      
93         </xs:element>      
94         <xs:element name="number_of_loci_tested" nillable="true">      
95                 <xs:complexType mixed="true">      
96                         <xs:simpleContent>      
97                                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
98                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3107127"/>      
99                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3"/>      
100                                         <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1"/>      
101                                 </xs:restriction>      
102                         </xs:simpleContent>      
103                 </xs:complexType>      
104         </xs:element>      
105         <xs:element name="kras_mutation_codon" nillable="true">      
106                 <xs:complexType mixed="true">      
107                         <xs:simpleContent>      
108                                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
109                                         <xs:enumeration value=""/>      
110                                         <xs:enumeration value="12"/>      
111                                         <xs:enumeration value="13"/>      
112                                         <xs:enumeration value="61"/>      
113                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3124509"/>      
114                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3"/>      
115                                         <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2"/>      
116                                 </xs:restriction>      
117                         </xs:simpleContent>      
118                 </xs:complexType>      
119         </xs:element>      
120         <xs:element name="kras_mutation_found" nillable="true">      
121                 <xs:complexType>      
122                         <xs:simpleContent>      
123                                 <xs:extension base="utility:yes_or_no">      
124                                         <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group"/>      
125                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2932340"/>      
126                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3"/>      
127                                         <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1"/>      
128                                 </xs:extension>      
129                         </xs:simpleContent>      
130                 </xs:complexType>      
131         </xs:element>      
132         <xs:element name="kras_gene_analysis_performed" nillable="true">      
133                 <xs:complexType>      
134                         <xs:simpleContent>      
135                                 <xs:extension base="utility:yes_or_no">      
136                                         <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group"/>      
137                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3123147"/>      
138                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3"/>      
139                                         <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1"/>      
140                                 </xs:extension>      
141                         </xs:simpleContent>      
142                 </xs:complexType>      
143         </xs:element>      
144         <xs:element name="preoperative_pretreatment_cea_level" nillable="true">      
145                 <xs:complexType mixed="true">      
146                         <xs:simpleContent>      
147                                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
148                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2716510"/>      
149                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2"/>      
150                                         <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1"/>      
151                                 </xs:restriction>      
152                         </xs:simpleContent>      
153                 </xs:complexType>      
154         </xs:element>      
155         <xs:element name="non_nodal_tumor_deposits" nillable="true">      
156                 <xs:complexType>      
157                         <xs:simpleContent>      
158                                 <xs:extension base="utility:yes_or_no">      
159                                         <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group"/>      
160                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3107051"/>      
161                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2"/>      
162                                         <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1"/>      
163                                 </xs:extension>      
164                         </xs:simpleContent>      
165                 </xs:complexType>      
166         </xs:element>      
167         <xs:element name="circumferential_resection_margin" nillable="true">      
168                 <xs:complexType mixed="true">      
169                         <xs:simpleContent>      
170                                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
171                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="64202"/>      
172                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2"/>      
173                                         <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1"/>      
174                                 </xs:restriction>      
175                         </xs:simpleContent>      
176                 </xs:complexType>      
177         </xs:element>      
178         <xs:element name="perineural_invasion_present" nillable="true">      
179                 <xs:complexType>      
180                         <xs:simpleContent>      
181                                 <xs:extension base="utility:yes_or_no">      
182                                         <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group"/>      
183                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="64181"/>      
184                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2"/>      
185                                         <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1"/>      
186                                 </xs:extension>      
187                         </xs:simpleContent>      
188                 </xs:complexType>      
189         </xs:element>      
190         <xs:element name="microsatellite_instability" nillable="true">      
191                 <xs:complexType>      
192                         <xs:simpleContent>      
193                                 <xs:extension base="utility:yes_or_no">      
194                                         <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group"/>      
195                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3123142"/>      
196                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2"/>      
197                                         <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1"/>      
198                                 </xs:extension>      
199                         </xs:simpleContent>      
200                 </xs:complexType>      
201         </xs:element>      
202         <xs:element name="synchronous_colon_cancer_present" nillable="true">      
203                 <xs:complexType>      
204                         <xs:simpleContent>      
205                                 <xs:extension base="utility:yes_or_no">      
206                                         <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group"/>      
207                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2185953"/>      
208                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2"/>      
209                                         <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1"/>      
210                                 </xs:extension>      
211                         </xs:simpleContent>      
212                 </xs:complexType>      
213         </xs:element>      
214         <xs:element name="history_of_colon_polyps" nillable="true">      
215                 <xs:complexType>      
216                         <xs:simpleContent>      
217                                 <xs:extension base="utility:yes_or_no">      
218                                         <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group"/>      
219                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3107197"/>      
220                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2"/>      
221                                         <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1"/>      
222                                 </xs:extension>      
223                         </xs:simpleContent>      
224                 </xs:complexType>      
225         </xs:element>      
226         <xs:element name="colon_polyps_present" nillable="true">      
227                 <xs:complexType>      
228                         <xs:simpleContent>      
229                                 <xs:extension base="utility:yes_or_no">      
230                                         <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group"/>      
231                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="64184"/>      
232                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2"/>      
233                                         <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1"/>      
234                                 </xs:extension>      
235                         </xs:simpleContent>      
236                 </xs:complexType>      
237         </xs:element>      
238         <xs:element name="histological_type" nillable="true">      
239                 <xs:complexType mixed="true">      
240                         <xs:simpleContent>      
241                                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
242                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3081934"/>      
243                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.9"/>      
244                                         <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1"/>      
245                                 </xs:restriction>      
246                         </xs:simpleContent>      
247                 </xs:complexType>      
248         </xs:element>      
249         <xs:element name="tumor_stage" nillable="true">      
250                 <xs:complexType>      
251                         <xs:simpleContent>      
252                                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
253                                         <xs:enumeration value=""/>      
254                                         <xs:enumeration value="Stage I"/>      
255                                         <xs:enumeration value="Stage IA"/>      
256                                         <xs:enumeration value="Stage IB"/>      
257                                         <xs:enumeration value="Stage II"/>      
258                                         <xs:enumeration value="Stage IIA"/>      
259                                         <xs:enumeration value="Stage IIB"/>      
260                                         <xs:enumeration value="Stage IIC"/>      
261                                         <xs:enumeration value="Stage III"/>      
262                                         <xs:enumeration value="Stage IIIA"/>      
263                                         <xs:enumeration value="Stage IIIB"/>      
264                                         <xs:enumeration value="Stage IIIC"/>      
265                                         <xs:enumeration value="Stage IV"/>      
266                                         <xs:enumeration value="Stage IVA"/>      
267                                         <xs:enumeration value="Stage IVB"/>      
268                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3065862"/>      
269                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.4"/>      
270                                         <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1"/>      
271                                 </xs:restriction>      
272                         </xs:simpleContent>      
273                 </xs:complexType>      
274         </xs:element>      
275         <xs:element name="primary_tumor_pathologic_spread" nillable="true">      
276                 <xs:complexType>      
277                         <xs:simpleContent>      
278                                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
279                                         <xs:enumeration value=""/>      
280                                         <xs:enumeration value="TX"/>      
281                                         <xs:enumeration value="Tis"/>      
282                                         <xs:enumeration value="T0"/>      
283                                         <xs:enumeration value="T1"/>      
284                                         <xs:enumeration value="T2"/>      
285                                         <xs:enumeration value="T3"/>      
286                                         <xs:enumeration value="T4a"/>      
287                                         <xs:enumeration value="T4b"/>      
288                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3045435"/>      
289                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.1"/>      
290                                         <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1"/>      
291                                 </xs:restriction>      
292                         </xs:simpleContent>      
293                 </xs:complexType>      
294         </xs:element>      
295         <xs:element name="lymphnode_pathologic_spread" nillable="true">      
296                 <xs:complexType>      
297                         <xs:simpleContent>      
298                                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
299                                         <xs:enumeration value=""/>      
300                                         <xs:enumeration value="NX"/>      
301                                         <xs:enumeration value="N0"/>      
302                                         <xs:enumeration value="N1"/>      
303                                         <xs:enumeration value="N1a"/>      
304                                         <xs:enumeration value="N1b"/>      
305                                         <xs:enumeration value="N1c"/>      
306                                         <xs:enumeration value="N2"/>      
307                                         <xs:enumeration value="N2a"/>      
308                                         <xs:enumeration value="N2b"/>      
309                                         <xs:enumeration value="N3"/>      
310                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3065858"/>      
311                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.1"/>      
312                                         <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1"/>      
313                                 </xs:restriction>      
314                         </xs:simpleContent>      
315                 </xs:complexType>      
316         </xs:element>      
317         <xs:element name="distant_metastasis_pathologic_spread" nillable="true">      
318                 <xs:complexType>      
319                         <xs:simpleContent>      
320                                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
321                                         <xs:enumeration value=""/>      
322                                         <xs:enumeration value="M0"/>      
323                                         <xs:enumeration value="M1"/>      
324                                         <xs:enumeration value="M1a"/>      
325                                         <xs:enumeration value="M1b"/>      
326                                         <xs:enumeration value="MX"/>      
327                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3045439"/>      
328                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.4"/>      
329                                         <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1"/>      
330                                 </xs:restriction>      
331                         </xs:simpleContent>      
332                 </xs:complexType>      
333         </xs:element>      
334         <xs:element name="clinical_cqcf">      
335                 <xs:complexType>      
336                         <xs:sequence>      
337                                 <xs:element ref="cqcf:frozen_specimen_anatomic_site"/>      
338                                 <xs:element ref="cqcf:history_of_prior_malignancy"/>      
339                                 <xs:element ref="cqcf:history_of_neoadjuvant_treatment"/>      
340                                 <xs:element ref="cqcf:consent_or_death_status"/>      
341                                 <xs:choice>      
342                                         <xs:choice>      
343                                                 <xs:sequence>      
344                                                         <xs:element ref="cqcf:day_of_consent"/>      
345                                                         <xs:element ref="cqcf:month_of_consent"/>      
346                                                         <xs:element ref="cqcf:year_of_consent"/>      
347                                                 </xs:sequence>      
348                                                 <xs:element ref="cqcf:days_to_consent"/>      
349                                         </xs:choice>      
350                                         <xs:choice>      
351                                                 <xs:sequence>      
352                                                         <xs:element ref="shared:day_of_death"/>      
353                                                         <xs:element ref="shared:month_of_death"/>      
354                                                         <xs:element ref="shared:year_of_death"/>      
355                                                 </xs:sequence>      
356                                                 <xs:element ref="shared:days_to_death"/>      
357                                         </xs:choice>      
358                                 </xs:choice>      
359                                 <xs:element ref="cqcf:diagnosis_subtype"/>      
360                                 <xs:element ref="shared:prior_diagnosis"/>      
361                                 <xs:element ref="cqcf:normal_tissue_anatomic_site"/>      
362                                 <xs:element ref="cqcf:normal_tissue_proximity"/>      
363                                 <xs:element ref="cqcf:tumor_type"/>      
364                                 <xs:element ref="cqcf:histological_subtype" minOccurs="0"/>      
365                                 <xs:element ref="cqcf:other_anatomic_site" minOccurs="0"/>      
366                                 <xs:element ref="cqcf:country"/>      
367                         </xs:sequence>      
368                 </xs:complexType>      
369         </xs:element>      
370 </xs:schema>      

   
File: TCGA_BCR.Shared_Clinical_Elements.xsd  
4 <xs:schema elementFormDefault="qualified" version="2.5.0" <> 4 <xs:schema elementFormDefault="qualified" version="2.4.4"
 
6   xmlns:utility="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5" <> 6   xmlns:utility="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.4"
7   xmlns="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5"   7   xmlns="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.4"
8   targetNamespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5">   8   targetNamespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.4">
 
10     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5/TCGA_BCR.Utility.xsd" /> <> 10     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.4" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/utility/2.4/TCGA_BCR.Utility.xsd" />
 
347                     <xs:enumeration value="Prostate" /> +-    
 
351                <xs:enumeration value="Skin" /> +-    
352                <xs:enumeration value="Subcutaneous tissue" />      
353                <xs:enumeration value="Lymph node(s) Regional" />      
354                <xs:enumeration value="Lymph node(s) Distant" />      
 
525                     <xs:enumeration value="Loco-Regional" /> <> 521                     <xs:enumeration value="LOCO-REGIONAL" />
526                     <xs:enumeration value="Metastasis" />   522                     <xs:enumeration value="METASTASIS" />
527                     <xs:enumeration value="Locoregional and Metastasis" />      
 
859                                         <xs:enumeration value="Aspirate" /> <> 854                     <xs:enumeration value="CYTOLOGY" />
      855                     <xs:enumeration value="FINE NEEDLE ASPIRATION BIOPSY" />
      856                     <xs:enumeration value="INCISION BIOPSY" />
      857                     <xs:enumeration value="EXCISIONAL BIOPSY" />
      858                     <xs:enumeration value="TUMOR RESECTION" />
      859                     <xs:enumeration value="OTHER METHOD, SPECIFY IN NOTES" />
 
    <> 862                     <xs:enumeration value="Endoscopic Biopsy" />
860                                         <xs:enumeration value="Biopsy (cervical / CT-guided / Other)" />   863                     <xs:enumeration value="Transurethral resection (TURBT)" />
 
862                                         <xs:enumeration value="Core needle biopsy" /> <> 865                     <xs:enumeration value="Lymph node sampling or dissection" />
863                                         <xs:enumeration value="Cytology (e.g. Peritoneal or pleural fluid)" />      
864                                         <xs:enumeration value="Dilation and curettage procedure" />   866                     <xs:enumeration value="Tumor resection" />
865                                         <xs:enumeration value="Endoscopic Biopsy" />   867                     <xs:enumeration value="Incisional Biopsy" />
 
    -+ 869                     <xs:enumeration value="Unknown" />
      870                     <xs:enumeration value="Cytology (e.g. Peritoneal or pleural fluid)" />
 
868                                         <xs:enumeration value="Incisional Biopsy" /> <>    
869                                         <xs:enumeration value="Lymph node sampling or dissection" />   872                     <xs:enumeration value="Dilation and curettage procedure" />
 
871                     <xs:enumeration value="Other method, specify:" /> <> 874                     <xs:enumeration value="Aspirate" />
872                     <xs:enumeration value="Transurethral resection (TURBT)" />   875                     <xs:enumeration value="Core needle biopsy" />
873                     <xs:enumeration value="Tumor resection" />   876                     <xs:enumeration value="Biopsy (cervical / CT-guided / Other)" />
874                     <xs:enumeration value="Unknown" />      
 
876                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5" /> <> 878                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.9" />
 
    -+ 1162                     <xs:enumeration value="AT RECURRENCE/PROGRESSION OF DISEASE" />
      1163                     <xs:enumeration value="PREOPERATIVE" />
      1164                     <xs:enumeration value="PRE-ADJUVANT THERAPY" />
      1165                     <xs:enumeration value="POST-ADJUVANT THERAPY" />
      1166                     <xs:enumeration value="POST-SECONDARY THERAPY" />
      1167                     <xs:enumeration value="OTHER" />
 
1199                     <xs:enumeration value="Laboratory" /> <> 1208                     <xs:enumeration value="LABORATORY" />
1200                     <xs:enumeration value="Pathology" />   1209                     <xs:enumeration value="PATHOLOGY" />
1201                     <xs:enumeration value="Radiation" />   1210                     <xs:enumeration value="RADIATION" />
1202                     <xs:enumeration value="Physical Examination" />   1211                     <xs:enumeration value="PHYSICAL EXAMINATION" />
1203                     <xs:enumeration value="Imaging Study" />   1212                     <xs:enumeration value="IMAGING STUDY" />
1204                     <xs:enumeration value="Molecular Marker(S)" />   1213                     <xs:enumeration value="MOLECULAR MARKER(S)" />
1205                     <xs:enumeration value="First Seen At Further Surgery" />   1214                     <xs:enumeration value="FIRST SEEN AT FURTHER SURGERY" />
1206                     <xs:enumeration value="Biopsy with Histologic Confirmation" />      
1207                     <xs:enumeration value="Convincing Imaging" />      
1208                     <xs:enumeration value="Positive Biomarker (s)" />      
1209                     <xs:enumeration value="Other Method: Specify In Notes" />   1215                     <xs:enumeration value="OTHER METHOD: SPECIFY IN NOTES" />
 
1557    <xs:element name="ajcc_tumor_stage_code" nillable="true"> +-    
1558       <xs:complexType mixed="true">      
1559          <xs:simpleContent>      
1560             <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
1561                <xs:enumeration value="" />      
1562                <xs:enumeration value="T0" />      
1563                <xs:enumeration value="Ta" />      
1564                <xs:enumeration value="T1" />      
1565                <xs:enumeration value="T1a" />      
1566                <xs:enumeration value="T1a1" />      
1567                <xs:enumeration value="T1a2" />      
1568                <xs:enumeration value="T1b" />      
1569             <xs:enumeration value="T1b1" />      
1570             <xs:enumeration value="T1b2" />      
1571                <xs:enumeration value="T1c" />      
1572                <xs:enumeration value="T1mi" />      
1573                <xs:enumeration value="T2" />      
1574                <xs:enumeration value="T2a" />      
1575                <xs:enumeration value="T2a1" />      
1576                <xs:enumeration value="T2a2" />      
1577                <xs:enumeration value="T2b" />      
1578                <xs:enumeration value="T2c" />      
1579                <xs:enumeration value="T3" />      
1580                <xs:enumeration value="T3a" />      
1581                <xs:enumeration value="T3b" />      
1582                <xs:enumeration value="T3c" />      
1583                <xs:enumeration value="T4" />      
1584                <xs:enumeration value="T4a" />      
1585                <xs:enumeration value="T4b" />      
1586                <xs:enumeration value="T4c" />      
1587                <xs:enumeration value="T4d" />      
1588                <xs:enumeration value="Tis" />      
1589                <xs:enumeration value="Tis (DCIS)" />      
1590                <xs:enumeration value="Tis (LCIS)" />      
1591                <xs:enumeration value="Tis (Paget's)" />      
1592                <xs:enumeration value="TX" />      
1593                <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3045435" />      
1594                <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5" />      
1595                <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />      
1596             </xs:restriction>      
1597          </xs:simpleContent>      
1598       </xs:complexType>      
1599    </xs:element>      
 
1601    <xs:element name="ajcc_neoplasm_disease_lymph_node_stage" nillable="true"> +-    
1602       <xs:complexType mixed="true">      
1603          <xs:simpleContent>      
1604             <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
1605                <xs:enumeration value="" />      
1606                <xs:enumeration value="NX" />      
1607                <xs:enumeration value="N0" />      
1608                <xs:enumeration value="N0 (i-)" />      
1609                <xs:enumeration value="N0 (i+)" />      
1610                <xs:enumeration value="N0 (mol-)" />      
1611                <xs:enumeration value="N0 (mol+)" />      
1612                <xs:enumeration value="N1" />      
1613                <xs:enumeration value="N1mi" />      
1614                <xs:enumeration value="N1a" />      
1615                <xs:enumeration value="N1b" />      
1616                <xs:enumeration value="N1bI" />      
1617                <xs:enumeration value="N1bII" />      
1618                <xs:enumeration value="N1bIII" />      
1619                <xs:enumeration value="N1bIV" />      
1620                <xs:enumeration value="N1c" />      
1621                <xs:enumeration value="N2" />      
1622                <xs:enumeration value="N2a" />      
1623                <xs:enumeration value="N2b" />      
1624             <xs:enumeration value="N2c" /> <!-- TODO: Make sure that this PV is being procured before sending to DCC. ALSO DELETE THIS COMMENT -->      
1625                <xs:enumeration value="N3" />      
1626                <xs:enumeration value="N3a" />      
1627                <xs:enumeration value="N3b" />      
1628                <xs:enumeration value="N3c" />      
1629                <xs:enumeration value="N4" />      
1630                <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3203106" />      
1631                <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5" />      
1632                <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />      
1633             </xs:restriction>      
1634          </xs:simpleContent>      
1635       </xs:complexType>      
1636    </xs:element>      
 
1638    <xs:element name="ajcc_cancer_metastasis_stage_code" nillable="true"> +-    
1639       <xs:complexType mixed="true">      
1640          <xs:simpleContent>      
1641             <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
1642                <xs:enumeration value="" />      
1643                <xs:enumeration value="cM0 (i+)" />      
1644                <xs:enumeration value="M0" />      
1645                <xs:enumeration value="M1" />      
1646                <xs:enumeration value="M1a" />      
1647                <xs:enumeration value="M1b" />      
1648                <xs:enumeration value="M1c" />      
1649             <xs:enumeration value="M2" /> <!-- TODO: Make sure that this PV is being procured before sending to DCC. ALSO DELETE THIS COMMENT -->      
1650                <xs:enumeration value="MX" />      
1651                <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3045439" />      
1652                <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5" />      
1653                <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />      
1654             </xs:restriction>      
1655          </xs:simpleContent>      
1656       </xs:complexType>      
1657    </xs:element>      
 
1659    <xs:element name="ajcc_neoplasm_disease_stage" nillable="true"> +-    
1660       <xs:complexType mixed="true">      
1661          <xs:simpleContent>      
1662             <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
1663                <xs:enumeration value="" />      
1664                <xs:enumeration value="Stage X" />      
1665                <xs:enumeration value="Stage Tis" />      
1666                <xs:enumeration value="Stage 0" />      
1667                <xs:enumeration value="Stage I" />      
1668                <xs:enumeration value="Stage IA" />      
1669                <xs:enumeration value="Stage IB" />      
1670                <xs:enumeration value="Stage II" />      
1671                <xs:enumeration value="Stage IIA" />      
1672                <xs:enumeration value="Stage IIB" />      
1673                <xs:enumeration value="Stage IIC" />      
1674                <xs:enumeration value="Stage III" />      
1675                <xs:enumeration value="Stage IIIA" />      
1676                <xs:enumeration value="Stage IIIB" />      
1677                <xs:enumeration value="Stage IIIC" />      
1678                <xs:enumeration value="Stage IV" />      
1679                <xs:enumeration value="Stage IVA" />      
1680                <xs:enumeration value="Stage IVB" />      
1681                <xs:enumeration value="Stage IIA Cervix" />      
1682                <xs:enumeration value="Stage II Cervix" />      
1683                <xs:enumeration value="Stage IB2" />      
1684                <xs:enumeration value="Stage IB1" />      
1685                <xs:enumeration value="Stage IB Cervix" />      
1686                <xs:enumeration value="Stage IA2" />      
1687                <xs:enumeration value="Stage IA1" />      
1688                <xs:enumeration value="Stage IVC" />      
1689                <xs:enumeration value="Stage 0is" />      
1690                <xs:enumeration value="Stage 0a" />      
1691                <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3203222" />      
1692                <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5" />      
1693                <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />      
1694             </xs:restriction>      
1695          </xs:simpleContent>      
1696       </xs:complexType>      
1697    </xs:element>      
 
1699    <xs:element name="gynecologic_figo_staging_system" nillable="true"> +-    
1700         <xs:complexType mixed="true">      
1701             <xs:simpleContent>      
1702                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
1703                     <xs:enumeration value="" />      
1704                     <xs:enumeration value="1988" />      
1705                     <xs:enumeration value="1995" />      
1706                     <xs:enumeration value="2009" />      
1707                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3114049" />      
1708                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.4" />      
1709                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />      
1710                 </xs:restriction>      
1711             </xs:simpleContent>      
1712         </xs:complexType>      
1713     </xs:element>      
 
1715         <xs:element name="karnofsky_performance_score"> +-    
1716                 <xs:complexType>      
1717                         <xs:simpleContent>      
1718                                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
1719                                         <xs:enumeration value="" />      
1720                                         <xs:enumeration value="0" />      
1721                                         <xs:enumeration value="10" />      
1722                                         <xs:enumeration value="20" />      
1723                                         <xs:enumeration value="30" />      
1724                                         <xs:enumeration value="40" />      
1725                                         <xs:enumeration value="50" />      
1726                                         <xs:enumeration value="60" />      
1727                                         <xs:enumeration value="70" />      
1728                                         <xs:enumeration value="80" />      
1729                                         <xs:enumeration value="90" />      
1730                                         <xs:enumeration value="100" />      
1731                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2003853" />      
1732                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.8" />      
1733                                         <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />      
1734                                 </xs:restriction>      
1735                         </xs:simpleContent>      
1736                 </xs:complexType>      
1737         </xs:element>      
 
1739         <xs:element name="eastern_cancer_oncology_group"> +-    
1740                 <xs:complexType>      
1741                         <xs:simpleContent>      
1742                                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
1743                                         <xs:enumeration value="" />      
1744                                         <xs:enumeration value="0" />      
1745                                         <xs:enumeration value="1" />      
1746                                         <xs:enumeration value="2" />      
1747                                         <xs:enumeration value="3" />      
1748                                         <xs:enumeration value="4" />      
1749                                         <xs:enumeration value="5" />      
1750                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="88" />      
1751                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.9" />      
1752                                         <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />      
1753                                 </xs:restriction>      
1754                         </xs:simpleContent>      
1755                 </xs:complexType>      
1756         </xs:element>      
 
1758         <xs:element name="followup_case_report_form_submission_reason" nillable="true"> +-    
1759         <xs:complexType mixed="true">      
1760             <xs:simpleContent>      
1761                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
1762                     <xs:enumeration value="" />      
1763                     <xs:enumeration value="Additional New Tumor Event" />      
1764                     <xs:enumeration value="Scheduled Follow-up Submission" />      
1765                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3233305" />      
1766                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5" />      
1767                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />      
1768                 </xs:restriction>      
1769             </xs:simpleContent>      
1770         </xs:complexType>      
1771     </xs:element>      
 
1779         <xs:element name="primary_lymph_node_presentation_assessment" nillable="true"> +-    
1780         <xs:complexType>      
1781             <xs:simpleContent>      
1782                 <xs:extension base="utility:yes_or_no">      
1783                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />      
1784                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2200396" />      
1785                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5" />      
1786                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />      
1787                 </xs:extension>      
1788             </xs:simpleContent>      
1789         </xs:complexType>      
1790     </xs:element>      
 
1792         <xs:element name="stopped_smoking_year" nillable="true"> +-    
1793         <xs:complexType mixed="true">      
1794             <xs:simpleContent>      
1795                 <xs:extension base="utility:generic_year">      
1796                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />      
1797                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2228610" />      
1798                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5" />      
1799                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />      
1800                 </xs:extension>      
1801             </xs:simpleContent>      
1802         </xs:complexType>      
1803     </xs:element>      
 
1806         <xs:element name="residual_tumor" nillable="true"> +-    
1807         <xs:complexType>      
1808             <xs:simpleContent>      
1809                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
1810                     <xs:enumeration value="" />      
1811                     <xs:enumeration value="R0" />      
1812                     <xs:enumeration value="R1" />      
1813                     <xs:enumeration value="R2" />      
1814                     <xs:enumeration value="RX" />      
1815                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2608702" />      
1816                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5" />      
1817                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />      
1818                 </xs:restriction>      
1819             </xs:simpleContent>      
1820         </xs:complexType>      
1821     </xs:element>      
 
1823         <xs:element name="neoplasm_histologic_grade" nillable="true"> +-    
1824         <xs:complexType mixed="true">      
1825             <xs:simpleContent>      
1826                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
1827                     <xs:enumeration value="" />      
1828                     <xs:enumeration value="G1" />      
1829                     <xs:enumeration value="G2" />      
1830                     <xs:enumeration value="G3" />      
1831                     <xs:enumeration value="G4" />      
1832                     <xs:enumeration value="GB" />      
1833                     <xs:enumeration value="GX" />      
1834                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2785839" />      
1835                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5" />      
1836                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />      
1837                 </xs:restriction>      
1838             </xs:simpleContent>      
1839         </xs:complexType>      
1840     </xs:element>      
 
1842         <xs:element name="tumor_histologic_subtype" nillable="true"> +-    
1843         <xs:complexType mixed="true">      
1844             <xs:simpleContent>      
1845                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
1846                     <xs:enumeration value="" />      
1847                     <xs:enumeration value="Adenocarcinoma" />      
1848                     <xs:enumeration value="Cystadenocarcinoma" />      
1849                     <xs:enumeration value="Glioblastoma multiforme" />      
1850                     <xs:enumeration value="Infiltrating Carcinoma NOS" />      
1851                     <xs:enumeration value="Infiltrating Lobular" />      
1852                     <xs:enumeration value="Mixed Histology" />      
1853                     <xs:enumeration value="Muscle invasive urothelial carcinoma" />      
1854                     <xs:enumeration value="Papillary renal cell carcinoma" />      
1855                     <xs:enumeration value="Squamous cell carcinoma" />      
1856                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2831122" />      
1857                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5" />      
1858                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />      
1859                 </xs:restriction>      
1860             </xs:simpleContent>      
1861         </xs:complexType>      
1862     </xs:element>      
 
1864         <xs:element name="number_pack_years_smoked" nillable="true"> +-    
1865         <xs:complexType>      
1866             <xs:simpleContent>      
1867                 <xs:extension base="utility:number_or_null">      
1868                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />      
1869                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2955385" />      
1870                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5" />      
1871                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />      
1872                 </xs:extension>      
1873             </xs:simpleContent>      
1874         </xs:complexType>      
1875     </xs:element>      
 
1877         <xs:element name="lymph_node_examined_count" nillable="true"> +-    
1878         <xs:complexType>      
1879             <xs:simpleContent>      
1880                 <xs:extension base="utility:integer_or_null">      
1881                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />      
1882                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3" />      
1883                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5" />      
1884                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />      
1885                 </xs:extension>      
1886             </xs:simpleContent>      
1887         </xs:complexType>      
1888     </xs:element>      
 
1890         <xs:element name="number_of_lymphnodes_positive_by_ihc" nillable="true"> +-    
1891         <xs:complexType>      
1892             <xs:simpleContent>      
1893                 <xs:extension base="utility:integer_or_null">      
1894                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />      
1895                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3086383" />      
1896                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5" />      
1897                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />      
1898                 </xs:extension>      
1899             </xs:simpleContent>      
1900         </xs:complexType>      
1901     </xs:element>      
 
1903         <xs:element name="number_of_lymphnodes_positive_by_he" nillable="true"> +-    
1904         <xs:complexType>      
1905             <xs:simpleContent>      
1906                 <xs:extension base="utility:integer_or_null">      
1907                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />      
1908                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3086388" />      
1909                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5" />      
1910                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />      
1911                 </xs:extension>      
1912             </xs:simpleContent>      
1913         </xs:complexType>      
1914     </xs:element>      
 
1916         <xs:element name="margin_status" nillable="true"> +-    
1917         <xs:complexType>      
1918             <xs:simpleContent>      
1919                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
1920                     <xs:enumeration value="" />      
1921                                         <xs:enumeration value="Close" />      
1922                     <xs:enumeration value="Negative" />      
1923                     <xs:enumeration value="Positive" />      
1924                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3114007" />      
1925                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5" />      
1926                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />      
1927                 </xs:restriction>      
1928             </xs:simpleContent>      
1929         </xs:complexType>      
1930     </xs:element>      
 
1932         <xs:element name="month_of_performance_status_follow_up_score" nillable="true"> +-    
1933         <xs:complexType>      
1934             <xs:simpleContent>      
1935                 <xs:extension base="utility:generic_month">      
1936                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />      
1937                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3121370" />      
1938                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5" />      
1939                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />      
1940                 </xs:extension>      
1941             </xs:simpleContent>      
1942         </xs:complexType>      
1943     </xs:element>      
 
1945         <xs:element name="day_of_performance_status_follow_up_score" nillable="true"> +-    
1946         <xs:complexType>      
1947             <xs:simpleContent>      
1948                 <xs:extension base="utility:generic_day">      
1949                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />      
1950                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3121372" />      
1951                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5" />      
1952                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />      
1953                 </xs:extension>      
1954             </xs:simpleContent>      
1955         </xs:complexType>      
1956     </xs:element>      
 
1958         <xs:element name="year_of_performance_status_follow_up_score" nillable="true"> +-    
1959         <xs:complexType>      
1960             <xs:simpleContent>      
1961                 <xs:extension base="utility:generic_year">      
1962                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />      
1963                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3121374" />      
1964                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5" />      
1965                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />      
1966                 </xs:extension>      
1967             </xs:simpleContent>      
1968         </xs:complexType>      
1969     </xs:element>      
 
1971         <xs:element name="new_tumor_event_after_initial_treatment" nillable="true"> +-    
1972         <xs:complexType>      
1973             <xs:simpleContent>      
1974                 <xs:extension base="utility:yes_or_no">      
1975                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />      
1976                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3121376" />      
1977                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5" />      
1978                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />      
1979                 </xs:extension>      
1980             </xs:simpleContent>      
1981         </xs:complexType>      
1982     </xs:element>      
 
1984         <xs:element name="residual_disease_post_new_tumor_event_margin_status" nillable="true"> +-    
1985         <xs:complexType mixed="true">      
1986             <xs:simpleContent>      
1987                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
1988                     <xs:enumeration value="" />      
1989                     <xs:enumeration value="R0" />      
1990                     <xs:enumeration value="R1" />      
1991                     <xs:enumeration value="R2" />      
1992                     <xs:enumeration value="RX" />      
1993                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3104061" />      
1994                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />      
1995                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />      
1996                 </xs:restriction>      
1997             </xs:simpleContent>      
1998         </xs:complexType>      
1999     </xs:element>      
 
2001         <xs:element name="tumor_other_histologic_subtype_descriptive_text" nillable="true"> +-    
2002         <xs:complexType>      
2003             <xs:simpleContent>      
2004                 <xs:extension base="xs:string">      
2005                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />      
2006                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3124492" />      
2007                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />      
2008                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />      
2009                 </xs:extension>      
2010             </xs:simpleContent>      
2011         </xs:complexType>      
2012     </xs:element>      
 
2014         <xs:element name="lymphovascular_invasion_present" nillable="true"> +-    
2015         <xs:complexType mixed="true">      
2016             <xs:simpleContent>      
2017                 <xs:extension base="utility:yes_or_no">      
2018                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />      
2019                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="64727" />      
2020                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />      
2021                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />      
2022                 </xs:extension>      
2023             </xs:simpleContent>      
2024         </xs:complexType>      
2025     </xs:element>      
 
2027         <xs:element name="followup_treatment_success" nillable="true"> +-    
2028             <xs:complexType>      
2029                 <xs:simpleContent>      
2030                     <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
2031                         <xs:enumeration value="" />      
2032                         <xs:enumeration value="Complete Remission/Response" />      
2033                         <xs:enumeration value="Not Applicable" />      
2034                         <xs:enumeration value="Partial Remission/Response" />      
2035                         <xs:enumeration value="Persistent Disease" />      
2036                         <xs:enumeration value="Progressive Disease" />      
2037                         <xs:enumeration value="Stable Disease" />      
2038                         <xs:enumeration value="Unknown" />      
2039                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3104050" />      
2040                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5" />      
2041                         <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />      
2042                     </xs:restriction>      
2043                 </xs:simpleContent>      
2044             </xs:complexType>      
2045         </xs:element>      
 
2047         <xs:element name="lactate_dehydrogenase_result" nillable="true"> +-    
2048                 <xs:complexType mixed="true">      
2049                     <xs:simpleContent>      
2050                         <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
2051                             <xs:enumeration value="" />      
2052                             <xs:enumeration value="Elevated" />      
2053                                 <xs:enumeration value="Low" />      
2054                                 <xs:enumeration value="Normal" />      
2055                             <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3113468" />      
2056                             <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.4" />      
2057                             <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />      
2058                         </xs:restriction>      
2059                     </xs:simpleContent>      
2060                 </xs:complexType>      
2061         </xs:element>      
 
2064         <xs:element name="anatomic_organ_subdivision" nillable="true"> +-    
2065                 <xs:complexType>      
2066                         <xs:simpleContent>      
2067                                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
2068                                         <xs:enumeration value="" />      
2069                                         <xs:enumeration value="Above" />      
2070                                         <xs:enumeration value="Apex" />      
2071                                         <xs:enumeration value="Anterior" />      
2072                                         <xs:enumeration value="Base" />      
2073                                         <xs:enumeration value="Below" />      
2074                                         <xs:enumeration value="Bilateral" />      
2075                                         <xs:enumeration value="Bladder, NOS" />      
2076                                         <xs:enumeration value="Body" />      
2077                                         <xs:enumeration value="Both" />      
2078                                         <xs:enumeration value="Bronchial" />      
2079                                         <xs:enumeration value="Central" />      
2080                                         <xs:enumeration value="Cerebellar" />      
2081                                         <xs:enumeration value="Cervical" />      
2082                                         <xs:enumeration value="Distal" />      
2083                                         <xs:enumeration value="Dome" />      
2084                                         <xs:enumeration value="Ectopic" />      
2085                                         <xs:enumeration value="Frontal" />      
2086                                         <xs:enumeration value="Fronto-parietal" />      
2087                                         <xs:enumeration value="Head" />      
2088                                         <xs:enumeration value="L-Lower" />      
2089                                         <xs:enumeration value="L-Upper" />      
2090                                         <xs:enumeration value="Lateral" />      
2091                                         <xs:enumeration value="Left" />      
2092                                         <xs:enumeration value="Left Lower Outer Quadrant" />      
2093                                         <xs:enumeration value="Left Lower Inner Quadrant" />      
2094                                         <xs:enumeration value="Left Upper Outer Quadrant" />      
2095                                         <xs:enumeration value="Left Upper Inner Quadrant" />      
2096                                         <xs:enumeration value="Lower" />      
2097                                         <xs:enumeration value="Lower Outer Quadrant" />      
2098                                         <xs:enumeration value="Lower Inner Quadrant" />      
2099                                         <xs:enumeration value="Lumbar" />      
2100                                         <xs:enumeration value="Medial" />      
2101                                         <xs:enumeration value="Mediastinal" />      
2102                                         <xs:enumeration value="Mid" />      
2103                                         <xs:enumeration value="Midline" />      
2104                                         <xs:enumeration value="N/A" />      
2105                                         <xs:enumeration value="Neck" />      
2106                                         <xs:enumeration value="Not a Paired Site" />      
2107                                         <xs:enumeration value="Occipital" />      
2108                                         <xs:enumeration value="Parietal" />      
2109                                         <xs:enumeration value="Posterior" />      
2110                                         <xs:enumeration value="Proximal" />      
2111                                         <xs:enumeration value="R-Lower" />      
2112                                         <xs:enumeration value="R-Middle" />      
2113                                         <xs:enumeration value="R-Upper" />      
2114                                         <xs:enumeration value="Right" />      
2115                                         <xs:enumeration value="Right Lower Outer Quadrant" />      
2116                                         <xs:enumeration value="Right Lower Inner Quadrant" />      
2117                                         <xs:enumeration value="Right Upper Outer Quadrant" />      
2118                                         <xs:enumeration value="Right Upper Inner Quadrant" />      
2119                                         <xs:enumeration value="Supratentorial" />      
2120                                         <xs:enumeration value="Tail" />      
2121                                         <xs:enumeration value="Temporal" />      
2122                                         <xs:enumeration value="Thoracic" />      
2123                                         <xs:enumeration value="Trigone" />      
2124                                         <xs:enumeration value="Upper" />      
2125                                         <xs:enumeration value="Upper Inner Quadrant" />      
2126                                         <xs:enumeration value="Upper Outer Quadrant" />      
2127                                         <xs:enumeration value="Urinary, NOS" />      
2128                                         <xs:enumeration value="Wall, Anterior" />      
2129                                         <xs:enumeration value="Wall, Lateral" />      
2130                                         <xs:enumeration value="Wall, NOS" />      
2131                                         <xs:enumeration value="Wall, Posterior" />      
2132                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2008006" />      
2133                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5" />      
2134                                         <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />      
2135                                 </xs:restriction>      
2136                         </xs:simpleContent>      
2137                 </xs:complexType>      
2138         </xs:element>      
 
2140         <xs:element name="new_neoplasm_event_type" nillable="true"> +-    
2141         <xs:complexType mixed="true">      
2142             <xs:simpleContent>      
2143                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
2144                     <xs:enumeration value="" />      
2145                     <xs:enumeration value="Biochemical evidence of disease" />      
2146                     <xs:enumeration value="Both Locoregional and Distant Metastasis" />      
2147                     <xs:enumeration value="Distant Metastasis" />      
2148                     <xs:enumeration value="Extrahepatic Recurrence" />      
2149                     <xs:enumeration value="Intrahepatic Recurrence" />      
2150                     <xs:enumeration value="Locoregional (Urothelial tumor event)" />      
2151                     <xs:enumeration value="Locoregional Disease" />      
2152                     <xs:enumeration value="Locoregional Recurrence" />      
2153                     <xs:enumeration value="Metastatic" />      
2154                     <xs:enumeration value="New Primary Tumor" />      
2155                     <xs:enumeration value="No New Tumor Event" />      
2156                     <xs:enumeration value="Not Applicable" />      
2157                     <xs:enumeration value="Recurrence" />      
2158                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3119721" />      
2159                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5" />      
2160                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />      
2161                 </xs:restriction>      
2162             </xs:simpleContent>      
2163         </xs:complexType>      
2164     </xs:element>      
 
2166         <xs:element name="followup_met_assessment_outcome_success_margin_status" nillable="true"> +-    
2167         <xs:complexType mixed="true">      
2168             <xs:simpleContent>      
2169                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
2170                     <xs:enumeration value="" />      
2171                     <xs:enumeration value="R0" />      
2172                     <xs:enumeration value="R1" />      
2173                     <xs:enumeration value="R2" />      
2174                     <xs:enumeration value="RX" />      
2175                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3104081" />      
2176                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5" />      
2177                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />      
2178                 </xs:restriction>      
2179             </xs:simpleContent>      
2180         </xs:complexType>      
2181     </xs:element>      
 
2183     <xs:element name="venous_invasion"> +-    
2184             <xs:complexType>      
2185                 <xs:simpleContent>      
2186                     <xs:extension base="utility:yes_or_no">      
2187                         <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />      
2188                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="64358" />      
2189                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.8" />      
2190                     </xs:extension>      
2191                 </xs:simpleContent>      
2192             </xs:complexType>      
2193     </xs:element>      
 
2195     <xs:element name="lymphatic_invasion"> +-    
2196             <xs:complexType>      
2197                 <xs:simpleContent>      
2198                     <xs:extension base="utility:yes_or_no">      
2199                         <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />      
2200                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="64171" />      
2201                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.8" />      
2202                     </xs:extension>      
2203                 </xs:simpleContent>      
2204             </xs:complexType>      
2205     </xs:element>      

   
File: TCGA_BCR.Shared_Clinical_KIRC_KIRP_Elements.xsd  
1 <?xml version="1.0" encoding="utf-8"?> +-    
2 <xs:schema elementFormDefault="qualified" version="2.5.0"      
3   xmlns:xs="http://www.w3.org/2001/XMLSchema"      
4   xmlns:utility="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5"      
5   xmlns:shared="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5"      
6   xmlns:cqcf="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/cqcf/2.5"      
7   xmlns="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/kirc_kirp/2.5"      
8   targetNamespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/kirc_kirp/2.5">      
 
10   <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5/TCGA_BCR.Utility.xsd" /> +-    
11   <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5/TCGA_BCR.Shared_Clinical_Elements.xsd" />      
12   <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/cqcf/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/cqcf/2.5/TCGA_BCR.CQCF.xsd" />      
 
14 <xs:element name="histological_type" nillable="true"> +-    
15         <xs:complexType mixed="true">      
16             <xs:simpleContent>      
17                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
18                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3081934" />      
19                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.9" />      
20                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />      
21                 </xs:restriction>      
22             </xs:simpleContent>      
23         </xs:complexType>      
24     </xs:element>      
 
28     <xs:element name="primary_tumor_pathologic_spread" nillable="true"> +-    
29         <xs:complexType>      
30             <xs:simpleContent>      
31                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
32                     <xs:enumeration value="" />      
33                     <xs:enumeration value="TX" />      
34                     <xs:enumeration value="T0" />      
35                     <xs:enumeration value="T1" />      
36                     <xs:enumeration value="T1a" />      
37                     <xs:enumeration value="T1b" />      
38                     <xs:enumeration value="T2" />      
39                     <xs:enumeration value="T2a" />      
40                     <xs:enumeration value="T2b" />      
41                     <xs:enumeration value="T3" />      
42                     <xs:enumeration value="T3a" />      
43                     <xs:enumeration value="T3b" />      
44                     <xs:enumeration value="T3c" />      
45                     <xs:enumeration value="T4" />      
46                     <xs:enumeration value="T4a" />      
47                     <xs:enumeration value="T4b" />      
48                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3045435" />      
49                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.1" />      
50                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />      
51                 </xs:restriction>      
52             </xs:simpleContent>      
53         </xs:complexType>      
54     </xs:element>      
 
56     <xs:element name="lymphnode_pathologic_spread" nillable="true"> +-    
57         <xs:complexType>      
58             <xs:simpleContent>      
59                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
60                     <xs:enumeration value="" />      
61                     <xs:enumeration value="NX" />      
62                     <xs:enumeration value="N0" />      
63                     <xs:enumeration value="N1" />      
64                     <xs:enumeration value="N2" />      
65                     <xs:enumeration value="N3" />      
66                     <xs:enumeration value="N4" />      
67                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3065858" />      
68                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.1" />      
69                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />      
70                 </xs:restriction>      
71             </xs:simpleContent>      
72         </xs:complexType>      
73     </xs:element>      
 
75     <xs:element name="distant_metastasis_pathologic_spread" nillable="true"> +-    
76         <xs:complexType>      
77             <xs:simpleContent>      
78                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
79                     <xs:enumeration value="" />      
80                     <xs:enumeration value="M0" />      
81                     <xs:enumeration value="M1" />      
82                     <xs:enumeration value="MX" />      
83                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3045439" />      
84                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.1" />      
85                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />      
86                 </xs:restriction>      
87             </xs:simpleContent>      
88         </xs:complexType>      
89     </xs:element>      
 
93     <xs:element name="number_of_lymphnodes_positive" nillable="true"> +-    
94         <xs:complexType mixed="true">      
95             <xs:simpleContent>      
96                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
97                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="89" />      
98                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.1" />      
99                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />      
100                 </xs:restriction>      
101             </xs:simpleContent>      
102         </xs:complexType>      
103     </xs:element>      
 
105     <xs:element name="erythrocyte_sedimentation_rate_result" nillable="true"> +-    
106         <xs:complexType>      
107             <xs:simpleContent>      
108                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
109                     <xs:enumeration value="" />      
110                     <xs:enumeration value="Elevated" />      
111                     <xs:enumeration value="Normal" />      
112                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3104952" />      
113                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.1" />      
114                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />      
115                 </xs:restriction>      
116             </xs:simpleContent>      
117         </xs:complexType>      
118     </xs:element>      
 
120     <xs:element name="white_cell_count_result" nillable="true"> +-    
121         <xs:complexType>      
122             <xs:simpleContent>      
123                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
124                     <xs:enumeration value="" />      
125                     <xs:enumeration value="Elevated" />      
126                     <xs:enumeration value="Normal" />      
127                     <xs:enumeration value="Low" />      
128                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3104948" />      
129                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.1" />      
130                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />      
131                 </xs:restriction>      
132             </xs:simpleContent>      
133         </xs:complexType>      
134     </xs:element>      
 
136     <xs:element name="platelet_qualitative_result" nillable="true"> +-    
137         <xs:complexType>      
138             <xs:simpleContent>      
139                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
140                     <xs:enumeration value="" />      
141                     <xs:enumeration value="Elevated" />      
142                     <xs:enumeration value="Normal" />      
143                     <xs:enumeration value="Low" />      
144                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3104944" />      
145                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.1" />      
146                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />      
147                 </xs:restriction>      
148             </xs:simpleContent>      
149         </xs:complexType>      
150     </xs:element>      
 
152     <xs:element name="hemoglobin_result" nillable="true"> +-    
153         <xs:complexType>      
154             <xs:simpleContent>      
155                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
156                     <xs:enumeration value="" />      
157                     <xs:enumeration value="Elevated" />      
158                     <xs:enumeration value="Normal" />      
159                     <xs:enumeration value="Low" />      
160                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3113466" />      
161                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.1" />      
162                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />      
163                 </xs:restriction>      
164             </xs:simpleContent>      
165         </xs:complexType>      
166     </xs:element>      
 
168     <xs:element name="serum_calcium_result" nillable="true"> +-    
169         <xs:complexType>      
170             <xs:simpleContent>      
171                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
172                     <xs:enumeration value="" />      
173                     <xs:enumeration value="Elevated" />      
174                     <xs:enumeration value="Normal" />      
175                     <xs:enumeration value="Low" />      
176                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3113470" />      
177                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.1" />      
178                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />      
179                 </xs:restriction>      
180             </xs:simpleContent>      
181         </xs:complexType>      
182     </xs:element>      
 
184     <xs:element name="lactate_dehydrogenase_result" nillable="true"> +-    
185         <xs:complexType>      
186             <xs:simpleContent>      
187                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
188                     <xs:enumeration value="" />      
189                     <xs:enumeration value="Elevated" />      
190                     <xs:enumeration value="Normal" />      
191                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3113468" />      
192                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.1" />      
193                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />      
194                 </xs:restriction>      
195             </xs:simpleContent>      
196         </xs:complexType>      
197     </xs:element>      
 
199     <xs:element name="laterality" nillable="true"> +-    
200         <xs:complexType>      
201             <xs:simpleContent>      
202                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
203                     <xs:enumeration value="" />      
204                     <xs:enumeration value="Right" />      
205                     <xs:enumeration value="Left" />      
206                     <xs:enumeration value="Bilateral" />      
207                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="827" />      
208                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.1" />      
209                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />      
210                 </xs:restriction>      
211             </xs:simpleContent>      
212         </xs:complexType>      
213     </xs:element>      
 
217     <xs:element name="tumor_stage" nillable="true"> +-    
218         <xs:complexType>      
219             <xs:simpleContent>      
220                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
221                     <xs:enumeration value="" />      
222                     <xs:enumeration value="Stage I" />      
223                     <xs:enumeration value="Stage II" />      
224                     <xs:enumeration value="Stage III" />      
225                     <xs:enumeration value="Stage IV" />      
226                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3065862" />      
227                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.11" />      
228                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />      
229                 </xs:restriction>      
230             </xs:simpleContent>      
231         </xs:complexType>      
232     </xs:element>      
 
235 </xs:schema> +-    

   
File: TCGA_BCR.Shared_Clinical_LUSC_LUAD_Elements.xsd  
1 <?xml version="1.0" encoding="utf-8"?> +-    
 
3 <xs:schema xmlns:xs="http://www.w3.org/2001/XMLSchema" xmlns:utility="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5" xmlns:shared="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5" xmlns:cqcf="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/cqcf/2.5" xmlns="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/lusc_luad/2.5" targetNamespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/lusc_luad/2.5" elementFormDefault="qualified" version="2.5.0"> +-    
4         <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5/TCGA_BCR.Utility.xsd"/>      
5         <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5/TCGA_BCR.Shared_Clinical_Elements.xsd"/>      
6         <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/cqcf/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/cqcf/2.5/TCGA_BCR.CQCF.xsd"/>      
7         <xs:element name="egfr_mutation_result" nillable="true">      
8                 <xs:complexType mixed="true">      
9                         <xs:simpleContent>      
10                                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
11                                         <xs:enumeration value=""/>      
12                                         <xs:enumeration value="G719X"/>      
13                                         <xs:enumeration value="Exon 19 Deletion"/>      
14                                         <xs:enumeration value="Exon 20 Insertion"/>      
15                                         <xs:enumeration value="T790M"/>      
16                                         <xs:enumeration value="L858R"/>      
17                                         <xs:enumeration value="L861Q"/>      
18                                         <xs:enumeration value="Other"/>      
19                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3147627"/>      
20                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3"/>      
21                                         <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2"/>      
22                                 </xs:restriction>      
23                         </xs:simpleContent>      
24                 </xs:complexType>      
25         </xs:element>      
26         <xs:element name="eml4_alk_translocation_result" nillable="true">      
27                 <xs:complexType mixed="true">      
28                         <xs:simpleContent>      
29                                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
30                                         <xs:enumeration value=""/>      
31                                         <xs:enumeration value="Variant 1"/>      
32                                         <xs:enumeration value="Variant 2"/>      
33                                         <xs:enumeration value="Variant 3"/>      
34                                         <xs:enumeration value="Variant 4"/>      
35                                         <xs:enumeration value="Variant 5"/>      
36                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3139445"/>      
37                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3"/>      
38                                         <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2"/>      
39                                 </xs:restriction>      
40                         </xs:simpleContent>      
41                 </xs:complexType>      
42         </xs:element>      
43         <xs:element name="eml4_alk_translocation_method" nillable="true">      
44                 <xs:complexType mixed="true">      
45                         <xs:simpleContent>      
46                                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
47                                         <xs:enumeration value=""/>      
48                                         <xs:enumeration value="IHC"/>      
49                                         <xs:enumeration value="FISH"/>      
50                                         <xs:enumeration value="RT-PCR"/>      
51                                         <xs:enumeration value="Other"/>      
52                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3139449"/>      
53                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3"/>      
54                                         <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2"/>      
55                                 </xs:restriction>      
56                         </xs:simpleContent>      
57                 </xs:complexType>      
58         </xs:element>      
59         <xs:element name="egfr_mutation_performed" nillable="true">      
60                 <xs:complexType>      
61                         <xs:simpleContent>      
62                                 <xs:extension base="utility:yes_or_no">      
63                                         <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group"/>      
64                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3139429"/>      
65                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3"/>      
66                                         <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1"/>      
67                                 </xs:extension>      
68                         </xs:simpleContent>      
69                 </xs:complexType>      
70         </xs:element>      
71         <xs:element name="eml4_alk_translocation_performed" nillable="true">      
72                 <xs:complexType>      
73                         <xs:simpleContent>      
74                                 <xs:extension base="utility:yes_or_no">      
75                                         <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group"/>      
76                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3139437"/>      
77                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3"/>      
78                                         <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1"/>      
79                                 </xs:extension>      
80                         </xs:simpleContent>      
81                 </xs:complexType>      
82         </xs:element>      
83         <xs:element name="histological_type" nillable="true">      
84                 <xs:complexType mixed="true">      
85                         <xs:simpleContent>      
86                                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
87                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3081934"/>      
88                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.9"/>      
89                                         <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1"/>      
90                                 </xs:restriction>      
91                         </xs:simpleContent>      
92                 </xs:complexType>      
93         </xs:element>      
94         <xs:element name="diagnosis" nillable="true">      
95                 <xs:complexType mixed="true">      
96                         <xs:simpleContent>      
97                                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
98                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3081932"/>      
99                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3"/>      
100                                         <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1"/>      
101                                 </xs:restriction>      
102                         </xs:simpleContent>      
103                 </xs:complexType>      
104         </xs:element>      
105         <xs:element name="location_in_lung_parenchyma" nillable="true">      
106                 <xs:complexType mixed="true">      
107                         <xs:simpleContent>      
108                                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
109                                         <xs:enumeration value=""/>      
110                                         <xs:enumeration value="Peripheral Lung"/>      
111                                         <xs:enumeration value="Central Lung"/>      
112                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3139453"/>      
113                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3"/>      
114                                         <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2"/>      
115                                 </xs:restriction>      
116                         </xs:simpleContent>      
117                 </xs:complexType>      
118         </xs:element>      
119         <xs:element name="kras_mutation_result" nillable="true">      
120                 <xs:complexType mixed="true">      
121                         <xs:simpleContent>      
122                                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
123                                         <xs:enumeration value=""/>      
124                                         <xs:enumeration value="G12A"/>      
125                                         <xs:enumeration value="G12C"/>      
126                                         <xs:enumeration value="G12D"/>      
127                                         <xs:enumeration value="G12R"/>      
128                                         <xs:enumeration value="G12S"/>      
129                                         <xs:enumeration value="G12V"/>      
130                                         <xs:enumeration value="G13D"/>      
131                                         <xs:enumeration value="Other"/>      
132                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3147614"/>      
133                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3"/>      
134                                         <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2"/>      
135                                 </xs:restriction>      
136                         </xs:simpleContent>      
137                 </xs:complexType>      
138         </xs:element>      
139         <xs:element name="tobacco_smoking_history_indicator" nillable="true">      
140                 <xs:complexType>      
141                         <xs:simpleContent>      
142                                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
143                                         <xs:enumeration value=""/>      
144                                         <xs:enumeration value="Lifelong Non-smoker"/>      
145                                         <xs:enumeration value="Current smoker"/>      
146                                         <xs:enumeration value="Current reformed smoker for &gt; 15 years"/>      
147                                         <xs:enumeration value="Current reformed smoker for &lt; or = 15 years"/>      
148                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2181650"/>      
149                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3"/>      
150                                         <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1"/>      
151                                 </xs:restriction>      
152                         </xs:simpleContent>      
153                 </xs:complexType>      
154         </xs:element>      
155         <xs:element name="year_of_tobacco_smoking_onset" nillable="true">      
156                 <xs:complexType mixed="true">      
157                         <xs:simpleContent>      
158                                 <xs:extension base="utility:generic_year">      
159                                         <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group"/>      
160                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2228604"/>      
161                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3"/>      
162                                         <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1"/>      
163                                 </xs:extension>      
164                         </xs:simpleContent>      
165                 </xs:complexType>      
166         </xs:element>      
167         <xs:element name="kras_mutation_found" nillable="true">      
168                 <xs:complexType>      
169                         <xs:simpleContent>      
170                                 <xs:extension base="utility:yes_or_no">      
171                                         <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group"/>      
172                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2932340"/>      
173                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3"/>      
174                                         <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1"/>      
175                                 </xs:extension>      
176                         </xs:simpleContent>      
177                 </xs:complexType>      
178         </xs:element>      
179         <xs:element name="kras_gene_analysis_performed" nillable="true">      
180                 <xs:complexType>      
181                         <xs:simpleContent>      
182                                 <xs:extension base="utility:yes_or_no">      
183                                         <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group"/>      
184                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3123147"/>      
185                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3"/>      
186                                         <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1"/>      
187                                 </xs:extension>      
188                         </xs:simpleContent>      
189                 </xs:complexType>      
190         </xs:element>      
191         <xs:element name="residual_tumor" nillable="true">      
192                 <xs:complexType>      
193                         <xs:simpleContent>      
194                                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
195                                         <xs:enumeration value=""/>      
196                                         <xs:enumeration value="RX"/>      
197                                         <xs:enumeration value="R0"/>      
198                                         <xs:enumeration value="R1"/>      
199                                         <xs:enumeration value="R2"/>      
200                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2608702"/>      
201                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.11"/>      
202                                         <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1"/>      
203                                 </xs:restriction>      
204                         </xs:simpleContent>      
205                 </xs:complexType>      
206         </xs:element>      
207         <xs:element name="primary_tumor_pathologic_spread" nillable="true">      
208                 <xs:complexType>      
209                         <xs:simpleContent>      
210                                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
211                                         <xs:enumeration value=""/>      
212                                         <xs:enumeration value="TX"/>      
213                                         <xs:enumeration value="T0"/>      
214                                         <xs:enumeration value="Tis"/>      
215                                         <xs:enumeration value="T1"/>      
216                                         <xs:enumeration value="T1a"/>      
217                                         <xs:enumeration value="T1b"/>      
218                                         <xs:enumeration value="T2"/>      
219                                         <xs:enumeration value="T2a"/>      
220                                         <xs:enumeration value="T2b"/>      
221                                         <xs:enumeration value="T3"/>      
222                                         <xs:enumeration value="T4"/>      
223                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3045435"/>      
224                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.1"/>      
225                                         <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1"/>      
226                                 </xs:restriction>      
227                         </xs:simpleContent>      
228                 </xs:complexType>      
229         </xs:element>      
230         <xs:element name="lymphnode_pathologic_spread" nillable="true">      
231                 <xs:complexType>      
232                         <xs:simpleContent>      
233                                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
234                                         <xs:enumeration value=""/>      
235                                         <xs:enumeration value="NX"/>      
236                                         <xs:enumeration value="N0"/>      
237                                         <xs:enumeration value="N1"/>      
238                                         <xs:enumeration value="N2"/>      
239                                         <xs:enumeration value="N3"/>      
240                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3065858"/>      
241                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.1"/>      
242                                         <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1"/>      
243                                 </xs:restriction>      
244                         </xs:simpleContent>      
245                 </xs:complexType>      
246         </xs:element>      
247         <xs:element name="distant_metastasis_pathologic_spread" nillable="true">      
248                 <xs:complexType>      
249                         <xs:simpleContent>      
250                                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
251                                         <xs:enumeration value=""/>      
252                                         <xs:enumeration value="M0"/>      
253                                         <xs:enumeration value="M1"/>      
254                                         <xs:enumeration value="M1a"/>      
255                                         <xs:enumeration value="M1b"/>      
256                                         <xs:enumeration value="MX"/>      
257                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3045439"/>      
258                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.4"/>      
259                                         <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1"/>      
260                                 </xs:restriction>      
261                         </xs:simpleContent>      
262                 </xs:complexType>      
263         </xs:element>      
264         <xs:element name="tumor_stage" nillable="true">      
265                 <xs:complexType>      
266                         <xs:simpleContent>      
267                                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
268                                         <xs:enumeration value=""/>      
269                                         <xs:enumeration value="Stage I"/>      
270                                         <xs:enumeration value="Stage IA"/>      
271                                         <xs:enumeration value="Stage IB"/>      
272                                         <xs:enumeration value="Stage II"/>      
273                                         <xs:enumeration value="Stage IIA"/>      
274                                         <xs:enumeration value="Stage IIB"/>      
275                                         <xs:enumeration value="Stage III"/>      
276                                         <xs:enumeration value="Stage IIIA"/>      
277                                         <xs:enumeration value="Stage IIIB"/>      
278                                         <xs:enumeration value="Stage IV"/>      
279                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3065862"/>      
280                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.4"/>      
281                                         <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1"/>      
282                                 </xs:restriction>      
283                         </xs:simpleContent>      
284                 </xs:complexType>      
285         </xs:element>      
286         <xs:element name="clinical_cqcf">      
287                 <xs:complexType>      
288                         <xs:sequence>      
289                                 <xs:element ref="shared:anatomic_organ_subdivision"/>      
290                                 <xs:element ref="cqcf:history_of_prior_malignancy"/>      
291                                 <xs:element ref="cqcf:history_of_neoadjuvant_treatment"/>      
292                                 <xs:element ref="cqcf:consent_or_death_status"/>      
293                                 <xs:choice>      
294                                         <xs:choice>      
295                                                 <xs:sequence>      
296                                                         <xs:element ref="cqcf:day_of_consent"/>      
297                                                         <xs:element ref="cqcf:month_of_consent"/>      
298                                                         <xs:element ref="cqcf:year_of_consent"/>      
299                                                 </xs:sequence>      
300                                                 <xs:element ref="cqcf:days_to_consent"/>      
301                                         </xs:choice>      
302                                         <xs:choice>      
303                                                 <xs:sequence>      
304                                                         <xs:element ref="shared:day_of_death"/>      
305                                                         <xs:element ref="shared:month_of_death"/>      
306                                                         <xs:element ref="shared:year_of_death"/>      
307                                                 </xs:sequence>      
308                                                 <xs:element ref="shared:days_to_death"/>      
309                                         </xs:choice>      
310                                 </xs:choice>      
311                                 <xs:element ref="cqcf:diagnosis_subtype"/>      
312                                 <xs:element ref="shared:prior_diagnosis"/>      
313                                 <xs:element ref="cqcf:normal_tissue_anatomic_site"/>      
314                                 <xs:element ref="cqcf:normal_tissue_proximity"/>      
315                                 <xs:element ref="cqcf:tumor_type"/>      
316                                 <xs:element ref="cqcf:histological_subtype" minOccurs="0"/>      
317                                 <xs:element ref="cqcf:other_anatomic_site" minOccurs="0"/>      
318                                 <xs:element ref="cqcf:country"/>      
319                         </xs:sequence>      
320                 </xs:complexType>      
321         </xs:element>      
322 </xs:schema>      

   
File: TCGA_BCR.SKCM_Clinical.xsd  
4 <xs:schema elementFormDefault="qualified" version="2.5.0" <> 4 <xs:schema elementFormDefault="qualified" version="2.4.4"
 
6   xmlns:utility="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5" <> 6   xmlns:utility="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.4"
7   xmlns:admin="http://tcga.nci/bcr/xml/administration/2.5"   7   xmlns:admin="http://tcga.nci/bcr/xml/administration/2.4"
8   xmlns:shared="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5"   8   xmlns:shared="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.4"
9   xmlns:rad="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/radiation/2.5"   9   xmlns:rad="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/radiation/2.4"
10   xmlns:rx="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/pharmaceutical/2.5"   10   xmlns:rx="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/pharmaceutical/2.4"
11   xmlns:cqcf="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/cqcf/2.5"      
12   xmlns:cesc_shared="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/skcm/shared/2.5"       
13   xmlns:follow_up_v2.0="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/skcm/followup/2.5/2.0"      
14   xmlns="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/skcm/2.5"   11   xmlns="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/skcm/2.4"
15   targetNamespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/skcm/2.5"   12   targetNamespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/skcm/2.4"
 
31     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5/TCGA_BCR.Utility.xsd" /> <> 28     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.4" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/utility/2.4/TCGA_BCR.Utility.xsd" />
32     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/administration/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/administration/2.5/TCGA_BCR.Administration.xsd" />   29     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/administration/2.4" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/administration/2.4/TCGA_BCR.Administration.xsd" />
33     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5/TCGA_BCR.Shared_Clinical_Elements.xsd" />   30     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.4" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.4/TCGA_BCR.Shared_Clinical_Elements.xsd" />
34     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/radiation/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/radiation/2.5/TCGA_BCR.Radiation.xsd" />   31     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/radiation/2.4" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/radiation/2.4/TCGA_BCR.Radiation.xsd" />
35     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/pharmaceutical/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/pharmaceutical/2.5/TCGA_BCR.Pharmaceutical.xsd" />   32     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/pharmaceutical/2.4" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/pharmaceutical/2.4/TCGA_BCR.Pharmaceutical.xsd" />   
36         <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/cqcf/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/cqcf/2.5/TCGA_BCR.CQCF.xsd" />      
37         <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/skcm/shared/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/skcm/shared/2.5/TCGA_BCR.SKCM_Clinical_Shared_Datatypes.xsd" />      
38         <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/skcm/followup/2.5/2.0" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/skcm/followup/2.5/TCGA_BCR.SKCM_Clinical_FollowUp_v2.0.xsd" />      
 
101                 <xs:element ref="shared:ajcc_tumor_stage_code" /> <> 95                 <xs:element ref="ajcc_tumor_stage_code" />
102                 <xs:element ref="shared:ajcc_neoplasm_disease_lymph_node_stage" />   96                 <xs:element ref="ajcc_neoplasm_disease_lymph_node_stage" />
103                 <xs:element ref="shared:ajcc_cancer_metastasis_stage_code" />   97                 <xs:element ref="ajcc_cancer_metastasis_stage_code" />
104                 <xs:element ref="shared:ajcc_neoplasm_disease_stage" />   98                 <xs:element ref="ajcc_neoplasm_disease_stage" />
 
124                                 <xs:element ref="melanoma_ulceration_indicator" /> +-    
 
    -+ 119                                 <xs:element ref="melanoma_ulceration_indicator" />
 
132                                 <xs:element ref="shared:lactate_dehydrogenase_result" /> <> 126                                 <xs:element ref="lab_procedure_lactate_dehydrogenase_summary" />
 
142                                 <xs:element ref="follow_ups" /> +-    
 
145                                 <xs:element ref="clinical_cqcf" /> +-    
146             </xs:sequence>      
147         </xs:complexType>      
148     </xs:element>      
 
150         <xs:element name="follow_ups"> +-    
151                 <xs:annotation>      
152                         <xs:documentation xml:lang="en">We are using namespaces and version numbers to distinguish one version of followup from another.</xs:documentation>      
153                 </xs:annotation>      
154                 <xs:complexType>      
155                   <xs:sequence>      
156                         <xs:element ref="follow_up_v2.0:follow_up_v2.0" minOccurs="0" maxOccurs="unbounded" />      
157                   </xs:sequence>      
158                 </xs:complexType>      
159         </xs:element>      
 
161         <xs:element name="clinical_cqcf"> +-    
162         <xs:complexType>      
163             <xs:sequence>      
164                 <xs:element ref="shared:anatomic_organ_subdivision"/>      
165                 <xs:element ref="cqcf:consent_or_death_status"/>      
 
167                 <xs:choice> +-    
168                     <xs:choice>      
169                         <xs:sequence>      
170                             <xs:element ref="cqcf:day_of_consent"/>      
171                             <xs:element ref="cqcf:month_of_consent"/>      
172                             <xs:element ref="cqcf:year_of_consent"/>      
173                         </xs:sequence>      
 
175                         <xs:element ref="cqcf:days_to_consent"/> +-    
176                     </xs:choice>      
 
178                     <xs:choice> +-    
179                         <xs:sequence>      
180                             <xs:element ref="shared:day_of_death"/>      
181                             <xs:element ref="shared:month_of_death"/>      
182                             <xs:element ref="shared:year_of_death"/>      
183                         </xs:sequence>      
 
185                         <xs:element ref="shared:days_to_death"/> +-    
186                     </xs:choice>      
187                 </xs:choice>      
 
189                 <xs:element ref="cqcf:diagnosis_subtype"/> +-    
190                 <xs:element ref="shared:prior_diagnosis"/>      
191                 <xs:element ref="cqcf:history_of_neoadjuvant_treatment"/>      
192                 <xs:element ref="cqcf:normal_tissue_anatomic_site"/>      
193                 <xs:element ref="cqcf:normal_tissue_proximity"/>      
194                 <xs:element ref="cqcf:tumor_focality"/>      
195                 <xs:element ref="cqcf:tumor_type"/>      
196                                 <xs:element ref="cqcf:other_diagnosis"/>      
197                 <xs:element ref="cqcf:histological_subtype" minOccurs="0"/>      
198                 <xs:element ref="cqcf:other_anatomic_site" minOccurs="0"/>      
199                 <xs:element ref="cqcf:country"/>      
 
    -+ 334         <xs:element name="lab_procedure_lactate_dehydrogenase_summary" nillable="true">
      335         <xs:complexType mixed="true">
      336             <xs:simpleContent>
      337                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      338                     <xs:enumeration value="" />
      339                     <xs:enumeration value="Elevated" />
      340                                         <xs:enumeration value="Low" />
      341                                         <xs:enumeration value="Normal" />
      342                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3113468" />
      343                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.4" />
      344                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      345                 </xs:restriction>
      346             </xs:simpleContent>
      347         </xs:complexType>
      348     </xs:element>
 
    -+ 350         <xs:element name="ajcc_tumor_stage_code" nillable="true">
      351                 <xs:complexType mixed="true">
      352                         <xs:simpleContent>
      353                                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      354                                         <xs:enumeration value="" />
      355                                         <xs:enumeration value="T0" />
      356                                         <xs:enumeration value="Ta" />
      357                                         <xs:enumeration value="T1" />
      358                                         <xs:enumeration value="T1a" />
      359                                         <xs:enumeration value="T1a1" />
      360                                         <xs:enumeration value="T1a2" />
      361                                         <xs:enumeration value="T1b" />
      362                                         <xs:enumeration value="T1c" />
      363                                         <xs:enumeration value="T1mi" />
      364                                         <xs:enumeration value="T2" />
      365                                         <xs:enumeration value="T2a" />
      366                                         <xs:enumeration value="T2a1" />
      367                                         <xs:enumeration value="T2a2" />
      368                                         <xs:enumeration value="T2b" />
      369                                         <xs:enumeration value="T2c" />
      370                                         <xs:enumeration value="T3" />
      371                                         <xs:enumeration value="T3a" />
      372                                         <xs:enumeration value="T3b" />
      373                                         <xs:enumeration value="T3c" />
      374                                         <xs:enumeration value="T4" />
      375                                         <xs:enumeration value="T4a" />
      376                                         <xs:enumeration value="T4b" />
      377                                         <xs:enumeration value="T4c" />
      378                                         <xs:enumeration value="T4d" />
      379                                         <xs:enumeration value="Tis" />
      380                                         <xs:enumeration value="Tis (DCIS)" />
      381                                         <xs:enumeration value="Tis (LCIS)" />
      382                                         <xs:enumeration value="Tis (Paget's)" />
      383                                         <xs:enumeration value="TX" />
      384                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3045435" />
      385                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5" />
      386                                         <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      387                                 </xs:restriction>
      388                         </xs:simpleContent>
      389                 </xs:complexType>
      390         </xs:element>
 
    -+ 392         <xs:element name="ajcc_neoplasm_disease_lymph_node_stage" nillable="true">
      393                 <xs:complexType mixed="true">
      394                         <xs:simpleContent>
      395                                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      396                                         <xs:enumeration value="" />
      397                                         <xs:enumeration value="NX" />
      398                                         <xs:enumeration value="N0" />
      399                                         <xs:enumeration value="N0 (i-)" />
      400                                         <xs:enumeration value="N0 (i+)" />
      401                                         <xs:enumeration value="N0 (mol-)" />
      402                                         <xs:enumeration value="N0 (mol+)" />
      403                                         <xs:enumeration value="N1" />
      404                                         <xs:enumeration value="N1mi" />
      405                                         <xs:enumeration value="N1a" />
      406                                         <xs:enumeration value="N1b" />
      407                                         <xs:enumeration value="N1bI" />
      408                                         <xs:enumeration value="N1bII" />
      409                                         <xs:enumeration value="N1bIII" />
      410                                         <xs:enumeration value="N1bIV" />
      411                                         <xs:enumeration value="N1c" />
      412                                         <xs:enumeration value="N2" />
      413                                         <xs:enumeration value="N2a" />
      414                                         <xs:enumeration value="N2b" />
      415                                         <xs:enumeration value="N3" />
      416                                         <xs:enumeration value="N3a" />
      417                                         <xs:enumeration value="N3b" />
      418                                         <xs:enumeration value="N3c" />
      419                                         <xs:enumeration value="N4" />
      420                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3203106" />
      421                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5" />
      422                                         <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      423                                 </xs:restriction>
      424                         </xs:simpleContent>
      425                 </xs:complexType>
      426         </xs:element>
 
    -+ 428         <xs:element name="ajcc_cancer_metastasis_stage_code" nillable="true">
      429                 <xs:complexType mixed="true">
      430                         <xs:simpleContent>
      431                                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      432                                         <xs:enumeration value="" />
      433                                         <xs:enumeration value="cM0 (i+)" />
      434                                         <xs:enumeration value="M0" />
      435                                         <xs:enumeration value="M1" />
      436                                         <xs:enumeration value="M1a" />
      437                                         <xs:enumeration value="M1b" />
      438                                         <xs:enumeration value="M1c" />
      439                                         <xs:enumeration value="MX" />
      440                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3045439" />
      441                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5" />
      442                                         <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      443                                 </xs:restriction>
      444                         </xs:simpleContent>
      445                 </xs:complexType>
      446         </xs:element>
 
    -+ 448         <xs:element name="ajcc_neoplasm_disease_stage" nillable="true">
      449                 <xs:complexType mixed="true">
      450                         <xs:simpleContent>
      451                                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      452                                         <xs:enumeration value="" />
      453                                         <xs:enumeration value="Stage X" />
      454                                         <xs:enumeration value="Stage Tis" />
      455                                         <xs:enumeration value="Stage 0" />
      456                                         <xs:enumeration value="Stage I" />
      457                                         <xs:enumeration value="Stage IA" />
      458                                         <xs:enumeration value="Stage IB" />
      459                                         <xs:enumeration value="Stage II" />
      460                                         <xs:enumeration value="Stage IIA" />
      461                                         <xs:enumeration value="Stage IIB" />
      462                                         <xs:enumeration value="Stage IIC" />
      463                                         <xs:enumeration value="Stage III" />
      464                                         <xs:enumeration value="Stage IIIA" />
      465                                         <xs:enumeration value="Stage IIIB" />
      466                                         <xs:enumeration value="Stage IIIC" />
      467                                         <xs:enumeration value="Stage IV" />
      468                                         <xs:enumeration value="Stage IVA" />
      469                                         <xs:enumeration value="Stage IVB" />
      470                                         <xs:enumeration value="Stage IIA Cervix" />
      471                                         <xs:enumeration value="Stage II Cervix" />
      472                                         <xs:enumeration value="Stage IB2" />
      473                                         <xs:enumeration value="Stage IB1" />
      474                                         <xs:enumeration value="Stage IB Cervix" />
      475                                         <xs:enumeration value="Stage IA2" />
      476                                         <xs:enumeration value="Stage IA1" />
      477                                         <xs:enumeration value="Stage IVC" />
      478                                         <xs:enumeration value="Stage 0is" />
      479                                         <xs:enumeration value="Stage 0a" />
      480                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3203222" />
      481                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5" />
      482                                         <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      483                                 </xs:restriction>
      484                         </xs:simpleContent>
      485                 </xs:complexType>
      486         </xs:element>

   
File: TCGA_BCR.SKCM_Clinical_FollowUp_v2.0.xsd  
1 <?xml version="1.0" encoding="utf-8" ?> +-    
 
3 <xs:schema elementFormDefault="qualified" version="2.5.0" +-    
4         xmlns:xs="http://www.w3.org/2001/XMLSchema"      
5         xmlns:shared="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5"      
6         xmlns:utility="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5"      
7         xmlns:admin="http://tcga.nci/bcr/xml/administration/2.5"      
8         xmlns:rad="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/radiation/2.5"      
9         xmlns:skcm_shared="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/skcm/shared/2.5"      
10         xmlns="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/skcm/followup/2.5/2.0"      
11         targetNamespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/skcm/followup/2.5/2.0"      
12         xmlns:jaxb="http://java.sun.com/xml/ns/jaxb" jaxb:version="1.0" >      
 
14     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5/TCGA_BCR.Utility.xsd" /> +-    
15     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/administration/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/administration/2.5/TCGA_BCR.Administration.xsd" />      
16     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/radiation/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/radiation/2.5/TCGA_BCR.Radiation.xsd" />      
17         <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5/TCGA_BCR.Shared_Clinical_Elements.xsd" />      
18     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/skcm/shared/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/skcm/shared/2.5/TCGA_BCR.SKCM_Clinical_Shared_Datatypes.xsd" />      
19     <xs:annotation>      
20         <xs:appinfo>      
21             <jaxb:globalBindings generateIsSetMethod="true" />      
22             <jaxb:schemaBindings>      
23                 <jaxb:package name="nci.tcga.bcr.xml.jaxb.clinical.skcm" />      
24             </jaxb:schemaBindings>      
25         </xs:appinfo>      
26     </xs:annotation>      
27     <xs:annotation>      
28         <xs:documentation xml:lang="en">Schema to define the elements of the TCGA Clinical Data Follow-up Form within the SKCM study.</xs:documentation>      
29     </xs:annotation>      
30      <xs:element name="follow_up_v2.0">      
31         <xs:complexType>      
32             <xs:sequence>      
33                 <xs:element ref="shared:bcr_patient_barcode" />      
34                 <xs:element ref="shared:bcr_patient_uuid" />      
35                                 <xs:element ref="shared:followup_case_report_form_submission_reason" />      
36                                 <xs:element ref="shared:radiation_therapy" />      
37                                 <xs:element ref="shared:targeted_molecular_therapy" />      
38                                 <xs:element ref="shared:vital_status" />      
 
40                                 <xs:choice> +-    
41                                         <xs:annotation><xs:documentation>      
42                                                 Data for the DATE_of_death elements are also asked on the      
 
44                                                 TCGA Clinical Data Form during initial enrollment within the THCA study. +-    
45                                         </xs:documentation></xs:annotation>      
46                                         <xs:sequence>      
47                                                 <xs:element ref="shared:day_of_last_followup" />      
48                                                 <xs:element ref="shared:month_of_last_followup" />      
49                                                 <xs:element ref="shared:year_of_last_followup" />      
50                                         </xs:sequence>      
51                                         <xs:element ref="shared:days_to_last_followup" />      
 
53                                 </xs:choice> +-    
 
55                                 <xs:choice> +-    
56                                         <xs:annotation><xs:documentation>      
57                                                 Data for the DATE_of_death elements are also asked on the      
58                                                 TCGA Clinical Data Form during initial enrollment within the THCA study.      
59                                         </xs:documentation></xs:annotation>      
60                                         <xs:sequence>      
61                                                 <xs:element ref="shared:day_of_death" />      
62                                                 <xs:element ref="shared:month_of_death" />      
63                                                 <xs:element ref="shared:year_of_death" />      
64                                         </xs:sequence>      
65                                         <xs:element ref="shared:days_to_death" />      
66                                 </xs:choice>      
67                                 <xs:element ref="shared:person_neoplasm_cancer_status" />      
68                                 <xs:element ref="shared:new_tumor_event_after_initial_treatment" />      
69                 <xs:choice>      
70                                         <xs:annotation><xs:documentation>      
71                                                 Data for the DATE_of_last_followup elements are also asked on the      
72                                                 TCGA Clinical Data Form during initial enrollment within the THCA study.      
73                                         </xs:documentation></xs:annotation>      
74                     <xs:sequence>      
75                         <xs:element ref="shared:day_of_new_tumor_event_after_initial_treatment" />      
76                         <xs:element ref="shared:month_of_new_tumor_event_after_initial_treatment" />      
77                         <xs:element ref="shared:year_of_new_tumor_event_after_initial_treatment" />      
78                     </xs:sequence>      
79                     <xs:element ref="shared:days_to_new_tumor_event_after_initial_treatment" />      
80                 </xs:choice>      
81                                 <xs:element ref="shared:new_neoplasm_event_type" />      
82                                 <xs:element ref="skcm_shared:new_neoplasm_event_occurrence_anatomic_site" />      
83                                 <xs:element ref="skcm_shared:new_neoplasm_occurrence_anatomic_site_text" />      
 
85                                 <xs:element ref="shared:additional_surgery_locoregional_procedure" /> +-    
86                                 <xs:element ref="shared:month_of_additional_surgery_metastatic_procedure" />      
87                                 <xs:element ref="shared:day_of_additional_surgery_metastatic_procedure" />      
88                                 <xs:element ref="shared:year_of_additional_surgery_metastatic_procedure" />      
89                                 <xs:element ref="shared:additional_radiation_therapy" />      
90                                 <xs:element ref="shared:additional_pharmaceutical_therapy" />      
 
93                 <xs:choice> +-    
94                     <xs:annotation>      
95                         <xs:documentation>      
96                                                         Date the interviewer originally completed the corresponding TCGA Clinical Data Form.      
97                                                         If modifications are made after the form is marked complete, this date should not change.      
98                                                 </xs:documentation>      
99                     </xs:annotation>      
100                     <xs:sequence>      
101                         <xs:element ref="shared:day_of_form_completion" />      
102                         <xs:element ref="shared:month_of_form_completion" />      
103                         <xs:element ref="shared:year_of_form_completion" />      
104                     </xs:sequence>      
105                     <xs:element ref="shared:days_to_form_completion" />      
106                 </xs:choice>      
107             </xs:sequence>      
108             <xs:attribute name="version" type="xs:string" default="2.0" use="optional"/>      
109         </xs:complexType>      
110     </xs:element>      
 
113 </xs:schema> +-    

   
File: TCGA_BCR.SKCM_Clinical_Shared_Datatypes.xsd  
1 <?xml version="1.0" encoding="utf-8" ?> +-    
 
4 <xs:schema elementFormDefault="qualified" version="2.5.0" +-    
5   xmlns:xs="http://www.w3.org/2001/XMLSchema"      
6   xmlns:utility="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5"      
7   xmlns="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/skcm/shared/2.5"      
8   targetNamespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/skcm/shared/2.5">      
 
10         <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5/TCGA_BCR.Utility.xsd" /> +-    
 
12         <xs:element name="new_neoplasm_event_occurrence_anatomic_site" nillable="true"> +-    
13         <xs:complexType mixed="true">      
14             <xs:simpleContent>      
15                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
16                     <xs:enumeration value="" />      
17                     <xs:enumeration value="Anus" />      
18                     <xs:enumeration value="Bladder" />      
19                     <xs:enumeration value="Bone" />      
20                     <xs:enumeration value="Brain" />      
21                     <xs:enumeration value="Cervical Lymph Node" />      
22                     <xs:enumeration value="Cervix" />      
23                     <xs:enumeration value="Distant Metastasis " />      
24                     <xs:enumeration value="Head &amp; Neck" />      
25                     <xs:enumeration value="Hypopharynx" />      
26                     <xs:enumeration value="Larynx" />      
27                     <xs:enumeration value="Liver" />      
28                     <xs:enumeration value="Lung" />      
29                     <xs:enumeration value="Lymph Node Only" />      
30                     <xs:enumeration value="Non-regional / Distant Lymph Nodes" />      
31                     <xs:enumeration value="Not Applicable" />      
32                     <xs:enumeration value="Oral Cavity" />      
33                     <xs:enumeration value="Oropharynx" />      
34                     <xs:enumeration value="Other, specify" />      
35                     <xs:enumeration value="Peritoneal Surfaces" />      
36                     <xs:enumeration value="Renal Pelvis" />      
37                     <xs:enumeration value="Ureter" />      
38                     <xs:enumeration value="Urethra" />      
39                     <xs:enumeration value="Vulva" />      
40                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3108271" />      
41                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5" />      
42                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />      
43                 </xs:restriction>      
44             </xs:simpleContent>      
45         </xs:complexType>      
46     </xs:element>      
 
48         <xs:element name="new_neoplasm_occurrence_anatomic_site_text" nillable="true"> +-    
49         <xs:complexType>      
50             <xs:simpleContent>      
51                 <xs:extension base="xs:string">      
52                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />      
53                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3128033" />      
54                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5" />      
55                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />      
56                 </xs:extension>      
57             </xs:simpleContent>      
58         </xs:complexType>      
59     </xs:element>      
60 </xs:schema>      

   
File: TCGA_BCR.STAD_Clinical.xsd  
3 <xs:schema xmlns:xs="http://www.w3.org/2001/XMLSchema" xmlns:utility="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5" xmlns:admin="http://tcga.nci/bcr/xml/administration/2.5" xmlns:shared="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5" xmlns:rad="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/radiation/2.5" xmlns:rx="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/pharmaceutical/2.5" xmlns:follow_up_v1.0="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/stad/followup/2.5/1.0" xmlns:cqcf="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/cqcf/2.5" xmlns="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/stad/2.5" xmlns:jaxb="http://java.sun.com/xml/ns/jaxb" targetNamespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/stad/2.5" elementFormDefault="qualified" version="2.5.0" jaxb:version="1.0"> <> 3
      4 <xs:schema elementFormDefault="qualified" version="2.4.4"
      5   xmlns:xs="http://www.w3.org/2001/XMLSchema"
      6   xmlns:utility="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.4"
      7   xmlns:admin="http://tcga.nci/bcr/xml/administration/2.4"
      8   xmlns:shared="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.4"
      9   xmlns:rad="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/radiation/2.4"
      10   xmlns:rx="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/pharmaceutical/2.4"
      11   xmlns="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/stad/2.4"
      12   targetNamespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/stad/2.4"
      13   xmlns:jaxb="http://java.sun.com/xml/ns/jaxb" jaxb:version="1.0">
 
15         <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5/TCGA_BCR.Utility.xsd"/> <> 28     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.4" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/utility/2.4/TCGA_BCR.Utility.xsd" />
16         <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/administration/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/administration/2.5/TCGA_BCR.Administration.xsd"/>   29     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/administration/2.4" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/administration/2.4/TCGA_BCR.Administration.xsd" />
17         <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5/TCGA_BCR.Shared_Clinical_Elements.xsd"/>   30     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.4" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.4/TCGA_BCR.Shared_Clinical_Elements.xsd" />
18         <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/radiation/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/radiation/2.5/TCGA_BCR.Radiation.xsd"/>   31     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/radiation/2.4" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/radiation/2.4/TCGA_BCR.Radiation.xsd" />
19         <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/pharmaceutical/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/pharmaceutical/2.5/TCGA_BCR.Pharmaceutical.xsd"/>   32     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/pharmaceutical/2.4" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/pharmaceutical/2.4/TCGA_BCR.Pharmaceutical.xsd" />
20         <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/stad/followup/2.5/1.0" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/stad/followup/2.5/TCGA_BCR.STAD_Clinical_FollowUp_v1.0.xsd"/>   33    
21         <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/cqcf/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/cqcf/2.5/TCGA_BCR.CQCF.xsd"/>      
 
28                         <xs:attribute name="schemaVersion" type="xs:decimal" use="required" fixed="2.5"/> <> 41             <xs:attribute name="schemaVersion" type="xs:decimal" use="required" fixed="2.4"/>
 
96                                 <xs:element ref="shared:anatomic_organ_subdivision"/> <> 124                 <xs:element ref="anatomic_organ_subdivision" />
97                                 <xs:element ref="shared:primary_lymph_node_presentation_assessment"/>      
98                                 <xs:element ref="shared:lymph_node_examined_count"/>   125                 <xs:element ref="lymphnodes_examined" />
99                                 <xs:element ref="shared:number_of_lymphnodes_positive_by_he"/>   126                 <xs:element ref="number_of_lymphnodes_examined" />
100                                 <xs:element ref="shared:number_of_lymphnodes_positive_by_ihc"/>   127                 <xs:element ref="number_of_lymphnodes_positive_by_he" />
 
104                                 <xs:element ref="shared:neoplasm_histologic_grade"/> <> 131                 <xs:element ref="tumor_grade" />
 
107                                 <xs:element ref="shared:residual_tumor"/> <> 134                 <xs:element ref="residual_tumor" />
      135                 <xs:element ref="ajcc_handbook_addition" />
 
117                                 <xs:element ref="clinical_cqcf"/> +-    
118                                 <xs:element name="follow_ups">      
119                                         <xs:annotation>      
120                                                 <xs:documentation>We are using namespaces and version numbers to distinguish one version of followup from another.</xs:documentation>      
121                                         </xs:annotation>      
122                                         <xs:complexType>      
123                                                 <xs:sequence>      
124                                                         <xs:element ref="follow_up_v1.0:follow_up_v1.0" minOccurs="0" maxOccurs="unbounded"/>      
 
128                         </xs:sequence> <> 148  
129                 </xs:complexType>      
130         </xs:element>      
131         <xs:element name="clinical_cqcf">      
132                 <xs:complexType>      
133                         <xs:sequence>      
134                                 <xs:element ref="cqcf:frozen_specimen_anatomic_site"/>      
135                                 <xs:element ref="cqcf:history_of_prior_malignancy"/>      
136                                 <xs:element ref="cqcf:history_of_neoadjuvant_treatment"/>      
137                                 <xs:element ref="cqcf:consent_or_death_status"/>      
138                                 <xs:choice>      
139                                         <xs:choice>      
140                                                 <xs:sequence>      
141                                                         <xs:element ref="cqcf:day_of_consent"/>      
142                                                         <xs:element ref="cqcf:month_of_consent"/>      
143                                                         <xs:element ref="cqcf:year_of_consent"/>      
144                                                 </xs:sequence>      
145                                                 <xs:element ref="cqcf:days_to_consent"/>      
146                                         </xs:choice>      
147                                         <xs:choice>      
148                                                 <xs:sequence>      
149                                                         <xs:element ref="shared:day_of_death"/>      
150                                                         <xs:element ref="shared:month_of_death"/>      
151                                                         <xs:element ref="shared:year_of_death"/>      
152                                                 </xs:sequence>      
153                                                 <xs:element ref="shared:days_to_death"/>      
154                                         </xs:choice>      
155                                 </xs:choice>      
156                                 <xs:element ref="cqcf:diagnosis_subtype"/>      
157                                 <xs:element ref="shared:prior_diagnosis"/>      
158                                 <xs:element ref="cqcf:normal_tissue_anatomic_site"/>      
159                                 <xs:element ref="cqcf:normal_tissue_proximity"/>      
160                                 <xs:element ref="cqcf:tumor_type"/>      
161                                 <xs:element ref="cqcf:histological_subtype" minOccurs="0"/>      
162                                 <xs:element ref="cqcf:other_anatomic_site" minOccurs="0"/>      
163                                 <xs:element ref="cqcf:country"/>      
164                         </xs:sequence>      
165                 </xs:complexType>      
166         </xs:element>      
 
    -+ 201     <xs:element name="tumor_grade" nillable="true">
      202         <xs:complexType>
      203             <xs:simpleContent>
      204                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      205                     <xs:enumeration value="" />
      206                     <xs:enumeration value="GX" />
      207                     <xs:enumeration value="G1" />
      208                     <xs:enumeration value="G2" />
      209                     <xs:enumeration value="G3" />
      210                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2785839" />
      211                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.11" />
      212                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      213                 </xs:restriction>
      214             </xs:simpleContent>
      215         </xs:complexType>
      216     </xs:element>
 
    -+ 218     <xs:element name="residual_tumor" nillable="true">
      219         <xs:complexType>
      220             <xs:simpleContent>
      221                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      222                     <xs:enumeration value="" />
      223                     <xs:enumeration value="RX" />
      224                     <xs:enumeration value="R0" />
      225                     <xs:enumeration value="R1" />
      226                     <xs:enumeration value="R2" />
      227                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2608702" />
      228                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.4" />
      229                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      230                 </xs:restriction>
      231             </xs:simpleContent>
      232         </xs:complexType>
      233     </xs:element>
 
    -+ 235     <xs:element name="ajcc_handbook_addition" nillable="true">
      236         <xs:complexType>
      237             <xs:simpleContent>
      238                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      239                     <xs:enumeration value="" />
      240                     <xs:enumeration value="First Edition" />
      241                     <xs:enumeration value="Second Edition" />
      242                     <xs:enumeration value="Third Edition" />
      243                     <xs:enumeration value="Fourth Edition" />
      244                     <xs:enumeration value="Fifth Edition" />
      245                     <xs:enumeration value="Sixth Edition" />
      246                     <xs:enumeration value="Seventh Edition" />
      247                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2722309" />
      248                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.4" />
      249                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      250                 </xs:restriction>
      251             </xs:simpleContent>
      252         </xs:complexType>
      253     </xs:element>
 
219                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default=""/> <> 259                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3203072" />
 
    -+ 331     <xs:element name="lymphnodes_examined" nillable="true">
      332         <xs:complexType>
      333             <xs:simpleContent>
      334                 <xs:extension base="utility:yes_or_no">
      335                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      336                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2200396" />
      337                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />
      338                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      339                 </xs:extension>
      340             </xs:simpleContent>
      341         </xs:complexType>
      342     </xs:element>
 
    -+ 344     <xs:element name="number_of_lymphnodes_positive_by_he" nillable="true">
      345         <xs:complexType mixed="true">
      346             <xs:simpleContent>
      347                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      348                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3086388" />
      349                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />
      350                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      351                 </xs:restriction>
      352             </xs:simpleContent>
      353         </xs:complexType>
      354     </xs:element>
 
    -+ 356     <xs:element name="anatomic_organ_subdivision" nillable="true">
      357         <xs:complexType mixed="true">
      358             <xs:simpleContent>
      359                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      360                     <xs:enumeration value="" />
      361                     <xs:enumeration value="Gastrostroesophageal Junction" />
      362                     <xs:enumeration value="Cardia/Proximal" />
      363                     <xs:enumeration value="Fundus/Body" />
      364                     <xs:enumeration value="Antrum/Distal" />
      365                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2008006" />
      366                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.4" />
      367                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      368                 </xs:restriction>
      369             </xs:simpleContent>
      370         </xs:complexType>
      371     </xs:element>
 
    -+ 391                     <xs:enumeration value="Stage IA" />
      392                     <xs:enumeration value="Stage IB" />
 
    -+ 394                     <xs:enumeration value="Stage IIA" />
      395                     <xs:enumeration value="Stage IIB" />
 
304                                         <xs:enumeration value="Stage IVA"/> <> 397                     <xs:enumeration value="Stage IIIA" />
305                                         <xs:enumeration value="Stage IVB"/>   398                     <xs:enumeration value="Stage IIIB" />
306                                         <xs:enumeration value="Stage IVC"/>   399                     <xs:enumeration value="Stage IIIC" />
 
315         <xs:element name="lymphnode_pathologic_spread" nillable="true"> <> 408  
316                 <xs:complexType>      
317                         <xs:simpleContent>      
318                                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
319                                         <xs:enumeration value=""/>      
320                                         <xs:enumeration value="NX"/>      
321                                         <xs:enumeration value="N0"/>      
322                                         <xs:enumeration value="N1"/>      
323                                         <xs:enumeration value="N2"/>      
324                                         <xs:enumeration value="N2a"/>      
325                                         <xs:enumeration value="N2b"/>      
326                                         <xs:enumeration value="N2c"/>      
327                                         <xs:enumeration value="N3"/>      
328                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3065858"/>      
329                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.1"/>      
330                                         <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1"/>      
331                                 </xs:restriction>      
332                         </xs:simpleContent>      
333                 </xs:complexType>      
334         </xs:element>      
335         <xs:element name="distant_metastasis_pathologic_spread" nillable="true">      
336                 <xs:complexType>      
337                         <xs:simpleContent>      
338                                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
339                                         <xs:enumeration value=""/>      
340                                         <xs:enumeration value="M0"/>      
341                                         <xs:enumeration value="M1"/>      
342                                         <xs:enumeration value="MX"/>      
343                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3045439"/>      
344                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.4"/>      
345                                         <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1"/>      
346                                 </xs:restriction>      
347                         </xs:simpleContent>      
348                 </xs:complexType>      
349         </xs:element>      
 
    -+ 434     <xs:element name="lymphnode_pathologic_spread" nillable="true">
      435         <xs:complexType>
      436             <xs:simpleContent>
      437                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      438                     <xs:enumeration value="" />
      439                     <xs:enumeration value="NX" />
      440                     <xs:enumeration value="N0" />
      441                     <xs:enumeration value="N1" />
      442                     <xs:enumeration value="N2" />
      443                     <xs:enumeration value="N3" />
      444                     <xs:enumeration value="N3a" />
      445                     <xs:enumeration value="N3b" />
      446                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3065858" />
      447                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.1" />
      448                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      449                 </xs:restriction>
      450             </xs:simpleContent>
      451         </xs:complexType>
      452     </xs:element>
 
    -+ 454     <xs:element name="distant_metastasis_pathologic_spread" nillable="true">
      455         <xs:complexType>
      456             <xs:simpleContent>
      457                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      458                     <xs:enumeration value="" />
      459                     <xs:enumeration value="MX" />
      460                     <xs:enumeration value="M0" />
      461                     <xs:enumeration value="M1" />
      462                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3045439" />
      463                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.1" />
      464                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      465                 </xs:restriction>
      466             </xs:simpleContent>
      467         </xs:complexType>
      468     </xs:element>
 
    -+ 470     <xs:element name="number_of_lymphnodes_examined" nillable="true">
      471         <xs:complexType mixed="true">
      472             <xs:simpleContent>
      473                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      474                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3" />
      475                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.1" />
      476                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      477                 </xs:restriction>
      478             </xs:simpleContent>
      479         </xs:complexType>
      480     </xs:element>

   
File: TCGA_BCR.STAD_Clinical_FollowUp_v1.0.xsd  
1 <?xml version="1.0" encoding="utf-8" ?> +-    
 
4 <xs:schema elementFormDefault="qualified" version="2.5.0" +-    
5    xmlns:xs="http://www.w3.org/2001/XMLSchema"      
6    xmlns:shared="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5"      
7    xmlns:utility="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5"      
8    xmlns:admin="http://tcga.nci/bcr/xml/administration/2.5"      
9    xmlns="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/stad/followup/2.5/1.0"      
10    targetNamespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/stad/followup/2.5/1.0"      
11    xmlns:jaxb="http://java.sun.com/xml/ns/jaxb" jaxb:version="1.0" >      
 
13    <xs:import schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5/TCGA_BCR.Utility.xsd" namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5" /> +-    
14    <xs:import schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/administration/2.5/TCGA_BCR.Administration.xsd" namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/administration/2.5" />      
15    <xs:import schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5/TCGA_BCR.Shared_Clinical_Elements.xsd" namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5" />      
 
17    <xs:annotation> +-    
18       <xs:appinfo>      
19           <jaxb:globalBindings generateIsSetMethod="true" />      
20           <jaxb:schemaBindings>      
21               <jaxb:package name="nci.tcga.bcr.xml.jaxb.clinical.stad" />      
22           </jaxb:schemaBindings>      
23       </xs:appinfo>      
24    </xs:annotation>      
 
26    <xs:annotation> +-    
27       <xs:documentation xml:lang="en">Schema to define the elements of the TCGA Clinical Data Follow-up Form within the STAD study.</xs:documentation>      
28    </xs:annotation>      
 
30    <xs:element name="follow_up_v1.0"> +-    
31       <xs:complexType>      
32          <xs:sequence>      
33            <xs:element ref="shared:bcr_patient_barcode" />      
34            <xs:element ref="shared:bcr_patient_uuid" />      
35            <xs:element ref="shared:vital_status" />      
36            <xs:choice>      
37               <xs:sequence>      
38                  <xs:element ref="shared:day_of_last_followup" />      
39                  <xs:element ref="shared:month_of_last_followup" />      
40                  <xs:element ref="shared:year_of_last_followup" />      
41               </xs:sequence>      
42               <xs:element ref="shared:days_to_last_followup" />      
43            </xs:choice>      
44            <xs:choice>      
45               <xs:sequence>      
46                  <xs:element ref="shared:day_of_death" />      
47                  <xs:element ref="shared:month_of_death" />      
48                  <xs:element ref="shared:year_of_death" />      
49               </xs:sequence>      
50               <xs:element ref="shared:days_to_death" />      
51            </xs:choice>      
52            <xs:element ref="new_tumor_event_after_initial_treatment" />      
53            <xs:choice>      
54               <xs:sequence>      
55                  <xs:element ref="shared:day_of_new_tumor_event_after_initial_treatment" />      
56                  <xs:element ref="shared:month_of_new_tumor_event_after_initial_treatment" />      
57                  <xs:element ref="shared:year_of_new_tumor_event_after_initial_treatment" />      
58               </xs:sequence>      
59               <xs:element ref="shared:days_to_new_tumor_event_after_initial_treatment" />      
60            </xs:choice>      
61            <xs:element ref="shared:additional_surgery_locoregional_procedure" />      
62            <xs:choice>      
63               <xs:sequence>      
64                  <xs:element ref="shared:day_of_additional_surgery_locoregional_procedure" />      
65                  <xs:element ref="shared:month_of_additional_surgery_locoregional_procedure" />      
66                  <xs:element ref="shared:year_of_additional_surgery_locoregional_procedure" />      
67               </xs:sequence>      
68               <xs:element ref="shared:days_to_additional_surgery_locoregional_procedure" />      
69            </xs:choice>      
70            <xs:element ref="shared:person_neoplasm_cancer_status" />      
71            <xs:element ref="shared:additional_radiation_therapy" />      
72            <xs:element ref="shared:radiation_therapy" />      
73            <xs:element ref="shared:targeted_molecular_therapy" />      
74            <xs:element ref="shared:additional_pharmaceutical_therapy" />      
75            <xs:element ref="shared:additional_surgery_metastatic_procedure" />      
76            <xs:choice>      
77               <xs:sequence>      
78                  <xs:element ref="shared:day_of_additional_surgery_metastatic_procedure" />      
79                  <xs:element ref="shared:month_of_additional_surgery_metastatic_procedure" />      
80                  <xs:element ref="shared:year_of_additional_surgery_metastatic_procedure" />      
81               </xs:sequence>      
82               <xs:element ref="shared:days_to_additional_surgery_metastatic_procedure" />      
83            </xs:choice>      
84            <xs:choice>      
85               <xs:sequence>      
86                  <xs:element ref="shared:day_of_form_completion" />      
87                  <xs:element ref="shared:month_of_form_completion" />      
88                  <xs:element ref="shared:year_of_form_completion" />      
89               </xs:sequence>      
90               <xs:element ref="shared:days_to_form_completion" />      
91            </xs:choice>      
 
93            <xs:element ref="shared:followup_case_report_form_submission_reason" /> +-    
 
95            <xs:element ref="shared:progression_determined_by" /> +-    
96            <xs:element ref="new_neoplasm_event_occurrence_anatomic_site" />      
97            <xs:element ref="new_neoplasm_occurrence_anatomic_site_text" />      
98            <xs:element ref="primary_therapy_outcome_success" />      
99            <xs:element ref="followup_treatment_success" />      
100            <xs:element ref="patient_death_reason" />      
101            <xs:element ref="shared:new_neoplasm_event_type" />      
102            <xs:element ref="shared:followup_met_assessment_outcome_success_margin_status" />      
103         </xs:sequence>      
 
105         <xs:attribute name="version" type="xs:string" default="1.0" use="optional"/> +-    
106      </xs:complexType>      
107    </xs:element>      
 
109    <xs:element name="patient_death_reason" nillable="true"> +-    
110      <xs:complexType mixed="true">      
111          <xs:simpleContent>      
112             <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
113                <xs:enumeration value="" />      
114                <xs:enumeration value="Stomach Cancer" />      
115                <xs:enumeration value="Other Malignancy (not stomach cancer related)" />      
116                <xs:enumeration value="Other Non-Malignant Disease" />      
117                <xs:enumeration value="Unknown cause of death" />      
118                <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2554674" />      
119                <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />      
120                <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />      
121             </xs:restriction>      
122          </xs:simpleContent>      
123       </xs:complexType>      
124    </xs:element>      
 
126    <xs:element name="new_tumor_event_after_initial_treatment" nillable="true"> +-    
127       <xs:complexType>      
128          <xs:simpleContent>      
129             <xs:extension base="utility:yes_or_no">      
130                <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />      
131                <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3121376" />      
132                <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5" />      
133                <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />      
134             </xs:extension>      
135          </xs:simpleContent>      
136       </xs:complexType>      
137    </xs:element>      
 
139    <xs:element name="new_neoplasm_event_occurrence_anatomic_site" nillable="true"> +-    
140         <xs:complexType mixed="true">      
141             <xs:simpleContent>      
142                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
143                     <xs:enumeration value="" />      
144                     <xs:enumeration value="Anus" />      
145                     <xs:enumeration value="Bladder" />      
146                     <xs:enumeration value="Bone" />      
147                     <xs:enumeration value="Brain" />      
148                     <xs:enumeration value="Cervical Lymph Node" />      
149                     <xs:enumeration value="Cervix" />      
150                     <xs:enumeration value="Distant Metastasis " />      
151                     <xs:enumeration value="Head &amp; Neck" />      
152                     <xs:enumeration value="Hypopharynx" />      
153                     <xs:enumeration value="Larynx" />      
154                     <xs:enumeration value="Liver" />      
155                     <xs:enumeration value="Lung" />      
156                     <xs:enumeration value="Lymph Node Only" />      
157                     <xs:enumeration value="Non-regional / Distant Lymph Nodes" />      
158                     <xs:enumeration value="Not Applicable" />      
159                     <xs:enumeration value="Oral Cavity" />      
160                     <xs:enumeration value="Oropharynx" />      
161                     <xs:enumeration value="Other, specify" />      
162                     <xs:enumeration value="Peritoneal Surfaces" />      
163                     <xs:enumeration value="Renal Pelvis" />      
164                     <xs:enumeration value="Ureter" />      
165                     <xs:enumeration value="Urethra" />      
166                     <xs:enumeration value="Vulva" />      
167                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3108271" />      
168                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5" />      
169                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />      
170                 </xs:restriction>      
171             </xs:simpleContent>      
172         </xs:complexType>      
173     </xs:element>      
 
175     <xs:element name="new_neoplasm_occurrence_anatomic_site_text" nillable="true"> +-    
176         <xs:complexType>      
177             <xs:simpleContent>      
178                 <xs:extension base="xs:string">      
179                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />      
180                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3128033" />      
181                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5" />      
182                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />      
183                 </xs:extension>      
184             </xs:simpleContent>      
185         </xs:complexType>      
186     </xs:element>      
 
188     <xs:element name="followup_treatment_success" nillable="true"> +-    
189         <xs:complexType>      
190             <xs:simpleContent>      
191                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
192                     <xs:enumeration value="" />      
193                     <xs:enumeration value="Complete Remission/Response" />      
194                     <xs:enumeration value="Not Applicable" />      
195                     <xs:enumeration value="Partial Remission/Response" />      
196                     <xs:enumeration value="Persistent Disease" />      
197                     <xs:enumeration value="Progressive Disease" />      
198                     <xs:enumeration value="Stable Disease" />      
199                     <xs:enumeration value="Unknown" />      
200                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3104050" />      
201                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5" />      
202                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />      
203                 </xs:restriction>      
204             </xs:simpleContent>      
205         </xs:complexType>      
206     </xs:element>      
 
208     <xs:element name="primary_therapy_outcome_success" nillable="true"> +-    
209         <xs:complexType>      
210             <xs:simpleContent>      
211                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
212                     <xs:enumeration value="" />      
213                     <xs:enumeration value="Progressive Disease" />      
214                     <xs:enumeration value="Stable Disease" />      
215                     <xs:enumeration value="Partial Response" />      
216                     <xs:enumeration value="Complete Response" />      
217                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2786727" />      
218                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="1.11" />      
219                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />      
220                 </xs:restriction>      
221             </xs:simpleContent>      
222         </xs:complexType>      
223     </xs:element>      
 
225 </xs:schema> +-    

   
File: TCGA_BCR.THCA_Clinical.xsd  
4 <xs:schema elementFormDefault="qualified" version="2.5.0" <> 4 <xs:schema elementFormDefault="qualified" version="2.4.4"
 
6   xmlns:utility="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5" <> 6   xmlns:utility="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.4"
7   xmlns:admin="http://tcga.nci/bcr/xml/administration/2.5"   7   xmlns:admin="http://tcga.nci/bcr/xml/administration/2.4"
8   xmlns:shared="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5"   8   xmlns:shared="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.4"
9   xmlns:rad="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/radiation/2.5"   9   xmlns:rad="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/radiation/2.4"
10   xmlns:rx="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/pharmaceutical/2.5"   10   xmlns:rx="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/pharmaceutical/2.4"
11   xmlns:cqcf="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/cqcf/2.5"      
12   xmlns:cesc_shared="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/thca/shared/2.5"       
13   xmlns:follow_up_v2.0="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/thca/followup/2.5/2.0"      
14   xmlns="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/thca/2.5"   11   xmlns="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/thca/2.4"
15   targetNamespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/thca/2.5"   12   targetNamespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/thca/2.4"
 
31     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5/TCGA_BCR.Utility.xsd" /> <> 28     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.4" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/utility/2.4/TCGA_BCR.Utility.xsd" />
32     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/administration/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/administration/2.5/TCGA_BCR.Administration.xsd" />   29     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/administration/2.4" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/administration/2.4/TCGA_BCR.Administration.xsd" />
33     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5/TCGA_BCR.Shared_Clinical_Elements.xsd" />   30     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.4" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.4/TCGA_BCR.Shared_Clinical_Elements.xsd" />
34     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/radiation/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/radiation/2.5/TCGA_BCR.Radiation.xsd" />   31     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/radiation/2.4" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/radiation/2.4/TCGA_BCR.Radiation.xsd" />
35     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/pharmaceutical/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/pharmaceutical/2.5/TCGA_BCR.Pharmaceutical.xsd" />   32     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/pharmaceutical/2.4" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/pharmaceutical/2.4/TCGA_BCR.Pharmaceutical.xsd" />   
36         <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/cqcf/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/cqcf/2.5/TCGA_BCR.CQCF.xsd" />      
37         <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/thca/shared/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/thca/shared/2.5/TCGA_BCR.THCA_Clinical_Shared_Datatypes.xsd" />      
38         <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/thca/followup/2.5/2.0" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/thca/followup/2.5/TCGA_BCR.THCA_Clinical_FollowUp_v2.0.xsd" />      
 
54                                 <xs:element ref="shared:tissue_source_site" /> <> 48                 <xs:choice>
      49                     <xs:sequence>
55                 <xs:element ref="shared:patient_id" />   50                         <xs:element ref="shared:day_of_form_completion" />
56                                 <xs:element ref="shared:bcr_patient_barcode" />      
57                 <xs:element ref="shared:bcr_patient_uuid" />   51                         <xs:element ref="shared:month_of_form_completion" />
58                                 <xs:element ref="shared:informed_consent_verified" />    52                         <xs:element ref="shared:year_of_form_completion" />
59                 <xs:element ref="shared:icd_o_3_site" />   53                     </xs:sequence>
60                 <xs:element ref="shared:icd_o_3_histology" />   54                     <xs:element ref="shared:days_to_form_completion" />
61                 <xs:element ref="shared:icd_10" />   55                 </xs:choice>
 
105                 <xs:element ref="histological_type" /> <> 100                 <xs:element ref="neoplasm_histologic_type_name" />
106                 <xs:element ref="shared:tumor_other_histologic_subtype_descriptive_text" />   101                 <xs:element ref="tumor_other_histologic_subtype_descriptive_text" />
 
109                 <xs:element ref="neoplasm_dimension" /> <> 104                 <xs:element ref="neoplasm_excision_timepoint_pathologic_three_dimensional_size_text" />
 
125                 <xs:element ref="shared:primary_lymph_node_presentation_assessment" /> <> 120                 <xs:element ref="primary_lymph_node_presentation_assessment_ind" />
126                 <xs:element ref="shared:lymph_node_examined_count" />   121                 <xs:element ref="lymph_node_examined_count" />
127                 <xs:element ref="shared:number_of_lymphnodes_positive_by_he" />   122                 <xs:element ref="positive_finding_lymph_node_hematoxylin_and_eosin_staining_microscopy_count" />
 
129                 <xs:element ref="shared:residual_tumor" /> <> 124                 <xs:element ref="surgical_margin_resection_status" />
130                 <xs:element ref="shared:ajcc_cancer_staging_handbook_edition" />   125                 <xs:element ref="american_joint_committee_on_cancer_publication_version_type" />
131                 <xs:element ref="shared:ajcc_tumor_stage_code" />   126                 <xs:element ref="american_joint_committee_on_cancer_tumor_stage_code" />
132                 <xs:element ref="shared:ajcc_neoplasm_disease_lymph_node_stage" />   127                 <xs:element ref="neoplasm_disease_lymph_node_stage_american_joint_committee_on_cancer_code" />
133                 <xs:element ref="shared:ajcc_cancer_metastasis_stage_code" />   128                 <xs:element ref="american_joint_committee_on_cancer_metastasis_stage_code" />
134                 <xs:element ref="shared:ajcc_neoplasm_disease_stage" />   129                 <xs:element ref="neoplasm_disease_stage_american_joint_committee_on_cancer_code" />
 
137                 <xs:element ref="malignant_neoplasm_metastatic_involvement_site" /> <> 132                 <xs:element ref="metastatic_neoplasm_confirmed_diagnosis_anatomic_site_name" />
138                 <xs:element ref="other_metastatic_involvement_anatomic_site" />   133                 <xs:element ref="malignant_neoplasm_metastatic_involvement_anatomic_site_text" />
 
146                                 <xs:choice> +-    
147                     <xs:sequence>      
148                         <xs:element ref="shared:day_of_form_completion" />      
149                         <xs:element ref="shared:month_of_form_completion" />      
150                         <xs:element ref="shared:year_of_form_completion" />      
151                     </xs:sequence>      
152                     <xs:element ref="shared:days_to_form_completion" />      
153                 </xs:choice>      
 
155                                 <xs:element ref="follow_ups" /> <> 142                 <xs:element ref="shared:bcr_patient_barcode" />
156                 <xs:element ref="rx:drugs" />   143                 <xs:element ref="shared:tissue_source_site" />
157                 <xs:element ref="rad:radiations" />   144                 <xs:element ref="shared:patient_id" />
158                                 <xs:element ref="clinical_cqcf" />   145                 <xs:element ref="shared:bcr_patient_uuid" />
159             </xs:sequence>      
160         </xs:complexType>      
161     </xs:element>      
 
163         <xs:element name="follow_ups"> <> 146                 <xs:element ref="shared:informed_consent_verified" />
164                 <xs:annotation>      
165                         <xs:documentation xml:lang="en">We are using namespaces and version numbers to distinguish one version of followup from another.</xs:documentation>      
166                 </xs:annotation>      
167                 <xs:complexType>      
168                   <xs:sequence>      
169                         <xs:element ref="follow_up_v2.0:follow_up_v2.0" minOccurs="0" maxOccurs="unbounded" />      
170                   </xs:sequence>      
171                 </xs:complexType>      
172         </xs:element>      
 
174         <xs:element name="clinical_cqcf"> <> 147                 <xs:element ref="shared:icd_o_3_site" />
175         <xs:complexType>      
176             <xs:sequence>      
177                 <xs:element ref="shared:anatomic_organ_subdivision"/>   148                 <xs:element ref="shared:icd_o_3_histology" />
178                 <xs:element ref="cqcf:consent_or_death_status"/>   149                 <xs:element ref="shared:icd_10" />
 
180                 <xs:choice> +-    
181                     <xs:choice>      
182                         <xs:sequence>      
183                             <xs:element ref="cqcf:day_of_consent"/>      
184                             <xs:element ref="cqcf:month_of_consent"/>      
185                             <xs:element ref="cqcf:year_of_consent"/>      
186                         </xs:sequence>      
 
188                         <xs:element ref="cqcf:days_to_consent"/> +-    
189                     </xs:choice>      
 
191                     <xs:choice> <> 152                 <!--xs:element ref="follow_up_case_report_form_submission_reason" />
192                         <xs:sequence>      
193                             <xs:element ref="shared:day_of_death"/>   153                 <xs:element ref="shared:radiation_therapy" />
194                             <xs:element ref="shared:month_of_death"/>   154                 <xs:element ref="shared:additional_pharmaceutical_therapy" />
 
195                             <xs:element ref="shared:year_of_death"/> <> 160                 <xs:element ref="radiation_therapy_administered_dose_text" />
196                         </xs:sequence>   161                 <xs:element ref="radiosensitizing_agent_administered_indicator" />
 
198                         <xs:element ref="shared:days_to_death"/> <>    
199                     </xs:choice>   165                 <xs:choice>
 
200                 </xs:choice> <> 172                 </xs:choice>
 
202                 <xs:element ref="cqcf:diagnosis_subtype"/> <> 174                 <xs:element ref="new_neoplasm_confirmed_diagnosis_method_name" />
203                 <xs:element ref="shared:prior_diagnosis"/>   175                 <xs:element ref="histologic_disease_progression_present_indicator" />
 
204                 <xs:element ref="cqcf:history_of_neoadjuvant_treatment"/> <> 179                 <xs:element ref="new_neoplasm_event_occurrence_anatomic_site" />
205                 <xs:element ref="cqcf:normal_tissue_anatomic_site"/>   180                 <xs:element ref="new_neoplasm_occurrence_anatomic_site_text" />
 
206                 <xs:element ref="cqcf:normal_tissue_proximity"/> <> 195                 <xs:element ref="shared:additional_radiation_therapy" />
207                 <xs:element ref="cqcf:tumor_focality"/>   196                 <xs:element ref="shared:additional_radiation_therapy" /-->
 
208                 <xs:element ref="cqcf:tumor_type"/> <> 198                 <xs:element ref="rx:drugs" />
209                                 <xs:element ref="cqcf:other_diagnosis"/>   199                 <xs:element ref="rad:radiations" />
210                 <xs:element ref="cqcf:histological_subtype" minOccurs="0"/>      
211                 <xs:element ref="cqcf:other_anatomic_site" minOccurs="0"/>      
212                 <xs:element ref="cqcf:country"/>      
 
318     <xs:element name="histological_type" nillable="true"> <> 305     <xs:element name="neoplasm_histologic_type_name" nillable="true">
 
    -+ 318             </xs:simpleContent>
      319         </xs:complexType>
      320     </xs:element>
 
    -+ 322     <xs:element name="tumor_other_histologic_subtype_descriptive_text" nillable="true">
      323         <xs:complexType>
      324             <xs:simpleContent>
      325                 <xs:extension base="xs:string">
      326                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      327                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3124492" />
      328                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.4" />
      329                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      330                 </xs:extension>
 
367         <xs:element name="neoplasm_dimension" nillable="true"> +-    
368                 <xs:complexType>      
369           <xs:sequence >      
370             <xs:element ref="neoplasm_length" minOccurs="1" maxOccurs="1" />      
371                         <xs:element ref="neoplasm_width" minOccurs="1" maxOccurs="1" />      
372                         <xs:element ref="neoplasm_depth" minOccurs="1" maxOccurs="1" />      
373           </xs:sequence>      
374         </xs:complexType>      
375         </xs:element>      
 
377     <xs:element name="neoplasm_length" nillable="true"> <> 367     <xs:element name="neoplasm_excision_timepoint_pathologic_three_dimensional_size_text" nillable="true">
 
380                 <xs:extension base="utility:number_or_null"> <> 370                 <xs:extension base="xs:string">
 
382                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2764966" /> <> 372                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3167398" />
383                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5" />   373                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.4" />
384                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />      
385                 </xs:extension>      
386             </xs:simpleContent>      
387         </xs:complexType>      
388     </xs:element>      
389         <xs:element name="neoplasm_width" nillable="true">      
390         <xs:complexType>      
391             <xs:simpleContent>      
392                 <xs:extension base="utility:number_or_null">      
393                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />      
394                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2764966" />      
395                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5" />      
396                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />      
397                 </xs:extension>      
398             </xs:simpleContent>      
399         </xs:complexType>      
400     </xs:element>      
401         <xs:element name="neoplasm_depth" nillable="true">      
402         <xs:complexType>      
403             <xs:simpleContent>      
404                 <xs:extension base="utility:number_or_null">      
405                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />      
406                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2764966" />      
407                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5" />      
 
    -+ 419     <xs:element name="primary_lymph_node_presentation_assessment_ind" nillable="true">
      420         <xs:complexType>
      421             <xs:simpleContent>
      422                 <xs:extension base="utility:yes_or_no">
      423                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      424                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2200396" />
      425                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.4" />
      426                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      427                 </xs:extension>
      428             </xs:simpleContent>
      429         </xs:complexType>
      430     </xs:element>
 
    -+ 432     <xs:element name="lymph_node_examined_count" nillable="true">
      433         <xs:complexType>
      434             <xs:simpleContent>
      435                 <xs:extension base="xs:integer">
      436                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      437                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3" />
      438                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />
      439                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      440                 </xs:extension>
      441             </xs:simpleContent>
      442         </xs:complexType>
      443     </xs:element>
 
    -+ 445     <xs:element name="positive_finding_lymph_node_hematoxylin_and_eosin_staining_microscopy_count" nillable="true">
      446         <xs:complexType>
      447             <xs:simpleContent>
      448                 <xs:extension base="xs:integer">
      449                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      450                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3086388" />
      451                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.2" />
      452                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      453                 </xs:extension>
      454             </xs:simpleContent>
      455         </xs:complexType>
      456     </xs:element>
 
    -+ 468                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.4" />
      469                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      470                 </xs:restriction>
      471             </xs:simpleContent>
      472         </xs:complexType>
      473     </xs:element>
 
    -+ 475     <xs:element name="surgical_margin_resection_status" nillable="true">
      476         <xs:complexType mixed="true">
      477             <xs:simpleContent>
      478                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      479                     <xs:enumeration value="" />
      480                     <xs:enumeration value="RX" />
      481                     <xs:enumeration value="R0" />
      482                     <xs:enumeration value="R1" />
      483                     <xs:enumeration value="R2" />
      484                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2608702" />
      485                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.4" />
      486                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      487                 </xs:restriction>
      488             </xs:simpleContent>
      489         </xs:complexType>
      490     </xs:element>
 
    -+ 492     <xs:element name="american_joint_committee_on_cancer_publication_version_type" nillable="true">
      493         <xs:complexType mixed="true">
      494             <xs:simpleContent>
      495                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      496                     <xs:enumeration value="" />
      497                     <xs:enumeration value="1st" />
      498                     <xs:enumeration value="2nd" />
      499                     <xs:enumeration value="3rd" />
      500                     <xs:enumeration value="4th" />
      501                     <xs:enumeration value="5th" />
      502                     <xs:enumeration value="6th" />
      503                     <xs:enumeration value="7th" />
      504                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2722309" />
      505                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.4" />
      506                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      507                 </xs:restriction>
      508             </xs:simpleContent>
      509         </xs:complexType>
      510     </xs:element>
 
    -+ 512     <xs:element name="american_joint_committee_on_cancer_tumor_stage_code" nillable="true">
      513         <xs:complexType mixed="true">
      514             <xs:simpleContent>
      515                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      516                     <xs:enumeration value="" />
      517                     <xs:enumeration value="TX" />
      518                     <xs:enumeration value="T0" />
      519                     <xs:enumeration value="T1" />
      520                     <xs:enumeration value="T1a" />
      521                     <xs:enumeration value="T1b" />
      522                     <xs:enumeration value="T1c" />
      523                     <xs:enumeration value="T2" />
      524                     <xs:enumeration value="T2a" />
      525                     <xs:enumeration value="T2b" />
      526                     <xs:enumeration value="T3" />
      527                     <xs:enumeration value="T3a" />
      528                     <xs:enumeration value="T3b" />
      529                     <xs:enumeration value="T4" />
      530                     <xs:enumeration value="T4a" />
      531                     <xs:enumeration value="T4b" />
      532                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3045435" />
      533                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.4" />
      534                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      535                 </xs:restriction>
      536             </xs:simpleContent>
      537         </xs:complexType>
      538     </xs:element>
 
    -+ 540     <xs:element name="neoplasm_disease_lymph_node_stage_american_joint_committee_on_cancer_code" nillable="true">
      541         <xs:complexType mixed="true">
      542             <xs:simpleContent>
      543                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      544                     <xs:enumeration value="" />
      545                     <xs:enumeration value="NX" />
      546                     <xs:enumeration value="N0" />
      547                     <xs:enumeration value="N1" />
      548                     <xs:enumeration value="N1a" />
      549                     <xs:enumeration value="N1b" />
      550                     <xs:enumeration value="N1c" />
      551                     <xs:enumeration value="N2" />
      552                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3203106" />
      553                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.4" />
      554                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      555                 </xs:restriction>
      556             </xs:simpleContent>
      557         </xs:complexType>
      558     </xs:element>
 
    -+ 560     <xs:element name="american_joint_committee_on_cancer_metastasis_stage_code" nillable="true">
      561         <xs:complexType mixed="true">
      562             <xs:simpleContent>
      563                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      564                     <xs:enumeration value="" />
      565                     <xs:enumeration value="MX" />
      566                     <xs:enumeration value="M0" />
      567                     <xs:enumeration value="M1" />
      568                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3045439" />
      569                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.4" />
      570                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      571                 </xs:restriction>
      572             </xs:simpleContent>
      573         </xs:complexType>
      574     </xs:element>
 
    -+ 576     <xs:element name="neoplasm_disease_stage_american_joint_committee_on_cancer_code" nillable="true">
      577         <xs:complexType mixed="true">
      578             <xs:simpleContent>
      579                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      580                     <xs:enumeration value="" />
      581                     <xs:enumeration value="Stage I" />
      582                     <xs:enumeration value="Stage II" />
      583                     <xs:enumeration value="Stage III" />
      584                     <xs:enumeration value="Stage IV" />
      585                     <xs:enumeration value="Stage IVA" />
      586                     <xs:enumeration value="Stage IVB" />
      587                     <xs:enumeration value="Stage IVC" />
      588                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3203222" />
 
508     <xs:element name="malignant_neoplasm_metastatic_involvement_site" nillable="true"> <> 634     <xs:element name="metastatic_neoplasm_confirmed_diagnosis_anatomic_site_name" nillable="true">
 
516                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="62835" /> <> 642                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2967298" />
517                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5" />   643                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.4" />
 
524     <xs:element name="other_metastatic_involvement_anatomic_site" nillable="true"> <> 650     <xs:element name="malignant_neoplasm_metastatic_involvement_anatomic_site_text" nillable="true">
 
529                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3135371" /> <> 655                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3178387" />
530                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5" />   656                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.4" />

   
File: TCGA_BCR.THCA_Clinical_FollowUp_v2.0.xsd  
1 <?xml version="1.0" encoding="utf-8" ?> +-    
 
3 <xs:schema elementFormDefault="qualified" version="2.5.0" +-    
4         xmlns:xs="http://www.w3.org/2001/XMLSchema"      
5         xmlns:shared="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5"      
6         xmlns:utility="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5"      
7         xmlns:admin="http://tcga.nci/bcr/xml/administration/2.5"      
8         xmlns:rad="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/radiation/2.5"      
9         xmlns:thca_shared="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/thca/shared/2.5"      
10         xmlns="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/thca/followup/2.5/2.0"      
11         targetNamespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/thca/followup/2.5/2.0"      
12         xmlns:jaxb="http://java.sun.com/xml/ns/jaxb" jaxb:version="1.0" >      
 
14     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5/TCGA_BCR.Utility.xsd" /> +-    
15     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/administration/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/administration/2.5/TCGA_BCR.Administration.xsd" />      
16     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/radiation/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/radiation/2.5/TCGA_BCR.Radiation.xsd" />      
17         <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5/TCGA_BCR.Shared_Clinical_Elements.xsd" />      
18     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/thca/shared/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/thca/shared/2.5/TCGA_BCR.THCA_Clinical_Shared_Datatypes.xsd" />      
19     <xs:annotation>      
20         <xs:appinfo>      
21             <jaxb:globalBindings generateIsSetMethod="true" />      
22             <jaxb:schemaBindings>      
23                 <jaxb:package name="nci.tcga.bcr.xml.jaxb.clinical.thca" />      
24             </jaxb:schemaBindings>      
25         </xs:appinfo>      
26     </xs:annotation>      
27     <xs:annotation>      
28         <xs:documentation xml:lang="en">Schema to define the elements of the TCGA Clinical Data Follow-up Form within the THCA study.</xs:documentation>      
29     </xs:annotation>      
30     <xs:element name="follow_up_v2.0">      
31         <xs:complexType>      
32             <xs:sequence>      
33                 <xs:element ref="shared:bcr_patient_barcode" />      
34                 <xs:element ref="shared:bcr_patient_uuid" />      
 
36                 <xs:element ref="shared:followup_case_report_form_submission_reason" /> +-    
37                 <xs:element ref="shared:radiation_therapy" />      
38                 <xs:element ref="shared:targeted_molecular_therapy" />      
39                 <xs:element ref="thca_shared:i_131_total_administered_preparation_technique" />      
40                 <xs:element ref="thca_shared:i_131_first_administered_dose" />      
41                 <xs:element ref="thca_shared:i_131_subsequent_administered_dose" />      
42                 <xs:element ref="thca_shared:i_131_total_administered_dose" />      
43                 <xs:element ref="thca_shared:radiation_therapy_administered_preparation_technique_text" />      
44                 <xs:element ref="thca_shared:radiation_therapy_administered_dose_text" />      
45                 <xs:element ref="thca_shared:radiosensitizing_agent_administered_indicator" />      
46                 <xs:element ref="thca_shared:post_surgical_procedure_assessment_thyroid_gland_carcinoma_status" />      
47                                 <xs:element ref="shared:vital_status" />      
48                 <xs:choice>      
49                                         <xs:annotation><xs:documentation>      
50                                                 Data for the DATE_of_last_followup elements are also asked on the      
51                                                 TCGA Clinical Data Form during initial enrollment within the THCA study.      
52                                         </xs:documentation></xs:annotation>      
53                     <xs:sequence>      
54                         <xs:element ref="shared:day_of_last_followup" />      
55                         <xs:element ref="shared:month_of_last_followup" />      
56                         <xs:element ref="shared:year_of_last_followup" />      
57                     </xs:sequence>      
58                     <xs:element ref="shared:days_to_last_followup" />      
59                 </xs:choice>      
 
61                                 <xs:choice> +-    
62                                         <xs:annotation><xs:documentation>      
63                                                 Data for the DATE_of_death elements are also asked on the      
64                                                 TCGA Clinical Data Form during initial enrollment within the THCA study.      
65                                         </xs:documentation></xs:annotation>      
66                                         <xs:sequence>      
67                                                 <xs:element ref="shared:day_of_death" />      
68                                                 <xs:element ref="shared:month_of_death" />      
69                                                 <xs:element ref="shared:year_of_death" />      
70                                         </xs:sequence>      
71                                         <xs:element ref="shared:days_to_death" />      
72                                 </xs:choice>      
73                                 <xs:element ref="shared:person_neoplasm_cancer_status" />      
74                                 <xs:element ref="new_tumor" />      
75                 <xs:choice>      
76                     <xs:annotation>      
77                         <xs:documentation>      
78                                                         Date the interviewer originally completed the corresponding TCGA Clinical Data Form.      
79                                                         If modifications are made after the form is marked complete, this date should not change.      
80                                                 </xs:documentation>      
81                     </xs:annotation>      
82                     <xs:sequence>      
83                         <xs:element ref="shared:day_of_form_completion" />      
84                         <xs:element ref="shared:month_of_form_completion" />      
85                         <xs:element ref="shared:year_of_form_completion" />      
86                     </xs:sequence>      
87                     <xs:element ref="shared:days_to_form_completion" />      
88                 </xs:choice>      
89             </xs:sequence>      
90             <xs:attribute name="version" type="xs:string" default="2.0" use="optional"/>      
91         </xs:complexType>      
92     </xs:element>      
 
94         <xs:element name="new_tumor"> +-    
95         <xs:complexType>      
96             <xs:sequence>      
97                 <xs:element ref="shared:new_tumor_event_after_initial_treatment" />      
98                                 <xs:choice>      
99                                         <xs:sequence>      
100                                                 <xs:element ref="shared:day_of_new_tumor_event_after_initial_treatment" />      
101                                                 <xs:element ref="shared:month_of_new_tumor_event_after_initial_treatment" />      
102                                                 <xs:element ref="shared:year_of_new_tumor_event_after_initial_treatment" />      
103                                         </xs:sequence>      
 
105                                         <xs:element ref="shared:days_to_new_tumor_event_after_initial_treatment" /> +-    
106                                 </xs:choice>      
107                 <xs:element ref="thca_shared:new_neoplasm_confirmed_diagnosis_method_name" />      
108                 <xs:element ref="thca_shared:histologic_disease_progression_present_indicator" />      
109                 <xs:element ref="thca_shared:histologic_disease_progression_present_type" />      
110                 <xs:element ref="thca_shared:histologic_disease_progression_present_text" />      
111                 <xs:element ref="shared:new_neoplasm_event_type" />      
112                 <xs:element ref="thca_shared:new_neoplasm_event_occurrence_anatomic_site" />      
113                 <xs:element ref="thca_shared:new_neoplasm_occurrence_anatomic_site_text" />      
114                 <xs:element ref="thca_shared:thyroid_gland_carcinoma_involvement_regional_lymph_node_type" />      
115                 <xs:element ref="thca_shared:thyroid_gland_carcinoma_regional_lymph_node_involvement_anatomic_sites_text" />      
116                 <xs:element ref="thca_shared:therapeutic_procedure_new_neoplasm_required_additional_therapy_type" />      
117                 <xs:element ref="shared:additional_surgery_locoregional_procedure" />      
 
119                                 <xs:element ref="thca_shared:i_131_total_administered_preparation_technique" /> +-    
120                 <xs:element ref="thca_shared:i_131_first_administered_dose" />      
121                 <xs:element ref="thca_shared:i_131_subsequent_administered_dose" />      
122                 <xs:element ref="thca_shared:i_131_total_administered_dose" />      
123                 <xs:element ref="thca_shared:radiation_therapy_administered_preparation_technique_text" />      
124                 <xs:element ref="thca_shared:radiation_therapy_administered_dose_text" />      
125                 <xs:element ref="thca_shared:radiosensitizing_agent_administered_indicator" />      
 
127                 <xs:choice> +-    
128                     <xs:sequence>      
129                         <xs:element ref="shared:day_of_additional_surgery_metastatic_procedure" />      
130                         <xs:element ref="shared:month_of_additional_surgery_metastatic_procedure" />      
131                         <xs:element ref="shared:year_of_additional_surgery_metastatic_procedure" />      
132                     </xs:sequence>      
133                     <xs:element ref="shared:days_to_additional_surgery_metastatic_procedure" />      
134                 </xs:choice>      
 
136                 <xs:element ref="shared:additional_radiation_therapy" /> +-    
137                 <xs:element ref="shared:additional_pharmaceutical_therapy" />      
138             </xs:sequence>      
139         </xs:complexType>      
140     </xs:element>      
 
143 </xs:schema> +-    

   
File: TCGA_BCR.THCA_Clinical_Shared_Datatypes.xsd  
1 <?xml version="1.0" encoding="utf-8" ?> +-    
 
4 <xs:schema elementFormDefault="qualified" version="2.5.0" +-    
5   xmlns:xs="http://www.w3.org/2001/XMLSchema"      
6   xmlns:utility="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5"      
7   xmlns="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/thca/shared/2.5"      
8   targetNamespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/thca/shared/2.5">      
 
10         <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5/TCGA_BCR.Utility.xsd" /> +-    
 
12         <xs:element name="i_131_total_administered_preparation_technique" nillable="true"> +-    
13                 <xs:complexType mixed="true">      
14                         <xs:simpleContent>      
15                                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
16                                         <xs:enumeration value="" />      
17                                         <xs:enumeration value="rhTSH" />      
18                                         <xs:enumeration value="Thyroxine withdrawal" />      
19                                         <xs:enumeration value="Patient did not receive I-131 treatment" />      
20                                         <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3232952" />      
21                                         <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5" />      
22                                         <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />      
23                                 </xs:restriction>      
24                         </xs:simpleContent>      
25                 </xs:complexType>      
26         </xs:element>      
 
28         <xs:element name="i_131_first_administered_dose" nillable="true"> +-    
29         <xs:complexType>      
30             <xs:simpleContent>      
31                 <xs:extension base="xs:string">      
32                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />      
33                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3232898" />      
34                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.4" />      
35                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />      
36                 </xs:extension>      
37             </xs:simpleContent>      
38         </xs:complexType>      
39     </xs:element>      
 
41         <xs:element name="i_131_subsequent_administered_dose" nillable="true"> +-    
42         <xs:complexType>      
43             <xs:simpleContent>      
44                 <xs:extension base="xs:string">      
45                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />      
46                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3232904" />      
47                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.4" />      
48                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />      
49                 </xs:extension>      
50             </xs:simpleContent>      
51         </xs:complexType>      
52     </xs:element>      
 
54         <xs:element name="i_131_total_administered_dose" nillable="true"> +-    
55         <xs:complexType>      
56             <xs:simpleContent>      
57                 <xs:extension base="xs:string">      
58                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />      
59                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3232906" />      
60                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.4" />      
61                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />      
62                 </xs:extension>      
63             </xs:simpleContent>      
64         </xs:complexType>      
65     </xs:element>      
 
67         <xs:element name="radiation_therapy_administered_preparation_technique_text" nillable="true"> +-    
68         <xs:complexType>      
69             <xs:simpleContent>      
70                 <xs:extension base="xs:string">      
71                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />      
72                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3232960" />      
73                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.4" />      
74                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />      
75                 </xs:extension>      
76             </xs:simpleContent>      
77         </xs:complexType>      
78     </xs:element>      
 
80         <xs:element name="radiation_therapy_administered_dose_text" nillable="true"> +-    
81         <xs:complexType>      
82             <xs:simpleContent>      
83                 <xs:extension base="xs:string">      
84                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />      
85                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3232933" />      
86                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.4" />      
87                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />      
88                 </xs:extension>      
89             </xs:simpleContent>      
90         </xs:complexType>      
91     </xs:element>      
 
93     <xs:element name="radiosensitizing_agent_administered_indicator" nillable="true"> +-    
94         <xs:complexType>      
95             <xs:simpleContent>      
96                 <xs:extension base="utility:yes_or_no">      
97                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />      
98                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3232932" />      
99                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.4" />      
100                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />      
101                 </xs:extension>      
102             </xs:simpleContent>      
103         </xs:complexType>      
104     </xs:element>      
 
106     <xs:element name="post_surgical_procedure_assessment_thyroid_gland_carcinoma_status" nillable="true"> +-    
107         <xs:complexType mixed="true">      
108             <xs:simpleContent>      
109                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
110                     <xs:enumeration value="" />      
111                     <xs:enumeration value="No imaging evidence of disease" />      
112                     <xs:enumeration value="Persistent locoregional disease" />      
113                     <xs:enumeration value="Persistent distant metastases" />      
114                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3186684" />      
115                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.4" />      
116                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />      
117                 </xs:restriction>      
118             </xs:simpleContent>      
119         </xs:complexType>      
120     </xs:element>      
 
122     <xs:element name="new_neoplasm_confirmed_diagnosis_method_name" nillable="true"> +-    
123         <xs:complexType mixed="true">      
124             <xs:simpleContent>      
125                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
126                     <xs:enumeration value="" />      
127                     <xs:enumeration value="Imaging" />      
128                     <xs:enumeration value="Pathology" />      
129                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3186701" />      
130                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.4" />      
131                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />      
132                 </xs:restriction>      
133             </xs:simpleContent>      
134         </xs:complexType>      
135     </xs:element>      
 
137     <xs:element name="histologic_disease_progression_present_indicator" nillable="true"> +-    
138         <xs:complexType>      
139             <xs:simpleContent>      
140                 <xs:extension base="utility:yes_or_no">      
141                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />      
142                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3181376" />      
143                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.4" />      
144                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />      
145                 </xs:extension>      
146             </xs:simpleContent>      
147         </xs:complexType>      
148     </xs:element>      
 
150     <xs:element name="histologic_disease_progression_present_type" nillable="true"> +-    
151         <xs:complexType mixed="true">      
152             <xs:simpleContent>      
153                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
154                     <xs:enumeration value="" />      
155                     <xs:enumeration value="Poorly differentiated" />      
156                     <xs:enumeration value="Anaplastic" />      
157                     <xs:enumeration value="Other, specify" />      
158                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3181384" />      
159                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.4" />      
160                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />      
161                 </xs:restriction>      
162             </xs:simpleContent>      
163         </xs:complexType>      
164     </xs:element>      
 
166     <xs:element name="histologic_disease_progression_present_text" nillable="true"> +-    
167         <xs:complexType>      
168             <xs:simpleContent>      
169                 <xs:extension base="xs:string">      
170                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />      
171                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3181387" />      
172                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.4" />      
173                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />      
174                 </xs:extension>      
175             </xs:simpleContent>      
176         </xs:complexType>      
177     </xs:element>      
 
179     <xs:element name="new_neoplasm_event_occurrence_anatomic_site" nillable="true"> +-    
180         <xs:complexType mixed="true">      
181             <xs:simpleContent>      
182                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
183                     <xs:enumeration value="" />      
184                     <xs:enumeration value="Renal Pelvis" />      
185                                         <xs:enumeration value="Soft Tissue" />      
186                     <xs:enumeration value="Ureter" />      
187                     <xs:enumeration value="Lung" />      
188                     <xs:enumeration value="Urethra" />      
189                     <xs:enumeration value="Lymph Node Only" />      
190                     <xs:enumeration value="Other, specify" />      
191                     <xs:enumeration value="Liver" />      
192                     <xs:enumeration value="Bone" />      
193                     <xs:enumeration value="Bladder" />      
194                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3108271" />      
195                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.4" />      
196                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />      
197                 </xs:restriction>      
198             </xs:simpleContent>      
199         </xs:complexType>      
200     </xs:element>      
 
202     <xs:element name="new_neoplasm_occurrence_anatomic_site_text" nillable="true"> +-    
203         <xs:complexType>      
204             <xs:simpleContent>      
205                 <xs:extension base="xs:string">      
206                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />      
207                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3128033" />      
208                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.4" />      
209                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />      
210                 </xs:extension>      
211             </xs:simpleContent>      
212         </xs:complexType>      
213     </xs:element>      
 
215     <xs:element name="thyroid_gland_carcinoma_involvement_regional_lymph_node_type" nillable="true"> +-    
216         <xs:complexType mixed="true">      
217             <xs:simpleContent>      
218                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
219                     <xs:enumeration value="" />      
220                     <xs:enumeration value="Central (levels 6-7)" />      
221                     <xs:enumeration value="Lateral (levels 2-5)" />      
222                     <xs:enumeration value="Other" />      
223                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3186207" />      
224                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.4" />      
225                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />      
226                 </xs:restriction>      
227             </xs:simpleContent>      
228         </xs:complexType>      
229     </xs:element>      
 
231     <xs:element name="thyroid_gland_carcinoma_regional_lymph_node_involvement_anatomic_sites_text" nillable="true"> +-    
232         <xs:complexType>      
233             <xs:simpleContent>      
234                 <xs:extension base="xs:string">      
235                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />      
236                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3185693" />      
237                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.4" />      
238                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />      
239                 </xs:extension>      
240             </xs:simpleContent>      
241         </xs:complexType>      
242     </xs:element>      
 
244     <xs:element name="therapeutic_procedure_new_neoplasm_required_additional_therapy_type" nillable="true"> +-    
245         <xs:complexType mixed="true">      
246             <xs:simpleContent>      
247                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
248                     <xs:enumeration value="" />      
249                     <xs:enumeration value="Surgery (distant metastasis) or Surgery (loco-regional)" />      
250                     <xs:enumeration value="RAI therapy" />      
251                     <xs:enumeration value="EBRT" />      
252                     <xs:enumeration value="Pharmaceutical therapy" />      
253                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3185186" />      
254                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.4" />      
255                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />      
256                 </xs:restriction>      
257             </xs:simpleContent>      
258         </xs:complexType>      
259     </xs:element>      
 
261 </xs:schema> +-    

   
File: TCGA_BCR.UCEC_Clinical.xsd  
4 <xs:schema elementFormDefault="qualified" version="2.5.0" <> 4 <xs:schema elementFormDefault="qualified" version="2.4.4"
 
6   xmlns:utility="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5" <> 6   xmlns:utility="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.4"
7   xmlns:admin="http://tcga.nci/bcr/xml/administration/2.5"   7   xmlns:admin="http://tcga.nci/bcr/xml/administration/2.4"
8   xmlns:shared="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5"   8   xmlns:shared="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.4"
9   xmlns:ucec_shared="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/ucec/shared/2.5"      
10   xmlns:rad="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/radiation/2.5"   9   xmlns:rad="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/radiation/2.4"
11   xmlns:rx="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/pharmaceutical/2.5"   10   xmlns:rx="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/pharmaceutical/2.4"
12   xmlns:cqcf="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/cqcf/2.5"      
13   xmlns:follow_up_v1.7="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/ucec/followup/2.5/1.7"      
14   xmlns:follow_up_v2.0="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/ucec/followup/2.5/2.0"      
15   xmlns="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/ucec/2.5"   11   xmlns="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/ucec/2.4"
16   targetNamespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/ucec/2.5"   12   targetNamespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/ucec/2.4"
 
32     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5/TCGA_BCR.Utility.xsd" /> <> 28     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.4" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/utility/2.4/TCGA_BCR.Utility.xsd" />
33     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/administration/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/administration/2.5/TCGA_BCR.Administration.xsd" />   29     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/administration/2.4" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/administration/2.4/TCGA_BCR.Administration.xsd" />
34     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5/TCGA_BCR.Shared_Clinical_Elements.xsd" />   30     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.4" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.4/TCGA_BCR.Shared_Clinical_Elements.xsd" />
35     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/radiation/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/radiation/2.5/TCGA_BCR.Radiation.xsd" />   31     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/radiation/2.4" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/radiation/2.4/TCGA_BCR.Radiation.xsd" />
36     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/pharmaceutical/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/pharmaceutical/2.5/TCGA_BCR.Pharmaceutical.xsd" />   32     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/pharmaceutical/2.4" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/pharmaceutical/2.4/TCGA_BCR.Pharmaceutical.xsd" />
37     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/cqcf/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/cqcf/2.5/TCGA_BCR.CQCF.xsd" />      
38     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/ucec/shared/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/ucec/shared/2.5/TCGA_BCR.UCEC_Clinical_Shared_Datatypes.xsd" />      
39     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/ucec/followup/2.5/1.7" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/ucec/followup/2.5/TCGA_BCR.UCEC_Clinical_FollowUp_v1.7.xsd" />      
40     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/ucec/followup/2.5/2.0" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/ucec/followup/2.5/TCGA_BCR.UCEC_Clinical_FollowUp_v2.0.xsd" />      
 
49             <xs:attribute name="schemaVersion" type="xs:decimal" use="required" fixed="2.5"/> <> 41             <xs:attribute name="schemaVersion" type="xs:decimal" use="required" fixed="2.4"/>
 
56                 <xs:element ref="shared:tissue_source_site" /> <> 48                 <xs:element ref="shared:tumor_tissue_site" />
57                 <xs:element ref="shared:patient_id" />      
58                                 <xs:element ref="shared:bcr_patient_barcode" />   49                 <xs:element ref="primary_other_site_of_disease_name" />
59                 <xs:element ref="shared:bcr_patient_uuid" />   50                 <xs:element ref="histological_type" />
60                                 <xs:element ref="shared:informed_consent_verified" />    51                 <xs:element ref="shared:prior_diagnosis" />
61                 <xs:element ref="shared:icd_o_3_site" />   52                 <xs:element ref="shared:gender" />
62                 <xs:element ref="shared:icd_o_3_histology" />      
63                 <xs:element ref="shared:icd_10" />   53                 <xs:element ref="shared:vital_status" />
 
65                                 <xs:element ref="tissue_prospective_collection_indicator" /> +-    
66                                 <xs:element ref="tissue_retrospective_collection_indicator" />      
 
75                                 <xs:element ref="shared:gender" /> <> 64        
76                                 <xs:element ref="menopause_status" />      
77                                 <xs:element ref="shared:height" />      
78                 <xs:element ref="shared:weight" />      
79                                 <xs:element ref="shared:race" />      
80                                 <xs:element ref="shared:ethnicity" />      
81                                 <xs:element ref="shared:prior_diagnosis" />      
82                                 <xs:element ref="shared:pretreatment_history" />      
83                                 <xs:element ref="shared:vital_status">      
84                                         <xs:annotation>      
85                         <xs:documentation xml:lang="en">The vital_status question is asked in both the initial enrollment form and the follow-up form(s).</xs:documentation>      
86                     </xs:annotation>      
87                                 </xs:element>      
 
89                                         <xs:annotation> +-    
90                         <xs:documentation xml:lang="en">The date_of_last_followup question is asked in both the initial enrollment form and the follow-up form(s).</xs:documentation>      
91                     </xs:annotation>      
92                     <xs:sequence>      
93                         <xs:element ref="shared:day_of_last_followup" />      
94                         <xs:element ref="shared:month_of_last_followup" />      
95                         <xs:element ref="shared:year_of_last_followup" />      
96                     </xs:sequence>      
97                     <xs:element ref="shared:days_to_last_followup" />      
98                 </xs:choice>      
99                                 <xs:choice>      
100                                         <xs:annotation>      
101                         <xs:documentation xml:lang="en">      
102                                                         The date_of_last_known_alive question is asked in both the initial enrollment form and the follow-up form(s).      
 
104                                                         DEPRECATED: +-    
105                                                         This question is no longer asked on the TCGA Clinical Data initial enrollment form or follow-up Forms (starting with v2.0)      
106                                                         within the UCEC study.      
107                                                 </xs:documentation>      
108                     </xs:annotation>      
 
118                                         <xs:annotation> +-    
119                         <xs:documentation xml:lang="en">The date_of_death question is asked in both the initial enrollment form and the follow-up form(s).</xs:documentation>      
120                     </xs:annotation>      
 
    <> 85                 <xs:choice>
      86                     <xs:sequence>
      87                         <xs:element ref="shared:day_of_last_followup" />
      88                         <xs:element ref="shared:month_of_last_followup" />
128                                 <xs:element ref="shared:person_neoplasm_cancer_status">   89                         <xs:element ref="shared:year_of_last_followup" />
129                                         <xs:annotation>   90                     </xs:sequence>
130                         <xs:documentation xml:lang="en">The person_neoplasm_cancer_status question is asked in both the initial enrollment form and the follow-up form(s).</xs:documentation>   91          
      92                     <xs:element ref="shared:days_to_last_followup" />
131                     </xs:annotation>   93                 </xs:choice>
 
132                                 </xs:element> <> 95                 <xs:element ref="shared:race" />
133                                   96                 <xs:element ref="shared:bcr_patient_barcode" />
134                                 <xs:element ref="shared:tumor_tissue_site" />   97                 <xs:element ref="shared:tissue_source_site" />
135                                 <xs:element ref="primary_other_site_of_disease_name">   98                 <xs:element ref="shared:patient_id" />
136                                         <xs:annotation><xs:documentation>   99                 <xs:element ref="shared:bcr_patient_uuid" />
137                                                 Data for the primary_other_site_of_disease_name element is *only* asked on the   100                 <xs:element ref="shared:pretreatment_history" />
138                                                 TCGA Clinical Data Form during initial enrollment within the UCEC study, *and only* when   101                 <xs:element ref="shared:radiation_therapy" /> 
139                                                 an answer of 'Other (please specify)' is provided for tumor_tissue_site.   102                 <xs:element ref="shared:informed_consent_verified" /> 
140                                         </xs:documentation></xs:annotation>   103                 <xs:element ref="shared:icd_o_3_site" />
141                                 </xs:element>      
142                                 <xs:element ref="histological_type" />   104                 <xs:element ref="shared:icd_o_3_histology" />
      105                 <xs:element ref="shared:icd_10" />
 
    <> 121                 <xs:choice>
      122                     <xs:sequence>
154                                 <xs:element ref="shared:initial_pathologic_diagnosis_method" />   123                         <xs:element ref="shared:day_of_new_tumor_event_after_initial_treatment" /> 
      124                         <xs:element ref="shared:month_of_new_tumor_event_after_initial_treatment" /> 
      125                         <xs:element ref="shared:year_of_new_tumor_event_after_initial_treatment" /> 
      126                     </xs:sequence>
 
155                 <xs:element ref="first_pathologic_diagnosis_biospecimen_acquisition_other_method_text"> <> 128                     <xs:element ref="shared:days_to_new_tumor_event_after_initial_treatment" /
      129                 </xs:choice>
 
    <> 131                 <xs:element ref="gynecologic_figo_staging_system" /> 
156                                         <xs:annotation><xs:documentation xml:lang="en">   132                 <xs:element ref="endometrial_carcinoma_figo_stage" /
      133                 <xs:element ref="tumor_grade" /> 
      134                 <xs:element ref="primary_therapy_outcome_success" /> 
      135                 <xs:element ref="shared:ethnicity" />  
      136                 <xs:element ref="shared:additional_radiation_therapy" /> 
      137                 <xs:element ref="shared:additional_pharmaceutical_therapy" /> 
      138                 <xs:element ref="shared:additional_surgery_locoregional_procedure" /> 
 
    <> 140                 <xs:choice>
      141                     <xs:sequence>       
      142                         <xs:element ref="shared:day_of_additional_surgery_metastatic_procedure" />
157                                                 Data for the first_pathologic_diagnosis_biospecimen_acquisition_other_method_text element is *only* asked on the   143                         <xs:element ref="shared:month_of_additional_surgery_metastatic_procedure" />
158                                                 TCGA Clinical Data Form during initial enrollment within the UCEC study, *and only* when      
159                                                 an answer of 'Other method (please specify)' is provided for first_pathologic_diagnosis_biospecimen_acquisition_method_type.   144                         <xs:element ref="shared:year_of_additional_surgery_metastatic_procedure" />
160                                         </xs:documentation></xs:annotation>      
161                                 </xs:element>   145                     </xs:sequence>
 
    -+ 147                     <xs:element ref="shared:days_to_additional_surgery_metastatic_procedure" /> 
      148                 </xs:choice>       
 
162                                 <xs:element ref="surgical_approach" /> <> 150                 <xs:element ref="shared:person_neoplasm_cancer_status" /> 
      151                 <xs:element ref="shared:height" /> 
163                                 <xs:element ref="peritoneal_wash" />   152                 <xs:element ref="shared:weight" /> 
      153                 <xs:element ref="first_pathologic_diagnosis_biospecimen_acquisition_method_type" /> 
      154                 <xs:element ref="first_pathologic_diagnosis_biospecimen_acquisition_other_method_text" />
 
    <> 156                 <xs:element ref="peritoneal_wash" /> 
165                                 <xs:element ref="gynecologic_figo_staging_system">   157                 <xs:element ref="prosp_tissue_coll" /
166                                         <xs:annotation><xs:documentation xml:lang="en">      
167                                                 Data for the gynecologic_figo_staging_system element is only asked on the      
168                                                 *version 2.08* and later of the TCGA Clinical Data Form during initial enrollment      
169                                                 within the UCEC study.      
170                                         </xs:documentation></xs:annotation>      
171                                 </xs:element>      
172                                 <xs:element ref="gynecologic_tumor_grouping_figo_stage" />   158                 <xs:element ref="retro_tissue_coll" /> 
173                 <xs:element ref="tumor_grade" />   159                 <xs:element ref="surgical_approach" /> 
174                 <xs:element ref="shared:residual_tumor" />   160                 <xs:element ref="menopause_status" /> 
175                                 <xs:element ref="total_pelv_lnr" />   161                 <xs:element ref="aln_pos_ihc" /> 
176                                 <xs:element ref="pln_pos_light_micro" />   162                 <xs:element ref="aln_pos_light_micro" /> 
 
    <> 164                 <xs:element ref="pln_pos_light_micro" /> 
178                                 <xs:element ref="total_pelv_lnp" />   165                 <xs:element ref="total_aor-lnp" /> 
 
    <> 167                 <xs:element ref="total_pelv_lnp" /> 
180                                 <xs:element ref="aln_pos_light_micro" />   168                 <xs:element ref="total_pelv_lnr" /> 
      169                 <xs:element ref="diabetes" /> 
      170                 <xs:element ref="horm_ther" /> 
      171                 <xs:element ref="hypertension" /> 
181                                 <xs:element ref="aln_pos_ihc" />   172                 <xs:element ref="pregnancies" /> 
182                                 <xs:element ref="total_aor-lnp" />   173                 <xs:element ref="colorectal_cancer" /> 
      174                 <xs:element ref="addl_trtmt_success" /> 
      175                 <xs:element ref="adjuvant_postoperative_targeted_therapy_administered_indicator" /> 
      176                 <xs:element ref="birth_control_pill_history_usage_category" />
      177                 <xs:element ref="prior_tamoxifen_administered_usage_category" />
      178                 <xs:element ref="followup_met_assessment_outcome_success_margin_status" />
      179                 <xs:element ref="recurrence_second_surgery_neoplasm_surgical_procedure_name" />
      180                 <xs:element ref="recurrence_second_surgery_neoplasm_surgical_procedure_name_other" />
 
184                                         <xs:annotation> +-    
185                                                 <xs:documentation xml:lang="en">      
186                                                         Date the interviewer originally completed the corresponding TCGA Clinical Data Form.      
187                                                         If modifications are made after the form is marked complete, this date should not change.      
188                                                 </xs:documentation>      
189                                         </xs:annotation>      
 
198                                 <xs:element ref="follow_ups" /> +-    
 
201                 <xs:element ref="clinical_cqcf" /> +-    
 
206         <xs:element name="follow_ups"> +-    
207                 <xs:annotation>      
208                         <xs:documentation xml:lang="en">We are using namespaces and version numbers to distinguish one version of followup from another.</xs:documentation>      
209                 </xs:annotation>      
210                 <xs:complexType>      
211                   <xs:sequence>      
212                         <xs:element ref="follow_up_v1.7:follow_up_v1.7" minOccurs="0" maxOccurs="unbounded" />      
213                         <xs:element ref="follow_up_v2.0:follow_up_v2.0" minOccurs="0" maxOccurs="unbounded" />      
214                   </xs:sequence>      
215                 </xs:complexType>      
216         </xs:element>      
 
218         <xs:element name="clinical_cqcf"> +-    
219         <xs:complexType>      
220             <xs:sequence>      
221                 <xs:element ref="shared:anatomic_organ_subdivision"/>      
222                 <xs:element ref="cqcf:consent_or_death_status"/>      
 
224                 <xs:choice> +-    
225                     <xs:choice>      
226                         <xs:sequence>      
227                             <xs:element ref="cqcf:day_of_consent"/>      
228                             <xs:element ref="cqcf:month_of_consent"/>      
229                             <xs:element ref="cqcf:year_of_consent"/>      
230                         </xs:sequence>      
 
232                         <xs:element ref="cqcf:days_to_consent"/> +-    
233                     </xs:choice>      
 
235                     <xs:choice> +-    
236                         <xs:sequence>      
237                             <xs:element ref="shared:day_of_death"/>      
238                             <xs:element ref="shared:month_of_death"/>      
239                             <xs:element ref="shared:year_of_death"/>      
240                         </xs:sequence>      
 
242                         <xs:element ref="shared:days_to_death"/> +-    
243                     </xs:choice>      
244                 </xs:choice>      
 
246                 <xs:element ref="cqcf:diagnosis_subtype"/> +-    
247                 <xs:element ref="shared:prior_diagnosis"/>      
248                 <xs:element ref="cqcf:history_of_neoadjuvant_treatment"/>      
249                 <xs:element ref="cqcf:normal_tissue_anatomic_site"/>      
250                 <xs:element ref="cqcf:normal_tissue_proximity"/>      
251                 <xs:element ref="cqcf:tumor_focality"/>      
252                 <xs:element ref="cqcf:tumor_type"/>      
253                                 <xs:element ref="cqcf:other_diagnosis"/>      
254                 <xs:element ref="cqcf:histological_subtype" minOccurs="0"/>      
255                 <xs:element ref="cqcf:other_anatomic_site" minOccurs="0"/>      
256                 <xs:element ref="cqcf:country"/>      
257             </xs:sequence>      
258         </xs:complexType>      
259     </xs:element>      
 
315     <xs:element name="gynecologic_tumor_grouping_figo_stage" nillable="true"> <> 252     <xs:element name="endometrial_carcinoma_figo_stage" nillable="true">
 
    -+ 304     <xs:element name="primary_therapy_outcome_success" nillable="true">
      305         <xs:complexType>
      306             <xs:simpleContent>
      307                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      308                     <xs:enumeration value="" />
      309                     <xs:enumeration value="Unknown" />
      310                     <xs:enumeration value="Not Applicable" />
      311                     <xs:enumeration value="Persistent Disease" />
      312                     <xs:enumeration value="Progressive Disease" />
      313                     <xs:enumeration value="Stable Disease" />
      314                     <xs:enumeration value="Partial Response" />
      315                     <xs:enumeration value="Complete Response" />       
      316                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2786727" />
      317                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.4" />
      318                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      319                 </xs:restriction>
      320             </xs:simpleContent>
      321         </xs:complexType>
      322     </xs:element>
 
    -+ 324     <xs:element name="first_pathologic_diagnosis_biospecimen_acquisition_method_type" nillable="true">
      325         <xs:complexType mixed="true">
      326             <xs:simpleContent>
      327                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      328                     <xs:enumeration value="" />
      329                     <xs:enumeration value="Other method specify:" />
      330                     <xs:enumeration value="Aspirate" />
      331                     <xs:enumeration value="Core needle biopsy" />
      332                     <xs:enumeration value="Cytology (e.g. Peritoneal or pleural fluid)" />
      333                     <xs:enumeration value="Dilation and curettage procedure" />
      334                     <xs:enumeration value="Endoscopic Biopsy" />         
      335                     <xs:enumeration value="Excisional Biopsy" />
      336                     <xs:enumeration value="Fine needle aspiration biopsy" />
      337                     <xs:enumeration value="Incisional Biopsy" />
      338                     <xs:enumeration value="Office Endometrial Biopsy" />
      339                     <xs:enumeration value="Tumor resection" />
      340                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2757941" />
      341                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />
      342                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      343                 </xs:restriction>
      344             </xs:simpleContent>
      345         </xs:complexType>
      346     </xs:element>
 
370                 <xs:extension base="utility:number_or_null"> <> 351                 <xs:extension base="xs:decimal">
 
398     <xs:element name="tissue_prospective_collection_indicator" nillable="true"> <> 379     <xs:element name="prosp_tissue_coll" nillable="true">
 
411     <xs:element name="tissue_retrospective_collection_indicator" nillable="true"> <> 392     <xs:element name="retro_tissue_coll" nillable="true">
 
459                 <xs:extension base="utility:integer_or_null"> <> 440                 <xs:extension base="xs:integer">
 
472                 <xs:extension base="utility:integer_or_null"> <> 453                 <xs:extension base="xs:integer">
 
485                 <xs:extension base="utility:integer_or_null"> <> 466                 <xs:extension base="xs:integer">
 
498                 <xs:extension base="utility:integer_or_null"> <> 479                 <xs:extension base="xs:integer">
 
511                 <xs:extension base="utility:integer_or_null"> <> 492                 <xs:extension base="xs:integer">
 
524                 <xs:extension base="utility:integer_or_null"> <> 505                 <xs:extension base="xs:integer">
 
537                 <xs:extension base="utility:integer_or_null"> <> 518                 <xs:extension base="xs:integer">
 
550                 <xs:extension base="utility:integer_or_null"> <> 531                 <xs:extension base="xs:integer">
 
    -+ 554     <xs:simpleType name="number_or_not_available">
      555         <xs:union memberTypes="xs:decimal">
      556             <xs:simpleType>
      557                 <xs:restriction base="xs:decimal" />
      558             </xs:simpleType>
 
    -+ 560             <xs:simpleType>
      561                 <xs:restriction base="xs:string">
      562                     <xs:enumeration value="Not available"/>
      563                 </xs:restriction>
      564             </xs:simpleType>
      565         </xs:union>
      566     </xs:simpleType>
 
    -+ 568     <xs:element name="diabetes" nillable="true">
      569         <xs:complexType>
      570             <xs:simpleContent>
      571                 <xs:extension base="utility:yes_or_no">
      572                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      573                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2716085" />
      574                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.4" />
      575                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      576                 </xs:extension>
      577             </xs:simpleContent>
      578         </xs:complexType>
      579     </xs:element>
 
    -+ 581     <xs:element name="horm_ther" nillable="true">
      582         <xs:complexType mixed="true">
      583             <xs:simpleContent>
      584                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      585                     <xs:enumeration value="" />
      586                     <xs:enumeration value="Yes, I am currently taking menopausal hormone therapy." />
      587                     <xs:enumeration value="Yes, I have taken menopausal hormone therapy in the past, but no longer do." />
      588                     <xs:enumeration value="No, I have never taken menopausal hormone therapy." />
      589                     <xs:enumeration value="48 months" />
      590                     <xs:enumeration value="60 months" />
      591                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3012813" />
      592                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.4" />
      593                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      594                 </xs:restriction>
      595             </xs:simpleContent>
      596         </xs:complexType>
      597     </xs:element>
 
    -+ 599     <xs:element name="hypertension" nillable="true">
      600         <xs:complexType>
      601             <xs:simpleContent>
      602                 <xs:extension base="utility:yes_or_no">
      603                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      604                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2183378" />
      605                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.4" />
      606                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      607                 </xs:extension>
      608             </xs:simpleContent>
      609         </xs:complexType>
      610     </xs:element>
 
    -+ 612     <xs:element name="pregnancies" nillable="true">
      613         <xs:complexType mixed="true">
      614             <xs:simpleContent>
      615                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      616                     <xs:enumeration value="" />
      617                     <xs:enumeration value="1" />
      618                     <xs:enumeration value="2" />
      619                     <xs:enumeration value="3" />
      620                     <xs:enumeration value="4+" />
      621                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3012512" />
      622                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.4" />
      623                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      624                 </xs:restriction>
      625             </xs:simpleContent>
      626         </xs:complexType>
      627     </xs:element>
 
    -+ 629     <xs:element name="colorectal_cancer" nillable="true">
      630         <xs:complexType>
      631             <xs:simpleContent>
      632                 <xs:extension base="utility:yes_or_no">
      633                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      634                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2684753" />
      635                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.4" />
      636                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      637                 </xs:extension>
      638             </xs:simpleContent>
      639         </xs:complexType>
      640     </xs:element>
 
    -+ 642     <xs:element name="addl_trtmt_success" nillable="true">
      643         <xs:complexType mixed="true">
      644             <xs:simpleContent>
      645                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      646                     <xs:enumeration value="" />
      647                     <xs:enumeration value="Progressive Disease" />
      648                     <xs:enumeration value="Stable Disease" />
      649                     <xs:enumeration value="Partial Response" />
      650                     <xs:enumeration value="Complete Response" />
      651                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3033278" />
      652                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />
      653                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      654                 </xs:restriction>
      655             </xs:simpleContent>
      656         </xs:complexType>
      657     </xs:element>
 
    -+ 659     <xs:element name="adjuvant_postoperative_targeted_therapy_administered_indicator" nillable="true">
      660         <xs:complexType>
      661             <xs:simpleContent>
      662                 <xs:extension base="utility:yes_or_no">
      663                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      664                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2785850" />
      665                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />
      666                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />
      667                 </xs:extension>
      668             </xs:simpleContent>
      669         </xs:complexType>
      670     </xs:element>
 
    -+ 672     <xs:element name="birth_control_pill_history_usage_category" nillable="true">
      673         <xs:complexType mixed="true">
      674             <xs:simpleContent>
      675                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      676                     <xs:enumeration value="" />
      677                     <xs:enumeration value="Current User" />
      678                     <xs:enumeration value="Former User" />
      679                     <xs:enumeration value="Never Used" />
      680                     <xs:enumeration value="Unknown" />
      681                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3104217" />
      682                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.4" />
      683                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      684                 </xs:restriction>
      685             </xs:simpleContent>
      686         </xs:complexType>
      687     </xs:element>
 
    -+ 689     <xs:element name="prior_tamoxifen_administered_usage_category" nillable="true">
      690         <xs:complexType mixed="true">
      691             <xs:simpleContent>
      692                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      693                     <xs:enumeration value="" />
      694                     <xs:enumeration value="Current User (This is an exclusion criterion)" />
      695                     <xs:enumeration value="Former User (This is an exclusion criterion)" />
      696                     <xs:enumeration value="Never Used" />
      697                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3104234" />
      698                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.4" />
      699                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      700                 </xs:restriction>
      701             </xs:simpleContent>
      702         </xs:complexType>
      703     </xs:element>
 
    -+ 705     <xs:element name="followup_met_assessment_outcome_success_margin_status" nillable="true">
      706         <xs:complexType mixed="true">
      707             <xs:simpleContent>
      708                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      709                     <xs:enumeration value="" />
      710                     <xs:enumeration value="R0" />
      711                     <xs:enumeration value="R1" />
      712                     <xs:enumeration value="R2" />
      713                     <xs:enumeration value="RX" />
      714                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2608702" />
      715                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.4" />
      716                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      717                 </xs:restriction>
      718             </xs:simpleContent>
      719         </xs:complexType>
      720     </xs:element>
 
    -+ 722     <xs:element name="recurrence_second_surgery_neoplasm_surgical_procedure_name" nillable="true">
      723         <xs:complexType mixed="true">
      724             <xs:simpleContent>
      725                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">
      726                     <xs:enumeration value="" />
      727                     <xs:enumeration value="Excisional Biopsy" />
      728                     <xs:enumeration value="Incisional Biopsy" />
      729                     <xs:enumeration value="Surgical Resection" />
      730                     <xs:enumeration value="Other Method, Specify Below" />
      731                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3125097" />
      732                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />
      733                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      734                 </xs:restriction>
      735             </xs:simpleContent>
      736         </xs:complexType>
      737     </xs:element>
 
    -+ 739     <xs:element name="recurrence_second_surgery_neoplasm_surgical_procedure_name_other" nillable="true">
      740         <xs:complexType>
      741             <xs:simpleContent>
      742                 <xs:extension base="xs:string">
      743                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />
      744                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3125102" />
      745                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />
      746                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />
      747                 </xs:extension>
      748             </xs:simpleContent>
      749         </xs:complexType>
      750     </xs:element>
 
    -+ 752     <xs:simpleType name="yes_or_no_unknown">
      753         <xs:restriction base="xs:string">
      754             <xs:enumeration value="YES" />
      755             <xs:enumeration value="NO" />
      756             <xs:enumeration value="" />
      757         </xs:restriction>
      758     </xs:simpleType>

   
File: TCGA_BCR.UCEC_Clinical_FollowUp_v1.7.xsd  
1 <?xml version="1.0" encoding="utf-8" ?> +-    
 
3 <xs:schema elementFormDefault="qualified" version="2.5.0" +-    
4         xmlns:xs="http://www.w3.org/2001/XMLSchema"      
5         xmlns:shared="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5"      
6         xmlns:utility="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5"      
7         xmlns:admin="http://tcga.nci/bcr/xml/administration/2.5"      
8         xmlns:ucec_shared="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/ucec/shared/2.5"      
9         xmlns="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/ucec/followup/2.5/1.7"      
10         targetNamespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/ucec/followup/2.5/1.7"      
11         xmlns:jaxb="http://java.sun.com/xml/ns/jaxb" jaxb:version="1.0" >      
 
13     <xs:import schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5/TCGA_BCR.Utility.xsd" namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5" /> +-    
14     <xs:import schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/administration/2.5/TCGA_BCR.Administration.xsd" namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/administration/2.5" />      
15     <xs:import schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5/TCGA_BCR.Shared_Clinical_Elements.xsd" namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5" />      
16     <xs:import schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/ucec/shared/2.5/TCGA_BCR.UCEC_Clinical_Shared_Datatypes.xsd" namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/ucec/shared/2.5" />      
17     <xs:annotation>      
18         <xs:appinfo>      
19             <jaxb:globalBindings generateIsSetMethod="true" />      
20             <jaxb:schemaBindings>      
21                 <jaxb:package name="nci.tcga.bcr.xml.jaxb.clinical.ucec" />      
22             </jaxb:schemaBindings>      
23         </xs:appinfo>      
24     </xs:annotation>      
25     <xs:annotation>      
26         <xs:documentation xml:lang="en">Schema to define the elements of the TCGA Clinical Data Follow-up Form within the UCEC study.</xs:documentation>      
27     </xs:annotation>      
28     <xs:element name="follow_up_v1.7">      
29         <xs:complexType>      
30             <xs:sequence>      
31                 <xs:element ref="shared:bcr_patient_barcode" />      
32                 <xs:element ref="shared:bcr_patient_uuid" />      
 
34                                 <xs:element ref="ucec_shared:horm_ther" /> +-    
35                                 <xs:element ref="ucec_shared:birth_control_pill_history_usage_category" />      
36                                 <xs:element ref="ucec_shared:prior_tamoxifen_administered_usage_category" />      
37                                 <xs:element ref="ucec_shared:hypertension" />      
38                                 <xs:element ref="ucec_shared:diabetes" />      
39                                 <xs:element ref="ucec_shared:pregnancies" />      
40                                 <xs:element ref="ucec_shared:colorectal_cancer" />      
41                                 <xs:element ref="shared:radiation_therapy" />      
42                                 <xs:element ref="shared:targeted_molecular_therapy" />      
43                                 <xs:element ref="ucec_shared:primary_therapy_outcome_success" />      
44                                 <xs:element ref="shared:vital_status">      
45                                         <xs:annotation>      
46                         <xs:documentation xml:lang="en">      
47                                                 Data for the vital_status element is also asked on the      
48                                                 TCGA Clinical Data Form during initial enrollment within the UCEC study.      
49                                                 </xs:documentation>      
50                     </xs:annotation>      
51                                 </xs:element>      
52                                 <xs:element ref="shared:person_neoplasm_cancer_status">      
53                                         <xs:annotation>      
54                         <xs:documentation xml:lang="en">      
55                                                 Data for the person_neoplasm_cancer_status element is also asked on the      
56                                                 TCGA Clinical Data Form during initial enrollment within the UCEC study.      
57                                                 </xs:documentation>      
58                     </xs:annotation>      
59                                 </xs:element>      
60                                 <xs:choice>      
61                     <xs:annotation>      
62                         <xs:documentation xml:lang="en">      
63                                                 Data for the DATE_of_last_followup elements are also asked on the      
64                                                 TCGA Clinical Data Form during initial enrollment within the UCEC study.      
65                                                 </xs:documentation>      
66                     </xs:annotation>      
67                     <xs:sequence>      
68                         <xs:element ref="shared:day_of_last_followup" />      
69                         <xs:element ref="shared:month_of_last_followup" />      
70                         <xs:element ref="shared:year_of_last_followup" />      
71                     </xs:sequence>      
72                     <xs:element ref="shared:days_to_last_followup" />      
73                 </xs:choice>      
74                                 <xs:choice>      
75                     <xs:annotation>      
76                         <xs:documentation xml:lang="en">      
77                                                 Data for the DATE_of_last_known_alive element is also asked on the      
78                                                 TCGA Clinical Data Form during initial enrollment within the UCEC study.      
 
80                                                 DEPRECATED: +-    
81                                                         This question is no longer asked on the TCGA Clinical Data Follow-up Form (starting with v2.0)      
82                                                         within the UCEC study.      
83                                         </xs:documentation>      
84                     </xs:annotation>      
85                     <xs:sequence>      
86                         <xs:element ref="shared:day_of_last_known_alive" />      
87                         <xs:element ref="shared:month_of_last_known_alive" />      
88                         <xs:element ref="shared:year_of_last_known_alive" />      
89                     </xs:sequence>      
90                     <xs:element ref="shared:days_to_last_known_alive" />      
91                 </xs:choice>      
92                                 <xs:choice>      
93                     <xs:annotation>      
94                         <xs:documentation xml:lang="en">      
95                                                 Data for the DATE_of_death elements are also asked on the      
96                                                 TCGA Clinical Data Form during initial enrollment within the BRCA study.      
97                                         </xs:documentation>      
98                     </xs:annotation>      
99                     <xs:sequence>      
100                         <xs:element ref="shared:day_of_death" />      
101                         <xs:element ref="shared:month_of_death" />      
102                         <xs:element ref="shared:year_of_death" />      
103                     </xs:sequence>      
104                     <xs:element ref="shared:days_to_death" />      
105                 </xs:choice>      
106                                 <xs:choice>      
107                     <xs:sequence>      
108                         <xs:element ref="shared:day_of_new_tumor_event_after_initial_treatment" />      
109                         <xs:element ref="shared:month_of_new_tumor_event_after_initial_treatment" />      
110                         <xs:element ref="shared:year_of_new_tumor_event_after_initial_treatment" />      
111                     </xs:sequence>      
112                     <xs:element ref="shared:days_to_new_tumor_event_after_initial_treatment" />       
113                 </xs:choice>      
 
115                                 <xs:element ref="shared:additional_surgery_locoregional_procedure" /> +-    
 
117                                 <xs:choice> +-    
118                     <xs:sequence>             
119                         <xs:element ref="shared:day_of_additional_surgery_metastatic_procedure" />      
120                         <xs:element ref="shared:month_of_additional_surgery_metastatic_procedure" />      
121                         <xs:element ref="shared:year_of_additional_surgery_metastatic_procedure" />      
122                     </xs:sequence>      
123                     <xs:element ref="shared:days_to_additional_surgery_metastatic_procedure" />       
124                 </xs:choice>       
125                                 <xs:element ref="ucec_shared:recurrence_second_surgery_neoplasm_surgical_procedure_name" />      
126                 <xs:element ref="ucec_shared:recurrence_second_surgery_neoplasm_surgical_procedure_name_other">      
127                                         <xs:annotation><xs:documentation>      
128                                                 Data for the recurrence_second_surgery_neoplasm_surgical_procedure_name_other element is *only* asked on the      
129                                                 TCGA Clinical Data Follow-up Form within the UCEC study, *and only* when      
130                                                 an answer of 'Other (please specify)' is provided for recurrence_second_surgery_neoplasm_surgical_procedure_name.      
131                                         </xs:documentation></xs:annotation>      
132                                 </xs:element>      
133                                 <xs:element ref="shared:followup_met_assessment_outcome_success_margin_status" />      
134                                 <xs:element ref="shared:additional_radiation_therapy" />      
135                                 <xs:element ref="shared:additional_pharmaceutical_therapy" />      
136                                 <xs:element ref="ucec_shared:additional_treatment_completion_success_outcome" />      
 
138                 <xs:choice> +-    
139                     <xs:annotation>      
140                         <xs:documentation>      
141                                                         Date the interviewer originally completed the corresponding TCGA Clinical Data Form.      
142                                                         If modifications are made after the form is marked complete, this date should not change.      
143                                                 </xs:documentation>      
144                     </xs:annotation>      
145                     <xs:sequence>      
146                         <xs:element ref="shared:day_of_form_completion" />      
147                         <xs:element ref="shared:month_of_form_completion" />      
148                         <xs:element ref="shared:year_of_form_completion" />      
149                     </xs:sequence>      
150                     <xs:element ref="shared:days_to_form_completion" />      
151                 </xs:choice>      
152             </xs:sequence>      
153             <xs:attribute name="version" type="xs:string" default="1.7" use="optional"/>      
154         </xs:complexType>      
155     </xs:element>      
156 </xs:schema>      

   
File: TCGA_BCR.UCEC_Clinical_FollowUp_v2.0.xsd  
1 <?xml version="1.0" encoding="utf-8" ?> +-    
2 <xs:schema elementFormDefault="qualified" version="2.5.0"      
3         xmlns:xs="http://www.w3.org/2001/XMLSchema"      
4         xmlns:utility="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5"      
5         xmlns:admin="http://tcga.nci/bcr/xml/administration/2.5"      
6         xmlns:shared="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5"      
7         xmlns:ucec_shared="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/ucec/shared/2.5"       
8         xmlns="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/ucec/followup/2.5/2.0"      
9         targetNamespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/ucec/followup/2.5/2.0"      
10         xmlns:jaxb="http://java.sun.com/xml/ns/jaxb" jaxb:version="1.0">      
 
12         <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5/TCGA_BCR.Utility.xsd" /> +-    
13     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/administration/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/administration/2.5/TCGA_BCR.Administration.xsd" />      
14     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/shared/2.5/TCGA_BCR.Shared_Clinical_Elements.xsd" />      
15     <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/ucec/shared/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/clinical/ucec/shared/2.5/TCGA_BCR.UCEC_Clinical_Shared_Datatypes.xsd" />      
 
17         <xs:annotation> +-    
18         <xs:appinfo>      
19             <jaxb:globalBindings generateIsSetMethod="true"/>      
20             <jaxb:schemaBindings>      
21                 <jaxb:package name="nci.tcga.bcr.xml.jaxb.clinical.ucec"/>      
22             </jaxb:schemaBindings>      
23         </xs:appinfo>      
24     </xs:annotation>      
 
26     <xs:annotation> +-    
27         <xs:documentation xml:lang="en">Schema to define the elements of the TCGA clinical data follow-up form within the UCEC study.</xs:documentation>      
28     </xs:annotation>      
 
30         <xs:element name="follow_up_v2.0"> +-    
31                 <xs:complexType>      
32             <xs:sequence>      
33                 <xs:element ref="shared:bcr_patient_barcode" />      
34                 <xs:element ref="shared:bcr_patient_uuid" />      
 
37                                 <xs:element ref="shared:followup_case_report_form_submission_reason"> +-    
38                                         <xs:annotation>      
39                         <xs:documentation xml:lang="en">      
40                                                 NEW question that was added on the TCGA Clinical Data Follow-up (starting with v2.0) Form within the UCEC study.      
41                                                 </xs:documentation>      
42                     </xs:annotation>      
43                                 </xs:element>      
44                                 <xs:element ref="shared:radiation_therapy" />      
45                                 <xs:element ref="shared:targeted_molecular_therapy" />      
46                                 <xs:element ref="ucec_shared:horm_ther" />      
47                                 <xs:element ref="ucec_shared:birth_control_pill_history_usage_category" />      
48                                 <xs:element ref="ucec_shared:prior_tamoxifen_administered_usage_category" />      
49                                 <xs:element ref="ucec_shared:hypertension" />      
50                                 <xs:element ref="ucec_shared:diabetes" />      
51                                 <xs:element ref="ucec_shared:pregnancies" />      
52                                 <xs:element ref="ucec_shared:colorectal_cancer" />      
53                                 <xs:element ref="shared:vital_status">      
54                                         <xs:annotation>      
55                         <xs:documentation xml:lang="en">      
56                                                 Data for the vital_status element is also asked on the      
57                                                 TCGA Clinical Data Form during initial enrollment within the UCEC study.      
58                                                 </xs:documentation>      
59                     </xs:annotation>      
60                                 </xs:element>      
61                                 <xs:choice>      
62                     <xs:annotation>      
63                         <xs:documentation xml:lang="en">      
64                                                 Data for the DATE_of_last_followup elements are also asked on the      
65                                                 TCGA Clinical Data Form during initial enrollment within the UCEC study.      
66                                                 </xs:documentation>      
67                     </xs:annotation>      
68                     <xs:sequence>      
69                         <xs:element ref="shared:day_of_last_followup" />      
70                         <xs:element ref="shared:month_of_last_followup" />      
71                         <xs:element ref="shared:year_of_last_followup" />      
72                     </xs:sequence>      
73                     <xs:element ref="shared:days_to_last_followup" />      
74                 </xs:choice>      
75                                 <xs:choice>      
76                     <xs:annotation>      
77                         <xs:documentation xml:lang="en">      
78                                                 Data for the DATE_of_death elements are also asked on the      
79                                                 TCGA Clinical Data Form during initial enrollment within the BRCA study.      
80                                         </xs:documentation>      
81                     </xs:annotation>      
82                     <xs:sequence>      
83                         <xs:element ref="shared:day_of_death" />      
84                         <xs:element ref="shared:month_of_death" />      
85                         <xs:element ref="shared:year_of_death" />      
86                     </xs:sequence>      
87                     <xs:element ref="shared:days_to_death" />      
88                 </xs:choice>      
89                                 <xs:element ref="shared:person_neoplasm_cancer_status">      
90                                         <xs:annotation>      
91                         <xs:documentation xml:lang="en">      
92                                                 Data for the person_neoplasm_cancer_status element is also asked on the      
93                                                 TCGA Clinical Data Form during initial enrollment within the UCEC study.      
94                                                 </xs:documentation>      
95                     </xs:annotation>      
96                                 </xs:element>      
97                                 <xs:element ref="ucec_shared:primary_therapy_outcome_success" />      
98                                 <xs:element ref="ucec_shared:additional_treatment_completion_success_outcome" />      
 
100                                 <xs:element ref="shared:new_tumor_event_after_initial_treatment"> +-    
101                                         <xs:annotation>      
102                         <xs:documentation xml:lang="en">      
103                                                 NEW question that was added on the TCGA Clinical Data Follow-up (starting with v2.0) Form within the UCEC study.      
104                                                 </xs:documentation>      
105                     </xs:annotation>      
106                                 </xs:element>      
107                                 <xs:choice>      
108                     <xs:sequence>      
109                         <xs:element ref="shared:day_of_new_tumor_event_after_initial_treatment" />      
110                         <xs:element ref="shared:month_of_new_tumor_event_after_initial_treatment" />      
111                         <xs:element ref="shared:year_of_new_tumor_event_after_initial_treatment" />      
112                     </xs:sequence>      
113                     <xs:element ref="shared:days_to_new_tumor_event_after_initial_treatment" />       
114                 </xs:choice>      
 
116                                 <xs:element ref="ucec_shared:new_neoplasm_event_occurrence_anatomic_site"> +-    
117                                         <xs:annotation>      
118                         <xs:documentation xml:lang="en">      
119                                                 NEW question that was added on the TCGA Clinical Data Follow-up (starting with v2.0) Form within the UCEC study.      
120                                                 </xs:documentation>      
121                     </xs:annotation>      
122                                 </xs:element>      
123                                 <xs:element ref="ucec_shared:new_neoplasm_occurrence_anatomic_site_text">      
124                                         <xs:annotation>      
125                         <xs:documentation xml:lang="en">      
126                                                 NEW question that was added on the TCGA Clinical Data Follow-up (starting with v2.0) Form within the UCEC study.      
 
128                                                 Data for the new_neoplasm_occurrence_anatomic_site_text element is *only* asked on the +-    
129                                                 TCGA Clinical Data Follow-up (starting with v2.0) Form within the UCEC study, *and only* when      
130                                                 an answer of 'Other (please specify)' is provided for new_neoplasm_event_occurrence_anatomic_site.      
131                                                 </xs:documentation>      
132                     </xs:annotation>      
133                                 </xs:element>      
134                                 <xs:element ref="shared:new_neoplasm_event_type">      
135                                         <xs:annotation>      
136                         <xs:documentation xml:lang="en">      
137                                                 NEW question that was added on the TCGA Clinical Data Follow-up (starting with v2.0) Form within the UCEC study.      
138                                                 </xs:documentation>      
139                     </xs:annotation>      
140                                 </xs:element>      
141                                 <xs:element ref="shared:additional_surgery_locoregional_procedure" />      
142                                 <xs:choice>      
143                     <xs:sequence>             
144                         <xs:element ref="shared:day_of_additional_surgery_metastatic_procedure" />      
145                         <xs:element ref="shared:month_of_additional_surgery_metastatic_procedure" />      
146                         <xs:element ref="shared:year_of_additional_surgery_metastatic_procedure" />      
147                     </xs:sequence>      
148                     <xs:element ref="shared:days_to_additional_surgery_metastatic_procedure" />       
149                 </xs:choice>      
150                                 <xs:element ref="ucec_shared:recurrence_second_surgery_neoplasm_surgical_procedure_name" />      
151                 <xs:element ref="ucec_shared:recurrence_second_surgery_neoplasm_surgical_procedure_name_other">      
152                                         <xs:annotation><xs:documentation>      
153                                                 Data for the recurrence_second_surgery_neoplasm_surgical_procedure_name_other element is *only* asked on the      
154                                                 TCGA Clinical Data Follow-up Form within the UCEC study, *and only* when      
155                                                 an answer of 'Other (please specify)' is provided for recurrence_second_surgery_neoplasm_surgical_procedure_name.      
156                                         </xs:documentation></xs:annotation>      
157                                 </xs:element>      
158                                 <xs:element ref="shared:followup_met_assessment_outcome_success_margin_status" />      
159                                 <xs:element ref="shared:additional_radiation_therapy" />      
160                                 <xs:element ref="shared:additional_pharmaceutical_therapy" />      
 
162                 <xs:choice> +-    
163                     <xs:annotation>      
164                         <xs:documentation>      
165                                                         Date the interviewer originally completed the corresponding TCGA Clinical Data Form.      
166                                                         If modifications are made after the form is marked complete, this date should not change.      
167                                                 </xs:documentation>      
168                     </xs:annotation>      
169                     <xs:sequence>      
170                         <xs:element ref="shared:day_of_form_completion" />      
171                         <xs:element ref="shared:month_of_form_completion" />      
172                         <xs:element ref="shared:year_of_form_completion" />      
173                     </xs:sequence>      
174                     <xs:element ref="shared:days_to_form_completion" />      
175                 </xs:choice>      
176             </xs:sequence>      
177             <xs:attribute name="version" type="xs:string" default="2.0" use="optional"/>      
178         </xs:complexType>      
179     </xs:element>      
180 </xs:schema>      

   
File: TCGA_BCR.UCEC_Clinical_Shared_Datatypes.xsd  
1 <?xml version="1.0" encoding="utf-8" ?> +-    
 
4 <xs:schema elementFormDefault="qualified" version="2.5.0" +-    
5   xmlns:xs="http://www.w3.org/2001/XMLSchema"      
6   xmlns:utility="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5"      
7   xmlns="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/ucec/shared/2.5"      
8   targetNamespace="http://tcga.nci/bcr/xml/clinical/ucec/shared/2.5">      
 
10   <xs:import namespace="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5" schemaLocation="http://tcga-data.nci.nih.gov/docs/xsd/BCR/tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5/TCGA_BCR.Utility.xsd" /> +-    
 
13         <xs:element name="horm_ther" nillable="true"> +-    
14         <xs:complexType mixed="true">      
15             <xs:simpleContent>      
16                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
17                     <xs:enumeration value="" />      
18                     <xs:enumeration value="Yes, I am currently taking menopausal hormone therapy." />      
19                     <xs:enumeration value="Yes, I have taken menopausal hormone therapy in the past, but no longer do." />      
20                     <xs:enumeration value="No, I have never taken menopausal hormone therapy." />      
21                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3012813" />      
22                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.4" />      
23                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />      
24                 </xs:restriction>      
25             </xs:simpleContent>      
26         </xs:complexType>      
27     </xs:element>      
 
29         <xs:element name="birth_control_pill_history_usage_category" nillable="true"> +-    
30         <xs:complexType mixed="true">      
31             <xs:simpleContent>      
32                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
33                     <xs:enumeration value="" />      
34                     <xs:enumeration value="Current User" />      
35                     <xs:enumeration value="Former User" />      
36                     <xs:enumeration value="Never Used" />      
37                     <xs:enumeration value="Unknown" />      
38                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3104217" />      
39                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.4" />      
40                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />      
41                 </xs:restriction>      
42             </xs:simpleContent>      
43         </xs:complexType>      
44     </xs:element>      
 
46          <xs:element name="prior_tamoxifen_administered_usage_category" nillable="true"> +-    
47         <xs:complexType mixed="true">      
48             <xs:simpleContent>      
49                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
50                     <xs:enumeration value="" />      
51                                         <xs:enumeration value="Current User" />      
52                     <xs:enumeration value="Former User" />      
53                     <xs:enumeration value="Never Used" />      
54                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3104234" />      
55                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.4" />      
56                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />      
57                 </xs:restriction>      
58             </xs:simpleContent>      
59         </xs:complexType>      
60     </xs:element>      
 
62         <xs:element name="hypertension" nillable="true"> +-    
63         <xs:complexType>      
64             <xs:simpleContent>      
65                 <xs:extension base="utility:yes_or_no">      
66                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />      
67                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2183378" />      
68                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.4" />      
69                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />      
70                 </xs:extension>      
71             </xs:simpleContent>      
72         </xs:complexType>      
73     </xs:element>      
 
75         <xs:element name="diabetes" nillable="true"> +-    
76         <xs:complexType>      
77             <xs:simpleContent>      
78                 <xs:extension base="utility:yes_or_no">      
79                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />      
80                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2716085" />      
81                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.4" />      
82                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />      
83                 </xs:extension>      
84             </xs:simpleContent>      
85         </xs:complexType>      
86     </xs:element>      
 
88         <xs:element name="pregnancies" nillable="true"> +-    
89         <xs:complexType mixed="true">      
90             <xs:simpleContent>      
91                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
92                     <xs:enumeration value="" />      
93                                         <xs:enumeration value="0" />      
94                     <xs:enumeration value="1" />      
95                     <xs:enumeration value="2" />      
96                     <xs:enumeration value="3" />      
97                     <xs:enumeration value="4+" />      
98                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3012512" />      
99                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.4" />      
100                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />      
101                 </xs:restriction>      
102             </xs:simpleContent>      
103         </xs:complexType>      
104     </xs:element>      
 
106         <xs:element name="colorectal_cancer" nillable="true"> +-    
107         <xs:complexType>      
108             <xs:simpleContent>      
109                 <xs:extension base="utility:yes_or_no">      
110                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />      
111                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2684753" />      
112                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.4" />      
113                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />      
114                 </xs:extension>      
115             </xs:simpleContent>      
116         </xs:complexType>      
117     </xs:element>      
 
119         <xs:element name="primary_therapy_outcome_success" nillable="true"> +-    
120         <xs:complexType>      
121             <xs:simpleContent>      
122                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
123                     <xs:enumeration value="" />      
124                     <xs:enumeration value="Unknown" />      
125                     <xs:enumeration value="Not Applicable" />      
126                     <xs:enumeration value="Persistent Disease" />      
127                     <xs:enumeration value="Progressive Disease" />      
128                     <xs:enumeration value="Stable Disease" />      
129                     <xs:enumeration value="Partial Response" />      
130                     <xs:enumeration value="Complete Response" />             
131                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="2786727" />      
132                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.4" />      
133                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />      
134                 </xs:restriction>      
135             </xs:simpleContent>      
136         </xs:complexType>      
137     </xs:element>      
 
139         <xs:element name="recurrence_second_surgery_neoplasm_surgical_procedure_name" nillable="true"> +-    
140         <xs:complexType mixed="true">      
141             <xs:simpleContent>      
142                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
143                     <xs:enumeration value="" />      
144                     <xs:enumeration value="Excisional Biopsy" />      
145                     <xs:enumeration value="Incisional Biopsy" />      
146                     <xs:enumeration value="Surgical Resection" />      
147                     <xs:enumeration value="Other Method, Specify Below" />      
148                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3125097" />      
149                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />      
150                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />      
151                 </xs:restriction>      
152             </xs:simpleContent>      
153         </xs:complexType>      
154     </xs:element>      
 
156     <xs:element name="recurrence_second_surgery_neoplasm_surgical_procedure_name_other" nillable="true"> +-    
157         <xs:complexType>      
158             <xs:simpleContent>      
159                 <xs:extension base="xs:string">      
160                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />      
161                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3125102" />      
162                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.3" />      
163                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />      
164                 </xs:extension>      
165             </xs:simpleContent>      
166         </xs:complexType>      
167     </xs:element>      
 
169         <xs:element name="additional_treatment_completion_success_outcome" nillable="true"> +-    
170         <xs:complexType mixed="true">      
171             <xs:simpleContent>      
172                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
173                     <xs:enumeration value="" />      
174                     <xs:enumeration value="Progressive Disease" />      
175                     <xs:enumeration value="Stable Disease" />      
176                     <xs:enumeration value="Partial Response" />      
177                     <xs:enumeration value="Complete Response" />      
178                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3033278" />      
179                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5" />      
180                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="1" />      
181                 </xs:restriction>      
182             </xs:simpleContent>      
183         </xs:complexType>      
184     </xs:element>      
 
186         <xs:element name="new_neoplasm_event_occurrence_anatomic_site" nillable="true"> +-    
187         <xs:complexType mixed="true">      
188             <xs:simpleContent>      
189                 <xs:restriction base="utility:clinical_res_attributes">      
190                     <xs:enumeration value="" />      
191                     <xs:enumeration value="Lung" />      
192                                         <xs:enumeration value="Liver" />      
193                     <xs:enumeration value="Bone" />      
194                                         <xs:enumeration value="Brain" />      
195                                         <xs:enumeration value="Other, specify" />      
196                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3108271" />      
197                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5" />      
198                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />      
199                 </xs:restriction>      
200             </xs:simpleContent>      
201         </xs:complexType>      
202     </xs:element>      
 
204         <xs:element name="new_neoplasm_occurrence_anatomic_site_text" nillable="true"> +-    
205         <xs:complexType>      
206             <xs:simpleContent>      
207                 <xs:extension base="xs:string">      
208                     <xs:attributeGroup ref="utility:common_ext_attribute_group" />      
209                     <xs:attribute name="cde" type="xs:string" default="3128033" />      
210                     <xs:attribute name="xsd_ver" type="xs:string" default="2.5" />      
211                     <xs:attribute name="tier" type="xs:string" default="2" />      
212                 </xs:extension>      
213             </xs:simpleContent>      
214         </xs:complexType>      
215     </xs:element>      
 
217 </xs:schema> +-    

   
File: TCGA_BCR.Utility.xsd  
4 <xs:schema elementFormDefault="qualified" version="2.5.0" <> 4 <xs:schema elementFormDefault="qualified" version="2.4.4"
 
6   xmlns="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5" <> 6   xmlns="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.4"
7   targetNamespace="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.5">   7   targetNamespace="http://tcga.nci/bcr/xml/utility/2.4">
 
13                 <xs:attribute name="preferred_name" type="xs:string" use="optional" default=""/> +-    
14                 <xs:attribute name="display_order" type="xs:integer" use="optional" default="9999"/>      
 
23                 <xs:attribute name="units" type="xs:string" use="optional" default="" /> +-    
 
30                 <xs:attribute name="preferred_name" type="xs:string" use="optional" default=""/> +-    
31                 <xs:attribute name="display_order" type="xs:integer" use="optional" default="9999"/>      
 
57             </xs:simpleType> +-    
 
59             <xs:simpleType> +-    
60                 <xs:restriction base="xs:string">      
61                     <xs:enumeration value=""/>      
62                 </xs:restriction>      
63             </xs:simpleType>      
64         </xs:union>      
65     </xs:simpleType>      
 
67         <xs:simpleType name="integer_or_null"> +-    
68         <xs:union memberTypes="xs:integer">      
69             <xs:simpleType>      
70                 <xs:restriction base="xs:integer" />